2006～2008年B型流感病毒泰山分离株血凝素基因序列分析

目的分析泰安市2006~2008年度分离的B型流感病毒HA1基因序列,探究其基因变异特点及种系进化分布,为流感防治提供技术支持。方法采集监测医院流感样病例鼻、咽拭子标本,分离流感病毒并进行型别鉴定,选取部分B型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增血凝素基因,扩增产物经纯化后进行血凝素基因HAl区核苷酸序列测定并推导编码的氨基酸序列,然后用DNAsTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果 2006/2007年度分离的B型流感病毒均为Victroria系;2007/2008年度以Yamagata系为优势株,也有少量Victroria系活动。与B/Shanghai/361/2002/2和B/Tianjin/144/05比较,Yamagata系泰山分离株HA氨基酸替换数为8~10个,所有毒株均在7~9个相同氨基酸位点发生了相同替换;与疫苗推荐株B/Malaysia/2506/2004比较,Vic-troria系泰山分离株氨基酸替换数为2~3个,所有毒株均在HA2个相同氨基酸位点发生了相同替换。结论 Yama-gata系泰山分离株HA1基因特性已发生改变,从基因水平说明当地Yamagata系流行株抗原发生了变异;Victroria系分离株基因特性虽有所改变,但是否已成为有流行病学意义的变异株,尚有待进一步观察。2006/2007年度流感疫苗对当地B型流感应有一定预防作用,2007/2008年度疫苗对B型流感的预防效果欠佳。     

上海和无锡流感病毒病原学监测及血凝素基因变异

目的了解2004至2006年流感流行季节流感病毒型及亚型在上海及无锡两地流感样患者中流行情况及病毒型内血凝素（HA）基因变异状况。方法与上海及无锡市疾病预防控制中心合作，对门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本，接种MDCK细胞，分离流感病毒，直接荧光免疫法鉴定阳性分离株型别，对甲型流感病毒采用RT-PCR鉴定亚型，并对部分H3、H1亚型流感病毒进行HA全基因片段测序，分析流感病毒HA基因变异状况。结果2004年8月至2006年9月，上海及无锡两地流感样患者中共分离到126株流感病毒，其中53株为H3N2亚型，43株为H1N1亚型，30株为B型。聚集性流感样疾病暴发多在2、3月份，分析7起聚集性流感样疾病暴发，分别为H3N2流感病毒感染2起，H1N1流感病毒感染1起，B型2起，及H3N2、B和H1N1、B混合感染各1起。HA序列分析，H1、H3与同期其他国家和地区的分离株近源。结论上海及无锡两地散发和局部暴发的甲型流感病毒感染仍主要为H1N1、H3N2亚型，未发现HA、NA重组株和新的HA、NA亚型；1～3月份为发病高峰；H1、H3型内变异状况与其他国家和地区相似。     

2006年福州市乙型流感病毒血凝素基因特性研究

目的探究2006年福州市流行的乙型流感病毒血凝素基因变异特点及种系进化分布。方法采用狗肾传代细胞培养分离流感病毒,用血凝和血凝抑制试验进行流感病毒型和亚型鉴定,选取部分乙型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增乙型流感病毒血凝素基因,扩增产物经纯化后,进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后用DNASTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果2006年福州市人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。Victoria系毒株为主要优势流行株。2006年分离的Yamagata系毒株与B/Shang-hai/361/02比较,在血凝素基因HA1区发生6-7个氨基酸替换,在196位增加一个糖基化位点。2006年分离的Victoria系毒株与B/Zhejiang/2/01比较,在HA1区发生8-9个氨基酸替换,在197位增加一个糖基化位点。结论2006年福州市人群中流行的乙型流感病毒与B/Shanghai/361/02和B/Zhejiang/2/01相比基因特性已发生了进一步改变。     

两株B型流感病毒的基因组序列分析

目的 了解两株B型流感病毒的基因组序列特征。方法 对两株B型流感病毒进行全基因组序列测定和基因进化特性的分析。结果 成功扩增出两株B型流感病毒的全基因组序列,并且两毒株的基因组均属于Yamagata系类似株Ⅱ系。两株病毒的基因组序列与疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)以及Victoria系代表株B/Brisbane/60/2008、B/Malaysia/2506/2004相比,HA基因同源性为89.7%～97.3%,NB基因同源性则为95.4%～98.4%。两株病毒的HA蛋白与WHO推荐的疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)相比,存在11处氨基酸突变,其中HA的N131K氨基酸位点突变,可能对抗原性产生影响。NB的S198N氨基酸位点突变可能影响神经氨酸酶抑制剂的灵敏度。结论 两株B型流感病毒的遗传进化状态稳定,但是与同分支中的毒株基因序列部分位点存在差异。     

十堰市2005～2007年流行性感冒病原学监测结果分析

2005～2007年6月对湖北十堰市进行流行性感冒(简称流感)的病原学监测,共监测流感样病例(ILI)鼻咽拭子标本1125份,分离出流感病毒248株,阳性分离率为22.04%;经分离鉴定H1N1亚型69株,H3N2亚型66株,B型Victoria系109株,4株未能分型。未监测到B型Yamagatata系毒株,未发现流感变异株。     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析

目的 了解2009年度甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过实时(RT)-PCR进行病毒分型及甲型H1N1流感病毒检测,对阳性标本采用狗肾细胞(MDCK)进行病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒效价,用血凝抑制实验进行型别鉴定,通过RT-PCR扩增毒株HA1片段的基因并进行序列测定,利用生物信息学技术进行序列分析.结果 共检测咽拭子样本996份,其中核酸检测阳性病例包括甲型H1N1 337份,季节性H1N1亚型1份,季节性H3N2亚型67份,B型12份,流感核酸检测阳性率为41.87％,其中甲型流感核酸检测阳性率为33.84％.分离出甲型H1N1病毒36株,选择18株.测序成功的10株甲型H1N1流感病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区.结论 2009年度分离到的流感病毒株中以甲型H1N1为绝对的优势毒株,毒株的血凝素基因与世界卫生组织(WHO)提供的疫苗株相比有变异,与疫苗株相比,抗原决定簇B区有改变,但关键位点第222位没有变化.     

2009～2010年乌鲁木齐市流行性感冒病原学监测分析

目的了解流行性感冒病毒（流感）的流行情况,探讨流感流行规律,为制订流感控制措施提供依据。方法对乌鲁木齐市监测门诊及疫情点的疑似流感样病例采集咽拭子标本,用核酸检测和接种狗肾传代细胞（MDCK）培养进行流感病毒分离及进行血凝试验,并对阳性者进行血凝抑制试验进行分型鉴定。结果 2009年10月-2010年3月监测流感样标本与咽拭子标本共1 218份,分离出流感病毒181株,分离率3.72%,分别为甲型H1N1亚型8株、H3N2亚型32株、新甲型H1N1 104株、B型37株。结论 2009年10月-2010年1月是以新甲型H1N1亚型流感病毒流行为主,2010年2月以B型流感流行为主。     

2012年邯郸市乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异分析

目的研究邯郸市2012年流感监测中分离的Yamagata系乙型流感毒株HA1的抗原性和基因特性,阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR方法特异性扩增病毒HA1基因,进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行分析。结果2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒与2008~2009年代表株B/Florida/4/2006相比亲缘关系较远,核苷酸同源性为96.2%~96.8%,氨基酸同源性为96.5%~97.4%,HA1区9个位点氨基酸发生替换,其中6个参与抗原表位构成;与WHO推荐的2012~2013年疫苗株B/Wisconsin/01/2010相比亲缘关系近,核苷酸同源性为98.8%~99.4%,氨基酸同源性为97.4%~98.5%,有5个位点发生氨基酸替换,其中3个参与抗原表位的构成;与国家流感中心提供的标准抗血清的血凝抑制滴度≥1︰640。结论邯郸市2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒血凝素蛋白HA1与B/Florida/4/2006相比已形成新的变种,与B/Wisconsin/01/2010相比也发生了新的变异,但尚不能确定是否形成Yamagata系有代表性的新变种。     

Seasonal influenza virus strains circulating in Malaysia from 2005 to 2009

From 2005 to 2009, the Institute for Medical Research (IMR), Kuala Lumpur received a total of 7,117 respiratory specimens from patients with influenza-like illness (ILI) for influenza screening. Seasonal influenza virus was isolated from 17.3% of patients with ILI in 2005, 31.6% in 2006, 12.8% in 2007, 10.2% in 2008 and 13.5% in 2009. There were one or more influenza A and B virus strains circulating in Malaysia throughout the year, with distinctly a peak in May to August. The predominant circulating strains of seasonal influenza A were A/California/7/2004-like (H3N2) in 2005, A/New Caledonia/20/99-like (H1N1) in 2006, A/ Brisbane/10/2007-like (H3N2) in 2007 and 2008, and A/Perth/16/2009-like (H3N2) virus in 2009. The predominant circulating strains of influenza B were B/Hong Kong/330/2001-like in 2005, B/Malaysia/2506/2004-like in 2006, B/Florida/4/2006-like in 2007 and 2008, and B/Brisbane/60/2008-like in 2009.     

人甲型H1N1流行性感冒病毒全基因组分析与反向遗传载体的克隆

目的 明确一株人甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的遗传背景,建立流感病毒反向遗传的平台.方法 对分离自汕头市儿童的一株人甲型H1N1流感病毒进行空斑纯化;利用甲型流感病毒通用引物,对该病毒全基因组的8条片段(PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M和NS)进行RT-PCR全长克隆、DNA测序及初步生物信息学分析;将其8条全长基因组片段分别插入反向遗传通用载体,构建人甲型H1N1流感病毒的反向遗传系统.结果 RT-PCR克隆得到该H1N1毒株的8条全长片段,经测序分析确认该毒株的基因序列,该毒株与2006年至2008年分离的人甲型H1N1流感病毒具有很高的同源性,未出现奥司他韦或金刚乙胺抗药性的遗传突变.PCR与测序证实,插入该菌株8个全长基因组片段的载体序列完全正确.结论 成功构建了该毒株的感染性克隆.获得了该毒株全基因组序列,为明确病毒遗传信息、提供流行病学监测数据、建立流感病毒反向遗传平台奠定了研究基础.     

上海地区2004年至2008年甲型流行性感冒病毒亚型的分布

目的 分析近5年上海地区甲型流行性感冒(流感)病毒亚型的分布并探究其原因.方法 对上海地区流感监测哨点流感样患者和聚集性流感暴发患者,采集咽拭子标本接种犬肾细胞(MDCK),直接荧光免疫法鉴定阳性分离株型别,多重RT-PCR鉴定亚型.结果 2004年至2005年初的季节性流感以A/H3N2为主;2005年末至2006年中期的季节性流感以A/H1N1为主;2006年末到2007年10月份分离到的流感毒株基本为A/H3N2亚型;2008年1月至5月份,人群流感病毒分离株仍以A/H3N2处于优势地位,但从2008年7月开始的季节性流感则以A/H1N1占绝对优势.结论 近5年上海地区季节性流感主要为甲型流感病毒H3N2和H1N1亚型,但在不同年份的季节性流感中流行强度有所不同.     

2006年人禽流感H_5N_1毒株PA基因特性、变异和进化

目的通过对人禽流感H5N1毒株PA基因序列的变异分析,揭示毒株PA基因特征、变异与进化。方法检测广东地区人禽流感H5N1毒株PA基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株PA基因序列,采用MEGA4.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株PA基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果PA蛋白呈酸性,等电点pH5.4。1997-2006年52株毒株PA基因核苷酸序列同源性分成两组,1997年毒株为第一组(G1),2003-2006年香港、越南、泰国、印尼、中国大陆毒株、土耳其、伊拉克、阿塞拜疆、埃及毒株为第二组(G2)。PA基因114个氨基酸位点置换,占15.9(114/716),其中2003-2006年毒株PA基因有17个氨基酸位点不同于1997年毒株。PA基因Ks值为30.9×10-6～46.1×10-6Nt/d,Ka值为4.50×10-6～8.13×10-6Nt/d;而PA基因的同义突变速度是错义突变速度的5.7～6.9倍,显示PA基因受到机体免疫压力较小;检验发现PA基因进化存在负选择性压力。PA基因中潜在的7个糖基化位点基本稳定,毒株IDNS-569H-06的PA基因半胱氨酸发生置换(S224C)。结论PA基因进化分成两系列,PA基因进化特点是自发突变较快,而受到机体免疫机制压力较小;A基因与其它多聚酶基因(PB2和PB1)比较,核苷酸序列同源性和进化在时间特征和地区特征方面具有一致性;来自中国大陆的毒株进化值得关注。人禽流感H5N1毒株PA基因在自然界变异频繁,可能影响HN毒株致病性和在人-人传播能力。     

Influenza and other respiratory viruses in three Central American countries

Please cite this paper as: Laguna‐Torres et al. (2011) Influenza and other respiratory viruses in three Central American countries. Influenza and Other Respiratory Viruses 5(2), 123–134. Background Despite the disease burden imposed by respiratory diseases on children in Central America, there is a paucity of data describing the etiologic agents of the disease. Aims To analyze viral etiologic agents associated with influenza‐like illness (ILI) in participants reporting to one outpatient health center, one pediatric hospital, and three general hospitals in El Salvador, Honduras, and Nicaragua Material & Methods Between August 2006 and April 2009, pharyngeal swabs were collected from outpatients and inpatients. Patient specimens were inoculated onto cultured cell monolayers, and viral antigens were detected by indirect and direct immunofluorescence staining. Results A total of 1,756 patients were enrolled, of whom 1,195 (68.3%) were under the age of 5; and 183 (10.4%) required hospitalization. One or more viral agents were identified in 434 (24.7%) cases, of which 17 (3.9%) were dual infections. The most common viruses isolated were influenza A virus (130; 7.4% of cases), respiratory syncytial virus (122; 6.9%), adenoviruses (63; 3.6%), parainfluenza viruses (57; 3.2%), influenza B virus (47; 2.7% of cases), and herpes simplex virus 1 (22; 1.3%). In addition, human metapneumovirus and enteroviruses (coxsackie and echovirus) were isolated from patient specimens. Discussion When compared to the rest of the population, viruses were isolated from a significantly higher percentage of patients age 5 or younger. The prevalence of influenza A virus or influenza B virus infections was similar between the younger and older age groups. RSV was the most commonly detected pathogen in infants age 5 and younger and was significantly associated with pneumonia (p < 0.0001) and hospitalization (p < 0.0001). Conclusion Genetic analysis of influenza isolates identified A (H3N2), A (H1N1), and B viruses. It also showed that the mutation H274Y conferring resistance to oseltamivir was first detected in Honduran influenza A/H1N1 strains at the beginning of 2008. These data demonstrate that a diverse range of respiratory pathogens are associated with ILI in Honduras, El Salvador, and Nicaragua. RSV infection in particular appears to be associated with severe disease in infants in the region.     

2005～2008年济南市流感监测结果分析

目的了解济南市流感的流行特征及流感流行优势毒株的变化,为流感防治工作提供科学依据。方法对济南市流感哨点医院流感样病例、病原学监测结果及暴发疫情资料进行描述性分析。结果济南市2005～2008年3个流感监测年度哨点医院流感样病例就诊百分比分别为3.81%、3.79%和2.93%,基本呈下降趋势。流感样病例就诊百分比各年龄组呈现显著差别,以0～4岁组最高,为5.90%。2005～2006年度流行优势毒株为甲1型,2006～2007年度流行优势毒株为甲3型,2007～2008年度乙型与甲3共同成为优势毒株。3个监测年度共报告流感样病例暴发疫情9起,有5起检出乙型流感病毒。结论2005～2008年济南市流感流行活动比较平稳,流行优势毒株不断发生变化,局部有暴发疫情发生。     

Isolation of novel triple-reassortant swine H3N2 influenza viruses possessing the hemagglutinin and neuraminidase genes of a seasonal influenza virus in Vietnam in 2010

Surveillance of swine influenza viruses (SIVs) in 31 pig farms in northern and southern parts of Vietnam was conducted. Six H3N2 influenza A viruses were isolated from a pig farm in southern Vietnam. They were novel genetic reassortants between a triple-reassortant SIV and a human seasonal H3N2 virus. Their hemagglutinin and neuraminidase genes were derived from a human virus circulating around 2004-2006 and the remaining genes from a triple-reassortant SIV that originated in North America. This is the first report describing the isolation of a novel triple-reassortant SIV in Vietnam.