基于网络药理学和分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病作用机制研究

目的 利用网络药理学联合分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病(alzheimer's disease,AD)的关键分子机制,以期为AD的治疗提供新的作用药物.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库分析石菖蒲的相关化学成分及作用靶点,检索GeneCards、Pharm Mapper、治疗靶标数据库(T...     

基于网络药理学和分子对接的八宝丹治疗病毒性肝炎潜在机制研究

目的:探索八宝丹的活性成分及其治疗病毒性肝炎的潜在作用机制.方法:通过TCMSP、TCM-PTD、SwissTargetPrediction等数据库,收集八宝丹的活性成分与靶标信息,采用Cytoscape 3.8.0软件和String数据库构建八宝丹"成分-靶点"网络,并利用GeneCards数据库搜索病毒性肝炎相关靶...     

基于网络药理学和分子对接技术探究大黄素抗骨质疏松的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究大黄素治疗骨质疏松的作用机制。方法 利用Pubchem数据库获取大黄素的化学代表结构,借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库检索获得大黄素的分子靶点,利用DisGenNet数据库获取骨质疏松的治疗相关靶点,利用Venny 2.1.0网站构建维恩图筛选大黄素潜在靶点与骨质疏松共有靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建“大黄素-靶点”网络图,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析大黄素治疗骨质疏松的作用机制,筛选结合能较低的靶标蛋白。结果 通过TCMSP数据库共检索到31个大黄素靶点,此外从DisGenNet中获得1084个骨质疏松作用靶点,其中共有靶点14个,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO分析与KEGG功能富集分析,大黄素可能通过调节IL-17信号通路、MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和PPAR信号通路治疗骨质疏松。结论 大黄素能通过多途径、多靶点发挥抗骨质疏松的作用,并可能通过HSP90AA1、SLC2A1、PPARG和MYC等...     

槲皮素治疗心力衰竭的分子机制:基于网络药理学与分子对接方法

目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个：AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为：脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3水平（P<0.01）。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。     

痛风汤作用机制的网络药理学和分子对接探讨

目的 基于网络药理学和分子对接方法,探究痛风汤治疗痛风的可能作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国中药整合数据库(TCMID)、Similarity Ensemble Approach数据库(SEA),检索并收集痛风汤的活性成分及其对应的靶点.通过人类基因组注释数据库(Genecards...     

基于网络药理学和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学分析和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的分子作用机制.方法 结合查阅文献及中药系统药理学数据库与分析平台筛选出斑蝥活性成分,利用SwissTargetPrediction预测其作用靶点.采用GeneCards和OMIM数据库检索肝癌的疾病靶点.通过R软件绘制药物-疾病交集共同靶点的维恩图.使用Cytosac...     

解郁方治疗脑卒中后抑郁的网络药理学和分子对接研究

摘要：目的：基于网络药理学与分子对接技术,探究解郁方治疗卒中后抑郁（Post stroke Depression,PSD）的作用机制。方法:挖掘TCMSP和BATMAN-TCM筛选解郁方有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、TTD、OMIM、PharmGKB、Drugbank数据库获取治疗PSD的相关靶点,两者交集得到药物-疾病交集靶点,在String12.0数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction,PPI）,通过Cytoscape3.9.1筛选出核心成分与靶点。利用R语言对核心基因进行GO及KEGG通路富集分析;通过AutoDock vina1.5.6分子对接,并利用Pymol 2.5进行可视化。结果：解郁方活性核心成分为汉黄芩素、甘草查尔酮A、木犀草素等,核心靶点为TP53、MYC、STAT3、MAPK1、MAPK3、AKT1、ESR1、BCL2、FOS、HSP90AA1、CDKN1A,主要通路为PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果分析显示,木犀草素与MAPK1、汉黄芩素与TP53结合最为稳定。结论：解郁方能够治疗PSD,其作用机制可能通过MAPK1、TP53、STAT3核心靶点调控PI3K-Akt信号通路,进而抑制体内炎症反应与氧化应激反应,改善神经功能有关。     

基于网络药理学和分子对接研究明目地黄丸治疗糖尿病视网膜病变的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究明目地黄丸治疗糖尿病视网膜病变的分子机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)查询明目地黄丸组方中药材化学成分及靶点。通过基因表达数据库(GEO)以“Diabetic Retinopathy”为关键词下载基因芯片信息。采用Cytoscape软件、STRING数据库和相关R语言包进行相关分析,并对核心基因进行分子对接。采用高糖/低氧环境培养ARPE-19构建体外模型验证核心通路的表达。结果 筛选得到明目地黄丸43个主要活性成分,14个核心作用靶点;分子对接结果显示,核心蛋白RB1、AKT1与小分子Quercetin、luteolin、naringenin能形成稳定的对接模型。Western blotting结果显示,高剂量组p-PI3k和p-AKT蛋白表达明显低于中剂量、低剂量和空白对照组。结论 明目地黄丸可通过调控多通路、多靶点干预糖尿病视网膜病变患者病情进展,其中PI3K/AKT信号通路是参与疾病治疗的重要信号通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨苦参治疗房颤的机制

目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...     

基于网络药理学和分子对接研究金银花-黄芪药对治疗骨髓炎的分子机制

目的 运用网络药理学与分子对接的方法探索金银花-黄芪药对治疗骨髓炎可能的作用机制,为临床用药提供科学依据.方法 在TCMSP平台内检索金银花、黄芪的生物活性成分并进行筛选,同时在蛋白质数据库和相关基因数据库中检索骨髓炎的潜在靶点,构建Venny图寻找共同靶点;运用Cytoscape软件构建"药物成分-靶点-疾病"复杂网...     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨真武汤治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接方法探讨真武汤治疗慢性肾衰竭( CRF)的作用机制.方法:采用TCMSP数据库筛选真武汤中有效成分及靶点,并将靶点导入Uniprot数据库匹配基因名.利用OMIM、Drugbank、Genecards、CTD数据库筛选CRF靶点并与真武汤靶点取交集.将交集靶点导入STRING数据库进行PP...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨续断促进骨折愈合的机制

目的 采用网络药理学以及分子对接技术分析续断促进骨折愈合的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索续断有效成分,设定口服药物生物利用度(oral drug bioavailability,OB)≥30%和类药性指数(drug like index, DL)≥0.18作为筛选标准,并获得续断有效活性成分的作用基因靶点。在TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库进行搜索,获取骨折的相关基因靶点。将续断作用靶点与骨折相关基因靶点进行匹配,获取交集得到主要靶点基因。通过EVenn将结果可视化。通过DAVID、STRING数据库等对主要靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及构建蛋白相互作用网络。通过不同算法获得主要靶点基因中的关键基因。最后通过Pymol、Autoduck等软件进行分子对接,并计算最低结合能、结合位点以及确定定活性口袋。结果 通过TCMSP数据库筛选得到续断有效成分8个,作用靶点63个,删除重复靶点,最终得到作用靶点53个。通过TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库查询骨折相关作用靶点,得到5 115个相关靶点。通过匹配以及交集分析,获得续断促进骨折愈合的34个作用基因靶点。通过DAVID数据库,分析得到续断治疗骨折的作用基因靶点参与的生物学过程76个、细胞成分20个、分子功能20个。通过STRING数据库,构建续断治疗骨折的蛋白互作网络,共纳入34个基因,79个连接。平均degree参数为4.65。导入Cytoscape软件,通过计算degree以及betweenness,获取续断治疗骨折的关键基因为PTGS2、HSP90AA1、MAPK14。采用对子对接分析发现续断中生物利用度最优的有效成分(E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid、Gentisin、Sylvestroside Ⅲ_qt与关键基因PTGS2、HSP90AA1、MAPK14最低结合能均小于0,并得到结合位点。结论 通过网络药理学及分子对接技术,阐明续断促进骨折愈合的可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的有效成分以及关键基因。     

基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗慢性胆囊炎的机制

目的 ：基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗慢性胆囊炎的机制,为新药研发节约成本,使实验更具有针对性。方法 ：通过TCMSP数据库寻找药物有效成分,在wiss Target Prediction中预测其对应的靶点,再通过Gene Cards数据库预测慢性胆囊炎的靶点,建立药物和疾病的靶点数据库后绘制PPI网络图、药物成分-靶点图以及GO、KEGG富集分析。根据度值,筛选出核心成分的靶点,再做分子对接验证两者结合情况,最后通过脂多糖刺激人胆囊上皮细胞诱导炎症,使用ELISA试剂盒检测上清液炎症介质的浓度,在使用不同浓度THSWD处理后,采用Western blot法检测AKT和p-AKT的表达。结果 ：筛选了桃红四物汤49个活性成分共计3,262个潜在靶点,去重后获得了665个潜在靶点;疾病靶点共681个。GO富集分析结果显示靶蛋白主要参与平滑肌细胞增殖、MAPK级联反应、炎症反应、蛋白激酶B信号的调控等。KEGG富集分析发现靶点参与了140条通路,主要涉及AGERAGE信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。根据度值筛选的核心靶点为AKT1、TNF、TP53、V...     

基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接探究六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制.方法:运用中药网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出六味中药的主要成分,通过SwissTargetPrediction、SEA和PharmMapper共同预测化合物的靶点,运用Cy-toscape构建成分-靶点网络.通过DisGeNET、T-HO...     

基于网络药理学和分子对接探讨二仙汤治疗高血压的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接探索二仙汤治疗高血压的作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选二仙汤中药物的主要有效成分及作用靶点.通过GeneCards、Drugbank、在线人类孟德尔遗传数据库和Therapeutic target database检索高血压的疾病靶点,采用String数据库构建蛋白质...     

基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病中的作用

目的 基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、...     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

基于网络药理学和分子对接预测大黄治疗胃癌的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨大黄在胃癌中的抗肿瘤机制。方法 通过TCMSP网站收集大黄的活性成分及对应的靶点,利用肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）数据库、GeneCards网站得到胃癌相关基因,两者取交集,利用Cytoscape软件绘制胃癌-大黄-活性成分-靶点的网络图。通过Metascape网站对交集靶点进行功能、同路富集分析以及蛋白-蛋白相互作用网络分析,利用MCODE算法确定关键基因簇,最后利用分子对接方法找到可能的作用靶点。结果 通过筛选得到大黄的主要活性成分16个,共获得46个治疗胃癌的潜在靶点,京都基因和基因组数据库（KEGG）通路、基因本体论（GO）分类富集分析结果显示,大黄治疗胃癌的机制涉及多个生物学过程,包括凋亡、程序性细胞死亡、MAPK通路调节、细胞周期、PI3K-Akt等信号通路。蛋白-蛋白互作后发现关键基因簇包括BCL2、CASP8、AR、IL1B、CASP3、PRKCA、TP53、CDKN1A、PCNA,主要为凋亡相关基因,进一步分子对接验证了其与对应活性成分之间亲合度均较高,其中PKCNA与芦荟大黄素亲合度最高。结论 大黄治疗胃癌通过多成分、多靶点...     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...