基于网络药理学和分子对接探讨六君子汤治疗胃肠功能障碍的作用机制※

目的 基于网络药理学及分子对接技术分析六君子汤治疗胃肠功能障碍的核心成分、共作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCM-SP）数据库进行检索并筛选六君子汤的活性成分及作用靶点,运用Disgenet、MOIM、Genecards数据库检索胃肠功能障碍的相关作用靶点,取二者靶点交集,应用STRING平台及Cytoscape 3.10.0软件构建六君子汤-成分-靶点蛋白-疾病互作网络图;凭借微生信平台对所得交集靶点进行富集分析并绘制GO和KEGG富集分析图,最终使用pymol和AutoDock软件实现分子对接可视化。结果 六君子汤药物活性成分共131个,药物靶点218个,疾病相关靶点1376个,药物与疾病共靶点108个,GO分析中生物过程3584条,细胞组成186条,分子功能348条,KEGG分析获得通路229条,分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点对接成功,具有良好的结合活性。结论 六君子汤可能通过槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、木犀草素、豆甾醇、山奈酚等有效成分,作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1等靶点,参与糖尿病并发症通路、卡波西肉瘤相关病毒感染等信号通路,实现调节胃肠动力、抗炎等作用,从而改善胃肠功能障碍患者预后。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学、分子对接和实验验证的补骨脂效应成分及其抗骨质疏松作用机制探讨

目的 基于网络药理学、分子对接技术探讨补骨脂效应成分抗骨质疏松的作用机制,并进行实验验证。方法 采用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱飞行时间质谱法表征补骨脂水提取物的化学成分,结合SymMap、Herb、TCM-ID、GEO数据库,STRING平台和Cytoscape软件,筛选了补骨脂抗骨质疏松（OP）的核心药效成分与重要靶点,并进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;利用AutoDock软件对核心药效成分与重要靶点进行分子对接验证,通过体外细胞实验进行了初步验证。结果 共筛选得到补骨脂效应成分31个、重要靶点256个,其中过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）为核心靶点。GO分析和KEGG信号通路分析分别筛选出符合条件的417个生物过程和123条信号通路,其中有8条核心靶点参与的通路。采用分子对接实验和体外细胞实验对其中腺嘌呤核苷一磷酸激活的蛋白激酶（AMPK）关键信号通路进行验证。分子对接结果显示,补骨脂治疗OP的主要活性成分补骨脂甲素、甲基补骨脂黄酮与蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出的核心靶点蛋白PPARG结合活性较好;细胞实验表明,2个成分可以促进成骨细胞的增殖和分化,对部分AMPK通路相关基因有上调的作用。结论 应用网络药理学和生物信息学方法,结合分子对接和细胞实验,可揭示补骨脂有效成分通过AMPK信号通路治疗OP的潜在作用机制,为补骨脂的药效物质基础研究提供了新思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于网络药理学与分子对接技术的“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症的作用机制研究※

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症（HLP）的作用机制。方法 通过使用TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库筛选陈皮、山楂的活性成分和作用靶点;通过Genecards、Disgenet和OMIM数据库获取HLP潜在作用靶点;通过Venny网站获取“陈皮-山楂”药对与疾病的交集靶点;使用Cytoscape软件构建活性“成分-疾病-交集靶点”网络图;使用String数据库和Cytoscape软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）生物功能分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后利用AutoDock Vina软件对主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 得到“陈皮-山楂”药对潜在活性成分71个、潜在作用靶点414个,HPL疾病靶点1056个,其中成分与疾病交集靶点共88个;GO生物过程作用于激素反应、细胞对激素刺激的反应等602个条目,GO细胞组分富集作用于转录调节复合物、囊泡腔等23个条目,GO分子功能富集作用于核受体活性、配体激活转录因子活性等47个条目;KEGG通路分析共得到127条通路,与脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路和AMPK信号通路等有关;分子对接结果证实主要活性成分槲皮素、柚皮素与关键靶点PPARA、TP53结合能力良好。结论 “陈皮-山楂”药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对高脂血症的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨参芪五味子胶囊治疗焦虑症的机制

[目的] 通过网络药理学和分子对接技术探讨参芪五味子胶囊治疗焦虑症的作用机制。[方法] 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）预测和筛选参芪五味子胶囊的主要生物活性成分及其靶点,与GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库检索筛选出的焦虑症疾病靶点交集整合;借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;依托Cytoscape软件绘制“药物-成分-靶点”以及“成分-靶点-通路”的网络关系图;采用Autodock分子对接技术将关键靶点与参芪五味子胶囊中关键活性成分进行验证。[结果] 获得成分靶点238个,疾病靶点919个,交集靶点62个,通过CytoNCA插件筛选出19个核心靶点;GO分析表明,主要涉及信号转导、基因表达正调控、同种蛋白结合、细胞外配体门控离子通道活性、苯二氮卓类受体活性等;KEGG分析表明,主要富集通路涵盖AGE-RAGE信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路等;分子对接显示,36组关键靶点与活性成分组合结合能均小于-20.92 kJ/mol,证明结合良好。[结论] 参芪五味子胶囊可通过多成分-多靶点-多通路发挥治疗焦虑症的作用,为后续探究参芪五味子胶囊治疗焦虑症提供研究思路。     

基于网络药理学探究黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性的作用机制

目的 基于网络药理学方法探究黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）在线平台获取黄芪与桂枝的潜在活性成分及及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索与化疗引起的神经毒性相关靶点,将上述二者共有的靶点输入STRING数据库,获取蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction network,PPI）网络;通过Cytoscape 3.2.1软件中CytoNCA插件筛选潜在核心靶点,并构建“活性成分-核心靶点-疾病”网络;通过DAVID在线软件进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 黄芪-桂枝药对经筛选得到38个潜在活性成分和442个潜在作用靶点,其中与化疗引起的神经毒性共同作用的靶点有242个,通过拓扑学层面挖掘得到核心靶点46个。GO功能富集分析发现黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性主要与基因的转录表达、细胞凋亡及对药物的反应等相关。KEGG通路富集分析发现黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性主要与癌症相关信号通路、乙型肝炎通路及磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol 3-kinases,PI3K）-蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）信号通路等相关。结论 黄芪-桂枝药对能够通过多成分、多靶点、多途径的作用方式,从基因的转录表达、细胞凋亡等方面发挥防治化疗引起的神经毒性的作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化潜在作用机制研究＊

目的 通过网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的功效物质基础和作用机制。方法 依托TCMSP和TCMID数据库筛选出当归补血汤的活性成分和蛋白靶点，通过GeneCards数据库搜集动脉粥样硬化发病靶点，将成分靶点与疾病靶点取交集筛选出关键靶点；再通过STRING 11.0平台、Omicshare分析平台进行蛋白互作（PPI）网络、GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析，找出核心成分及枢纽基因，通过分子对接，进一步明确其发挥治疗效用的分子机制。结果 筛选得到当归补血汤治疗动脉粥样硬化14个化合物成分，36个关键靶点，GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析筛选得到前20条信号通路，主要集中在炎症、心血管疾病、内分泌和代谢疾病等相关信号通路，分子对接结果显示3种度值较高的活性化合物与四类枢纽靶点蛋白均存在较强的结合作用，异鼠李素和AKT1蛋白结合性最强。结论 当归补血汤中槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心活性成分可通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1等相关枢纽靶点，调节与炎症、氧化应激、脂质代谢相关的通路，达到治疗动脉粥样硬化的作用。     

小承气汤“成分-靶点-通路”的网络药理学研究＊

目的 基于网络药理学分析小承气汤活性成分-靶点-通路，研究其药理机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和中药综合数据库（TCMID）获取小承气汤化合物成分；利用Swiss Target Prediction数据库和STITCH数据库预测中药活性成分作用靶点；利用STRING平台构建蛋白互作网络（PPI），依据度值和介数筛选关键靶点；利用DAVID数据库对关键靶点进行GO/KEGG功能富集；将小承气汤部分核心成分与肿瘤坏死因子α进行分子对接分析。结果 获得小承气汤有效活性成分62个，主要是蒽醌衍生物、酚类和黄酮类成分；筛选出50个关键靶点，包括炎症相关酶EGFR、EGF、TNF-α、MMP9、PTGS2等，神经递质转运、代谢等相关的SLC6A4、MAOA、MAOB、CASP3等；对关键靶点的ontology（GO）分析结果共27条，涉及细胞对白介素1的反应、细胞对脂多糖的反应以及一氧化氮生物合成过程的正反馈等炎症介质代谢相关的生物过程等；KEGG通路富集分析结果共63条，作用于TNF信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、炎症性肠病、色氨酸代谢和VEGF信号通路等；分子对接显示芦荟大黄素、β-谷甾醇、儿茶素、木犀草素、厚朴酚与肿瘤坏死因子α的对接结果良好。结论 采用网络药理学方法初步阐明了小承气汤的药效物质基础、作用的关键靶点和主要作用途径，为该方进一步的药理学研究和机制研究提供理论依据。     

基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS和网络药理学探讨益气祛风方治疗糖尿病肾病作用机制

[目的] 借助超高效液相色谱-四级杆静电场轨道阱质谱仪（UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS）技术结合网络药理学和分子对接技术，分析益气祛风方防治糖尿病肾病（DN）的物质基础和作用机制。[方法] 采用UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS鉴定益气祛风方的主要化学成分，采用网络药理学方法构建“主要成分-核心靶点-信号通路”网络，进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。[结果] 从益气祛风方共鉴定出115个化学成分，获得40个核心靶点，主要涉及磷脂酰肌醇-3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、脂质及动脉硬化、糖基化终产物及受体（AGE-RAGE）信号通路、趋化因子信号通路及低氧诱导因子（HIF）1信号通路等。分子对接结果表明生松素、荠苧黄酮、槲皮素、N-乙酰多巴胺二聚体-1、N-乙酰多巴胺二聚体-2等成分与部分核心靶点有较好的结合活性。[结论] 本研究初步鉴定了益气祛风方治疗DN潜在的有效成分并预测了其作用靶点，为进一步研究中医“从风论治”法和益气祛风方治疗糖尿病肾病的作用机制提供了新的思路。     

基于网络药理学技术解析海马“壮阳、益精”功效的物质基础、潜在靶点与分子机制※

目的 运用网络药理研究技术探讨中药海马“壮阳、益精”功效的物质基础、潜在靶点和分子机制。方法 通过检索中国知网（CNKI）和国际性综合生物医学信息书目数据库（Medline）构建中药海马的功效成分数据库,运用网络药理学技术对药物成分靶点、疾病靶点、疾病-成分核心靶点 KEGG 通路、基因本体（GO）等进行关联算法分析。结果 筛选得到海马壮阳功效成分核心靶点 133 个,涉及 39 条相关信号通路;益精功效成分核心靶点 7 个,涉及 2 条信号通路;海马“壮阳、益精”功效的重要靶点显著富集在癌症发生、糖尿病、免疫、炎症相关的 7 条信号通路。结论 本研究从网络药理学角度初步阐释了氨基酸、脂肪酸、甾体和磷脂等成分均为中药海马“壮阳、益精”的功效物质,其作用机制可能与癌症发生、炎症、免疫与糖尿病等相关信号通路的调节有关。     

基于网络药理学探讨二妙散治疗湿疹的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究二妙散治疗湿疹的作用机制。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP），结合文献报道，获取二妙散的活性成分和作用靶点，借助Uniprot数据库对靶点蛋白名称进行规范；通过GeneCards、Disgenet收集湿疹相关靶点；运用在线Venny作图平台，得到二妙散治疗湿疹的潜在作用靶点；利用STRING平台构建潜在靶点PPI网络，并将其导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因；通过DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析，采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-湿疹”网络并进行拓扑分析，使用Autodock软件对核心活性成分和潜在关键靶点进行分子对接验证。结果 二妙散治疗湿疹可能与槲皮素、汉黄芩素、豆甾醇等29个活性成分有关，AKT1、IL6、TNF等为关键靶点；富集分析得到GO条目651条，KEGG通路120条，主要涉及TNF信号通路、利什曼病信号通路等；分子对接结果显示，上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。结论 二妙散中多种活性成分通过作用于AKT1、IL6、TNF等关键靶点，调节多条信号通路，发挥治疗湿疹的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制

[目的] 探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制。[方法] 在中药系统药理数据库（TCMSP）筛选疏风止痉方12味中药活性成分,并预测作用靶点;运用GeneCards、OMIM数据库获取耐药性癫痫相关基因,获得DRE相关靶点;利用R4.0.0语言筛选药物和疾病的交集靶点,借助String数据库构建靶点蛋白互作网络;通过Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化学成分-疾病靶点网络;使用R语言进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用Cytoscape软件构建KEGG关系网络;最后通过AutoDock Vina对重要化合物作分子对接验证。[结果] 得到潜在作用靶点165个,筛选出槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素5个主要化学成分,7个核心靶点PT－GS2、HSP90AA1、ESR1、AR、MAPK1、AKT1、MAPK3,基因富集分析得到2 584条GO功能条目和171条KEGG通路。分子对接结果表明疏风止痉方中主要活性成分与核心作用靶点具有良好的结合活性。[结论] 该研究初步揭示了疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制,主要是通过抗病毒、抑制炎症、神经保护等作用起到协同增效作用,为临床合理应用提供了理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接挖掘地锦草抗类风湿关节炎的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接实验挖掘地锦草对类风湿关节炎的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的生物信息学分析工具（Batman-TCM）、基因组注释数据库（GeneCard）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）以及文献检索获取地锦草的活性成分、作用靶点、类风湿关节炎相关靶点，String数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape 3.8.0构建成分-靶点-疾病网络，Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析，AutoDockVina分子对接验证。结果 共获得15个主要活性成分和38个关键靶点。GO功能富集分析得到53个分子功能条目，主要涉及DNA结合转录因子结合、核糖核酸聚合酶II特异性脱氧核糖核酸结合转录因子结合受体配体活性、泛素蛋白连接酶结合、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性；KEGG 通路富集分析得到 89条信号通路，主要包含脂质与动脉粥样硬化、流体切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子信号通路、细胞凋亡、化学致癌-受体激活、白细胞介素-17信号通路等；分子对接验证发现槲皮素、山奈酚、4''，5-二羟基黄酮与关键抗类风湿关节炎靶点蛋白结合较好，4''，5-二羟基黄酮与AR靶点形成最佳结合。结论 地锦草主要通过PTGS1、AR、DPP4、HSP90AA1、RELA等靶基因对炎症因子、细胞凋亡及相关功能进行调节而发挥治疗类风湿关节炎的作用。     

麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支原体肺炎与支气管哮喘的网络药理学机制研究

[目的] 研究利用网络药理学及分子对接技术探究麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支气体肺炎（MPP）与支气管哮喘（BA）的共同潜在靶点及作用机制。[方法] 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）与中国知识资源总库（CNKI）筛选麻杏石甘汤的活性成分及其作用靶点,运用UniProt数据库将其进行标准化。运用GeneCards、OMIM数据库收集MPP与BA疾病相关靶点。利用Venny2.1获取药物-疾病共有靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建疾病-药物-成分-靶点网络;将交集靶点输入STRING数据库进行蛋白相互作用蛋白相互作用（PPI）网络构建。利用DAVID数据库对共同靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后利用AutoDockTools软件将核心成分与关键靶点进行分子对接。[结果] 筛选得到麻杏石甘汤有效成分123种,相关靶点208个。MPP疾病靶点374个,BA疾病靶点2 623个,药物-疾病交集靶点46个。GO富集分析获得生物过程276个（P<0.05）,细胞组成15个（P<0.05）,分子功能33个（P<0.05）。KEGG通路富集分析获得麻杏石甘汤治疗MPP与BA的共同通路主要有糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等;分子对接表明核心成分与关键靶点多能形成稳定结构。[结论] 麻杏石甘汤通过多成分、多靶点、多途径的特点治疗MPP与BA,为中医“异病同治|理论提供新的思路,同时也为麻杏石甘汤的临床应用及机制研究提供了生物信息学依据。     

基于网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制研究※

目的 运用网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选丹参饮中药有效化学成分与对应靶点蛋白,利用GeneCards、PharmGKB、Therapeutic Target Database（TTD）以及DrugBank数据库收集慢性心力衰竭疾病相关靶点,通过R软件获取疾病与药物交集靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建“丹参饮-成分-慢性心力衰竭-靶点”网络关系图,通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络关系,绘制可视化图形。基于R软件基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析语言包对交集靶点进行富集分析;通过Autodock Vina软件对关键化学成分与关键靶点进行对接分析,利用Pymol软件实现分子对接可视化。结果 筛选后获得药物有效化学成分78种,对应靶点134个,疾病靶点2096个,取两者交集获得92个潜在治疗靶点;丹参饮治疗慢性心力衰竭的核心化学成分为木犀草素、丹参酮ⅡA、β-谷甾醇,核心靶点为STAT3、AKT1和TP53蛋白;KEGG富集分析显示主要信号通路是PI3K-Akt信号通路,分子对接结果表明核心成分与关键靶点均能结合稳定。结论 丹参饮通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性心力衰竭。     

基于网络药理学探讨青钱柳调节血糖的作用机制＊

目的 通过网络药理学及分子对接的方法探讨青钱柳调节血糖的潜在作用机制。方法 通过文献对青钱柳进行化学成分搜集，利用Swiss ADME平台进行活性成分筛选，借助Swiss Target Prediction数据库进行作用靶点进预测，运用Cytoscape 3.8构建药物成分-靶点网络；检索Genecards，OMIM以及Disgenet数据库获取血糖靶点；通过韦恩图，得到青钱柳调节血糖靶点；使用String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；使用metascape数据平台进行基因分类（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。构建青钱柳调节血糖活性成分-共同靶点-信号通路网络。同时进行分子对接验证。建立实验性Ⅱ型糖尿病大鼠模型，检测大鼠空腹血糖（FBG）、空腹胰岛素（FIns）、糖化血红蛋白（HbA1c）水平，及大鼠胰脏组织ESR2、PTPN1的表达。结果 通过文献搜集筛选获得青钱柳39个活性成分，导入Swiss Target Prediction平台获得509个相关靶点。检索数据库获得血糖相关靶点1618个。二者取交集即为青钱柳调节血糖作用靶点134个，经PPI结果筛选得治疗靶点24个。GO富集分析共得主要条目中生物过程20条，细胞组成7条，分子功能10条。KEGG 通路分析共得到核心信号通路8条。将8条通路涉及靶点与药物成分-靶点网络merge取交集后可得核心靶点18个，靶点连接的核心治疗成分29个。分子对接结果表明山奈酚、咖啡酸、槲皮素等核心成分与血糖调节相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性，可能具备相应的调节效果。青钱柳多糖能明显降低实验性Ⅱ型糖尿病大鼠模型FBG、FIns、HbA1c水平，提高大鼠胰脏组织ESR2、PTPN1的表达。结论 青钱柳可能是通过调节雌激素受体2型（ESR2）、酪氨酸蛋白磷激酶1型（PTPN1）、基质金属蛋白酶2型（MMP2）、金属蛋白酶2型（MMP9）、糖酶合酶激酶3B（GSK3B）、胰岛素样生长因子1受体（IGF1R）等靶点，在体内参与神经信号传导，发挥相关蛋白质合成，细胞间信号传递等功能来调节血糖。     

基于网络药理学和分子对接的当归六黄汤治疗围绝经期综合征作用机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗围绝经期综合征（PMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和UniProt数据库检索当归六黄汤的活性成分和相应的靶点。基于GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取与PMS相关的靶点,并得到当归六黄汤与PMS的交集靶点。构建当归六黄汤活性成分-交集靶点相互作用网络。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,筛选核心靶点。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。通过Discovery Studio 2016进行分子对接,确定关键活性成分与核心靶点相互作用的分子基础。结果 共获取当归六黄汤112个活性成分,经筛选得到5个关键活性成分,分别为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇,主要发挥抗炎和雌激素样作用。获取当归六黄汤与PMS的交集靶点52个,经筛选得到5个核心靶点,分别是白细胞介素-6（IL-6）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）、雌激素受体1（ESR1）、IL-1B和糖皮质激素受体基因亚科3 C组成员1（NR3C1）,主要参与炎症反应和激素调节。KEGG富集分析显示,当归六黄汤治疗PMS主要通过化学致癌-受体激活、脂质和动脉粥样硬化、癌症、神经活性配体-受体相互作用、流体剪切应力和动脉粥样硬化、5-羟色胺能突触、雌激素信号通路、突触小泡循环、腺苷酸依赖的蛋白激酶（AMPK）信号通路等发挥作用。分子对接结果验证了当归六黄汤的关键活性成分可以与核心靶点蛋白形成稳定的对接模型。结论 基于网络药理学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗PMS的关键活性成分、核心靶点和主要信号通路,为当归六黄汤治疗PMS提供了参考。