基于生物信息学方法预测与多囊卵巢综合征相关的miRNA

目的：基于生物信息学方法构建多囊卵巢综合征(PCOS)表达的miRNA及miRNA靶基因的调控网络。方法：从GEO数据库的GPL16543平台下载miRNA基因芯片数据集GSE72274,用GEO2R筛选差异表达的miRNA,应用在线数据库miRWalk分析预测miRNA差异表达的靶基因。对靶基因进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。应用Cytoscape软件绘制miRNA及其相关靶基因调控图。通过STRING网站对靶基因进行PPI网络构建,并使用CytoHubba插件进行Hub基因分析。结果：共筛选出差异miRNA一共38个,其中32个上调,6个下调。预测差异miRNA的靶基因得到393个,GO分析发现差异的靶基因主要参与RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调节、蛋白结合、金属离子结合、D等生物学过程。KEEG分析表明其主要参与TGF-β信号通路和Hedgehog信号通路。成功构建miRNA相关靶基因调控网络,调控网络中的miRNA包括：hsa-miR-135b-5p、hsa-miR-199a-3p、hsa-miR-32-5p。通过CytoHubba...     

基于微RNA-mRNA调控网络对草酸钙肾结石形成关键分子的筛选和分析

目的 应用生物信息学技术构建草酸钙肾结石大鼠miRNA-mRNA调控网络并筛选出调控草酸钙肾结石形成的关键分子。方法 从基因表达汇编（GEO）数据库中筛选出乙二醇喂养14 d诱导的草酸钙肾结石大鼠肾组织的miRNA和mRNA数据集,利用GEO2R在线工具分析得到差异表达miRNA(DEM)和差异表达基因（DEG）,并用热图进行展示。利用在线靶基因预测工具miRWalker预测DEM的靶基因,根据miRNA负向调控mRNA原理应用R语言“venn.diagram”包与DEG取交集,得到参与调控草酸钙肾结石形成的基因,然后应用“clusterprofile”包对调控基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,利用Cytoscape软件实现对PPI和miRNA-mRNA调控网络可视化和关键基因的筛选。结果 共分析得到38个DEM和364个DEG。将预测得到的DEM靶基因与DEG取交集后得到116个调控基因,这些基因富集在24个GO条目和22个KEGG信号通路中。成功构建了miRNA-mRNA调控网...     

成人爆发性心肌炎相关miRNA的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法寻找成人爆发性心肌炎中的差异表达miRNA、关键靶基因和通路,为成人爆发性心肌炎的预防和早期诊断及治疗提供新思路。方法 从公共基因数据库（GEO）中下载miRNA表达谱GSE148153,使用在线分析工具GEO2R筛选出成人爆发性心肌炎患者血清和正常对照者血清的差异表达miRNA,并利用在线数据库TargetScan预测差异表达miRNA的靶基因。使用DAVID和STRING分别对靶基因进行功能、通路富集分析和蛋白互作分析,使用Cytoscape软件来筛选蛋白相互作用网络中的核心网络基因及显著相互作用模块。结果 共筛选出31个差异表达miRNA,其中下调miRNA 18个,上调miRNA 13个（调整后P<0.05,|logFC|>1）。使用TargetScan预测miRNA的靶基因,按照context++得分各取前50个靶基因进行分析,故上调miRNA靶基因为643个,下调miRNA靶基因879个（剔除无注释的基因）。对靶基因进行GO和KEGG富集分析,上调miRNA靶基因GO分析结果提示：生物过程：miRNA靶基因显著富集于以DNA为模板的转录调...     

唐氏综合征胎盘差异miRNA表达谱分析： 基于全转录组测序分析技术

目的 通过筛选唐氏综合征胎盘中表达变化的miRNAs并分析具体生物学途径来探讨唐氏综合征新的标记物及其分子发病机制。方法 运用全转录组测序分析技术分析唐氏综合征确诊胎盘（DS,n=3）和产前诊断确诊正常胎盘（n=3）样本,筛选出显著差异表达的miRNA,通过miRWalk、Targetscan、miRDB软件预测其靶基因并进行GO和KEGG-Pathway功能富集分析。结果 测序分析共检出82个差异表达的miRNA。DS胎盘组织中有29个miRNA表达上调（变化倍数≥2,P<0.05）,15个miRNA表达下调（变化倍数≥2,P<0.05）;根据表达丰度共筛选出 4 个表达上调的 miRNA,6 个表达下调的 miRNA。其共同靶基因BTBD3、AUTS2均与神经发育相关。GO富集分析结果显示差异表达miRNA的靶基因主要富集到蛋白结合、水解酶活性、金属离子结合、转移酶活性、核苷酸结合、胞质组分、细胞核组分、转录调控、RNA代谢过程调控、DNA依赖性RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、眼睛发育、感觉器官发育等。KEGG富集分析结果显示差异表达miRNA靶基因主要参与的信号通路包括肿瘤相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、细胞骨架调控信号通路、嘌呤代谢相关信号通路、P53相关信号通路。结论 miRNAs可能参与了唐氏综合征胎盘损伤和相关的妊娠病理,并可能对其他智力障碍相关疾病提供一定临床思路及对未来的预防治疗发挥重要作用。     

薄型子宫内膜大鼠模型microRNAs差异表达研究

目的 对薄型子宫内膜大鼠模型差异microRNAs(miRNAs)进行筛选和靶基因预测,并对其进行生物信息学分析。方法 采用95%乙醇宫腔灌注制备大鼠薄型子宫内膜模型,取模型组及正常对照组的大鼠子宫内膜组织进行总RNA提取、RNA质检、文库构建后,使用测序平台为illumina HiSeqTM2500进行高通量测序,以P<0.05的标准筛选差异miRNA,利用miRanda和RNAhybrid得出差异表达miRNA候选靶基因,进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果 共有52个差异miRNA,符合预测要求的有48个差异miRNA,共预测出1530个靶基因。其中表达上调的miRNA为rno-miR-375-3p、rno-miR-292-3p、rno-miR-129-1-3p、rnomiR-129-2-3p、rno-miR-291a-3p等,表达下调的miRNA为rno-miR-144-3p、rno-miR-542-3p、rno-miR-144-5p等,涉及的生物过程主要有肽基-苏氨酸磷酸化修饰、细胞代谢过程调控、树突状细胞凋亡过程的调控;细胞成分主要...     

基于miRNA组学探讨补肾调冲汤对薄型子宫内膜大鼠作用机制

目的 运用高通量测序技术筛选补肾调冲汤干预薄型子宫内膜大鼠模型中差异表达的miRNA,并对其进行生物信息学分析,揭示补肾调冲汤对薄型子宫内膜大鼠的作用机制。方法 制备薄型子宫内膜大鼠模型,使用补肾调冲汤干预,以生理盐水做阴性对照,取两组大鼠子宫内膜组织进行总RNA提取、RNA质检、文库构建后,使用测序平台为Illumina HiSeq^TM2500进行高通量测序,以P<0.05的标准筛选差异miRNA,利用miRanda和RNAhybrid得出差异表达miRNA候选靶基因,进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果共有48个差异miRNA,其中包括19个上调,29个下调,共得出2124个靶基因,其中涉及889个生物过程、146个细胞成分、163个分子功能,KEGG信号通路有AMPK信号通路、Ras信号通路、mTOR信号通路、NF-κB信号通路等。结论 补肾调冲汤可能通过调节rno-miR-292-3p、rno-miR-292-5p、rno-miR-291a-3p、rno-miR-291b、rno-let-7c-1-3p、rno-...     

血浆miR-1181在2型糖尿病患者表达水平变化和意义

  目的  miRNA可作为预测糖尿病发生和发展的生物标志物，探索miR-1181在2型糖尿病（Type 2 Diabetes Mellitus，T2DM)患者的表达情况。  方法  运用Agilent miRNA芯片对T2DM患者（n = 5）和正常对照组（n = 5）血浆样本进行差异筛选，荧光定量PCR技术（quantitative Real Time PCR，qRT-PCR）验证出差异表达的miRNA；通过生物信息学方法预测其靶基因并绘制miRNA-靶基因-代谢通路关系网络图，扩大样本检测血浆中差异表达的miRNA:miR-1181和靶基因MAP2K2、MAPK12表达水平。  结果  miRNA芯片筛选和qRT-PCR验证出与T2DM相关的差异表达miRNA:miR-1181，生物信息学分析得出miR-1181靶基因有CCND1、PI3KR2、MAP2K2和MAPK12；T2DM患者血浆中 miR-1181的表达水平明显下降（P < 0.001），而靶基因MAPK12 mRNA的表达水平明显升高（P < 0.01）。  结论  2型糖尿病患者血浆miR-1181水平降低，可能与其抑制靶基因MAPK12对MAPK通路影响有关。     

电针对FD模型大鼠的治疗作用及其中差异表达miRNA的生物信息学分析

摘要:目的 观察电针对功能性消化不良(FD)模型大鼠的治疗作用并筛查电针治疗前后差异表达的 miRNA,进行 生物信息学分析,以探索 miRNA 参与电针治疗 FD 过程中的相关分子机制。方法 采用 SPF级健康雄性 SD 大鼠18 只,随机分为空白对照组、模型组和电针组,每组6只。所有造模大鼠均采用多因素应激干预法构建 FD 模型,造模成功 后电针组采用电针足三里穴和太冲穴治疗。观察整个实验过程中大鼠的一般情况;在治疗结束后对各组大鼠的胃排空 率进行检测;通过提取电针组和模型组大鼠总 RNA,进行差异表达 miRNA 的筛选及生物信息学分析。结果 在造模期 间,造模大鼠出现饮食、饮水量和体重下降,毛发脱落变黄,大便稀溏,精神萎靡,活动量减少;电针治疗后电针组大鼠饮 食、饮水、精神、活动度等情况好转,毛发变白,大便正常。模型组和电针组胃排空率明显低于空白对照组,而电针组胃排 空率明显高于模型组,3组间比较,差异均具有统计学意义(F=185.691,P<0.01)。筛查出电针组和模型组大鼠显著差 异表达的 miRNA 共16个,其中上调 miRNA7个和下调 miRNA9个。预测到差异表达的 miRNA 调控的靶基因数为 11678个,靶位点数为31974个;KEGG通路富集分析最主要的20条信号通路以及 GO 功能富集分析排列最靠前的20 个功能,其中生物过程的占比最高,为74.9%。结论 电针能够有效改善 FD 模型大鼠的胃动力,并且此过程中存在多 种 miRNA 参与其相关分子机制,该研究为 FD的针灸治疗以及治疗靶点的选择提供了一定的理论依据。     

基于miRNA-mRNA调控网络对草酸钙肾结石形成关键分子的筛选和分析

目的 应用生物信息学技术构建草酸钙肾结石大鼠miRNA-mRNA调控网络并筛选出调控草酸钙肾结石形成的关键分子。方法 从GEO数据库中筛选出乙二醇喂养14天诱导的草酸钙肾结石大鼠肾组织的miRNA和mRNA数据集,应用GEO2R在线工具分析得到显著差异表达的miRNA(DEMs)和mRNA(DEGs),并应用热力图进行展示。利用miRWalker预测DEMs的靶基因,根据miRNA负向调控mRNA原理应用R语言“venn.diagram”包与DEGs分别取交集,得到参与调控草酸钙肾结石形成的基因,然后应用 “clusterprofile”包对调控基因进行GO和KEGG富集分析、应用string数据库进行蛋白质互作分析(PPI),利用Cytoscape软件实现对PPI和miRNA-mRNA调控网络可视化和关键基因的筛查。结果 共分析得到38个DEMs和349个DEGs。将预测得到的DEMs靶基因与DEGs取交集后得到116个调控基因,这些基因富集到24个GO条目和22个KEGG信号通路。成功构建miRNA-mRNA调控网络,处于核心调控位置的miRNA为miR-6215、miR-758-5p和miR-214-3p。PPI网络分析筛选出5个关键基因,分别为：Foxm1、Ndc80、Cdkn2b、Cdt1和Ikbkg。结论 通过构建miRNA-mRNA调控网络,我们筛选出在草酸钙肾结石形成过程中起关键调控作用的miRNA和基因,为草酸钙结石的防治提供了新的研究思路和理论支撑。     

基于生物信息学探讨miRNA在糖尿病合并冠心病患者中的意义

目的 基于生物信息学探讨影响2型糖尿病（T2DM）合并冠状动脉心脏病（CHD）的潜在机制，通过筛选T2DM合并与不合并CHD患者中差异miRNA，观察差异miRNA在T2DM合并CHD中的作用及临床价值。方法 选取GEO数据库中GSE185845数据集并经GEO2R在线平台筛选差异miRNA，并经TargetScanHuman网站预测调控的基因，绘制火山图、PPI图和KEGG富集图并进行相应的分析。结果 从GSE185845数据集中筛选出2个差异miRNA，分别为miR-4465和miR-6089，相关分析提示miR-4465和miR-6089呈正相关（r=0.577,P <0.01）。PPI图显示与差异miRNA共有的基因有2个，为SNN和GMFB，主要富集于MAPK靶点相关的信号通路、FCGR3A调控的磷酸化、固有免疫系统等。生物过程主要富集于Arp2/3复合物调控的肌动蛋白核酸、同源修复基因缺陷等；分子功能主要富集于肌动蛋白结合、NO的激活、细胞色素B5还原酶的激活等；细胞组分主要富集于肌动蛋白细胞骨架，Arp2/3蛋白复合物和细胞与细胞的交联等。结论 miR-4465和m...     

患者血清microRNA表达谱及相关生物信息学分析

探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者血清中microRNA(miRNA)的差异性表达谱,并通过生物信息学探索其意义。方法 下载GEO数据库开源数据集（GSE70080）,分析慢阻肺患者与正常人血清的miRNA差异性表达谱,分析其对慢阻肺的诊断价值,运用miRTarbase、Target Scan、PicTar 、miRDB等软件预测和筛选miRNAs的靶基因,并将得出的上述靶基因功能富集、信号通路及蛋白质互作网络分析。 结果 该数据集中慢阻肺与健康对照组血清差异表达的miRNA共62个(P＜0.05) ,其中较对照组上调8个,下调54个,上调miRNA和下调miRNA诊断慢阻肺的受试者曲线下面积分别为0.938和0.969。靶基因预测显示差异性表达miRNA共有15099个靶基因,GO功能分析显示上述靶基因主要涉及Wnt、MAPK、NF-κB等重要生物学过程,KEGG分析主要富集于Wnt、NF κB、MAPK等信号通路。miRNA和mRNA的网络图显示SLC4A8与多个miRNA相关。蛋白质互作网络显示靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,ACVR1B、ACVRL1、KRT2、KRT74、KRT82在互作网络中具有核心地位。结论 慢阻肺患者的血清miRNA存在差异性表达,miRNA可能通过调控靶基因参与调控相关的生物功能和通路参与慢阻肺发病机制调控     

横纹肌肉瘤相关差异miRNAs和靶基因的生物信息学分析

目的:运用生物信息学分析人正常横纹肌和横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RMS)差异miRNAs和靶基因,为研究RMS提供新思路.方法:GEO2R分析RMS组织的差异miRNAs,利用Sangerbox绘制火山图.TargetScan、miRDB、miRwalk预测靶基因并利用Veen分析交集靶基因.Enrichr分析靶基因的GO富集分析和KEGG信号通路.Cytoscape结合生存分析筛选hub基因及miRNAs与hub基因的分子调控网络.结果:GEO2R分析发现2549个差异miRNAs,上调和下调miRNAs分别有1318个和1231个,根据|log2FCl＞1.5,P＜0.05筛选出6个差异miRNAs(上调:miR-410-3p 、miR-381-3p、miR-483-3p和miR-376a-3p,下调:miR-29c-3p和miR-145-5p);TargetScan、miRDB、miRwalk分别预测6个差异miRNAs的靶基因后Veen图取交集的靶基因共计1262个;GO富集和KEGG信号通路分析靶基因富集于RNA聚合酶Ⅱ的调控、调节干细胞多能性的信号通路、Hippo信号通路等过程;Cytoscape筛选出top10 hub基因后结合生存曲线分析显示FBXL3高表达,SPSB4、VHL、SMAD4、NRAS、KRAS低表达时患者预后较好.结论:利用生物信息学分析正常横纹肌和横纹肌肉瘤组织的差异miRNAs-靶基因,筛选出miR-145-5p (SPSB4、FBXL3、SMAD4、NRAS)、miR-29c-3p(VHL)、miR-381-3p(KRAS),可为横纹肌肉瘤的研究提供潜在的分子靶点.     

肺癌遗传易感差异表达miRNA的筛选及生物信息学分析

目的 肺癌是目前我国死亡率最高的恶性肿瘤,发病率和病死率持续升高,且预后较差,患者的5年生存率小于15％,严重威胁人们的健康。筛选肺癌遗传易感差异表达的miRNA,分析差异表达的miRNA的靶基因功能,可为进一步研究miRNA在肺癌发生发展过程中的作用提供实验基础。方法 采用高通量测序技术检测海南地区汉族肺癌患者和对照患者血清中差异表达的miRNA,通过生物信息学方法预测差异miRNAs的靶基因,并对靶基因进行GO功能富集分析、KEGG信号通路分析和蛋白相互作用分析。结果 肺癌患者和对照患者共筛选出3个显著差异表达的miRNA (P<0.05,|log2 (Fold Change)|≥1) ,且均呈下调状态。差异表达miRNAs所预测的靶基因显著参与癌症通路、 轴突导向通路、代谢通路,NUFIP2、PLAGL2、IGF1R基因编码的蛋白在互作网络中具有重要作用。结论 海南地区肺癌患者和对照患者间存在3个差异表达的miRNAs,这些miRNAs可能通过调控癌症、轴突导向、代谢等信号通路,调节下游靶蛋白参与肺癌的发生过程。     

人类表皮细胞衰老相关的microRNA差异性表达与信号通路分析

目的探讨衰老过程中表皮稳态的相关机制。方法使用生物信息学分析来鉴定与年龄有关的microRNAs以及下游调控的靶基因,通过微阵列数据[基因和microRNAs(miRNA)]使用GEO2R软件进行GO分析和KEGG信号通路分析。使用Cytoscape(v.3.5.1)预测miRNA-基因互作网络和关键基因。结果通过生物信息学技术,确定了人类表皮差异miRNA以及其调控的靶基因参与的信号通路。结论表皮信号通路的确定为改善年龄相关性皮肤疾病的治疗提供理论依据。     

APP/PS1转基因小鼠脑组织环状RNA的差异表达谱及相关ceRNA构建

目的：探讨阿尔茨海默病(AD)模型小鼠脑组织中环状RNA(circRNA)的差异表达谱,构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络,明确circRNA在AD发生中的调控机制。方法：采用基因芯片技术检测APP/PS1转基因AD模型小鼠大脑中circRNA的差异表达,对差异circRNA进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,采用实时定量聚合酶链反应验证随机选取的5个差异表达的circRNA,构建circRNA-miRNA-mRNA,进行AD靶基因功能预测分析。结果：共筛选出52个差异表达的circRNA,其中28个上调,24个下调。GO和KEGG的富集分析结果显示,差异表达的circRNA的亲本基因主要参与神经系统发育、蛋白质结合、RNA运输、调控干细胞多能性的信号通路和Hippo信号通路。生物学信息分析成功构建circRNA-miRNA-mRNA的竞争性内源(ceRNA)网络,显示这些靶基因富集的功能可能通过小分子结合、浆膜、cAMP信号通路和Rap1信号通路发挥作用。结论：AD模型小鼠大脑中存在多种差异表达的circRNA,这些差异基因可能通过ci...     

高血压脑出血患者脑组织microRNA表达谱及生物信息学分析

目的 构建高血压脑出血患者脑组织差异表达miRNA,并进行生物信息学分析。方法 选取行高血压脑出血手术患者脑血肿腔壁脑组织标本16例，同期选择重型颅脑损伤且具有高血压病史患者脑组织标本16例作为对照组。通过Trizol法提取标本总RNA,筛选出差异表达的miRNA。利用生物信息学技术分析差异表达miRNA的特点，通过String数据库得到靶基因蛋白互作分析结果，Cytoscape软件进行miRNA-mRNA核心调控网络可视化。结果 实验组与对照组相比较共筛选出差异表达miRNA 43个(P<0.05),其中上调miRNA共7个，下调miRNA共36个。对差异miRNA的靶基因进行KEGG/GO富集分析，得到与高血压脑出血相关的信号通路：cAMP信号通路、ErbB信号通路、Calcium信号通路、Wnt信号通路(P<0.05)。构建miRNA-mRNA可视化网络图，发现关联度最高的miRNA为：hsa-miR-1303、hsa-miR-1972、hsa-miR-362-3p、hsa-miR-101-3p、hsa-miR-378d, PPI蛋白互作分析发现连接度最高的前三个基因为：MAPK1、GRB2和RAC1。结论 差异miRNA可能在自发性高血压脑出血的发病机制中具有重要作用，可能为自发性高血压脑出血的治疗及预防提供潜在治疗靶点及方向。     

基于mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及功能的初步分析

对Mn2+调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析,筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能,探究Mn2+对小鼠巨噬细胞的调控作用。采用MnCl2 和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h,利用mRNA-Seq方法筛选出Mn2+调控巨噬细胞的差异表达基因,并对差异基因进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesm, KEGG）和基因本体论（Gene Ontology, GO）通路富集分析及qRT-PCR的验证。通过整合数据库信息和分析获得1637个差异表达基因,其中表达明显上调的基因有912个,表达明显下调的基因有725个,其中与免疫相关差异最显著的10个基因qRT-PCR验证结果与mRNA测序分析趋势一致。GO富集分析表明10个差异基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化及转录因子调控等生物活性,KEGG通路主要富集在PI3-Akt、NF-κB信号通路。通过mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及其GO和KEGG富集分析,结果表明Mn2+对巨噬细胞具有明显的免疫调节作用。     

溃疡性结肠炎免疫关键基因机制分析及中药筛选

目的 基于生物信息学技术,筛选溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis, UC)关键免疫靶基因,分析相关机制,筛选有效治疗中药,为UC基础研究及中医药精准辨证治疗提供理论支持。方法 应用GEO数据集、ImmPort数据库、SRTING数据库、cytoHubba插件等筛选UC关键免疫靶基因。对靶基因进行logistic单因素分析,应用cor函数进行相关性分析,应用CIBERSORT算法进行免疫浸润分析,应用Enrichr数据库进行KEGG、GO富集分析,通过miRWalk、RNA22、RNAInter、TargetScan数据库检索筛选miRNA,并通过Coremine Medical数据库筛选潜在治疗中药。结果 筛选出15个靶基因呈表达上调,均为UC独立危险因素。免疫浸润分析显示,CD4⁺记忆性T细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、中性粒细胞等在组间差异表达,且靶基因与免疫细胞相关性密切。KEGG分析IL-17信号通路、TNF信号通路等是重要通路,GO分析生物过程主要在中性粒细胞、粒细胞趋化作用等方面,细胞成分主要在三级颗粒管、含胶原蛋白的细胞外基质等方面...     

miR-181b-5p在胆绿素治疗脑缺血再灌注损伤中的靶基因预测及鉴定

目的:对Small RNA测序中筛选出的mo-miR-181b-5p进行靶基因预测、生物信息学分析及鉴定,以期为miR-181b-5p在胆绿素治疗大鼠脑缺血再灌注损伤中的生物学作用奠定基础.方法:分别用TargetScan、miRDB、miRwalk 3个数据库预测mo-miR-181b-5p的靶基因,取3个数据库的交集靶基因进行基因功能富集分析(gene ontology)及信号通路富集分析(KEGG pathway analysis).采用双荧光素酶基因报告实验对靶基因进行验证,同时通过RT-QPCR和Western blot检测大鼠血管内皮细胞中过表达miR-181b-5p后内皮细胞特异性分子1(Esm1)的表达变化.结果:3个数据库交集的靶基因共有28个,这些交集靶基因主要富集于调节刺激反应(P=0.013)、调节细胞增长(P=0.014)、积极调控(P=0.048)等生物过程GO条目中;而细胞成分层面主要富集于细胞内膜结合细胞器(P=0.045)、黏附连接(P=0.049)等GO条目中;分子功能层面,靶基因主要富集于与mRNA 5'-UTR结合(P=0.017)、受体结合(P=0.032)、蛋白质结合(P=0.046)等GO条目中.信号通路主要富集于突触小泡循环(P=0.024)、基础转录因子(P=0.040)、RIG-I样受体信号通路(P=0.047)等通路中.双荧光素酶基因报告实验结果揭示了miR-181b-5p可以靶向调控Esm1基因.另外,RT-QPCR和Western blot结果显示在大鼠血管内皮细胞中过表达miR-181b-5p可负向调控Esm1.结论:mo-miR-181b-5p可能通过靶向调控Esm1基因而在胆绿素治疗大鼠脑缺血再灌注损伤中发挥生物活性作用.     

生物信息学分析类风湿性关节炎相关间质性肺病Hub基因及其通路的鉴定

目的 明确类风湿性关节炎相关间质性肺病(RA-ILD)发病的潜在分子靶标及通路。方法 NCBI-GEO分别下载类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLS)及间质性肺病(ILD)肺脏组织基因原始表达谱矩阵文件(GSE128813,GSE47460),利用R软件筛选两个数据集的差异表达基因,并获取共同差异表达基因,即目的基因。同时,利用DAVID工具对目的基因进行基因本体论(GO)及通路富集(KEGG)分析。利用STRING数据库和Cyto-scape软件构建目的基因与转录因子(TF)调控网络图并筛选Hub基因。结果 通过对两个基因数据集的差异表达基因(DEGs)取交集获得43个目的基因。GO分析显示,生物学过程主要富集于胶原蛋白分解代谢及间充质细胞增殖等过程;细胞成分组主要富集于细胞外基质等方面;分子功能组主要富集于肝素结合等方面;KEGG通路主要富集于类风湿性关节炎、癌症等通路。蛋白质网络分析筛选出基质金属酶1(MMP1)、基质金属酶3(MMP3)、去整合素金属蛋白酶3(ADAMTS3)、拓扑异构酶2A(TOP2A)等8个关键(Hub)基因。结论 通过生物信息学分析发现的Hub基因及...