首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 78 毫秒
1.
于雅楠  陈锡欣  刘怡  赵林林  陈磊  王淑美 《中草药》2018,49(7):1640-1646
目的基于化合物的系统筛选探讨喹喏里西啶类生物碱发挥抗肿瘤等作用的机制。方法应用虚拟筛选技术,收集豆科植物中现已分离鉴定的喹喏里西啶类生物碱103个,选择8个与血管新生密切相关的靶点,应用Discovery Studio 2.5(DS2.5)软件的Lib Dock模块进行分子对接,并以DrugBank中对各靶点确证有抑制作用并已上市的小分子药物为参照,设定各靶点对应的已上市小分子药物最低打分为阈值,初筛出排名前10%的候选化合物,再以原配体打分值为参考开展系统筛选研究。结果最终筛选出打分值高于原配体的候选化合物共计19个,并初步揭示了喹喏里西啶类生物碱抑制血管新生的作用靶点。结论喹喏里西啶类生物碱可能通过抑制血管新生发挥抗肿瘤、抗糖尿病血管并发症等作用。相对于传统筛选,虚拟筛选技术节约了大量时间、精力和物力,为研发血管新生抑制剂类药物提供了一定的参考。  相似文献   

2.
采用分子对接技术虚拟筛选三七抗心肌缺血活性组分,阐明三七抗心肌缺血组分单元组成和药效活性基础,为其组分制剂原料的获得和剂型设计提供基础。TCMSP搜集三七中119个成分组成配体数据库,选择与心肌缺血相关的靶点TNF,IL1B,NFKBIA,NOS3组成受体数据库,以DrugBank中与各靶点有关或与心肌缺血疾病治疗有关并已上市的小分子药物为参照,设定已上市小分子药物平均对接得分为阈值,应用Discovery Studio软件的LibDock模块进行分子对接。虚拟筛选出得分高于阈值且排名前列的成分共13个。研究发现,筛选出的13个成分经结构验证均为皂苷类成分,构成三七抗心肌缺血活性的主要组分单元,即三七皂苷组分。对比分析已上市药物和三七皂苷组分作用于各靶点的主要作用残基,其作用的相似性提示三七皂苷组分可能具有与临床药物同样的抗心肌缺血药效。三七发挥抗心肌缺血活性的组分主要为其中的皂苷组分,初步完成了三七抗心肌缺血活性组分的筛选,为研发抗心肌缺血组分中药制剂提供了一定的参考。  相似文献   

3.
抗血栓是预防和治疗心血管疾病的有效方法之一。基于传统中医理论、作者前期研究和相关文献,发现鱼腥草中生物碱类成分具有潜在的抗血栓活性,但是其药效物质基础和作用机制尚未明确。该研究采用分子对接技术虚拟筛选鱼腥草生物碱抗血栓的药效物质,搜集现已经从鱼腥草中报道的70个生物碱类化合物组成配体化合物库,选择P2Y1,P2Y12,凝血因子FⅪa,凝血因子FⅩa,PAR1,凝血酶等10个与血栓形成密切相关且具有已知晶体结构的靶蛋白作为受体数据库,以Drug Bank中对各靶蛋白有抑制作用并已上市或者即将上市的小分子药物为阳性对照化合物,设定各靶蛋白对应的已上市小分子药物最低打分(S)为阈值,应用Molecular Operating Environment软件(MOE,version 2016)的Dock功能进行分子对接,虚拟筛选出对接评分(S)低于阈值的化合物。对比分析了原配体、已上市药物和鱼腥草生物碱作用于各靶蛋白的主要活性位点,初步揭示了鱼腥草抗血栓活性的作用机制,为抗血栓类药物的研发提供了一定的参考。  相似文献   

4.
目的:辨识丹参药材中抑制凝血酶的活性成分。方法:从中药化学成分数据库(TCMD)收集丹参药材已知的化学成分群。分别采用基于药效团与基于分子对接的方法,筛选丹参药材的化学成分群以辨识凝血酶抑制剂。结果:所建凝血酶抑制剂药效团包含7个药效特征:4个疏水基团,2个氢键给体和1个正氮中心。将所建药效团筛选丹参化学成分数据库,命中14个匹配度(QFIT)在9.0以上的化合物。分子对接结果显示,17个化合物对接得分(docking score)在6.0及以上。2种方法筛选结果相比,有8个共有化合物,部分命中化合物的凝血酶抑制活性已被相关文献所佐证。结论:基于药效团与分子对接的虚拟筛选方法可用来鉴别丹参药材中凝血酶抑制活性成分,丹参的抗凝血机制与其凝血酶抑制活性有关,该结果为进一步研究丹参作用分子机制提供参考和依据。  相似文献   

5.
目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCM database@Taiwan)中快速搜索H7N9亚型流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)的中药小分子抑制剂。方法:采用Auto Dock Vina软件对蛋白质晶体结构数据库PDB中NA与小分子抑制剂扎那米韦形成的复合物(PDB代码为4MWX)三维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(扎那米韦)的自由结合能为阈值,筛选出中国传统中药数据库中3个类药性良好的化学成分与NA亲和力高于上市的抗流感药物扎那米韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计及实验合成新抗H7N9流感病毒药物。  相似文献   

6.
目的 采用构效组学研究方法,阐释气滞胃痛颗粒中枳壳黄酮发挥抗炎镇痛作用的药效物质。方法 在课题组前期体外药效筛选的基础上,开展枳壳黄酮体内药效研究,运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMPS),人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM),检索互作基因(STRING)等网络数据库,获取枳壳黄酮抗炎镇痛活性成分的核心靶点;采用计算机虚拟筛选技术将不同类型的枳壳黄酮与核心靶点进行对接,以各靶点与活性结构的综合评分总分为遴选原则,得到高结合活性的关键核心靶点;以靶点为桥梁,将枳壳中一类或多类化学成分结构与药效紧密关联,通过各类结构与药效靶点结合规律探讨药效明确的化合物与药效之间的构效关系。结果 枳壳黄酮对葡聚糖硫酸钠(DSS)结肠炎小鼠具有良好的抗炎镇痛药效,能够改善结肠炎小鼠体征,明显降低炎症因子白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)水平(P<0.05),获得枳壳黄酮类活性成分12个,按照母核进行结构归类,其中二氢黄酮类9个,黄酮类3个。经韦恩(Venn)交互分析,得到枳壳抗炎镇痛靶点167个,通过度值(Degree)和分子对接综合评分,选择前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)和丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)进行进一步的结构分析。通过结构分析发现,含有糖苷类结构的成分与抗炎镇痛靶点结合活性更高。结论 该研究在体内药效实验的基础上采用构效组学的研究方法,可以分析枳壳黄酮抗炎镇痛的物质基础,同时构效组学为中药药效物质的阐释提供新思路新方法。  相似文献   

7.
利用分子对接技术虚拟筛选菊苣与肠道浓度型核苷转运蛋白2(CNT2)结合的化学成分,为探讨菊苣干预嘌呤核苷吸收的降尿酸作用机制研究提供理论依据。采用同源建模手段构建人CNT2三维结构模型,采用Vina软件虚拟筛选菊苣小分子化合物作用于CNT2的化学成分。以CNT2抑制剂7,8,3'-三羟基黄酮的打分为阈值,筛选出23个打分高于阳性抑制剂的菊苣化学成分。其中打分靠前的菊苣化合物是菊苣降尿酸作用的重要化合物,其能否通过抑制CNT2活性干预肠道嘌呤核苷的吸收降低体内尿酸水平有待生物学实验进一步探讨。CNT2可能是菊苣降尿酸的效用靶点,为指导实验研究菊苣干预嘌呤核苷吸收降尿酸研究提供向导。  相似文献   

8.
黄嘌呤氧化酶是治疗高尿酸血症药物的关键靶点,中药菊苣提取物具黄嘌呤氧化酶抑制作用,但作用机制仍未探明。该文通过检索相关文献及数据库收集菊苣已知小分子化合物建立配体库,从PDB数据库下载黄嘌呤氧化酶X-ray晶体三维结构文件,采用Autodock 4.2分子对接软件虚拟筛选出菊苣中的黄嘌呤氧化酶抑制剂。通过与原配体TEI(非布司他)相比较,筛选出70 个与靶蛋白有较好结合作用的化合物。对接结果有助于阐释降尿酸作用机制,为菊苣治疗高尿酸血症作用机制研究提供一定的参考。  相似文献   

9.
目的基于网络药理学及分子对接技术预测牛膝防治阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用靶点,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的作用机制。方法收集DrugBank和文献报道中AD的治疗靶点,依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)构建牛膝的化学成分库;运用DiscoveryStudio3.5软件进行分子对接,虚拟筛选牛膝中与AD的靶点结合的化学成分集;通过KEGG数据库对虚拟筛选到的关键靶点进行通路富集分析,采用Cytoscape 3.2.1软件构建牛膝的"成分-靶点-通路"网络。结果从牛膝中筛选出58个化合物,多为小分子烷烃、酯类和羧酸类化合物,其次为黄酮类、蒽醌类等。这些有效成分可能通过调节Ca MK-IIα、Ca MK-IIβ、Ca MK-IIγ、Akt1和TNF-α等36个AD发病机制的潜在靶蛋白而发挥作用,涉及MAPK signaling pathway、Wnt signaling pathway等12条通路。结论牛膝中黄酮类、蒽醌类等活性成分可能是其治疗AD的物质基础,其作用机制涉及抗炎、抗细胞凋亡等。  相似文献   

10.
《中药药理与临床》2017,(4):142-146
目的:运用虚拟筛选技术从热毒宁注射液中筛选出抗鼻病毒3C蛋白酶的有效中药小分子抑制剂。方法:以热毒宁注射液中460种化合物为筛选目标,选取2个目前与鼻病毒治疗密切相关的靶点蛋白为受体,采用SYBYL分子对接的方法,以Total Score结合打分为标准筛选出得分最高的分子并观察其结合模式图,借助DiscoveryS tudio2016软件对其进行相互作用的分析,预测其结合模式及亲和力。结果:通过分子对接方法,筛选出5个符合条件(以打分函数Total-Score 6分以上为阈值,以Total-Score 9分以上为较好活性)且与靶点蛋白结合最好的中药小分子。其中,有2个小分子Total-Score打分最高,即与5FX5、5FX6蛋白活性位点的匹配度最高,并均超过其与自身配体结合打分,分别为似梨木双黄酮、绿原酸。结论:热毒宁注射液化学成分与鼻病毒3C蛋白酶相关靶点具有一定的结合和抑制效应。该结果可促进从传统中药中提取、设计以及实验合成新的抗鼻病毒药物。  相似文献   

11.
苦参化学成分研究进展   总被引:15,自引:5,他引:10  
对苦参的化学成分进行分析和总结,为其资源的综合利用与开发提供参考。苦参化学研究主要集中在根部,成分类别包括生物碱、黄酮、三萜皂苷、木脂素、酚酸和少量的苯丙素类成分,其中已分离得到了41个生物碱和108个黄酮类化合物,但是对茎、叶、花、果等非药用部位的研究较少。对苦参地上部分开展深入化学研究有利于充分利用苦参资源。  相似文献   

12.
目的 采用超高效液相-四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS)鉴定赶黄草全草及其茎、叶主要成分,结合网络药理学和分子对接探究赶黄草保肝作用机制。方法 利用质谱采集数据结合对照品、相关文献、数据库检索,鉴定和表征赶黄草及其茎、叶化学成分;运用TCMSP数据库结合文献报道筛选活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction数据库查找活性成分靶点;通过基因数据库筛选疾病靶点。药物靶点与疾病靶点取交,输入String11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络筛选出核心靶点。利用DAVID 6.8进行富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-靶基因-通路”网络,利用AutoDockTools 1.5.6软件对活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 在赶黄草及其茎、叶提取物中共鉴定出64种化学成分;筛选活性成分28个,成分靶点与疾病靶点交集126个,关键活性成分15个,核心靶点24个;基因本体(gene ontology,GO)功能富集163个条目,京都基因与基因组百科全书(Kyoto e...  相似文献   

13.
目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分;运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点;借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点,与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点;使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络;将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),然后进行核心靶点筛选;利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析;使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接;采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用,验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点,其核心化学成分主要为黄酮类化合物;另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等;GO功能富集得到GOBP条目1841条,GOCC条目109条,GOMF条目105条;KEGG通路富集筛选得到130条信号通路,其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示,黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放,达到治疗COPD的效果,为其分子机制研究奠定一定的基础。  相似文献   

14.
该研究采用网络药理学虚拟筛选方法,旨在进一步研究沙棘总黄酮(total flavonoids of Hippophae rhamnoides,TFH)治疗心肌缺血的活性成分和作用机制。首先通过TCMSP数据库和PubChem数据库,结合口服利用度和类药性分析,筛选出沙棘化合物中的黄酮类化合物。筛选得到的7个化合物再通过Chem Mapper服务器进行靶点的预测分析。将得到的潜在靶点导入MAS 3.0数据库,结合KEGG数据库进行靶点分析和通路分析。最后使用Cystoscope 3.3.0软件绘制"化合物-靶点-作用通路"网络图。虚拟实验预测得到了68个潜在靶点和60条信号通路,其中有31个靶点和23条通路直接或间接与心肌缺血有关。结果表明,TFH主要通过对钙离子信号通路(calcium signaling pathway)、血管内皮生长因子信号通路(VEGF signaling pathway)和缝隙连接信号通路(gap junction)等信号通路的调节发挥协同作用,且与文献报道吻合;提示其可能通过参与调节血小板聚集、脂质代谢、炎症反应等过程,增强心功能和对血管内皮细胞保护作用,从而发挥抗心肌缺血的作用。  相似文献   

15.
吴朗杰  赵春燕  战丽彬 《中草药》2021,52(4):1049-1058
目的通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建白花蛇舌草和半枝莲药对与宫颈癌共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络;利用CytoHubba筛选信号通路关键基因(hub基因),构建靶点的拓扑网络图;绘制"活性成分-靶点-通路"网络图;采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 "活性成分-靶点-通路"网络显示,白花蛇舌草和半枝莲药对有25个主要活性成分,38个主要靶点,与18个信号通路有关。分子对接结果显示,白花蛇舌草和半枝莲药对25个活性成分与38个靶点部分或全部对接成功。结论白花蛇舌草和半枝莲药对通过多成分、多靶点、多通路参与宫颈癌细胞凋亡。  相似文献   

16.
目的研究延胡索抗心肌缺血的物质基础及作用机制。方法通过TCMSP平台筛选到符合条件的目标小分子化合物,运用Maesrto11.1分子对接软件筛选延胡索中与相应靶点蛋白对接较好的小分子化合物,再运用Cytoscape3.6.1构建多成分-靶点网络药理图,通过拓扑学分析,阐释其网络特征。结果在16种心肌缺血靶点对接结果中,8种季铵碱化合物、1种黄酮类、2种叔胺碱类显示出了较好的对接结果。季铵碱类化合物和黄酮类槲皮素对接结果普遍优于叔胺碱类,对接结果中季铵碱打分平均值高于叔胺碱的靶点蛋白有10种。网络药理学结果分析得知多化合物-靶点的网络异质性为0.57,平均相邻节点数3.59,特征网络长度3.02,网络中心度0.21。结论延胡索季铵碱类化合物黄连碱、巴马汀、去氢紫堇鳞茎碱、药根碱、非洲防己碱、小檗碱,黄酮类槲皮素可能是其治疗心肌缺血的物质基础,延胡索治疗心肌缺血是多成分与多靶点相互作用的结果。  相似文献   

17.
范建新  秦雪梅  李震宇 《中草药》2020,51(9):2317-2325
目的采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中发挥的作用。方法基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用SwissTargetPrediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接。结果款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个(P0.05),其中包括生物过程(BP)条目325个、细胞组成(CC)条目44个、分子功能(MF)条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示异绿原酸B(3,4-dicaffeoylquinicacid)和异绿原酸C(4,5-dicaffeoylquinic acid)与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论款冬花中主要化合物能通过与SARS-Co V-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。  相似文献   

18.
严炯艺  冯茵怡  卢卓  奉建芳  罗伟生  黎芳  梁健钦 《中草药》2020,51(22):5768-5775
目的 探讨荔枝核干预结肠腺癌(COAD)进展和转移的黄酮类成分和作用靶点。方法 通过DRAR-CPI和SWISS数据库检索荔枝核中19个黄酮类化合物的潜在作用靶点。从TCGA数据库下载COAD基因表达数据和临床特征数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法建立COAD的基因共表达网络和识别共表达模块,以共表达模块和潜在作用靶点中共同靶点作为化合物干预COAD的作用靶点。通过String数据库进行蛋白互作网络分析、KEGG和GO分析。通过cytoHubba插件提取Hub基因作为COAD潜在生物标志物,通过Cytoscape建立成分、靶点、通路的互作网络。HPA数据库验证潜在生物标志物的表达,通过分子对接技术虚拟筛选与潜在生物标志物作用的化合物。结果 经WGCNA分析得到18个共表达模块,其中7个模块与生存时间、肿瘤分期等临床特征相关,turquoise模块与COAD进展转移相关。荔枝核中19个黄酮类化合物作用于380个潜在作用靶点,选择与turquoise模块重复的34个靶点作为作用靶点,GO分析结果显示作用靶点富在304个GO条目,其中生物过程229条、细胞组成31条、分子功能44条;KEGG分析结果显示作用靶点富集在癌症通路、细胞周期、孕酮介导的卵母癌症途径、细胞衰老、p53信号通路等40条通路。CytoHubba筛选得到CDC25A、CDC25C、CCNB2、AURKB基因作为COAD进展转移相关的潜在生物标志物。HPA数据库免疫组化结果显示,与癌旁组织相比,COAD组织中CDC25C、AURKB、CCNB2蛋白表达升高(P<0.05),与TCGA数据集中基因表达量一致。通过分子对接初步筛选得到柚皮芸香苷、原花青素A2、根皮苷、表儿茶素可通过氢键等与CDC25A、CDC25C、AURKB结合较好。结论 CDC25A、CDC25C、CCNB2、AURKB可作为COAD进展和转移密切相关的潜在生物标志物。荔枝核黄酮类化合物干预COAD进展和转移的机制可能与黄酮类化合物调控细胞分裂、细胞周期G2/M期转变等生物过程进而调节癌症途径、p53信号通路等信号通路有关,其中柚皮芸香苷、原花青素A2、根皮苷、表儿茶素、芦丁可能是CDC25A、CDC25C、AURKB的潜在抑制剂。  相似文献   

19.
宋磊  毕思伟  古君  吴童怡  何黎黎 《中草药》2020,51(9):2361-2367
目的采用分子对接技术筛选新型冠状病毒S蛋白与血管紧张素转化酶2(ACE2)小分子抑制剂。方法化合物库采用Selleck中国天然产物库(目录号L1400,2054种天然产物)。新型冠状病毒S蛋白与ACE2蛋白共晶采用周强研究员课题组发表结果(PDB:6M17)。采用DiscoveryStudio软件进行分子对接。结果通过虚拟氨基酸突变实验确定了关键氨基酸,并在此基础上确定了结合空腔,进而从天然化合物库中筛选出11个具有潜在抑制新型冠状病毒S蛋白与ACE2作用的化合物:毛地黄皂苷、灰毡毛忍冬皂苷甲、连翘酯苷B、灰毡毛忍冬皂苷乙、川续断皂苷乙、常春藤苷D、桔梗皂苷D、松果菊苷、人参皂苷Rb2、人参皂苷Rc、异绿原酸C。结论从天然产物库中筛选出潜在的新型冠状病毒S蛋白-ACE2小分子抑制剂,为抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)药物研究及处方筛选提供参考。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号