基因Ⅲ型乙型脑炎病毒Real-time PCR检测方法的建立及应用

目的建立针对云南地区流行的基因Ⅲ型乙型脑炎病毒株Real-time PCR检测方法。方法根据云南地区分离株乙型脑炎病毒株(Yunnan0901)基因组核苷酸序列设计特异性引物,构建pMD18-T-JEV-E质粒,以此为模板进行SYBR GreenⅠReal-time PCR扩增并制作标准曲线,摸索最佳反应体系条件,建立乙型脑炎病毒荧光定量PCR检测方法,并与普通RT-PCR方法相比较。结果建立的SYBR GreenⅠReal-time PCR标准曲线呈现良好的重复性和特异性,与模板浓度呈现良好的线性关系。与RT-PCR方法相比,SYBR GreenⅠReal-time PCR的灵敏度高10倍,而且不与猪瘟病毒、猪蓝耳病毒、猪圆环病毒、基孔肯雅病毒、辛德毕斯病毒核酸发生非特异性扩增,具有良好的特异性。用该方法检测云南部分地区的蚊虫样品,其中库蚊、按蚊乙型脑炎病毒阳性率分别为17.4%和30.7%,且主要为基因型Ⅲ型。结论本实验建立的检测基因Ⅲ型乙型脑炎病毒的SYBR GreenⅠReal-time PCR方法具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等特点,可应用于乙型脑炎疫情的监测。     

检测蚊虫感染黄病毒属病毒Real-time PCR方法的建立

目的 建立SYBR Green Real-time PCR检测和筛选黄病毒属病毒方法. 方法 参照文献报道的通用引物,以JEV cDNA 和DEN cDNA为模板,建立RT-PCR和SYBR Green Real-time PCR,检测和筛选黄病毒属病毒,并比较两者的敏感性. 结果 此黄病毒属引物适合两种反应体系,SYBR Green Real-time PCR方法的敏感性是RT-PCR方法的100倍,最低检出病毒浓度为0.5×10-2 PFU/ml. 结论 建立的两种方法均可用于黄病毒属病毒检测,以SYBR Green Real-time PCR方法具有更高的敏感性,对于黄病毒属病毒初筛检测具有应用价值.     

犬库布病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用北大核心CSCD

目的建立可检测狐狸物种中犬库布病毒(CaKoV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法。方法利用PCR方法扩增狐狸CaKoV的3D基因504bp,将其克隆到pEASY-Blunt载体,构建重组质粒作为阳性质粒,以其为模板建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,验证其灵敏度、特异性和重复性。结果建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法检测目的基因在6.12×10^(1)~6.12×10^(8)拷贝/μl时呈良好的线性关系,相关系数为0.994,斜率为-4.369,灵敏度6.12×10^(1)拷贝/μl。该方法对于CPV、CDV和CCV未出现特异性扩增。所有标准曲线在溶解温度为86.49℃时出现单一的特异峰。使用本方法检测2021年辽宁、山东地区的253份狐狸临床标本,总阳性率为7.91%。结论建立的CaKoV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法敏感、特异,用于狐狸CaKoV感染的快速检测。     

乙型脑炎病毒分型基因芯片的制备

目的制备乙型脑炎病毒分型基因芯片。方法根据乙型脑炎病毒的基因组学序列,应用生物学软件设计乙型脑炎病毒分型引物及探针,制备JEV分型基因芯片。PCR扩增荧光标记的片段与固定于玻片上的探针杂交后,进行芯片清洗、扫描及结果分析。通过特异性、灵敏性、重复性试验验证,建立分型基因芯片检测方法。结果杂交显示,设计的6条探针中有3条特异地与相应的标记样品杂交并在芯片上呈现较强的阳性杂交信号,其中1号探针能特异性检出乙型脑炎病毒,4、5号探针可对JEV-Ⅰ和JEV-Ⅲ型进行分型。制备的基因芯片具有可靠的重复性。结论建立的基因芯片具有高特异性、灵敏性及良好的重复性,可以快速、准确、高通量地对乙型脑炎病毒进行分型检测。     

猪圆环病毒3型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立针对PCV3的操作简单、重复性好、灵敏度较高的检测方法。方法利用PCR方法扩增PCV3保守区基因片段(312bp),将其克隆到pMD18-T载体,构建重组质粒pMD18-T-PCV3作为阳性标准品质粒。优化反应条件,建立定量检测PCV3的实时荧光定量PCR方法,并进行敏感性、特异性和重复性验证。结果建立的SYBR GreenⅠReal-time PCR方法的Ct值与标准品模板在4.24×10~1~4.24×10~8拷贝/μl范围内呈良好线性关系,其相关系数为0.996,斜率为-4.384。该方法特异性强,与PRRSV、FMDV、JEV、PCV2及PRV均无交叉反应;敏感性为4.24×10~1拷贝/μl,比常规PCR方法高10倍;组间和组内重复试验的变异系数均小于2%。利用实时荧光定量PCR方法对采集的155份猪肺组织进行检测,阳性率为36.13%,高于普通PCR阳性检出率的32.25%。结论建立的PCV3SYBR GreenⅠReal-time PCR方法敏感、特异,可用于猪体PCV3感染的快速检测。     

SYBR GreenⅠ实时PCR检测甲型H1N1与季节性流感病毒方法的建立

目的：建立一种检测甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法。方法：设计针对甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒HA基因的引物,分别进行SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应,同时进行熔解曲线和Tm值分析,并作灵敏度和重复性试验。 结果：结果表明该方法与H5、H7、H9亚型流感病毒及副流感病毒1、2、3型均无交叉反应。构建的荧光定量标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,扩增效率为：95.588%,检测灵敏度为101copies/反应体系,结果重现性好。成功地验证性检验了32份盲样标本。结论：本研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法敏感、不需荧光标记探针、成本低及高通量,能用于人类流感病毒的分型检测。     

猪嵴病毒 SYBRⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法检测PKV 3D蛋白在6.42×102 ~ 6.42×108拷贝/反应范围内有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%,扩增产物的融解曲线分析只出现1个单特异峰,融解温度为（84.94±0.24）℃,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,特异性强。所建立实时荧光定量RT-PCR方法组内变异系数为0.26%~1.14%,组间变异系数0.63%~1.79%,重复性好。本方法的建立为PKV的早期诊断及定量分析PKV感染程度和靶器官提供新的检测方法。     

检测基孔肯雅病毒SYBR Green I real-time PCR方法的建立及应用

目的建立一种基孔肯雅病毒的快速诊断方法。方法采用基孔肯雅病毒E1基因的重组质粒作为阳性标准品。优化反应条件,建立针对基孔肯雅病毒的SYBR Green I real-time PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果建立的SYBR Green I real-time PCR检测方法的Ct值与阳性标准品在6.94×10~0～6.94×10~8 copies/μl范围内呈良好的线性关系,相关性为0.997,斜率为-3.571;其检测下限为0.694 copies/μl,且对ZIKV、DENV和JEV等均无特异性扩增;所有稀释倍数的标准品在84.0℃出现特异性熔解峰;组内和组间变异系数均小于2%。采用该方法对93份蚊虫样品进行检测,基孔肯雅病毒核酸阳性率为2.15%,普通PCR核酸阳性率为1.07%。结论成功建立了针对基孔肯雅病毒E1基因的SYBR Green I real-time PCR检测方法。该方法灵敏、特异,可用于基孔肯雅病毒感染的快速诊断。     

猪戊型肝炎病毒SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

目的建立一种快速检测猪戊型肝炎病毒(HEV)的方法。方法针对HEVORF2基因保守序列设计1对引物,基于SYBR GreenⅡ染料,建立了检测HEV的实时荧光定量RT-PCR方法。结果该方法只能对猪戊型肝炎病毒检测到荧光,对猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪嵴病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒均不能检测到荧光信号,特异性好;检测HEV时,在4.10×10~2~4.10×10~8拷贝/μL内具有良好的线性关系,灵敏度可以达到1.00×10~2拷贝/μL,扩增相关系数为0.996,扩增产物的熔解温度为84.0℃±0.1℃,该检测方法组内变异系数为0.83%~0.94%,组间变异系数为0.83%~0.94%,重复性较好。利用该方法对临床61份来自四川各地的猪肠内容物进行检测,检出9份阳性,且与常规PCR检测方法的阳性符合率为100%。结论建立的针对HEV的荧光定量RT-PCR有效可行,对HEV的临床检测和进一步研究奠定了基础。     

SYBR GreenⅠ实时PCR用于血小板抗原HPA-2、3基因分型的研究

目的:应用SYBR GreenⅠ实时PCR技术,建立一个血小板抗原HPA-2、3的基因分型方法。方法:应用SYBR GreenⅠ实时PCR,分别扩增样本的HPA-2、3的a和b等位基因。在PCR反应后,依据a和b等位基因Ct值的差值△Ct,使用聚类分析K-means cluster分析法,确定HPA-2、3的基因型。将SYBR GreenⅠ实时PCR的基因分型结果和常规PCR-SSP法进行比较。此外对该法的重复性进行评价。结果:105个血液样本的SYBR GreenⅠ实时PCR基因分型结果和常规PCR-SSP法完全一致。10个血样的2次SYBR GreenⅠ实时PCR基因分型结果是一致的。结论:HPA的SYBR GreenⅠ实时PCR分型方法具有快速、简单、准确、通量高、重复性好等优点,要优于常规的PCR-SSP法。     

SYBR Green荧光PCR检测美洲钩虫方法的建立

目的建立荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法。方法提取虫体基因组DNA、根据GenBank中美洲钩虫ITS 2序列设计特异引物,PCR扩增ITS 2序列、克隆、测序和比对。常规PCR检验引物特异性。将ITS 2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做灵敏性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线的吸收峰单一,实验重复性良好。结论成功构建了SYBR Green I荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法,可用于快速、准确、定量检测美洲钩虫。     

登革Ⅱ型病毒SYBR GreenⅠqRT-PCR方法的建立

目的建立敏感、特异、快速的检测登革Ⅱ型病毒(DENV-2)SYBR GreenⅠqRT-PCR方法。方法根据GenBank上发表的DENV-2株核苷酸序列,应用Primer Express 3.0软件在保守区设计特异性引物,优化SYBR GreenⅠ荧光定量PCR反应条件,利用Sanger测序验证该方法的特异性和敏感性。结果该方法与其他血清型登革病毒、流感病毒等均无交叉反应,最低检出20个病毒拷贝/μl RNA。检测14份已知阳性和阴性血清,结果与预期一致。结论本研究建立的DENV-2 SYBR GreenⅠqRT-PCR特异性强、敏感性高,可用于输入性DENV-2早期感染诊断。     

口蹄疫病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立

摘要：为了快速高效的检测所有血清型口蹄疫病毒（FMDV）,根据FMDV聚合酶3D基因序列比对结果,设计特异性引物和MGB探针,通过反应条件的优化,建立了一步法荧光定量RT-PCR检测方法,并进行了特异性、敏感性、重复性试验。结果表明,该方法能特异性检测A型、O型、Asia I型FMDV,而对猪瘟、猪蓝耳病、猪圆环病毒、猪细小病毒、猪狂犬病毒、猪乙型脑炎等病原检测结果均为阴性;检测质粒的敏感性可达83.4copies/μL,检测病毒RNA的敏感性可达7.1fg/μL,比多重RT-PCR敏感性高10倍;对4份样品进行5次批内和批间重复检测,检测结果变异系数均小于2%。该方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于口蹄疫临床样品诊断、流行病学调查和畜产品安全监测。     

猪逆转录病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用北大核心CSCD

目的开发一种能够准确、灵敏、特异检测猪逆转录病毒(PERV)的荧光定量PCR方法。方法根据GenBank数据库中PERV Gag基因的高度保守序列,设计1对特异性引物,建立用于检测PERV的SYBR GreenⅠqPCR检测方法,并验证其灵敏性、重复性和特异性。结果建立的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R^(2)=0.998。该方法检测PERV下限为2.04×10^(2)copies/μl,批内批间变异程度较低,变异系数小于2%,且与PCV2、PRRSV、PEDV、TGEV和SVA等均无交叉反应。利用该qPCR方法对采集的49份猪组织样品进行检测,阳性率为81.63%,高于普通PCR阳性检出率的73.47%。结论建立的快速、定量检测PERV的SYBR Green I qPCR方法敏感、特异,具有一定的应用前景。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法.方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果 该法检测的线性范围为6.4×101～6.4×107拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×103拷贝/反应的标本批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.6%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为(80.40±0.18)℃.结论 SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-Ⅰ的进一步研究奠定基础.     

基于SYBR Green检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立一种方便快捷的检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR（Real-time PCR）方法。方法根据GenBank公布的微小隐孢子虫18s rRNA基因序列设计1对引物,通过质粒DNA和卵囊检测标准曲线的绘制及特异性和重复性的研究,建立检测微小隐孢子虫的基于SYBR Green的Real-time PCR方法,进而对奶牛粪便进行检测。结果建立的Real-time PCR法对检测微小隐孢子虫具有很高的特异性,质粒DNA和卵囊的检测阈值分别达到1个拷贝和10个卵囊,奶牛粪便阳性率为25.93%（21/81）,高于普通PCR检测率20.99%（17/80）。结论建立的Real-timePCR方法简便、快速,特异性强,敏感度高,可用于微小隐孢子虫的快速定量检测。     

尼帕病毒巢式RT-PCR方法的建立和初步应用

目的 建立灵敏、特异的检测尼帕病毒的巢式RT-PCR方法。方法 根据GenBank公布的尼帕病毒N基因序列,设计2对特异性引物(外引物和内引物),建立巢式RT-PCR方法,优化反应体系,测定特异性和灵敏度,并进行临床样品的检测。结果 该方法扩增的片段序列与源序列同源性均为100%。特异性试验结果表明本试验设计的内外侧引物不能从新城疫病毒、牛瘟病毒和日本乙型脑炎病毒中扩增出条带。敏感性试验结果表明,该方法最低能检测出的标准模板RNA浓度为39 fg/μL。100份临床样品检测结果全部为阴性。结论 初步建立了快速、灵敏、特异的检测尼帕病毒 N基因的巢式RT-PCR方法,可用于动物疫病监测和检验检疫等领域。     

羊口疮病毒SYBR Green I qPCR方法建立及VIR基因的遗传演化分析

目的 为快速、高效、准确地检出羊口疮病毒(ORFV),并进一步明确皖北地区羊群ORFV流行毒株的遗传变异情况。方法 本研究基于ORFV F1L基因建立SYBR Green I实时荧光定量PCR(qPCR)方法，对皖北地区羊场开展ORFV检测，并从阳性病料中PCR扩增ORFV的完整VIR基因，直接测序后进行遗传演化分析。结果 所建立ORFV SYBR Green I qPCR方法的线性关系良好，R²=0.994;扩增效率高，E%=95.62%;检测速度快，理论反应时间约15 min;灵敏度较高，检测下限为10 copies/μL,是普通PCR法的100倍；重复性良好，组内和组间变异系数分别为0.44%～1.14%和2.82%～3.16%。用该qPCR方法对采集自皖北地区的168份羊临床样本进行检测，其ORFV阳性率为37.5%(63/168)。PCR扩增阳性样本中ORFV的完整VIR基因并直接测序，共获得52条全长VIR基因序列，其中21条来源于山羊，31条来源于绵羊。52条VIR基因间核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.8%～100.0%和93.5%～100...     

实时荧光定量PCR检测人类EZH2基因方法的建立

目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类EZH2基因的方法.方法:将EZH2 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测EZH2,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为10,线性范围为101～108拷贝,相关系数r为-1.00,104copies/μl标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.0%和2.7%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(Tm)为(83.42±0.13)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测EZH2基因,具有高敏感性、高特异性和高精确性等优点,可作为进一步研究EZH2的方法.     

采用荧光定量RT-PCR法检测超极化激活环核苷酸门控阳离子通道

目的 建立用SYBR Green荧光染料检测超极化激活环核苷酸门控阳离子通道（HCN4）的实时定量RT-PCR方法。方法 提取窦房结细胞的总RNA,反转录成cDNA后,应用RT-PCR法检测HCN4的表达,通过琼脂糖凝胶回收PCR产物并构建重组质粒,用梯度稀释的质粒模板建立荧光定量RT-PCR法检测HCN4的标准曲线,并检测心脏组织中HCN4的表达水平。结果 成功构建了质粒重组子,并建立用SYBR Green荧光染料在RNA水平检测HCN4通道的标准曲线,相关系数为0.997重复6次实验组内和组间变异系数均<1.0％。心脏组织中窦房结HCN4表达量最高,心室表达量最低。结论 基于SYBR Green荧光染料建立的定量RT-PCR体系敏感性高,线性范围广,重复性好,可快速准确地检测HCN4的表达。