浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

一对男男性接触HIV感染者体内毒株基因序列的分析

目的应用分子流行病学方法,以分析2名具有高危性行为的男男性接触者(MSM)间HIV-1病毒传播关系。方法对2名人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者进行流行病学调查。应用巢式RT-PCR扩增HIV-1 pol区和gag区基因,经DNA测序后,结合流行病学资料,用遗传进化系统树比对的方法分析两感染者体内HIV-1毒株的亲缘关系。结果该2名感染者体内HIV-1毒株所属亚型分别为HIV-1 CRF07_BC和CRF01_AE,gag和pol基因之间的基因距离分别为0.125和0.096。结论该2名男男性接触者间不存在HIV-1传播关系。     

天津市男男性行为人群HIV感染者毒株亚型和成簇特点

目的 了解我市男男性行为人群（men who have sex with men,MSM）人免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus,HIV）感染者毒株的亚型分布和成簇特点。方法 收集2013-2017年MSM随访研究中新发现和队列中阳转的未经抗逆转录病毒治疗（antiretroviral therapy,ART）的HIV感染者血浆样本,经RNA提取和扩增,共获得100份pol区序列,进行基因型、耐药突变和分子进化分析,并与人口学和行为学资料相结合分析其成簇特点。结果 HIV感染者流行的亚型依次为CRF01_AE占60.0%（60/100）,CRF07_BC占28.0%（28/100）,B亚型占6.0%（6/100）,CRF55_01B亚型占4.0%（4/100）,其他独特型二代重组亚型占2.0%（2/100）。传播性耐药（transmitted drug resistance,TDR）流行率为7%（7/100）,其中不同亚型的流行率依次为B亚型3.0%（3/100）、CRF01_AE 2.0%（2/100）、CRF07_BC 1.0%（1/100）和CRF55_01B 1.0%（1/100）。耐药突变以NNRTIs突变为主,占4.0%（4/100）,其次为NRTIs突变占2.0%（2/100）,PIs突变占1%（1/100）。成簇样本占31.0%（31/100）,共分布在13个传播簇内,成簇和非成簇的感染者的亚型、户籍和性病史差异均有统计学意义（均有P<0.05）。结论 天津市MSM感染者中HIV毒株亚型分布情况日趋复杂,新型重组和耐药毒株不断出现并传播,应引起高度重视。     

郑州市男男性行为人群HIV-1毒株变异特征及其与既往有偿供血感染者的关系

目的 分析郑州市男男性行为者(MSM)中HIV感染者的毒株变异特点及其与当地有偿供血者中流行毒株的关系.方法 以郑州市2010年确证的31例MSM的HIV感染者和41例既往有偿供血HIV感染者为研究对象,采集血标本并收集流行病学信息.RT-PCR法扩增全部研究对象的HIV-1 gag、pol全长基因(分别为1584 bp和3147 bp)及env基因的C2V3片段(558 bp)并测序,使用LosAlamosHIV Database在线工具确定病毒基因亚型、绘制系统进化树并分析可能的传播关系.结果 在72例研究对象中,获得全长gag序列53条、pol序列38条、env(C2V3)序列48条;31例MSM的HIV感染者中,CRF01 AE亚型14例、CRF07_BC亚型5例、B亚型12例(B'亚型11例、B亚型1例),41例既往有偿供血的HIV感染者均为B'亚型.MSM人群的CRF01 AE亚型毒株与河北、辽宁省的毒株关系密切、CRF07 BC毒株与河北省石家庄和北京市的毒株关系密切.在MSM人群中的12条HIV-1 B亚型中,有8条聚集成簇并与1例有偿供血感染者的序列距离最近、2条形成可靠的进化簇且与02HNseq4的序列距离最近,提示MSM人群中的B'毒株可能来自有偿供血员,且在MSM人群中存在传播关系.结论 郑州市MSM人群中流行的HIV-1毒株遗传背景复杂、有多个来源.首次发现目前MSM人群中流行的HIV-1 B亚型毒株主要是B'亚型,可能来自当地的有偿供血人群.     

珠海市男男性行为人群HIV-1感染者原发性耐药基因突变分析

目的 研究珠海市男男性行为（MSM）人群中未经治疗的HIV-1感染者耐药突变发生和基因亚型分布。方法 采集2011—2016年珠海市386名未经治疗的MSM人群HIV-1抗体阳性血浆标本,提取病毒RNA,采用In-house方法扩增HIV-1 pol基因并进行测序,通过系统进化树和数据库分析基因亚型和耐药情况。结果 共得到309份样本的pol区序列。CRF07_BC（占48.87%,151/309）和CRF01_AE（占32.03%,99/309）重组亚型占主要地位,其次是CRF55_01B亚型（30/309,占9.71%）。原发性耐药率为1.29%（4/309）,传播性耐药（TDR）相关突变率为15.53%（48/309）,30例CRF55_01B亚型中有25例出现TDR相关突变,位点均在非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）的V179E。结论 珠海市MSM人群HIV-1基因亚型以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,其他多种基因亚型共同流行;该人群HIV-1耐药率处于低度水平,应关注复杂的亚型组成、CRF55_01B亚型高占比及大部分携带V179E突变等特点,加强对该人群耐药株的监测。     

深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测

目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。     

北京男男性行为人群HIV-1序列和流行趋势分析

目的 分析北京MSM人群HIV序列特征,预测北京该人群中HIV流行趋势。方法 汇总本实验室获得的北京MSM人群HIV序列,下载Los Alamos HIV Database中我国MSM人群及其他人群中流行的HIV序列,利用PhyML 3.0、BEAST等软件重建北京MSM人群系统发育树、估算突变速率、推断tMRCA、重建群体流行动态参数、计算再生指数R₀值,分析北京MSM人群与其他人群HIV流行的相关关系,推断进化和流行特征。结果 北京MSM人群中流行的HIV-1亚型包括B、CRF01_AE和CRF07_BC。在全国HIV毒株ML进化树中,北京MSM簇(北京MSM人群所占比例≥40%)共有3簇,即B-1簇、CRF01_AE-1簇、CRF01_AE-2簇。B1簇毒株是由至少3次传入事件进入北京MSM人群的,传入时间分别为1991年3月(1984年7月至1997年2月)、1994年1月(1989年1月至1998年1月)、1991年4月(1984年8月至1996年8月)。CRF01_AE毒株由2次传入事件进入北京MSM人群,传入时间分别为2000年12月(1998年3月至2003年1月)和2001年12月(2000年1月至2003年7月)。流行特征重塑分析显示,CRF01_AE-1簇近年来增长速度较快、突变速率较高。结论 北京MSM人群中存在多种HIV亚型毒株流行,其中B亚型毒株传入时间最早,但增长趋势趋于平稳;CRF01_AE毒株传入时间较晚、但增长迅速,对HIV在北京地区的流行具有明显的推动作用,因此对CRF01_AE毒株的防控有助于减少该地区HIV的流行。     

昆明市2018年男男性行为者HIV-1基因型及耐药特征分析

目的 了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法 收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份,提取病毒RNA,采用巢式PCR扩增gag、pol和env区基因片段,进行基因分型和耐药分析,通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。结果 193份样品中发现多个HIV-1基因型,包括CRF07_BC（39.4%,76/193）、CRF01_AE（34.2%,66/193）、独特型重组（20.2%,39/193）、CRF08_BC（3.1%,6/193）、CRF55_01B（1.6%,3/193）、B亚型（1.0%,2/193）和CRF68_01B（0.5%,1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播,而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190）,对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%,4/190）。结论 昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低,但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。     

浙江省男男性行为人群HIV-1新近感染者的毒株亚型和传播簇研究

目的 了解浙江省MSM中的HIV-1新近感染者的毒株亚型组成和传播特征.方法 233例2011年新报告的MSM感染者经BED捕获酶免试验(BED-CEIA)检测为新近感染,其中107例纳入分子流行病学研究,收集血浆样本提取RNA核酸,用反转录/巢式PCR扩增HIV病毒的pol基因片段,测序后进行生物信息学分析.结果 107例研究对象与当年MSM新近感染者在社会人口学特征上差异无统计学意义.序列获得率为94.4％(101/107),CRF01 AE占比最高(62.4％),其次是CRF07 BC(31.7％),另有3例B亚型,1例CRF55_01B和2例独特重组型.毒株在系统进化树上主要分为CRF01 AE的簇1、簇2和CRF07_BC的簇3,杭州地区的毒株散播于各个进化分支.共发现10个传播簇,80％涉及≥2个的地市,90％与现住址为杭州的病例有关; 共发现有3个样本各存在一个监测性耐药突变,分别为M46I、T215S和G190A,传播性耐药率为2.97％.结论 浙江省MSM的HIV亚型呈现复杂性趋势,但传播性耐药处于低度流行水平;HIV的跨地区传播较为普遍,杭州在地域上可能发挥着核心传播作用,全省已形成混杂交织的复杂网络.     

东莞市HIV-1主要毒株基因分型及其对耐药影响的研究

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）感染者流行毒株基因亚型的分布特征及耐药情况。方法 收集2015年10月至2016年2月东莞市疾病预防控制中心未经抗病毒治疗的50例HIV感染者血浆,提取病毒RNA,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行HIV-1基因亚型分析,并将获得的核酸序列提至美国斯坦福大学HIV耐药数据库（http：//hivdb.stanford.edu）进行耐药位点分析。结果 50例样本最终成功扩增得到35份样本的pol基因序列,在这35例研究对象中,88.6%（31/35）为男性,65.7%（23/35）为经性接触感染。35条pol基因序列中,CRF01_AE亚型占37.1%（13/35）,CRF07_BC亚型占37.1%（13/35）,B亚型占14.3%（5/35）,CRF55_01B亚型占11.4%（4/35）。在35条基因序列中检测到11条（占31.4%）含有耐药相关突变,以CRF01_AE和CRF55_01B重组亚型为主,原发性耐药率为11.4%（4/35）。结论 东莞市HIV-1感染者存在着多种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,基因序列发生原发耐药性,应引起重视。     

2018年珠海市HIV-1基因型及耐药分析

目的 了解2018年广东省珠海市新确诊且未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性病例不同感染途径病毒亚型分布和耐药情况。 方法 收集研究对象血浆标本207份,提取病毒RNA,采用巢氏RT-PCR扩增HIV -1多聚酶pol区,测序定型和耐药分析。 结果 在男男性行为者中流行基因型为CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.1%)和CRF55_01B(13.4%);在异性性感染人群优势基因型为CRF01_AE(52.5%)、CRF07_BC(31.1%)和CRF08_BC(6.6%);在3例注射吸毒感染人群检出CRF01_AE;有1例血源性感染病例检测基因型为H亚型;在MSM和异性性感染人群产生低度耐药,低度耐药率分别为4.1%和4.9%;在注射吸毒和血源性传播感染人群未检出耐药病例。 结论 在经性传播途径感染HIV-1多种基因型共同流行,以CRF01_AE和CRF07_BC基因型为主;在四类人群未检出低度以上耐药病例,总体传播性耐药呈低度流行。     

云南瑞丽口岸入境驾驶员中ＨＩＶ １基因型分布与新重组型发现

摘要：目的　了解云南省瑞丽口岸入境驾驶员主要流行ＨＩＶ １基因型的分布情况。方法　对云南瑞丽２５
例ＨＩＶ １抗体阳性的入境驾驶员血清样本,用ＲＴ ＮｅｓｔｅｄＰＣＲ 方法扩增ＨＩＶ １ｇａｇ （１１５５ｂｐ）、ｇａｇ ｐｒｏｔ
（８８５ｂｐ）、ＲＴ （１０１０ｂｐ）基因片段,经核酸序列测定与拼接后,进行同源关系分析,确定其基因型,并进
行重组型分析并确定重组位点。结果　在本研究的２５ 例样本中,５ 例ＰＣＲ 扩增为阴性,未能有效分型。
２０例确定基因型的样本中,ＣＲＦ０１ ＿ＡＥ 比例最高（４０．００％）, 其次为Ｃ 亚型（２５．００％）、Ｂ 亚型
（５．００％）、ＣＲＦ０７＿ＢＣ （５．００％）和ＣＲＦ０８＿ＢＣ （５．００％）,还有４ 份为未知重组型（２０．００％）。重组位
点分析发现,这４例未知重组是以ＣＲＦ０１＿ＡＥ 为骨架,嵌入部分Ｂ 或Ｃ 亚型的基因片段,是在０１＿ＡＥ
重组的基础上发生的二代重组。结论　瑞丽口岸入境驾驶员中流行的ＨＩＶ １以ＣＲＦ０１＿ＡＥ 为主,Ｃ、Ｂ亚
型及ＣＲＦ０７＿ＢＣ／ＣＲＦ０８＿ＢＣ 同时存在,并出现以ＣＲＦ０１＿ＡＥ 为母株嵌入其他毒株基因片段的两种新型
重组,该人群中ＨＩＶ １基因型分布的复杂性正影响我国云南地区艾滋病分子流行病学特性。
关键词：ＨＩＶ １;基因型;重组型;分子流行病学
中图分类号：Ｒ５１２．９１　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００９ ６６３９ （２０１４）０３ ０１８１ ０６     

男男同性恋人群治疗前HIV-1流行毒株及其变异研究

  目的  了解掌握男男同性恋者(men who have sex with men, MSM)人群治疗前人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type one, HIV-1)流行毒株与基因变异特点。  方法  使用In-house方法进行耐药基因型检测,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况。  结果  石家庄市MSM人群中共有5种HIV-1基因型毒株在流行,CRF01_AE是最主要流行毒株,占到56.8%(25/44),其次是CRF07_BC 29.5%(13/44),URFs 9.1%(4/44),B亚型2.3%(1/44)和CRF55_01B 2.3%(1/44)。URFs主要包括CRF01_AE/B和CRF01_AE/C两种重组模式。χ2检验显示不同基因型毒株在婚姻状况、年龄和首次CD4+ T淋巴细胞中的分布差异均有统计学意义(均有P < 0.05)。发现1例MSM在HIV-1 NNRT编码区225位点处发生了耐药基因突变(P225H),原发耐药率为2.3%(1/44),可导致依非韦伦(EFV)和奈韦拉平(NVP)中度耐药。  结论  加强MSM人群中HIV-1流行和耐药监测研究对控制本市HIV疫情发展具有重要意义。     

Genetic characterization and recombinant history of a novel HIV-1 circulating recombinant form (CRF101_01B) identified in Yunnan,China

The high frequency of multiple HIV-1 recombinant events among the B, C and CRF01_AE were constantly occurring in Yunnan China. Here, we characterized a novel HIV-1 circulating recombinant form (CRF) consisting of CRF01_AE and subtype B (CRF101_01B) from three epidemiologically unlinked individuals. Phylogenetic analysis based on near full length genome (NFLG) sequences revealed that CRF101_01B formed a distinct monophyletic cluster supported by a high bootstrap value of 100%, distantly related to all known HIV-1 CRFs. CRF101_01B had a CRF01_AE backbone with two B segments inserted, respectively, in the gag and pol region. Further, subregion tree analysis showed that CRF01_AE backbone and subtype B segment inserted originated from a Thailand lineage. In addition, our study found that CRF101_01B originated around the year 1996–1998. This findings described a novel HIV-1 CRF, and highlighted the importance of continual monitoring of genetic diversity and complexity of HIV-1 strains in Yunnan, China.