乳腺癌脑转移差异基因的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌脑转移瘤差异表达的核心基因。方法 从GEO数据库下载GSE125989数据集，运用GEO在线分析工具GEO2R分析数据集的差异基因。利用在线工具DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，将获得的差异表达基因数据输入STRING数据库并通过Rstudio进行可视化。利用Rstudio的CytoHubba插件筛选核心基因。利用Kaplan-Meier Plotter在线工具验证核心基因与总生存期的关系。结果 经GEO2R工具筛选出22 277个基因，进一步筛选集中获得差异表达基因74个，GO功能注释发现，差异表达基因主要在细胞外基质组织等方面显著富集；KEGG通路主要在蛋白质消化吸收等通路富集。通过CytoHubba插件以度筛选出PPI网络中排名前10位的差异表达基因为核心基因。生存分析显示DCN、ELN与患者总生存期具有显著的相关性。结论 本研究共筛选出2个与乳腺癌脑转移预后相关的核心基因，分别为DCN、ELN。     

儿童克罗恩病差异表达基因的生物信息学分析

目的：应用生物信息学方法探讨儿童克罗恩病的差异表达基因,为阐明儿童克罗恩病的发病机制及干预靶点提供新思路。方法：从公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载儿童克罗恩病相关的基因芯片数据集GSE9686,使用在线分析工具GEO2R筛选出儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因。使用数据库DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析,使用数据库STRING进行蛋白互作网络(PPI)分析,使用Cytoscape筛选出儿童克罗恩病的关键基因。结果：筛选出85个儿童克罗恩病差异表达基因,包括63个上调基因和22个下调基因。GO分析揭示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、CXCR趋化因子受体结合、细胞外空间、细胞外区域、趋化因子介导的信号通路及炎症反应等过程,KEGG分析揭示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、TNF信号通路等。Cytoscape筛选出了15个关键基因,所有关键基因在儿童克罗恩病结肠组织中表达均上调。结论：采用生物信息学对儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因进行综合分析,可为儿童克罗恩病的早期诊断及靶向治疗提供新的理论依据。     

骨质疏松hub基因筛选验证及互作miRNA预测

目的 筛选老年性骨质疏松症hub基因及其互作的miRNA。方法 从GEO数据库下载GSE35956基因芯片数据集,利用R语言筛选骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中的差异表达基因（Degs）。利用DAVID数据库对Degs进行GO富集和KEGG通路分析。采用String数据库和Cytoscape软件分析蛋白互作网络,筛选hub基因。通过Targetscan数据库预测与hub基因存在互作关系的miRNA,并通过funrich数据库对预测出的miRNA进行富集分析。提取并培养3～4月龄（青年组）和18～20月龄（老年组）C57BL/6小鼠的骨髓间充质干细胞,采用荧光定量PCR(qPCR)验证2组小鼠的骨髓间充质干细胞中hub基因表达情况。结果 骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中共鉴定出982个上调的Degs和99个下调的Degs。Degs主要富集到质膜黏附分子介导的同型细胞黏附和钙离子结合等生物过程,主要参与了神经活性配体-受体相互作用信号通路。PPI互作网络分析筛选出8个核心基因：瘦素（LEP）、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶（LCK）、WT1转录因子（WT1）、SRY-Box转录因子10(SO...     

基于GEO数据库分析食管癌差异表达基因

目的 寻找食管癌的差异表达基因,进一步筛选与食管癌发生潜在靶点,为食管癌防治提供新思路。方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE9982基因芯片,利用iDEP在线分析工具筛选食管癌患者与健康人群黏膜组织差异表达基因,并进行差异基因可视化展示。利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,筛选关键基因。使用注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)在线数据库对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集分析。结果 食管癌差异表达基因497个,上调基因191个,下调基因306个。基因富集分析显示在分子功能、细胞组分、生物过程方面蛋白结合、细胞核、细胞分裂富集结果显著。蛋白相互作用分析得出可视化结果并筛选出10个关键差异表达基因。结论 本研究筛选得出食管癌发生主要基因并进行富集分析,结果显著为研究食管癌发病机制和治疗靶点提供方向。     

基于生物信息学分析转录因子HLF及KLF7在头颈部鳞癌进展过程的表达及预后意义

摘要：目的:通过生物信息学手段筛选驱动头颈部鳞癌（HNSCC）进展的潜在关键转录因子,分析其表达特征及预后意义。方法:从癌症基因组图谱数据库获取HNSCC转录组测序数据,筛选不同分期肿瘤组织与正常黏膜组织的差异转录因子。通过STEM工具分析差异转录因子在HNSCC进展过程的表达模式。在R3.5.1环境下,利用survival包和survminer包计算差异转录因子的预后意义。最后利用人类蛋白图谱数据库对候选转录因子进行免疫组化验证,并通过基因集富集分析挖掘与转录因子密切相关的通路。结果:和正常组织相比,HNSCC各分期的差异转录因子分别为172（Ⅰ期）,272（Ⅱ期）,272（Ⅲ期）,307（Ⅳ期）,各分期共有差异转录因子为7个。其中HLF及KLF7等5个差异转录因子与HNSCC患者预后显著相关。免疫组化结果显示,上述转录因子表达趋势均与转录组测序结果一致,其中HLF在HNSCC 4个分期表达均显著下调,而KLF7则呈现相反趋势。基因集富集分析显示,HLF表达下调可显著激活细胞外基质分解及对Ⅰ型干扰素的反应等生物进程; KLF7高表达时,角质形成细胞增殖、细胞-基质连接组件等生物进程显著激活。结论:HLF及KLF7等转录因子表达失调与HNSCC分期及患者预后密切相关,并潜在参与驱动HNSCC的恶性进展。     

基于生物信息学的乳腺癌潜在关键基因鉴定与预后分析

目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌发生发展过程中的关键基因和重要信号通路,为乳腺癌发病机制的解析和治疗提供新的候选靶点和理论依据。方法 从基因表达数据库（GEO）下载数据集GSE139038,利用GEO2R筛选差异表达基因,用于注释、可视化和集成发现的数据库（DAVID）对差异表达基因进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路注释,STRING在线分析工具和Cytoscape软件对差异基因构建蛋白质相互作用网络并筛选关键基因,利用基因表达谱分析（交互分析）（Gene GEPIA）和Kaplan-Meier Plotter在线分析工具对候选的关键基因进行表达验证和生存分析。结果 筛选出519个显著差异表达基因（|log2FC|≥2,P<0.01）,其中下调基因38个,上调基因481个。蛋白质相互作用网络分析共筛选出10个潜在的核心基因（CDK1、CDCA8、SSK1、BUB1、TOP2A、DLGAP5、NUF2、CT84、CDCA5、MELK）。这10个潜在的核心基因在乳腺癌样本中高表达且具有较差的预后。结论 CDK1、CDCA8、SSK1、BUB...     

应用RNA-Seq技术筛选不同浓度叶酸培养的QSG-7701细胞中的差异表达基因

目的 在验证不同浓度叶酸培养影响人正常肝细胞系增殖、周期和迁移能力的基础上,应用转录组测序(RNA-Seq)技术筛选差异表达基因,为进一步探讨叶酸缺乏与基因差异表达以及正常肝细胞恶性转化之间的相关性打下基础.方法 不同浓度叶酸培养(无叶酸组0 mg/L,正常叶酸组40 mg/L)的人正常肝细胞系QSG-7701 6个月,应用CCK-8实验检测细胞增殖、流式细胞技术检测细胞周期、细胞凋亡、Transwell小室检测细胞迁移;利用RNA-Seq技术对两组细胞中的mRNA进行检测,筛选差异mRNA;通过用实时定量PCR对RNA-Seq的结果进行验证,并结合统计学和生物信息学方法分析差异mRNA.结果 无叶酸培养显著提高QSG-7701细胞的增殖能力,促进细胞由静止期进入分裂期,促进细胞的迁移能力;RNA-Seq检测得到含有16 774条差异mRNA的数据集,初步分析显示其中391条差异mRNA可能与不同浓度叶酸培养相关,其中上调的115条,下调的276条;随机对其中11条进行实时定量PCR验证,72.73％的结果与RNA-Seq一致;分析显示,差异mRNA相对应的基因与细胞周期等生理过程以及多种肿瘤的发生、发展密切相关.结论 最终筛选出参与叶酸调控正常肝细胞恶性转化相关的基因,RNA-Seq技术能有效地用于差异基因地筛选.     

基于转录组测序探究PM2.5损伤肺上皮细胞 BEAS-2B的相关机制

目的 研究 PM2.5 对肺上皮细胞 BEAS-2B 基因表达的影响,并探讨其可能作用的信号通路。方法 BEAS-2B细胞分为对照组（PBS处理）和PM2.5组（200 mg/L PM2.5处理）,干预24 h后提取各组细胞总RNA进行高通 量测序。所得的序列经质控,与参考基因组比对,获得用于后续转录本组装、表达量计算的 mapped data（reads）后,比 对到 6 大数据库［NR、Swiss-Prot、Pfam、COG（Evolutionary genealogy of genes）、GO（Gene Ontology）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）］注释,利用差异分析软件DESeq2筛选出差异表达基因（DEGs）,运用生物信息学 分析方法对DEGs进行GO和KEGG生物功能等分析,采用qRT-PCR法检测5个关键基因（FOSB、FOSL1、MUC5AC、 CSF2、IL-6）进行验证。结果 PM2.5组和对照组与转录组的数据比较后共获得961个DEGs,其中PM2.5组上调表达 453个,下调表达508个。通过GO和KEGG功能分析后发现这些DEGs主要参与了细胞蛋白质的磷酸化、免疫调节过 程、信号转导途径的调节以及凋亡途径的调控过程,并显著富集于IL-17信号通路。qRT-PCR结果显示,PM2.5组 FOSB、FOSL1与IL-6的相对表达量显著上调（P＜0.05）,这与RNA-seq测序结果一致。结论 PM2.5可能通过调控 “IL-17信号通路”中关键基因的表达,加重了细胞的炎症反应,促进了细胞凋亡等生命进程。     

基于生物信息学分析探索神经母细胞瘤相关的新生物标志物

目的 利用综合生物信息学分析方法探索神经母细胞瘤（Neuroblastoma,NB）相关的新生物标志物。方法 采用GEO2R分别筛选GEO(Gene expression omnibus)数据库GSE39262和GSE66586数据集中NB细胞与对照细胞之间的差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs）,利用韦恩图将两组DEGs取交集,利用仙桃学术在线生信分析工具对其进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时利用String数据库绘制蛋白互作网络（Protein-protein interaction,PPI）图,并通过Cytoscape软件中的CytoHubba插件筛选Hub基因。最后使用R2基因组分析和可视化平台（R2 Genomics Analysis and Visualization Platform）整理的NB组织转录组数据对Hub基因进行筛选验证。结果 本研究从GSE39262数据集中共筛出845个DEGs,从GSE66586数据集中共筛出2 980个DEGs,韦恩图分析出392个共有DEGs。GO/KEGG分析提示,上述共...     

基于GEO数据库的可卡因使用障碍潜在关键基因筛选及生物信息学验证

目的 应用生物信息学方法筛选可卡因使用障碍的核心基因和信号通路。方法 从基因表达综合数据库下载基因表达数据集GSE54839。应用R软件筛选差异表达基因。使用DAVID数据库进行基因富集分析。使用STRING数据库构建蛋白互作网络,使用cytoscape筛选核心基因。结果 共筛选出51个差异表达基因,主要参与MAPK信号通路调控。4个核心基因ATF3,FOS,FOSB,JUN均属于转录因子基因。结论 MAPK信号通路和转录因子可能在可卡因使用障碍中起到重要作用。     

子宫中隔切除术后预防粘连方法探讨

目的 探讨子宫中隔并不孕患者宫腔镜术后不同处理方法预防宫腔粘连的效果.方法 55例子宫中隔并不孕患者行腹腔镜监护下宫腔镜子宫中隔切除术(TCRS),术后针对不同患者采用不同术后处理措施,包括宫腔放置与不放IUD,是否进行人工周期治疗,部分患者术后使用GnRH-a类药物治疗术后第1、3个月行宫腔镜检查随访,宫内放置IUD的患者;于术后第3个月取环.结果 54例患者术后进行宫腔镜检查随访,其中40例分别于术后第1、3个月完成了术后2次宫腔镜检查,另14例只完成一次检查.宫腔术后放环与否对术后宫腔形态影响无差异(P>0.05),术后使用人工周期治疗患者较未使用者子宫内膜厚,此两者术后第3个月宫腔镜检查发现宫底创面均已有内膜覆盖.使用GnRH-a类药物患者术后官腔形态满意.结论 TCRS术后宫腔放置IUD无助于预防术后粘连的发生;术后人工周期治疗应更个体化并有针对性的使用GnRH-a类药物治疗.术后及时进行宫腔镜检查随访可防止术后宫底新粘连的形成.     

10例狂犬病误诊原因分析

狂犬病近年来发病率有逐年增加的趋势,近十二年来,我们共遇见狂大病２３例,其中１０例被误诊为其它疾病,现就其误诊原因进行分析如下。１临床资料１．１ 一般资料：男８例,女２例;年龄最大７８岁,最小４岁。发病季节为３月～１１月。首诊科室,儿科３例、内科３例、转院３例、急诊科１例。１．２ 临床表现：发热７例,恐风５例,恐水６例,怕光３例,流涎１０例,胸闷、气促、呼吸困难４例,烦躁不安１０例,多汗７例,恐惧６例,肢体麻木４例,抽搐４例,恶心、呕吐２例,昏厥１例。所有病例发病至死亡时间为２天～６天,死亡原因为…     

住院患者精神用药情况调查分析

目的：了解目前住院精神患者的药物使用情况。方法：采用一日法调查西安市精神卫生中心403例住院精神患者诊断和治疗情况，并与上海市精神卫生中心2004年调查结果相比较。结果：①传统精神药物使用显著减少，新型精神药物使用占据首位；②抗精神病药物使用趋向小剂量化；③本组联用丙戊酸盐类药物显著增多；④我院精神药物使用情况与上海精神卫生中心比较有显著差异。结论：近年来精神药物使用情况已发生了显著变化，与新型精神药物疗效好，副作用少，患者依从性高有关。     

欧洲药典适用性认证介绍

目的介绍欧洲药典适用性认证程序,为国内药品监管机构和原料药生产企业提供信息,促进我国原料药生产企业的国际化。方法通过查阅调研欧盟相关药品法规和与EDQM同行面对面的交流,详细了解欧洲药典适用性认证的组织机构和具体程序。结果与结论欧洲药典适用性认证程序在对原料药的质量控制有重要作用,加强了药典的监管力度,进一步保证了原料药的质量、安全性和有效性。     

新疆维吾尔自治区基层医院平均住院日调查分析

目的 通过对新疆维吾尔自治区14个县乡级医疗机构住院患者平均住院日及影响因素进行分析,为县乡级医疗机构进一步提高医疗管理质量提供依据.方法 将2009-2010年1504例县乡级医院住院患者平均住院天数,按性别、年龄、院别、付费方式、疾病分类进行描述性统计和秩和检验分析.结果 不同性别间及院别间平均住院日差异均有统计学意义(均P＜0.05),男性平均住院日为10.39 d,女性为8.69d,乡级医院为9.27d,县级医院为9.50 d.不同年龄间平均住院日差异有统计学意义(P＜0.05),小于15岁组、15 ～24岁组、25～44岁组、45 ～65岁组、大干65岁组平均住院日分别为8.10 d、7.66d、8.83 d、10.26 d和11.33 d.自费患者平均住院日为8.39 d,新农合组为9.10 d,商业保险组10.17 d,社会基本医疗保险患者则为11.08 d.不同疾病分类间平均住院日差异明显,妊娠类平均住院日最短,为6.73 d,而肿瘤患者则为14.26 d.结论 不同性别、不同年龄段、不同疾病分类及不同付费方式间平均住院日存在差异,县级医疗机构和乡级医疗机构住院患者平均住院日也存在差异.     

不同方法治疗慢性宫颈炎的疗效分析

目的慢性宫颈炎是妇科最常见的疾病之一,可引起盆腔脏器炎症,并且与宫颈癌的发生关系密切。本文诣在探讨不同方法在慢性宫颈炎中的疗效。方法回顾性分析新乡市中心医院收治的210例宫颈炎患者,采用药物保妇康栓、聚焦超声治疗及宫腔镜下宫颈电切术的临床效果进行统计分析。结果宫颈电切术治疗有效率为97.9%,明显高于另外两组,差异有统计学意义。结论宫腔镜下宫颈电切术治愈慢性宫颈炎,并且切除宫颈移行带,减少宫颈癌发生。     

The effect of temperature and of cetrimide on the rate of loss of refractility of spores of Bacillus megaterium

The rate of germination of spores of Bacillus megaterium at 30° is not significantly different from the rate at 37° but the onset of germination is delayed; outgrowth is normal. At 45° germination of some spores occurs but the rate is much slower than at 37°, and there is no lag; emergence occurs from only a proportion of the germinated spores and after 3 or 4 vegetative cells have been produced, replication ceases. A single regression equation can represent the germination rate of the spores at 37° in the presence of from 0.0005 to 0.02% w/v of cetrimide and in its absence. In 0.0005% w/v of cetrimide, germ cells emerge from some of the germinated spores but many of them become swollen and disintegrate. Concentrations of 0.00125% w/v or more progressively inhibit swelling and completely inhibit emergence.     

经尿道前列腺汽化电切术与经尿道前列腺电切术治疗前列腺增生症的效果对比

目的 对比分析经尿道前列腺汽化电切术与经尿道前列腺电切术治疗前列腺增生症的效果.方法 将本院2011年3月～2013年2月收治的90例前列腺增生症患者随机分为观察组（n=45）和对照组（n=45）,观察组患者采用经尿道前列腺汽化电切术治疗,对照组患者采用尿道前列腺电切术治疗,比较两组患者的疗效.结果 观察组的手术时间、术中出血量、术后冲洗时间、术后留置导尿管时间、住院时间少于对照组（P＜0.05）,残余尿量、国际前列腺症状评分和生活质量评分优于对照组（P＜0.05）,但是两组患者的并发症发生率差异无统计学意义（P＞0.05）.结论 经尿道前列腺汽化电切术治疗前列腺增生症具有疗效更确切、出血少、恢复快等优势,可以作为治疗前列腺增生症的首选方法.