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1.
四川省分离的基因1型乙型脑炎病毒分子特征分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 从四川省巴中市采集的蚊虫标本中分离乙型脑炎(简称乙脑)病毒(JEV),确定其基因型别,并分析相关的基因1型乙脑病毒PrM和E基因区段氨基酸序列特征.方法 对2004年采集蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的乙脑病毒进行生物学、血清学及分子生物学鉴定.逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X软件做碱基配对分析,MEGA4软件完成病毒进化分析,GENEDOC(3.2)软件完成氨基酸位点分析,根据蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白三维结构模拟预测分析.结果 共采集4668只蚊虫标本,主要是骚扰阿蚊和库蚊,分离到6株病毒,经鉴定均属于基因1型的乙脑病毒.将四川省分离的6个毒株结合我国新分离的基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株SA14-14-2株的PrM区段和E区段氨基酸比较,发现PrM区段在PrM2、64和65位存在基因1型乙脑病毒独有的氨基酸位点差异,E区段存在14处共同的氨基酸位点差异,其中在E129、222、327和366位点为中国目前分离到的基因1型乙脑病毒所特有的位点特征.结论 从四川省巴中市首次分离到基因1型的乙脑病毒,并发现基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株之间PrM、E基因区段存在氨基酸差异,但现行疫苗株理论上可以保护新分离的基因1型乙脑病毒. 相似文献
2.
目的 分析重庆地区儿童流行性乙型脑炎(简称乙脑)病毒分离株CQ11-66在PrM/C及E基因区的分子特征.方法 采集重庆医科大学附属儿童医院感染消化科诊断的流行性乙脑患者血液及脑脊液标本,通过接种BHK-21细胞检测并分离乙脑病毒,并对其PrM/C及E基因区测序.使用Clustal X(1.8)、MEGA5等生物学软件进行核苷酸序列、氨基酸序列及系统进化分析.结果 本研究仅从儿童乙脑患者脑脊液标本中分离到1株乙脑病毒,命名为CQ11-66.CQ11-66和其他国家及地区的乙脑病毒分离株相比,PrM/C基因区总体核苷酸及氨基酸序列同源性分别为74.8%~97.4%及85.6%~98.7%,而E基因区总体核苷酸及氨基酸序列同源性分别为81.6% ~ 99.6%及94.8% ~99.6%;CQ11-66株与福建省乙脑病毒人分离株相比较,在PrM/C、E基因核苷酸及氨基酸序列同源性均很高.基于PrM/C及E基因区核苷酸序列进行系统进化分析,CQ11-66株属于基因Ⅲ型.结论 在重庆市儿童乙脑患者标本中分离到1株乙脑病毒CQ11-66,CQ11-66株在PrM/C和F基因区核苷酸序列和氨基酸序列同其他乙脑病毒分离株存在一定的差异,且系统进化分析显示CQ11-66株属于乙脑病毒基因Ⅲ型. 相似文献
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目的 从四川省巴中市采集的蚊虫标本中分离乙型脑炎(简称乙脑)病毒(JEV),确定其基因型别,并分析相关的基因1型乙脑病毒PrM和E基因区段氨基酸序列特征.方法 对2004年采集蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的乙脑病毒进行生物学、血清学及分子生物学鉴定.逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X软件做碱基配对分析,MEGA4软件完成病毒进化分析,GENEDOC(3.2)软件完成氨基酸位点分析,根据蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白三维结构模拟预测分析.结果 共采集4668只蚊虫标本,主要是骚扰阿蚊和库蚊,分离到6株病毒,经鉴定均属于基因1型的乙脑病毒.将四川省分离的6个毒株结合我国新分离的基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株SA14-14-2株的PrM区段和E区段氨基酸比较,发现PrM区段在PrM2、64和65位存在基因1型乙脑病毒独有的氨基酸位点差异,E区段存在14处共同的氨基酸位点差异,其中在E129、222、327和366位点为中国目前分离到的基因1型乙脑病毒所特有的位点特征.结论 从四川省巴中市首次分离到基因1型的乙脑病毒,并发现基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株之间PrM、E基因区段存在氨基酸差异,但现行疫苗株理论上可以保护新分离的基因1型乙脑病毒. 相似文献
4.
目的 对1950年分离自我国黑龙江省患者脑脊液的乙脑病毒"47株"进行全基因组序列的测定和分析,全面了解其全基因组特征.方法 复苏毒种提取病毒RNA,使用自行设计的乙脑病毒全基因组扩增测序引物,完成对病毒全基因组序列的测定.采用DNAStar、Modeltest、Phylip等生物软件完成全基因组核苷酸、氨基酸序列差异分析和乙脑病毒全基因组的系统进化分析.结果 乙脑病毒"47株"全长10 977个核苷酸.96至10 391位为开放读码框ORF,共10 296个核苷酸,编码3432个氨基酸."47株"与5株疫苗株在全基因组水平的核苷酸差异在2.4%~4.4%之间,氨基酸差异在0.3%~1.1%之间.乙脑病毒全基因组最适进化模型为GTR+I+G.全基因组进化分析显示"47株"属于基因Ⅲ型乙脑病毒.结论 "47株"全基因组核苷酸和氨基酸高度保守,属于基因Ⅲ型乙脑病毒. 相似文献
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河南省唐河县分离到基因1型乙型脑炎病毒 总被引:2,自引:0,他引:2
目的 从河南省唐河县采集的蚊虫标本中分离乙型脑炎病毒(JEV)并确定其基因分型及E基因区段氨基酸序列特征.方法对2004年采集蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的乙脑病毒进行生物学、血清学及分子生物学鉴定.逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X软件做碱基配对分析,MEGA3.1完成病毒进化分析,GENEDOS(3.2)软件完成氨基酸位点分析.结果共采集3722只蚊虫标本,包括:库蚊、骚扰阿蚊、伊蚊及按蚊.从库蚊标本中分离到3株属于基因1型的乙脑病毒,E区段核苷酸和氨基酸与减毒活疫苗株SA14-14-2株的同源性分别为86.9%~87.7%,氨基酸同源性为95.2%~97.0%,存在12处共同的氨基酸位点差异.结论从河南省唐河县首次分离到基因1型的乙脑病毒.E基因与疫苗株相比有部分氨基酸差异,但现行疫苗株理论上可以保护新分离乙脑病毒. 相似文献
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我国新分离乙脑病毒02-76株的全基因序列特征 总被引:1,自引:0,他引:1
目的对我国新分离乙脑病毒02-76株进行全基因序列测定和分析,了解乙脑病毒基因组结构及毒力特性。方法设计乙脑病毒全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因序列。通过Clustal X(1.8)、DNASTAR、GENEDOC(3.2)等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析。结果新分离乙脑病毒02.76株全基因组全长10977个核苷酸,从96位到10391位,共10296个核苷酸编码一个开放阅读框,编码3432个氨基酸。与我国1949年分离的Beijing-1株相比较共存在248个核苷酸差异,16个氨基酸差异。与GenBank中选择的29株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸总体差异率为0.6%-15.1%,氨基酸总体差异率为0.2%-4.6%。通过PrM/C区段、E区段、3’NTR区段及全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因3型乙脑病毒。结论新分离的乙脑病毒02-76株属于基因3型,与中国分离株SA-14进化关系最接近。 相似文献
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目的 对2008年分离自辽宁蚊虫的乙脑病毒株进行全基因组序列测定和分析,了解其全基因组特征.方法 使用针对乙脑病毒全基因组测序引物,RT-PCR扩增片段,完成对病毒全基因组序列的测定.应用Chstal X(1.83)、ATGC(V4)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件完成全基因组核苷酸和氨基酸序列分析及病毒的系统进化分析.结果 乙脑病毒LN0828株基因组全长10 965个核苷酸,其中从97位到10 392位为开放读码框,编码3432个氨基酸.与GenBank中的32株乙脑病毒在全基因组水平的核苷酸总体差异率为1.6%~16.4%,氨基酸总体差异率为0.3%~5.1%.与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,编码区共存在1186个核苷酸差异,86个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示LN0828株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 与该地区2002年和2007年乙脑病毒分离株高度同源,关键位点氨基酸未见变异. 相似文献
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目的 对山东省新分离乙脑病毒SD08-10株进行全基因组序列测定和分析,全面了解其基因组特征.方法 设计乙脑病毒全基因组序列扩增引物,RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.采用Clestal X(1.8)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒SD08-10株基因组全长10 965个核苷酸,从97位到10 392位,共10 296个核苷酸编码一个开放阅读框,编码3432个氨基酸.与GenBank登录的所有59株乙脑病毒全基因组序列比较发现,其核苷酸总体差异率为0.7%~18.9%,氨基酸总体差异率为0.1%~5.2%.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株相比较,全基因组共存在1253个核苷酸差异,82个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示SD08-10属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒SD08-10株属于基因Ⅰ型,与2007年中国分离株SH17M-07进化关系最接近. 相似文献
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中国分离乙脑病毒与灭活疫苗株(P3株)E基因差异分析 总被引:5,自引:1,他引:5
目的 分析我国近年来从蚊虫及患者标本中分离的乙脑病毒与灭活疫苗株(P3株)之间在E基因区段核苷酸及氨基酸差异。方法 从GenBank中获取相应乙脑病毒株E基因区段核苷酸序列,通过Clustal X(1.8)、DNASTAR、GENEDOC(3.2)等生物学软件进行分析。结果 P3株与福建分离株之间核苷酸同源性在98.3%-98.5%之间、氨基酸同源性在98.2%-98.6%之间;P3株与上海分离株之间核苷酸同源性在88.0%-88.5%之间、氨基酸同源性在98.0%-98.4%之间。E基因区段500个氨基酸中P3株与所有新分离乙脑病毒株之间共存在19个位点的差异,其中在E-76、E-306、E-408处所有新分离毒株与P3株存在共同的差异;在E-160、E-487处福建分离株与P3株存在共同差异;上海分离株与P3株在E-129、E-222、E-227、E-366存在共同差异。结论 上海蚊虫中分离的Ⅰ型乙脑病毒和福建省脑炎患者中分离的Ⅲ型乙脑病毒与P3株在E基因的部分氨基酸位点存在差异,但均不处在影响病毒生物学特性的关键位点。 相似文献
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目的掌握福建省自然界蚊虫中乙型脑炎病毒感染率及基因型别特征。方法2010年在福建省三明市、建阳市和福州市采集蚊虫标本,研磨处理后采用乙脑病毒特异性检测引物进行分子筛查。PCR产物直接进行双向测序,应用ATGC、ClustalX(1.83)、MegAlign、GeneDoc3.2和Mega4等生物学软件完成全基因组序列拼接、比对和核苷酸与氨基酸同源性分析、系统进化分析。结果共采集6987只蚊虫标本,主要是三带喙库蚊和中华按蚊。3个监测点均检测到乙脑病毒核酸序列,三明市、建阳市和福州市蚊虫中乙脑病毒带毒率分别为1.25%、1.76%和0.65%。从建阳市采集的三带喙库蚊中扩增出1株乙脑病毒全基因序列,经鉴定所有检测到的乙脑病毒序列均属于基因I型。结论福建省自然界蚊虫中以基因I型乙脑病毒为主。 相似文献
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中国基因3型乙型脑炎病毒E基因分子特征 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 以减毒活疫苗(SA14-14-2株)为对照,分析我国分离的基因3型乙脑病毒E基因区段核苷酸及氨基酸序列分子特征.方法 从GenBank中获取相应乙脑病毒株E基因区段核苷酸序列,通过Clustal X(1.81)、DNAStar、GENEDOC(3.2)等生物学软件进行核苷酸和氨基酸位点差异分析.以蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白氨基酸位点分析.结果 我国不同地域、不同宿主分离的基因3型乙脑病毒与SA14-14-2株核苷酸同源性分别在96%和95%以上,氨基酸同源性在95%和94%以上.在同一地域、同一宿主类型分离的毒株之间核苷酸和氨基酸同源性非常高.在E基因区段存在10处共同的氨基酸位点差异,在结构域Ⅰ(E160)、结构域Ⅱ(E123和E227)和两个未在结构域中的氨基酸位点(E441和E487)等5个位点在部分基因3型乙脑病毒中存在差异.结论 我国分离的基因3型乙脑病毒与减毒活疫苗株(SA14-14-2株)E基因区段同源性高,存在5处基因3型乙脑病毒特异的氨基酸位点差异,但现行减毒活疫苗株理论上可以保护我国分离的基因3型乙脑病毒野毒株. 相似文献
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Wen-Jun Liu Ming Zhu Jing-Jing Pei Xiao-Ying DongWei Liu Ming-Qiu ZhaoJia-Ying Wang Hong-Chao GouYong-Wen Luo Jin-Ding Chen 《Virus research》2013
Japanese encephalitis virus (JEV) is one of the most important virus which causes encephalitis. This disease is most prevalent in the south, southeast and the east region of Asia. In this study, two JEV strains, named JEV/SW/GD/01/2009 and JEV/SW/GZ/09/2004, were isolated from aborted fetuses and seminal fluid of pigs in China. To determine the characteristic of these virus isolates, the virulence of two newly JEV isolates was investigated, the result evidenced that the JEV/SW/GD/01/2009 did not kill mice, while the JEV/SW/GZ/09/2004 displayed neurovirulence with 0.925 log10 p.f.u./LD50. Additionally, the full genome sequences of JEV were determined and compared with other known JEV strains. Results demonstrated that the genome of two JEV isolates was 10,976 nucleotides (nt) in length. As compared to the Chinese vaccine strain SA14-14-2, the JEV/SW/GD/01/2009 and the JEV/SW/GZ/09/2004 showed 99.7% and 97.5% identity at the nucleotide level, 99.6% and 96.7% identity at the amino acid level, respectively. Phylogenetic analysis, based on the full-length genome revealed that two JEV isolates were all clustered into genotype III compared to the reference strains. Furthermore, selection analyses revealed that dominant selective pressure acting on the JEV genome was purifying selection. Four sites under positive selection were identified: codon 521 (amino acid E-227), 2296 (amino acid NS4b-24), 3048 (amino acid NS5-521) and 3055 (amino acid NS5-528). Amino acid E-227 was proved to be related to neurovirulence. Taken together, the molecular epidemiology and functional of positively selected amino acid sites of two newly JEV isolates were fully understood, which might be helpful to predict possible changes in virulence. 相似文献
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目的 对2009年武汉市新分离的2株乙型脑炎(简称乙脑)病毒进行基因分型和序列分析,了解本地乙脑病毒株的分子生物学特性。方法 将2009年从三带喙库蚊中分离的两株乙型脑炎病毒用RT-PCR法扩增E基因,将其进行测序,并用DNAstar and MegAlign软件与其他基因型代表株进行比对。结果 16组样品检出两株阳性(WHJX9-09、WHJX10-09),这两株阳性均属于GI型。两株新分离JEV之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%和100%。同目前在武汉市使用的疫苗株SA-14-14-2相比,核苷酸同源性分别为87.4%、87.9%,氨基酸同源性为96.9%。共有15个氨基酸发生变异分布在3个不同结构域,中和位点没有变异但是神经毒力位点仍然存在。结论 武汉市本地新分离乙脑病毒基因型为GI型,不同于1988年在武汉检出的GⅢ型的基因型,和疫苗株SA-14-14-2相比,其神经毒力并没有减弱,但疫苗产生的抗体对新出现的GI型乙脑病毒仍有中和作用。因此提高乙脑疫苗的接种率并配合防蚊灭蚊措施对控制乙脑疫情依然至关重要。同时有必要对本市蚊虫及乙脑患者进行长期的病原学监测工作,为乙脑预测预警体系的建立提供科学依据。 相似文献
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流行性乙型脑炎病毒活疫苗株SA14-14-2基因稳定性研究 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 通过研究流行性乙型脑炎活疫苗减毒株基因稳定性,从分子水平证实流行性乙型脑炎活疫苗的遗传稳定性。方法分析流行性乙型脑炎活疫苗主种子、工作种子及其相应的疫苗病毒E蛋白基因核苷酸和氨基酸序列,并与其强毒株和基因库中乙脑病毒减毒株(AF15119)比较。结果乙脑活疫苗主种子、工作种子及其相应的疫苗病毒的E蛋白基因核苷酸序列完全相同。这些病毒E蛋白的氨基酸序列与基因库中乙脑病毒弱毒株(AF315119)比较显示第E447位点氨基酸有差异。结论乙脑病毒活疫苗减毒株遗传学特性稳定。 相似文献
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Harisankar Singha Baldev R. Gulati Prabhat Kumar Birendra K. Singh Nitin Virmani Raj K. Singh 《Archives of virology》2013,158(1):113-122
The complete genome of the Japanese encephalitis virus (JEV) strain JEV/eq/India/H225/2009(H225), isolated from an infected horse in India, was sequenced and compared to previously published JEV genomes. H225 genome was 10,977-nucleotides long, comprising a single ORF of 10,299-nucleotides, a 5′-UTR of 95 nucleotides and a 3′-UTR of 582 nucleotides. The H225 genome showed high levels of sequence identity with 47 fully sequenced JEV genomes, ranging from 99.3 % to 75.5 % for nucleotides and 99.2 % to 91.5 % for amino acid sequences. Phylogenetic analysis of the full-length sequence indicated that the H225 strain belongs to genotype III and is closely related to the Indian JEV strain Vellore P20778. A comparison of amino acids associated with neurovirulence in the E proteins and non-structural proteins of known virulent and attenuated JEV strains suggested H225 to be a highly virulent strain. This is the first report of whole-genome sequencing of a genotype III JEV genome isolated from equines. 相似文献
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从辽宁省再次分离到基因1型乙型脑炎病毒 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 了解2007年在辽宁省分离的乙型脑炎病毒基因型别及其病毒E基因分子特征.方法2006年8月在辽宁省东港市采集蚊虫标本,利用组织培养细胞进行病毒分离,对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定.结果从采集的30批,共1500只三带喙库蚊标本中分离到2株病毒,命名为LNDG07-02、LNDG07-16,经鉴定均为基因1型乙脑病毒.病毒E基因区段核苷酸和氨基酸序列与乙脑减毒活疫苗株(SA14-14-2株)的同源性分别为87.8%~88.0%和97.2%,新分离病毒E基因区段与疫苗株存在11处氨基酸位点差异,与2002年在辽宁省分离的乙脑病毒相比,未发现氨基酸位点变异.结论自2002年以来在东港市再次分离到基因1型乙脑病毒,与2002年在辽宁分离的基因1型乙脑病毒相比E基因区段氨基酸未发生变异.基因1型乙脑病毒在辽宁省东港市持续存在. 相似文献