福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

遂宁市8例本土新型冠状病毒肺炎确诊病例病毒全基因组特征分析

目的 对引起遂宁市本土新型冠状病毒肺炎（COVID-19,简称新冠肺炎）疫情的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）进行全基因组测序溯源、分子特征和变异情况分析。方法 对2022年3月31日—4月9日采集的遂宁市新冠肺炎本土疫情8例确诊病例的呼吸道样本提取病毒RNA,采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序,运用CLC Genomics Workbench(Version 20.0)软件进行序列拼接。从NCBI数据库中下载新冠病毒参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。应用Nextclade和Pangolin在线病毒分析平台,判定病毒家系及型别,分析病毒的变异位点。应用进化分析软件构建病毒进化树分析病毒的来源和相关性。结果 病例1～8的SARS-CoV-2全基因组序列同武汉参考株（NC＿045512）序列相比,分别有69、68、68、69、70、70、70和70个变异位点,8条SARS-CoV-2全基因组序列均属于BA.2(Omicron)支系,是VOC/Omicron变异株（B.1.1.529进化分支）。病例1与外省部分本土病例SARS-CoV-2序列共享全部68个变异...     

2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征,为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序,获得全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性变异位点,分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株,基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt,覆盖度为99.1%～99.7%,共有103个核苷酸突变位点,94个氨基酸突变位点,突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区;其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大,R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点,T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点,Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...     

输入性新冠病毒奥密克戎XBB.1型全基因组测序及特征

目的 针对江苏口岸1例境外输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）感染者咽拭子样本，通过二代测序技术进行全基因组测序及序列分析，掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征，为口岸新冠病毒防控提供理论支持。方法 通过荧光定量PCR和二代测序技术对入境感染者咽拭子样本进行新冠病毒核酸检测，对Ct≤32的阳性样本开展全基因组测序。结果 获得1株输入性SARS-CoV-2全基因组序列（GenBank:OQ048285），基因组全长29 772 bp，基因型为奥密克戎XBB.1型。与参考毒株（GenBank:NC＿045512.2）相比，该毒株有56个碱基位点缺失，有88个位点发生了替换；氨基酸缺失位点有13个，突变位点有63个。结论 奥密克戎XBB.1型是江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型，为当地口岸新冠病毒的防控及分子溯源提供重要技术支持。     

厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎（Omicron）变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据。方法 采集厦门市2021年12月—2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树。结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1×覆盖度99.3%～99.6%。Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支。共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点：其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个。在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异。结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础。     

1株境外输入性新冠病毒奥密克戎BQ.1.1全基因组测序及特征分析

目的 针对1例境外输入性新冠病毒感染者咽拭子样本开展全基因组测序，掌握输入性新冠病毒基因组特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供科学依据。方法 对1例从江苏口岸入境的输入性新冠病毒感染者的咽拭子样本，用二代测序技术进行全基因组测序，并通过生物信息学软件进行序列分析并构建进化树。结果 获得1株输入性新冠病毒全基因组序列（GenBank No. OP804248），基因组全长29 762 bp，基因分型结果显示为奥密克戎BQ.1.1型。与原始毒株（GenBank No. NC＿045512.2）相比，该毒株共有78个碱基发生了突变，59个区域发生了缺失；氨基酸突变有62个，氨基酸缺失14个。结论 奥密克戎BQ.1.1型为江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型，为当地口岸新冠病毒的溯源及防控提供重要科学依据。     

烟台市一起新型冠状病毒肺炎聚集疫情调查分析

目的 了解一起新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)聚集性疫情的传播特征和传播链,做好密切接触者的追踪和判定,为开展疫情防控提供参考. 方法 按照《新型冠状病毒肺炎防控方案(第四版)》开展现场流行病学调查,同时采集呼吸道标本开展新冠病毒核酸检测. 结果 该起聚集性疫情涉及病例12例,其中无症状感染者4例和确诊病例8例.确诊病...     

2022年内蒙古自治区两起新型冠状病毒感染疫情的病毒基因组序列分析

通过测序获得的新型冠状病毒目标基因序列与参考序列进行比对, 分析内蒙古自治区的两例新型冠状病毒的基因变异情况并探索其感染来源。结果显示, 两条序列分别属于不同的进化分支, Delta(AY.122)和Omicron(BA.1.1), hCoV-19/Inner Mongolia/IVDC-591/2022基因组序列上共有48个单核苷酸多态性, 与一株蒙古国毒株共享40个核苷酸突变位点;hCoV-19/Inner Mongolia/IVDC-592/2022基因组与一株英国毒株共享57个核苷酸突变位点, 核苷酸突变位点一致性为 100%(57/57)。系统发育分析表明, 目标基因序列与同期国内新型冠状病毒序列间并无直接关联, 而与欧洲、蒙古国的分离株存在关联。     

杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例病毒全基因组序列测定及分析

目的 分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒全基因组序列特征。方法 采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条(分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰)2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组,鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果 获得29 833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列,覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明,该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近,相似性为96.11%;相较其他基因,E基因间相似性最高(99.56%),而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低(92.87%)。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对,相似性均大于99.9%,但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论 杭...     

我国首起新型冠状病毒英国变异株类似株相关聚集性疫情调查与处置

目的 描述我国首起新型冠状病毒英国变异株类似株引起的聚集性疫情,为类似疫情防控提供经验参考.方法 描述疫情的发现过程、疫情特征、管控措施以及疫情溯源分析过程和结果.结果 该起疫情历时13d,报告31例确诊病例和2例无症状感染者,其中31例居住在大兴区R小区,32例病例存在流行病学关联.经全基因组序列比对,疫情病例病毒高...     

一起由德尔塔病毒株引起的新型冠状病毒肺炎聚集性疫情分析

目的 分析一起由德尔塔病毒株引起的新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)聚集性疫情及传播链,为进一步做好防控工作提供依据。方法 对淮安市一起新冠肺炎聚集性疫情的流行病学调查资料、临床特征、新冠疫苗接种史、传播链进行描述性分析。结果 该起疫情发病时间为2021年7月28—31日,共报告新冠肺炎确诊病例12例,男女性别比为2∶1,年龄中位数为55.50岁;均从核酸筛查中发现,普通型11例,轻型1例;发病初期症状不明显者占66.67%,12例病例均接种了新冠疫苗,完成2针次9例(75.00%)。二代病例潜伏期为2 d。密切接触者326人,发病2例,总续发率为0.61%。1号病例密切接触者107人,发病1例,续发率为0.93%;3号病例密切接触者115人,发病1例,续发率为0.87%。本次病例1、2、3号的病毒基因测序结果显示为德尔塔毒株,病毒序列和南京市某报告病例一致。结论 本次新冠肺炎聚集性疫情病毒序列为德尔塔毒株,近距离接触传播为其主要传播方式。经采取相关管控措施,有效遏制了疫情传播扩散。     

浙江省丽水市一例输入性新型冠状病毒核酸复阳病例的全基因组序列特征

目的:了解浙江省丽水市一例输入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染核酸复阳病例的基因组序列特征及变异情况。方法:采集该患者的咽拭子和深咳痰液样本,对样本进行病毒核酸提取和实时荧光定量PCR检测,采用高通量测序法对病毒基因组开展测序,对序列进行比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性突变位点。结果:获得长度为29 81...     

2021年河南省驻马店市新型冠状病毒肺炎疫情基因溯源

目的 对2021年河南省驻马店市发生的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情进行基因溯源分析,为制定精准的防控策略提供科学依据.方法 对2021年驻马店市发生的2例COVID-19病例的新型冠状病毒(2019-nCoV)阳性咽拭子样本进行高通量测序获得病毒全基因组,并构建全基因组序列系统进化(Neighbor-joi...     

一起由新型冠状病毒奥密克戎BA.2.76变异株引起的暴发疫情特征分析

目的 分析2022年9月四川省遂宁市发生的一起新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，为遂宁市的疫情防控提供参考依据。方法 收集本次疫情相关资料，对感染者的流行病学特征进行描述性分析。结果 本起疫情持续15 d，共报告205例感染者，男性85例，女性120例，年龄中位数M(P25,P75)为52(34.5,60)岁；无症状感染者90例，确诊病例115例（轻型106例、普通型3例、重型4例、危重型2例），无死亡病例报告。病毒基因测序为奥密克戎变异株BA.2.76，未完成新冠疫苗加强免疫组患重症的比例为2.44%，高于完成新冠疫苗加强免疫组的0.49%；未完成新冠疫苗加强免疫组首次核酸阳性ORF1ab靶标为25.10、N靶标Ct值中位数为25.10，均低于完成新冠疫苗加强免疫组的29.30和28.45。结论随着防控措施的落实，疫情得到快速有效控制。新冠疫苗加强免疫可以有效降低感染者体内病毒载量，减少重症病例的发生。     

上海市长宁区一起新型冠状病毒肺炎家庭聚集性疫情流行病学调查

目的 分析上海市长宁区一起新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)家庭聚集性疫情流行病学特征,为新冠肺炎聚集性疫情防控提供科学依据. 方法 应用现场流行病学调查方法,对2020年上海市长宁区一起新冠肺炎家庭聚集性疫情的病例与密切接触者进行调查,采用实时荧光定量RT-PCR方法对采集的呼吸道标本进行新型冠状病毒核酸检测.结果 病...     

一起由进口冷链海产品引起的新型冠状病毒肺炎家庭聚集性疫情调查

目的 调查一起由进口冷链海产品引起的新型冠状病毒肺炎家庭聚集性疫情的流行病学特征，为冷链产品引发的新冠肺炎疫情防控提供依据。方法 应用现场流行病学方法调查阳性货物、无症状感染者、密切接触者及相关人群，采用实时荧光定量RT - PCR对呼吸道及环境标本进行病毒核酸检测，采用化学发光法进行血清学抗体检测，分析疫情传播链，开展溯源调查工作。结果 此次疫情是一起因工人作业中未进行有效防护而暴露于被病毒污染的进口冷链海产品造成感染，进而引发家庭聚集性疫情。结论 进口冷链海产品污染可传播新冠肺炎病毒，若防控不当可感染并引发聚集性疫情。要坚持“人物同防”，并将进口冷链产品作为疫情防控的重中之重。     

广西百色边境40例新冠病毒感染病例SARS-CoV-2分子特征

目的 通过分析广西百色边境地区新冠病毒感染病例的新冠病毒的分子特征及变异情况，评估变异株的传播力、致病力，为科学防控提供依据。方法 对2022年4月—2023年5月广西百色边境地区40例新冠病毒感染病例的新冠病毒全基因组序列的分子特征进行分析，通过序列比对和构建系统进化树，确定毒株型别，分析其遗传变异差异。结果 40条序列在Nextclade数据库上有27条分型属于22B、5条属于21L、4条属于22F、2条属于23A、1条属于22D、1条属于23B。在Pangolin数据库上处于Omicron变异株16个不同分支。与武汉参考株相比，核苷酸突变包括69～106个替换突变，其中BF.8分支发现ORF1a区有C13436T突变、XBB系列变异株的核苷酸在ORF1b区有G15451A突变，所有序列均在N区28881～28883这3个核苷酸位点上有突变。全部Omicron变异株在S区都有G339D、S371F、T376A、D405N、R408S及N440K、T478K、E484A突变。XBB分支均在其受体结合域中比BA.2、BA.5变异株多9个氨基酸突变（V83A、H146Q、 E180V、G...     

内江市一起新型冠状病毒肺炎聚集性疫情流行病学分析

目的通过对内江市市中区首例新型冠状病毒肺炎病例引发聚集性疫情的调查分析,探讨其传播规律和流行特征。方法按照国家卫生健康委《新型冠状病毒感染的肺炎防控方案(第3版)》中的流行病学调查方案,通过查阅病历并结合现场流行病学调查,描述该事件发生发展及感染传播过程,分析疫情的流行病学特征。采集患者急性期呼吸道标本,采用Real-time RT-PCR方法检测新冠病毒核酸。结果市中区首例患者男性36岁,2020-01-29出现发热、干咳症状,鼻、咽拭子新冠病毒核酸检测阳性。在与患者接触的人员中共检出发现4例确诊病例,其余密切接触者目前未出现症状。结论该起疫情为内江市中区首例新冠肺炎病例引发的聚集性疫情,提示应加强对确诊病例和无症状感染者的密切接触者的早期新冠病毒核酸检测,同时增加对可疑病例的胸部影像学检查,减少误诊和漏诊。     

淮安市1起由奥密克戎变异株BA.5.2引起的聚集性疫情的调查分析

目的 了解1起由奥密克戎变异株引起的新型冠状病毒肺炎(简称“新冠”)聚集性疫情流行病学特点。方法 对本起疫情进行流行病学调查、实验室检测和序列分析，并进行溯源分析。结果 本起疫情持续时间为2022年11月1—6日，报告新冠感染者13例，以男性为主(占61.5%),中位年龄为52岁；包括无症状感染者10例(占76.9%)、确诊病例轻型2例(占15.4%)和普通型1例(占7.7%)。病例病毒基因测序结果显示为奥密克戎变异株BA.5.2,与邻省“10.04”疫情1例本土病例感染毒株高度同源。结论 本起疫情高度怀疑为外省输入引发，病毒株为奥密克戎变异株BA.5.2。