河北某非法采血村人群感染HCV基因亚型调查

目的 了解河北某非法采血村村民感染丙型肝炎病毒(HCV)基因亚型分布情况.方法 对该村全体村民采集静脉血标本计520份,无菌分离血清;以RT-PCR法扩增其中可利用的483份血清HCV之C/E1基因片段,双脱氧链终止法测序;用Mega4.0软件进行HCV系统进化分析,构建系统进化树,判定基因亚型.结果 483份标本中,HCV RNA阳性者70份,阳性率14.5%;基因分型1b亚型36例,占51.4%;2a亚型34例,占48.6%.结论 该村村民血清HCV检出率约为14.5%,远高于一般人群;HCV亚型构成为1b、2a各半.     

山东省HCV分离株C区及NS5区核苷酸序列分析及其基因分型

目的 研究山东省丙型肝炎病毒（HCV）流行株的基因型别,方法 用反转录套式聚合酶链反应（PCR）方法分别扩增山东省HCV流行株C区（432bp)NS5区（319bp)的两个基因片段,将其克隆人T载体上并自动测序,进行同源性分析及基因型别鉴定。结果 4株HCVC区基因片段有3株为1b基因亚型,1株为2a基因亚型,10株NS5区的基因片段分析均为1b基因亚型,并且与GenBank中多个1b亚型代表株核苷酸序列同源性达90%以上,结论 山东省HCV流行株以1b亚型为主,兼有2a亚型,同一亚型中也有较大的变异,NS5区1b亚型中基因散率可达5%以上。     

辽宁地区汉坦病毒分离株的基因分型

目的　分离辽宁地区汉坦病毒并对分离株 (SY 13)进行基因分型 ,以查清辽宁地区汉坦病毒流行株的基因型和基因亚型。方法　采用组织细胞培养法分离汉坦病毒 ;用RT PCR法分别扩增SY 13的M片段G1、G2区和S片段 ;采用邻位相连法 ,通过DNAStar、Clustalx、Phylip等序列分析软件分别对 3个基因片段的序列与从GenBank下载的序列进行同源性分析 ,并构建种系发生树。结果　通过对 3个基因片段进行比较分析 ,SY 13与HTN型同源性较高 ,为 79.3%～ 97.0 % ;通过M片段G2区的比较分析 ,SY 13与BAO 10、BAO 14、JIANG 13、BAO 9、Q 33处于同一分支 ,同源性为 95.0 %～97.0 %。结论　辽宁地区汉坦病毒SY 13株与黑龙江地区分离株属同一亚型 ,为HTN型病毒中的H4亚型     

乙型肝炎病毒基因分型及临床应用

目的:了解常州金坛地区乙型肝炎病毒基因分布特征,探讨基因型与肝功能损害、病毒复制水平的关系。方法:采用巢式聚合酶链反应(nest PCR),扩增乙型肝炎病毒S基因区,用末端标记方法对PCR产物标记并直接测序,测序结果和GenBank中登录的标准基因型序列相比较。结果:对该地区122例不同HBV感染者血清HBV DNA进行了基因分型,B型40例(占32.9%),C型82例(占67.1%),未发现B、C以外其他基因型;谷丙转氨酶(ALT)水平分别为(366.8±322.5)U/L和(354.3±315.2)U/L(t=0.339,P>0.05);HBV DNA含量(对数值)分别为(7.69±1.15)和(7.58±1.16)拷贝/m l(t=0.141,P>0.05);HBeAg阳性数分别为28/40和50/82(2χ=0.162,P>0.05);96例慢性乙型肝炎中B型为34例、C型为62例,18例肝硬化和肝癌患者检出B型3例、C型15例,二组比较2χ=7.72,P<0.01。结论:本地区HBV DNA基因型为B型和C型;二种基因型ALT水平、病毒复制水平和HBeAg表达水平均无显著性差异;C基因型与肝硬化和肝癌关系密切。     

乙型肝炎病毒基因分型及临床应用研究

目的了解常州地区乙型肝炎病毒基因型分布特征,探讨其基因型与肝功能损伤、病毒复制水平及对拉米夫定疗效的关系. 方法采用巢式聚合酶链反应 (nest-PCR), 扩增乙型肝炎病毒S基因区, 用末端标记方法对PCR产物标记并直接测序, 测序结果和GenBank中登录的标准基因型序列相比较. 结果对该地区146份不同HBV感染者血清HBV DNA进行了基因分型,B型51份 (34.9%),C型95份(65.1%),未发现B、C以外其他基因型;丙氨酸转氨酶(ALT)水平分别为383.8±335.7IU和364.3±333.7 IU,(t=0.335,P>0.05)、HBV DNA含量分别为107.795±1.22和107.69±1.19拷贝/毫升(t=0.138,P>0.05)、HBeAg 阳性数分别为36/51和64/95,(χ2=0.159,P>0.05);104例慢性乙型肝炎中B型为43例、C型为61例,28例肝硬化和肝癌患者检出B型4例、C型24例,二组比较χ2=7.65,P<0.01;23例B基因型患者和45例C基因型患者接受48周以上拉米夫定治疗,48周后反跳者B型为18例,C型为14例,χ2=13.49,P<0.001.结论本地区HBV DNA基因型为B型和C型;二种基因型丙氨酸转氨酶水平、病毒复制水平和HBeAg表达水平差异均无显著性;C基因型与肝硬化和肝癌关系密切;拉米夫定对C基因型患者的疗效强于B型.     

合肥地区输血后慢性肝炎HCV基因分型研究

目的：探讨合肥地区输血后慢性肝炎ＨＣＶ感染的基因型。方法：用逆转录聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）检测ＨＣＶＲＮＡ,对ＨＣＶＲＮＡ阳性标本用型特异引物ＰＣＲ进行ＨＣＶ分型。结果：６３ 例患者中检出ＨＣＶ　ＲＮＡ５４ 例,阳性率为８５．７％ ;其中Ⅱ型４６ 例（８５．２％）,Ⅲ型６ 例（１１．１％）,Ⅱ／Ⅲ型２ 例（３．７％）。结论：提示合肥地区ＨＣＶ感染大多数属Ⅱ型。     

线探针核酸杂交分析贵州地区HCV感染株基因型

目的　分析贵州地区丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）感染株的基因型。方法　用第二代线探针核酸杂交方法,对９８ 例ＨＣＶ感染者血清进行基因分型。结果　１２ 例献血员血清,均为ＨＣＶ１ｂ 型;１５ 例血液病患者中,１４ 例（９３－３％ ）为ＨＣＶ１ｂ ,１ 例（６－７％ ）为ＨＣＶ１ｂ ＋ ２ 型。慢性丙肝患者３７ 例中,ＨＣＶ１ｂ 型３４例（９１－９％ ） ,混合感染基因型３ 例（ＨＣＶ１ａ ＋ １ｂ 、ＨＣＶ１ｂ ＋ ２ 、ＨＣＶ１ａ ．１ｂ ＋ ２ａ２ｃ 各１ 例）。静脉药瘾者３４ 例,其中ＨＣＶ１ｂ 感染１３ 例（３８－２％ ） ,ＨＣＶ６ａ１０ 例（２９－４％ ） ,ＨＣＶ３ｂ４ 例（１１－８％ ） ,ＨＣＶ３ａ１ 例（２－９ ％） ,混合感染６ 例（１７－６ ％） ,大多为ＨＣＶ２ 复合其他基因型。结论　贵州地区ＨＣＶ感染者中,以ＨＣＶ１ｂ 基因型为主,其次为ＨＣＶ６ａ ,尚存在ＨＣＶ３ａ 和ＨＣＶ３ｂ 。其中ＨＣＶ３ａ、３ｂ 、６ａ ,在本地区系首次报告,但主要存在于静脉药瘾者中。虽然有混合感染基因型的存在,但其基因基础需测序分析     

丙型肝炎病毒血清学分型与基因分型研究

为了解某农村单采浆供血员人群所感染丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）的血清型和基因型构成，并对两种分型方法进行比较，本工作以ＨＣＶＣ区型特异性多肽对抗－ＨＣＶ进行血清学分型，对已确定血清型的血清进行５′非编码区（ＮＣＲ）逆转录套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ）和限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）分析以确定基因型，并对６份扩增产物进行序列测定。结果显示１４０份抗－ＨＣＶ阳性血清中，血清Ⅰ型和Ⅱ型分别为４４份（３１．４３％）和１２份（８．５７％），余８４份未能分型。４４株已知血清型的ＨＣＶ中，１ｂ、２ａ和３ｂ等３种基因型分别为３４株（７７．２７％）、９株（２０．４５％）和１株（２．２７％）。两种分型方法一致率为９３．１８％（４１／４４）。对６株ＨＣＶ５′ＮＣＲ的序列分析证实了ＲＦＬＰ分型的正确性。结论认为该人群ＨＣＶ感染以血清Ⅰ型或基因１ｂ型为主；Ｃ区型特异性多肽血清学分型法与ＲＦＬＰ基因分型法符合率高，具有一定应用价值。     

HCV基因分型研究进展

HCV基因型无论是对HCV的基础研究、临床治疗还是预防，都有着重要的意义。HCV的基因分型方法有很多，但都不是完善的，唯一的参比标准是HCV基因组测序。但各种方法对不同HCV领域的工作仍是必要的，目前HCV可分为11个基因型，80多个基因亚基。     

重症急性呼吸道感染儿童中人博卡病毒的分型检测与基因进化分析

目的 了解重症急性呼吸道感染住院儿童中人博卡病毒（HBoV）的感染状况,流行病学特征及其进化特征.方法 采用巢式PCR的方法,对来自北京儿童医院重症急性呼吸道感染住院儿童的259份鼻咽抽吸物,进行人博卡病毒（HBoV）分型检测与测序,同时进行了合并感染检测、流行病学、临床特点及基因多态性分析.结果 共检出56份人博卡病毒感染阳性标本,阳性率为21.6％,[95％ CI（16.0％～27.3％）,P＜0.0001],其中2岁以下儿童感染率较高.与其他呼吸道常见病毒的合并感染率为94.6％.HBoV阳性产物测序分析发现,人博卡病毒1型占96.4％ （54/56）,2、3型各1份.HBoV阳性株分型区（VP1/VP2）序列变异不明显.结论 人博卡病毒是儿童急性呼吸道感染常见的病原体,以I型最为常见,分型区（VP1/VP2）序列较保守.HBoV在重症急性呼吸道感染儿童中是否起到真正的致病作用还需进一步的研究.     

烟台沿海地区人源和猪源戊型肝炎病毒基因型别的研究

目的 调查烟台市沿海地区人源与猪源戊型肝炎病毒(HEV)基因型别的相关性.方法 应用逆转录一巢式聚合酶联反应( RT-nPCR)方法对当地急性散发戊型肝炎患者、正常人群中抗HEV-IgM阳性者和当地养猪场的猪进行HEV RNA检测,并对HEV RNA阳性标本进行克隆测序和序列分析.结果 16例急性散发戊型肝炎患者中有7例粪便标本HEV RNA阳性;51份lgM阳性正常人群血清标本中有1份HEV RNA阳性;34份猪胆汁标本中有1份HEV RNA阳性.序列分析发现该地区HEV人株与猪株在ORF2部分区域的核苷酸序列同源性为87％～ 98.1％.7株患者的戊肝病毒基因型和1株猪的戊肝病毒基因型均为Ⅳ型,基因序列同源性在87％ ～ 98.1％之间;其中有6例患者和猪的基因序列同源性在93.9％ ～98.1％之间,为Ⅳ型a亚型;1例患者和猪的基因序列同源性为87％,为Ⅳ型d亚型.正常人群的1例戊肝病毒基因型为Ⅰ型d亚型.该地区人与猪HEV的ORF2的部分基因片段与HEV Ⅰ～Ⅳ型的代表株进行比较,核苷酸序列同源性分别是82.5％～100％,81.7％ ～92.9％,81.4％ ～93.9％,84.9％ ～ 100％.结论 该地区人群中流行的HEV存在2个基因型3个亚型,主要以基因Ⅳa型为主,与猪群中流行的HEV基因Ⅳa型同源性较高;HEV Ⅰ型在人群中散在存在.     

烟台沿海地区人源和猪源戊型肝炎病毒基因型别的研究

目的调查烟台市沿海地区人源与猪源戊型肝炎病毒（HEV）基因型别的相关性。方法应用逆转录一巢式聚合酶联反应（RT—nPcR）方法对当地急性散发戊型肝炎患者、正常人群中抗HEV-IgM阳性者和当地养猪场的猪进行HEVRNA检测,并对HEVRNA阳性标本进行克隆测序和序列分析。结果16例急性散发戊型肝炎患者中有7例粪便标本HEVRNA阳性;51份IgM阳性正常人群血清标本中有1份HEVRNA阳性;34份猪胆汁标本中有1份HEVRNA阳性。序列分析发现该地区HEV人株与猪株在ORF2部分区域的核苷酸序列同源性为87％～98．1％。7株患者的戊肝病毒基因型和1株猪的戊肝病毒基因型均为Ⅳ型,基因序列同源性在87％～98．1％之间;其中有6例患者和猪的基因序列同源性在93．9％～98．1％之间,为Ⅳ型a亚型;1例患者和猪的基因序列同源性为87％,为Ⅳ型d亚型。正常人群的1例戊肝病毒基因型为Ⅰ型d亚型。该地区人与猪HEV的ORF2的部分基因片段与HEVⅠ～Ⅳ型的代表株进行比较,核苷酸序列同源性分别是82．5％～100％,81．7％～92．9％,81．4％～93．9％,84．9％～100％。结论该地区人群中流行的HEV存在2个基因型3个亚型,主要以基因Ⅳa型为主,与猪群中流行的HEV基因Ⅳa型同源性较高;HEVI型在人群中散在存在。     

荧光定量分型PCR、多重PCR和测序检测HBV基因型的方法学比较

目的 比较荧光定量分型PCR、直接测序和多重PCR三种HBV基因分型法,对本实验室建立的荧光定量分型PCR方法进行评价.方法 用多重PCR、直接测序和荧光定量分型PCR法检测113份HBV DNA阳性的临床样本.结果 荧光定量分型PCR和直接测序法检出率100%,多重PCR法检出率94.69%,6份样本未能分型.荧光定量分型PCR和多重PCR的Kappa系数0.915,荧光定量分型PCR和直接测序法的Kappa系数0.742,一致性均较好.对B/C基因型混合感染样本,荧光定量分型PCR法检出28例(24.78%),多重PCR法检出19例(16.81%),直接测序法检出13例(11.50%).结论 荧光定量分型PCR分型结果准确可靠,对基因型混合感染样本的检出率明显高于多重PCR及直接测序法,是一种高效、简便、快速、准确的HBV基因分型法,适用于大规模流行病学调查.     

2008年甘肃省新分离乙脑病毒的分子生物学特征

目的 对2008年甘肃省新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行序列测定和分析,明确新分离病毒的基因型别并对E基因序列的分子特征进行分析.方法 对新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行PCR扩增并测定序列.使用ClustalX2.09、MegAlign和Mega4软件对核苷酸和氨基酸序列进行分析并绘制系统发生树.结果 系统进化分析结果显示6株病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,并且与2001和2002年越南分离株、2004年日本分离株及2004年我国四川省分离株进化关系较近.新分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,E基因核苷酸同源性为87.5%～87.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%.新分离株与疫苗株在E基因区段存在11处共同位点的氨基酸差异.结论 2008年甘肃省分离的乙脑病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,新分离株E基因氨基酸序列与疫苗株相比有部分差异,但均不属于决定抗原性的关键位点.     

2008年辽宁省乙脑病毒分离株全基因组特征分析

目的 对2008年分离自辽宁蚊虫的乙脑病毒株进行全基因组序列测定和分析,了解其全基因组特征.方法 使用针对乙脑病毒全基因组测序引物,RT-PCR扩增片段,完成对病毒全基因组序列的测定.应用Chstal X(1.83)、ATGC(V4)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件完成全基因组核苷酸和氨基酸序列分析及病毒的系统进化分析.结果 乙脑病毒LN0828株基因组全长10 965个核苷酸,其中从97位到10 392位为开放读码框,编码3432个氨基酸.与GenBank中的32株乙脑病毒在全基因组水平的核苷酸总体差异率为1.6%～16.4%,氨基酸总体差异率为0.3%～5.1%.与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,编码区共存在1186个核苷酸差异,86个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示LN0828株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 与该地区2002年和2007年乙脑病毒分离株高度同源,关键位点氨基酸未见变异.     

山西省乙型肝炎病毒基因型别的初步研究

目的 初步确定流行于山西地区的乙肝病毒的基因型的基本情况。方法 采集山西地区乙型肝炎表面抗原阳性的血清，利用PCR扩增得到HBV的S基因和C基因；用MEGA3软件对其进行核苷酸序列分析，构建系统发生树，分析基因型。结果 约93％样本的HBVS基因和C基因序列均位于HBV系统发生树的基因型C，近7％的样本其S基因和C基因序列位于系统发生树的基因型B。结论 流行于山西地区的乙肝病毒多数为基因型C，少数为基因型B，未发现基因重组现象。     

沈阳地区乙型肝炎病毒基因型分子流行病学研究

目的 研究沈阳地区乙型肝炎病毒基因型分布和特点。方法 应用半巢式聚合酶链反应（PCR）扩增乙型肝炎病毒P基因，将PCR产物应用ABI377自动测序仪直接做核苷酸序列分析，并用DNA STAR软件进行种系发生分析及基因型鉴定。结果 HBV DNA标准株P基因片段可进行基因分型。在沈阳地区慢性HBV感染者中可检出基因型B、C和D，检出率分别为22％、50％和28％，基因型C分布与基因型B、D的差异有统计学意义，在慢性乙型肝炎患者和慢性HBV携带者间各基因型间分布比较中差异无统计学意义。结论 通过测定HBV DNAP基因序列片段可进行HBV DNA基因分型。沈阳地区乙型肝炎病毒基因型有基因型B、C和D型，其中基因型C为优势基因型。     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点分析

目的分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点。方法收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构一非结构蛋白VP3-VPl-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点。结果42株HAV病毒株在VPl-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89．1％～100％和97．3％～100％;在全长结构蛋白VP3-VPl区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87．6％～100％和98．8％～100％。VPl-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸同源性为98．4％～100％,0～2个氨基酸位点不同。本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异。结论42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型。本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异。VPl-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VPl区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守。     

广西HCV高危人群庚型肝炎病毒的新基因型核苷酸序列分析

目的 探讨广西HCv高危人群庚型肝炎病毒(HGv)的感染情况及其新基因型的核苷酸序列。方法 静脉药瘾者(IVDAs)85份、肝病患者(PLDs)80份和献血员(BDs)50份血清标本．用PCR法检测庚型肝炎病毒RNA，EIA法检测HBsAg、抗-HCV和抗-HIV；随机选出62份庚型肝炎病毒RNA阳性标本进行核苷酸序列分析，构建种系发生树作基因分型。结果 215份血清中HGv阳性者85份(39.53％)，HBsAg、抗-HGV和抗-HIV的阳性率分别为39.07％、42．79％和0；11份HGV RNA的测序结果证实其有3种基因型，其中5株为新基因型(亚洲型)，51份补测序，其中GBV—C型占3．23％，HGV型占30.65％，亚洲型占64．51％。结论 HGV的3种基因型中存在不同的基因亚型；广西IVDAs、PLDs和BDs中感染庚型肝炎病毒以亚洲型和HGV型为主。