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1.
目的用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能。方法通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析。利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能。结果通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA 2 064个,lncRNA 1 160个,miRNA 69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。GEO、TCGA共有差异表达lncRNA 26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。 相似文献
2.
《中国病原生物学杂志》2020,(2)
目的探讨Ⅰ型单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染人胚肺二倍体成纤维细胞(KMB-17)对长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的调控作用。方法用HSV-1感染KMB-17细胞,于感染后48h提取RNA进行高通量测序。测序获得的转录本用Cufflinks、CPC和CNCI软件进行lncRNA的鉴定和注释,并利用cuffdiff软件进行差异表达lncRNA的筛选。对筛选的差异表达lncRNA进行靶基因的预测及其GO和KEGG功能富集分析。结果共筛选到891个差异表达的lncRNA,其中上调515个,下调376个。GO和KEGG功能富集分析表明,HSV-1感染诱导表达差异的lncRNA靶基因主要富集在Toll样受体信号通路,RIG?I样受体信号通路,Jak-STAT信号通路、Hedgehog信号通路、趋化因子信号通路和细胞代谢相关信号通路上。结论 HSV-1感染KMB-17细胞后诱导细胞lncRNA差异表达并通过靶基因来影响细胞抗病毒免疫和细胞代谢等相关信号通路,调控细胞抗病毒的响应机制。 相似文献
3.
目的 基于生物信息学方法分析肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)自噬相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)生物标志物,用于评估HCC的临床预后及指导治疗。方法 从TCGA数据库中下载HCC全转录组数据以及对应的临床数据,在人类自噬数据库(http://www.autophagy.lu/)下载自噬相关基因,通过共表达分析找到自噬相关lncRNA。然后,根据K-M分析及Cox分析构建临床预后模型预测HCC患者生存风险及临床相关性分析。最后,针对这些自噬相关lncRNA进行GSEA功能富集分析和临床样本验证。结果 共筛选出919条自噬相关lncRNA,其中AC009403.1、AC099850.3、AL365203.2、AL117336.3和AC015908.3具有临床预后价值且能预测HCC患者生存风险。根据构建的风险模型将高表达AC015908.3患者归为低风险患者,AC099850.3,AL117336.3和AL365203.2归为高风险患者,独立预后分析也验证了构建的预后模型能够预后肝癌患者的生存风险。GSEA功能富集... 相似文献
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目的用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR-204、miR-205相关ceRNA网络,并对筛选出的差异基因进行生存分析,利用GO、KEGG和PPI进一步分相关lncRNA的功能。结果以log FC2且P0.05为标准,筛选出和miR-204、miR-205相关差异表达mRNA 13个,lncRNA 38个,并构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。LINC00504、FER1L6-AS1与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG和PPI分析显示:7个同时调节miR-204、miR-205的lncRNA可能参与ESCC的形成和进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,预测出以miR-204和miR-205为节点的调控网络,可能是ESCC重要的调控机制和诊疗靶点。 相似文献
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6.
《中国病原生物学杂志》2020,(3)
目的运用二代测序技术检测猴空泡病毒40(SV40)感染非洲绿猴肾细胞(Vero)后细胞内长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,并分析差异表达lncRNA的生物学功能,为解析SV40和宿主细胞的互作机制提供新思路。方法用SV40病毒感染Vero细胞,72h后收取样品,与对照组同时使用Trizol法提取RNA,并对其进行二代测序。使用CNCI、CPC和Cufflinks系列软件对来源于Vero细胞的lncRNA进行鉴定,筛选差异表达lncRNA。根据位置关系进行lncRNA靶基因预测,利用GO富集分析和KEGG富集分析进行靶基因功能富集分析。结果 SV40感染Vero细胞后,共有274个lncRNA发生显著性差异表达,其中50个表达上调,224个表达下调。GO富集分析显示,差异表达lncRNA靶基因主要与胞内信号转导、染色质沉默、免疫反应、葡萄糖代谢和蛋白磷酸化调控等生物学过程密切相关。KEGG富集分析显示,差异表达lncRNA的靶基因主要富集在Notch信号通路、TGF-β信号通路、mTOR信号通路和抗原加工和呈递等多个信号通路上。结论 SV40感染Vero细胞后重塑了Vero细胞的lncRNA表达谱,多个显著差异表达的lncRNA通过Notch、TGF-β、mTOR和抗原加工和呈递等信号通路参与细胞对病毒感染的反应调控。 相似文献
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目的 探索与胰腺导管腺癌(PDAC)相关的肿瘤微环境基因表达模块,识别影响患者预后的生物学标志物和潜在的免疫治疗靶点。方法 筛选收集来自肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库的1个包含142例PDAC患者数据集和基因表达综合(GEO)数据库的2个包含168例PDAC患者微阵列数据集(GSE2150、GSE62452)的基因表达谱数据,运用xCell网络工具对PDAC基因表达数据进行细胞类型富集分析。根据细胞富集评分中位数将TCGA的142例患者分为高分、低分2组,通过单因素生存分析确定有预后价值的细胞类型并使用GEO的数据集验证。再根据细胞类型进行基因差异表达分析及单因素生存分析确定与预后相关的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行功能富集分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。同时使用GEO数据集对TCGA数据集的预后相关DEGs进行验证。最后在TISIDB数据库检索TCGA与GEO数据库的共同DEGs,并分析其与免疫系统的相关性。结果 细胞类型富集评分显示,Th1细胞和角质形成细胞在TCGA和GEO数据集中具有相同的预后价值,其高分组患者的总生存率显著低于低分组,差异均有统计学意义(P值均<0.05)。鉴定出216个预后相关DEGs,对其功能富集结果显示21个生物学过程条目中有9个与免疫过程密切相关,5条京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路中有4条与免疫过程密切相关。通过PPI网络分析,CCR7、CD27、CD5、CXCL13、ZAP70、MS4A1和CCL19被鉴定为可能与PDAC密切相关的中枢基因。通过对GEO数据集的验证,共有15个DEGs在GEO和TCGA数据集中具有相似的预后价值。检索TISIDB数据库上述15个基因结果显示,GIMAP7与PDAC的免疫过程密切相关。结论 鉴定了216个与PDAC预后相关的肿瘤微环境基因及其7个中枢基因,并提供了CCR7、CCL19、CD27、CXCL13和GIMAP7 5个新的PDAC免疫治疗潜在靶点。 相似文献
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《中西医结合心脑血管病杂志》2020,(5)
目的筛选在慢性心力衰竭中差异表达的microRNA(miRNA),并对其靶基因进行生物信息学分析,以期为miRNA调控慢性心力衰竭机制的相关性研究奠定基础。方法利用GEO数据库及limma软件包筛选出在慢性心力衰竭中差异表达的miRNA,进而应用Targetscan、miRPathDB数据库通过生物信息学方法预测其靶基因,最后利用CytoScape软件及David数据库对靶基因进行GO富集及生物通路富集分析。结果 miR-197在慢性心力衰竭中差异表达,其靶基因富集在生物调控、基因表达等生物学过程中,细胞质膜、细胞核等细胞组分上,以及离子结合、核苷酸结合等分子功能中。生物信号通路则显著富集在Ras、Rap1、Wnt、Hippo等信号通路中。结论 miR-197或许是调控慢性心力衰竭疾病进程的潜在作用靶点。 相似文献
9.
目的 构建基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库胶质母细胞瘤(GBM)患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型。方法 通过TCGA数据库获取GBM的高通量测序数据,通过文献检索和搜查FerrDb数据库两种方式获取铁死亡基因,并基于GBM中铁死亡相关差异表达的lncRNA构建GBM预后的多lncRNA模型,分析预后lncRNA与铁死亡基因的共表达关系。结果 共获得与GBM相关的铁死亡基因246个,铁死亡相关lncRNA 2 624个,经差异分析和降维处理,最终得到102个与GBM显著相关的铁死亡基因,并构建了一个包含111个lncRNA的GBM预后模型,其中,69个差异有统计学意义的铁死亡基因与73个GBM预后相关的铁死亡lncRNA之间存在共表达关系。Kaplan-Meier生存曲线显示,在预后模型下,高危者和低危者的总生存率差异有统计学意义(P<0.01)。结论 基于TCGA数据库成功构建GBM患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型,该模型可在一定程度上预测GBM患者的生存率。 相似文献
10.
目的 应用生物信息学技术分析肝细胞癌(HCC)中组织驻留记忆性T细胞(TRM细胞)的免疫学特性,并分析相关关键基因及其影响的免疫通路。方法 从公共数据库平台——癌症基因组图谱(TCGA)下载HCC相关的基因芯片数据,应用单样本基因集富集分析(ssGSEA)对TRM细胞的关键标记基因表达数据进行评分,获得TRM评分,根据TRM评分的最佳截断值分为2组;应用Wilcoxon差异分析获得HCC组织中TRM细胞高度相关的差异表达基因(DEG);对HCC组织中上调的DEG进行基因本体富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(KEGG)后,阐明其参与的免疫信号通路,再用Cytoscape软件的cytoHubba功能、Degree方法筛选出10个关键基因;综合差异表达分析与生存分析结果,筛选出影响HCC组织中TRM细胞的关键基因。结果 通过分析HCC的TCGA数据库,发现HCC组织中TRM评分与HCC的临床和免疫特征有关,且TR... 相似文献
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《中国糖尿病杂志》2021,(9)
目的本研究通过构建长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-mRNA网络和功能富集分析,预测参与T2DM外周血竞争性内源RNA(ceRNA)机制的关键lncRNA,以发现DM新的标志物或治疗靶点。方法采用基因芯片技术检测T2DM外周血差异lncRNA的表达谱,采用R语言及相关生物信息学工具处理芯片数据,预测靶基因,构建lncRNA-miRNA-mRNA网络,对差异lncRNA进行KEGG通路及GO功能富集分析,并预测关键lncRNA。结果相关性分析得到关系对2016对,包括125个lncRNA和163个mRNA。KEGG及GO分析显示有多个通路与T2DM的发生发展有联系。根据相关性分析以及软件预测数据,成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA网络,包括21个miRNA、12个mRNA、82个lncRNA和187个相互作用关系对。预测工具筛选出6个关键lncRNA。结论 lncRNA可能通过ceRNA机制介导了DM的发生发展,其关键lncRNA可能成为未来新的DM筛查标志物或治疗靶点。 相似文献
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目的 通过对尘螨过敏人群呼吸道上皮细胞基因芯片的生物信息学分析,获得尘螨过敏的生物标志物。方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因表达数据平台(GEO)下载GSE9150mRNA基因芯片数据集,对呼吸道上皮细胞样本进行分析。样本来源包括过敏人群上皮细胞10例(5例暴露于尘螨,5例暴露于生理盐水)和健康人群上皮细胞10例(5例暴露于尘螨,5例暴露于生理盐水)。采用R语言“limma”函数包筛选差异表达基因(DEGs),设定阈值logFC绝对值≥1且P<0.05。用DAVID数据库对靶基因进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,及应用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,再以Cytoscape对模块中的基因共表达关系进行可视化并筛选关键基因。结果 暴露于尘螨的健康组和过敏组共筛选出1 247个DEGs, GO分析显示DEGs生物学功能主要涉及炎症细胞活化、细胞交流和糖基化等。KEGG信号通路分析表明:NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路、IL-17信号通路、Th1和Th2细胞分化有关。基于蛋白质相互作用网络筛选出10个关键基因RSAD2/ISG15/IFIT1/OASL/MX1/IFIT3/OAS3/IFIH1/IFI44/DDX58。结论 通过生物信息学筛选发现了有关尘螨过敏患者与健康人群之间的DEGs,并通过PPI网络获得10个hub基因,为尘螨过敏机制与防治研究提供了新思路。 相似文献
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目的 探讨阿托伐他汀含药血清干预THP-1源性泡沫细胞模型的机制。方法 提取阿托伐他汀钙片大鼠含药血清;将人源THP-1细胞用佛波酯(PMA)刺激诱导分化成巨噬细胞,后将巨噬细胞通过氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)孵育建立泡沫细胞模型;将建模后的泡沫细胞分成模型组和西药组,分别加入正常血清与阿托伐他汀钙片含药血清进行干预;提取总RNA进行miRNA测序;将测序筛选出的差异miRNA结果通过生物信息学方法进行靶基因预测,并对相关靶基因进行基因本体论(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果 经测序筛选差异miRNA有56条,预测靶基因1 713个,GO富集分析显示预测靶基因参与18种生物学过程,有15种分子功能,含7种细胞组分类型;KEGG通路富集分析得到20条信号通路。结论 阿托伐他汀含药血清干预THP-1源性泡沫细胞模型差异miRNA中,差异倍数显著且表达量丰富的上、下调miRNA分别为hsa-miR-3184-3p与hsa-miR-423-5p, KEGG通路富集最显著的信号通路为MAPK信号通路、Hippo信号通路、Wnt信号通路。 相似文献
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目的通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制。方法从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析。设置差异倍数(fold Change)≥2,P 0. 01。结果在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352. 1、AL359878. 1、AP002478. 1、C2orf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络。结论通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点。 相似文献
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目的 探讨非远处转移性胃癌预后相关的miRNA,并寻找其靶基因mRNA.方法 通过TCGA数据库下载胃癌患者的临床信息和miRNA表达信息,筛选出影响患者术后总体生存率的miRNA,然后使用多因素Cox回归分析方法筛选出独立预后的miRNA.利用miRNA数据库查找独立预后miRNA的靶基因mRNA,并构建miRNA-... 相似文献
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目的本研究利用食管鳞状细胞癌(ESCC)相关微表达矩阵芯片数据,筛选出与ESCC发生、发展显著相关的关键通路及关键基因,并对关键基因所在的功能模块进行GO和KEGG富集分析、蛋白-蛋白相互作用分析以及关键基因在ESCC患者中的生存分析。方法从GEO数据库获得了GSE38129微表达矩阵芯片数据,利用R语言及其相关的软件包进行数据处理和差异表达分析,所有差异表达基因选取“FDR<0.05及logFC≥2或log2FC≤-2”为阈值。结果本研究筛选出51个上调基因和81个下调基因进行GO和KEGG富集分析,并将筛选出来的关键基因进行生存预后分析,表明PBK、VCAN、DLGAP5、ADAT2、TOP2A与ESCC生存期相关。结论利用生物信息学方法筛选出ESCC发生、发展过程中的关键基因和信号通路,为ESCC的诊疗提供潜在的候选靶点。 相似文献
17.
《肾脏病与透析肾移植杂志》2015,(2)
目的:应用Solexa技术分析和筛选出肾脏特异性表达microRNA(miRNA),同时利用生物信息学技术预测特异表达miRNA的靶基因并对其功能进行初步分析,探讨特异表达miRNA在肾脏中的功能。方法:选取8周龄C57/B6雄性小鼠,取其全身11个组织器官,提取总RNA并从中分离小分子量RNA进行Solexa测序,筛选出相较其他组织器官,在肾脏中表达最为特异的miRNA;然后,利用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRTPCR)技术对筛选出的肾脏特异性表达miRNA进一步验证;最后,通过生物信息学技术对其进行靶基因预测,并对交集的基因集合分别进行GO分析和KEGG通路分析。结果:Solexa测序结果显示在正常小鼠中miR-196a和miR-196b在肾脏最特异性高表达。qRT-PCR验证了miR-196a和miR-196b在小鼠11个组织器官中的表达分布情况,定量结果与测序结果相一致。TargetScan6.2和PicTar两个软件预测到交集靶基因74个。GO分析显示miR-196a/b的预测靶基因集合显著富集在血小板源生长因子结合活性、转录调控活性、细胞外基质的结构组成等分子功能上并参与调控代谢、发育等生物学过程(P0.01)。信号转导通路显著富集于促性腺激素释放激素信号通路、细胞外基质受体相互作用等多个信号通路和脑胶质瘤、前列腺癌等疾病通路中(P0.05)。结论:miR-196a/b在肾脏中特异性高表达,靶基因功能广泛,与细胞代谢、生长发育等密切相关。 相似文献
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目的 用基因芯片技术研究人胃腺癌5-氟尿嘧啶(5-Fu)耐药细胞株SGC7901/R及其亲本细胞株SGC7901 JAK/STAT信号传导通路相关基因表达谱的差异。方法 分别抽提两种细胞mRNA,经逆转录反应,用生物素标记的16-duTP将两种细胞的mRNA分别标记成两种CDNA探针,并与载有-组靶基因的人JAlL/STAT信号通路芯片进行杂交,通过软件对扫描图像进行数字化处理和分析,筛选2种细胞在该信号通路中有表达差异的基因。通过RT-PCR法分别对耐药细胞及其亲本细胞中的Stat3、核因子(NF)-KB1和bcl-x mRNA的表达水平进行检测。结果通过两种细胞株JAKIC/STAT信号通路的基因谱平行比较,筛选出人胃腺癌5-Fu耐药细胞株及其亲本细胞株中有表达差异2倍以上的基因共70个,其中表达上调>2倍的40个,表达下调>2倍的30个。RT-PCR的验证结果与芯片的筛查结果基本相符。结论 人胃腺癌5-Fu耐药细胞株中JAK/STAT信号通路基因表达谱的变化研究是对胃癌多药耐药分子机制研究的有力补充。 相似文献
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缪向来 《胃肠病学和肝病学杂志》2015,(1):28-31
目的探讨血清miRNA与结肠癌的预后及恶性程度的相关性,预测可能与结肠癌早期诊断及预后相关的标志物。方法收集结肠癌患者(结肠癌组,20例)及健康对照者(健康对照组,20名)的血清,进行实时荧光定量PCR检测,分析数据并筛选差异表达的miRNA。靶基因预测软件预测所筛选miRNA的靶基因并分析其与患者的性别、年龄、TNM分期、淋巴转移、预后、生存周期等的关系,依据生物信息学分析法,鉴定结肠癌患者血清中特异表达的miRNA的靶基因,分析其靶基因的生物学功能。结果靶基因预测软件预测显示,所筛选上调的hsa-miR-182和下调的hsa-miR-195与调控细胞周期、细胞死亡、细胞凋亡、细胞增殖等相关的信号通路有关。Western blotting检测结果显示,下调miRNA调控的靶基因IL-6在结肠癌患者中的表达上调,而上调miRNA调控的靶基因P53在结肠癌患者中的表达下调(P均0.05)。结论通过分析,我们筛选到了差异表达的miRNA,并预测了其作用的靶基因,通过实验验证了这些靶基因的可靠性,为后续的临床诊断和治疗提供了靶点。 相似文献
20.
目的探讨MAGEA4基因在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的表达、相关生物学功能及其与患者生存期的关系。方法检索肿瘤基因表达谱数据库(TCGA)中MAGEA4基因在NSCLC患者癌组织和癌旁组织中的表达情况;应用STRING数据构建MAGEA4基因编码蛋白-蛋白相互作用网络,并对网络中的蛋白进行基因本体论(GO)和KEGG信号通路富集;应用linkedomics在线分析软件,分析TCGA数据中与MAGEA4正负相关表达基因。同时回顾性分析我院手术治疗的68例NSCLC患者组织标本,采用免疫组织化学法(IHC)检测患者癌和癌旁组织中MAGEA4蛋白表达水平并分析其与患者临床病理特征的关系,对前述生物信息分析结果进行验证。结果 MAGEA4基因mRNA在NSCLC患者癌组织中的表达水平明显高于癌旁组织(P0.05);与MAGEA4蛋白相互作用网络中,区域聚类指数为0.90,蛋白相互作用网络富集明显(P0.05);与MAGEA4正相关表达最为显著的基因为MAGEA410(r=0.80,P0.05),而负相关表达最为显著的基因为DE4D (r=-0.37,P0.05);功能富集分析显示,MAGEA4生物学过程、细胞成分及分子功能分别主要富集于磷脂酰肌醇3激酶结合、细胞粘附的蛋白质复合物和核苷酸受体活性;KEGG信号通路富集显示,MAGEA4及相关共表达基因主要富集于Notch信号通路、维生素代谢信号通路和DNA复制相关信号通路等。生存分析显示,MAGEA4基因mRNA高表NSCLC患者总生存低于低表达患者(HR=1.3,95%CI:1.04~3.21,P0.05);而高低表达组无疾病进展生存无统计学差异(HR=0.82,95%CI:0.36~1.94,P0.05);IHC分析显示,MAGEA4蛋白表达水平与NSCLC患者肿瘤分化程度(P0.05)和淋巴结转移(P0.05)存在相关性,MAGEA4蛋白高表达者肿瘤分化程度较低,淋巴结转移率较高。结论 MAGEA4在NSCLC癌组织中表达明显增强,MAGEA4高表达与患者的预后不良有关。抑制MAGEA4基因表达有望成为NSCLC治疗的新靶点。 相似文献