基于网络药理学探讨左金丸治疗功能性消化不良作用机制

目的 基于网络药理学分析左金丸治疗功能性消化不良（FD）的作用靶点和分子机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得左金丸的有效成分及作用靶点,检索GeneCards数据库获取FD的疾病靶点,并使用韦恩图获取药物与疾病的共同靶点。采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,使用Cytoscape 3.7.1进行PPI网络拓扑分析。使用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape 3.7.1构建“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络。结果 获得左金丸33个有效成分,作用靶点203个,其关键有效成分为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、吴茱萸次碱、氢化小檗碱等,关键靶点为AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA。GO功能富集到1 989个条目,KEGG通路富集到202条通路,主要包括癌症通路、脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎等。结论 左金丸治疗FD具有多成分、多靶点、多通路的特点,通过调控AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA等核心靶点和PI3K-Akt信号通路等,发挥抗凋亡、抗炎、...     

基于网络药理学探讨当归治疗阿尔茨海默病的机制

目的 采用网络药理学的方法,预测当归治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用靶点及其作用机制。方法通过中药系统药理学(TCMSP)数据库筛选当归的主要活性成分,并在Swiss Target Prediction平台对当归活性成分的作用靶点进行预测。通过Genecads数据库筛选AD的主要靶点,将当归有效成分靶点与AD的主要靶点取交集,得到当归治疗AD的靶点。利用String平台构建蛋白质相互作用(PPI)网络,运用Metascape平台进行基因本体(GO)及代谢途径分析数据库(KEGG)进行富集分析。应用Autodock vina软件对网络药理学结果进行验证。结果经筛选获得西多糖苷、豆甾醇、α-胡麻烯、β-谷甾醇等10种当归治疗AD的有效成分,329个潜在药物靶点,当归有效成分与AD共有靶点75个,Sitogluside,beta-sitosterol,Stigmasterol可能是当归治疗AD的关键活性成分。PPI网络分析显示,AKT1、PTGS2、MAPK14可能是当归治疗AD的核心靶点。通路分析提示当归治疗AD的机制可能与cGMP-PKG信号通路、NF-kB信号通路、神经活性配体-受体...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肺饮治疗支气管哮喘的作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...     

采用网络药理学与分子对接技术研究筋骨痛消丸治疗髌骨软化症的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术研究筋骨痛消丸治疗髌骨软化症(chondromalacia patellae)的作用机制。方法:首先通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘筋骨痛消丸中各种中药的活性成分并预测其作用靶点,TCMSP数据库中缺失的中药利用文献检索与Swiss Target Prediction数据库获得有效成分及对应靶点。利用Uni Prot数据库,将获得的靶点蛋白的名称标准化。登录Gene Cards、Pharm Gkb等数据库,获取髌骨软化症的疾病靶点。之后将药物靶点和疾病靶点取交集,制作出韦恩图。运用Cytoscape软件,筛选并构建“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络;利用String数据库构建蛋白互作(PPI)网络,并使用R语言对预测靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后通过Autodock软件对药物的主要活性成分和核心作用靶点进行分子对接验证。结果:研究结果显示筛选得到筋骨痛消丸治疗髌骨软化症的活性成分188个及靶点249个,主要活性成分为槲皮素、柚皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇等,PPI网络主要计算出AKT1、CASP8、CASP3...     

四妙勇安汤通过JAK/STAT信号通路治疗下肢动脉硬化闭塞症的机制研究

目的:基于网络药理学方法预测四妙勇安汤治疗下肢动脉硬化闭塞症(ASO)的有效成分、潜在靶点及通路,结合细胞实验探讨其治疗ASO的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选四妙勇安汤有效活性成分及靶点,运用GeneCards及OMIM数据库获取ASO相关蛋白;通过String平台对药物-疾病靶蛋白进行PPI网络构建,选择D...     

基于网络药理学及分子对接探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病的潜在机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease, AD）的活性成分和潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和DisGeNET数据库及查阅文献收集并获取熟地黄和山茱萸的主要化学成分、作用靶点及AD疾病的相关靶点。将疾病靶点与药物靶点取交集获得熟地黄-山茱萸药对治疗AD的潜在靶点,将这些交集靶点导入STRING数据库,建立蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络。利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析并提取核心靶点,利用CytoNCA插件计算度值,筛选出药对的关键成分。通过Metascape平台进行GO和KEGG通路富集分析,并构建“中药-相关关键成分-关键靶点-通路”网络,然后使用AutoDock Vina和PyMOL软件对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 筛选出熟地黄-山茱萸药对治疗AD的10个关键成分、718个药物靶点和450个疾病靶点,药物与疾病的共同靶点120个。PPI网络最终...     

桂枝甘草汤通过多靶点、多通路治疗心力衰竭:基于网络药理学方法

目的 基于网络药理学方法预测桂枝甘草汤治疗心力衰竭潜在作用靶点与通路。方法 通过TCMSP数据库、TCMID数据库、TCM@Taiwan数据库获得桂枝甘草汤化学成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测药物潜在靶点信息,通过用DisGeNET数据库、drugbank数据库、TTD数据库获得心力衰竭靶点,采用Venny2.1.0对药物与疾病的靶点进行交集选取,采用Uniprot数据库转换信息,采用Cytoscape构建“有效成分-靶点-疾病”网络,进行蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）,并通过网络拓扑分析得到桂枝甘草汤治疗心力衰竭的核心靶点,并将核心靶点通过Metascape数据库进行GO分析及KEGG分析。通过Western blot验证网络药理学的预测结果,根据网络药理学结果中degree值及与心力衰竭过程相关程度筛选出3个因子（PKCα、ERK1/2和BCL2）,在戊巴比妥钠溶于无血清高糖培养基处理的H9C2细胞中模拟心衰缺血缺氧环境,提取心肌细胞总蛋白,测定PKCα、ERK1/2和BCL2的蛋白含量。结果 通过网络药理学的方法,得到桂枝甘草汤治疗心力衰竭的潜在靶...     

基于网络药理学探讨赤芍治疗黄疸的作用机制

目的:基于网络药理学探讨赤芍治疗黄疸的作用机制。方法:利用TSMSP数据库筛选赤芍的有效成分。多个数据库联合挖掘药物预测靶点和黄疸的治疗靶点,分析两个靶点集合并找出交集靶点。通过Cytoscape绘制药物有效成分-潜在治疗靶点网络图,采用String数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape软件MCODE插件进行模块化分析,并运用R软件及clusterProfiler对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。结果:筛选出赤芍14个有效成分及对应靶点228个,黄疸相关靶点2155个,交集靶点59个。PPI网络共包含55个节点,187条连接,靶点NR1H4处于核心位置。这些靶点主要涉及脂质定位、类固醇代谢过程、脂质运输等生物学过程,主要参与了胆汁分泌、ATP结合盒式转运蛋白、PPAR信号通路等生物通路。结论:赤芍主要通过调节胆汁分泌和转运、提高药物代谢酶含量等方面治疗黄疸,运用赤芍治疗胆汁淤积性黄疸或药物性肝损伤、炎症引起的肝细胞性黄疸可能取得较好疗效。     

基于网络药理学探讨何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:基于网络药理学,探讨何首乌治疗动脉粥样硬化(AS)的作用靶点及通路,明确其作用机制。方法:搜索中医药数据库和文献,从中对何首乌有效成分及靶点蛋白进行筛选整合,在TCMSP数据库和Drugbank数据库中检索并获取何首乌有效成分及作用靶点,在Cytoscape软件中构建何首乌的化合物-靶点网络及其相应的蛋白质相互作用(PPI)网络,并在DAVID数据库中进行基因GO功能和KEGG通路富集分析。筛选出何首乌治疗动脉粥样硬化的有效成分及作用靶点,并绘制靶点通路网络模型。结果:预测得出治疗AS的药物活性成分8个和有效靶点109个,并推断奎硫醇、大黄酸、扁蓄苷等成分具有潜在治疗动脉粥样硬化的作用,如钙调蛋白、醛糖还原酶、胰蛋白酶等靶基因可能起着关键性的作用。结论:基于网络药理学探究了何首乌治疗动脉粥样硬化多活性成分-多作用靶点-多联系通路的特点,进行深入研究,以期为系统阐明何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学和细胞实验探讨陈皮-紫苏子药对治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的：基于网络药理学和细胞实验探讨陈皮-紫苏子药对治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease, COPD)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)检索陈皮、紫苏子的化学成分与作用靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络,将度值排名前5位的化合物作为陈皮-紫苏子药对的核心成分。通过GeneCards数据库检索COPD相关靶点,借助微生信平台获取药物与COPD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,进而筛选核心靶点。通过Metascape数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KE...     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗乳腺增生症的潜在作用机制

目的：运用网络药理学的研究方法,分析二仙汤治疗乳腺增生症的潜在作用靶点和机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选二仙汤的有效活性成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索乳腺增生症的相关靶点。映射疾病靶点与药物靶点,通过String数据库预测两者间关键靶点的相互作用,构建“药物-有效成分-作用靶点”网络图,并对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,分析二仙汤治疗乳腺增生症的潜在作用机制。结果：共获得85个二仙汤有效成分,215个有效成分靶点,4 775个乳腺增生症靶点,有效成分与疾病交集靶点175个,蛋白质相互作用（PPI）核心网络包含10个靶点,并得出排名前10位的GO富集结果和排名前20位的KEGG富集结果。结论：二仙汤通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等多个活性成分作用于ESR1、TP53、AKT1等靶点,直接或间接通过调控PI3K-AKT、MAPK等多条信号通路调节雌激素的活性,发挥治疗乳腺增生症的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨当归建中汤治疗痛经的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨当归建中汤治疗痛经的有效成分、潜在靶点及作用通路,阐述其作用机制.方法:通过TCMSP网站建立当归建中汤有效成分与靶点数据库,利用CTD、DisGeNET、Drugbank数据库筛选痛经相关的靶点,对药物靶点与疾病靶点取其交集,利用STRING数据库构建PPI蛋白作用关系,clus...     

基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于网络药理学和分子对接探讨香加皮防治牙周炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探究香加皮治疗牙周炎的有效成分和作用靶点及其作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）和中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）检索筛选香加皮有效作用成分及靶点,并通过Swiss Target Prediction数据库检索预测成分的作用靶点。应用人类基因信息数据库（GeneCards）和DisGeNET数据库获取牙周炎相关靶点,将药物与疾病靶点进行韦恩分析获得共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“成分-靶点”网络,基因相互作用数据库（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行关键基因筛选以及MCODE聚类分析,利用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建香加皮“药物-成分-靶点-通路”网络,利用分子对接技术验证药物成分与靶点蛋白对接情况。结果 筛选得到香加皮有效...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨防风通圣丸治疗荨麻疹的可行性

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨防风通圣丸治疗荨麻疹的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索防风通圣丸中各味中药的化学成分和潜在作用靶点,借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索荨麻疹的相关靶点;通过UniProt数据库将靶点进行基因转换,将药物与疾病交集靶点导入Cytoscape和STRING数据库,分别构建“药物-成分-靶点-疾病”和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;然后利用DAVID数据库对其核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;最后利用Autodock软件进行分子对接。结果 筛选出防风通圣丸主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、汉黄芩素、刺槐素,排名前六的蛋白为白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子-A(VEGFA)、半胱天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、受体酪氨酸激酶erbB-2(ERBB2);GO富集分析共得到63个条目,KEGG通路81条,主要涉及炎症反应调节、免疫调节、激素水平等方面...     

基于网络药理学预测当归贝母苦参丸治疗前列腺癌作用靶点及细胞内信号转导通路

目的:通过网络药理学方法预测分析当归贝母苦参丸治疗前列腺癌的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库检索中药的化学成分和作用靶点,并于UniProtKB网络平台获取每种靶蛋白的基因名。借助CTD等数据库查询疾病靶点。在STRING数据库中构建蛋白-蛋白互作网络（PPI）,于Cytoscape中进行网络可视化分析。通过DAVID数据平台对关键靶蛋白进行分析。结果:从TCMSP数据库中共筛选得到26个药物有效成分。PPI网络包括135个药物疾病交集靶基因,关键蛋白为34个。基因本体论（GO）分析这些靶基因涉及生物功能条目最多,共290个。京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路主要涉及肿瘤信号通路等。结论:当归贝母苦参丸治疗前列腺癌是多靶点、多通路协同作用的结果,能够通过抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,抑制迁移以及抑制肿瘤血管生成等多方面发挥其抗肿瘤作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨香砂六君子汤抗胃癌机制研究

目的 基于网络药理学联合分子对接技术探究香砂六君子汤干预胃癌的网络调控作用机制。方法 收集中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中香砂六君子汤组方药物的有效成分及其靶点,筛选GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中胃癌有关基因,通过两者交集获取香砂六君子汤治疗胃癌的相关靶点,并通过Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点”网络。基于STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选核心蛋白,运用R软件对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,并对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 获得香砂六君子汤靶向胃癌的蛋白215个,基于PPI网络分析及节点评分计算,共筛选出JUN、MAPK8、ESR1、EGFR、FOS、RELA等19个核心靶点。GO功能、KEGG通路富集分析结果显示,交集靶点主要富集于对药物反应、对脂多糖反应等生物过程和脂质和动脉硬化,以及肿瘤坏死因子、IL-17等通路。分子对接结果显示,该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论 香砂...     

基于网络药理学探讨芎归六君子汤治疗慢性阻塞性肺疾病作用机制

目的 探讨芎归六君子汤治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的作用机制。方法 在TCMSP平台检索芎归六君子汤化学成分及靶标蛋白,以“chronic obstructive pulmonary disease”为关键词,在数据库GeneCards中检索COPD疾病靶点,并取芎归六君子汤靶标蛋白与COPD疾病靶点的交集靶点;再利用交集靶点在String上构建PPI网络,用Cytoscape 3.8.0构建中药-有效成分-靶点网络并筛选核心成分,利用Cytohubba筛选出PPI网络中的核心靶点并进行生物信息学富集分析,使用Autodock Vina对潜在药效物质与关键靶点进行分子对接。结果 在TCMSP平台筛选得到芎归六君子汤有效成分154个,与之对应的靶标蛋白284个;GeneCards数据库搜索得到3 854个COPD疾病靶点,与靶标蛋白交集得到163个潜在治疗靶点;对“中药-有效成分-靶点”网络分析得到10个核心有效成分;经Cytohubba筛选得到核心靶点14个,对核心靶点通过KEGG富集分析得到126条通路,GO富集分析得到635条通路。结论 芎归六君子汤可能通过抑制炎性反应等途径起...     

基于网络药理学预测红花治疗心肌缺血的作用机制

目的基于网络药理学方法预测红花治疗心肌缺血的潜在靶点及信号通路。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选红花中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的活性成分及作用靶点。采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索心肌缺血相关疾病靶点。获取红花中有效成分的靶点和心肌缺血疾病相关靶基因的共同靶基因。针对共同靶基因,通过在线STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件构建可视化的"化合物-靶点-通路"网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选得到22种潜在的药效成分,218个化合物靶点,531个心肌缺血相关靶基因;后两者取交集后获得39个共同靶点。PPI网络自由度较高的节点为白细胞介素(IL)-6、白蛋白、血管内皮生长因子A、丝裂原激活蛋白激酶8、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3。GO功能富集分析得到48个GO条目,KEGG通路富集分析得到114条信号通路。结论红花可能是通过调节激活转录因子结合、雌激素受体结合、半胱氨酸型内肽酶活性、核激素受体结合、DNA结合转录激活活性等靶点,调控流体切应力...     

基于网络药理学探讨柴胡治疗卒中后抑郁的作用机制

目的 基于网络药理学探讨柴胡治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在靶点及作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡的有效成分及对应靶点,采用在线人类孟德尔遗传(OMIM)、疗效药靶(TTD)、Drugbank、Genecards数据库检索PSD的疾病靶点,二者靶点取交集后获得柴胡治疗PSD的潜在作用靶点;采用Cytoscape 3.7.1软件绘制中药-成分-疾病-靶点调控网络图;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并分析其核心靶点;采用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果 柴胡治疗PSD的核心成分为异鼠李素、曲克芦丁、豆甾醇等,潜在靶点为蛋白激酶B(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、内皮型一氧化氮合酶(NOS3)、肿瘤坏死因子(TNF)等,柴胡活性成分可以参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控、细胞间信号传递、对药物的反应、对凋亡过程的负调控、老化等生物过程,涉及的信号通路包括神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、癌症通路、磷脂酰肌醇-3激酶蛋白激酶B...