基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别

目的:建立基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别方法。方法:采用通用引物对高良姜样品matK基因进行PCR扩增和双向测序,并从Gen Bank下载10种同属混伪品的matK基因序列。采用Clustal X、MEGA软件进行序列比对分析、计算遗传距离以及构建聚类树。结果:获得的高良姜及其同属混伪品matK基因序列长度为732 bp,变异位点41个。高良姜种内遗传距离为0.000,与混伪品之间的最小遗传距离为0.003。基于matK序列构建的系统发生树显示高良姜样品聚在一起,能直观地与混伪品区分。结论:matK基因可以有效地鉴别高良姜及其同属混伪品。     

阳春砂与绿壳砂、海南砂的ITS-1测序鉴别

目的:从分子水平鉴别阳春砂及其伪充品。方法:从阳春砂及其常见伪充品绿壳砂、海南砂中提DNA,以核基因组通用引物ITS-1为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果:样品ITS-1序列长度均为248bp,但绿壳砂有7个碱基与阳春砂不同,海南砂有12个碱基与阳春砂不同。结论:1序列可有效地鉴别阳春砂及其伪充品。     

基于条形码ITS2序列的何首乌及其近缘种和混淆品的分子鉴别

目的:通过内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列分析,探究鉴别何首乌与其近缘种和混淆品的新方法。方法:何首乌与其近缘种和混淆品的ITS2序列进行扩增、纯化、测序,运用Seqman软件进行序列拼接,通过MEGA6.0软件进行序列的分析并构建kimura 2-parameter(K2P)模型的neighbor-joinin(NJ)系统聚类树。结果:何首乌与其近缘种和混淆品ITS2序列间存在明显差异,种内遗传距离小于种间遗传距离。齿叶蓼与何首乌种间遗传距离较大,却与翼蓼非常接近,二者的遗传距离仅0.029。NJ系统聚类树显示不同产地的何首乌聚为一支,与其近缘种和混淆品可很好地区分。结论:ITS2序列可有效地鉴别何首乌与其近缘种和混淆品,为何首乌的用药安全性提供技术保障。     

基于ITS序列和化学模式识别方法鉴定金蝉花及其混淆品独角龙

基于ITS序列对金蝉花与独角龙进行分子鉴定,并建立HPLC指纹图谱结合化学模式识别方法,鉴别金蝉花及其混淆品独角龙.分别提取10批金蝉花与5批独角龙的基因组DNA,通过PCR扩增ITS序列并测序,利用MEGA 7.0软件比较二者的稳定差异位点并构建系统发育树;采用HPLC建立金蝉花与独角龙指纹图谱,运用相似度评价、聚类...     

砂仁及其混淆品种子的鉴别研究

对砂仁（阳春砂、绿壳砂、海南砂、缩砂）及其混淆品（豆蔻、益智、草豆蔻）种子的显微特征、薄层层析进行比较研究，为砂仁种子的真伪鉴别提供参考。     

长白山地区药用植物龙胆DNA条形码鉴定

目的：基于内转录间隔区2（internal transcribed spacer 2,ITS2）碱基序列,运用DNA条形码鉴定技术对长白山地区药用植物龙胆进行鉴别研究,为龙胆药材的基原植物鉴定和药材的真伪鉴别提供参考。方法：采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）提取法提取龙胆叶片及药材的DNA,对其中特定ITS2碱基序列进行聚合酶链式反应（PCR）扩增,检测后测序,并从GenBank下载同属植物序列,运用SeqMan软件对碱基序列拼接后,采用MEGA 7.0软件对数据进行分析处理及对比,计算Kimura 2-parameter （K2P）遗传距离,建立邻接（NJ）法,进行对比分析。结果：根据NJ聚类树可知,不同种龙胆属植物笔龙胆、三花龙胆、高山龙胆、坚龙胆都自为一支,区分明显,龙胆和条叶龙胆聚在一支未能区分开,同时结合变异位点及K2P遗传距离发现,条叶龙胆和龙胆应用ITS2碱基序列区分时种间差异十分小。吉林省长白山10个不同地区的龙胆种内几乎无差异,经Blast比对确定碱基序列的确为所需要鉴定的品种。结论：运用ITS2碱基序列的DNA分子条形码鉴别方法对龙胆植物及药材进行鉴别有效可行且成功率较高,可以用于龙胆属种间及种内鉴别。     

砂仁及其混淆品的ITS2序列鉴定

目的 应用内转录第二间隔区(ITS2)序列及其二级结构对砂仁混淆品进行鉴定.方法应用CLUSTALX1.83 软件进行序列比对,比对后的长度为252 bp.用MEGA 4.1计算种间、种内遗传距离,并构建系统进化树.结果ITS2序列可以将砂仁的三个来源阳春砂Amomum villosum、绿壳砂Amomum villo...     

何首乌及其常见混淆品的matK基因序列分析及鉴别

目的:比较何首乌与其常见混淆品的matK基因序列,从分子水平对中药材何首乌进行鉴定。方法:改良的CTAB法提取基因组DNA,用一对matK通用引物进行PCR扩增,TA克隆后进行测序和序列分析。结果:除毛脉蓼之外,其他混淆品与正品何首乌间的matK基因序列差异较大,不论是核苷酸替代数还是遗传距离,都远远大于不同居群的何首乌之间;进一步比对分析,发现了可以快速鉴别何首乌及其同属混淆品的鉴别位点;运用matK序列分析成功地对3种市售何首乌药材进行了真伪鉴定。结论:根据matK序列特征,能有效区分何首乌及其常见混淆品,matK序列可以作为何首乌药材鉴定的分子标记。     

基于matK序列的积雪草与其易混品的分子鉴定方法分析

目的:积雪草容易与多种混淆品相互混淆,本研究拟基于mat K序列探讨积雪草与其混淆品鉴定的新方法。方法:从Gen Bank核酸数据库下载积雪草、过路黄、连钱草和乌蔹莓的mat K序列,应用Clustal X 2.1软件进行SNP鉴别位点分析,应用MEGA5.0软件计算种内种间(K2P)遗传距离和构建邻接(NJ)系统聚类树。结果:获得积雪草与过路黄各5个mat K序列及连钱草和乌蔹莓各1个mat K序列,分析显示积雪草与其混伪品的mat K序列存在较大差异,具有近百个SNP位点,且其中多是积雪草特有的,可用于分子鉴定。且积雪草最大种内K2P遗传距离0.001,远远小于其与混伪品的种间K2P遗传距离0.242~0.293,构建的系统发育树显示积雪草与其混淆品可明显分开。结论:综合以上分析,mat K序列为鉴定积雪草及其混淆品提供了新的分子鉴定方法。     

应用ITS2条形码鉴定岭南药材余甘子及其混淆中药品种

目的：本研究应用ITS2序列作为DNA条形码,建立余甘子及其混淆品分子鉴定方法。方法：收集8种共17份余甘子及其混淆品植物样本,提取基因组DNA,扩增ITS2基因并双向测序。所得序列采用Codon Code Aligner进行拼接,同时,从GenBank数据库中获3条相关ITS2序列用于比较分析。利用MEGA 6.06软件分析其种内及种间遗传距离,并构建系统进化树。结果：余甘子ITS2序列长度为208bp,与其他各物种种间变异位点较多,遗传距离较大,为0.174-0.823。聚类树结果显示,余甘子基原植物独聚一支,与其他混淆品能够容易区分。结论：本研究采用ITS2序列能够有效鉴别余甘子及其混淆品基原植物,可为保证临床用药真实安全提供技术支撑。     

高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法。方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从Gen-Bank上下载同属共15个物种37个样本。用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分。结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具。     

高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法.方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从GenBank上下载同属共15个物种37个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树.结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分.结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具.     

基于trnL-trnF序列分析的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

目的:建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术。方法:对何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF(trnL基因和trnF基因间隔区)序列进行比较分析。结果:何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF差异率为2.1%～22%,何首乌种内各居群间trnL-trnF差异率为0%～1.5%。基于何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF序列的差异,找出一个位于trnL5'-trnL3'间区的何首乌特征性Xba I酶切位点(T↓CTAGA),用Xba I酶对不同采集地的何首乌样品trnL-trnF序列扩增产物酶切后均得到含约804～819 bp和256 bp两个片段的PCR-RFLP图谱,而其混淆品trnL-trnF序列扩增产物因不能被Xba I酶切,图谱呈单一条带。结论:利用建立的PCR-RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品植物。     

凝胶电泳鉴别砂仁及其混淆品

砂仁为姜科植物阳春砂Amomun villiosumLour.或海南砂A.Iongiligulare T.L.Wu的干燥成熟果实.在实际工作中常常发现有多种混淆品种,这些混淆品一般同属姜科植物的成熟果实,与阳春砂在外形上很相似,较难区分.为此,我们应用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对它们进行了分析鉴别. 一、实验材料阳春砂、海南砂、华山姜、和山姜、艳山姜均由新疆区药检所、昌吉     

姜科植物的ITS2条形码鉴定及聚类分析

目的:应用ITS2序列及其二级结构对姜科9个属16种植物进行鉴定及聚类分析。方法:应用Bio Edit v7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA6.0计算种间、种内遗传距离,以美人蕉为外类群构建系统进化树;并用The ITS2 Database在线软件预测二级结构。结果:ITS2序列可将17种植物互相区分开并聚为7类,其中红豆蔻与阳春砂、土田七与红球姜、美人蕉与菠萝姜这3组不同属的植物分别聚为一类,其他同属植物分别聚为一类。而姜科不同属植物的二级结构构型存在一定的特征。结论:姜科ITS2序列可对姜科16种植物进行分类鉴定,而ITS2序列二级结构构型则只能作为姜科属间分类的辅助依据。     

基于DNA条形码鉴定豆蔻类中药材

目的：利用ITS2序列对豆蔻类中药材进行DNA条形码鉴定研究。方法：本文采集了包括豆蔻两个基原白豆蔻Amomum kravanh与爪哇白豆蔻Amomum compactum、红豆蔻Alpinia galanga、草豆蔻Alpinia katsumadai等在内的70份样品,采用试剂盒法提取基因组DNA,应用Primer premier 5.0设计引物,通过聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）扩增其ITS2序列,并对PCR产物进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner V3.71拼接后,采用MEGA5.0 软件进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树（Neighbor-joining tree,NJ Tree）。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型（Hidden Markov model,HMM）的注释方法获得。结果：通过新设计引物扩增的序列可以注释到5.8 S与28 S,扩增序列位于ITS2间隔区。采用新设计的引物,所有实验样品均可获得ITS2序列,NJ树结果显示不同种豆蔻类药材分别聚为一支,可以互相区分,且可以与其混伪品相互区分。另外,通过序列比对发现有5个SNP（s）存在于豆蔻与其它物种种间,且有2个稳定的SNP（s）存在于白豆蔻和爪哇白豆蔻种间,可用于二者的准确鉴定。结论：ITS2序列作为DNA条形码可准确稳定地鉴别不同种豆蔻类药材,本研究将为保障临床安全用药提供新的技术手段。     

蕲蛇药材及其市售混淆品的Cyt b基因序列与分析

目的分析蕲蛇药材正品及其市场收集样品的Cyt b基因序列,为蕲蛇药材分子鉴别提供依据。方法利用Cyt b基因,对蕲蛇药材及其市场收集样品进行了序列测定和分析。结果蕲蛇药材存在着混杂现象;蕲蛇药材正品与其市售混淆品的Cyt b基因序列有着显著差异,该序列在蕲蛇种内差异率为0%~0.91%,与混淆品间的差异率为18.57%~23.78%。结论Cyt b基因序列是一种鉴别蕲蛇药材与其混淆品较好的分子遗传标记。     

基于中药系统鉴别法的金铁锁及其混淆品的精确鉴别

目的:建立金铁锁药材及其混淆品有效的鉴别方法,分析二者在显微特征、DNA信息特征等方面的差异,为精确鉴定金铁锁药材及其混淆品,以保障用药安全奠定基础.方法:采用中药系统鉴定,对金铁锁药材及其市售混淆品样本的显微特征及其ITS序列进行BLAST比对分析、ITS序列的特异位点差异分析,N-J系统发育树分析等,建立金铁锁及其混伪品的系统鉴定方法.结果:中药系统鉴定法的显微特征中,金铁锁正品药材中无草酸钙结晶,而其混淆品瓦草中具有大量的草酸钙簇晶分布,可作为其鉴定的重要依据之一;此外,金铁锁药材ITS序列与瓦草ITS序列差异明显,采用BLAST比对分析、N-J系统发育树分析等可将二者进一步精确鉴别.结论:采用中药系统鉴定法能够很好的对金铁锁及其混伪品进行精确的鉴别.     

基于DNA条形码的芦荟属6种植物的分子鉴定

目的筛选出适合芦荟属6种植物的DNA条形码序列。方法采用试剂盒法提取芦荟属6个品种基原植物的18份样本基因组DNA,应用通用引物扩增其核基因ITS2序列和叶绿体psbA-trnH、rbcL、matK基因序列并进行双向测序,采用Sequencher 4.1.4软件对测序峰图进行校对拼接,应用MEGA 5.0软件分析不同候选序列的特征,计算物种的种内、种间Kimura 2-Parameter(K2P)遗传距离,比较其种内、种间变异的大小,评估序列的条形码间距(barcoding gap),采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统聚类树。结果共获得72条序列,ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK基因序列各18条,测序成功率均为100%。比对后序列长度为255~723 bp,GC量范围为30.6%~68.2%。psbA-trnH基因序列的最大种内遗传距离均小于最小种间遗传距离,有明显的barcoding gap,ITS2、rbcL、matK序列的种内变异和种间变异有一些重叠,没有明显的barcoding gap。基于psbA-trnH序列的发育树能将芦荟属6个品种完全区分,而其他3个序列在区分这些芦荟属品种时存在模糊鉴定。结论 DNA条形码技术可以准确鉴别芦荟属植物,psbA-trnH序列可以作为鉴别芦荟属植物的优选序列。     

应用ITS2序列鉴定垂盆草及其混伪品

目的：通过对药食同源植物垂盆草及其混伪品进行分子鉴定,以保证该植物的临床药效及食用安全。方法：通过对样品DNA进行PCR扩增,获得ITS2基因片段,纯化后的PCR产物进行双向测序,运用CodonCode Aligner进行序列的拼接、MEGA5．0软件进行序列分析并构建K2P模型的NJ树。结果：垂盆草与其混淆品ITS2序列间存在明显变异,种内遗传距离小于种间遗传距离,从NJ树中可以明显看出不同来源垂盆草聚为一支,与混伪品可以很好地区分。结论：ITS2序列可有效地鉴别药用植物垂盆草及其混淆品,对中药鉴定具有潜在的应用价值。