河北省2007年HIV-1流行毒株基因序列测定及亚型分析

HIV具有基因易变性特点,为探讨河北省HIV-1感染人群传播特点,监测不同人群中亚型毒株的分布和基因变异规律,开展了此项研究.     

九江市HIV-流行毒株基因序列测定和亚型分析

目的：了解九江市HIV-1流行毒株的亚型分布情况。方法：对采集的6份九江市HIV-1感染者的血浆样品进行RT—PCR扩增，获得GAG基因的核酸片断进行核苷酸序列分析。结果：在6份样品中发现B’亚型HIV-1毒株四株，B亚型和A／E重组亚型HIV-1毒株各一株。结论：HIV-1流行毒株亚型在九江市分布情况复杂，防控形势严峻。     

贵州省HIV-1毒株亚型与艾滋病流行的关系研究

目的 研究HIV-1毒株基因变异与艾滋病在贵州省快速传播之间的关系.方法 在不同时间采集贵州省多个地区HIV-1感染者样本共190份,利用巢式PCR扩增env和gag基因并测定序列,采用MEGA4.0软件确定样本亚型并分析其与贵州省艾滋病流行之间的关系.结果 贵州省HIV/AIDS的报告数从1998年的66例上升到2009年的8435例,7年增加16.38倍.在不同时间采集的样本中共检出B(9例)、B'(4例)、C(2例)、CRF07 BC(75例)、CRF08 BC(17例)、CRF01 AE(64例)等多种亚型的HIV-1毒株;CRF07 BC、CRF08 BC的env基因离散率在传播过程中基因多态性不断增大(0.035±0.006→0.092±0.011).贵州省HIV亚型1998年以B'亚型(4/11)为主,2002年以CRF07 BC亚型(26/41)为主,而2007年以CRF01 AE(62/119)为主,亚型分布的变化与近年来贵州省艾滋病流行呈现快速上升趋势及2001-2006年以吸毒传播感染为主(吸毒传播感染2610例、性传播感染176例)、2006年后性传播感染人数开始急速上升(吸毒传播感染1713例、性传播感染1833例)的特点有直接关系,HIV主要流行毒株的变化与传播途径高度相关(x2=41.253,P=0.000).结论 不同亚型毒株随时间和主要感染途径的改变而成为当地的主要流行株,性传播人群是贵州省艾滋病防控的重点.

Abstract：

Objective To study the HIV-1 diversity and how did it promot the rapid spread of AIDS,in Guizhou province.Methods A total of 190 HIV-1 positive subjects were collected in different years and regions from Guizhou province.The env and gag genes were amplified with nested PCR and their sequences were determined.The subtypes were identified by the MEGA 4.0 software and the relationships between subtypes and AIDS epidemic were analyzed.Results The number of HIV/AIDS reported cases was increased from 66 in 1998 up to 8435 in 2009,a 16.38 time increase in 7 years.Subtypes B(9),B'(4),C(2),CRF07_BC(75),CRF08_BC(17),CRF01_AE(64)were identified in Guizhou province among the samples collected in various periods of time.The genetic diversities in env gene of CRF07_BC and CRF08_BC increased along with the spreading of HIV (from 0.035±0.006 to 0.092±0.011).Subtype B'(4/11)appeared the main subtype prevailed in Guizhou in 1998 as well as CRF07_BC(26/41)in 2002 and CRF01_AE(62/119)in 2007.The HIV/AIDS epidemic in Guizhou province showed an rapidly upward trend,with the main risk factors of HIV transmission as 2610 cases through injecting drug users(IDUs).and 176 cases due to sexually transmitted infections(STIs),from year 2001 to 2006.However,STIs began to increase rapidly,after 2006,with 1713 cases of IDUs and 1833 cases of STIs.Data indicated that the change of composition of different HIV-1 subtypes was correlated with the mode of transmission in Guizhou province(x2=41.253,P=0.000).Conclusion The types of HIV strains changed over time as well the turnover of the main risk factors.Sexual transmission,including both hetero-and homo-sexual became the main risk factors,suggesting the development of related prevention and control programs,on HIV/AIDS should be considered accordingly in the future.     

四川省HIV- 1 流行毒株的基因序列测定和亚型分析

使用PCR对 9份采集于 1996年中旬的四川省经血液途径感染的HIV - 1阳性感染者外周血单个核细胞 (PBMCs)样品进行扩增 ,获得HIV - 1膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2-V3及邻区 350～ 4 50个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明 ,9份样品中存在B和C两种亚型的HIV - 1毒株序列 ,其中B亚型 5份 ,彼此间的基因离散率为 1.4 % ;C亚型 4份 ,在不包括sc3号样品的情况下彼此间的基因离散率为 2 .6% ,而sc3号样品与其它 3份样品在核苷酸序列上的差异却达 11.5%。与A～E参考亚型及部分B和C亚型代表株序列相比较 ,属四川B亚型的 5个毒株与包括泰国、缅甸及中国云南德宏在内的B亚型毒株序列十分接近 ,基因离散率在 3.6%～4 .3%的范围内 ;属四川C亚型的 4个毒株除sc3外则与代表印度毒株的C亚型共享序列及德宏C亚型毒株序列十分相似 ,其基因离散率均为 3.1% ,与非洲C亚型毒株nof的基因离散率为13.1% ,而sc3号序列与印度、中国德宏和非洲C亚型HIV - 1的基因离散率却在 10 .1%～ 17.2 %的范围内。提示 ,HIV - 1在四川的流行时间不长 ,且其B和除sc3之外的C亚型毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型HIV - 1毒株密切相关 ,而由sc3所代表的C亚型毒株则存在目前还尚不了解的其它传入来源。     

浙江省HIV-Ⅰ流行毒株GAG基因序列测定和亚型分析

[目的]利用分子生物学方法了解浙江省境内HIV-Ⅰ流行毒株的亚型.[方法]采集14份浙江省检出的HIV-Ⅰ抗体阳性者的抗凝全血,从中提取前病毒DNA作为PCR扩增的模板,设计特异性引物对gag基因区进行扩增并测定其序列.所得序列与国际标准或参考序列进行比较,确定亚型.[结果]14份样本中有9份扩增阳性并得到相应序列,扩增率为64.3%.经过离散率计算和系统树分析后证实4份样本为A/E流行重组模式,3份样本为B亚型,1份样本为B/C流行重组模式,1份样本为G亚型.[结论]目前浙江省境内有多种亚型的HIV-Ⅰ毒株存在.迫切需要对高危人群进行宣传教育和行为干预措施以阻断HIV/AIDS的流行和传播.     

湖北省HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

１９９６年８月下旬采集２０份湖北省ＨＩＶ１感染者外周血，分离单个核细胞（ＰＢＭＣｓ）提取核酸使用ＰＣＲ进行扩增获得ＨＩＶ１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段，并对其Ｃ２Ｖ３及邻区３５０～４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。研究结果表明，这２０份样品均为Ｂ亚型的ＨＩＶ１毒株序列，彼此间的基因离散率为１．９％。与国际ＡＥ亚型参考序列及部分地区Ｂ亚型代表株序列相比较，湖北的２０个毒株与流行与我国云南德宏、四川和河南等地的Ｂ亚型毒株序列十分接近，均属于泰国Ｂ亚型；它们的基因离散率在１．９％～３．２％的范围内。根据以上数据及其它资料提示，ＨＩＶ１在湖北的流行时间不长，该流行区毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型ＨＩＶ１毒株密切相关。     

浙江省HIV-I流行毒株GAG基因序列测定和亚型分析

〔目的〕利用分子生物学方法了解浙江省境内HIV -I流行毒株的亚型。〔方法〕采集 14份浙江省检出的HIV -I抗体阳性者的抗凝全血 ,从中提取前病毒DNA作为PCR扩增的模板 ,设计特异性引物对gag基因区进行扩增并测定其序列。所得序列与国际标准或参考序列进行比较 ,确定亚型。〔结果〕14份样本中有 9份扩增阳性并得到相应序列 ,扩增率为 6 4 .3%。经过离散率计算和系统树分析后证实 4份样本为A/E流行重组模式 ,3份样本为B亚型 ,1份样本为B/C流行重组模式 ,1份样本为G亚型。〔结论〕目前浙江省境内有多种亚型的HIV -I毒株存在。迫切需要对高危人群进行宣传教育和行为干预措施以阻断HIV/AIDS的流行和传播。     

干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和亚型分析的研究

目的 将干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和哑型分析。方法采集20例静脉吸毒HIV-1感染者的EDTA抗凝静脉全血2ml，80μl制备干血斑样本。QIAamp Blood Mini试剂盒，10％Chelex 100树脂分别提取全血和干血斑中细胞DNA。HIV-1enu基因Gp41区2对外侧和内侧引物，按照巢式PCR方法，扩增Gp41区，PCR产物用内侧正反向引物测序。MEGA3．0等软件完成序列比对及亚型分析。结果18对符合要求的干血斑和全血样本进入研究。16对经序列分析归为中国流行的BC重组亚型，样本间的基因平均离散率为5．79％，与中国流行的BC重组业型的基因离散率为491％，与C亚型代表序列基因离散率为8．89％，与其他几个国际亚型代表株的基因离散率在15％～20％之间。另2对样本分别归属于泰国B’亚型和欧美B亚型。结论干血斑样本与全血样本HIV-1 DNAPCR产物亚型分析一致，氨基酸序列比对同义和非同义替换比例、位置和类型基本一致，其易采集，便于运输，保存条件和生物危险性低，费用低廉的优点适合作为实验条件较差的偏远地区HIV-1分子流行病学研究的一种样本采集手段。     

云南省德宏傣族景颇族自治州2016年新报告艾滋病病毒感染者的基因亚型分析

目的 分析2016年云南省德宏傣族景颇族自治州（德宏州）新报告HIV感染者HIV基因亚型,了解中国籍和缅甸籍HIV感染者基因亚型分布特征。方法 对2016年德宏州新报告的HIV感染者提取核酸,使用RT-PCR法对HIV基因gag、env和pol进行反转录扩增,直接测序扩增产物,综合分析3个基因的测序结果,确定最终基因亚型。结果 2016年德宏州新报告HIV感染者1 112例,成功测定基因亚型的感染者860例。C亚型所占比例最大（占33.6%,289/860）;其后为独特重组（unique recombinant forms,URFs）（占28.4%,244/860）、CRF01_AE（占18.6%,160/860）等亚型;URFs中主要包括4种形式的重组,其中以CRF01_AE和C亚型重组为主。缅甸籍感染者的亚型分布与民族和传播方式相关。结论 德宏州2016年新报告HIV感染者基因亚型主要集中在C、URFs和CRF01_AE亚型,URFs分布依然复杂多样。     

福建省HIV-1 新近感染者流行毒株基因亚型及其流行特征分析

目的 了解福建省HIV-1 新近感染者流行毒株的亚型分布和流行特征。方法 随机抽取福建省2011－2012 年使用BED捕获酶免疫试验检出的104 例新近感染者血样标本,采用反转录巢式PCR扩增,gag、pol 和env 基因片段,并测定和分析核酸序列。结果 目标人群中存在B亚型和01_AE、07_BC、08_BC、55_01B 四种流行重组型,其中以01_AE 和07_BC 流行重组型为主,分别占45.68%和35.80%。基因亚型的流行特征分析显示,亚型分布中01_AE 所占比例下降,07_BC 所占比例上升;性传播是主要感染途径,其中同性传播比例明显上升。结论 福建省HIV-1 流行毒株亚型分布众多,随着时间推移,亚型构成和传播途径已发生改变,应加强对HIV-1感染的分子流行病学趋势动态监测。     

北京地区艾滋病病毒感染的同性恋个体中病毒亚型分析

我们对 1 993年以来的 1 2例同性恋感染者的血液样本进行了艾滋病病毒 (ＨＩＶ 1 )亚型分析 ,以便了解北京市同性恋人群ＨＩＶ 1的亚型分布、传播来源、流行时间和发展趋势。1 .材料与方法 :(1 )研究对象及样本 :所有研究对象的血液样本均来自北京市的ＨＩＶ 1抗体阳性经同性恋途径感染者。每名对象首次就诊时采集 5ｍｌ全血 ,使用Ｑｉａｇｅｎ公司ＱｉＡａｍｐＢｌｏｏｄ试剂盒 ,按说明提取细胞ＤＮＡ ,核酸样本冻存于 - 2 0℃。(2 )聚合酶链反应 (ＰＣＲ) :采用套式ＰＣＲ方法扩增ＨＩＶ 1ｅｎｖ基因 ,引物设计参照文献 [1 ]。以ＥＤ3/Ｅ…     

艾滋病病毒1型CRF01_AE毒株的过去、现在和将来

CRF01_AE是我国目前流行的主要HIV-1毒株,具有独特的流行病学特征。本文从该毒株的发现起源与命名、在国内外的流行过程、参与形成的重组毒株以及致病性等方面进行介绍,并讨论了与流行病学特征密切相关的社会和生物学因素。     

北京市2006年HIV一1流行毒株的gag和env基因序列测定及亚型分析

目的监测2006年北京市北京户籍HIV感染者中HIV-1型流行病毒株的亚型分布特点和变化规律。方法采集北京市2006年新确认北京户籍HIV-1感染者的抗凝全血样品32份,分离血浆,提取病毒RNA,用巢式聚合酶链反应方法扩增病毒gag和env基因,并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析表明北京户籍HIV-1感染者样品分别属于5个亚型,分别为B亚型9份,泰国B亚型2份、C亚型2份,流行重组型CRF07 BC亚型5份,流行重组型CRF01．AE亚型4份。结论北京市居民中已存在多种HIV-1亚型和流行重组型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料。方法对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应（nested-PCR）扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件（Wisconsin公司）进行亚型分析。结果35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列。经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B’、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型。其中泰国B’亚型为主要流行株,占82.35%（28/34）,主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%（4/34）,主要来源于吸毒人群：CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员。该组样本B’亚型内的基因离散率为5.2%（n=23）;而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%（n=3）,彼此间显示出较近的传播关系。结论陕西省HIV-1流行株以泰国B’亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势。加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一。     

济宁市2例艾滋病病毒感染者HIV-1毒株包膜蛋白基因序列测定

[目的]了解济宁市HIV-1毒株亚型变异情况。[方法]应用套式-PCR方法对2例HIV-1感染者的外周血单核细胞样本进行扩增,对C2-V3区核苷酸序列进行测定和分析。[结果]所采样本均属HIV-1B亚型,与其他国际亚型的基因离散率在15％以上,与流行于云南省的B亚型毒株基因离散率为3.49％。[结论]流行于济宁市的HIV-1毒株属B亚型,与云南省流行株密切相关,流行时间约3～4年。     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的 了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料.方法 对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应(nested-PCR)扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件(Wisconsin 公司)进行亚型分析.结果 35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列.经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B'、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型.其中泰国B'亚型为主要流行株,占82.35%(28/34),主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%(4/34),主要来源于吸毒人群:CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员.该组样本B'亚型内的基因离散率为5.2%(n=23);而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%(n=3),彼此间显示出较近的传播关系.结论 陕西省HIV-1流行株以泰国B'亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势.加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一.     

不同亚型的人类免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株混合感染分析

目的：了解我国人类免疫缺陷病毒（HIV）感染中是否存在不同HIV－1亚型混合感染,分析其传染来源,方法：应用巢式－PCR方法对3例HIV－1感染外周血单个核细胞的HIV－1膜蛋白基因进行扩增。并对C2－V3及其邻区360个核苷酸序列进行测定和分析,计算基因离散率和系统进行化树。结果：3例感染体内有B和C或B′和E2种不同HIV－1亚型毒株序列,各亚型毒株与相应的Bcon、Ccon、Econ国际亚型毒株序列间的基因离散率分别为5．07％－7．26％、3．23％、5．38％－5．99％;同一个体内不同亚型毒株序列间的基因离散率分别为23．52％、20．69％、28．44％;根据gp120V3环顶端四肽序列特征,发现有卖淫和静脉吸毒史妓女体内的sz46-1具有典型的欧美B亚型GPGR序列,sz8-2为GPGH,其他毒株均为泰国B（B′）和E亚型所特有的CPGQ序列;进一步系统树分析显示,sz12、sz46-1与Bcon丛集一起,sz1-1和sz8-2,sz46-2分别与Econ、Ccon丛集。结论同一个体可以同时感染不同亚型HIV－1毒株,多种高危行为可能是导致混合感染的主要原因。     

云南省男男性接触人群(MSM)艾滋病病毒亚型分析

[目的]了解云南省男男性接触人群(MSM)中艾滋病毒亚型的分布情况,为预防和控制艾滋病提供科学依据。[方法]在云南省疾病预防控制中心的男男性行为服务窗口采集样本进行分子流行病学检测分析。[结果]从56份样本成功扩增出gp41片段48份(85%),经系统树分析主要流行亚型为CRF01_AE(79%),余下的是B/C重组型。[结论]MSM人群存在高频率的高危行为,重组型是该人群的优势流行株。     

河南省新确证艾滋病感染者毒株亚型分析

目的了解河南省新确证的艾滋病感染者人类免疫缺陷病毒(HIV)亚型分布情况及其流行特征。方法随机采集351例河南省2010年新确证HIV-1阳性者的全血样本,分离血浆,提取RNA,PCR扩增gag区基因并进行序列测定,对测序得到的序列进行生物信息学分析,确定基因亚型。结果最终得到210条gag区基因序列,包含B、CRF01-AE、CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01A1、CRF01B和CRF31-BC 7种亚型,其中B亚型185例(88.09%),CRF01-AE亚型12例(5.71%),CRF07-BC亚型8例(3.81%),CRF08-BC亚型2例(0.95%),CRF01A1、CRF01B和CRF31-BC各1例(0.48%)。结论河南省新确证的艾滋病感染者艾滋病毒有7种亚型,B亚型仍然占主导地位。     

云南省2012—2014年HIV-1流行毒株亚型分布特征

分析2017—2019年云南省德宏傣族景颇族自治州（简称“德宏州”）新报告人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者基因亚型分布特征,探究HIV流行情况及亚型分布特征随时间的变化趋势。

对德宏州2017—2019年新报告且血浆量>200 μL的HIV感染者标本进行核酸抽提,使用反转录⁃聚合酶链反应（RT⁃PCR）方法对HIV的gag、env和pol基因进行逆转录扩增,并对扩增产物测序,根据上述3个基因测序结果进行亚型确定。

2017—2019年德宏州共报告HIV感染者3 287例,其中成功获得HIV的gag、env和pol基因亚型者1 813例,主要优势亚型为C亚型（28.4%,515/1 813）、BC重组亚型（22.0%,398/1 813）和CRF01_AE亚型（18.1%,329/1 813）。在中国籍与缅甸籍HIV感染者中均表现为B亚型、C亚型和CRF01_AE亚型所占构成比逐年下降,01/BC重组亚型、CRF07_BC亚型及CRF08_BC亚型的构成比逐年上升（χ²=75.212,P<0.001）。中国籍与缅甸籍不同HIV基因亚型的HIV感染者性别、年龄、婚姻状态、民族、文化程度和传播途径方面的构成比差异均有统计学意义（均P<0.05）。

德宏州HIV基因亚型分布随时间变化表现出更为复杂多样的特点,表现为BC重组亚型和独特重组型所占构成比明显增加。