E.coli中的alkA基因启动子分离纯化

含有alkA基因启动子的质粒pMCP1000经用限制性内切酶EcoRI酶切、酶Ba131修饰和T_4DNA连接酶连接,重组成新质粒,命名为pAY系列。EMB琼脂板培养筛选,限制性内切酶EcoRI、SalI和BamHI酶切和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离出最短的有活性的alkA基因启动子,pAY108。DNA序列分析证明在启动子上游区-49到起始密码区与1984年Nakabeppu报道的alkA基因启动子序列一致。β-半乳糖苷酶试验证明与野生型活性近似。     

膜联蛋白V真核表达载体的构建

目的：构建人膜联蛋白V基因真核表达载体,探讨人膜联蛋白V的生理功能。方法：PCR方法扩增含EcoRI及BamHI酶切位点的膜联蛋白V基因序列,对真核表达载体pcDNA3．1(-)和膜联蛋白V基因扩增产物进行双酶切,用连接酶将二者连接并转化到大肠杆菌BL21,重组质粒经测序鉴定,称为pcDNA3．1(-)AxV。结果：酶切琼脂糖电泳分析pcDNA3．1(-)AxV中含有膜联蛋白V基因,序列分析表明与文献报道的序列完全一致。结论：成功地构建了人膜联蛋白V基因的真核表达载体,为研究其生理作用奠定了基础。     

人细胞骨架调节蛋白基因Nelin N端片段的原核表达

[目的 ]构建Nelin基因N端片段的原核表达载体并表达此蛋白 .[方法 ]设计带有BamHI/EcoRI酶切位点的引物 ,以已构建好的质粒pGEX 5X Nelin为模板 ,用PCR扩增Nelin基因N端片段 ,并用BamHI/EcoRI酶切PCR产物和原核表达载体 pGEX 5X 1,然后用T4DNA连接酶将其连接 ,得到重组表达质粒 pGEX 5X Nelin 1,经双酶切鉴定和测序验证 .重组表达质粒转化大肠杆菌BL 2 1,用异丙基硫代 β D 半乳糖苷 (IPTG)诱导 ,以SDS PAGE进行分析 .[结果 ]成功构建并表达了分子量约为 43KD的NelinN端片段的融合蛋白 .[结论 ]所表达的蛋白为蛋白纯化、抗体制备及研究其功能奠定了基础     

EcoRI限制及修饰酶基因的克隆和高效表达研究(简报)

限制性内切酶是进行基因分析和DNA重组不可少的工具。EcoRI是其中最常用的酶之一.本文简述了利用重组DNA技术克隆EcoRI的限制和修饰酶基因及其高效表达的研究结果. 据文献报导,EcoRI的限制和修饰酶基因定位于质粒DNA上.我们从酶的生产菌株E.coli~5RY13中纯化了一种分子量约为9kb(千硷基对)的质粒DNA,并藉PvuⅡ和BstNI联合酶解,分得一含限制和修饰酶基因的片段(～2.2kb)。片段用Klenow酶补齐末端后,经平端连接插入pBR32     

tRNA~(val)-CTE复合核酶真核表达载体构建

目的构建tRNA^val—CTE复合核酶真核表达载体，为进一步研究打下基础。方法用RT—PCR法扩增CTE DNA；合成含tRNA^val启动子和HCV5-NCIK区195住的核酶以覆内切酶KpnⅠ和EcoRⅤ序列，通过退火连接到pPUR质粒的BamHⅠ和EcoRⅠ的酶切位点之间，构建质粒pPHCV—Rz；用KpnⅠ和EcoRⅤ双酶切后，将CTE cDNA定向插入表达载体pPHCV—Rz多克隆位点中，构建成重组表达质粒，并用酶切分析和序列测定进行了鉴定。结果酶切鉴定和测序证实tRNA^val启动子和HCV5-NCIK区195住的核酶基因以覆CTE cDNA被正确克隆入真核表达载体pPUK。结论tRNA^val-CTE复合核酶真核表达载体的成功构建，为开展利用tRNA^val-CTE复合核酶切割HCV RNA的研究奠定了基础。     

一种有效的体外连接法构建heNOS重组腺病毒

目的：探讨一种新的有效的体外连接方法构建重组腺病毒转移载体。方法：将目的基因heNOS(人内皮型一氧化合酶)亚克隆到穿梭质粒pShuttle启动子CMV的下游，再通过Ⅰ-CeuⅠ和PI—Sce Ⅰ两个稀有酶切位点，将目的基因heNOS与腺病毒质粒DNA(pAdeno—X)进行体外连接，获得含目的基因heNOS重组腺病毒质粒DNA，后经限制性内切酶PacⅠ切割后，两端露出反向末端重复序列(ITR)，利用脂质体转染293细胞．获得含目的基因重组腺病毒上清。PCR双引物检测含有目的基因heNOS片段。结果：PCR双引物检测含有目的基因heNOS片段，表明利用体外连接法成功构建了含目的基因heNOS重组腺病毒转移载体。结论：体外连接法是一种有效的复制缺陷型重组腺病毒构建方法。     

弓形虫ROP2基因的体外扩增及真核表达重组质粒的构建

目的 构建弓形虫棒状体蛋白2（ROP2）基因真核表达重组质粒,方法 根据ROP2基因已知序列,设计合成一对引物,上,下游引物分别引入EcoRI,SalI酶切位点,用PCR方法从弓形虫RH株基因组DNA中扩增编码ROP2的基因片段,插入pGEX-4T-1质粒,构建原核表达重组质粒pGEX-4T-1-ROP2,而后经EcoRI,NotI双酶切除ROP2基因片段,再亚克隆到载体pcDNA3中构建真核表达重组质粒pcDNA3-ROP2。结果 ROP2基因体外扩增产物大小约1043bp,重组质粒经酶切及PCR鉴定表明获得正确重组子,克隆基因测序结果与已知序列基本吻合。结论 在国内首次克隆了弓形虫ROP2基因并构建了真核表达质粒pcDNA3-ROP2。为下一步弓形虫DNA疫苗研究打下了基础。     

人转化生长因子-β1基因克隆、测序及真核表达载体的构建

目的：克隆人转化生长因子-β1（TGF-β1）基因编码区cDNA序列，构建并鉴定TGF-β1真核表达载体。方法：设计含有EcoRI和Xhol Ⅰ酶切位点的TGF-β1 cDNA引物，利用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）法，以人白细胞mRNA为模版，扩增TGF-β1基因，纯化PCR产物，TA克隆，双酶切与pcDNA3质粒表达载体连接，转化感受态大肠杆菌JM109，酶切鉴定阳性董组子，并进行序列测定。结果：琼脂糖凝胶电泳显示，用双酶切后形成分子量1．2kb的条带，符合物理图谱，表明表达载体构建成功，序列测定结果与预测结果完全一致。结论：成功克隆了TGF-β1基因，并成功地构建了真核表达载体pcDNA3-TGF-β1.     

hfgl2凝血酶原酶基因5′端调控序列的克隆及生物信息学分析

目的扩增人纤维蛋白原样蛋白2(hfgl2)凝血酶原酶基因5′端调控序列,构建荧光素酶报告基因表达载体,对hfgl2基因5′侧翼启动子序列进行生物信息学分析,预测可能的调控区域及顺式作用元件。方法用聚合酶链反应(PCR)法从人外周血单个核细胞基因组DNA中扩增hfgl2凝血酶原酶基因5′端调控序列,PCR产物酶切后克隆至pGL3-Basic载体,重组质粒行酶切及测序鉴定,使用在线分析软件对5′端调控序列中的转录因子结合位点及启动子序列进行预测。结果扩增了长度为1 567bp的hfgl2凝血酶原酶基因5′端序列,酶切及测序鉴定证实构建的pGL3-hfgl2质粒插入片段正确无误,分析显示该基因序列共含有138个、31种顺式作用元件。结论构建hfgl2基因近端启动子转录调控序列荧光素酶报告基因的表达载体为研究hfgl2的转录调控奠定了基础。     

人MUC5AC基因启动子荧光素酶报告 基因载体的构建及其转录活性分析

目的：克隆人黏蛋白/黏液素5AC(MUC5AC)基因启动子并构建该启动子的荧光素酶报告系统,探讨该启动子的活性及转录靶向性。方法：运用Vector NT1软件包对MUC5AC基因5′端1 348 bp进行启动子特征分析;以人A549细胞基因组DNA为模板分离出人MUC5AC基因5′端非翻译区大小为1 348 bp的片段并进行测序鉴定,再以扩增产物为模板对启动子进行5′端删除分析,分别扩增737 bp(-689/+48),372 bp(-324/+48),112 bp(-64/+48)的片段,与荧光素酶报告基因载体重组构建,通过双荧光素酶活性进行转录活性分析。应用定点突变技术,在重组质粒的基础上建立MUC5AC启动子区SP-l结合位点和核因子（NF）-κB结合位点单独突变体,并测定中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)诱导的转染细胞荧光素酶的相对活性。结果：序列分析发现人MUC5AC基因5′端1 348 bp的区域内存在多个顺式作用元件,成功构建了4个不同长度的MUC5AC启动子报告基因载体。双荧光素酶活性分析372 bp片段为有活性的最小片段。NE可诱导含有MUC5AC启动子区NF-кB结合位点单独突变体（pGL3E-MUC5AC-NF-кB-MU）荧光素酶相对光强度增加,而NE不能诱导SP-l结合位点单独突变体（pGL3E-MUC5AC-SP-1-MU）荧光素酶表达增加。结论：上述载体的成功构建及序列分析为进一步研究MUC5AC基因的启动子活性及基因表达调控奠定了基础。MUC5AC 5′上游序列中-324/-64位点存在参与NE诱导MUC5AC基因表达的重要调控元件,位于此区域的顺式作用元件SP-1位点在NE诱导MUC5AC基因表达机制中起重要作用。     

HPV16 E_7基因克隆及其特异性鉴定

根据已报导的ＨＰＶ１６Ｅ_７基因序列，设计了两个寡核苷酸引物，在引物的５′端分别引入了ＥｃｏＲＩ和ＨｉｎｄⅢ酶切位点，采用多聚酶链反应（ＰＣＲ）扩增了ＨＰＶ１６Ｅ_７基因片段。通过ＥｃｏＲＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切位点与ｐＵＣ１８载体连接，重组质粒转化宿主菌ＪＭ１０９，在含Ｘ－ｇａｌ、ＩＰＴＧ的平板上直接筛选，斑点杂交，ＰＣＲ扩增鉴定和酶切分析证明得到了含ＨＰＶ１６Ｅ_７完整的编码序列的重组克隆。     

抑癌基因BRCA1启动子荧光素酶报告基因的构建及活性测定

目的:克隆人BRCA1基因的启动子,构建荧光素酶报告基因载体,并在细胞内检其活性,为其后续基因凋控研究提供依据。方法:采用PCR技术,从人正常宫颈组织细胞中扩增出BRCA1启动子,插入荧光素酶报告基因载体pGL3-basic中,测序所扩增的DNA序列,将其转染入HCT 116细胞中并检测其活性。结果:酶切及基因测序方法证实所构建质粒含有pGL3-basic全序列及BRCA1启动子上游调控序列,扩增的BRCA1启动子序列正确;双报告基因实验检测荧光素酶活力表明,p53缺失的HCT116细胞中BRCA1启动子明显增加（P<0.05）,构建的报告基因具有启动子活性。结论:克隆BRCA1启动子及成功构建人BRCA1启动子报告基因,可实现快速、经济和准确地克隆已知基因启动子分子和构建启动子载体的目的。     

改变部分TIR对EPO模拟肽8串联体表达的影响

目的　通过改变部分翻译起始区序列观察对 EPO模拟肽基因 8串联体表达的影响 .方法　设计和人工合成了部分翻译起始区域 (translation initiation region,TIR) DNA序列 ,将该序列插入 p BSEPOM8(含 EPO模拟肽基因 8串联体序列 )的 Eco RI和 X ba I位点 ,经 DNA测序确定正确重组质粒 ,再将 EPO模拟肽基因 8串联体 (含改建的翻译起始区域 )克隆到 p BV2 2 0载体的 Eco RI和 Bam HI位点 ,诱导表达 .结果　 DNA测序证明 ,人工合成的 DNA序列已正确插入EPO模拟肽基因 8串联体的翻译起始区域 .该串联体基因插入 p BV2 2 0载体后 ,经 42℃诱导 ,在细菌裂解上清中出现一条相对分子质量为 2 2× 10 3(Mr)的新蛋白带 ,与 EPO模拟肽基因 8串联体的理论计算分子量相符合 .经薄层扫描证明该蛋白带约占细菌蛋白总量的 15 % .结论　通过改变部分翻译起始区域起动了 EPO模拟肽基因 8串联体的翻译 ,使原来不表达的 EPO模拟肽基因 8串联体获得了较高水平的表达     

利用RNA捕获法在全基因组进行egfr启动子片段的富集

目的以表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,egfr)启动子片段为目标靶序列,用RNA捕获法在全基因组进行靶序列的富集,结合第二代测序技术,实现候选基因区段的深度测序。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa S3 egfr启动子为模型,提取基因组后用MboⅠ酶切,补平加PE接头,回收400 bp～1000 bp的DNA片段作为模板,并用egfr启动子RNA与制备的基因组模板杂交将egfr启动子片段富集,富集的DNA片段PCR扩增15轮后用Solexa高通量测序。结果通过生物信息学技术分析,从实验组中随机取总条数为106 reads,比对到egfr启动子片段reads条数为1 889条,而比对到随机挑选的notch 1、pdgf-B、src基因reads条数分别为2、3、3条。从人类全基因组随机取总条数为106的等长reads作为对照组,比对到notch 1、pdgf-B、src、egfr基因reads条数分别为3,2,3,2条。在本实验中egfr启动子片段通过RNA捕获法被富集了630倍。结论用本研究建立的RNA捕获法进行基因组靶序列捕获、富集、测序文库建立的技术路线可行,所建DNA文库可直接用于Solexa测序仪的测序。RNA捕获技术与第二代高通量测序技术结合能应用于靶区域的重测序,研究可变剪切、核小体分布,发现和分析新的单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphisms,SNPs)位点,寻找许多复杂疾病相关基因及位点,针对性强,简便易行,节约成本。     

乙肝病毒核心抗原基因在大肠杆菌中的高表达

乙肝核心抗原在大肠杆菌表达由Michael Nassal完成,国内马贤凯等人成功地使乙肝核心抗原在Lac启动子控制下高表达。本文使乙肝核心抗原基因在P_LP_R启动子控制下,用温敏法诱导产生HBcAg,该菌株能稳定地高表达。可以代替肝提取的HBcAg,菌     

人 PDCD4启动子真核报告质粒的构建和鉴定

目的  克隆人程序性死亡因子4(PDCD4)基因的启动子,插入荧光素酶报告基因载体中,并在细胞内检测其活性,为进一步研究PDCD4表达调控奠定基础。方法  采用PCR技术,从人基因组DNA中扩增出PDCD4启动子,插入荧光素酶报告基因载体pGL4-Basic中,测序所扩增的DNA序列,并将构建的pGL4-PDCD4-P1荧光素酶报告质粒,与内参照pRL-TK用脂质体法瞬时共转染OVCAR3,SKOV3细胞系,通过双荧光素酶活性检测确定其启动子活性。结果  测序结果表明,扩增的PDCD4启动子序列正确,pGL4-PDCD4-P1转染OVCAR3细胞(高表达内源性PDCD4) 24h后,双荧光素酶活性检测显示其启动子相对活性约为pGL4-Basic空载体的67倍;而pGL4-PDCD4-P1转染低表达内源性PDCD4的SKOV3细胞后相对活性约为15倍。结论  成功构建了PDCD4启动子的克隆及人PDCD4启动子报告基因,为后续研究奠定了基础。     

紧密连接蛋白claudin-14基因5'调控区序列的生物信息学分析

目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-14基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-14基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-14基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 Claudin-14基因5'调控区序列中存在1个CAAT-box、1个TATA-box和1个GC-box;claudin-14基因可能存在5个启动子位点;CpG岛位于62 bp区间(229～290 bp)、99 bp区间(417～515 bp)、76 bp区间(523～598 bp)、89 bp区间(836～924 bp)、69 bp区间(1 216～1 284 bp)和194 bp区间(1 235～1 428 bp)。评分在85分以上时,该区域有432个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域有156个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域有66个潜在的转录因子结合位点;评分在100分时,该区域有24个潜在的转录因子结合位点。结论 Claudin-14基因可能存在不同的转录起始位点;claudin-14基因的转录受DNA甲基化和多种转录因子的调控。     

鼠高迁移率族蛋白1A盒基因的克隆和原核表达

目的:克隆小鼠高迁移率族蛋白1A盒(HMGB1 A box)cDNA,并在大肠杆菌中表达GST-A盒融合蛋白。方法:从鼠肺提取总RNA,经RT-PCR获得HMGB1 A盒基因。将该基因插入pGEX-4T-2载体的BamHI和EcoRI位点之间并测序鉴定,转化BL21(DE3)后30℃IPTG诱导表达5h,进行SDS-PAGE分析。结果:DNA测序证明,获得了HMGB1 A盒基因,其序列与GenBank中报道序列基本一致。SDS-PAGE分析表明,HMGB1 A盒与GST融合蛋白获得成功表达,分子质量约36KD,表达量约占菌体总蛋白的15%,结论:通过RT-PCR成功克隆和表达了鼠HMGB1 A盒基因。     

Mitochondrial gene defect in patients with chronic progressive external ophthalmoplegia

Objective To detect the gene defect of mitochondrial DNA(mtDNA) from skeletal muscles in 2 patients with chronic progressive external ophthalmoplegia (CPEO).Methods After extraction of mtDNA, Southern hybridization was performed after restrictive digestion by PvuⅡ, EcoRI, Hind Ⅲ, and SacI. Then, we carried out polymerase chain reaction(PCR) and the enzyme digestion of the PCR products. Finally, mtDNA sequencing was done by automatic DNA sequence analyzer. Results In case 1, a 5 kb deletion was found by Southern blot analysis and PCR. And dosage analysis showed a heteroplasmic change with 44% mtDNAs deleted. In case 2, PCR plus restriction endonuclease PvuⅡ digestion demonstrated a mutation which was confirmed by DNA sequencing to be a single base substitution (T→C) inducing a novel PvuⅡ site around 10909 on mtDNA sequence. The laser image analyzer measurement revealed the mutation was almost homologous (99.4% mutant).Conclusions In case 1, a 5 kb deletion found in mtDNA is called "common deletion" according to the literature. In case 2, a novel PvuⅡ site was found. It seems to be a de novo point mutation affecting ND4 in published CPEO research and is first reported in Chinese population. This point mutation does not induce an amino acid(Phe) change according to the published human mitochondrial genetic code as well as the mtDNA sequence. Whether it affects the translation efficiency or transportation of signals between mitochondrial and nuclear genome needs further studies.