基于数据库挖掘分析BUB1基因在卵巢癌中的表达及意义

目的探讨BUB1在卵巢癌(Ovarian cancer, OV)中的表达及与预后的关系。方法利用Oncomine数据库挖掘BUB1在各种肿瘤中的表达;通过GEPIA数据库分析BUB1在卵巢癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier数据库分析BUB1在卵巢癌中的预后价值;通过Coexpedia数据库构建BUB1在卵巢癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>13的共表达基因注释。利用WebGestalt对其进行KEGG通路富集分析。按score高低筛选出关键基因,GEPIA进一步分析BUB1与关键基因的相关性。结果 (1)从Oncomine数据库检索出BUB1基因相关研究424项,其中高表达85项,低表达15项。(2)GEPIA分析表明,BUB1在卵巢癌组织中的表达高于正常组织(P<0.05)。(3)Kaplan-Meier数据库分析结果显示,BUB1基因低表达的卵巢癌患者总生存期(HR=1.2,P<0.05)增加。(4)BUB1的共表达基因主要有AURKA、DLGAP5、KIF2C、TPX2、BUB1B、DEPDC1、KIF23、CDCA3、TTK、...     

基于生物信息学方法分析B3GNT7基因在甲状腺癌组织中的表达水平及其对免疫细胞浸润的影响

目的 基于生物信息学方法分析β-1,3-N-乙酰氨基葡萄糖转移酶7(B3GNT7)基因在甲状腺癌组织中的表达水平及其对免疫细胞浸润的影响。方法 在肿瘤免疫评估资源数据库、GEPIA2数据库、UALCAN数据库中检索B3GNT7基因在甲状腺癌患者癌组织和癌旁组织中的表达情况,分析不同临床特征、病理分期甲状腺癌患者癌组织中B3GNT7基因的表达水平,采用多因素COX回归模型分析B3GNT7基因表达水平与甲状腺癌患者预后的关系,采用Spearman相关性模型分析B3GNT7基因表达水平与甲状腺癌组织中免疫细胞浸润丰度的相关性,以及B3GNT7基因表达水平与免疫细胞标志物、T淋巴细胞标志物、免疫检查点基因表达水平的相关性。结果 B3GNT7基因在甲状腺癌患者癌组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05)。不同病理分期的甲状腺癌患者癌组织中的B3GNT7基因表达水平具有差异性(P<0.05)。多因素COX分析结果显示,CD8⁺T淋巴细胞、B3GNT7基因表达水平是甲状腺癌患者预后的影响因素(均P<0.05)。Spearman相关性分析结果显示,B3GNT7基因...     

BUB1基因在胃癌组织中高表达： 基于Oncomine数据库及生物信息学方法

目的 探讨细胞周期有丝分裂纺锤体检测点丝/苏氨酸激酶（BUB1）基因在胃癌（STAD）中的表达及临床价值。方法 分别运用Oncomine、GEPIA、BioGPS和Kaplan-Meier Plotter等数据库分析BUB1基因在胃癌组织和正常胃组织的表达差异,并且分析BUB1表达水平与胃癌患者生存预后之间的关系;利用癌症细胞系全科百科全书（CCLE）分析BUB1分别在胃癌组织T细胞和B细胞中的表达,利用String数据库绘制BUB1相关蛋白网络图及基因本体（GO）功能注释,并对京都基因和基因组百科全书（KEGG）相关通路进行分析。采用肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析BUB1在免疫浸润物中的表达及对胃癌患者生存预后的影响。为进一步验证Oncomine数据库基因芯片的结果,我们选择成都医学院第一附属医院2018年3月~2019年7月收治的胃癌患者30例,经外科手术获得胃腺癌组织30份,同时获取的癌旁正常组织30份作为对照组,通过PCR和免疫组化技术对Oncomine数据库中BUB1基因表达的数据进行验证。结果 Oncomine、GEPIA、BioGPS分析显示：与正常胃组织相比,BUB1在胃癌组织中呈现高表达（P<0.05）。通过Kaplan-Meier生存分析发现,BUB1基因高表达的胃癌患者无进展生存期（HR=0.52,95%CI=0.41~0.67,P<0.05）、总生存期（HR=0.67,95%CI=0.55~0.82,P<0.05）均有所延长。通过string数据收集到与BUB1相关 蛋白主要富集于13类细胞学组分、4类分子功能和12类生物学过程,并参与了4条信号通路。TIMER数据库分析显示在免疫微环境中高表达BUB1 mRNA的CD4+T细胞和巨噬细胞对胃癌患者5年生存预后较好。实时定量PCR结果提示胃癌组织样本 BUB1的表达水平（4.345±0.421）明显高于配对的癌旁正常胃粘膜组织（1.583±0.122）（t=34.63,P<0.05）;免疫组化结果提示胃癌组织BUB1染色成阳性。结论 胃癌组织中BUB1基因呈现高表达,BUB1可能具有减少肿瘤免疫抑制作用可协助评估胃癌患者的预后情况。     

头颈鳞状细胞癌铁蛋白轻/重链基因和免疫细胞浸润的临床预后价值研究

目的:探究铁蛋白轻/重链(ferritin light chain/heavy chain 1,FTL/FTH1)基因在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)中的临床预后价值。方法:利用UALCAN、GEPIA2、TISIDB、TIMER2.0及Linked Omics数据库分析FTL/FTH1在HNSCC中的表达与预后、临床特征(分期、分级、和淋巴结转移)和免疫细胞浸润的相关性。结果:FTL/FTH1在HNSCC组织中的表达水平显著上调，与癌症分期和B细胞等免疫细胞的浸润呈正相关，FTH1的高表达与患者总生存期呈负相关。结论:FTL/FTH1的表达水平具有分析HNSCC临床预后的潜在价值。     

基于生物信息学分析SSX1与卵巢癌预后及免疫细胞浸润的关系

目的 探究SSX1在卵巢癌（OV）中的表达水平、预后价值及与免疫细胞浸润的相关性。方法 基于癌症基因组图谱数据库（TCGA）、基因型组织表达（GTEx）数据库分析SSX1 mRNA在卵巢癌组织及正常卵巢组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier(KM)plotter及COX回归评估SSX1在卵巢癌中的预后价值,利用TIMER2.0网站分析SSX1与卵巢癌患者免疫细胞浸润的相关性。结果 SSX1 mRNA在卵巢癌的表达水平明显高于正常卵巢组织（P<0.01）;Kaplan-Meier plotter和COX回归模型分析显示高表达SSX1与OV患者预后不良存在相关性（P=0.0013）,且SSX1高表达是OV患者预后的独立危险因素。免疫浸润结果显示,SSX1表达与多种免疫浸润细胞呈负相关。结论 通过生物信息学的数据挖掘发现SSX1在OV中高表达,且与OV患者的预后及免疫细胞浸润存在相关性。     

蛋白激酶CI的表达与胰腺癌的相关性分析

目的研究蛋白激酶CI(PRKCI)在胰腺癌组织中的表达,阐明其对胰腺癌的诊断及预后的作用,并进一步分析PRKCI与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。方法利用Oncomine、GEPIA、HPA和CCLE数据库分别分析PRKCI在胰腺癌组织和细胞系中的表达,利用GEPIA分析PRKCI的表达与胰腺癌患者预后的关系,利用String数据库分析与PRKCI相互作用的蛋白,利用TIMER研究PRKCI的表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润的相关性。结果胰腺癌组织中PRKCI mRNA和蛋白的表达水平均高于癌旁正常胰腺组织,且PRKCI在胰腺癌细胞系中呈高表达。PRKCI高表达的胰腺癌患者的总生存期和无病生存期明显低于低表达患者(P<0.01),且与胰腺癌患者的分期显著相关。与PRKCI相互作用的蛋白有CDC42、NUMB、SQSTM1等,主要参与炎症反应、蛋白质磷酸化等过程。胰腺癌中PRKCI的表达与CD4⁺T细胞数目、PD-L1基因和CTLA-4基因的表达呈负相关性。结论 PRKCI在胰腺癌中呈高表达,PRKCI mRNA的表达水平与患者的预后和免疫细胞浸润显著相关,其可...     

IGHG1在胃癌中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的：利用癌症基因图谱(TCGA)数据库中胃癌患者的临床特征和生存信息进行生物信息学分析,评估IGHG1在胃癌中的表达情况及其与临床病理特征的相关性,探讨IGHG1在胃癌患者中的临床预后意义。方法：利用Oncomine数据库、GEPIA数据库分析IGHG1在胃癌组织和正常胃组织中转录水平的表达差异;利用Kaplan MeierPlotter在线分析工具分析IGHG1的表达与胃癌患者的总体生存率之间的关系;利用DAVID在线网站分析IGHG1基因的生物学功能和参与的信号通路;利用R包进一步深入分析IGHG1在胃癌中的表达差异、临床相关性、生存分析、诊断价值以及免疫细胞浸润情况。结果：IGHG1在胃癌中高表达,与胃癌的肿瘤分期密切相关,可能与胃癌的晚期进展和转移相关,在胃癌中具有一定的诊断价值;富集分析结果显示IGHG1主要与质膜形成、细胞外基质、免疫反应以及调节免疫反应相关;免疫细胞浸润分析结果显示其与Treg细胞、细胞毒细胞、B细胞和T细胞的免疫浸润相关。结论：IGHG1在胃癌中呈高表达,并与胃癌的进展及免疫细胞浸润相关,是胃癌新型分子标志物。     

基于TCGA数据库分析POSTN在头颈部鳞癌中的表达和临床意义

目的 利用在线数据库和生物信息学方法分析POSTN基因在头颈部鳞状细胞癌中的差异表达对其预后的临床意义,寻找头颈部鳞状细胞癌新的生物标志物。方法 使用TCGA公共数据库获取头颈部鳞癌患者的基本信息、POSTN的表达情况;利用Kaplan-Meier Plotter分析不同POSTN表达水平的头颈部鳞癌患者生存曲线;采用TIMER数据库分析POSTN与头颈部鳞癌中各种免疫细胞浸润的相关性;GEPIA数据库分析POSTN表达与免疫细胞标志物表达的相关性;GO和KEGG基因富集分析探索POSTN共表达基因的功能及其作用通路。结果 POSTN在头颈部鳞癌中高表达(P<0.05),其表达与头颈部鳞癌患者的预后呈正相关;头颈部鳞癌患者的累积生存率与多种免疫细胞的浸润程度相关;POSTN表达水平与头颈部鳞癌中的巨噬细胞浸润程度呈正相关关系(P=0.024),并与M2型巨噬细胞标志物呈正相关关系(P<0.001),POSTN高表达促进巨噬细胞向M2型极化。富集分析显示POSTN与细胞外基质调节过程相关。结论 POSTN表达与头颈部鳞癌患者预后及免疫浸润相关,并且其可能通过调节巨噬细胞极化而...     

ncRNA介导的EphB4上调与低级别胶质瘤不良预后及肿瘤免疫浸润的相关性

目的 探讨促红细胞生成素生成人肝细胞受体B4(erythropoietin-producing human hepatocellular receptors B4,EphB4)在低级别胶质瘤(lower-grade glioma,LGG)组织中的表达、其上游靶点以及与患者预后及肿瘤免疫浸润的相关性,分析其作为治疗靶点的潜在作用。方法 首先应用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库胶质瘤数据分析EphB4在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异,并用基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析EphB4对不同癌症生存期的影响。用R语言和starBase数据库分析EphB4可能上游调节非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA)。用肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库进行EphB4表达与肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞生物学标志物和免疫检查点相关性分析。结果 UBA6-AS1/hsa-miR-346轴是最有潜力影响LGG中EphB4表达的上游ncRNA相关通路。同时,EphB4水平与LGG肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞生物学标志物、免疫检查点表达均呈显著正相关。结论 ncRNA介导的EphB4上调与LGG的不良预后和肿瘤免疫浸润相关。     

双特异性磷酸酶基因家族表达与肝细胞性肝癌进展的临床相关性研究

目的:分析双特异性磷酸酶(DUSPs)基因家族在肝细胞性肝癌(HCC)中的表达差异,及其与临床预后及免疫细胞浸润的相关性。方法:Oncomine、GEPIA、Kaplan-Meier plotter、TCGA、TIMER公共数据库分析DUSPs mRNA的表达差异及其与临床预后及免疫细胞浸润的相关性。本院收集19例配对的HCC术后癌与癌旁组织,通过免疫组化分析DUSPs蛋白的表达差异及其与临床特征的相关性。基因富集分析(GSEA)用于预测DUSPs参与HCC进展的可能机制。结果:公共数据库分析结果显示:与癌旁组织相比,DUSP12 mRNA在HCC癌组织中高表达(P<0.05),并且与总生存率下降(P<0.001)、病理分级增加(P<0.001)、免疫细胞浸润(P<0.001)增加及免疫检查点相关分子表达(P<0.001)升高有关。本院收集的配对HCC术后癌与癌旁组织免疫组化染色结果显示:与癌旁组织相比,DUSP12蛋白在HCC癌组织中高表达(P<0.001),并随病理分级(P<0.05)、临床分期(P<0.05)增加而进一步升高。GSE...     

SMAD7、SMAD9与肺腺癌患者预后及免疫浸润的相关性分析

目的 本研究旨在探讨SMAD7、SMAD9在肺腺癌中的预后价值及其与免疫浸润的相关性。方法 借助GEPIA数据库预测SMAD家族成员在肺腺癌组织与癌旁组织中的表达水平，筛选差异表达的成员作为关键基因纳入研究。分析关键基因对肺腺癌患者预后的影响，GEPIA与TIMER数据库分析关键基因与免疫浸润的相关性。收集108例手术切除的肺腺癌患者组织，使用qRT-PCR验证关键基因在组织内的表达水平。分析关键基因对患者5年生存率的影响及影响生存率的独立预测因素。结果 GEPIA数据库预测结果显示，相对于正常组织样本，SMAD7、SMAD9在癌组织样本中的表达降低(P均<0.05)。GEPIA数据库预测结果显示SMAD7、SMAD9低表达水平患者总生存率低于SMAD7、SMAD9高表达水平患者(P均<0.05)。TIMER网站预测结果显示SMAD7与B细胞、CD4⁺ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞水平均呈正相关(P均<0.05),SMAD9与B细胞、CD4⁺ T细胞、巨噬细胞水平呈正相关(P均<0.05)。GEPIA网站显...     

基于多组学分析血红素加氧酶1在肿瘤预后中的作用

目的 分析血红素加氧酶1(HMOX1)在泛癌中的表达及其在肿瘤预后中的作用。方法 采用肿瘤免疫数据库TIMER2.0和GEPIA2工具分析HMOX1在各癌症中的表达，探讨不同癌症中HMOX1表达与癌症相关纤维细胞浸润水平的关系；采用GEPIA2数据库分析不同癌症中HMOX1表达与癌症总生存期和无病生存期的关系；采用STRING和GEPIA2数据库得到HMOX1的相关蛋白互作网络图。结果 HMOX1在癌症中的发病机制与炎症反应、细胞黏附有关，大多数基因编码定位在质膜上，并发挥三磷酸鸟苷结合和蛋白结合的分子功能。HMOX1在多种癌症中高表达，并且与肿瘤患者预后存在相关性；HMOX1的表达与膀胱尿路上皮癌、结肠癌、头颈鳞状细胞癌、脑低级别胶质瘤、胰腺癌、胃癌、睾丸生殖细胞癌等癌症相关成纤维细胞浸润水平呈正相关。结论 HMOX1的表达与多种癌症临床预后、免疫浸润等存在相关性，通过泛癌分析，有助于从临床肿瘤样本角度阐述HMOX1在肿瘤发生中的作用。     

基于WGCNA联合LASSO筛选宫颈癌预后枢纽基因

目的 运用生物信息学方法筛选宫颈癌预后相关的分子标志物,为宫颈癌的预后预测提供依据。方法 从GEO、TCGA和GTEx数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应的临床数据。在GSE9750和GSE52903数据集中,通过WGCNA和LASSO两种方法联合筛选宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选与预后相关的枢纽基因。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中比较预后相关的枢纽基因在宫颈癌和正常宫颈组织中的表达情况,并在HPA数据库中验证其蛋白水平的表达。利用ssGSEA分析宫颈癌肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)中免疫细胞浸润情况,探究预后相关的枢纽基因与免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达的相关性。结果 WGCNA和LASSO两种方法共筛选出7个宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选得到3个预后相关的枢纽基因MCM2、APOD和RAD54L。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中,与正常宫颈组织比较,MCM2和RAD54L在宫颈癌组织中表达上调,而APOD则表达下调,与HPA数据库中免疫组化结果基本一致。3个预后相关的枢纽基因与免疫细胞和免疫检查点的表达有相关性。结论MCM2、APOD和RAD54L基因可能是与宫颈癌预后相关的分子标志物,与TME中免疫浸润相关。     

高表达UBE2B在食管癌中的临床意义及其与免疫浸润相关性

目的：研究泛素结合酶E2B(UBE2B)在食管癌中的临床意义及其与免疫浸润相关性。方法：通过UALCAN在线工具分析UBE2B在食管癌中的表达;PrognoScan、GEPIA、Kaplan-Meier Plotter三种工具进行UBE2B表达量与食管癌患者生存率相关性分析;TCGA数据库、GEO数据库、CCLE数据库分析UBE2B对食管癌放化疗的影响;TIMER结合GEPIA进行UBE2B与食管癌肿瘤免疫细胞浸润相关性分析。结果：UBE2B在食管癌中高表达,而且与食管癌患者的病理参数、生存率显著相关;高表达UBE2B与食管癌铂类放化疗反应显著相关;高表达UBE2B与食管癌中性粒细胞及淋巴细胞浸润正相关。结论：高表达UBE2B影响食管癌患者的预后、放化疗反应及肿瘤免疫浸润。     

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

基于生物信息学方法分析TACSTD2基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制

目的 基于生物信息学方法分析肿瘤相关钙信号转导因子2(TACSTD2)基因与胰腺癌患者预后的关系及其作用机制。方法 (1)利用GEPIA和TCGA数据库,分析TACSTD2基因在胰腺癌组织中的表达水平及其与胰腺癌患者临床病理特征的关系。(2)利用GEPIA和TISIDB数据库、COX回归模型分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者生存情况的关系。(3)利用R语言软件相应程序包获得TACSTD2基因的共表达基因、不同TACSTD2基因表达水平的胰腺癌患者之间的差异表达基因后,对上述基因进行富集分析。(4)利用R语言软件相应程序包分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者免疫微环境评分、胰腺癌组织免疫细胞浸润水平的关系。(5)分析TACSTD2基因表达水平与免疫检查点基因的相关性。(6)基于TCIA数据库、TIMER在线数据库、R语言软件,分别评估分析TACSTD2基因表达水平与胰腺癌患者免疫表型评分(IPS)、胰腺癌常见突变基因、靶向药物和化疗药物敏感性的关系。(7)基于STRING数据库及Cytoscape软件,构建TACSTD2的蛋白‐蛋白相互作用网络,筛选出与TACSTD2相互作...     

基于生物信息学方法分析R-spondin3在乳腺癌中的表达及其预后价值

目的 探讨R-spondin3(RSPO3)在乳腺癌中的表达及预后价值。方法 应用TIMER、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因表达谱数据动态分析(gene expression profilling in-teractive analysis 2, GEPIA2)、人类蛋白质表达图谱(Human Protein Atlas, HPA)等数据库分析RSPO3在乳腺癌组织和癌周正常组织中的差异表达,并分析其表达水平与乳腺癌病理学参数之间的相关性;GEPIA2数据库探讨RSPO3转录本在乳腺癌中的表达及其结构特征;Kaplan-Meier Plotter绘制RSPO3与乳腺癌患者的预后生存曲线;运用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等对其进行基因功能富集分析和代谢通路分析;应用TIMER数据库分析RSPO3的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。结果 RSPO3在乳腺癌中呈低表达,且其表达水平与乳腺癌患者的年龄、肿瘤最大径、分子分型相关,在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的预后不良相关;GO功能富集分析显示,RSPO3相互作用的基因主要富集于免疫细胞及其受体等参与的生物学过程;免疫细胞浸润分析结果显示,RSPO3在乳腺癌组织中的表达水平与CD8⁺ T细胞、CD4⁺ T细胞、CD4⁺记忆T细胞、巨噬细胞、B细胞等的浸润水平呈正相关,而与调节性T细胞(Treg细胞)的浸润水平呈负相关;KEGG代谢通路分析显示,RSPO3可能参与Wnt/β-catenin通路。结论 在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的不良预后相关,其可能通过抑制免疫细胞浸润及活化Wnt/β-catenin通路参与乳腺癌的进展。     

CCNA2在泛癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系

目的 通过生物信息学技术分析细胞周期蛋白A2 (CCNA2)在泛癌中的表达和预后价值，并深入探索CCNA2与免疫浸润的关系。方法 从UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱计划数据库中33种肿瘤的数据，分析CCNA2在33种肿瘤中的表达和预后价值。利用TISIDB数据库计算免疫浸润丰度，分析CCNA2与免疫检查点基因的相关性及其与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性。利用GEPIA数据库获取肿瘤中与CCNA2相关的基因，进行基因本体以及京都基因和基因组数据库富集分析。结果CCNA2在多种肿瘤中普遍高表达，且CCNA2表达与生存率显著相关。同时，CCNA2表达与肿瘤免疫浸润和免疫检查点基因相关。CCNA2表达与不同类型肿瘤的肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。结论 CCNA2可作为肿瘤不良预后和免疫浸润的生物标志物，为癌症治疗提供了新的思路。     

IGKC在泛癌中的差异表达及其相关临床特性分析

目的 通过生物信息学方法了解癌组织中免疫球蛋白轻链kappa恒定区(immunoglobulin kappa constant, IGKC)功能,并从临床角度认识IGKC在癌症发生发展中所扮演的角色。方法 使用UCSC、TCGA、GTEx、GEPIA2等数据库从基因表达、预后分析、基因变异、免疫细胞分析、肿瘤干性、富集分析等角度对不同癌组织中的IGKC进行全面分析。结果 大多数癌组织中的IGKC表达水平显著高于正常组织,IGKC表达水平显著升高与部分肿瘤患者预后、基因变异、肿瘤干性和免疫细胞浸润相关。IGKC相互作用基因和共表达基因参与了T细胞受体信号通路、癌症中PD-L1表达和PD-1检查点通路和Th1、Th2和Th17细胞分化通路等多种信号通路。另外,这些基因也参与了免疫应答、结合U1/2/6 snRNP和结合T细胞受体等多种生物过程。结论 IGKC在多种癌组织中高表达,在多种癌的4个病理阶段具有显著差异,与患者预后之间存在相关性,IGKC有望成为多种癌症新型生物标志物。     

SIM2基因在膀胱癌组织中的表达及临床意义

目的 利用在线生物信息数据库,组织和细胞水平实验探究SIM2基因在膀胱癌中的表达及涉及的临床意义。方法 通过UALCAN数据库分析SIM2基因在膀胱癌患者和正常膀胱组织中的表达差异,SIM2基因表达与膀胱癌患者淋巴结转移、分期、组织亚型等临床病理参数的关系;GEPIA数据库、HPA数据库、组织芯片和定量PCR技术验证SIM2基因在膀胱癌患者中的mRNA和蛋白表达差异;利用String数据库分析SIM2基因的蛋白相互作用及调控网络;Linked Omics数据库做SIM2相关分子的富集分析;TIMER和TISIDB数据库分析SIM2基因与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系。结果 UALCAN、GEPIA和HPA数据库结果显示,膀胱癌组织中SIM2基因的mRNA和蛋白水平的表达明显高于正常膀胱组织(P<0.05);UALCAN在线工具分析揭示,SIM2的表达与患者的淋巴结转移、病理类型、分期密切相关;免疫组织化学及定量PCR湿实验结果显示,SIM2蛋白和mRNA表达水平在膀胱癌组织中明显升高(P<0.05),但SIM2的表达与膀胱癌患者TNM分期和病理分级无相关性;String在线分...