新疆哈萨克族食管鳞癌差异表达mRNA的筛选

目的 对新疆哈萨克族食管鳞癌(ESCC)组织与正常组织间差异表达的mRNA进行基因芯片筛选,进一步了解ESCC发生、发展机制。方法 利用基因芯片对5对新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织(距癌组织>5 cm)中mRNA进行筛选;利用R软件及R软件包进行生物信息学分析;结合生物信息学工具metascape对差异基因行GO功能注释和KEGG通路富集分析;利用生物信息学网站STRING及Cytoscape软件寻找核心基因;搜集23例新疆哈萨克族ESCC组织和20例癌旁正常组织,对核心基因PLAUR进行免疫组化验证。结果 最终筛选出哈萨克族ESCC差异表达的mRNA 1 764个(差异倍数≥2且P<0.01);差异表达的mRNA中上调的基因378个,下调的基因1 368个,这些差异表达的mRNA涉及了一系列生物学功能及通路;免疫组化结果显示核心基因PLAUR在哈萨克族ESCC中表达高于癌旁正常组织。结论 该研究通过基因芯片筛选出新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织中差异表达的mRNA,找出了其中的核心基因,完善了新疆哈萨克族ESCC基因谱,为ESCC诊断、预后的进一步研究打下基...     

肝癌相关差异表达基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

目的 建立生物信息学分析筛选肝癌基因芯片差异表达基因的方法,助力肝癌发病分子机制的研究。方法 通过R语言软件分析肝癌芯片数据GSE45436中肝癌组织和癌旁组织差异表达的基因, DAVID软件对差异表达基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析,String和Cytoscape软件分析关键基因和模块。结果 共筛选出375个差异表达明显的基因,其中表达上调和下调的分别有99个和296个。差异基因功能分析主要涉及细胞周期、p53信号通路、补体途径、细胞色素P450代谢通路等。蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络显示拓扑异构酶Ⅱα (TOP2A) 可能与肝癌的发生发展最为相关。结论 本研究采用基因芯片结合生物信息学方法,构建了肝癌差异表达基因编码的蛋白互作网络。TOP2A可能是肝癌相关的核心基因。     

肾透明细胞癌核心基因的生物信息学分析及AURKB表达的验证

目的 利用生物信息学手段,在肾透明细胞癌(KIRC)中筛选目标基因AURKB,分析其在肾透明细胞癌中的临床意义。方法 在GEO数据库下载GSE66271数据集后,筛选差异基因。基于STRING数据库和Cytoscape软件挑选hub基因。利用GEPIA在线数据库验证基因AURKB在肾透明细胞癌组织中的表达及预后关系。通过免疫组化实验验证AURKB在肾透明细胞癌组织与癌旁正常组织的表达差异。结果 对数据集GSE66271分析后,共获得517个差异基因,其中155个上调基因,362个下调基因。在差异基因网络中的10个枢纽基因,从中选取基因AURKB进行验证。GEPIA数据库分析显示AURKB高表达均显著降低了KIRC患者的总生存期(OS)及无病生存期(DFS)(均P<0.001),表示其可能为KIRC的促癌基因。此外AURKB的表达与KIRC患者的不同疾病阶段呈正相关关系(P<0.001)。免疫组化实验表明AURKB蛋白表达主要在细胞核内,在癌组织中阳性表达(58.00%,29/50)高于癌旁正常组织(24.00%,12/50),差异有统计学意义(χ²=1...     

基于生物信息学筛选甲状腺乳头状癌相关预后基因

目的:通过生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌预后相关基因,为后续实验提供理论基础,以便进一步研究甲状腺乳头状癌发生的可能机制。方法:利用生物信息学方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库中下载甲状腺乳头状癌和癌旁组织样本的RNA测序数据,通过差异分析获取差异基因;利用基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes Genomes, KEGG)进行差异基因生物学功能和通路富集分析;通过蛋白交互网络分析法(protein-protein interaction, PPI)筛选出关键基因;通过生存分析研究关键基因对甲状腺乳头状癌患者生存预后的影响。结果:在TCGA数据库中共筛选出甲状腺乳头状癌患者237例,其中甲状腺乳头状癌组织212例,甲状腺癌旁组织25例。通过差异基因分析后共筛选出715个差异基因;通路富集分析显示,神经信号转导活性、逆行内源性大麻素信号为主要的信号通路;通过PPI法共筛选出18个关键基因,包含9个上调基因和9个下调基因;通过生存分析发现高表达...     

新疆维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因分析

目的 分析研究维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因,筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路。方法 对2017年1-12月新疆维吾尔自治区人民医院的5名维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者胃癌组织和癌旁组织进行基因芯片检测,获取胃癌合并幽门螺旋杆菌感染的基因表达谱,并进行差异表达基因筛选。采用基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解差异基因的功能,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的互作网络进一步筛选调控关键基因,qRT-PCR对挑选的基因进行表达量验证分析。结果 通过比较分析胃癌组织和癌旁组织芯片数据,共筛选出差异表达基因919个（P<0.05,Fold change≥2）,其中上调251个,下调668个。GO分类注释显示,差异基因与胃酸分泌、甲状腺激素代谢、氧化还原酶活性、细胞稳态、磷脂易位、鞘磷脂代谢等生物功能存在密切关联。KEGG通路分析显示,细胞周期、P53信号通路、Nothch信号通路、鞘糖脂生物合成、DNA复制、错配修复、细胞粘附分子、脂肪消化吸收等信号通路可能在胃癌合并幽门螺旋杆菌感染过...     

宫颈癌中Foxq1与NF-κB p65的表达及临床病理意义

目的:通过基因芯片技术筛查与宫颈癌发生密切相关的转录因子,并在蛋白水平进行验证;初步探讨其在宫颈癌发生中的临床病理意义。方法:对新鲜宫颈癌、癌旁组织及正常宫颈组织各2例进行人表达谱芯片（Illumine Human-6 gene chip, 含48 000个基因信息）检测,采用实时定量 RT-PCR方法验证芯片结果,筛选出调控差异基因主要转录因子。并进一步对44例宫颈癌、22例宫颈内上皮瘤变及17例正常宫颈石蜡组织进行免疫组化检测,验证基因芯片筛选的主要转录因子表达情况,分析转录因子和宫颈癌临床病理学关系。结果: 癌组织、癌旁组织与正常宫颈组织间比较共同上调基因67个,下调基因28个,RT-PCR验证了基因芯片结果。其中,NF-κB p65在癌旁组织和正常组织中低表达,在宫颈癌组织中高表达（P<0.05）,NF-κB p65与宫颈癌组织分级呈正相关（P<0.05）,与临床分期无关（P>0.05）;Foxq1在癌旁和正常组织中高表达,在宫颈癌组织中阴性表达（P<0.05）,Foxq1表达与宫颈癌组织分级、临床分期均无关（P>0.05）。Foxq1与NF-κB p65表达无关（P>0.05）。结论:核因子NF-κB p65与Foxq1为宫颈癌发生相关转录因子,可能分别在宫颈癌的发生中起作用。     

乙型肝炎、丙型肝炎病毒相关性肝癌基因差异表达的生物信息学分析

目的:筛选乙型肝炎病毒(HBV)与丙型肝炎病毒(HCV)相关性肝癌的差异表达基因,探讨其基因功能富集的差异,促进对HBV、HCV相关性肝癌致病机理的了解。方法:从公共基因芯片数据库中下载数据集GSE44074,利用在线软件GEO2R筛选HBV相关性肝癌与HCV相关性肝癌间的差异表达基因,利用DAVID数据库、基因集富集分析(GSEA)方法等分析预测HBV、HCV相关性肝癌的基因功能富集的差异。结果:利用数据集GSE44074共筛选出34个差异表达基因(矫正后P<0.05)。HBV相关肝癌样本中高表达的基因与多细胞组织加工和生物学过程负向调控有关。HCV相关肝癌组中线粒体呼吸链、细胞器膜蛋白及线粒体膜功能等基因功能集存在显著上调。结论:HBV、HCV相关性肝癌样本间存在多个差异表达基因及差异基因功能富集。     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的：应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因。方法：利用CapitalBio公司基因芯片,对肝细胞癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果：按差异显著性标准,从16000条基因中筛选出在肝细胞癌组织中共同差异表达基因326个,其中已知基因194个,新基因132个。在筛选出的已知基因中,表达上调113个,表达下调81个,包括原癌基因和抑癌基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架相关基因、细胞凋亡相关基因、DNA合成和修复相关基因等。结论：基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群,并高效对基因功能进行研究。基因表达谱的分析有助于研究肝细胞癌发病机制。     

钙磷脂结合蛋白Ⅱ在人肝细胞癌中的表达

目的：应用抑制差减杂交技术（supression subtractive hybridization,SSH）结合cDNA芯片筛选人肝细胞癌中差异表达基因.进一步探讨所筛选出的钙磷脂结合蛋白（annexinⅡ）在肝细胞中的表达及作用.方法：以肝癌组织和非肿瘤肝组织进行SSH,构建正、反向差减杂交文库,差减片断的PCR产物制备cDNA芯片,筛选出肝癌组织中差异表达基因.进一步应用荧光实时定量技术验证芯片结果,免疫组化方法分析annexinⅡ在肝细胞癌和正常肝组织中的表达.结果：成功构建了肝细胞癌差减杂交文库.芯片结果显示annexinⅡ在肝细胞癌中高表达并经荧光实时定量技术证实.免疫组化结果表明annexinⅡ在肝细胞癌和癌旁肝硬化组织中高表达,在正常肝组织中不表达（P＜0.05）.在低分化肝细胞癌中annexinⅡ的表达有增高趋势.结论：SSH方法构建的肝细胞癌差减杂交文库富含肝细胞癌差异表达基因.肝细胞癌中高表达基因annexin Ⅱ可能与肝细胞的恶性转化,肝癌细胞的转移和侵袭能力有关.     

肺癌诊断基因的初步筛选

目的 筛选肺癌细胞恶性转化不同时期差异表达的基因，以期用于肺癌的诊断。方法 应用抑制消减杂交技术(SSH)、测序、cDNA芯片(cDNA Miemarray)、northern blot。结果 利用SSH建立了永生化人支气管上皮细胞(BEP2D)恶性转化不同时期差异表达基因的cDNA文库，其中，A消减文库(BEP2D细胞的cDNA为tester，α粒子照射BEP2D细胞后35代恶性转化细胞R15Hp35的cDNA为driver)有416个克隆，B消减文库(α粒子照射BEP2D细胞后20代转化细胞R15Hp20的cDNA为tester，BEP2D和R15Hp35细胞的cDNA混合后为driver)有301个克隆，C消减文库(R15Hp35细胞的cDNA为tester，BEP2D细胞的eDNA为driver)有586个克隆。对文库中107个克隆单向测序发现：19个克隆在GenBank中没有查到对应的同源序列，其它88个克隆共代表了76个不同的已知基因。然后，将3个文库中全部克隆的cDNA制作成cDNA芯片，用该芯片筛选了15例肺癌组织、5例肺癌旁组织和其他8种癌组织(肝癌、胃癌、食管癌、乳腺癌、白血病、子宫内膜癌、脑神经角质瘤和结肠癌)中mRNA的表达差异。结果，获得肺癌组织高于肺癌旁组织表达的eDNA26个，肺癌旁组织高于肺癌组织表达的31个，2者高于其他8种癌组织的分别为：肺癌旁组织中63个，肺癌组织中87个。将这208个具较大差异表达的基因重新制作成cDNA芯片，再选用临床上同一鳞癌病人鳞癌和鳞癌癌旁组织各1例与该芯片杂交，发现这些筛选出的基因的确在癌组织和癌旁组织中存在较大差异。结论 这些初步筛选出的差异表达基因有望成为肺癌诊断的侯选基因。