基于网络药理学的牛膝防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制研究

目的基于网络药理学及分子对接技术预测牛膝防治阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用靶点,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的作用机制。方法收集DrugBank和文献报道中AD的治疗靶点,依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)构建牛膝的化学成分库;运用DiscoveryStudio3.5软件进行分子对接,虚拟筛选牛膝中与AD的靶点结合的化学成分集;通过KEGG数据库对虚拟筛选到的关键靶点进行通路富集分析,采用Cytoscape 3.2.1软件构建牛膝的"成分-靶点-通路"网络。结果从牛膝中筛选出58个化合物,多为小分子烷烃、酯类和羧酸类化合物,其次为黄酮类、蒽醌类等。这些有效成分可能通过调节Ca MK-IIα、Ca MK-IIβ、Ca MK-IIγ、Akt1和TNF-α等36个AD发病机制的潜在靶蛋白而发挥作用,涉及MAPK signaling pathway、Wnt signaling pathway等12条通路。结论牛膝中黄酮类、蒽醌类等活性成分可能是其治疗AD的物质基础,其作用机制涉及抗炎、抗细胞凋亡等。     

基于网络药理学和实验验证探究黑果小檗花色苷防治AD的作用机制

基于网络药理学、分子对接技术和体外实验验证探究黑果小檗花色苷防治阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)的潜在作用机制。借助数据库和在线平台筛选黑果小檗花色苷活性成分的潜在靶点和AD相关作用靶点，运用STRING数据库和Cytoscape软件对两者共同靶点进行蛋白相互作用网络构建和拓扑学分析，利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，对活性成分和NF-κB/TLR4通路相关靶点进行分子对接，然后利用脂多糖诱导BV2细胞构建AD神经炎症模型进行体外实验验证。该研究共筛选出黑果小檗活性成分潜在作用靶点426个，药物-疾病共同靶点329个，蛋白-蛋白网络互作筛选出14个关键靶点，富集分析得到623个GO功能富集条目和112个KEGG通路富集条目；分子对接结果显示活性成分和NF-κB、IκB、TLR4和MyD88有较好的结合能力，其中结合能力最强的是锦葵素-3-O-葡萄糖苷；同时，与模型组比较，不同剂量锦葵素-3-O-葡萄糖苷在不影响BV2细胞存活率的情况下，一氧化氮浓度均显著下降；同时锦葵素-3-O-葡萄糖苷可下...     

基于生物信息学、网络药理学与分子对接研究八桂天龙散治疗阿尔茨海默病的机制

目的 基于生物信息学、网络药理学与分子对接探讨八桂天龙散治疗阿尔茨海默病(alzheimer’s disease, AD)的作用靶点与分子机制。方法 从TCMSP、HIT、HERB数据库检索八桂天龙散活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测潜在作用靶点。采用GEO2R分析AD的差异基因,应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选AD靶点,交集获得八桂天龙散治疗AD的可能潜在作用靶点。采用STRING平台构建PPI网络,Cytoscape软件网络拓扑计算筛选潜在关键靶点,R语言进行GO及KEGG通路富集分析,构建“中药-活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络。分子对接预测潜在活性成分和靶点的结合性能。结果 筛选八桂天龙散有效活性成分115种,相应基因靶点1666个。AD差异基因2725个,靶点2236个。八桂天龙散治疗AD的潜在靶点99个,其中关键靶点为MAPK1、FN1、EGFR。KEGG富集分析显示关键信号通路包括PI3K-Akt、MAPK、Rap1、Ras、HIF-1、LTP等信号通路。分子对接结果显示人参二醇、次甲丹参醌可能是八桂天龙散...     

基于网络药理学和分子对接法的益智清心方治疗阿尔茨海默病作用机制探索

目的:运用网络药理学及分子对接方法探讨益智清心方(YZQXF)对阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的作用靶点,构建活性成分-靶点-通路网络并分析其作用信号通路,探讨其对AD的防治作用及可能的分子机制。方法:根据YZQXF药味组成,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索各药材的有效化学成分及各成分相应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank数据库搜索AD相关靶点,同时将药物靶点及疾病靶点数据进行比对,获得交集靶点,上传STRING 11.5数据库对其进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并找到核心靶点;通过Cytoscape 3.7.1构建YZQXF治疗AD的活性成分-作用靶点-通路网络;借助BioConductor软件的R语言包对作用靶点进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后将核心基因分别与关键靶标进行分子对接,验证YZQXF关键成分与核心靶点的作用特征。结果:YZQXF中共有43个化学成分作用于2871个AD相关靶点,共存在129个化学成分-靶点相互作用关系。YZQXF治疗AD的关键成分包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、四氢小檗碱、豆甾醇、原阿片碱、杨梅酮、氧代小檗碱、巴马汀、马卡因、小檗碱,核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、Myc、Fos、MAPK14、Jun、核转录因子-κB p65(RELA)、蛋白激酶B1(Akt1)、MAPK8、白细胞介素-1β(IL-1B)、肿瘤蛋白p53(TP53)。GO富集得到2359个生物过程条目,主要涉及对脂多糖的反应、对细菌来源的分子反应等生物过程,膜筏、膜微域等细胞组分及G蛋白偶联受体活性、神经递质受体活性等分子功能。KEGG通路富集得到168个通路,主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化(fluid shear stress and atherosclerosis)、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)等。分子对接结果显示,YZQXF中的关键活性成分与治疗AD的核心靶点有较好的结合性。结论:YZQXF可通过多种活性成分、多个关键靶点及多种作用途径治疗AD。     

基于网络药理学及分子对接探究益气聪明汤治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术探究益气聪明汤治疗阿尔茨海默病(alzheimer disease, AD)的作用机制。方法 使用中药系统药理数据库(TCMSP)检索益气聪明汤的化学成分和靶点,使用Comparative Toxicogenomics Database、GeneCards数据库获取AD的靶点,使用String、DIP数据库及Cytoscape3.8.0构建益气聪明汤治疗AD的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI),并开展GO和KEGG富集分析,最后使用Autodock Vina进行分子对接并使用Discovery Studio进行对接模拟。结果 共筛选出56个活性成分,161个作用靶点,699个疾病相关靶点,“药物-活性成分-作用靶点”共有195个节点和873条边。9个核心靶点分别涉及：ESR1、AR、CASP3、JUN、HSP90AA1、NOS3、MMP9、BCL2L1、TNF。GO富集分析显示其主要生物学过程均围绕着突触传递过程展开。KEGG富集的主要作用通路为神经活性配体受体相互作用、钙信号、雌激素信号、cAMP信号和cGMP-PKG信号通路。分子对接结果显示Xamb...     

何首乌-石菖蒲药对治疗阿尔茨海默病网络药理学研究及实验验证

目的应用网络药理学方法预测何首乌-石菖蒲药对治疗阿尔茨海默病的作用靶点及相关信号通路,探讨其作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选何首乌、石菖蒲的潜在活性成分,并查询活性成分作用靶点,采用DrugBank数据库和Pharmmapper服务器预测有效化学成分的作用靶点,采用Cytoscape3.7.1软件构建活性成分-靶点网络;通过DrugBank、DisGeNET、HPO数据库检索阿尔茨海默病相关基因;将活性成分作用靶点和阿尔茨海默病相关基因进行比对,得到交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络;使用Cytoscape3.7.1软件根据度值、介数和紧密度筛选关键靶点,应用Metascape数据库分析关键靶点的KEGG信号通路和GO分子功能;通过MTT、ELISA和qPCR实验验证何首乌-石菖蒲对PC12细胞的保护作用。结果共筛选出何首乌-石菖蒲药对有效成分15个,对应靶点280个,与阿尔茨海默病交集靶点共123个,12个关键靶点的前10条KEGG通路和前20个GO分子功能涉及炎症反应和凋亡等。细胞实验表明,何首乌-石菖蒲药对能有效提高PC12细胞存活率,抑制细胞炎症反应,并抑制p38MAPK/NF-κB信号通路激活。结论何首乌-石菖蒲药对的多种有效成分以协同方式与多个靶点、多种途径相互作用,主要通过抑制炎症反应、抗凋亡等对阿尔茨海默病发挥重要治疗作用。     

药对“虎杖-土茯苓”治疗痛风性关节炎的网络药理学研究

目的:采用网络药理学、分子对接技术预测药对"虎杖-土茯苓"治疗痛风性关节炎(gouty arthritis,GA)的潜在机理。方法:利用TCMSP平台检索收集药对化学成分、对应靶点;借助五大疾病数据库获取GA已知靶点;利用Venny 2.1.0得到药对与GA两者间的交集靶点;运用SRTING数据库、CytoHubba插件构建交集靶点PPI网络;采用DAVID平台对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析;最后将筛选出的核心成分、关键靶点进行分子对接。结果:共获得23个化学成分,199个靶点,其中治疗GA的潜在靶点有76个。预测得知核心成分为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇,关键靶点为JUN、TNF、RELA、IL6。GO功能富集分析显示,药对治疗GA的生物功能共287个(生物过程172个、细胞组分42个、分子功能73个);KEGG通路富集共筛选出信号通路共122条。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇与JUN、TNF有良好的结合活力。结论:药对"虎杖-土茯苓"通过槲皮素、木犀草素等成分,作用于JUN、TNF等靶点,在癌症通路、TNF信号通路等通路的参与下,发挥了抗炎、抗凋亡等治疗GA的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法：通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果：筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论：罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学、分子对接技术与实验验证探讨定志小丸干预阿尔兹海默病的机制研究

目的:应用网络药理学联合分子对接技术探讨定志小丸干预阿尔兹海默病(Alzheimer’s disease, AD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库及文献检索收集与查询定志小丸的组分化学成分信息；应用PubChem和SwissTargetPrediction数据库收集药物化学成分靶点、GeneCards数据库收集AD靶点；利用DAVID数据库对共有靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；使用Cytoscape软件构建成分与靶点等相关网络图，以筛选主要成分与靶点进行分子对接研究。采用水迷宫实验、ELISA和Western blot法检测定志小丸干预APP/PS1小鼠的作用情况。结果:共整理得到定志小丸的52个成分及其对应的881个靶点，AD靶点9 599个，二者共同靶点101个，富集分析发现共同靶点主要参与细胞活力、缺氧应答等生物过程，及PI3K/AKT信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示，人参的二十碳-11,14,17-三烯酸甲酯、石菖蒲的环阿屯醇、茯苓的麦角甾烷-7,22-二烯...     

基于网络药理学和分子对接研究黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法分析黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制。方法：通过化源网数据库、中药与化学成分数据库、PubChem数据库以及文献查阅,搜集黄葵胶囊化学成分,运用Swiss ADME数据库筛选出黄葵胶囊活性成分,依据Swiss Target Prediction数据库预测黄葵胶囊各活性成分靶点;通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索糖尿病肾病疾病相关靶点,利用韦恩图获取黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的关键靶点,通过R3.6.2软件对靶蛋白进行基因本体(GO)生物过程富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape 3.7.2软件构建黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的“关键活性成分-重要靶点-通路”网络,最后利用AutoDock进行分子对接,计算最低结合能。结果：黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的核心活性成分为4′,5,7,8-四甲氧基黄酮、槲皮素、没食子酸、原儿茶酸等,核心靶点PIK3R1、PIK3CA、AKT1、SRC、ESR1等,活性成分与关键靶点分子对接的最低结合能均接近-5 kcal/mol。黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨金芪降糖片保护胰岛β细胞的作用机制

基于网络药理学方法和分子对接技术研究金芪降糖片对胰岛β细胞的改善作用及潜在机制。通过TCMSP平台检索获取金芪降糖片中3味药的有效化学成分以及各化合物潜在作用靶点,利用UniProt数据库转换为gene symbol,与GeneCards和CTD数据库中与胰岛β细胞功能相关的靶标取交集,将药物、有效成分、共同靶标导入Cytoscape 3.8.2绘制"药物-成分-靶点"网络,利用软件分析功能得到主要药效成分及靶点。将药物作用靶点与胰岛β细胞功能相关靶点分别导入STRING平台中构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.8.2软件中Merge插件合并2个蛋白互作网络,并利用CytoNCA插件分析获取关键靶标。将"药物-成分-靶点"网络中所得核心靶点与蛋白互作网络中Merge所得核心靶点导入DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析。最后利用AutoDock软件实现核心成分与关键靶点分子对接,并用Pymol软件绘制分子对接模式图。结果显示,与金芪降糖片相关有效成分共有371个,203个靶点。与胰岛β细胞受损相关靶点共2 523个,其中共同靶点136个,Cytoscape分析得到PTGS2、PTGS1、NOS2、ESR1、RXRA等关键靶点,槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等核心成分。KEGG富集分析主要涉及凋亡、炎症等信号通路。分子对接结果显示主要活性成分与靶点均能自发结合。该研究初步揭示了金芪降糖片通过多成分、多靶点、多通路改善胰岛β细胞受损的作用机制,为金芪降糖片的临床应用及改善胰岛β细胞受损提供科学依据和研究思路。     

基于网络药理学和药效实验探究当归贝母苦参丸加味治疗慢性前列腺炎作用机理

目的:基于网络药理学及分子对接技术加以药效实验探究当归贝母苦参丸加味治疗慢性前列腺炎(CP)的作用机制。方法:通过中药系统药理分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和文献挖掘获得当归贝母苦参丸加味活性成分；运用SwissTargetPrediction数据库进行活性成分靶点预测，同时对TCMSP数据库成分已有靶点加以补充；运用在线孟德尔人类遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库、美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库收集CP相关靶点；运用Cytoscape软件构建中药-活性成分-靶点-通路网络图；运用STRING数据库进行生信分析，构建靶点蛋白-靶点蛋白互作(PPI)网络图，运用CytoNCA筛选核心靶点，并用Cytoscape进行可视化网络展示；运用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；Autodock-Tools、Vina对当归贝母苦参丸加味活性成分和关键靶点蛋白进行分子对接；通过Western Blot法验证活性成分与关键靶蛋白的相互作用。结果:筛选出当归贝母苦参丸加味活性成分67个，包括槲...     

基于网络药理学和体内外实验研究臭壳虫对非小细胞肺癌增殖、迁移和侵袭的影响

基于网络药理学、分子对接技术和体内外实验研究臭壳虫抗非小细胞肺癌的分子作用机制。文献检索收集臭壳虫成分，通过TCMSP数据库筛选臭壳虫的活性成分，利用PharmMapper数据库获取臭壳虫活性成分的靶点；检索DrugBank、Gene-Cards、OMIM、TTD、PharmGKB数据库中非小细胞肺癌相关的疾病靶点蛋白，再通过绘制韦恩图取臭壳虫活性成分靶点和非小细胞肺癌疾病靶点的交集；通过Cytoscape软件构建“药物成分-靶点”网络和蛋白-蛋白互作(PPI)图，并根据Centiscape插件进行关键靶点的筛选；利用DAVID数据库对上述关键靶点进行GO和KEGG富集分析；采用AutoDock软件对臭壳虫活性成分与其对应的关键靶点进行分子对接验证。结果共获取臭壳虫抗非小细胞肺癌的31种活性成分及72个潜在靶点，11个关键靶点。分子对接结果表明，臭壳虫活性成分与关键靶点之间具有较好的结合活性。制备臭壳虫含药血清，体外培养人肺腺癌A549细胞株，通过CCK-8法检测不同干预时间的空白对照组、不同浓度臭壳虫含药血清组、顺铂组和联合用药组(臭壳虫含药血清+顺铂)对人肺腺癌A549细胞生长的抑...     

基于中医药整合药理学平台、GEO数据库芯片及分子对接探讨大黄抗肝癌的作用机制

目的采用GEO数据库、整合药理学平台v2.0和分子对接技术探讨大黄抗肝癌的活性成分及其分子机制。方法利用中医药整合药理学平台(TCMIP)筛选中药大黄的活性成分,借助TCMIP及Swisstarget在线数据库预测作用靶点;从GEO数据库下载肝癌基因芯片数据库,利用GEO2R分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因。基于大黄潜在靶点与肝癌靶点的匹配结果筛选大黄抗肝癌的关键靶点,并对关键靶点进行基因本体论(GO)功能、基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络及中药-成分-靶点-通路网络,分析并筛选大黄抗肝癌的主要成分和核心靶点。进一步采用Schrodinger-Maestro软件对核心靶点与主要活性成分进行分子对接,以虚拟验证其结合能力并分析其结合模式。结果筛选得到大黄抗肝癌活性成分20个,作用靶点86个,涉及CDK1、AKR1C3、PTGS2、AR、CCNB1等。GO功能富集主要集中在细胞周期、有丝分裂、氧化还原过程、药物反应、类固醇代谢过程等。KEGG通路富集主要涉及细胞周期、细胞衰老、补体系统、花生四烯酸代谢、胆汁代谢等,且这些代谢通路与细胞凋亡、转移、炎症和免疫相关。分子对接结果显示92.2%的活性成分与10个核心靶蛋白均具有较好的结合力,且结合形式多以氢键、疏水键、π-π键和阳离子-π键为主。结论大黄中的大黄酸、大黄素、大黄酚-8-O-β-D-吡喃葡萄糖苷、大黄酚-1-O-β-D-葡萄糖苷、丹叶大黄素等活性成分能够作用于CDK1、CCNB1、CYP2C9、MMP9、PTGS2等多个靶点,通过调节与细胞凋亡、转移、炎症、免疫相关的信号通路进而发挥抗肝癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖-金钱草药对治疗肝癌作用机制

目的：通过网络药理学及分子对接方法探究虎杖-金钱草药对治疗肝癌的作用机制。方法：以TCMSP、TCMIP、BATMAN-TCM、HERB、GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库为来源,获取虎杖及金钱草的活性成分、作用靶点及肝癌疾病靶点。使用STRING数据库和Cytoscaape软件对共同靶点绘制蛋白质相互作用网络（PPI）获取核心靶点。应用DAVID数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。应用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点-疾病-信号通路”网络。最后运用AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接验证。结果：经过筛选得到“虎杖-金钱草”治疗肝癌的潜在核心靶点17个。GO功能分析得到663条结果,KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等139条通路。分子对接结果显示,虎杖-金钱草主要活性成分与关键潜在作用靶点Akt1、Src、EGFR、HSP90AA1和ErbB2均能自发结合且具有较好的亲和力。结论：虎杖-金钱草可能结合多个成分和靶点,调控多条通路发挥靶向治疗肝癌的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨五子衍宗丸治疗阿尔茨海默病的作用机理

目的 探讨五子衍宗丸治疗阿尔茨海默病（AD）的可能作用机理。方法 通过TCMSP、SwissTargetPredicition数据库得到五子衍宗丸的活性成分及作用靶点，在GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库中收集AD的疾病靶点，通过在线工具Venny 2.1.0获取二者交集靶点。使用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-交集靶点”网络及蛋白-蛋白互作网络（PPI），并利用内置插件CytoNCA筛选出关键成分及关键靶点。在matespace数据库中完成交集靶点的GO功能及KEGG通路富集分析，并使用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 五子衍宗丸的关键成分有高车前素、槲皮素、欧前胡素、异鼠李素等，作用主要涉及TNF、AKT1、IL-6等18个关键靶点。GO功能富集分析显示五子衍宗丸主要通过膜筏、树突、突触后、受体复合物等细胞成分参与磷酸化正向调节、炎症反应调节等生物学过程，发挥激酶结合、核受体活性等分子功能。KEGG通路富集分析得到阿尔茨海默病、2型糖尿病以及高级糖基化终末产物-受体（AGE-RAGE）、Janus激酶-...     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于网络药理学探讨七方胃痛颗粒干预胃癌的分子作用机制

目的运用网络药理学和分子对接技术分析七方胃痛颗粒干预胃癌的潜在作用机制。方法运用TCMSP、TCMID和Swiss Target Prediction数据库筛选七方胃痛颗粒的药物化学成分及相关靶点, 采用GeneCards、OMIM数据库筛选胃癌作用靶点, 并获得药物-疾病共同靶点, 上传至STRING数据库, 构建蛋白相互作用关系(PPI)网络, 得到关键靶点, 在Oncomine肿瘤数据库中分析关键靶点与胃癌的相关性。通过Cytoscape软件构建药物-疾病调控网络, 采用Cytoscape软件的CluoGO插件和R语言对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。通过分子对接验证药物分子和靶分子结合的可能性。结果获得七方胃痛颗粒的药物化学成分168个, 胃癌作用靶点2 803个, 药物-疾病共同靶点49个。药物-疾病调控网络中度值较高的化学成分为β-谷甾醇、芒柄花素、豆甾醇等。PPI网络中关键靶点为MAPK8、FOS、AR等, GO富集分析集中于凋亡信号通路中线粒体外膜通透性的正调控等, KEGG富集分析显著富集在细胞凋亡通路等。分子对接结果显示药物分子与靶分子结合性好、构象稳定。结论七...     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。