基于网络药理学与分子对接技术对白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌作用机制的研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌的作用靶点，探讨其治疗胰腺癌的潜在分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）、PharmMapper、OMIM、GeneCards、STRING、DAVID等在线数据库与Cytoscape软件构建一系列网络图、筛选核心靶点并对靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，最后通过AutoDock软件对关键活性成分与潜在作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到药组活性成分35个，相关靶点190个，胰腺癌靶点1 566个以及白术-半夏-茯苓治疗胰腺癌的交集靶点76个。这些交集靶点主要参与基因表达的正调控，细胞因子介导的信号通路以及细胞凋亡调控等生物学过程，并与癌症通路、乙型肝炎、大肠癌、化学致癌受体激活、胰腺癌以及MAPK信号通路等相关。分子对接结果显示，白术-半夏-茯苓的主要活性成分与胰腺癌的潜在作用靶点间具有一定的结合活性。结论 白术-半夏-茯苓主要通过多成分、多靶点、多通路发挥对胰腺癌的治疗作用，为临床应用白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌提供一定的理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴酚治疗胆管癌的分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接筛选厚朴酚作用胆管癌的具体靶点，探讨厚朴酚治疗胆管癌的潜在机制。方法：基于TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出厚朴酚以及胆管癌的靶点基因，通过Venny 2.1.0平台分析得到两者的共同靶点。利用STRING数据库探索厚朴酚以及胆管癌共同靶点之间的相互作用关系，使用CytoScape3.9.1软件筛选Top10-Hub(核心)靶点。通过DAVID数据库对厚朴酚和胆管癌的共同靶点基因进行GO和KEGG富集分析，使用Auto Dock Tools-1.5.6软件进行分子对接验证结果可信性。结果：厚朴酚治疗胆管癌的交集靶点基因47个，核心靶点为AKT1、IL6、CASP3、CCND1、PTGS2、EGFR、ERBB2、MMP9、MMP2和KDR。GO生物过程富集分析中共得到230条结果，主要包括负调控凋亡过程、正向调节细胞增殖和蛋白质自身磷酸化等。KEGG信号通路分析得到120条，主要涉及癌症信号通路、内分泌耐药和膀胱癌等。分子对接结果显示核心靶点与厚朴酚的结合能均<-5...     

基于网络药理学和分子对接的薏苡附子散对类风湿性关节炎及慢性心力衰竭“异病同治”作用机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨薏苡附子散治疗类风湿性关节炎(RA)及慢性心力衰竭(CHF)"异病同治"的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选薏苡附子散的活性成分,并利用 Pubchem 数据库获得 Smile 号,进而通过 Swiss Target Prediction 数据库获取活性成分对应的靶点。在 GeneCards 和 OMIM数据库平台预测 RA 及 CHF 疾病作用靶点。对活性成分靶点与疾病交集靶点进行蛋白质相互作用(PPI)网络构建及核心靶点筛选,并进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。筛选核心成分和核心靶点,利用 AutoDock 软件进行分子对接验证。结果 从薏苡附子散中共筛选得到符合条件的活性成分 10 个,活性成分潜在作用靶点 403 个,RA 疾病靶点 1 112 个,CHF 疾病靶点 2 983 个,取交集,获得药物、疾病交集靶点 69 个。GO 富集分析结果显示主要与炎症反应的调节、MAPK 级联调控、对氧化应激的反应、骨化的调节、平滑肌细胞增殖等相关;KEGG 通路富集分析得到 236 条通路,与RA及CHF相关且排序较靠前的通路有 PI3K-Akt 信号通路、NF-κB 信号通路、MAPK 信号通路等。分子对接结果表明,薏苡附子散中的核心成分多根乌头碱、水黄皮素、豆甾醇具有与核心靶点 TNF、SRC、ESR1 和 PTGS2良好的结合潜力。结论 薏苡附子散治疗 RA 和 CHF 具有多靶点效应,涉及多条生物过程和信号通路,可能通过调控炎症反应、氧化应激反应、血管生成和发育、心脏收缩调节及 MAPK 级联调控等发挥"异病同治"作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨小柴胡汤治疗慢性肾小球肾炎的机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探讨小柴胡汤治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的作用机制.方法 本研究通过TCMSP等数据库及文献检索小柴胡汤中组方药材的活性成分及靶点,利用GeneCards、OMIM和PharmGkb等数据库获取CGN疾病靶点,应用R语言筛选出小柴胡汤治疗CGN的主要靶点;采用Cytoscape软件构建小柴胡汤-慢性肾小球肾炎靶点调控网络,结合STRING数据库绘制蛋白相互作用网络,并利用R语言对预测的小柴胡汤作用靶点进行GO生物功能分析以及KEGG通路富集;选取关键作用靶点与活性成分进行分子对接;进一步探讨小柴胡汤治疗CGN的潜在作用机制.结果 经过OB、DL初步筛选,获得小柴胡汤中活性成分214个和药物疾病交集基因122个,其中MAPK3、MAPK1、RELA等靶点可能与CGN密切相关,小柴胡汤治疗CGN主要涉及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路,IL-17信号通路,TNF信号通路等.结论 小柴胡汤可能通过多成分、多靶点及多种通路治疗CGN,其抗炎及调节免疫的药理作用有待进一步实验验证.     

基于网络药理学和分子对接技术的人参固本口服液治疗乳腺癌作用机制研究

目的：应用网络药理学和分子对接技术,探讨人参固本口服液治疗乳腺癌的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、BATMAN-TCM等数据库获取人参固本口服液中的活性成分和潜在靶点,并通过人类孟德尔遗传综合数据库、DigSee等数据库获取乳腺癌的相关疾病靶点。将潜在靶点和相关疾病靶点的交集靶点导入STRING网站进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,得到的数据导入Cytoscape 3.8.2软件用MCODE插件进行模块分析,并将筛选出代表性的靶点通过Metascape和其他软件进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。用Cytoscape 3.8.2软件构建“化合物-靶点”“中药-化合物-靶点-通路”等网络。最后选取核心靶点与对应化合物进行分子对接。结果：筛选得到人参固本口服液与乳腺癌的共同靶点448个。核心靶点涉及SRC、STAT3、HSP90AA1、PIK3R1、Akt1、EGFR和ESR1。GO和KEGG富集分析结果显示,人参固本口服液治疗乳腺癌主要与细胞对氮化合物的反应、细胞对有机环状化合物的反应和MAPK级联反应等生物过...     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学研究小檗碱对肝细胞癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法预测小檗碱抗肝细胞癌的相关靶点，并探讨其作用机制。方法 利用TCMSP数据库与分析平台筛选小檗碱作用靶点，通过GeneCards、OMIM、PharmGKb、TTD、DrugBank数据库获得肝细胞癌疾病的相关基因靶点，两者取交集得到小檗碱抗肝细胞癌的作用靶点；运用Cytoscapea软件分析小檗碱抗肝细胞癌相关靶点的蛋白互作(PPI)关系图，筛选小檗碱抗肝细胞癌的核心靶点，并对其进行分子对接验证。在DAVID数据库对相关靶点进行GO生物学过程和KEGG信号通路富集分析。结果 共获得小檗碱潜在作用靶点208个和肝细胞癌相关靶点13684个，取交集后，获得小檗碱抗肝细胞癌的潜在作用靶点201个，筛选出关键靶点9个。分子对接显示，关键靶点PTK2、SRC、RAC1、EGFR、PTPN11、HSP90AA1、KDR、HRAS和HCK与小檗碱亲和力均较好。GO生物学功能富集分析结果表明，与肝细胞癌有关的生物学功能主要富集于对外源刺激的反应、激素水平的调节、对肽的反应和有机酸生物合成过程等。KEGG信号通路富集分析结果表明，小檗碱抗肝细胞癌的相关通路有化学致癌、PI3K-...     

基于网络药理-分子对接研究附子理中丸治疗溃疡性结肠炎的作用机制

利用网络药理学和生物信息学技术预测附子理中丸治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的作用机制。选取附子理中丸中26个入血成分(23个原型化合物及3个代谢产物)为研究对象,利用PharmMapper数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和OMIM数据库筛选及预测附子理中丸入血成分的潜在作用靶点;运用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络模型;运用DAVID平台、KEGG及Reactome数据库对潜在靶点进行GO分析和通路分析;应用Cytoscape软件构建"药物成分-作用靶点-作用通路"网络;使用AutoDock vina软件对入血成分与关键靶点进行分子对接。结果得到附子理中丸治疗UC的潜在靶点82个,靶点主要涉及有机物反应、细胞凋亡的调节、细胞程序性死亡的调控等生物过程,通过参与癌症、结直肠癌、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor, VEGF)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)...     

基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点;运用Cytoscape 3.7.1软件构建苍耳子散-活性成分-靶点网络,并筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的核心成分;将苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点导入STRING平台,通过通过Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心靶点。使用DAVID数据库对苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。结果 共收集苍耳子散的活性成分62个,苍耳子散与过敏性鼻炎的共同靶点214个,其中丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等可能为治疗过敏性鼻炎的关键靶点。通过GO富集分析得到苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用基因靶点参与622个生物学过程、62个细胞成分、152个分子功能;KEGG分析得到162条通路,主要与免疫反应、细胞调控和受体等相关通路有关。分子对接证实核心靶点STAT3、MAPK3能自发地与关键成分芫花素、亚油酸乙酯等结合。结论 苍耳子散主要通过芫花素、亚油酸乙酯等与STAT3、MAPK3的结合来参与免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终起到治疗过敏性鼻炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接的半枝莲二萜类化合物抗肝癌作用机制

目的基于网络药理学和分子对接技术探讨半枝莲二萜类成分抗肝癌的作用机制。方法根据文献调研( 1987年 1月至 2022年 7月)获得的 155个半枝莲二萜类化合物,通过 SwissADME平台筛选后得到符合条件的 93种活性成分,并通过 Swiss Target Prediction网络平台预测得到其中 65个化合物可能的作用靶点;通过 GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank以及 GEO、TCGA数据库获取与肝癌有关的靶点,利用 Cytoscape软件构建可视化“活性成分 -靶点 -肝癌”网络作用图,并通过度值筛选主要活性成分;使用 String平台进行蛋白质–蛋白质相互作用( PPI)网络功能富集分析,利用 Cytoscape软件构建 PPI可视化网络图,通过 cytoHubba插件的评分规则筛选出核心靶点和关键靶点;采用 R语言软件包对半枝莲二萜抗肝癌的作用靶点进行基因本体( GO)功能和京都基因和基因组数据库( KEGG)通路富集分析;使用 AutoDock vina软件对主要活性成分与关键靶点进行对接分析。结果筛选出半枝莲二萜中 6种活性成分包括 Scutebarbolide I、Scutebata O、Scutelinquanine D、Scutellone F、 Scutellone H和 Scutebarbatine J,预测得到 10个抗肝癌核心靶点,其中蛋白 STAT3、MAPK1、MAPK3、HSP90AA1、PIK3R1和 PIK3CA为关键靶点。基因富集分析得到 953个 GO功能条目和 137条通路( P<0.05);分子对接结果显示,半枝莲二萜活性成分与关键靶点间存在潜在结合位点;网络药理学分析表明半枝莲二萜成分可能通过肽基 .丝氨酸磷酸化、肽基 .丝氨酸修饰、磷酸酶结合、蛋白质丝氨酸 /苏氨酸激酶活性等生物学过程,作用于 STAT3、MAPK1、MAPK3、PIK3R1、PIK3CA等关键蛋白的表达,进一步调控癌症中蛋白多糖、化学致癌受体激活、催乳素信号通路、癌症程序性死亡受体配体 1(PD-L1)表达和程序性死亡受体 1(PD-1)检查点通路等信号通路,发挥治疗肝癌作用。结论半枝莲二萜类化合物能够通过多分子、多靶点、多通路、多作用机制达到治疗肝癌作用。     

基于网络药理学的砂仁抗溃疡性结肠炎机制研究

应用网络药理学方法预测砂仁抗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的活性成分和作用机制。首先通过体内动物实验验证中药砂仁的抗UC活性,动物福利和实验过程均遵循中国医学科学院药物研究所实验动物伦理委员会的规定。进一步应用TCMSP、PubChem数据库及文献调研获取砂仁的活性成分,采用SwissTargetPrediction、GeneCards和TTD数据库预测活性成分抗UC的潜在作用靶点。使用String数据库构建蛋白互作关系网络;Cytoscape软件将成分-作用靶点网络可视化并进行拓扑学分析; Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析; Sybyl-X软件将砂仁关键活性成分与部分核心靶蛋白进行分子对接。筛选共获得12种活性成分、189个砂仁抗UC靶点,富集分析后得到227个GO相关条目、168条相关信号通路。分子对接结果证明,砂仁主要活性成分与JAK受体家族具有较好的亲和力,体内验证结果表明砂仁能调控JAK/STAT信号通路。以上结果证明,砂仁及其提取物可能通过JAK/STAT信号通路发挥抗UC作用。     

藏药三果汤治疗糖尿病作用机制的网络药理学与分子对接技术分析

目的 基于网络药理学及分子对接对三果汤治疗糖尿病靶点及通路进行分析，并通过分子对接进行验证，为基础研究及临床用药提供科学依据。方法 通过中药系统药理学数据库与分子平台（TCMSP）、有机小分子生物活性数据库（PubChem）及文献查阅筛选三果汤中诃子、毛诃子、余甘子的活性成分及作用靶点，使用Genecard数据库、DRUGBANK数据库筛选糖尿病相关靶点，构建“药物-成分-靶点-疾病”网络，取药物疾病靶点交集，使用STRING构建蛋白PPI网络，运用Matescape数据库对交集靶点基因进行GO、KEGG富集分析。将筛选出的有效成分与靶点进行分子对接验证。结果 通过网络药理学收集三果汤及糖尿病靶点信息，采用GO富集分析和KEGG通路分析发现，三果汤和糖尿病共同作用靶点共269个，靶点作用最为突出的为AKT1、HAS2、MAP2、CDH1、PRKCG、PLAT，三果汤作用于糖尿病的通路主要在癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路。分子对接结果显示，鞣花酸和没食子酸对AKT1、HAS2、MAP2存在亲和力，鞣花酸对HAS2亲和力最好。结论 通过本研究中网络药理学分析及分子对接分析，三果汤中鞣花酸、没食子酸对AKT1、HAS2、MAP2通路靶点具有亲和力，为后续实验提供研究思路。     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学及分子对接筛选治疗糖尿病足中药成分及相关机制研究

目的 基于国家专利数据库联合网络药理学及分子对接方法,筛选治疗糖尿病足有效的中药成分,探索相关机制。方法 挖掘国家专利数据库,运用IBMSPSS Modeler 18获得抗糖尿病足核心中药,从TCMSP、TCMID数据库获得核心中药的主要化学成分,通过GeneCard、TTD、OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库查找与糖尿病足治疗相关的蛋白靶点,通过VENNY软件获取核心中药与糖尿病足的交集靶点,后对其进行GO、KEGG及PPI蛋白互作分析。借助Cytoscape软件拓扑分析后筛选出潜在的核心成分以及可能的核心靶点,最后利用Auto dock、PyMol进行对接分子能计算及可视化作图。结果 筛选出潜在治疗糖尿病足核心成分5个及核心靶点6个;分子拟合计算结果显示核心靶点与核心成分稳定结合进而可通过相关信号通路发挥抗糖尿病足作用。结论 槲皮素、木犀草素、山奈酚、黄芩素和β-谷甾醇等可能通过参与TNF、HIF-1等信号通路作用于AKT1、MAPK1、TNF、CASP3、TP53、PTGS2等靶点,发挥抗糖尿病足的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

基于网络药理学的急支糖浆治疗咳嗽的作用机制研究及实验验证

目的 运用网络药理学的方法挖掘中药复方急支糖浆治疗咳嗽的有效成分、关键靶点以及潜在作用通路。方法 分别利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Genecards数据库筛选急支糖浆的活性成分作用靶点和咳嗽的疾病靶点,两者靶点取交集后利用Cytoscape软件构建成分-靶点网络,String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,拓扑分析获取关键靶点和成分。通过David数据库进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。通过分子对接技术进一步佐证网络药理学结果的可靠性,通过小鼠咳嗽模型进行实验验证。结果 急支糖浆中共筛选出活性成分163种,可干预咳嗽相关靶点154个,GO富集586个,KEGG通路119条。其中,槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等可能为急支糖浆治疗咳嗽的关键成分,CXCL8、MAPK8、STAT3、TNF等为潜在靶点,GO富集分析的生物功能涉及到细胞增殖、血管生成、炎症反应等,KEGG通路富集分析涉及到TNF、PI3K-Akt、FoxO、HIF-1等信号通路。超过90%的分子对接结果均具有一定的结合活性。使用流式细胞术、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、酶联免疫吸附（ELISA）的方法验证了急支糖浆对咳嗽小鼠淋巴细胞分化、炎症因子和部分关键靶点表达的影响。结论 急支糖浆治疗咳嗽的作用机制是通过多种活性成分作用于多靶点、多通路产生了调控炎症过程、调节免疫功能、促进细胞增殖、修复受损机体等综合效果,该结果为进一步研究急支糖浆有效成分和作用机制奠定基础。     

水飞蓟黄酮提取物治疗非酒精性脂肪肝病的网络药理学研究

基于网络药理学及分子对接探讨水飞蓟中主要黄酮类活性成分对非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver diseases, NAFLD)的治疗作用及分子机制。通过TCMSP、PubChem数据库及文献调研确定水飞蓟中9种黄酮成分为研究对象,借助SwissTargetPrediction、GeneCards、Venny 2.1.0平台预测这9种成分与NAFLD之间的潜在治疗靶点。利用String平台和Cytoscape软件对潜在靶点进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,基于DAVID 6.8数据库对潜在靶点进行GO和KEGG通路富集分析,使用AutoDock软件模拟分子对接验证。体外实验选取“成分-靶点-通路”网络图中度值较大的组分,以L02细胞为研究对象建立脂质堆积模型并给药处理,根据油红O染色结果来衡量药物分子对脂代谢的积极作用。结果筛选得到水飞蓟主要黄酮成分治疗NAFLD的作用靶点共24个,通过KEGG富集分析筛选得到与NAFLD进程密切相关通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B (PI3K-Akt)通路、2型糖尿病通路、肿瘤坏死因子(TNF)通路及胰岛素...