嗜肺军团菌lvgA基因分析及实时荧光定量RT-PCR对军团菌的检测

目的确定不同嗜肺军团菌lvgA基因序列的差异性及其感染宿主细胞后转录水平的变化,建立基于lvgA基因检测嗜肺军团菌的荧光定量RT-PCR。方法通过使用NCBI/Blast,Pfam,TMHMMServer v.2.0等网络资源分析嗜肺军团菌lvgA基因编码蛋白的保守功能结构域、跨膜区域。根据参考序列设计引物,采用PCR技术从嗜肺军团菌基因组DNA中扩增lvgA基因,将其连接入克隆载体pMD18-T进行测序,并用cltust软件比较不同嗜肺军团菌菌株lvgA基因的核苷酸、氨基酸序列。根据lvgA基因和嗜肺军团菌16SrDNA序列内的特异保守区域设计引物,以实时荧光定量RT-PCR检测嗜肺军团菌在感染人单核巨噬样细胞THP-1后lvgA基因转录水平的变化,同时,采用基于lvgA基因的荧光定量RT-PCR对嗜肺军团菌患者血液样本进行检测。结果研究表明,嗜肺军团菌lvgA基因为军团菌毒力基因,其产物定位于外膜表面。不同嗜肺军团菌菌株中lvgA基因的核苷酸序列和氨基酸序列保守,相似度分别达:99%,96%,96%和99%,98%,98%。在感染宿主细胞后lvgA基因的转录水平上调明显,最高达4.3倍(P<0.05)。基于lvgA基因的荧光定量RT-PCR方法可有效地检测嗜肺军团菌患者血液样本中的嗜肺军团菌。结论 lvgA基因与嗜肺军团菌的毒力相关,建立的基于lvgA基因的荧光定量RT-PCR方法具有快速、敏感、稳定等优点,适用于嗜肺军团菌肺炎临床实验室的早期诊断。     

实时荧光定量RT-PCR检测急性出血性结膜炎CoxA24v病毒

目的对检测急性出血性结膜炎(AHC)病原CoxA24v的实时荧光定量RT-PCR方法进行特异性、敏感性、稳定性等方面的评估。方法利用实时荧光定量RT-PCR检测肠道病毒CoxA24v和其他几种肠道病毒,验证方法的特异性;根据TCID50进行倍比稀释,验证该方法的敏感性;将样品进行倍比稀释,做重复试验,验证方法的准确性。利用实时荧光定量RT-PCR对疑似AHC患者眼拭子进行检测。结果该方法对CoxA24v病毒的检测具有高度的特异性,对柯萨奇病毒A16、肠道病毒71等其他肠道病毒均无交叉反应。检测的灵敏度达0.1TCID50。用该方法对6个不同浓度的CoxA24 v进行5次检测,获得的结果重复性好。采用该方法检测疑似AHC患者标本,阳性者均测序,证明是Cox-A24v,未出现假阳性。结论实时荧光定量RT-PCR法是一种快速、敏感、特异、准确的方法,适用于急性出血性结膜炎的早期诊断和鉴别诊断。     

实时荧光RT-PCR与细胞培养法在流感病毒检测中的应用

目的探讨实时荧光逆转录聚合酶链式反应(rRT-PCR)在流感病毒检测中的应用,并比较与常规细胞培养方法的差异,以确定两种检测方法各自更适合的应用领域。方法收集烟台市两所国家级哨点医院就诊的流感样病例(ILI)咽拭子标本,应用实时荧光RT-PCR检测流感病毒核酸,阳性标本用狗肾传代细胞(MDCK)培养、分离流感病毒,比较两种检测方法的灵敏度及相关性差异。结果在617份标本中,实时荧光RT-PCR检测阳性152份,阳性率为24.64%;MDCK细胞培养法分离流感病毒79株,阳性率为12.80%。两者的阳性率差异有统计学意义(χ2=28.38,P<0.01)。结论实时荧光RT-PCR和细胞培养方法检测流感病毒具有一致的特异性。实时荧光RT-PCR可作为一种快速有效的流感病毒核酸检测法,适用于公共卫生应急疫情的实验室快速诊断;细胞培养法作为流感病原学监测的基础,用于核实暴发疫情的实验室诊断,对病毒进行抗原性和基因特性分析。     

基因1型狂犬病病毒一步法荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的在我国狂犬病均由基因1型狂犬病病毒（rabies virus,RV）引起。本研究针对RV N基因保守序列设计并合成了一套简并引物和Taqman探针,在优化反应条件的基础上,建立了检测RV核酸的一步法荧光定量RT-PCR（qRT-PCR）检测方法。方法与结果该方法能特异检测基因1型,不能检测基因2-7型和犬瘟热病毒（CDV）、犬细小病毒（CPV）、犬腺病病毒（CAV）、水泡性口炎病毒（VSV）、日本乙型脑炎病毒（JEV）等5种非狂犬病病原体,其检测灵敏度可达到4.68个TCID50的病毒含量。用该方法对29份新鲜和5份腐败的临床犬脑组织样品进行检测,并与国际金标准确诊方法狂犬病荧光抗体染色法（FAT）和乳鼠脑内接种试验（MIT）及本实验室建立的套式RT-PCR方法进行比较。结果表明所建立的qRT-PCR与套式RT-PCR的符合率为100%,二者均检测出12份阳性的新鲜样品和5份阳性的腐败样品,而FAT只检测出12份阳性的新鲜样品和1份阳性的腐败样品,MIT只检测出12份阳性,未检测出阳性腐败样品。检测中FAT和MIT确诊的所有阳性样品在qRT-PCR检测均是阳性,而在FAT检测为阴性的4份腐败样品在qRT-PCR为阳性,说明所建立的qRT-PCR方法准确性达到了FAT和MIT的水平,而且灵敏度更高,更适合于腐败样品的检测。结论研究结果表明该qRT-PCR方法特异性好、灵敏度高、污染率低、操作简单,在我国动物狂犬病临床诊断上具有巨大的应用价值。     

鼠类携带淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立检测鼠类携带淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒（lymphocytic choriomeningitis virus,LCMV）的实时荧光定量RT-PCR方法。方法根据LCMV核蛋白编码基因序列设计合成特异性引物对和TaqMan荧光探针,经优化反应体系和条件,建立LCMV实时荧光定量RT-PCR检测方法,然后进行灵敏度、特异性和重复性试验,并对79份宁波口岸捕获的鼠样品进行检测。结果建立实时荧光定量RT-PCR方法对鼠肺总RNA检测的灵敏度为20pg,是常规PCR方法的100倍;试验的重复性良好,CV值为0.85%;试验的特异性为100%。用该方法检测79份鼠样品有3份LCMV阳性,与常规RT-PCR结果一致。结论成功建立了鼠LCMV实时荧光定量RT-PCR检测方法,对于监测和防控鼠传LCM有重要意义。     

泡球蚴感染小鼠IL-17基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立与检测

目的建立检测泡球蚴感染小鼠IL-17的实时荧光定量RT-PCR方法,并用于泡球蚴病小鼠IL-17基因检测。方法通过腹腔注射100μl泡球蚴组织匀浆液建立泡球蚴感染小鼠模型,感染1个月后处死,提取肝脏总RNA,反转录得到cDNA;登陆GenBank,得到IL-17基因(U43088.1)全序列,选取保守序列,应用pri mer 5设计引物,β-actin作为内参,以10倍梯度稀释IL-17 PCR产物为标准品,进行实时荧光定量RT-PCR以确定方法的特异性和灵敏度;绘制标准曲线,确定IL-17基因检测的最佳条件。结果用建立的实时定量RT-PCR检测IL-17基因无非特异性扩增,各样品熔解温度均在81.0℃,熔解峰单一;mRNA检出限为1×102pg,106~102pg总RNA均有扩增;泡球蚴感染1个月后,IL-17基因表达显著增加,感染组和对照组分别为(0.008728±0.000984)和(0.003823±0.00082),差异有统计学意义(P<0.05)。结论成功建立了小鼠源IL-17基因实时定量RT-PCR检测体系。经检测,小鼠感染泡球蚴1个月后IL-17基因表达增加,表明IL-17在泡球蚴感染免疫调节...     

一种汉滩病毒和汉城病毒双重实时荧光定量 RT-PCR检测方法的建立

目的 建立一种汉滩病毒(Hantaan virus,HTNV)和汉城病毒(Seoul virus,SEOV)双重实时定量荧光RT-PCR检测方法.方法 根据HTNV和SEOV S基因设计引物和探针、优化反应条件,建立2种汉坦病毒的双重实时荧光定量RT-PCR方法.以甲型流感病毒、登革热病毒、新布尼亚病毒、寨卡病毒、新冠...     

实时荧光定量RT-PCR检测白血病细胞中BMI-1 mRNA的表达及其意义

目的：建立SYBR GreenI实时定量RT—PCR方法检测白血病细胞中BMI-1mRNA的表达并探讨其临床意义。方法：在TRIzol提取总RNA后,将mRNA逆转录成cDNA,再用SYBRGreenI实时定量PCR方法检测BMI—1 mRNA在白血病细胞系（K562、HL-60、Daudi、Jurkat、Molt-4、U937和THP-1）、56例AML初治患者的骨髓ACDA抗凝标本和30例健康体检者的外周血EDTA抗凝标本以及6例细胞形态学正常的骨髓ACDA抗凝标本中的表达,扩增产物的特异性通过熔解曲线和凝胶电泳双重确认,以ABL为内参照,采用2^-ΔΔct法计算其相对表达量。结果：①BMI-1 mRNA在白血病细胞系（K562、HL-60、Daudi、Jurkat、Molt-4、U937和THP-1）均存在表达,其中U937表达最高,而HL-60表达最低。②与对照组相比,BMI-1 mRNA在白血病细胞中的表达显著升高（P〈0．01）。结论：①SYBRGreenI实时RT-PCR是一种快速有效、灵敏度高、特异性好的定量检测BMI-1mRNA的方法。②BMI-1参与白血病的发生,可能是一种新的肿瘤分子标记物。     

荧光实时定量PCR方法在肺癌相关基因检测中的应用

目的研究实时定量荧光PCR在非小细胞肺癌患者肿瘤组织、正常组织及外周血中RRM1、ERCC1表达水平检测的应用价值。方法构建目的基因质粒标准品,运用PCR仪进行SYBR荧光实时定量分析,比较其表达水平。结果两者在外周血中表达水平与TNM分期、是否淋巴转移等有关;肿瘤组织和外周血中的表达具有一致性。结论荧光实时定量PCR具有良好的特异性和灵敏度,费用低,操作简便,可应用于临床检验工作。     

实时荧光定量RT-PCR对胃癌组织中hPMS2 mRNA 的检测及其临床意义

目的:探讨DNA错配修复基因hPMS2在胃癌组织中的表达水平及其临床意义.方法:应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术对41例胃癌患者的癌组织、37例癌旁萎缩性胃炎组织、25例慢性萎缩性胃炎组织及20例慢性浅表性胃炎组织中hPMS2 mRNA进行定量检测,以三磷酸甘油醛脱氢酶基因(hGAPDH)为内参照.结果:胃癌组织、癌旁萎缩性胃炎组织、慢性萎缩性胃炎组织及慢性浅表性胃炎组织中hPMS2 mRNA的含量分别是28.33±14.05,16.88±10.67,7.25±8.72和1.78±1.34,四组相比差异有显著性(F=31.82,P=0.00).胃癌组织中hPMS2 mRNA含量明显高于其他三组;癌旁萎缩性胃炎组织中含量明显高于非胃癌患者的胃炎组织,差异均有显著性(P＜0.01);而非胃癌患者的慢性萎缩性胃炎组织中hPMS2 mRNA的含量与慢性浅表性胃炎组织相比差别无显著性.hPMS2 mRNA含量与肿鬃瘤的大小、浸润深度、有无淋巴结转移关系不明显,差异均无显著性.结论:hPMS2基因的异常转录可能与胃癌的发生有关,而与胃癌的发展关系不大.     

Real-time RT-PCR检测西尼罗病毒一步法的建立

目的建立针对西尼罗病毒E基因的一步法Real-time RT-PCR检测方法,用于西尼罗病毒感染样本的快速准确检测和定量。方法针对西尼罗病毒的保守基因E设计引物和探针,建立一步法Real-time RT-PCR反应方法并分析敏感性和特异性。结果本研究建立的一步法Real-time RT-PCR方法可以特异性检测出西尼罗病毒,不与日本脑炎病毒及其他病毒产生交叉反应。该方法的最低检出浓度为3.6×102copies/μl,标准曲线的线性范围为3.6×102～3.6×107copies/μl。结论本研究建立的一步法real-time RT-PCR方法敏感性和特异性较高,且不易出现污染引起的假阳性结果,适合用于西尼罗病毒感染样本的检测。     

实时RT-PCR法检测感染小鼠不同组织标本中的委内瑞拉马脑炎病毒

目的为委内瑞拉马脑炎病毒所致疾病的早期诊断和流行病学研究提供技术支持。方法建立了委内瑞拉马脑炎病毒特异、敏感和快速的实时RT-PCR法,并对委内瑞拉马脑炎病毒感染昆明小鼠的不同组织标本中的病毒载量进行了定量检测。结果本研究建立的实时RT-PCR法敏感(10TCID50/ml)、特异(对其它甲病毒成员,如东部马脑炎病毒和西部马脑炎病毒检测为阴性)。该方法可从委内瑞拉马脑炎病毒感染小鼠后第1d的血液、脾脏、脑组织中检测到不同含量的病毒核酸,而在感染后第3d仅从脾脏和脑组织中检测到病毒核酸。结论实时RT-PCR法不仅是一种敏感、准确的检测方法,可用来了解病毒感染量与疾病严重程度的关系和评价病毒病疫苗的免疫效果,而且也为VEEV疾病的临床诊断和流行病学监测提供工具。     

两种检测尼帕病毒的实时荧光定量PCR方法的比较与效果验证

目的 建立稳定可靠的尼帕病毒特异性检测技术和方法,对该病毒进行监测和检测、预警预报.方法 本研究对已建立的两种尼帕病毒的实时荧光定量PCR检测方法的特异性与敏感性进行了比较和验证.结果 研究结果显示两种方法检测体外转录RNA时灵敏度为10 copies/μL,检测活病毒的灵敏度为10 TCID50/mL.特异性检测结果...     

实时定量RT-PCR检测急性早幼粒细胞白血病PML/RARα融合基因的临床意义

目的:探讨实时定量RT-PCR方法检测急性早幼粒细胞白血病(APL) PML/RARα融合基因的临床意义.方法:采用实时定量RT-PCR方法,用Taqman探针检测32例初治APL患者的PML/RARα融合基因3种异构体表达水平,并对治疗过程中的20例患者融合基因表达水平进行动态观察. 结果:①实时定量RT-PCR的敏感度为101拷贝数/μl,标准品日间差异及日内差异平均变异系数均<5%;②32例PML/RARα融合基因阳性的初治APL患者中,21例为PML/RARα融合基因长型异构体,11例为PML/RARα融合基因短型异构体;③32例初治患者PML/RARα融合基因表达量中位数和±s分别为1.44%,(1.29±1.46)%.比较异构体长型及短型标准拷贝数(NCN)中位数和±s分别为1.40%,(1.46±1.18)%和1.28%,(1.39±1.51)%,差异无统计学意义P<0.05;④20例治疗后APL患者PML/RARα融合基因表达水平随着临床治疗而改变.结论:①建立了检测APL微小残留病的高敏感性、高特异性的实时定量RT-PCR方法;②32例初治APL患者PML/RARα融合基因长型及短型异构体mRNA NCN差异无统计学意义;③PML-RARα融合基因表达水平的变化与临床疾病发展相一致,有助于疗效评价、微小残留病的检测和预后判断.     

Circulating clonal cells in multiple myeloma do not express CD34 mRNA, as measured by single-cell and real-time RT-PCR assays

The peripheral blood (PB) mononuclear cells in patients with multiple myeloma (MM) have been reported to include CD34-expressing cells that are clonally related to the myeloma cells. To determine whether there were elevated levels of CD34 mRNA or whether CD34+ cells in the PB include myeloma-related cells, we developed a quantitative real-time and a competitive CD34 RT-PCR assay working on single flow-sorted cells. Myeloma-specific cells were detected with allele-specific oligonucleotides (ASO) IgH PCR. PBSC products and mononuclear cell fractions in blood from normal donors, untreated and treated myeloma patients were analysed. When measured by flow cytometry, the numbers of CD34+/CD19+ cells were consistently < 0.1% of the mononuclear cells. In addition, no significant difference was found in the levels of CD34 mRNA between normal subjects and untreated MM patients (P = 0.935). In the treated group of MM patients the CD34 mRNA levels were significantly reduced (P = 0.052) because of the stem cell toxicity of melphalan. Further, no cells clonally related to the MM clone were found within the CD34 compartment, defined by a sort-gate that included all cells expressing CD34 mRNA, as no cells outside the used CD34 sort-gate had a detectable level of CD34 mRNA. We conclude that in myeloma patients, the myeloma clone is not found within the CD34 compartment.     

A New Multiplex Real-Time RT-PCR for Simultaneous Detection and Differentiation of Avian Bornaviruses

Avian bornaviruses were first described in 2008 as the causative agents of proventricular dilatation disease (PDD) in parrots and their relatives (Psittaciformes). To date, 15 genetically highly diverse avian bornaviruses covering at least five viral species have been discovered in different bird orders. Currently, the primary diagnostic tool is the detection of viral RNA by conventional or real-time RT-PCR (rRT-PCR). One of the drawbacks of this is the usage of either specific assays, allowing the detection of one particular virus, or of assays with a broad detection spectrum, which, however, do not allow for the simultaneous specification of the detected virus. To facilitate the simultaneous detection and specification of avian bornaviruses, a multiplex real-time RT-PCR assay was developed. Whole-genome sequences of various bornaviruses were aligned. Primers were designed to recognize conserved regions within the overlapping X/P gene and probes were selected to detect virus species-specific regions within the target region. The optimization of the assay resulted in the sensitive and specific detection of bornaviruses of Psittaciformes, Passeriformes, and aquatic birds. Finally, the new rRT-PCR was successfully employed to detect avian bornaviruses in field samples from various avian species. This assay will serve as powerful tool in epidemiological studies and will improve avian bornavirus detection.     

西尼罗病毒荧光RT-PCR检测方法的建立

目的用TaqMan技术建立荧光RT-PCR方法,用于检测西尼罗病毒(WNV)。方法从GenBank上调取WNV的基因序列,设计WNYA、WNYB、WNYC三套荧光RT-PCR,经优化后用于WNV灭活苗、乙型脑炎病毒(JEV)、黄热病毒(YFV)等11种病毒核酸的检测,同时用10倍倍比稀释的双链DNA、质粒DNA、cDNA、RNA进行扩增,以检测其灵敏度。结果建立的WNYA、WNYC荧光RT-PCR检出WNV灭活苗阳性,而JEV等10种非WNV病毒均为阴性,能检出30个拷贝和65个拷贝的双链DNA、420个拷贝和460个拷贝的质粒DNA;WNYB的反转录效率明显低于WNYA和WNYC。结论建立的WNYA、WNYC荧光RT-PCR可作为检测WNV的技术储备。