麻风分枝杆菌基因分型及其多个患者家庭内传播的研究

目的探讨在特定地区和时期内采用多位点可变串联重复序列（VNTR）分析（MLVA）对麻风菌基因分型，以评价麻风病传播链。方法从云南省丘北县2002～2006年收集的患者皮损中提取麻风菌DNA，采用AC9、6-7，GTA9，AT17，AC8a，AT15，AT18七个VNTR位点的MLVA基因分型，观察不同基因型与地理分布的关系；与现场流行病学调查结合，开展传播链的研究。结果（1）系统发育树分析揭示：依据GTA9等位基因型的变化，可分为GTA9位点为9，11-13，15—26，〉26的A、B、C、D和E菌株。A菌株的GTA9等位基因型均为9，命名为A株。A株聚集分布在该县的北部，B株聚集分布在西北部，但C、D和E菌株基因型多变，散在分布。（2）该县北、西北部的5个高发家庭内的菌株为相同的A株。同一高发家庭内的患者，其菌株VNTR基因型一致或相似，但其他高发家庭之间的菌株基因型不相同。（3）在总菌株中，A菌株占有较高比例，且地理分布聚集，近期仍在传播。结论无论从家庭内或较小区域内收集菌株的分型结果显示，VNTR基因分型适合麻风菌分型和短传播链的研究。优势菌株或聚集株均为高发家系中发现的，因此推测高发家系可能作为乡村中的麻风菌的疫源和传染源。但需要较长时期证实A菌株是否为优势株。     

生殖道沙眼衣原体感染的分子流行病学研究进展

生殖道沙眼衣原体（CT）感染是全球范围内重要的性传播疾病,近年来发病率有上升趋势,加之其无症状感染者比例较大,疫情防控形势严峻。随着实验室技术和基因组学的发展,人们对生殖道CT分子流行病学的认识和研究正逐渐深入,以期更有效地监测其流行趋势和菌株变异。此文就生殖道CT分子的分型方法、基因多态性与疾病特征、检测方法等方面的研究进展作一综述。     

Multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis, Bangui, Central African Republic

We investigated multidrug-resistant (MDR) Mycobacterium tuberculosis strains in Bangui, Central African Republic. We found 39.6% with the same spoligotype and synonymous single nucleotide polymorphism in the mutT1 gene. However, strains had different rpoB mutations responsible for rifampin resistance. MDR strains in Bangui may emerge preferentially from a single, MDR-prone family.     

Risk factors for Mycobacterium ulcerans infection, southeastern Australia

Buruli/Bairnsdale ulcer (BU) is a severe skin and soft tissue disease caused by Mycobacterium ulcerans. To better understand how BU is acquired, we conducted a case-control study during a sustained outbreak in temperate southeastern Australia. We recruited 49 adult patients with BU and 609 control participants from a newly recognized BU-endemic area in southeastern Australia. Participants were asked about their lifestyle and insect exposure. Odds ratios were calculated by using logistic regression and were adjusted for age and location of residence. Odds of having BU were at least halved for those who frequently used insect repellent, wore long trousers outdoors, and immediately washed minor skin wounds; odds were at least doubled for those who received mosquito bites on the lower legs or lower arms. This study provides new circumstantial evidence that implicates mosquitoes in the transmission of M. ulcerans in southeastern Australia.     

Global Origin of Mycobacterium tuberculosis in the Midlands,UK

DNA fingerprinting data for 4,207 Mycobacterium tuberculosis isolates were combined with data from a computer program (Origins). Largest population groups were from England (n = 1,031) and India (n = 912), and most prevalent strains were the Euro-American (45%) and East African–Indian (34%) lineages. Combining geographic and molecular data can enhance cluster investigation.     

Universal genotyping in tuberculosis control program, New York City, 2001-2003

In 2001, New York City implemented genotyping to its tuberculosis (TB) control activities by using IS6110 restriction fragment length polymorphism (RFLP) and spoligotyping to type isolates from culture-positive TB patients. Results are used to identify previously unknown links among genotypically clustered patients, unidentified sites of transmission, and potential false-positive cultures. From 2001 to 2003, spoligotype and IS6110-based RFLP results were obtained for 90.7% of eligible and 93.7% of submitted isolates. Fifty-nine (2.4%) of 2,437 patient isolates had false-positive culture results, and 205 genotype clusters were identified, with 2-81 cases per cluster. Cluster investigations yielded 57 additional links and 17 additional sites of transmission. Four additional TB cases were identified as a result of case finding initiated through cluster investigations. Length of unnecessary treatment decreased among patients with false-positive cultures.     

江苏省260株结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型研究

目的 研究江苏省结核分枝杆菌DNA指纹图谱的分布特征,分析北京家族株与结核分枝杆菌耐药的关联性.方法 江苏省30个耐药监测点收集260株结核分枝杆菌分离株,应用比例法检测分离株对于一线抗结核药物(异烟肼、链霉素、利福平和乙胺丁醇)的耐药性,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法进行基因分型,使用Bio...     

基于分子网络的广西壮族自治区HIV传播热点和跨地区传播特征分析

目的 基于分子网络分析广西壮族自治区（广西）HIV传播热点和跨地区传播特征,为优化艾滋病精准防控策略提供证据。方法 整合1997-2020年采集的5 996条广西HIV pol区序列和165 534条公开发表的非广西HIV pol区序列,使用HIV-TRACE工具以0.5%成对基因距离阈值构建分子网络。结果 进入广西HIV传播热点分子网络的序列比例为31.5%（1 886/5 996）。在HIV跨地区传播分子网络中,省内连接占51.6%（2 613/5 062）,国内连接占48.0%（2 430/5 062）,国际连接占0.4%（19/5 062）。与广西跨地区连接的主要地区为广东省（49.5%,1 212/2 449）、北京市（17.5%,430/2 449）、上海市（6.9%,168/2 449）、四川省（5.7%,140/2 449）、云南省（4.2%,102/2 449）、陕西省（3.8%,93/2 449）、浙江省（2.8%,69/2 449）、海南省（2.0%,49/2 449）、安徽省（1.5%,37/2 449）和江苏省（1.3%,33/2 449）,其余地区与广西跨地区连接比例均<1.0%。进入广西HIV传播热点分子网络风险较高的影响因素包括≥50岁（相比于25~49岁,aOR=1.68,95%CI：1.46~1.95）、男性（相比于女性,aOR=1.21,95%CI：1.05~1.40）、未婚（相比于已婚,aOR=1.18,95%CI：1.00~1.39）、高中及以上文化程度（相比于初中及以下,aOR=1.21,95%CI：1.04~1.42）和男男性传播（相比于异性性传播,aOR=1.77,95%CI：1.48~2.12）。跨地区连接风险较高的影响因素包括男性（相比于女性：aOR=1.74,95%CI：1.13~2.75）,高中及以上文化程度（相比于初中及以下,aOR=1.96,95%CI：1.43~2.69）、自由职业/待业/退休（相比于农民,aOR=1.50,95%CI：1.07~2.11）、男男性传播（相比于异性性传播,aOR=3.28,95%CI：2.30~4.72）。结论 广西存在HIV传播热点,广西与国内地区组成复杂的跨地区传播网络。后续研究应针对分子网络分析推断的高风险人群开展社会网络调查,及时识别隐匿传播链,减少HIV二代传播。     

2004年、2007年山东省暴发点分离的流行性腮腺炎病毒株SH基因序列分析

[目的]探讨山东省流行性腮腺炎病毒（MuV）流行株的基因型分布及变异情况。[方法]2004年、2007年,分别从1个流行性腮腺炎暴发点中,采集疑似病例血清标本进行实验室早期诊断,同时采集患者腺管分泌液进行病毒分离,并将分离的病毒株进行SH基因序列分析。[结果]2004年（2株）、2007年（3株）分离的5株MuV野毒株均为F基因型,各株间核苷酸最大差异为3.9% 与F基因型代表株WLZ1CNA95（兰州）、WSJ1CNA9（上海）核苷酸的最大差异分别为3.9%、7.7% 与其他各型（B～L）的核苷酸最大差异为17.7% 与疫苗株的基因差异为17.4%。[结论]2004年以来,山东省流行的MuV优势株为F基因型,未发现病毒基因型间变异,基因型内变异趋势明显。     

福建省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究

目的 了解福建省结核分枝杆菌的多位点可变数目串联重复序列基因分型(MLVA)的特征.方法 选择15个可变数目串联重复位点(VNTR),检测福建省30个耐药监测点临床分离的结核菌株,结果使用BioNumerics (Version 4.5)软件进行聚类分析.结果 313株结核菌被分为9个基因群(Ⅰ～Ⅸ),分别包含220、9、48、2、1、3、10、10、10株菌,以Ⅰ群为主(70.3％,220/313);Ⅰ群菌株异烟肼、链霉素、乙胺丁醇和耐多药的耐药率与其他基因群的差异无统计学意义(P＞0.05),但利福平(RFP)耐药率为33.2％(73/220),明显高于其他群菌株RFP的耐药率20.4％(19/93),差异有统计学意义(P＜0.05).结论 福建省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅰ群菌株为主,并与RFP耐药性具有相关性,应加强此类菌株流行的监测.     

结核分支杆菌的分子检测技术研究进展

结核分枝杆菌是分支杆菌中最重要的一种细菌,是肺结核的病原。肺结核是世界上最常见的传染病之一,全球结核病防治面临巨大的挑战,过去多用细菌学、免疫学的方法对其进行检测。随着分子生物学的发展,分子生物学技术开始大量应用于结核分支杆菌的检测。本文就应用于结核分支杆菌检测的分子生物学技术发展概况作一综述。     

山东地区结核分枝杆菌临床菌株基因型特征研究

目的 探讨山东地区结核分枝杆菌临床分离菌株的基因型特征,评估不同基因型分布对于耐药结核菌近期传播的影响.方法 在山东地区选取13个结核病防治机构作为监测哨点收集临床分离菌株和相关信息,应用分枝杆菌散在重复单位(MIRU)技术分析结核分枝杆菌DNA多态性.结果 1年的研究期内共获得558株结核分枝杆菌,对12个MIRU位点进行检测共产生143个基因型,其中成簇基因型66个,成簇率86.2%.74.6%的菌株属于北京家族,177个(31.7%)菌株属于山东基因型.耐多药菌株的近期感染估计值明显低于敏感菌株.结论 山东地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,山东基因型菌株在人群中具有较强的传播能力.     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣系统基因多态性初步研究

目的 研究结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣(TAC)系统中higA、higB和Rv1957在结核分枝杆菌及其不同亚型菌株中的基因多态性,并探讨其生理意义。方法 选取183株结核分枝杆菌临床菌株,经间隔区寡核苷酸方法进行基因分型,同时分析TAC系统基因higA、higB和Rv1957的PCR扩增及序列,利用I-Mutant 2.0软件预测非同义突变对蛋白结构和功能的影响。结果 183株中138株(75.41%)属北京家族,45株(24.59%)属非北京家族。共149株菌(81.42%)的TAC系统发生突变,包括2种同义突变和6种非同义突变:同义突变发生于higA基因,仅见于北京家族菌株;3个基因均可见非同义突变,其中2种非同义突变仅见于非北京家族菌株,其余4种突变仅见于北京家族菌株。6种非同义突变中有4种突变可能影响蛋白的功能。位于higA基因的CAC121CAT突变位点在单耐链霉素和单耐利福平菌株中的突变频率高于敏感株,且差异有统计学意义(P<0.05)。结论 结核分枝杆菌中的TAC系统具有一定的基因多态性,其中北京家族呈现更高的多态性水平,可能更有利于适应不同的宿主环境。     

Mycobacterium tuberculosis infection of domesticated Asian elephants, Thailand

Four Asian elephants were confirmed to be infected with Mycobacterium tuberculosis by bacterial culture, other diagnostic procedures, and sequencing of 16S-23S rDNA internal transcribed spacer region, 16S rRNA, and gyrase B gene sequences. Genotyping showed that the infectious agents originated from 4 sources in Thailand. To identify infections, a combination of diagnostic assays is essential.     

Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis, Buenos Aires, Argentina

To analyze the molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis strains at a hospital in Buenos Aires, Argentina, and mutations related to multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis, we conducted a prospective case-control study. Our findings reinforce the value of incorporating already standardized molecular methods for rapidly detecting resistance.     

天津地区2013年百日咳感染状况及分子流行病学特征分析

目的 了解2013年天津地区百日咳感染状况及分子流行病学特点.方法 选取天津地区监测点181例百日咳疑似病例作为研究对象,采集鼻咽拭子和血清标本,应用Real-time PCR检测百日咳鲍特菌双目标基因,同时采用ELISA检测其特异性百日咳毒素IgG(PT-IgG).30份百日咳DNA阳性标本应用PCR扩增菌毛蛋白2(FIM2)、菌毛蛋白3(FIM3)基因,并对PCR产物进行DNA测序分析.结果 148例百日咳病例Real-time PCR检测阳性率为68.24%;108例PT-IgG检测阳性率为55.56%.101例核酸阳性病例的病程中位数为11 d;60例PT-IgG阳性病例的病程M为21 d.<1岁病例的Real-time PCR检测阳性率为84.28%,与其他年龄段阳性率比较差异有统计学意义.30份标本百日咳鲍特菌基因核苷酸同源性为99.6%～100.0%,与GenBank中国际标准株TohamaI、中国疫苗株同源性为99%.结论 2013年天津地区流行的百日咳鲍特菌与国际标准株及中国疫苗株亲缘关系较近,<1岁病例Real-time PCR检测阳性率高于其他年龄段.