SARS患者粪便、痰标本病毒RNA阳性检出率与病程变化的关系

目的 探讨严重急性呼吸综合征(SARS)患者粪便、痰标本中病毒RNA阳性检出率与病程变化的关系。方法 采取一步法逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对不同病程的临床标本进行SARS冠状病毒(SARS-associated coronavirus,SARS-CoV)RNA的扩增和序列测定,并采用趋势X~2检验探讨标本阳性检出率与不同发病时间的关系。结果 被检样品中扩增出的特异性片段,经测序验证为SARS-CoV序列(同源性100％)。在检测的临床标本中,粪便标本阳性检出率最高(21.55％)。趋势X~2检验显示SARS患者粪便和痰标本中病毒阳性检出率均随着发病时间的增长而下降,X~2=12 55和16.408,P=0.0004和P=0.000 05。结论 一步法RT-PCR可以有效检测SARS患者临床标本存在的SARS-CoV;SARS患者粪便、痰标本RT-PCR阳性率随着发病时间的增长而下降。     

一起诺瓦克样病毒暴发流行的快速RT-PCR检测

目的：应用引物P289、P290对诺瓦克样病毒进行快速RT—PCR检测，为疾病预防控制提供准确可靠的实验数据。方法：从17份病人粪便、4份病人肛拭子、10份健康人粪便中提取核酸RNA，采用Takara的One Step RNA PCR Kit进行RT—PCR，对产物电泳，紫外灯下观测结果，同时用R—biopharm AG公司的ELISA试剂检测，比较结果，评价RT—PCR的特异性和灵敏度。结果：RT—PCR检测有10份病人粪便、2份肛拭子阳性，健康人标本全为阴性，ELISA检测有5份病人粪便、3份健康人粪便阳性，4份病人肛拭阴性。结论：用引物P289、P290对诺瓦克样病毒进行RT—PCR，特异性好，灵敏度高，结果准确可靠，ELISA试剂特异性、灵敏度不理想．有假阳性．难以为疾病预防控制提供准确可靠的实验数据。     

荧光定量PCR检测传染性非典型肺炎冠状病毒的分析

目的 探讨荧光定量PCR在检测传染性非典型肺炎(SARS)冠状病毒(SARS—CoV)中的应用。方法 对2003年1～4月广州市各大医院送检的临床确诊或疑似的SARS病例以及密切接触的咽漱液和咽拭子进行荧光定量PCR检测。结果 从57份确诊患标本中检出SARS-CoV阳性38份，检出率为66．7％。14份密切接触标本中检出阳性7份。59份疑似患标本中检出阳性12份。SARS发病10～12d时SARS—CoV检出率最高，达87．5％。结论 荧光定量PCR能早期、快速检出SARS—CoV，临床符合率达66．7％，采样时间在发病1～12d最佳。     

感染性腹泻患者标本中检出GⅡ型诺如病毒

目的为确定引起腹泻的病原体,对腹泻患者标本进行诺如病毒核酸检测。方法应用实时荧光RT—PCR法对5份感染性腹泻患者粪便标本进行GI型和GII诺如病毒RNA检测。结果5份患者粪便标本中,1份检出GII型诺如病毒核酸。结论大连地区的感染性腹泻病例中存在GII诺如病毒感染。     

传染性非典型肺炎疑似病例实验室快速诊断的初探

目的 对传染性非典型肺炎(SARS)疑似病例进行实验室快速诊断。方法 采集SARS疑似病例血清，先对标本进行病毒颗粒浓缩，再用特异性引物进行Nested RT—PCR，检测SARS冠状病毒RNA；另外，采用免疫荧光法进一步同时检测血清中9种呼吸道病原体(嗜肺军团茵血清型1、肺炎支原体、Q热立克次体、肺炎衣原体、腺病毒、呼吸道舍胞病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒和副流感病毒)IgM抗体。结果 对21倒SARS疑似病例血清进行Nested RT—PCR，结果均未扩增出目标条带。进一步对21例患者血清进行同步检测血清中9种病原体IgM抗体，共有14例患者甲型流感病毒IgM抗体阳性，阳性率为67％。结论 对SARS疑似病例进行SARS冠状病毒RNA和其他9种呼吸道病原体IgM抗体检测是实用可行的。     

逆转录酶——聚合酶链反应检测肠道病毒

建立一种特异、敏感的检测肠道病毒的逆转录酶—聚合酶链(RT—PCR)方法。在肠道病毒RNA高度保守的5’端非编码区设计、选择、合成三对引物,采用RT—PCR对175株已知肠遭病毒和23份粪便标本进行检测。三对引物RT—PCR均显示高度特异性、敏感性。对23份粪便标本检测,E_1E_2引物有9份阳性,C_1C_2引物为7份阳性,P_1P_2均为阴性,与常规检测结果基本一致。这一检测方法具有较高特异性和敏感性,可用于临床快速检测肠遭病毒。     

RT-PCR检测病媒生物SARS冠状病毒结果初报

目的调查广东重点地区鼠类和蜚蠊是否携带SARS冠状病毒或者是否SARS冠状病毒的宿主，为寻找SARS冠状病毒的来源及控制SARS流行提供依据。方法巢式RT—PCR技术、荧光定量RT-PCR技术。结果利用SARS冠状病毒特异性引物对广州、中山、江门及恩平等地的160份鼠肺样品及15份蜚壕的体表擦拭子检测结果表明，荧光定量RT—PCR未检测到阳性，巢式RT—PCR显示来自广州市的1份蜚蠊体表擦拭子呈可疑阳性。结论巢式RT、PCR、荧光定量RT-PCR都适合于病媒生物SARS冠状病毒的初步筛选，目前未有明显证据显示鼠类及蜚镰携带和传播SARS冠状病毒,仍需作进一步研究。     

改良分子信标-双重实时荧光PCR快速检测SARS病毒

目的建立改良分子信标-双重实时荧光PCR检测SARS病毒的方法,用于SARS的早期诊断和动物溯源。方法利用改良分子信标技术、装甲RNA和双片段双色荧光技术,根据GenBank公布的SARS病毒聚合酶基因1b的阅读开放框架结构的保守序列,自行设计一对引物和探针,以部分临床标本的酶联吸附实验结果和传统细胞培养方法作为对照,建立分子信标检测SARS病毒的方法。对368份临床标本(咽漱液、血液、粪便、尿液)、52份细胞培养液和50份动物标本进行荧光PCR扩增。结果分子信标检测SARS病毒的方法灵敏度为10～100个拷贝ml,与流感病毒等呼吸道病毒无交叉反应。分子信标检测368份临床标本,20份阳性。其中确诊病例阳性率为21.27%(1047),确诊病例的咽漱液阳性率为43.48%,还分别从粪便和血清中检测到SARS病毒。52份细胞培养液,29份阳性,阳性率为55.77%。50份动物标本,23份阳性,阳性率为46%。结论改良分子信标-双重实时荧光PCR检测SARS病毒方法灵敏度高、特异性强,可用于SARS的临床早期诊断和动物溯源。     

北京地区诺如病毒分子生物学特点初步研究

目的了解北京地区诺如病毒的分子生物学特点。方法收集北京市2007年1—3月非细菌性胃肠炎暴发和散发病例，采集患者粪便标本，使用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）对粪便标本进行诺如病毒RNA检测，对RT—PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序。结果检测38例粪便标本，共有27例阳性。随机选择其中4例PCR产物进行克隆测序，获得4株诺如病毒序列进行比对分析，结果显示，该4株病毒序列与诺如病毒GⅡ／4型参考株同源性最高，其中与荷兰和日本提交的诺如病毒GⅡ／4型变异株最为接近，同源性分别为97．8％～98．5％和95．2％～95．9％。系统发生树分析表明，该4株诺如病毒与荷兰、日本流行的GⅡ／4型变异株处于同一分支上。结论北京地区存在诺如病毒GⅡ／4型变异株流行，其与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株属同一类GⅡ／4型变异株。     

中国发现基因3型戊型肝炎病毒

目的通过对中国华东地区分离出的2株基因3型戊型肝炎病毒株进行同源性分析，探讨其分子起源和传播问题。方法收集华东某地区13个养猪场的133份猪粪便标本，利用巢式RT—PCR技术扩增戊肝病毒基因组的开放读码区2（ORF2）和RNA依赖的RNA聚合酶区（RdRp，ORF1），并进行基因同源性分析。结果戊肝病毒RNA检出率为43．61％（58／133）。其中，在同一个养猪场检出的2份阳性标本与23条戊肝病毒基因3型全长序列在ORF2和ORF1区的同源性分别为77．10％～92．64％和77．49％～91．14％，被划分为基因3型。另外12个养猪场的56份阳性标本均为基因4型。同时发现，某些日本分离的基因3型病毒株比其他基因3型株更接近本次分离的病毒株。结论这是在中国大陆地区首次发现基因3型戊肝病毒。同时证明在一个较为局限的群体中基因3型和4型病毒可以共存。     

Hep-2细胞在严重急性呼吸综合征病原学检测中的应用研究

目的 应用人咽喉上皮癌细胞(Hep-2)对严重急性呼吸综合征(SARS)病例标本进行病原体检测与研究，为该病的预防与控制提供依据。方法 采用Hep-2细胞培养法，对2003年l～2月广东省收集的SARS病例的咽拭子等标本分离致病病原体，并应用电镜形态学、逆转录．多聚酶链反应(RT-PCR)扩增部分基因进行序列分析，并对分离的病原体进行研究。结果 132例SARS病例的3l份咽拭子、100份痰液和l份尸检肺组织标本中有73份标本致单层细胞出现“蚀斑病变”，细胞病变阳性率为55．3％，其中48h阳性率为36．4％。采用巢式PCR(Nested-PCR)对其中25份出现“蚀斑病变”细胞培养物进行检测，能扩增出冠状病毒的特异片段；对中2-18、中2-19等6份Nested-PCR产物进行基因序列分析，结果 显示其核苷酸序列与国内外公布的结果一致，氨基酸序列与已知的人或动物冠状病毒的同源性在58％～76％之间。通过电镜在SARS病例标本(中2-10)病变细胞及l份尸检肺组织标本中观察到衣原体样颗粒和病毒样颗粒。结论 从接种SARS病例标本的Hep-2细胞病变培养物中证实有冠状病毒。     

艾滋病患者粪便HIV-1 RNA的研究

目的研究艾滋病患者粪便HIV-1 RNA,分析其与血液HIV-1 RNA的相关性,并比较它们在治疗(抗反转录病毒治疗)和未治疗(未抗反转录病毒)患者中的区别。方法收集32例艾滋病患者粪便和血液标本,两者一一对应,根据临床资料将其分为治疗组和未治疗组,分析粪便和血液HIV-1 RNA的组内相关性和组间相关性。结果2组都表现出粪便HIV-1 RNA检出率低于血液且粪便中病毒载量低于血液,且2组间粪便和血液阳性率对比差异均有统计学意义(P<0.001),其中未治疗组粪便和血液的HIV-1 RNA阳性率较高。结论粪便中可以检测到HIV-1 RNA,其在未经过抗反转录病毒的患者中易检出,同一患者粪便中的HIV-1病毒载量比血液低。     

暴发性胃肠炎中诺沃克样病毒的检测

目的　确定暴发性胃肠炎中诺沃克样病毒的检测方法。方法　对2 0 0 3年10月和2 0 0 4年3月广东省疾病预防控制中心收集到的2起(广州市、江门市各1起)急性胃肠炎暴发患者的粪便和肛拭子标本,采用针对诺沃克样病毒的特异引物和逆转录 聚合酶链反应(RT PCR)技术进行检测,再经核苷酸序列测定方法证实,并与酶联免疫方法进行比较。结果　用RT PCR进行检测,12份急性期粪便标本(广州标本)中诺沃克样病毒阳性11份,13份肛拭子(江门标本)中阳性4份;用酶联免疫方法进行检测,11份粪便标本中有8份阳性,13份肛拭子标本均为阴性;阳性样本经序列分析证实为诺沃克样病毒GⅡ组,其中从广州标本中所获得的广州株与af39913的核酸相似性为96 7% ,从江门标本中所获得的江门株与saitamaU4毒株的核酸相似性为94 5 %。结论　采用PCR和酶标方法可有效地进行粪便的诺沃克样病毒检测,检测肛拭子时敏感性较差     

广东省传染性非典型肺炎病例的SARS冠状病毒分离株的分子生物学鉴定

目的 对广东省部分传染性非典型肺炎(SARS)病例的SARS冠状病毒分离株进行鉴定，并初步建立SARS冠状病毒PCR检测方法。方法 采集临床诊断为SARS病例的咽漱液标本，进行多种细胞分离培养，对出现病变的细胞分离物采用冠状病毒特异引物通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及巢式聚合酶链反应(Nested—PCR)进行扩增，并对部分扩增片段进行序列测定，应用DNASTAR软件分析比较oN时采用间接免疫荧光(IFA)和ELISA法检测上述患血清中SARS冠状病毒Igc抗体。结果 对21例SARS患的细胞分离物进行PCR扩增，结果均阳性，其中12份患咽漱液标本PCR扩增结果也阳性，序列测定及基因分析表明，广东省SARS病例的病毒分离株为冠状病毒，其基因序列与WHO公布的SARS基因序列一致，氨基酸序列与目前已知的冠状病毒同源性为58％～76％。时对21例患进行血清学检测，其中IFA检测有9例阳性，ELISA检测有12例阳性。结论 从广东省部分SARS病例标本中分离的病毒株是一种新的冠状病毒，PCR检测具有早期、快速的优点。     

实时荧光定量RT-PCR对新型冠状病毒3种不同生物学样本检出率的比较

目的用实时荧光定量RT-PCR(Real-time RT-PCR)方法对新型冠状病毒肺炎患者的鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液标本进行病毒核酸检测,并比较其检出率。方法采用成都市公共卫生临床医疗中心确诊的处于病程前期的新型冠状病毒患者的鼻咽试子样本(242份)、粪便样本(78份)、痰液标本(230份),其中包括同一时间采集患者的两种不同生物学样本(55份)和同一时间采集患者三种不同生物学样本(44份),均应用Real-time RT-PCR方法对病毒核酸进行检测,比较3种标本单独和联检的阳性检出率。结果鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液样本中SARS-CoV-2核酸阳性检出率分别为32.64%、39.74%和68.26%,差异有统计学意义(P<0.05)。三种样本类型联合检测的总阳性率(95.45%)大于两种样本联合。结论本研究中三种生物学样本单独检测阳性率以痰液检出率最高,粪便样本次之,鼻咽拭子样本最低,三种样本联合检测将大大提高COVID-19的检出率,为COVID-19实验室检测样本的选择和提高核酸检出率提供参考。     

中国南方某农村地区人与猪戊型肝炎病毒的检测和部分序列分析

目的调查中国南方某农村地区戊型肝炎病毒（HEV）人株与猪株的相关性。方法应用逆转录-巢式聚合酶链法（RT—nPCR）对一般人群中HEV-IgM阳性者、急性戊型肝炎患者和当地某养猪场的猪进行HEV RNA检测，并对HEV RNA阳性标本进行克隆测序和序列分析。结果132份猪粪便标本中13份为HEV RNA阳性；26份IgM阳性一般人群血清标本中有4份HEV RNA阳性；4例急性戊型肝炎患者中有1例的血清和粪便标本为阳性。序列分析发现该地区HEV人株与猪株在ORF2部分区域的核苷酸序列同源性为89．3％～100．0％，这10株HEV序列与HEVⅠ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型在同一区域的核苷酸序列的同源性分别为78．7％～84．7％、83．3％～85．3％、76．0％～80．0％和84．7％～95．3％。结论该地区人群及猪群中流行的HEV同属基因Ⅳ型。     

广西首次在门诊成人腹泻病例中发现星状病毒感染

目的 研究广两地区门诊成人腹泻病例中星状病毒的感染状况和型别分布.方法 2007年2月至2008年3月期间,收集广西南宁市某医院门诊成人腹泻患者粪便标本346份,应用RT一半巢式PCR检测星状病毒,对阳性标本进行测序验证和型别鉴定.结果 在检测的346份粪便标本中,RT-PCR检出6份阳性,经测序证实均为星状病毒,检出率为1.73%(6/346).病例全部集中在冬春季;发病年龄以17～29岁为主.6株毒株中有4株为HAstV-4型,占66.7%,另2株为HAstV-1型,占33.3%.结论 首次证实广西地区成人腹泻病例中存在星状病毒感染,流行型别主要是HAstV-4和HAstV-1型.     

应用4种方法检测肠道病毒的结果分析

目的 对105例心肌梗塞患者和40例对照组应用4种方法检测肠道病毒（EV）。方法 用逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）检测肠道病毒核糖核酸（EV－RNA），ELISA法检测柯萨奇B组病毒（Cox B V)IgM抗体，常规方法分离病毒及微量中和抗体（NT）。结果 病例组EV－RNA阳性23例（21．9％）。对照组1例（2．5％）；CoxB V IgM阳性29例（27．6％），对照组1例（2．5％）；病毒分离得到病毒6株（5．7％），对照组未分离出病毒；CoxB V NT阳性25例（23．8％），对照组3例（7．5％）。结论 用RT－PCR检测EV－RNA优于病毒培养，RT－PCR方法敏感，特异，简单，易于推广。采用RT－PCR，病毒培养，ELISA，NT4种方法同步进行检测EV则可以提高病毒的阳性检出率。     

吴起县学生群体性发热疫情的快速检测诊断

目的 搞清2006年吴起县学生群体性发热疫情的病原。方法采集了20例发热学生的鼻咽拭子和血液标本，使用美国QUICKVUE流感A＋B快检试剂进行现场检测；在国家级流感监测网络实验室（陕西省疾病预防控制中心），使用美国DHI公司呼吸道病毒抗原七项（甲、乙型流感病毒，副流感病毒1、2、3型，腺病毒，呼吸道合胞病毒）荧光检测试剂盒进行直接荧光抗原检测，用RT—PCR方法进行乙型流感病毒核酸检测。结果对13份鼻拭子标本进行了现场快速抗原检测，其中7份小学生标本显示乙型流感病毒抗原阳性，阳性率为53．85％；对12份鼻咽拭子进行了免疫荧光抗原检测，其中3份呈乙型流感病毒抗原阳性，阳性率为25．00％；对17份鼻咽拭子标本进行了RT—PCR检测，12份显示乙型流感病毒核酸阳性，阳性率为70．59％。结论根据以上实验室快速检测结果，引起此次学生群体发热的病原为乙型流感病毒。     

新型冠状病毒RNA核酸的检测方法研究及应用

[目的 ]　研究和建立引起严重的急性呼吸道综合征 (SARS)的新型冠状病毒RNA核酸的检测方法。　 [方法 ]　使用一步法巢式逆转录聚合酶链扩增法 (RT -PCR)。　 [结果 ]　采自临床留观、疑似和临床诊断病人的 10 46份咽漱液 /咽拭子样品中 ,3份样品SARS冠状病毒RNA核酸为阳性 ;在 482份血清样品中 ,有 5份为阳性。　 [结论 ]　一步法巢式RT -PCR能检测患者急性期咽漱液 /咽拭子和血清样品中的新型冠状病毒RNA核酸 ,但样本采集的时间和咽漱液 /咽拭子采集的质量直接影响检测结果