MassARRAY Assay高通量技术检测胃癌LTA单核苷酸多态性及其临床应用

目的探讨LTA基因单核苷酸多态性与胃癌易感性的相关性。方法选择60例胃癌患者和60例健康人群为研究对象。采用Mass ARRAY Assay高通量技术检测淋巴毒素-α(LTA)基因单核苷酸(SNP)位点rs909253基因多态性,分析其出现频率及与胃癌易感性的相关性。结果胃癌组与正常组在AA基因频率(20.00%vs.21.67%)差异无统计学意义;G等位基因、GA、GG+GA基因型或变异基因型与胃癌易感风险相关[OR(95%CI):1.48(1.15~1.99)、1.36(1.05~1.68、1.32(1.22~1.65)]。结论 LTA基因rs909253位点单核苷酸多态性与胃癌易感性相关,G等位基因、GG、GA、GG+GA基因型或变异基因型可能是胃癌发病的危险因素。     

中国人群ERCC5基因多态性与胃癌易感相关性研究的荟萃分析

目的探讨ERCC5基因6个单核苷酸多态性位点rs17655CG、rs751402CT、rs2094258AG、rs2296147CT、rs1047768CT、rs873601GA基因多态性与中国人群胃癌易感性的关系。方法检索Pub Med、知网、万方及维普数据库,收集2016年9月前有关ERCC5基因多态性及胃癌易感性关系的研究资料。STATA(12.0)软件进行荟萃(meta)分析,计算合并比值比(OR)及95%可信区间(CI),行敏感性分析和发表偏倚评估。结果 rs17655CG位点纳入7项研究,病例组1 313例,对照组1 736例,该位点基因多态性与总体人群胃癌易感性无明显相关,地域亚组分析显示加性模型下北方人群易感性增加(GG vs CC:OR=1.902,95%CI:1.196~3.026);rs751402CT位点纳入8项研究,病例组3 452例,对照组3 755例,显性、隐性、加性和共显性模型下总体人群胃癌易感性增加(CT+TT vs CC:OR=1.212,95%CI:1.103~1.332;TT vs CC+CT:OR=1.291,95%CI:1.711~1.493;TT vs CC:OR=1.395,95%CI:1.196~1.627;CT vs CC:OR=1.168,95%CI:1.057~1.291);rs873601GA位点纳入4项研究,病例组2 585例,对照组2 746例,其多态性与总体人群胃癌易感性无明显相关,隐性和加性模型下南方人群易感性增加(AA vs GG+GA:OR=1.261,95%CI:1.087~1.464;AA vs GG:OR=1.314,95%CI:1.096~1.574);rs2094257AG、rs2296147AG、rs1047768CT位点基因多态性与胃癌易感性无明显相关。结论 ERCC5基因rs17655CG、rs751402CT和rs873601GA位点多态性与胃癌的易感性有关。     

LTA基因单核苷酸多态位点与胃癌易感性的研究

目的通过对江西地区汉族胃癌患者和正常人群中淋巴毒素-α（LTA）基因单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism,SNP）位点rs909253基因型的检测,探讨rs909253位点与胃癌患者易感性的关系。方法利用Sequenom-MassArray-IPLEX检测194例胃癌和250例对照LTA基因多态位点rs909253的基因分型,并利用非条件logistic回归对检测结果进行相关统计。结果 LTA rs909253多态位点GG、GA、AA三种基因型在胃癌的频率分别为26.4%、52.0%和21.6%,与对照组（35.6%、46.4%和18.0%）相比,统计学上无显著意义（χ2=4.403,P=0.111）;但胃癌组和正常组的等位基因频率分布差异临近显著,P值达0.059;对年龄和性别进行校正后,携带等位基因G的胃癌发病风险有所增加（OR=1.315,95%CI：1.001~1.728）。结论江西汉族人群胃癌的遗传易感性可能与LTA基因rs909253位点的单核苷酸多态性有关,G等位基因为其发病的危险因素。     

PKCβ基因多态性与类风湿性关节炎患者遗传易感性及相关性

目的探讨蛋白激酶Cβ(PKCβ)基因多态性与类风湿性关节炎(RA)患者遗传易感性及疾病的相关性。方法选取确诊的RA患者400例(病例组),收集时间2013年1月至2016年1月,同期体检健康对象400例作为对照组。采用Taq Man探针基因分型技术检测两组对象PKCβ基因rs16972959位点的基因型,并分析不同基因型与RA患者各实验室指标、临床特征之间的关系。结果病例组患者的PKCβ基因rs16972959位点的基因型频率为GG 54.75%,GA 37.50%,AA 7.75%,对照组PKCβ基因rs16972959位点的基因型频率为GG 52.75%,GA 40.00%,AA 7.25%,两组间比较差异均无统计学意义(P0.05);病例组PKCβ基因rs16972959位点等位基因频率为G 73.50%,A 26.50%,对照组PKCβ基因rs16972959位点等位基因频率为G 72.50%,A 27.50%,两组间比较差异均无统计学意义(P0.05)。RA患者中RF阳性患者的AA基因型频率(9.51%)显著的高于RF阴性患者(2.11%)(P0.05);AA、GA基因型患者的关节肿胀数目、关节触痛数目均显著的高于GG患者(P0.05)。结论 PKCβ基因多态性与RA患者遗传易感性无明显的相关性,但是与RF因子阳性率、患者的临床表现具有一定的关系。     

Toll样受体-4、9基因多态性与胃癌发病风险的相关性研究

目的研究Toll样受体(TLR)-4、TLR-9基因多态性与胃癌发病风险的相关性。方法选取2016年1月至2019年12月招募江苏省无锡市及安徽省宣城市325例胃癌患者(病例组)及同期招募该地区经体检检测结果为健康且自述无消化道疾病史的人群402例(对照组)作为研究对象,TLR-4、TLR-9基因多态性分析采用Mass-array基因芯片分析,幽门螺杆菌(Hp)感染检测采用免疫胶体金法检测抗体。结果病例组中吸烟、饮酒比例高于对照组,差异有统计学意义(P0.05)。TLR-9 rs187084基因多态性位点的GA、GA/GG基因型与胃癌发病风险相关。年龄60岁胃癌患者的TLR-9 rs187084基因多态性位点的GA及GA/GG基因型均与胃癌发病风险相关(P0.05)。非贲门部位的胃癌患者TLR-9 rs187084基因多态性位点的GA及GA/GG基因型均与胃癌发病风险相关(P0.05)。结论年龄60岁及非贲门部位胃癌患者TLR-9 rs187084基因多态性位点的GA及GA/GG基因型均与胃癌发病风险相关。     

STAT3及XRCC4基因多态性与肝细胞癌易感性的关系研究

目的：探讨转录激活因子3（STAT3）及X线修复交叉互补基因4（XRCC4）基因多态性与中国人群肝细胞癌（HCC）易感性的关系。方法采用病例对照研究,以确诊的200例乙型肝炎病毒（HBV）感染相关 HCC 为肝癌组,207例性别及年龄匹配的 HBsAg阳性患者为非肝癌组。采用PCR-限制性长度多态性技术检测STAT3 rs2292152和XRCC4 rs1805377多态性位点的基因型,Logistic回归分析比较不同基因型与 HCC易感风险的关系。结果（1）STAT3 rs2293152位点3种基因型（CC、CG和GG型）在肝癌组分布频率分别为17％（34／200）、49．5％（99／200）和33．5％（67／200）,在非肝癌组中分别为18．4％（38／207）、56．5％（117／207）和25．1％（52／207）,各基因型在两组之间的差异无统计学意义（P＞0．05）;以CC基因型作参照,携带rs2293152 GG型的个体 HCC患病风险差异无统计学意义（OR＝1．440,95％ CI＝0．800～2．592,P＝0．224）。（2）XRCC4 rs1805377位点3种基因型（AA、GA和GG 型）在肝癌组分布频率分别为61％（122／200）、30％（60／200）和9％（18／200）,在非肝癌组中分别为59．9％（124／207）、31．9％（66／207）和8．2％（17／207）,各基因型在两组之间的差异无统计学意义（P＞0．05）;以 AA 基因型作参照,携带rs1805377 GG型的个体 HCC 患病风险差异无统计学意义（OR＝1．076,95％ CI＝0．530～2．185,P＝0．839）。结论 STAT3 rs2292152和XRCC4 rs1805377多态性位点可能与中国人群HBV 相关HCC 易感性无密切关系。     

肿瘤坏死因子-α基因rs1800629位点多态性与维吾尔族睡眠呼吸暂停综合征关系

目的探讨肿瘤坏死因子-α（tumor necrosis factor-α,TNF-α）基因rs1800629位点多态性与维吾尔族阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征（obstructive sleep apnea-hypopnea syndrome,OSAHS）的关系。方法维吾尔族OSAHA患者78例（OSAHA组）和体检健康者78例（对照组）,2组采用PCR产物直接测序法对TNF-α基因rs1800629位点进行分型并比较。结果 OSAHA组TNF-α基因rs1800629位点GG、GA、AA基因型频率分别为69.2%、20.5%、10.3%,对照组分别为84.6%、12.8%、2.6%,差异有统计学意义（P〈0.05）;OSAHA组TNF-α基因rs1800629位点A等位基因频率（25.6%）明显高于对照组（9.6%）（P〈0.05）,G等位基因频率（74.4%）与对照组（90.4%）比较差异无统计学意义（P〉0.05）;多因素logistic回归分析结果显示,A等位基因（OR=1.176,95%CI：1.141-1.212,P=0.001）、GA基因型（OR=1.517,95%CI：1.361-1.691,P=0.001）和AA基因型（OR=6.676,95%CI：1.482-3.008,P=0.001）是患OSAHS的危险因素。结论新疆维吾尔族OSAHA发病与TNF-α基因rs1800629位点多态性相关。     

STEAP4基因多态性与新疆维吾尔族代谢综合征患者瘦素的相关性研究

目的研究前列腺六次跨膜上皮抗原4(STEAP4)基因多态性与新疆维吾尔族代谢综合征患者瘦素水平的关系。方法选择新疆和田地区943例患有代谢综合征的维吾尔族患者进行瘦素水平、血压、BMI、腰围、空腹血糖和胰岛素的测定。通过对STEAP4基因的功能区测序,选择出其代表性变异位点(rs8122、rs1981529和rs34741656),再进行基因型鉴定和病例对照关联研究。结果 (1)3个变异位点的基因型分别是rs8122(基因型AA、AG、GG)、rs1981529(基因型AA、GA、GG)和rs34741656(基因型AA、GA、GG)。BMI在rs1981529、rs34741656的GA型与GG型比较差异有统计学意义(P<0.05);BMI在rs1981529的GG型与AA型比较差异有统计学意义(均P<0.05)。收缩压水平在rs8122的AG型与GG型,rs34741656的GA型与GG型、AA型和GA型比较差异均有统计学意义(P<0.05)。(2)瘦素水平在rs8122、rs1981529、rs34741656的不同基因型间的差异没有统计学意义(均P>0.05)。(3)多元线性回归分析结果提示,在排除混杂因素(年龄、性别、BMI)作用后,STEAP4基因多态性与瘦素水平和血压水平无关联。结论 STEAP4基因多态性与新疆维吾尔族代谢综合征患者的瘦素水平无关联。     

细胞周期蛋白D1基因多态性与胃癌易感性的分析

目的研究细胞周期蛋白D1（Cyclin D1）基因多态性与胃癌易感性的关系。方法采用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）方法检测105例胃癌患者与100例慢性胃炎患者（对照组）Cyclin D1基因第870位核苷酸A／G（A870G）多态性。结果Cyclin D1（A870G）基因有3种基因型,分别为AA型、AG型和GG型,基因型在胃癌组与时照组中分布差异有统计学意义（P〈0．01）。结论Cyclin D1基因多态性与湖北地区胃癌遗传易感性有关,携带Cyclin D1 AA基因型个体惠胃癌的危险性增高。     

IRF5 rs10954213基因多态性与系统性红斑狼疮的相关性研究

目的研究山东地区汉族人群干扰素调节因子5（IRF5）基因rs10954213单核苷酸多态性,探讨其与系统性红斑狼疮易感性之间的关系。方法采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性等方法对92例系统性红斑狼疮患者和88名健康对照IRF5基因rs10954213G/A多态性进行分析,计算基因型和等位基因频率。结果SLE患者IRF5rs10954213GG、GA、AA基因型频率分别是0.318、0.409和0.273,与对照组间有显著差异（χ2=6.36,P〈0.05）;SLE患者IRF5rs10954213A、G等位基因的频率分别为0.609、0.391,与对照组有显著差异（χ2=6.26,P〈0.05）。结论山东汉族人群IRF5基因位点rs10954213的多态性,可能与山东地区汉族人群SLE的易感性有关。     

Association between interleukin gene polymorphisms and susceptibility to gastric cancer in the Qinghai population

ObjectiveTo investigate the associations between interleukin (IL) gene polymorphisms and susceptibility to gastric cancer in the Qinghai population, China.MethodsPatients with gastric cancer and cancer-free controls were enrolled into the study from Qinghai Provincial People’s Hospital between September 2016 and September 2018. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) were genotyped with the Sequenom MassARRAY® SNP genotype system. The Hardy–Weinberg equilibrium in allele and genotype frequencies, and general characteristics between patients with gastric cancer and cancer-free controls, were evaluated using χ²-test. Potential associations between interleukin gene variants and the risk of gastric cancer were analysed by logistic regression.ResultsAmong eight candidate SNPs, the allele and genotype frequency distribution of IL-1B rs1143634 polymorphism was significantly different between patients with gastric cancer (n = 190) and cancer-free controls (n = 186). The IL-1B rs1143634 GA genotype and IL-1B rs1143634 GA + AA genotype were associated with a reduced risk of gastric cancer, however, the remaining SNPs were not statistically associated with gastric cancer risk in the Qinghai population.ConclusionThe IL-1B rs1143634 polymorphism might be associated with a decreased risk of gastric cancer, and may be a protective factor against gastric cancer.     

白细胞介素-4基因多态性与非小细胞肺癌易感性研究

目的探讨白细胞介素（interluekin,IL）-4基因多态性与非小细胞肺癌易感性的关系。方法采用PIRA-PCR分析的方法检测了235例非小细胞肺癌患者和216名正常对照者的IL-4T-168C（rs2070874）多态性,分析其基因型与非小细胞肺癌发病风险的相关性。结果在非小细胞肺癌患者中,TC基因型出现的频率（28．9％）明显低于正常对照组（37．5％）。TC基因型显著降低了非小细胞肺癌的易感性（OR=0．65．95％CI=O．47～0．97;P=O．04）;非小细胞肺癌患者中携带c型等位基因的基因型（TC／CC）频率明显低于正常对照组中相应基因型的频率（64．3％VS73．5％;OR=o．64,95％CI=0．48---0．96;P=O．03）。结论IL．4T-168C（rs2070874）多态性可能与中国人群非小细胞肺癌的遗传易感性相关。     

XRCC1基因多态性与非霍奇金淋巴瘤相关性研究

本研究探讨DNA损伤修复基因X线修复交叉互补基因1（X-ray repair cross complementing group 1,XRCC1）单核苷酸多态性与非霍奇金淋巴瘤（non-Hodgkin＆#39;s lymphoma,NHL）及其亚型发病风险的关系.以282例NHL患者和231例正常对照者为研究对象,采用SNaPshot方法检测XRCC1的3个基因rs25487、rs25489、rs1799782的基因多态性,分析其在NHL患者和正常对照组中基因型和等位基因频率分布的差异,根据遗传隐性、显性和加性模型,采用Logistic回归分析计算各个SNP的等位基因的比值比（Odd ratio,OR）值和95％置信区间（confidence interval,CI）.同时采用Logistic回归分析对3个SNP的组合基因型中各个突变组合基因型进行了比较.结果显示,XRCC1的3个SNP（rs25487、rs25489、rs799782）在NHL患者和正常对照组中基因型和等位频率分布无统计学差异.XRCC1基因7个带有突变的组合基因型相对于参考组合基因型在对照组和NHL患者组患病风险无显著差异.进一步的NHL亚型分析结果显示,对于XRCC1399-280-194基因的突变组合基因型VT-WT-WT相对于参考组合基因型（3种野生型）患T细胞性NHL风险显著降低（OR：0.21;95％ CI（0.06-0.8）;P=0.022）,对于XRCC1399-280-194基因的突变组合基因型WT-VT-WT相对于参考组合基因型患滤泡性型淋巴瘤风险显著增加（OR：15.23;95％ CI（1.69-137.39）;P=0.015）,该结果仍需进一步扩大研究证实.结论：DNA损伤修复基因XRCC1的3个SNP（rs25487、rs25489、rs1799782）基因多态性与NHL及其亚型的发病无明显相关性.XRCC1的3个SNP突变组合基因型与NHL的发病无明显相关性,XRCC1的3个SNP突变组合基因型对NHL不同亚型发病风险的影响仍需进一步扩大研究证实.     

PGC-1α基因多态性与冠心病的相关性分析

目的研究过氧化物酶体增殖物激活受体7共激活因子1α（PGC-1α）基因的单核苷酸多态性（single-nucleotidepolymorphism,SNP）住点rs2970847与中国汉族人群冠心痛（coronaryheartdisease,CHD）的相关性。方法本研究共选取中国汉族冠心病患者231人（男性151,女性80）,正常对照组478人（男性297,女性181）。采用限制性酶切片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP）的方法对rs2970847进行基因分型。并测定所有入选对象的体重指数、血糖、总胆固醇、甘油三酯、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白等指标。结果冠心病患者中,rs2970847位点的CC基因型为144人（62．3％）,CT基因型为75人（32．5％）,TT基因型为12人（5．2％）;而正常对照中,CC基因型为235A-（49．2％）,CT基因型为201人（42．1％）,TT基因型为42人（8．8％）。rs2970847位点与冠心痛显著相关（P=0．0009）,纯合子CC基因型可以增加冠心病的患病风险（ORCC：2．14,95％CI=1．09-4．21）。结论PGC—1α基因多态位点rs2970847与冠心痛具有显著相关性,其CC基因型是冠心病的危险因素。     

中国甘肃人群髓过氧化物酶基因多态性与急性白血病易感性的关系

本研究旨在探讨甘肃汉族人群髓过氧化物酶（myeloperoxidase,MPO）基因多态性和急性白血病易感性的关系。用1∶1配对病例-对照方法及LDR-PCR方法,对100例急性白血病（AL）患者和100例非血液病、非肿瘤者作为对照进行mpo基因G463A突变分析。结果发现,AL病例组mpo基因a等位基因频率（19%）和ga/aa基因型频率（31%）均低于对照组（28%和54%）。携带ga/aa基因型的个体发生AL的相对风险度为其野生型（gg）的0.383倍（95%CI=0.215-0.682）。进一步分层分析显示,急性髓系白血病（AML）病例组ga/aa基因型频率（28.2%）低于对照组（54%）（p〈0.01）。携带ga/aa基因型的个体发生AML的相对风险度为其野生型（gg）的0.346倍（95%CI=0.157-0.546）。急性淋巴细胞白血病（ALL）病例组mpo基因a等位基因频率和ga/aa基因型频率均与对照组无统计学差异（p〉0.05）。结论：本研究人群mpo基因多态性与AML遗传易感性相关,等位基因a对AML易感性有保护作用,但与ALL易感性无关联。     

酪氨酸羟化酶基因多态性与西北地区人群胃癌易感性的关联研究

目的 探索在西北地区胃癌高发区,胰岛素类似生长因子-2、胰岛素类似生长因子1受体、胰岛素类似生长因子结合蛋白-1、胰岛素以及酪氨酸羟化酶5个基因的多态性位点与胃癌的易感性的关系.方法 对2008年10月至2009年12月在武威肿瘤医院进行治疗的胃癌患者154例和健康对照者166例.采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测基因多态性.结果 酪氨酸羟化酶基因的C/C和C/T基因型频率胃癌患者显著高于对照人群,其OR值分别为3.025(95％CI=1.438～6.362,P＜0.01)和1.964(95％CI=1.218～3.167,P＜0.01).贲门癌和胃窦(或)胃角癌患者中,危险指数更高,分别为(C/C:OR=19.760,95％CI=4.830～80.860;C/T:OR=7.618,95％CI=2.164～26.830).但是对于其他4个单核苷酸多态性(SNP)位点,不论是在整个胃癌患者或者是不同发病部位的胃癌中,差异均无统计学意义.结论 酪氨酸羟化酶基因的c/c和C/T基因型频率与中国西北地区胃癌的易感性有关,特别是与贲门癌和胃窦或胃角癌,而其他4个位于胰岛素类似生长因子-2、胰岛素类似生长因子1受体、胰岛素类似生长因子结合蛋白-1、胰岛素的多态性位点与胃癌的发生无显著的关系.     

汉族人群CNOT6基因多态性与胃癌易感性的关系

目的探讨汉族人群中CNOT6基因3'UTR区 +3908 C>T多态与胃癌易感性的关系。方法本病例对照研究人群为年龄和性别匹配的960例经手术病理证实的胃癌患者和972例对照健康者。采用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性(PCR RFLP)分析个体CNOT6基因3'UTR区 +3908 C>T多态的基因型。以比值比(odds ratio,OR)及其95%可信区间(confidence interval,CI)表示相对危险度。以logistic回归模型计算各基因型的OR及其95%CI。结果对于rs10069多态,TT/CT基因型携带者患胃癌的风险比CC基因型携带者显著降低(OR=0.74; 95%CI=0.60~0.93), 在<56岁患者中关联更显著。并且,CC基因型和幽门螺杆菌感染对胃癌发病风险存在累积作用(OR=2.32; 95%CI=1.41~3.82)。结论CNOT6基因+3908 C>T多态与胃癌易感性相关。     

TAP1基因多态性与新疆地区维吾尔族变应性鼻炎相关性

目的初步探讨抗原提呈相关转运蛋白1（transporter associated with antigen processing 1,TAP1）＊rs1135216及rs2071480位点基因多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎易感性的关系。方法应用SNaPshot SNP分型技术检测150例变应性鼻炎患者（病例组）、150名体检健康者（对照组）血清样本TAP1＊rs1135216及rs2071480基因位点多态性,并与NCBI基因库中世界其他种族人群进行比较。结果新疆维吾尔族人群中TAP1两位点基因型频率及其等位基因频率在病例组与对照组间差异均无统计学意义（P〉0.05）;维吾尔族TAP1两位点基因型及等位基因与世界其他种族人群相比较,差异均有统计学意义（P〈0.05）;各位点基因型及等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。结论 TAP1＊rs1135216及rs2071480多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎易感性无关,可能不是易感基因。