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目的 探讨土槐饮治疗银屑病的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取土槐饮的化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为条件进行筛选得到其有效成分及靶点基因。在GeneCards数据库、OMIM数据库中以“psoriasis”为关键词进行文献检索银屑病相关靶点。通过化学成分靶点预测和注释,利用Cytoscape3.7.1软件进行靶点-疾病网络的构建,利用STRING在线分析平台中构建蛋白互作(PPI)网络图,并进行相关拓扑分析,预测重要的成分及靶点。利用Bioconductor程序包中的clusterProfiler包对药物经共同靶点进行基于基因本体(GO)的富集分析和基于京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析。运用iGEMDOCK软件对主要活性化合物及核心靶点进行分子对接。结果 共筛选出土槐饮的113个有效成分(土茯苓15个;槐花6个;甘草92个),对应靶点210个,其中与银屑病相关靶点130个,富集分析并根据P值筛选出20个潜在信号通路和40条GO条目。分子对接得出土槐饮活性化合物与核心靶点蛋白的结合性较好,其中结合性最强的... 相似文献
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目的 使用网络药理学方法及分子对接技术探究当归饮子治疗慢性自发性荨麻疹(CSU)多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法 通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库、GeneCards数据库及OMIM数据库获取当归饮子的主要活性成分、作用靶点以及CSU疾病相关靶点。通过CytoScape软件和String数据库构建药物-活性成分-靶点-疾病网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,借助DAVID数据库对药物-疾病共同靶点进行基因功能和通路富集分析,以AutoDock-Vina软件实现核心靶点与关键成分的分子对接。结果 从当归饮子中筛选得到138个活性成分,涉及CSU疾病靶点120个,得到基因功能和通路富集分析结果共709条,分子对接结果显示核心靶点与关键成分结合活性较好。结论 黄酮类化合物是当归饮子治疗CSU的主要有效成分,可能通过干预CSU中炎性反应、血管通透性、氧化应激和自身免疫等生物过程,调节肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路和缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等来发挥治疗CSU的作用。 相似文献
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目的运用网络药理学方法探讨克银丸治疗银屑病的功效物质基础和作用机制。方法使用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese medicine systems phannacology,TCMSP)检索克银丸全方4味中药的活性化合物和作用靶点,通过Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)、Genecards、PharmGkb以及Therapeutic Target Database(TTD)数据库查找银屑病的相关靶点,构建“药物-共同靶点-疾病”网络图,针对克银丸和银屑病的共同靶点,构建蛋白互作网络(Protein-protein interaction network,PPI),进而完成Gene Ontology(GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析。结果以口服生物利用度(Oral bioavailability,OB)≥30%且类药性(Drug likeness,DL)≥0.2为标准,筛选出克银丸的活性化合物共有42种,作用靶点有73个;以高相关性为标准,筛选出银屑病的高关联度靶点一共有1081个,药物与疾病的共同靶点一共有46个。构建蛋白互作网络(PPI),分析共同靶点之间的相互关系最多的靶点为白细胞介素(IL)-6、血管内皮生长因子(VEGF)A、表皮生长因子受体(EGFR)、重组人半胱天冬酶(CASP)-3、细胞周期蛋白(CCN)D1。GO富集分析共包含658条结果,显示共同靶点的功能主要表现在对氧感知相关通路,KEGG信号通路富集显示,共同靶点表达在112条信号通路中。结论以网络药理学为切入点,阐明了克银丸是通过多成分、多靶点发挥对银屑病的治疗作用,且作用机制主要集中在对氧感知相关通路的调控,为克银丸的临床应用和实验研究提供了科学依据。 相似文献
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目的 根据网络药理学方法对银屑胶囊治疗银屑病的作用机制进行探讨。方法 利用中药系统药理数据库(TCMSP)挖掘银屑胶囊的活性成分和靶点。通过GeneCards数据库、OMIM数据库得到银屑病的相关靶点。应用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点-疾病网络图。将银屑胶囊与银屑病的共同靶点输入String数据库进行蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络预测。最后,利用DAVID数据库进行基因本体(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析。结果 共筛选出银屑胶囊21个药物活性成分及100个潜在靶点,银屑病疾病相关靶点3881个,银屑胶囊-银屑病疾病共同靶点51个,共同靶点主要富集于96个生物过程和123条信号通路。结论 银屑胶囊可能是通过调节白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、血管内皮生长因子(VEGF)A、重组人胱天蛋白酶3(Caspase-3)、髓细胞增生原癌基因(MYC)等靶点,调控卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、人巨细胞病毒感染通路、磷脂酰肌醇三激酶-丝氨酸(PI3K-Akt)信号通路、癌症蛋白多糖通路、肿瘤小分子核糖核酸(miRNA)通路等... 相似文献
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目的利用网络药理学方法结合分子对接探讨甘草在治疗皮肤基底细胞癌(BCC)的分子机制。方法利用中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)分析甘草中的有效活性成分,并获得相应的作用靶点。筛选疾病数据库中BCC相关基因。通过Cytoscape软件构建药物与疾病交集靶点的蛋白质互相作用可视化网络,并进行拓扑学分析。利用R平台对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。AutoDock软件对关键靶点与关键活性成分进行分子对接分析。结果显示甘草中81种有效活性成分的预测靶点共199个,其中189个靶点基因与BCC相关。甘草中主要发挥治疗BCC作用的活性成分包括槲皮素,山奈酚、柚皮素和甘草查尔酮甲。MAPK1,MAPK3,STAT3,CCND1,AKT1,JUN等蛋白是甘草治疗BCC的主要作用靶点。GO富集分析发现甘草可参与细胞对氧化应激、化学应激等反应的生物学过程。靶点主要为膜结构组成部分,有核受体活性配体的激活,转录分子结合,药物结合等分子功能。KEGG富集显示甘草作用靶点主要参与癌症相关信号通路和免疫调节信号通路,如化学致癌-受体通路,辅助性T细胞17(Th17)细胞分化信号通路。甘草主要活性成分与关键靶点的分子对接显示有较强的结合活性。结论甘草的多种有效活性成分可能调控多靶点基因,调控化学致癌物受体激活影响肿瘤细胞的增殖迁移和凋亡,同时发挥免疫调节功能,影响细胞炎性反应和Th17细胞分化,从而发挥治疗BCC的作用。 相似文献
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目的 使用网络药理学的方法,探寻补肾活血汤治疗糖尿病勃起功能障碍的分子机制。方法 采用TCMSP数据库及Swiss数据平台筛选出补肾活血汤方中的主要有效化合物及其靶点;运用Cytoscape 3.8绘制补肾活血汤成分-靶点网络;通过Genecards、OMIM及Drugbank数据库检索糖尿病勃起功能障碍的相关靶点;通过韦恩图得到补肾活血汤方、糖尿病勃起功能障碍的共同靶点;使用String平台构建化合物-疾病共同靶点的蛋白互相作用(PPI)网络;使用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 本研究共获得补肾活血汤42个活性成分,427个相关靶点,糖尿病、勃起功能障碍相关靶点分别为736、743个,补肾活血汤调节糖尿病勃起功能障碍的作用靶点50个,再次筛选得到核心共同靶点10个;GO富集分析结果显示,补肾活血汤调节糖尿病勃起功能障碍的生物学过程主要包括生殖器、前列腺和性腺发育等。KEGG通路分析得到核心信号通路3条。结论 补肾活血汤可能作用于IGFBP3、TP53、ESR1等靶点,途经p53通路治疗糖尿病勃起功能障碍。 相似文献
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目的 运用网络药理学研究和分子对接技术,探讨四妙丸治疗慢性前列腺炎(CP)的潜在机制。方法 使用TCMSP数据库,筛选四妙丸的活性成分,并预测对应蛋白靶点,利用Uniprot数据库确定标准基因名,将数据导入Cytoscape3.7.2软件构建"中药-有效成分-靶点"作用网络。分别从GeneCards和OMIM数据库检索出CP的相关疾病靶点,合并化合物及疾病靶点即得到四妙丸治疗CP的潜在靶点,利用STRING数据库构建四妙丸治疗CP的蛋白互作网络(PPI)并进行拓扑分析。通过Metascape数据库对靶点进行GO分析和KEGG分析,最后对四妙丸有效成分与核心作用靶点亲和力进行分子对接验证。结果 筛选出四妙丸有效成分42个,共获得四妙丸治疗CP的相关基因207个,PPI分析提示四妙丸治疗CP的核心靶点基因包括JUN、HSP90AA1、AKT1等。GO分析和KEGG分析结果显示,靶点主要与激素应答、无机物的应答、对有机环状化合物的应答等多种生物过程有关,作用于磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)、糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、丝裂原活化蛋白... 相似文献
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目的 研究玉屏风散治疗慢性湿疹的作用机制。方法 采用网络药理学研究方法,运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选玉屏风散的有效成分及其作用靶点。通过GeneCards数据库筛选慢性湿疹的靶点,使用STRING平台对二者交集的靶点蛋白构建蛋白相互作用网络,并筛选关键靶点。使用DAVID 6.8工具对交集靶点进行基因功能注释(GO)生物过程和京都基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,探讨交集靶点可能有的生物学功能及其发生作用的通路。结果 从玉屏风散中筛选出44个化合物,涉及治疗慢性湿疹的83个靶点,网络分析结果显示该方可能通过细胞因子受体结合、细胞因子活性、血红素结合、四吡咯结合、受体配体活性、核受体活性、转录因子活性,直接的配体调节序列特异性脱氧核糖核酸(DNA)结合、磷酸酶结合、蛋白磷酸酶结合、辅因子结合等生物过程发挥作用;其作用机制与糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、恰加斯病(美国锥虫病)、甲型流感、卡波西氏肉瘤相关疱疹... 相似文献
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目的 基于网络药理学探讨皮炎1号方治疗荨麻疹的作用机制.方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选皮炎1号方的活性化合物和靶点,在GeneCards、OMIM、PharmGkb和TTD数据库查找荨麻疹的相关靶点,构建"药物-共同靶点-疾病"网络,通过构建蛋白互作网络(PPI),查找共同靶点之间的相互作用.对共同... 相似文献
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目的 利用生物信息学方法筛选不明原因复发性流产(URSA)相关差异表达基因(DEGs)及信号通路,以期为URSA的诊断和治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选数据集,利用R软件DESeq 2包筛选DEGs,应用DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG分析,通过STRING数据库构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再通过Cytoscape软件筛选出URSA的最显著模块及枢纽(Hub)基因,并对其进行可视化处理。采用GSE26787数据集验证Hub基因的差异表达。结果 经筛选共得到432个DEGs,其中121个DEGs上调,311个DEGs下调。GO富集分析显示,DEGs参与细胞分裂、有丝分裂核分裂、姐妹染色单体的凝聚力和信号转导等生物过程(BP);细胞成分(CC)位于纺锤体、染色体着丝粒点、纺锤体两极、中体;分子功能(MF)与蛋白结合、微管结合、受体活性等相关;KEGG富集分析表明,DEGs富集于自然杀伤(NK)细胞介导的细胞毒性、细胞周期、p53信号通路、抗原加工和呈递、精氨酸和脯氨酸代谢通路。通过PPI网络筛选得到与URSA密切相关的5个Hub基因,分别为CC... 相似文献
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目的 运用网络药理学方法探讨桂枝茯苓丸异病同治男科疾病的作用机制。方法 通过文献研究,搜集整理运用桂枝茯苓丸治疗的男科疾病。运用在线数据库筛选药物成分及药物、疾病的相关靶点,构建主要蛋白的互作网络和药物-成分-靶点-疾病网络。运用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路系统分析。结果 桂枝茯苓丸主要用于治疗10种男科疾病。异病同治的主要蛋白有27个,其中关键蛋白可分为6类。GO功能涉及15个细胞组分、23个分子功能和59个生物过程,KEGG通路涉及22条。结论 桂枝茯苓丸异病同治男科疾病的机制主要与抑制肾上腺素分泌、舒张血管平滑肌、抑制单胺酶的转运、降低前列腺素氧化环化酶活性等相关,具有多靶点、多通路的特点。 相似文献
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目的 使用网络药理学的方法,探寻右归胶囊治疗弱精症的分子机制。方法 通过中国知网查找近5年(2016年3月29日至2021年3月29日)的相关文献获得右归胶囊内各中药的相关成分,利用Swiss Target Prediction平台筛选出右归胶囊内各中药的主要有效化合物及其靶点;运用Cytoscape 3.8绘制药物-成分-靶点网络;通过Genecards、OMIM数据库检索弱精症相关靶点;通过韦恩图得到右归胶囊、弱精症的共同靶点;使用String平台构建化合物-疾病共同靶点的蛋白互作网络;使用Metascape数据库进行基因本体分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 共获得右归胶囊内各中药的主要成分45个,418个弱精症相关靶点,右归胶囊调节弱精症的作用靶点11个,GO富集分析共得主要条目中涉及生物过程14条。KEGG通路分析共得到核心信号通路1条,即细胞周期通路。结论 右归胶囊可能通过多种有效成分作用于共同核心靶点,从而提高精子活力而治疗弱精症。 相似文献
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目的探讨养血解毒药对组合干预银屑病的作用靶点及分子网络机制。方法参考《中药大辞典(第2版)》找到当归、鸡血藤、槐花、土茯苓的化学成分,应用Pub Chem数据库检索这些成分对应的靶蛋白;以"Psoriasis"为关键词,在Pub Med gene数据库中检索银屑病的相关基因;然后将上述数据集导入分子网络分析平台,分别构建中药靶蛋白和银屑病相关基因的分子网络及生物学通路;再通过网络映射、比较,可视化呈现养血药对、解毒药对及它们的组合干预银屑病的作用靶点和分子网络机制。结果养血解毒药对组合针对核因子-κB、细胞外信号调节激酶1/2、泛素和26s蛋白酶体分子靶点,以及通过调控芳香烃受体信号通路、雄激素信号通路、内皮型一氧化氮合酶信号通路和磷脂酰肌醇-3激酶/丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶信号通路对银屑病发挥协同效应。结论分子网络分析技术是探索中药治疗疾病靶点及机制的有效方法。 相似文献
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目的 分析补肾疏肝法治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的用药规律,挖掘核心中药治疗PCOS的药理学作用机制。方法 以中国知网、万方数据库、维普数据库、中国生物医学文献数据库作为文献来源,检索时间范围为2005年1月至2022年12月。采用数据挖掘技术对方药进行关联规则、系统聚类分析等。筛选核心中药的作用靶点及PCOS的治疗靶点;构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用网络进行拓扑学分析筛选核心靶点;对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析,最终得出核心成分。结果 8味核心中药包括白芍、当归、菟丝子、熟地黄、香附、柴胡、郁金、山茱萸,其中柴胡-白芍、熟地黄-山茱萸为核心药对。网络药理学分析得出198个共同靶点,主要涉及胰岛素抵抗、类固醇激素生物合成相关的多个信号通路,包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、雌激素受体1(ESR1)、AP-1转录因子(FOS)、白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等关键靶点。结论 补肾疏肝法治疗PCOS用药以平补肝肾、柔肝疏肝为主,少辅健脾、活血之品。8味核心中药主要从改善胰岛素抵抗、抗... 相似文献
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目的 揭示何首乌治疗雄激素性脱发的分子机制并提供潜在的药物靶点。方法 使用中医药分子机制生物信息学数据库和5个疾病基因数据库建立何首乌有效成分-雄激素性脱发靶点网络和蛋白互作网络,依据拓扑学分析进行核心子网络筛选,并进行GO和KEGG富集分析。对连接度最高的10个基因做分子对接。结果 根据何首乌有效成分和疾病潜在靶点交集得到1 357个共同靶基因。经拓扑学分析最终筛选得到由67个基因组成的核心子网络。KEGG富集结果显示何首乌主要通过调节炎症反应、细胞凋亡、氧化应激、自噬等通路发挥生物学功能。分子对接显示PIK3CA-大黄素、PIK3CA-大黄酚、PIK3CA-扁蓄苷和PIK3CB-大黄素结合能均<-9 kcal/mol。结论 何首乌治疗雄激素性脱发的机制可能通过大黄素介导PI3K/Akt通路调控PIK3CA和PIK3CB的表达来调控细胞凋亡。此外还涉及抑制炎症反应、氧化应激以及诱导黑色素生成等过程。 相似文献
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目的 通过整理古籍中黄褐斑外用方剂,进而对现代临床中基于古籍的黄褐斑外用方药进行数据挖掘,获取其用药规律,探求其网络药理学依据,为临床治疗提供思路。方法 检索中华医典数据库,获取古籍黄褐斑外用方药。搜索中国知网(CNKI)、万方数据库、维普中文期刊数据库(VIP)等,检索现代临床中黄褐斑的外用方药,筛选基于古方的外用方剂,建立黄褐斑外用方药数据库。使用中医传承计算平台(V3.0)分析药物关联规则,获取核心药物进行聚类分析。使用网络药理学探索核心药物潜在作用机制。结果 整理得到古方37个,涉及中药78味;现代临床复方309个,涉及中药232味。现代临床中最常用的药物为白芷、茯苓、当归、白及、白附子等;最常用的药对为白芷-茯苓;高置信度药物关联规则有白及-白蔹->白芷、茯苓-白附子-僵蚕->白芷、茯苓-白及-僵蚕->白芷等;核心药物包括白芷、茯苓、僵蚕、白及、当归等12味中药。获取核心药物有效靶点347个,疾病靶点476个,药物与疾病交集靶点18个,京都基因和基因组数据库(KEGG)富集通路19条,并构建疾病-交集靶点-通路-核心药物-有效成分网络。结论 核心药物对外用治... 相似文献
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【摘要】 目的 基于网络药理学方法分析中药抗卡波西肉瘤血管生成的潜在有效成分及分子作用机制,预测中药在抗卡波西肉瘤血管生成中的关键靶点和信号通路。方法 根据既往网络药理学研究结果,利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取虎杖、桑白皮、土茯苓、紫苏子的主要化学成分和靶点;通过GeneCard、OMIM、DrugBank、TTD数据库检索获取血管生成及卡波西肉瘤治疗靶点,构建韦恩图,得到卡波西肉瘤与抗血管生成药物成分相互作用的靶点;利用STRING 11.5平台构建蛋白质互作模型;应用Cytoscape3.6.0软件构建成分-靶点网络,并进行可视化。同时利用Metascape平台对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后将得到的主要活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 抗卡波西肉瘤血管生成药物的核心成分为白藜芦醇[连接度(degree)142]、槲皮素(degree:141)、山柰酚(degree:56)、木樨草素(degree:56)、β-谷甾醇(degree:37)、花生四烯酸(degree:36)、柚皮素(degree:36)等,核心靶点是前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)。利用KEGG分析筛选出抗卡波西肉瘤血管生成相关的重要通路为癌症信号通路;GO分析显示在生物学过程中靶点主要集中在细胞迁移的正调控。分子对接结果显示白藜芦醇、槲皮素、山柰酚和木樨草素与PTGS2均有较好的亲和力,其中槲皮素和木樨草素与PTGS2结合能力最高,结合能分别为-9.4、-9.5 kcal/mol。结论 本研究表明中医药百科全书数据库所录入的4种中药可能通过调控癌症信号通路,作用于PTGS2等靶点发挥抗血管生成作用,从而预测了中药抗卡波西肉瘤血管生成的可能作用机制。 相似文献
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目的 使用生物信息学方法对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)生物膜致特应性皮炎(atopic dermatitis, AD)的关键基因进行筛选、二次探索性分析,并预测潜在治疗药物。方法 从GEO数据库获得GSE32920基因芯片数据,针对SA生物膜对HaCaT细胞基因表达影响进行差异表达基因筛选、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析、蛋白互作网络构建及hub基因筛选,筛选出的关键基因及相关通路,在GSE16161和GSE32924两个人体皮肤组织的基因芯片数据进行二次探索性分析。此外,使用Connectivity Map(CMap)平台进行治疗药物的预测。结果 本研究共筛选出SA生物膜对HaCaT细胞基因表达影响的差异表达基因共754个,其中显著上调404个、显著下调350个。GO功能富集分析、KEGG通路富集分析发现,差异表达基因功能主要富集于炎症反应、所参与的信号通路主要富集于IL-17信号通路、TNF信号通路等炎症通路。蛋白互作网络构建、hub基因筛选以及在两个人体数据集的二次探索性分析,最终确定了3个潜在关键靶点基因为:MMP1、CXCL1以及... 相似文献