基于网络药理学的龟鹿二仙胶治疗创伤后应激障碍的作用机制研究

该文通过网络药理学的方法预测龟鹿二仙胶治疗创伤后应激障碍(PTSD)的多成分、多靶点、多途径的作用机制。基于TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库、化学专业数据库、DrugBank数据库获取龟鹿二仙胶的活性成分及对应靶点,从OMIM,TTD,DisGeNET数据库获取PTSD的已知治疗靶点,结合STRING数据库构建活性成分-疾病靶点蛋白互作网络,利用Cytoscape 3.6.0软件对该网络进行拓扑参数分析得到关键活性成分及其靶点。对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路分析,通过Cytoscape 3.6.0软件构建龟鹿二仙胶"活性成分-靶点-通路"网络,采用SystemsDock在线分子对接工具进行对接验证。预测结果表明,龟鹿二仙胶共有67个活性成分和420个靶点,PTSD共有206个已知治疗靶点,Cytoscape 3.6.0拓扑参数分析后共有66个靶点,GO生物学过程分析得出58个条目,KEGG通路分析得出22条通路,分子对接结果显示,degree最大的靶点与其对应的活性成分、通路中疾病和药物的共同靶点与其对应的活性成分能有效结合。结果提示,龟鹿二仙胶可能通过调节突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎及促进恐惧记忆消退起到抗PTSD的作用,涉及的通路包括LTP信号通路、PI3K/Akt/mTOR信号通路、TNF信号通路、含血清素的神经突触通路以及多巴胺能神经突触通路等。该研究为进一步阐释龟鹿二仙胶治疗PTSD的药理机制提供了理论依据。     

温经汤治疗原发性痛经的网络药理学作用机制＊

目的 本文将通过网络药理学结合分子对接对温经汤治疗原发性痛经作用机制进行预测。方法 利用TCMSP、TCMID及BATMAN-TCM数据库，收集温经汤活性成分并预测其作用靶标。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选原发性痛经的靶标，并运用R软件获取疾病交集靶标，绘制韦恩图。运用Cytoscape软件构建温经汤治疗原发性痛经的成分-靶标网络图，通过STRING数据库构建PPI靶标蛋白互作网络，并进行核心靶标的GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。通过Autodock Vina软件对药物活性成分与疾病核心靶标进行分子对接验证。结果 筛选得到温经汤治疗原发性痛经的124个活性成分和31个药物-疾病共同靶标，并推断其作用机制可能与介导HIF-1、TNF、PI3K-Akt等105条信号通路相关。槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分与PTGS1、ESR1、PGR等核心靶标对接结果良好。结论 温经汤活性成分可能通过发挥镇痛、抗炎、调节激素水平、缓解平滑肌痉挛和改善缺氧状态等药理作用来治疗原发性痛经。     

两种剂型龟鹿二仙胶对于腺嘌呤诱导肾阳虚型少弱精子症大鼠的干预作用＊

目的 探究两种剂型龟鹿二仙胶对于腺嘌呤诱导肾阳虚型少弱精子症大鼠的干预作用。方法 32只8周龄SD大鼠，体质量200 g-220 g，随机分4组，分别为空白组（Control）、模型组（Model）、龟鹿二仙胶饮片膏组（GLEX_T）、龟鹿二仙胶颗粒膏组（GLEX_G），每组8只；空白组灌胃等体积蒸馏水，其余4组给与腺嘌呤混悬液灌胃，连续灌胃30天；从31天起，空白组及模型组灌胃等体积蒸馏水，龟鹿二仙胶饮片膏组予龟鹿二仙胶饮片膏灌胃，龟鹿二仙胶颗粒膏组予龟鹿二仙胶颗粒膏灌胃，连续灌胃至60天。每日灌胃剂量10 mL?kg^-1。给药完毕后处死，检测血清性激素（T、E2、FSH、LH）、精液参数（精子活力、活率、密度）和睾丸HE染色实验。结果 龟鹿二仙胶饮片膏组与龟鹿二仙胶颗粒膏组都能调节性激素分泌、改善大鼠精液参数（P < 0.01，P < 0.05），且在干预效果上无显著差异（P > 0.05）；龟鹿二仙胶饮片膏组与龟鹿二仙胶颗粒膏都对大鼠睾丸组织有保护作用。结论 两种剂型龟鹿二仙胶对于腺嘌呤诱导肾阳虚型少弱精子症大鼠有干预作用且疗效相近，可能与其对下丘脑-垂体-睾丸轴的调控、内分泌激素的改变，睾丸组织的保护有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨升陷汤治疗重症肌无力的作用机制

目的 通过计算机网络药理学及分子对接技术，预测升陷汤治疗重症肌无力的药效基础和核心靶点并通过动物实验进一步验证已明确其作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选升陷汤的活性成分和潜在靶点，利用GeneCards等数据库筛选疾病相关的靶点；将药物与疾病靶点互相映射取交集；结合STRING数据库和Cytoscape 3.8.2对交集靶点分别进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；运用Cytoscape 3.8.2软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图；运用AutoDock和PyMOL软件对中药的关键活性成分与Hub gene进行分子对接验证，最后采用Rα97-116肽段主动免疫造模法，成功构建实验性自身免疫性重症肌无力（EAMG）大鼠模型后将分子对接验证得到的核心靶点进行动物实验验证。结果 共获得655个疾病靶点，118个药物活性成分，21个药物与疾病交集靶点，3个Hub gene；GO富集发现主要涉及活性氧代谢过程的调节、蛋白质转运的正调控、建立蛋白定位的正调控等生物功能；经过KEGG通路富集分析，其主要涉及Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、T细胞受体等信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与Akt1结合能最低且稳定，并通过氨基酸残基LYS-30发生相互作用。蛋白免疫印迹法（Western blot）分析结果显示，升陷汤能显著抑制EAMG大鼠脾脏内磷酸化（p）-Akt蛋白的表达。结论 该研究初步揭示了升陷汤治疗MG的药理机制可能是主要化学成分通过调节关键核心蛋白Akt的表达，进而可能参与并影响PI3K/Akt等信号通路来实现的，为进一步深入研究奠定了理论基础及实验依据。     

基于网络药理学和文献筛选分析宣白承气汤治疗重型COVID-19的作用机制＊

目的 基于网络药理学、文献筛选及分子对接探讨宣白承气汤治疗重型COVID-19的主要活性成分、作用靶点和相关通路，明确其潜在作用机制。方法 利用TCMSP、PubChem和Swiss Target Prediction数据库筛选宣白承气汤的活性成分和作用靶点，从GeneCards数据库获取与重型COVID-19发生、发展相关的基因，将两者取交集得到药物治疗的潜在靶标，并利用已发表的宣白承气汤治疗重症肺炎的文献，找出有效检测指标，与各靶标取交集后，找出最有可能起作用的关键靶标。运用Cytoscape软件构建活性成分靶标作用网络，并STRING数据库构建蛋白互做网络，并筛选出核心靶标；运用R软件对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用SYBYL软件将主要的活性成分与与SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 宣白承气汤的亚油酸乙酯、亚麻酸乙酯等46个活性成分可能通过PI3K/Akt通路、HIF1通路、Ras信号通路等140条通路作用于以IL6（白介素6）为核心的108个靶点发挥其治疗作用。分子对接结果显示：杏仁中的丁二酸二异辛酯、大黄中的β-胡萝卜素氧化物和瓜蒌中的亚油酸乙酯与与SARS-CoV-23CL水解酶、ACE3等具有较好的结合性。结论 网络药理学、文献筛选及分子对接均表明宣白承气汤可用于重型COVID-19的治疗。宣白承气汤所含的活性成分可能通过抗炎、抗病毒、调节免疫、抗凝等作用，对重型COVID-19引发的炎症、免疫损伤、凝血异常等具有潜在的预防与治疗作用。     

联合液相-质谱分析和网络药理学方法探讨清热活血方防治动脉粥样硬化的作用机制＊

目的 联合液相-质谱（liquid-mass spectrometry，LC-MS）分析和网络药理学方法探究由清热活血方防治动脉粥样硬化（atherosclerosis，AS）的潜在靶点。方法 首先，采用LC-MS定性分析对清热活血方化学成分进行鉴定，并将得到的成分输入Swiss Target Prediction数据库进行目标靶点预测，并采用Cytoscape 3.7.1构建清热活血方活性成分-核心靶点网络；其次，从疾病数据库中收集AS相关靶点；将AS相关靶点与清热活血方靶点取交集，得到清热活血方抗AS靶点，并制作靶标蛋白相互作用网，然后进行GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析。之后，随机将50只雄性ApoE^-/-小鼠分为空白组、模型组、清热活血方低、中、高剂量组，并通过高脂饮食的方式建立ApoE^-/-小鼠AS模型，清热活血方组给予低、中、高剂量药物干预，16周末取主动脉组织，对筛选出的通路进行基因和蛋白水平的验证。最后，将LC-MS定量分析筛选出含量最高的两个成分，与筛选出的通路基因进行分子对接，将靶基因进行二次筛选。结果 LC-MS分析清热活血方共筛选出中68个活性成分，对应靶标223个；通过检索疾病数据库，去除重复后共得到与AS相关疾病靶点3291个；将清热活血方对应靶标与AS靶点取交集得到136个核心基因。GO富集分析结果显示包含炎症反应的调控、膜微域和配体-激活转录因子活性等的参与；KEGG通路富集分析结果显示涉及PI3K/Akt等47条清热活血方抗AS信号通路。WB和RT-qPCR结果提示，清热活血方可以下调p-PI3K/PI3K和p-Akt/Akt水平，且可下调PI3K/Akt通路的13个基因表达水平。LC-MS定量分析得出黄芩苷和丹酚酸B是含量最多的两个成分，与PI3K/Akt通路上的13个基因进行分子对接，结果提示RXRA基因与黄芩苷和丹酚酸B自由结合能最低。结论 清热活血方可能通过介导RXRA基因调控PI3K/Akt信号通路实现抗AS作用，本研究为清热活血方干预AS提供新思路和新靶点。     

Comparative Analysis of Amino Acid Composition between Granules and Traditional Paste of Guilu Erxian JiaoFormula and Their Effect on Serum Levels of Immunoglobulin in Rats

目的 对比龟鹿二仙胶配方颗粒膏与传统饮片膏中的13种氨基酸类成分以及二者对大鼠血清免疫球蛋白的影响。方法 采用柱前衍生-UPLC法分析19批龟鹿二仙胶配方颗粒膏与传统饮片膏样品，建立二者的指纹图谱，并采用标准品对照，对其中氨基酸成分进行定性分析，并取其中含量最高的几种成分进行定量分析。建立大鼠阳虚型模型，分别采用龟鹿二仙胶配方颗粒膏与传统饮片膏进行干预，检测各组大鼠血清中IgA、IgG、IgM免疫球蛋白的含量。结果 成功建立龟鹿二仙颗粒膏与饮片膏的指纹图谱，发现19批膏方的相似度接近（P > 0.99），采用标准品确定其中13种氨基酸成分，其中各批次中成分含量较高的4种氨基酸，L-羟脯氨酸、甘氨酸、丙氨酸、L-脯氨酸含量无明显差别。且二者对阳虚型大鼠血清免疫球蛋白的影响也基本相似（P > 0.05）。结论 龟鹿二仙胶配方颗粒膏较与传统饮片膏比较，氨基酸类成分的定性与主要氨基酸类成分的定量分析均无明显区别，其基本的药理作用也较为接近。但配方颗粒成膏技术较传统成膏技术更加简便与高效，具有巨大的市场潜力与发展前景，值得深入研究     

基于肾脑相关的龟鹿二仙膏抗阿尔茨海默病作用及其机制

目的 基于“肾脑相关”理论,探讨龟鹿二仙膏对氢化可的松联合β淀粉样蛋白（Aβ）诱导的阿尔茨海默病（AD）大鼠模型的作用及其机制。方法 采用腹腔注射氢化可的松并脑室注射Aβ诱导大鼠AD模型,龟鹿二仙膏不同浓度进行干预。测定大鼠的海马、肾脏和肾上腺指数;采用Morris水迷宫实验观察大鼠空间学习记忆能力;酶联免疫吸附测定法（ELISA）检测血清样品中皮质酮（CORT）及睾酮（T）水平;液相色谱-质谱联用（LC-MS）代谢组学技术采集和分析模型大鼠血清代谢数据;利用中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）、中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）和中医药综合数据库（TCMID）收集龟鹿二仙膏活性成分及相应靶点;利用人类基因数据库（GeneCards）和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索得到的AD相关靶标信息;构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢通路富集分析、基因本体论（GO）富集分析;蛋白免疫印迹法（Western blot）检测大鼠海马组织中白细胞介素-6（IL-6）的表达水平。结果 与模型组比较,龟鹿二仙膏高、中、低剂量组海马指数、肾脏指数和肾上腺指数均显著升高,其中龟鹿二仙膏高剂量组升高最为显著（P<0.01）;龟鹿二仙膏高、低剂量组大鼠穿越平台次数均显著增加（P<0.05,P<0.01）,Ⅲ象限路程（%）和Ⅲ象限时间（%）均显著延长（P<0.05,P<0.01）;龟鹿二仙膏高、中、低剂量组大鼠血清CORT含量均显著降低（P<0.01）;龟鹿二仙膏高、中、低剂量组大鼠海马组织中IL-6表达水平均显著降低（P<0.01）。代谢组学技术共鉴定了24个与AD相关的血清差异代谢物;网络药理学方法共筛选出50个治疗AD的高频共性化合物,高频共性靶点187个,得出磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路在AD复杂的病理机制网络中起到重要作用。结论 龟鹿二仙膏可显著改善氢化可的松并Aβ诱导的AD模型大鼠认知功能障碍,降低血清CORT,抑制海马组织炎症因子IL-6表达,并调节AD模型大鼠的代谢水平,为其临床应用提供依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨追风透骨胶囊对类风湿关节炎和骨关节炎“异病同治”的潜在分子机制＊

目的 利用网络药理学方法及分子对接的方法预测追风透骨胶囊治疗类风湿关节炎（rheumatoid arthritis，RA）及骨关节炎（osteoarthritis，OA）的活性成分、作用靶点及相关生物学途径，丰富其异病同治的科学内涵。方法 利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选出追风透骨胶囊的活性成分及治疗类风湿性关节炎及骨关节炎的对应靶点，采用Cytoscape 3.7.0软件构建“药物-化合物-共有靶标”网络图，运用STRING平台构建靶蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，运用R语言数据包进行基因本体功能富集（gene ontology，GO）与京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics，KEGG）富集分析，预测其作用机制，最后对追风透骨胶囊中的关键活性化合物与PPI中的核心蛋白进行分子对接验证。结果 追风透骨胶囊共筛选有效活性成分276种，涉及共同靶标207个。“药物-化合物-共有靶标”网络图中筛选出关键活性化合物12个，其干预的PPI网络主要涉及STAT3、AKT1、APP等核心蛋白，共有靶标的GO及KEGG富集分析结果主要涉及代谢、炎性反应、肿瘤等相关通路及多种生物学途径。分子对接验证提示β-谷甾醇与核心靶蛋白结合情况最佳，HSP90AA1是追风透骨胶囊中关键化学成分结合活性最优的靶蛋白。结论 追风透骨胶囊中槲皮素、木犀草素、山奈酚等12种关键有效活性成分作用于STAT3、AKT1、APP等12种核心靶蛋白发挥干预OA、RA的药理作用并涉及多种生物学途径，阐释了追风透骨胶囊对OA以及RA异病同治的分子基础。     

龙眼叶治疗2型糖尿病的网络药理学研究及实验验证

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探讨龙眼叶治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制，并通过体外实验进行初步验证。方法 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）并结合化源网数据库和相关药理活性文献筛选出龙眼叶的活性成分；通过Swiss TargetPrediction网站在线分析筛选活性成分的靶点。利用OMIM、GeneCards、DrugBank三个数据库获取T2DM的相关靶点，进而利用韦恩（VENNY）2.1筛选出活性成分与T2DM的交集靶点；然后将其导入STRING数据库以进行蛋白质互作网络（PPI）网络构建；采用Cytoscape v3.8.0软件构建“中药-化学成分-关键靶基因-疾病”网络图；通过DAVID数据库对交集靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析，GraphPad Prism 8.3软件将其可视化；运用SYBYL-X 2.0和Discovery Studio 4.5 软件对龙眼叶排名靠前的活性成分和关键靶点进行分子对接，验证其生物活性。验证实验以人肝癌细胞（HepG2）作为研究对象，高糖诱导胰岛素抵抗HepG2细胞模型，CCK8法检测细胞增殖抑制率，蛋白印迹（Western blot）检测磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B（PI3K-AKT）信号通路相关蛋白的表达情况。结果 共筛选出龙眼叶有16个活性成分，活性成分和疾病的交集靶点共96个，网络拓扑分析筛选出关键靶点16个。生物学过程包括凋亡过程的负调控、细胞质膜、酶结合等。龙眼叶在改善T2DM主要作用于HIF-1信号通路、胰岛素抵抗信号通路、PI3K-AKT信号通路等。分子对接显示山柰酚和EGFR、槲皮素和PTGS2、木犀草素和PIK3R1有比较强的结合活性。细胞实验结果表明龙眼叶提取物可以上调IR模型HepG2细胞AKT-1、p-AKT-1、p-PI3Kp85蛋白表达。结论 龙眼叶抗T2DM的作用机制可能与PI3K-AKT、HIF-1、胰岛素抵抗等信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学和实验验证研究柴胡疏肝散治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制＊

目的 通过网络药理学的方法进行预测，再深一步进行动物实验验证来研究柴胡疏肝散治疗CAG的作用机制。方法 首先在TCMSP数据库中检索柴胡疏肝散的所有活性成分与药物靶点；通过收集PharmGkb、OMIM、GeneCards和DrugBank数据库中收录的慢性萎缩性胃炎的相关靶点。将药物靶点与疾病靶点进行映射筛选出交集靶点，将得到的交集靶点构建PPI网络与活性成分-共同靶点网络，并对其进行GO和KEGG富集分析。最后利用Vina软件进行分子对接实验验证，并通过免疫印迹法验证柴胡疏肝散对两种受体蛋白EGFR和STAT1的影响。结果 最终筛选得到柴胡疏肝散活性成分104个，潜在靶点238个，与慢性萎缩性胃炎的交集靶点52个；GO与KEGG富集分析分别得到2166条目和148条目，主要涉及到JAK-STAT信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等；分子对接结果显示EGFR、STAT1两个靶点能够与核心活性成分能够自发结合成较为稳定的构像；免疫印迹法实验证明柴胡疏肝散能够降低大鼠胃黏膜组织EGFR和STAT1蛋白表达。结论 通过网络药理学和实验验证，发现柴胡疏肝散可能通过调节EGFR和STAT1蛋白表达来共同调控胃黏膜细胞增殖与凋亡，进而发挥着治疗慢性萎缩性胃炎的效果，为深入进行柴胡疏肝散治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制研究提供新思路和新方法。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨儿童回春颗粒治疗呼吸道病毒感染疾病的作用机制

目的利用网络药理学及分子对接技术探索儿童回春颗粒治疗呼吸道病毒感染疾病的作用机制。方法通过TCMIP、TCMSP、BATMAN-TCM数据库,结合文献检索汇总儿童回春颗粒的药材归经及其成分信息;在PubChem、Swiss target prediction、GeneCards等数据库查询呼吸道病毒感染相关靶点及药物成分对应的靶点;利用DAVID数据库对共有靶点进行KEGG通路和GO生物过程富集分析;用Cytoscape构建相关网络图,根据网络图分析结果选取成分、靶点进行分子对接。结果中药-归经网络分析发现儿童回春颗粒组方药材大多归经于肺、胃、肝经,针对儿童回春颗粒中的126个中药成分和55个潜在靶点构建网络,KEGG通路分析和GO功能分析表明儿童回春颗粒治疗呼吸道病毒感染主要包括癌症、肝炎相关通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路和HIF-1信号通路等关键通路,主要涉及炎症反应、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、缺氧反应等生物过程。分子对接结果显示升麻中的7,8-二羟基升麻醇、升麻素苷、升麻醇与关键靶点PTGS2、MAPK、ACE2和3CL水解酶(3CLpro)的结合能力较强,具有潜在抗呼吸道病毒作用。结论儿童回春颗粒中没食子酸、7,8-二羟基升麻醇、升麻素苷、升麻醇、珊瑚菜素等成分通过PTGS2、EGFR、MAPK、IL2、ACE2、3CLpro等靶点干扰病毒入侵宿主、阻止病毒复制、降低炎性反应而发挥治疗呼吸道病毒感染性疾病的作用。     

滋补脾阴中药的网络药理学机制分析＊

目的 运用网络药理学的方法探究滋补脾阴中药的分子作用机制。方法 将滋补脾阴方剂中使用频次较高且历代医家对其滋补脾阴功效有明确论述的山药、茯苓、白芍、扁豆、芡实作为研究对象，检索TCMSP和STITCH数据库得到其活性化学成分和靶点，此后将靶点信息导入STRING数据库构建滋补脾阴中药靶点之间的相互作用（PPI）网络，并通过PageRank算法对网络中的节点打分筛选关键靶点。同时将靶点信息导入DAVID数据库进行KEGG通路富集分析，通过TTD数据库分析潜在靶点关联疾病。利用Cytoscape软件，分别构建潜在靶点PPI网络、中药-活性化合物-关键靶点网络，最后使用AutoDock软件进行分子对接并对其作用机制进行了初步探讨。结果 筛选出滋补脾阴中药核心靶点15个，信号通路98条，这类中药可能通过，参与人体物质代谢、免疫、造血、炎症反应等过程发挥其滋补脾阴的作用。其作用机制可能与HIF-1信号通路、胰岛素抵抗、药物代谢-细胞色素P450、花生四烯酸代谢、mTOR信号通路等信号通路有关。分子对接结果表明，关键靶点VEGFA、PTGS1及PTGS2与熊果酸等化合物有较强结合力。结论 基于网络药理学的方法得到滋补脾阴中药调节的关键靶点和通路，为探究滋补脾阴中药的作用机理提供数据支撑，从而为更加深入的探究脾阴学说提供思路。     

基于网络药理学和分子对接法探索人参治疗再生障碍性贫血的分子机制＊

目的 运用网络药理学与分子对接理论研究人参（Panax ginseng C. A. Meyer）治疗再生障碍性贫血（Aplastic anemia，AA）的分子作用机制，并通过体外实验进行验证。方法 通过TCMSP数据库筛选人参的主要活性成分及其靶点；采用Gene Cards数据库、GenCLiP3数据库、DisGeNET数据库以及OMIM数据库获取治疗AA有关靶点，利用venn图筛选人参治疗AA的潜在靶点；使用Cytoscape构建药物-活性成分-基因-疾病网络图，STRING数据库构建治疗靶基因的蛋白互作网络（Protein-Protein interaction network，PPI network）图；借助ClusterProfiler和Pathview对靶基因进行GO（Gene Ontology）功能注释和KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路分析以及可视化；通过SystemsDOCK对其进行分子对接。最后构建AA小鼠模型，分为空白对照组，模型组，人参二醇皂苷组和环孢霉素A组，给药2周后通过免疫印迹（Western blot）法检测相关蛋白含量及表达情况。结果 从人参中筛选出22种主要活性成分以及16个人参治疗AA的主要靶点，包括半胱氨酸蛋白水解酶3（Cysteine-containing aspartate-specific protease 3，CASP3）、半胱氨酸蛋白水解酶1（Cysteine-containing aspartate-specific protease 1，CASP1）、B淋巴细胞瘤-2（B-cell lymphoma-2，BCL-2）等靶点，GO及KEGG富集分析结果主要涉及相关信号通路凋亡、AGE-RAGE、TNF、NF-KB等；分子对接研究也表明调亡通路中的CASP3对应的晶体结构2h65和CASP1对应的晶体结构1ibc与人参二醇皂苷（Ginsenoside rh2）结合性紧密，结构稳定，结合力较强。Western blot实验结果表明，与模型组相比，Ginsenoside rh2显著上调CASP3和CASP1蛋白表达水平，具有统计学意义（P<0.05）。结论 通过网络药理学分析发现人参的Ginsenoside rh2可以调控CASP3、CASP1等靶点和凋亡等信号通路，分子对接中Ginsenoside rh2和CASP3、CASP1结合紧密，体外实验证实Ginsenoside rh2调控调亡通路的关键蛋白CASP3和CASP1，从而发挥人参治疗AA的潜在疗效。     

五子衍宗丸治疗男性不育症的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学探讨五子衍宗丸治疗男性不育症的物质基础及作用机制。方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选五子衍宗丸中的活性成分和作用靶点;应用Gene Cards,OMIM,Pharm Gkb数据库筛选男性不育症的疾病靶点;应用R语言软件筛选药物与疾病共同靶点,应用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点互作网络;应用STRING平台构建共同靶点蛋白互作网络(PPI);应用Clue Go插件对共同靶点进行基因本体(GO)分析,并应用R语言软件对共同靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集。结果:从五子衍宗丸中共获得72个有效活性成分,得到35个五子衍宗丸治疗男性不育症的可能靶点,这些靶点主要涉及氧化与抗氧化活性等生物学过程,并主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路上。结论:通过网络药理学证实了五子衍宗丸多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测了五子衍宗丸治疗男性不育症的可能作用机制,为进一步研究其活性成分和作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学探究清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的作用机制＊

目的 通过网络药理学预测清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎有效成分、作用靶点及相关信号通路并通过分子对接技术验证。方法 利用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction、STITCH数据库获得药物的有效成分以及靶点。通过GeneCards、OMIM数据库获得疾病靶点。用String数据库构建PPI网络，用软件Cytoscape 3.7.2构建活性成分－靶点－药物－疾病网络关系，用R语言进行生物功能和通路分析。运用PDB 数据库、PubChem数据库、AutoDuck软件等工具进行关键靶蛋白与相关化合物的分子对接，以验证其治疗作用。结果 预测得到清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的206个成分，涉及119个靶点，跟PI3K/Akt、IL-17、TLR等信号通路有关，并发现AKT1、IL6、ALB、CASP3、VEGFA等关键靶点。分子对接表明关键靶蛋白与相关活性成分结合程度较好，且绝大多数优于阳性对照药。结论 清幽养胃胶囊通过多成分、多靶点的形式治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎，为进一步探究其机制打好基础。     

基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS技术与网络药理学研究赶黄草保肝潜在药效物质基础和作用机制

目的 采用超高效液相-四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS）鉴定赶黄草全草及其茎、叶主要成分,结合网络药理学和分子对接探究赶黄草保肝作用机制。方法 利用质谱采集数据结合对照品、相关文献、数据库检索,鉴定和表征赶黄草及其茎、叶化学成分;运用TCMSP数据库结合文献报道筛选活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction数据库查找活性成分靶点;通过基因数据库筛选疾病靶点。药物靶点与疾病靶点取交,输入String11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络筛选出核心靶点。利用DAVID 6.8进行富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-靶基因-通路”网络,利用AutoDockTools 1.5.6软件对活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 在赶黄草及其茎、叶提取物中共鉴定出64种化学成分;筛选活性成分28个,成分靶点与疾病靶点交集126个,关键活性成分15个,核心靶点24个;基因本体（gene ontology,GO）功能富集163个条目,京都基因与基因组百科全书（Kyoto e...