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相似文献
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1.
背景与目的 丙酮酸脱氢酶E1组分α亚基(PDHA1)是丙酮酸脱氢酶复合物的关键调控位点,发挥着连接糖酵解和三羧酸循环的重要作用,对癌症代谢转变具有重要意义。最新研究发现了一种新的细胞死亡方式,即铜死亡。PDHA1是铜死亡的相关基因,参与铜死亡过程的调控。本研究旨在利用生物信息学方法探讨PDHA1与乳腺癌预后的关系并建立预后相关的列线图模型。方法 运用TCGA、TIMER、UALCAN、HPA、STRING、Gene MANIA、Kaplan-Meier、GEPIA、GeneCards等多个数据库对PDHA1在乳腺癌中的临床病理特征关系、表达情况、蛋白互相作用网络、基因-基因互作网络、预后价值、基因集富集分析等进行分析,并使用R语言构建列线图模型。结果 PDHA1表达水平与乳腺癌T分期(P<0.001)、病理分期(P=0.031)、人种(P<0.001)、组织学类型(P<0.001)、PR状态(P<0.001)、ER状态(P<0.001)、PAM50亚型(P<0.001)有关。TCGA数据库结果显示,乳腺癌组织PDHA1 mRNA的表达水平明显低于正常乳腺组织(P<0.001),UALCAN数据库结果显示,PDHA1蛋白在乳腺癌中低表达(P<0.001),HPA数据库进一步验证了该结果。PPI蛋白互作网络显示有15个与PDHA1相关的互作蛋白。基因-基因互作关系网络图得到20个PDHA1相关的互作基因。PDHA1高表达组患者的总生存期(HR=1.26,95% CI=1.02~1.54,P=0.029)、无复发生存期(HR=1.18,95% CI=1.05~1.32,P=0.005 1)、进展后生存期(HR=1.41,95% CI=1.07~1.86,P=0.015)、无转移生存期(HR=1.29,95% CI=1.1~1.52,P=0.002 3)均低于PDHA1低表达组。GSEA结果表明PDHA1共表达基因在乳腺癌中主要参与S期、三羧酸循环等通路。从GeneCards中找到10种与PDHA1表达相关的化合物。将PDHA1表达、年龄、放疗、N分期和M分期纳入构建列线图,校准图显示列线图预测和实际观察之间有极好的一致性。结论 PDHA1高表达乳腺癌患者预后较PDHA1低表达患者差。PDHA1表达水平是影响乳腺癌患者预后的相关因素。基于PDHA1表达的列线图模型对于乳腺癌患者预后的评估有一定的价值。  相似文献   

2.
目的 探究RNF24基因在肝癌患者中的表达及其临床意义.方法 利用UALCAN、HPA数据库分析RNF24在肝癌中的表达情况.利用TIMER数据库检测RNF24与免疫浸润的相关性及对患者生存的影响.利用Kaplan-Meier plotter工具分析RNF24不同表达水平对肝癌患者临床预后的影响.最后,通过Firebr...  相似文献   

3.
目的 基于癌症基因组图谱的多组学数据,探讨铜死亡相关基因在肺腺癌中的生物学特征及临床意义。方法 从2022年3月发表于Science杂志上的一篇研究中,获取铜死亡相关基因。利用癌症基因组图谱全基因组数据揭示铜死亡相关基因在肺腺癌中的突变谱及拷贝数变异景观,并分析其对转录组表达的影响。利用Metascape分析对铜死亡相关基因进行注释,以进一步了解这些基因参与的通路或功能。随后采用单因素Cox分析及Kaplan-Meier方法确定这些基因与肺腺癌患者预后的关系,并用CellMiner分析识别可能靶向铜死亡相关基因的潜在抗癌药物。结果 铜死亡相关基因在肺腺癌中的突变频率较低,而基因突变对转录组表达的影响可能取决于突变的类型。基因拷贝数变异是导致铜死亡相关基因表达紊乱的重要因素。16个铜死亡相关基因主要参与了乙醛酸代谢和甘氨酸降解、铜离子进入、蛋白质脂酰化、细胞氨基酸分解代谢过程、氧化应激反应等,其中6个基因(DLD、FDX1、DLAT、DLST、PDHA1、CDKN2A)是肺腺癌患者的预后危险基因。CellMiner分析提示有13种药物与7个铜死亡相关基因存在相关性,他们可能是靶向铜死亡的...  相似文献   

4.
背景与目的 研究发现跨膜蛋白(TMEM)家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌(HCC)中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,进而探讨机制。方法 在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据,并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息,分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况,并绘制生存曲线,分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据,分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因,并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果 泛癌分析结果显示,TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示,TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(均P<0.05),且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示,TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示,TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外,功能富集分析显示,TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论 TMEM201在HCC组织中高表达,是影响HCC患者预后的独立危险因素,TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。  相似文献   

5.
目的:探讨细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A(CDKN2A)基因在胰腺癌中的拷贝数变异(CNV)情况及其与胰腺癌患者预后的关系。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库CNV与RNA Seq V2数据分析CDKN2A基因CNV与其mRNA表达水平的相关性,以及CDKN2A基因CNV对其他基因表达的影响。通过比对TCGA数据库及GTEx数据库比较CDKN2A基因在正常人与胰腺癌患者的表达差异,并分析CDKN2A基因CNV与胰腺癌患者预后的关系。应用DIVAD中基因本体分析(GO分析)联合KEGG对CDKN2A和其相关共表达基因进行功能基因富集分析。结果:通过对TCGA数据库挖掘发现,CDKN2A基因CNV与其mRNA表达呈正相关(Pearson:r=0.102,Spearman:r=0.257)。CDKN2A基因CNV胰腺癌中HOXC6、SLC2A1 mRNA表达水平明显升高,GGA2、MTAP mRNA表达水平明显降低(均P0.05)。相关性研究发现,CDKN2A基因与MTAP mRNA呈明显正相关(Pearson:r=0.42,Spearman:r=0.55)。通过对GTEx数据库分析,发现CDKN2A基因在胰腺癌组织中表达明显高于正常胰腺组织(P0.05)。携带CDKN2A基因CNV的胰腺癌患者总生存率与无瘤生存率均明显低于不携带该基因CNV的胰腺癌患者(均P0.05)。通过对包括CDKN2A相关共表达基因功能富集分析发现,这些共表达基因的功能主要集中于细胞周期的信号通路。结论:CDKN2A基因CNV在胰腺癌中是一种不良预后因素,可作为预测胰腺癌预后的指标。  相似文献   

6.
背景与目的 甲状腺癌的发病率呈逐年增长趋势,尽管其总体预后较好,但仍有部分患者因复发或转移而死亡。本研究旨在基于公共数据库应用生物信息学方法筛选甲状腺癌的预后风险基因。方法 从癌症RNA测序关系(CRN)数据库下载甲状腺癌的蛋白编码基因RNA-seq数据,筛选甲状腺癌中差异表达的蛋白编码基因。通过DAVID数据库对差异表达的蛋白编码基因进行功能富集分析。用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达蛋白编码基因之间的相互作用网络,分别用Cytoscape软件中的cytoHubba插件与ClueGO插件筛选核心基因,并对核心基因进行功能预测。用UALCAN数据库验证核心基因在甲状腺癌中的表达水平,通过GEPIA数据库对核心基因进行生存分析,分析核心基因的表达水平对甲状腺癌的生存时间有无影响。结果 筛选共得到913个差异表达的蛋白编码基因。这些基因主要富集于调控小分子GTP酶介导的信号转导、Z膜、结合肌动蛋白和细胞色素P450介导的药物代谢。构建互作网络后,筛选出10个核心基因,分别为TP53、ESR1、FOS、SYP、PPARG、ACTB、GRIA1、NRXN1、HDAC3和KIT,其中TP53得分最高,为62,它们均在甲状腺癌组织中表达下调;预测显示核心基因TP53、ESR1、PPARG可能参与了基因沉默的负性调控,TP53、FOS可能参与了RNA聚合酶II对pri-miRNA的转录调控过程。UALCAN数据库验证结果显示,除TP53外,其余核心基因均在甲状腺癌组织中表达下调(均P<0.05),与CRN数据库中的表达结果一致。生存分析结果显示,KIT的高表达与甲状腺癌患者的无病生存期明显相关(P=0.012),而对其总体生存期无明显影响(P=0.85)。结论 本研究筛选的蛋白编码基因KIT在甲状腺癌组织中呈低表达,其高表达与甲状腺癌的无病生存期密切相关,推测其可能成为甲状腺癌的预后风险标志物或治疗靶点。  相似文献   

7.
背景与目的 ATP结合盒(ABC)转运蛋白家族的成员ABCA5在多种肿瘤中发挥着重要的作用。然而,ABCA5在胰腺癌中的研究尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学分析及临床样本验证,探讨ABCA5在胰腺癌中的表达及与患者预后的关系,同时对ABCA5在胰腺癌中的可能作用机制进行分析。方法 使用TCGA和GEO数据库,分析ABCA5在胰腺癌组织及正常组织中的表达情况,并用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,Cox比例风险模型进行单因素与多因素分析。采用免疫组织化学法检测65例胰腺癌组织和癌旁组织中ABCA5的表达,并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。使用TIMER、STRING和Gene MANIA数据库对ABCA5与免疫细胞浸润、蛋白互相作用网络(PPI)和基因-基因互作网络进行分析。利用基因富集分析(GSEA)和相关性分析对ABCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路及其可能的作用机制进行探索。通过癌症药物敏感性基因组学(GDSC)分析ABCA5与治疗药物敏感性的关系。结果 在TCGA和GEO数据集中,ABCA5在胰腺癌组织中的表达明显低于正常组织(均P<0.05)。在TCGA和GSE62452数据集中,ABCA5低表达的患者生存时间明显缩短(均P<0.05);ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.458,P=0.001;HR=0.439,P=0.017)。65例临床病例分析显示,ABCA5在癌组织与癌旁组织相比处于低表达水平,且ABCA5低表达患者的预后更差(均P<0.05),单因素与多因素Cox回归分析表明ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.327,P=0.032)。TIMER数据库结果显示,ABCA5表达与免疫浸润密切相关。PPI蛋白互作网络显示,有14个与ABCA5相关的互作蛋白;基因-基因互作关系网络图得到20个与ABCA5相关的互作基因。基因富集分析与相关性分析结果显示,ABCA5在胰腺癌中可能与细胞周期和铁死亡有关。ABCA5高表达患者对5种治疗药物的IC50明显低于ABCA5低表达患者(均P<0.05)。结论 ABCA5在胰腺癌组织中低表达并与患者不良预后相关,其表达水平是胰腺癌患者预后的独立影响因素,ABCA5在胰腺癌中的作用机制可能与细胞周期、免疫调节和铁死亡有关。  相似文献   

8.
背景与目的 Gasdermin(GSDM)家族由6个重要分子组成,主要负责调控细胞焦亡等多种生物学过程。近来不断有研究表明GSDM家族的表达失调参与多种癌症进程,然而GSDM家族成员在胃癌中的表达、预后、功能和潜在机制研究尚待阐明。本研究旨在通过生物信息学方法系统性的分析GSDM基因家族各成员在胃癌中的作用。方法 使用ONCOMINE、GEPIA2、UALCAN、Kaplan-Meier Plotter、cBioPortal、TIMER 2.0、DiseaseMeth等多个数据库对GSDM家族分子在胃癌患者中的表达差异、预后价值、功能富集、基因改变、免疫浸润相关性、甲基化改变等方面进行了综合分析。结果 GSDM家族中仅DFNA5在胃癌中明显高表达,表达水平较正常组织升高2.479倍。DFNA5在TNM 2、3、4期的表达明显升高,同时在肿瘤分级2、3级的表达明显升高。GSDM家族中仅DFNA5在胃癌中有预后价值,高表达的DFNA5提示较差的总生存期。GSDM家族中GSDMD的基因变异率最高(19%),GSDMA、GSDMB、GSDMC次之(14%),DFNA5(8%)和PJVK最低(6%)。在胃癌中筛选出186个GSDM相关的共表达基因,这些分子可能通过炎症细胞凋亡、趋化因子反应、急性炎症反应相关的信号通路参与胃癌进程。多数GSDM家族成员的表达与CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、B细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突细胞的浸润存在不同程度的显著正相关,仅PJVK在巨噬细胞和树突细胞浸润中呈负相关。GSDMA、GSDMD在胃癌组织中处于低甲基化水平。结论 GSDM家族成员在胃癌中存在表达及功能紊乱。GSDM家族特别是DFNA5分子可能成为胃癌诊断和预后评估的重要肿瘤标志物,为开发新的胃癌治疗靶点提供思路。  相似文献   

9.
背景与目的 肝癌(肝细胞癌占75%~85%)每年的新发病例数及死亡例数在我国所有癌症类型中高居第五和第二位,肝癌生长、转移、免疫逃逸及治疗抵抗的分子机制复杂,是目前研究的热点及难点。研究发现ε和δ亚型微管蛋白复合物2(TEDC2)在多种恶性肿瘤中表达上调,且与预后相关,但目前肝癌中的临床意义尚未见报道,因此,本研究探讨TEDC2在肝癌中的表达及其与患者预后的关系。方法 从TCGA和ICGC数据库中下载肝癌患者的转录组数据及临床病理资料,通过GEPIA2网站对TEDC2行泛癌分析,用Kaplan-Meier法分析TEDC2表达与患者预后的关系,用单因素和多因素Cox回归模型分析患者的预后因素,用基因富集分析探索TEDC2表达相关的生物学功能。结果 泛癌分析发现TEDC2是肾上腺皮质癌(ACC)、肾透明细胞癌(KIRC)、肾乳头状细胞癌(KIRP)、急性髓细胞样白血病(LAML)、肝癌(LIHC)和肺腺癌(LUAD)这6种癌症的风险预后因子。TCGA和ICGC数据分析均表明肝癌组织中的TEDC2表达水平高于正常组织(均P<0.05)。TEDC2的表达水平与TNM分期、T分期、组织学分级有关(均P<0.05),与性别、年龄无关(均P>0.05)。生存分析显示,TEDC2高表达的患者总生存期和无病生存期短于TEDC2低表达的患者(均P<0.05)。单因素和多因素Cox回归分析发现,TNM分期、T分期、TEDC2表达是肝癌预后的风险因素,而仅TEDC2表达在TCGA和ICGC患者中均是肝癌的独立预后因子(均P<0.05)。基因富集分析发现在TEDC2高表达样本中富集细胞增殖相关的通路。结论 TEDC2在肝癌组织中高表达,并且是肝癌的独立预后因子,其高表达与患者的不良预后密切相关,而且,机制可能与细胞增殖活性增加有关。  相似文献   

10.
背景与目的:YTH基因家族的所有成员都属于m6A阅读蛋白,负责参与肿瘤发生发展过程中的甲基化调控.然而,YTH基因家族在肝癌中的表达情况和具体作用仍有待进一步阐明.本文旨在通过生物信息学方法探究YTH家族成员在肝癌中的表达与预后价值,及其与免疫浸润及相关功能的关系.方法:用UALCAN数据库分析YTH基因家族在肝癌及其...  相似文献   

11.
背景与目的:肝细胞癌(HCC)是一种全球常见的恶性肿瘤,具有高复发率和高病死率。铜死亡是一种新型的程序性细胞死亡,涉及肿瘤细胞的增殖和生长、血管生成和转移。因此,本研究探讨铜死亡相关基因(CRGs)在HCC中的表达与预后的关系,并建立预后相关的列线图模型以及分析CRGs与HCC免疫细胞浸润的关系。方法:使用R语言“limma”包对TCGA数据库下载的HCC组织与正常组织的数据中CRGs进行差异表达分析;“clusterProfiler”包进行GO和KEGG分析;单因素Cox回归分析筛选与预后相关的CRGs,LassoCox回归分析构建HCC中CRGs相关预后评分模型;“ggsurvplot”包以总生存(OS)为结局绘制Kaplan-Meier生存曲线;“survival ROC”包绘制ROC曲线评估预后评分的准确性;“regplot”和“rms”包绘制列线图和校准曲线;利用TIMER数据库分析CRGs的表达与6种免疫细胞丰度之间的关系。结果:与正常组织相比,HCC组织19个CRGs中的16个有差异表达(上调:PDHB、PDHA1、MTF1、LIPT1、LIPT2、LIAS、GLS、DL...  相似文献   

12.
13.
背景与目的 垂体瘤转化基因1(PTTG1)是一种癌基因,在多种肿瘤中高表达,可作为癌症侵袭转移的生物标志物。然而,PTTG1在乳腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系并不清楚。本研究旨在研究乳腺癌中PTTG1的表达与患者预后的关系及其对免疫细胞浸润的影响,并初步探讨PTTG1在乳腺癌发生发展中的可能作用机制。方法 利用Oncomine 4.5数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库分析乳腺癌组织中PTTG1的表达情况及其预测患者预后的价值。Coexpedia筛选出PTTG1的共表达基因,并通过GO数据库和KEGG数据库分析其共表达基因富集的通路情况。TIMER数据库用于分析乳腺癌中PTTG1基因表达水平与免疫细胞浸润的关系。采用multiMiR的R语言包预测与PTTG1及其共表达基因相互作用的microRNA,并使用Cytoscape进行网络可视化。结果 PTTG1在乳腺癌组织中表达明显升高,且高表达PTTG1患者的预后明显差于低表达PTTG1的患者(P<0.001)。乳腺癌中PTTG1基因及其共表达基因集GO功能主要富集在核分裂、细胞器分离及染色体分离上,KEGG通路富集则集中在细胞周期、减数分裂、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ型(HTLV-1)感染和p53信号转导通路上。PTTG1的表达水平与CD4+ Th1细胞(r=0.490,P=3.52e-61)、CD4+ Th2细胞(r=0.765,P=3.7e-192)、巨噬细胞(r=0.308,P=2.8e-23)、B细胞(r=0.228,P=3.69e-13)和中性粒细胞(r=0.121,P=1.27e-04)的浸润水平呈明显正相关,与CD8+T细胞浸润水平呈明显负相关(r=-0.198,P=3.16e-10)。用multiMiR R语言数据包分析发现共有17个共同靶向PTTG1及其共表达基因的microRNA。结论 PTTG1在乳腺癌组织高表达并与患者的不良预后相关,PTTG1在乳腺癌中的表达水平与免疫浸润密切相关。PTTG1高表达可能通过调控细胞周期和p53信号通路而使得肿瘤增殖和侵袭能力增强,进而导致乳腺癌的不良预后。PTTG1可能在乳腺癌中发挥癌基因的作用,提示PTTG1可以作为乳腺癌潜在的诊断和预后标记物。  相似文献   

14.
BackgroundAlternative splicing (AS) is believed to play a vital role in tumor development. Therefore, comprehensive investigation of AS and its biological function in prostate cancer (PCa) is crucial.MethodsThe AS profiling of 489 patients with PCa was obtained from The Cancer Genome Atlas (TCGA) SpliceSeq database. Bioinformatics tools were used to describe splicing associations and build prognostic models. Unsupervised clustering of the determined prognostic AS events and the relationship with immune characteristics were also explored.ResultsIn total, 20,723 AS events were detected and 2,805 were identified in PCa. In the regulatory networks, the data suggested a significant correlation between splicing factor (SF) expression and AS events. To stratify the progression risk of PCa patients, prognostic models were constructed using splicing patterns. Six AS events were screened out as independent prognostic factors for progression-free survival. Based on the gene features, we constructed the combined prognostic predictors model, and the receiver operating characteristic (ROC) curve for this model reached a high area under the ROC curve (AUC) of 0.729793, indicating a favorable ability to predict patient outcomes. Through unsupervised clustering analysis, the correlations between AS-based clusters and prognosis as well as immune characteristics were revealed. The correlation analysis on TIMER revealed the relationship between gene expression and immune cell infiltration.ConclusionsThis in-depth genome-wide analysis of the AS profiling in PCa revealed unique AS events associated with cancer progression and the infiltration of immune cells, with potential for predicting outcomes and therapeutic responses.  相似文献   

15.
背景与目的 结直肠癌肝转移(CLM)存在不同的病理生长模式(HGP),其中替代型HGP(RHGP)与血管选定形成密切相关,直接影响抗血管生成疗法效果,导致不良临床预后。因此,本研究初步探讨HGP的分子病理特征,以期为CLM分子机制研究提供基础。方法 收集2010—2020年中南大学湘雅医院普通外科行手术切除的103例CLM患者临床资料及石蜡标本,其中,58例为促纤维组织增生型HGP(DHGP)、45例为RHGP。根据HGP国际专家共识指南,评估RHGP与CLM患者临床病理因素的相关性。通过免疫组化方法检测WAVE2和CD31的蛋白表达,分析RHGP与血管选定和WAVE2的关系。TIMER2.0数据库分析WAVE2与免疫浸润相关性。KEGG数据库分析WAVE2相互作用分子。结果 HGP与肝转移瘤发生时间和淋巴结转移明显有关(均P<0.05)。DHGP组和RHGP组CD31阳性率分别为27.5%和37.0%,WAVE2蛋白高表达率分别为58.6%和82.2%,差异有统计学意义(P=0.023,P=0.011)。WAVE2表达与B细胞(r=0.258,P=1.41e-07)、CD4+T细胞(r=0.467,P=3.67e-23)、CD8+T细胞(r=0.318,P=5.47e-11)、中性粒细胞(r=0.407,P=2.02e-17)、巨噬细胞(r=0.301,P=6.63e-10)和树突状细胞(r=0.438,P=3.01e-20)免疫浸润明显相关。WAVE2表达与CTTN(r=0.454,P=1.26e-24)、HDAC4(r=0.54,P=5.43e-36)、CYFIP1(r=0.39,P=4.24e-18)、CDC42(r=0.443,P=2.12e-23)、PDGFB(r=0.316,P=4.25e-12)、PRKACA(r=0.363,P=1.05e-15)等下游分子均呈明显正相关。结论 WAVE2表达可能通过促进结直肠癌细胞迁移运动,调节血管选定和肿瘤免疫微环境,参与RHGP的形成。  相似文献   

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