Ⅱ型猪链球菌浙江分离株cps2J、ef、mrp基因的克隆及序列分析

目的阐明浙江省猪链球菌分离株的血清型分型,分析其与国内外其他猪链球菌Ⅱ型（SS2）菌株 cps2J、ef、mrp毒力基因的差异。方法参照GenBank上已发表的cps2J、ef、mrp毒力基因序列,设计引物 ,对6株浙江省猪链球菌分离株进行cps2J、ef、mrp全基因克隆及序列测定,并与国内外其他分离株的基 因序列进行比较。结果cps2J、ef、mrp基因的完整开放阅读框（ORF）分别为999bp、2532bp、3771bp,各 自编码333、843、1256个氨基酸。经对cps2J、ef、mrp毒力基因的序列比较与系统进化分析,6株浙江分 离株均分布在SS2发生群中,与国内外其他SS2菌株cps2J、ef、mrp基因核苷酸的同源性均较高,分别为 98.39%～100.0%、99.6%～100.0%和99.4%～100.0%,分离的年代和地区对基因的同源性和系统进化分支影 响不大。结论6株浙江省猪链球菌分离株为2型菌株,cps2J、ef、mrp基因序列非常保守,与GenBank上国 内及欧洲SS2菌株中相应序列有很高的同源性,可能有着相同的起源。     

3个猪链球菌2型四川分离株4个毒力因子基因序列测定与分析

目的设计了特异性引物对3个致病性猪链球菌2型(Ss2)四川分离株4个主要毒力因子基因mrp、epf、sly和orf2分别进行了扩增,序列测定与分析结果表明3个Ss2四川分离株均存在4个毒力因子基因mrp、epf、sly和orf2,其核苷酸序列与1998年江苏分离株9801及国外参考菌株的同源性均大于99.5%,提示3个四川分离菌株与1998年江苏流行的高毒力菌株可能具有共同的来源。     

浙江省人源猪链球菌鉴定及毒力基因检测分析

目的 鉴定浙江省2005-2020年散发猪链球菌感染者分离株血清型并检测其毒力基因,了解该地区临床致病株毒力基因的分布情况与分子流行病学特征。方法 收集猪链球菌感染者临床分离株,采用传统细菌学方法及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI TOF MS)鉴定的同时,利用聚合酶链(PCR)技术检测其链球菌属(tuf)、猪链球菌种(16S rRNA)、猪链球菌7型(Cps7H)、猪链球菌9型(Cps9D)与2型猪链球菌(Cps2J)/兼荚膜毒力基因以及毒力基因:溶菌酶释放蛋白(mrp)、胞外因子(epf)、溶血素(sly)、毒力相关序列(orf2)、纤连蛋白(fbps)、谷氨酸脱氢酶(gdh)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(gapdh)等24种毒力基因携带情况。结果 28株人源分离株经综合鉴定均为2型猪链球菌,毒力基因群检测结果显示,除salKR毒力基因以及1株ZJ-31菌株外,96.43% (27/28) 的菌株均携带23种毒力基因;16S rRNA基因测序构建系统发育树,结果显示除来自2018年的ZJ-31菌株单独在另一分枝外,其它菌株同源性极高均在同一分枝。结论 浙江省十几年来散发猪链球菌病的人源分离株大多为2型猪链球菌强毒力株,遗传进化显示近年来已出现个别不同来源分枝群菌株。     

猪链球菌2型福建分离株的主要毒力基因分析

目的为了解福建地区猪链球菌2型菌株毒力因子分布情况。方法选取谷氨酸脱氢酶(gdh)、荚膜多糖(cps)、溶菌酶释放蛋白(mrp)、胞外因子(ef)、溶血素(sly)、纤连蛋白/血纤蛋白原结合蛋白(fbps)及毒力相关序列orf2等7个猪链球菌2型主要毒力基因,分别设计了7对引物,采用PCR方法,对本室分离保存的猪链球菌2型福建分离株的毒力基因进行分析。结果从屠宰生猪体内分离的4个猪链球菌2型菌株和SS2PFJ07株基因型为gdh+/cps2J+/mrp+/ef-/sly-/fb-ps+/orf2+,另1株从生猪体内分离的分离菌株基因型为gdh+/cps2J+/mrp+/ef+/sly+/fbps+/orf2+。结论福建地区生猪中猪链球菌2型至少有两种毒力基因型。     

河南省九株狂犬病毒的糖蛋白基因序列分析

目的 了解河南省狂犬病毒与人用、兽用狂犬病疫苗株在糖蛋白基因核苷酸和氨基酸序列水平上的差异,为有效控制狂犬病疫情提供初步的科学依据.方法 以反转录-半套式聚合酶链反应(RT-heminested-PCR)扩增2006年12月分离自河南省信阳市的9株狂犬病毒街毒株,经纯化、克隆、测序后获得9条糖蛋白基因全长序列,采用生物信息学软件构建基因系统发育树,对糖蛋白基因序列和氨基酸序列进行分析.结果 9株狂犬病毒糖蛋白在核苷酸及氨基酸序列水平上彼此的同源性分别为97.6%～98.9%和99.2%～99.8%;9株病毒与CTN疫苗的同源性最高,其核苷酸及氨基酸同源性分别为85.6%～93.0%和91.9%～92.9%;9株病毒与其他疫苗株相比,其核苷酸及氨基酸同源性分别为80.4%～83.3%和87.7%～92.5%;与已知的基因1型狂犬病毒比较,9株病毒糖蛋白氨基酸序列发生了若干位点的氨基酸取代.结论 9株河南省狂犬病毒街毒株均属基因1型,CTN疫苗株可能为目前我国河南省所流行的狂犬病提供较好的保护效果.     

重庆三峡库区2012年乙脑病毒分离株基因序列分析

目的 通过分析2012年重庆三峡库区蚊虫中分离乙脑病毒株PrM及E基因序列,揭示毒株的遗传特性。方法 对新分离乙脑病毒的PrM及E基因进行PCR扩增,将扩增产物测序。用分子生物学软件进行核苷酸及氨基酸序列分析,并绘制系统进化树。结果 新分离的8株乙脑病毒株均为基因I型,与我国其他省市的既往分离株进化关系较近;分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比较,PrM区核苷酸同源性在85.1%～86.7%之间,氨基酸同源性在95.1%～96.3%之间;E基因区核苷酸同源性在87.6%～87.8%之间,氨基酸同源性在96.9%～97.1%之间。所有新分离株与疫苗株在E基因存在14个氨基酸差异位点。结论 2012年8株重庆乙脑分离株为基因I型,在E基因区域与疫苗株相比有部分差异。     

表观健康猪群携带猪链球菌情况流行病学调查

目的了解我国不同地区表观健康猪群携带猪链球菌的情况。方法从我国20个不同地区屠宰场采集248份扁桃体,进行增菌培养后用PCR方法进行猪链球菌种型鉴定并用血清凝集试验复检,最后用多位点序列分型(Multilocus se-quence typing,MLST)系统研究各菌株之间的遗传关系。结果从248份扁桃体中共检出14株猪链球菌(检出率为5.65%),其中3株为猪链球菌2型,2株为猪链球菌7型,1株为猪链球菌9型,8株未定血清型;对6株定型菌株进行毒力因子(mrp、epf、sly、orf2、fbps、gapdh)检测发现5种毒力基因型:A1Cps2+mrp-epf+sly+orf2+fbps+gapdh+、A2Cps2+mrp-epf+sly-orf2-fbps+gapdh-、A3Cps7+mrp+epf-sly-orf2-fbps-gapdh+、A4Cps9+mrp-epf-sly-orf2-fbps+gapdh+、A5Cps7+mrp-epf-sly-orf2+fbps+gapdh+,A1和A2型的分离株为弱毒株,其他型菌株的毒力无法确定;经MLST分析,3株猪链球菌2型属于ST1,1株猪链球菌7型属于ST29,1株猪链球菌9型(CQ15)属于一个国际上未报道过的新ST型,该型被猪链球菌MLST数据库(http://ssuis.mlst.net)收录并编号为ST128。结论不同地区表观健康猪群平均带菌率为5.65%,分离到的猪链球菌2型均为弱毒株。     

徐州市7株猪链球菌病原学分析及分子分型研究

目的 对2020-2022年徐州市3起人感染猪链球菌疫情中分离到的7株猪链球菌进行鉴定和分型,了解本地区猪链球菌的病原学特征和流行特点。方法 采集与病例相关猪的鼻拭子和外环境等标本进行猪链球菌分离,采用飞行质谱和VITEK-2 Compact等微生物鉴定系统进行鉴定,对分离到的猪链球菌进行血清型、毒力基因的检测,并通过多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)等方法进行分子分型和溯源分析。结果 6株猪链球菌为血清2型,其中2021年人源(1株)与猪源(3株)猪链球菌荚膜多糖基因(cps2J)、溶菌酶释放蛋白基因(mrp)、细胞外蛋白因子基因(ef)和溶血素基因(sly)检测均为阳性,多位点序列分型结果为ST7型,PFGE同源性为100%,推断人可能因宰杀带菌猪时通过破损的伤口而感染;2020年和2022年临床分离株mrp基因缺失,多位点序列分型结果为ST1型。2022年外环境分离菌株不携带4种所检测的毒力基因,非数据库中已知ST型别。结论 本地区分离到的猪链球菌株携带多种毒力基因,致病菌株主要为血清2型,ST1和ST7型。     

5株猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7全长基因的克隆及序列分析

目的通过测定5株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7基因序列,结合GenBank登录的国内外PRRSV分离株核苷酸序列,分析PRRSV核衣壳蛋白(N蛋白)的遗传变异情况。方法根据GenBank公布的PRRSV ATCCVR-2332株全基因组核苷酸序列,设计合成1对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出3株PRRSV甘肃流行株(命名为GSZY、GSBY、GSZY株)、1株陕西流行株(命名为Shanxi株)和1株PRRSV江西分离株(命名为Jingxi株)的ORF7全长基因,克隆到pGEM-T Easy载体,然后分别测定插入的核苷酸序列。应用DNAStar序列分析软件对所测ORF7基因核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与不同来源的13个PRRSV毒株进行同源性比较。结果5株PRRSV ORF7基因与以ATCC VR-2332为代表的早期引发PRRS的美洲型毒株的核苷酸序列间的同源性为91.9%~94.3%,与国内其他PRRSV分离株的同源性为98.7%~99.7%,与欧洲型代表株LV的同源性为57.7%~58.2%。结论美洲型PRRSV N蛋白氨基酸发生了变异,但国内毒株相对保守。     

2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析

目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。     

2006-2017年四川省临床分离猪链球菌2型的病原学特征

目的 了解四川省2006-2017年临床分离猪链球菌2型的病原学特征。方法 对2006-2017年四川省临床分离的28株猪链球菌2型进行毒力基因检测、药物敏感性分析、脉冲场凝胶电泳分析(PFGE)。结果 28株猪链球菌2型分为2种毒力基因型,1株为cps2J+/mrp-/sly+/gapdh+/ef+型别,其余均为cps2J+/mrp+/sly+/gapdh+/ef+型别;药敏检测结果显示,28株猪链球菌对第三代、第四代头孢菌素类、碳青霉烯类、青霉素、左氧氟沙星、利奈唑胺、万古霉素、氯霉素、达托霉素均敏感,对四环素均耐药。28株猪链球菌中,仅2株对克林霉素、阿奇霉素、红霉素耐药,其余均敏感。PFGE分析结果显示,28株猪链球菌呈现6种PFGE图谱,相似性为76%,其中23株是完全相同的图谱,占82.14%;2006-2007年分离的19株菌呈现完全相同的PFGE图谱,2010年后分离的9株呈现出6种PFGE图谱。结论 2006-2017年四川省临床分离猪链球菌2型流行株的毒力基因型主要为高致病性cps2J+/mrp+/sly+/gapdh+/ef+型别,对β-内酰胺类药物敏感,2006、2007年不同市区临床分离的猪链球菌2型为统一来源,2010年后分离的菌株PFGE图谱相似度较低。     

四川资阳地区健康猪2型猪链球菌分离与分子生物学特征分析

目的了解四川资阳地区健康猪携带猪链球菌状况及其主要毒力基因分布和药物敏感性,分析这些菌株与病人分离株的同源性,为疫情预测和制定防治措施提供依据。方法从屠宰场采集健康猪的咽拭子和扁桃体标本分离培养获得分离株,用API20 Strep进行生化鉴定、猪链球菌诊断血清进行血清分型;聚合酶链反应（PCR）检测猪链球菌种特异性基因（16SrDNA）和相关毒力基因;K—B纸片法进行药物敏感性分析;并用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析菌株的同源性。结果从健康猪分离到了12株猪链球菌,均为血清2型;菌株均具有cps2J、mrp、sty、ef和gapdh毒力基因;所有菌株抗药性一致;PFGE分析结果显示均为SinaI001型,与同期病人分离株带型一致。结论四川资阳地区健康楮携带的2型猪链球菌是高致病性菌株,与同期病人分离株具育一致的生物学特征,是引起猪或入发病的重要传染源;猪带菌率存在季节差异。     

2007--2008年上海市H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化

目的对分离自上海活禽批发市场的11株H9N2亚型AIV（2007年5株、2008年6株）进行了PB2,PBl,HA,NP和NA的测序,以阐明2007年至2008年上海地区H9N2亚型禽流感病毒分离株的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT—PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这11个毒株的PB2,PBl,HA,NP和NA并进行了序列测定。结果对HA基因进行遗传发生关系分析,这11株分离株均属于Ck／Bei／1／94系。这11个毒株的5个片段的组成有两种方式。结论上海活禽批发市场的1l株H9N2亚型AIV毒株中已包含了H5的片段,所以在今后的工作中加强H9N2亚型禽流感流行病学监测是非常必要的。     

我国鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系分析

目的　通过对 1996～ 2 0 0 1年自我国部分养鸡场分离鉴定的 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因测序 ,了解鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,自收获的尿囊液提取RNA ,通过RT-PCR ,扩增聚合酶PB1基因片段 ,并进行序列测定 ,测序结果采用PHYLIP软件在Internet网上分析处理 ,并用TreeView软件绘制系统进化树。结果　 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因的核苷酸同源性为 97 4 %～ 99 7% ,与三株人源H9N2病毒A/Guangzhou/ 333/ 99、A/HongKong/ 10 73/ 99、A/HongKong/ 10 74 / 99的同源性分别为 90 6 %～ 91 9%、90 4 %～91 5 %、90 2 %～ 91 3%。该 8株鸡源H9N2病毒PB1基因属于相同的进化分支 ,即A/duck/HongKong/Y2 80 / 97-like分支 ,而与该 3株人源株H9N2病毒属于不同的进化分支 ;尚未发现PB1基因属于A/ quail/HongKong/G1/ 97或A/duck/Hong/Y4 39/ 97分支的鸡源分离株。结论　在我国养鸡业流行的H9N2病毒分离株与目前已分离的人源株H9N2病毒其PB1基因属于不同的进化亚分支 ,人源株H9N2病毒PB1基因不是来源于鸡源H9N2病毒。     

卫氏并殖吸虫致病品系PCR-RAPD分子标记的初步研究

目的探讨卫氏并殖吸虫致病品系PCR-RAPD分子标记。方法应用随机扩增多态DNA(PCR-RAPD)技术,对浙江宁海小汀、宁海西溪、遂昌、临安等地卫氏并殖吸虫囊蚴进行遗传变异研究。结果通过8条寡核苷酸随机引物扩增,B17-1600bp为浙江宁海小汀肺吸虫种群特异性DNA片段,A9-680bp为浙江宁海西溪,遂昌、临安三地肺吸虫种群共有特异性DNA片段。结论结果提示B17-1600bp,A9-680bp可作为卫氏并殖吸虫不同致病品系的分子标记。     

Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究

目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。     

浙江省O157大肠杆菌监测及其分子生物学特性

目的了解肠出血性大肠杆菌O157∶H7和其他O157大肠杆菌在浙江省动物、人群中的分布、流行以及PFGE分型、毒力基因携带状况。方法按全国O157∶H7监测方案在5-10月份肠道传染病高发季节,采集全省各地(市)肠道门诊腹泻病人粪便,进行O157大肠杆菌分离培养,并用免疫磁珠分离法对浙江省5个监测点的宿主动物进行O157∶H7分离培养、鉴定,可疑菌株以PCR法检测O157∶H7抗原、志贺样毒素(stx1和stx2)、粘附抹平因子(eaeA)及溶血素(hly)4种毒力基因。用脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)方法进行同源性分析,同时选择14种抗生素进行药敏试验,并将分析结果与本省首株患者粪便中分离的产志贺样毒素的O157∶H7菌株进行比较。结果全省5个监测点2006年共监测动物粪便标本2377份,分离到4株O157∶H7菌株,阳性率为0.17%;同时在绍兴、舟山肠道门诊腹泻病人粪便中分离到2株O157:H?菌株。4株O157∶H7菌株,stx2、Hly、eaeA均阳性,stx1均阴性;2株O157∶H?菌株仅1株携带eaeA毒力基因。脉冲场凝胶电泳分型显示,4株O157∶H7菌株分3个型,除金华地区2006年分离所得2株完全相似外,其它相同地区不同年代分离的O157∶H7菌株及相同年代不同地区分离的O157∶H7菌株则完全不相似。2株O157∶H?菌株1株PF-GE电泳条带降解,另1株与其它O157∶H7菌株电泳条带差异明显。结论浙江省大肠杆菌0157菌株在动物中以携带stx2毒力基因的O157∶H7菌株为主,但在腹泻患者中则以不带志贺样毒素的O157∶H?菌株为主。不同地区分离的O157∶H7菌株PFGE分型差异明显。羊、奶牛是携带stx2毒力基因的O157∶H7大肠杆菌的主要宿主。各级疾控应加强对宿主动物和腹泻病人大肠杆菌O157的分离监测和流行病学调查。     

浙江省产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌流行情况及耐药性

目的 调查浙江省产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs)的大肠埃希菌（E.coli）和肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的流行情况及耐药性。方法 收集各地区临床分离的E.coli和K.pneumoniae共362株,经抑制剂增强的肉汤稀释法筛选出产ESBLs细菌,并用浓度梯度法（E-test）检测其对9种抗菌药物的耐药性。结果 浙江省E.coli和K.pneumoniae中ESBLs检出率分别为37.9%和41.2%,总检出率为39.2%。产ESBLs细菌对头孢他啶（CAZ）、头孢噻肟（CTX）、头孢西丁（FOX）、头孢吡肟（FEP）、头孢哌酮/舒巴坦（CFP/SUL）、哌拉西林/他唑巴坦（PZP/TAE）、阿米卡星（AMC）、环丙沙星（CIP）的耐药率比不产酶株都有不同程度地增加,所有菌株对亚胺培南（IMP）都敏感。结论 浙江各地区ESBLs在E.coli和K.pneumoniae中的检出率高。产ESBLs菌对所测试的8种抗菌药物的耐药程度比不产酶株为高,但所有菌株对亚胺培南均敏感。