依赖利福平结核分枝杆菌相关蛋白的氨基酸及其编码基因序列研究

目的 研究临床依赖利福平结核分枝杆菌（依R菌）相关蛋白的氨基酸及其编码基因序列。方法以罗氏绝对浓度法药敏实验鉴定临床依R菌株（49株）、耐R菌株（54株）和R敏感菌株（30株），用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺电泳（SDS-PAGE）法对不同临床菌株及H37Rv标准株共计134株菌株的菌体蛋白质图谱进行比较分析，通过Q-TOF2型毛细管液相色谱-电喷雾-四极杆-飞行时间串联质谱仪（LC-ESI-MS-MS）对其差异表达蛋白的氨基酸序列进行鉴定，并用对其蛋白的编码基因进行DNA序列分析。结果不同菌株的SDS-PAGE菌体蛋白图谱基本相似。49株依R菌有4l株（84％）在含R管中的菌体蛋白图谱有一条相同的高表达蛋白带（相对于标准物分子质量43000的下端），约占总菌体蛋白的30％～50％，H37Rv标准株、28株R敏感菌（28／30）及44株耐R菌（44／54）的含R管和对照管的蛋白图谱相似，且无相应的高表达现象；该高表达蛋白经氨基酸序列鉴定为结核分枝杆菌H37Rv假设蛋白Rv0341，相对分子质量为43894，等电点（PI）5．25，得分183。不同菌株的Rv0341编码基因1440bp扩增片段，经DNA测序分析均未发现突变。结论利福平对Rv0341在依R菌中的表达有上调作用，Rv0341与依R菌相关，可视为依R菌的相关蛋白或标志物；Rv0341与依R菌的毒力及细胞壁的合成是否相关有进一步的研究价值。     

结核分枝杆菌利福平依赖株与耐药株的耐药状况比较

目的 调查结核分枝杆菌利福平依赖株和耐药株对临床常用抗结核药物的耐药性差异,并探讨其临床意义。 方法 采用匡氏双相琼脂培养基分离痰结核分枝杆菌并作耐药性和依赖性测定。 结果依赖组菌株对8种药物的耐药率均高于耐药组菌株,2组菌株对链霉素(S)、乙胺丁醇(E)、对氨基水杨酸 (PAS)、阿米卡星(Am)的耐药率差异有统计学意义(P<0.05),对左氧氟沙星(Lfx)的耐药率差异有统计学意义(P<0.01);100%依赖株和98.6%耐药株为MDR株;依赖株和耐药株中XDR菌株的比例分别为14.6%和5.8%,P=0.05。 结论 结核分枝杆菌利福平依赖株均为MDR株,对一线和二线抗结核药物耐药率高,XDR株比例高,应予高度警惕和关注。     

单耐利福平结核分枝杆菌耐药分子机制研究

目的 探讨单耐利福平结核分枝杆菌中耐药相关基因突变以及药物外排泵两种不同耐药机制的功能。 方法 从国家结核病参比实验室2007-2008年全国耐药基线调查菌株库中挑选单耐利福平的菌株23株。采用直接测序法检测利福平耐药相关基因rpoB突变情况。提取rpoB无突变菌株的RNA后反转录并采用real-time PCR方法检测20个药物外排泵基因的表达量,对比菌株最低抑菌浓度（minimum inhibitory concentration,MIC）实验结果,筛选可能与利福平药物外排相关的基因,并选用大肠埃希菌为模式生物,构建表达载体,检测过表达目的外排泵的大肠埃希菌对利福平的耐药程度以验证。结果 在23株单耐利福平的菌株中,有16株（69.6%）检测到rpoB突变,其中包括531位点突变9株,526位点突变6株及533位点突变1株。Ser531Leu、His526Asp表现为高浓度耐药,其MIC分别为192 μg/ml和256 μg/ml;而突变类型His526Gly、His526Leu、His526Arg和Leu533Pro表现为低浓度耐药,其MIC分别为0.75 μg/ml、4 μg/ml、2 μg/ml和0.5 μg/ml。在rpoB未突变菌株中,通过real-time PCR发现Rv2936、Rv0783和Rv0933的转录水平与MIC呈正相关。在对照组和转入pEASY-E1-Rv0933的大肠埃希菌中MIC均为 8 μg/ml,而转入pEASY-E1-Rv2936和 pEASY-E1-Rv0783的大肠埃希菌的MIC均有不同程度的提高,分别为32 μg/ml和16 μg/ml。结论 不同耐药突变类型导致的耐药程度不同,Rv2936和Rv0783可能是与利福平耐药相关的的药物外排泵基因。     

结核分枝杆菌利福平依赖性的初步研究

目的 从耐利福平（RFP）结核分枝杆菌临床分离株中筛选RFP依赖的菌株,并在小鼠模型中验证RFP依赖现象,同时分析RFP依赖菌株的特征。 方法 采用7H11培养基绝对浓度法对46例临床分离菌株进行RFP依赖菌株筛选。以筛选得到的体外具有典型的RFP依赖现象的05116菌株建立气溶胶感染的小鼠模型,小鼠按照给药的种类和给药单位剂量分成对照组0.5%羧甲基纤维素钠（carboxymethyl cellulose sodium,CMC）、10 mg/kg Rfb（Rfb₁₀）组、10 mg/kg RFP（RFP₁₀）组、20 mg/kgRFP（RFP₂₀）组,每组各10只,观察给药4、8周的体质量、肺荷菌量及组织病理学改变在各组之间差异,以验证小鼠体内是否存在RFP依赖现象。比较RFP耐药株和依赖株的rpoB基因突变位点,以鉴定RFP依赖株的特征。数据以(x±s)表示,采用SPSS 11.0软件,组间比较采用单因素方差分析,以 P<0.01为差异有统计学意义。 结果 从46例RFP耐药的结核分枝杆菌临床分离株中筛选到18例RFP耐药伴依赖的菌株和28例RFP耐药非依赖的菌株。感染小鼠模型给药8周,各组小鼠的活菌计数从高到低依次为：RFP₂₀组（lgCFU为6.60±0.82）、RFP₁₀组（lgCFU为6.44±0.36）、Rfb₁₀组（lgCFU为6.32±0.55）、对照组(lgCFU为6.20±0.28),接近于最初感染的菌量（lgCFU为5.93±0.14）,但与对照组相比差异无统计学意义（F值分别为0.68、2.21、2.45,各组P值均大于0.05）。RFP耐药株8例和依赖株11例,分别有3/8和4/11的菌株在rpoB基因526位发生突变,2/8和6/11的菌株在rpoB基因531位发生突变。 结论 RFP临床耐药株中RFP依赖菌的检出率高,其RFP依赖现象在小鼠体内得到初步验证。RFP耐药株和依赖株的rpoB基因突变位点基本相同,因此RFP依赖的原因是表型变异还是其他因素尚有待进一步的实验证实。     

结核分枝杆菌对利福喷汀与利福平交叉耐药的实验研究

目的 观察利福喷汀对结核分枝杆菌的杀菌效力及其与利福平的交叉耐药性，探讨利福喷汀对结核分枝杆菌的实验室耐药界限，为临床应用利福喷汀治疗结核病，包括治疗对利福平耐药的结核病提供依据。方法 用7H9液体培养基、苏通液体培养基、改良罗氏固体培养基测定利福喷汀和利福平对结核分枝杆菌标准株(H37Rv)及临床分离的利福平敏感株、利福平耐药株的最低抑菌浓度(MIC)。结果 在7H9液体培养基上对临床分离的19株利福平敏感株分别测定利福平和利福喷汀的MIC，有80％利福平敏感株利福平的MIC≥0．32μg／ml，而利福喷汀的MIC多分布在0．02～0．32μg／ml之间(占84％)；无论标准株H37Rv、利福平敏感株(19株)或是利福平耐药株(45株)，利福喷汀对结核分枝杆菌的MIC普遍比利福平低2～4倍；利福喷汀敏感株和耐药株的MIC差别较大，在MIC为5～10μg／ml处能最大限度地区分敏感菌和耐药菌。结论 利福喷汀与利福平存在着交叉耐药，但利福喷汀比利福平有更强的杀菌效力，部分结核分枝杆菌对利福平达到临床耐药时，仍未达到利福喷汀临床耐药，对利福平耐药的部分结核分枝杆菌对利福喷汀仍具有一定程度的敏感性，提示临床上对利福平耐药的结核病患者使用利福喷汀可能有一定效果；实验结果对利福喷汀临界耐药界限进行了初步筛查，为利福喷汀常规药敏试验的开展提供了基本试验数据。     

噬菌体生物扩增法快速测定结核分枝杆菌利福平耐药性

目的　建立快速测定结核分枝杆菌利福平耐药性的噬菌体生物扩增法 ,并探讨其在结核分枝杆菌利福平耐药性测定中的应用价值。方法　应用噬菌体生物扩增法测定 5 2 4株结核分枝杆菌利福平耐药性 ,并与绝对浓度法结果进行比较 ,对不符合的菌株采用BactecMGIT 96 0测定其最低抑菌浓度 (MIC)。结果　噬菌体法测定 5 2 4株结核分枝杆菌临床分离株利福平敏感 30 1株、耐药 2 2 3株 ,绝对浓度法敏感 313株、耐药 2 11株 ;两法测定均为敏感 2 88株、均为耐药 198株。在 38株噬菌体法与绝对浓度法测定结果不符的菌株中 ,35株噬菌体法与MIC测定结果相符合。如以绝对浓度法药敏结果为判断标准 ,则噬菌体法测定利福平耐药性的敏感性为 93 8%、特异性为 92 0 %、阳性预测值为88 8%、阴性预测值为 95 7%、准确性为 92 7%。结论　噬菌体生物扩增法测定利福平耐药性只需 2天时间 ,操作简便 ,不需特殊仪器设备 ,可作为结核分枝杆菌利福平耐药性的快速筛选方法。     

结核分枝杆菌利福平依赖株和耐药株表观形态及分子生物学差异性分析

目的比较结核分枝杆菌利福平依赖株和耐药株在形态学及分子生物学方面的差异。方法制作利福平浓度梯度培养基,观察利福平依赖株和耐药株结核杆菌在含不同浓度利福平培养基上的菌落生长情况;采用抗酸染色和电镜观察二细菌的形态和超微结构;采用DNA测序技术分析细菌rpoB核心突变区的序列。结果利福平耐药菌株在200μg/ml利福平培养基上不生长,依赖株在700μg/ml药物培养基上生长旺盛。抗酸染色后电镜观察,利福平依赖菌株在含利福平培养基上生长良好,菌体粗大,细胞壁完整;对照培养基上的菌体细小,细胞壁破裂。测序分析二细菌在rpoB核心突变区均发生突变,其中依赖菌株的突变主要发生在531和526位,耐药株5个位点均有突变发生。结论利福平耐药株和依赖株结核分枝杆菌在形态学和超微结构上存在着明显差异,且这种差异可能与rpoB突变位点的不同存在一定相关性。     

应用微孔噬菌体扩增法检测结核分枝杆菌对利福平的敏感性

目的 应用并评价微孔噬菌体扩增法(micro-well phage replication assay，MPRA)快速检测临床结核分枝杆菌分离株对利福平的敏感性。方法 将适当浓度的利福平溶液作用于结核分枝杆菌临床分离株，一定时间后，加入噬菌体悬液。应用MPRA法检测利福平药物的敏感性。结果 应用绝对浓度法对利福平敏感的42株菌株中38株MPRA法敏感：绝对浓度法对利福平耐药的131株菌株中124株MPRA法耐药。MPRA法与绝对浓度法的符合率为93．6％(162／173)，与绝对浓度法相比，MPRA法的敏感度为94．7％(124／131)，特异度为90．5％(38/42)。结论 MPRA法不失为一种快速检测结核分枝杆菌对利福平敏感性的较好方法。     

210株结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究

目的了解结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点。方法对结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)81个碱基在内的286bp的片段进行PCR-SSCP分析,并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌的rpoB基因此扩增区域进行序列测定。结果共对210株结核分枝杆菌临床分离菌株进行了研究,其中利福平耐药株110株,非利福平耐药株40株,敏感株60株。PCR-SSCP检测显示110株利福平耐药株中有75株有突变存在,经测序分析,77.3%(58/75)的菌株发生rpoB基因的单位点突变,主要集中在456位60.3%(35/58)和451位25.9%(15/58);22.7%(25/110)的菌株发生了联合突变。此外,经PCR-SSCP检测,40株非利福平耐药株中有3株发生突变,60株敏感株中有2株发生突变。经直接测序分析突变涉及位点为436位、451位和460位。结论结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因是rpoB基因耐药决定区发生突变,其中456位丝氨酸和451位组氨酸是最常见的突变位点。     

山东省耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究

目的 分析山东省利福平耐药结核菌株rpoB基因突变特点.方法 本研究为回顾性调查,135株样本分别取自1997、2000及2003年的流行病学调查和医院的临床样本.采用PCR直接基因测序法分析rpoB基因突变.结果 135株结核菌中, 60株为利福平耐药菌株,其中 55株（91.7%）rpoB基因的利福平耐药决定区（RRDR）有突变.突变频率依次为密码子531（60.0%）,526（29.1%）和516 （7.3%）.1株耐药菌同时发生了少见的3个密码子（511,515,518）的多核苷酸突变.75株敏感菌株中, 仅3株（4.0%）有突变,均发生在密码子533,包括一个新发现的突变基因型CTG（Leu）→ATG（Met）.结论 来自山东省结核菌中,利福平耐药表型与rpoB基因突变的符合率为94.1%,并提示密码子533突变与利福平耐药表型相关性较低.     

依赖利福平结核分支杆菌在无利福平条件下的生长情况研究

目的 探讨依赖利福平结核分支杆菌（依R菌）在无R条件下的生长情况。方法 取初步研究的典型依R菌株，挑取最佳R浓度管中的单个菌落，制备10^-4mg/ml菌液，分别接种于L－J和12B液体培养基，37℃培养；对比观察不同试验管细菌的生长速度、特点以及光镜、电镜下的菌体形态。结果 L－J培养有R管2周可见菌落，无R管3周才见到细小菌落；12B液体培养，前者9天获得阳性指数，后者需13天。有R管中菌落生长粗大、凸起、花菜样、易刮取和乳化；无R管中菌落生长细小、扁平、荷包蛋样、不易刮取和乳化。光镜下有R管菌体粗大、深染；无R管菌体细小、浅染，且大小不等。透射电镜下有R管菌体细胞壁完整，无R管菌体细胞壁缺陷。结论 依R菌在无R条件下可呈细胞L型样改变。     

序列分析重庆地区耐利福平结核分支杆菌的rpoB基因突变

目的　研究重庆地区结核分支杆菌对利福平 (R)的耐受与rpoB基因突变的关系。方法　PCR扩增 6 7株分离自重庆地区肺结核患者的耐R结核分支杆菌的rpoB基因片段 (319bp) ;测定扩增片段的序列 ,并与野型株序列作对比分析。 结果　 6 7株临床分离的耐R株中 ,8株 (12 % )无变异 ,5 9株 (88% )有突变 ,突变涉及 8个氨基酸位点。突变有 14种类型 ,4 9株(83% )的突变为单个密码子取代 ,9株为双密码子取代 ,1株为 3个碱基 (一个密码子 )插入 ,未检出碱基缺失。突变高发位点为 5 31位 (37/ 5 9)密码子 ,其次为 5 16位 (13/ 5 9)和 5 2 6位 (7/ 5 9)。 3株菌在 4 77位的谷氨酸 (Glu) ,天冬氨酸 (Asp)突变为首次发现。结论　重庆地区结核分支杆菌耐利福平的发生与rpoB基因的突变密切相关 ,突变的类型与国外的报告基本相似。PCR扩增和产物测序将是临床检测结核分支杆菌耐利福平和耐多药的一种迅速、准确的方法     

临床分枝杆菌培养中同步筛检依赖利福平菌的应用价值探讨

目的 探讨分枝杆菌培养中同步筛检依赖利福平结核分枝杆菌（依R菌）的临床应用价值,以期为临床依R菌早期发现提供帮助。 方法 采用临床典型依R菌株在罗氏（L-J）培养基上的最佳生长利福平药物浓度100μg/ml（简称“L-J R100”）,建立临床依R菌初代筛检模式,即在临床分枝杆菌BD960快速分离培养中,平行接种L-J R100 管和罗氏空白对照管（L-J对照）培养;按照其模式对重庆市公共卫生医疗救治中心2011年3月7日至2012年2月15日期间共5362份临床标本平行培养结果进行统计分析（实验结果录入瑞美检验网络LIS系统）。 结果BD960、L-J R100和L-J对照管3种方法平行培养的总阳性检出率为43.92% (2355株/5362份),其中BD960阳性检出率39.56%（2121株/5362份）,L-J对照管阳性检出率25.57%（1371株/5362份）。BD960阴性但L-J对照管培养阳性者234份;L-J R100阳性703株,占检出阳性的29.85%(703株/2355株）;发现有依R菌现象的258株（合计221例,其中重复出现依R菌现象2次的33例、3次的1例、4次的3例,另外有14株L-J R100阳性而对照为阴性的绝对依赖株）,占L-J对照管阳性的18.82%（258株/1371株）,占L-J R100阳性的36.70%（258株/703株）。 结论 临床分枝杆菌培养中同步筛检依R菌能分离到绝对依赖株,可提早为临床提示分离阳性株是否为利福平依赖菌或耐药菌;同时可提高分枝杆菌培养阳性检出率;其方法简单易行,有较好的临床应用价值。     

用DNA 芯片快速检测结核分支杆菌对利福平的耐药性

目的：研制一种新型DNA芯片,用于结核分支杆菌对利福平的耐药性快速检测,方法：根据结核分支杆菌rpoB基因的序列信息设计探针并制作DNA芯片,PCR扩增并荧光标记包含结核分支杆菌rpoB基因突变热点的目的片段,与芯片杂交,同时以DNA测序法为对照,结果：17株随机抽取的耐利福平结核分支杆菌菌株有14株可用DNA芯片检测出来,效率可达83％,患者痰液中少量的DNA足够进行芯片检测,无须进行培养。结论：用DNA芯片来检测结核分支杆菌对利福平的耐药性具有较高的特异性和灵敏度,该法快速,精确,可以应用于临床耐药性检测。     

耐多药结核病快速诊断试剂盒检测耐药结核分枝杆菌的评价

目的 评价用耐多药结核病快速诊断(GenoType MTBDRplus)试剂盒检测耐利福平、异炳肼MTB的效果.方法 选取75株MTB临床分离株,采用耐多药结核病快速诊断试剂盒检测其中的耐药MTB,评价其敏感度和特异度及可重复性,并与常规的药物敏感性试验方法相比较.结果 耐多药结核病快速诊断试剂盒对上海地区的MTB临床分离株中耐利福平和耐异烟肼菌株的敏感度分别为98.0%和86.5%,对敏感菌株的特异度为100%.而在重复性试验中,耐多药结核病快速诊断试剂盒多次结果完全一致,重复性达到100%.结论 耐多药结核病快速诊断作为快速检测耐药MTB的试剂盒,对耐利福平和耐异烟肼菌株具有较高的敏感度和特异度,在上海地区有较好的应用前景.     

高通量测定技术检测结核分枝杆菌耐利福平的研究

目的 基于焦磷酸测序(pyrosequencing)技术，建立耐利福平结核分枝杆菌快速检测方法，并探讨其临床应用价值。方法 设计一对聚合酶链反应(PCR)引物，其中一引物经生物素化修饰，PCR扩增含耐药决定区一297bp长的rpoB基因片段，借用链亲和素包被磁珠纯化单链PCR产物。设计2个正向测序引物，运用pyrosequencing技术对耐药决定区进行序列测定。通过对一系列10倍稀释的结核分枝杆菌H37Rv标准株DNA进行分析，评价所建立方法的检测敏感性。通过对已知耐药表型的结核分枝杆菌临床分离株进行分析，评价所建立方法的检测特异性。结果：PCR扩增后，可在2h内得到耐药决定区序列。所建立方法的检测灵敏度为50fg DNA／反应。在所分析的利福平敏感株中均未检测到耐药决定区突变，而在耐利福平菌株中均检测到耐药决定区突变。结论 所建立的方法具有自动化程度高和结果准确等特点，适用于对耐利福平结核分枝杆菌进行快速高通量检测。