我国乙型流感病毒血凝素基因的分子流行病学特征初步探讨

摘要:目的初步探讨我国 乙型流感病毒( IBV)血凝素(HA)基因的分子进化及基因特征,为IBV疫苗的研发提供参考价值。方法从GenBank公共数据库中获取我国完整的IBV HA基因序列,利用生物信息学软件分析其进化变异与基因特征。结果我国1996- -2018 年B/Victoria系流感毒株主要属于V1A分支,2019- -2022 年属于V1A.3分支,少数属于V1A.1分支, B/Yamagata系相同年份流行株多聚集成一分支进化。Victoria 系和Yamagata 系的HA基因与同期疫苗株相比,其氨基酸同源性分别>92.6%和92.8%。两谱系与参考株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇部位发生了多个氨基酸位点改变。结论我国 IBV的流行株含有B/Victoria 系和B/ Yamagata系,且HA已发生抗原突变积累,这可能会导致IBV疫苗保护效果下降,需密切监测IBV谱系及变异情况,为疫苗株的更新提供可靠的数据。     

2003-2014年浙江省宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析2003-2014年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行病学特征。方法 采集宁波市2003-2014年哨点监测医院的流感样病例标本进行流感病毒分离鉴定,选取不同时期的乙型流感毒株进行HA和NA基因序列测定,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果 宁波市乙型流感病毒Victoria和Yamagata两大普系流行株的HA及NA基因在2003-2014年间每年均有不同程度的氨基酸序列变异,其中最明显的为2005年与2009年的Victoria系毒株及2007年与2010年的Yamagata毒株变异。每当HA基因序列发生明显变异时NA基因也同时出现明显的变异,而且有时NA基因的变异比HA基因更明显。同时发现2013-2014年流行的乙型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA的重配株。结论 乙型流感两大谱系流行株的HA基因发生变异时NA基因也会出现变异,甚至较HA基因更快。2013-2014年宁波市乙型流感高发的流行株为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。     

2003-2009年宁波市乙型流感病毒监测与HA_1序列分析

目的分析近年来宁波市乙型流行性感冒(流感),两大谱系毒株流行情况和病毒血凝素基因特性。方法用犬肾传代细胞(MDCK)分离流感病毒,对2003-2009年分离的乙型流感病毒按不同的谱系选择每年的代表株,经聚合酶链反应扩增目的基因后进行乙型流感病毒的血凝素基因HA1区域(HA1)核苷酸序列测定。结果乙型流感两大谱系的病毒在宁波市几乎每年均有出现,相互交替成为优势株。其中Yamagata系在2004及2007年相对占优势,而Victoria系在2006年3月及2009年6月2次出现了流行高峰。HA1序列测定结果Yamagata系毒株在2003、2007年HA1区出现2次出现明显的氨基酸替换,Victoria系在2005年底及2009年初发生2次明显氨基酸替换。结论2003-2009年乙型流感的两大谱系病毒的HA1序列均存在较大差异,本市2004及2007年Yamagata系2次在乙型流感中相对占优势和2006及2009年Victoria系出现的2次乙型流感流行高峰均与病毒HA1区的氨基酸替换有关。     

2012-2013流感监测年度中国大陆B型流感病毒抗原性及基因特性分析

目的了解2012-2013流感监测年度中国大陆地区B型流感的流行状况,分析B型流感病毒的抗原性和基因变异情况。方法选择2012-2013年我国分离的B型流感病毒,利用标准雪貂抗血清进行抗原性分析。利用Sanger测序法进行病毒基因测序,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过基因进化树比较国内流行株与疫苗株的差异。结果 2012-2013监测年度内,B型流感病毒占所有流感病毒的9.93%,其中以B型Victoria系流感病毒为主。B型Victoria系流感病毒的抗原性与上一年度WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008(83.5%)以及我国代表株B/Chongqing-Yuzhong/1384/2010(94.7%)的抗原性类似;而B型Yamagata系流感病毒绝大多数为WHO疫苗株B/Wisconsin/01/2010(99.3%)、WHO疫苗种子株B/Hubei-Wujiagang/158/2009(98.0%)的类似株;基因特性分析显示有1株B-Victoria系病毒发生了HA与NA基因分支间的重配,有1株B-Yamagata系病毒B/Sichuan-Gaoxin/1110/2012的NA基因位于Victoria系病毒的NA进化分支,也表明发生了种系间的基因重配。结论 2012-2013流感监测年度我国B型流感病毒活动水平较低,主要以Victoria系为主,而WHO推荐的疫苗组分是B-Yamagata系病毒,可见部分B型流感流行株与疫苗株并不匹配。     

2005-2007年吉林省乙型流行性感冒病毒HA1基因序列分析

目的了解2005-2007年吉林省乙型流行性感冒（流感）病毒HA1基因的演变特征。方法采用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经反转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果2005-2007年吉林省同时流行着乙型Victoria系和Yamagata系流感毒株。与B/Shanghai/361/02相比,2005年流行的乙型Yamagata系病毒有8个氨基酸位点发生改变;2007年流行的乙型Yamagata系病毒有10个氨基酸变化位点;2007年流行的乙型Victoria系毒株与B/Malaysia/2506/04相比,只有3个氨基酸位点发生替换。结论2005-2007年吉林省流行的乙型Yamagata系病毒与B/Shanghai/361/02相比已经发生变化;吉林省2007年Victoria系毒株与疫苗代表株B/Malaysia/2506/04比较接近。     

2009年宁波市甲3亚型流感流行特征 与HA1基因特性的分析

目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况。 方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析。 结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异。上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株。 结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大。说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁。     

2009-2012年浙江省湖州市甲3亚型流行株基因特性分析

目的 分析2009-2012年湖州市甲3亚型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征。 方法 选择浙江省湖州市2009-2012年流感流行期间分离的甲3亚型代表株11株,提取病毒RNA,扩增HA1和NA基因,进行序列测定,用MegAlign软件分析处理。 结果 湖州市近几年甲3亚型流感流行株在HA1区的核苷酸长度均为987 bp,编码329个氨基酸;在NA区的核苷酸长度为1362 bp,编码454个氨基酸。2009-2012年甲3亚型流感病毒分离株HA1区与NA区的氨基酸同源性分别在94.7%～99.9%与96.2%～100.0%之间,HA1区的变异较NA区更大。4个流感流行期分离的甲3亚型流感毒株相比HA和NA发生了多个氨基酸位点的替换。此外,近几年来世界卫生组织推荐的甲3亚型流感疫苗株与当年的流感流行株之间存在一定的差异。 结论 2009-2012年湖州市甲3亚型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制。     

2004年冬季北京患儿中低滴度甲3型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2004年流感流行季节北京地区流感样病患儿患者分离的低滴度甲3型流感病毒血凝素（HA1）基因的特性。方法用2004年流感流行季节分离的22株低滴度甲3型流感病毒提取病毒RNA，经RT．PCR扩增得到HA1区基因片段。用生物信息软件分析HA1区基因特性。结果扩增的血凝素HA1区基因均为987bp。22株HA1氨基酸序列与当年的疫苗参考株比较，发现氨基酸变异，变异位点在3个抗原决定簇（A、B、D）和受体结合部位的位点，提示本流行季节的流感病毒变异较大，与世界卫生组织推荐2005年疫苗参考株比较，与南半球参考株有2个抗原决定簇（A、D）的氨基酸存在不同，与北半球参考株无明显差异。还发现1株变异，在高保守受体结合部位的底部98位氨基酸也发生了变异。结论2004年冬季流感流行株的变异倾向值得密切关注。     

2020-2021年广西Victoria系乙型流感病毒的抗原性及基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区（广西）2020—2021年度B/Victoria(Bv)系流感病毒的抗原性及基因特征。方法 选取广西2020—2021年分离的36株Bv系流感毒株进行全基因组测序,并对血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行序列拼接和基因特性分析。同时采用血凝抑制实验进行抗原性分析。结果 2020—2021年广西分离的Bv系流感病毒与WHO推荐的疫苗株B/Washington/02/2019相比,HA和NA基因的核苷酸同源性分别为99.1%～100.0%和99.1%～99.9%。系统进化树分析发现这36株Bv系流感毒株均属于1A(?3)B分支,与疫苗株属于同一分支,但广西毒株又进一步分为两个小分支。抗原性分析显示这两个小分支没有明显差异,均为疫苗株的类似株。氨基酸变异位点分析发现,HA蛋白携带R133G、N150K、N197D的氨基酸突变,变异涉及3个抗原决定簇。NA蛋白的酶活位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生突变。结论 2020—2021年度广西流行的Bv系流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗株的组分匹配但存在持续变...     

2009-2010年浙江省宁波市乙型流行性感冒的流行与人群抗体水平变化

目的 了解2009-2010年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒的流行特征及人群对乙型流感的抗体水平变化。 方法 从流感监测哨点医院采集患者标本进行流感病毒分离及疫情监测,于2009年7月和2010年3月底2次采集宁波市正常人群血清,用微量血凝抑制法进行乙型流感抗体检测。 结果 在2009-2010年期间乙型流感的Victoria系毒株比较活跃,共出现2次流行的高峰期,且从2009年6月起血凝素基因出现了新变异株。人群血清抗体水平检测结果,2009年7月采集的标本阳性率为42.12%,而2010年3月底采集的标本为51.11%。 结论 2009-2010年Victoria系乙型流感的流行与毒株的血凝素基因变异有关。从2009年7月至2010年3月底,人群对Victoria系乙型流感的抗体阳性率有明显的增高。     

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.     

2009-2011年江西省流行性感冒监测分析

目的 了解江西省流行性感冒(流感)流行特征,探讨流感病毒流行亚型的变化,为流感防制提供参考依据。 方法 采用2009年9月至2011年9月江西省流感监测哨点医院监测的流感样病例(ILI)以及网络实验室对哨点医院采集标本的核酸检测结果,从中国流感监测信息系统导出相关数据,通过统计ILI就诊百分比(ILI%)、ILI年龄构成、ILI采样标本检测的阳性率及亚型构成等指标来进行分析。 结果 哨点医院共监测ILI 167 346例,ILI%平均为3.74%,并且在春秋季分别出现峰值;网络实验室共检测哨点医院采集的标本12 778份,阳性率为25.76%,其中A(H1N1)占53.24%,A未分型占23.46%,B型占21.45%,季节性H3型占1.82%,季节性H1型占0.24%,混合型占0.09%。 结论 在近3年的监测中,流感存在明显的春秋季流行的周期性特点,且在流行峰值出现的时候,存在某些亚型会成为流行亚型,新甲型H1N1在流行后期的偶尔活跃可能会导致季节性流感的流行优势株构成发生一些微弱的变化,但是B型流感无论是在流行季节还是非流行季节都存在一定的阳性比例。     

2007-2009年广东省深圳市龙岗区流感监测分析

目的分析广东省深圳市龙岗区流感监测结果,为制定流感防控策略提供参考。方法对2007-2009年流感样病例的流行病学监测、病原学监测、职业暴露人群人禽流感血清抗体监测、重点人群血清抗体监测等资料进行分析。结果 2007-2009年龙岗区监测流感样病例78 650例,占监测就诊病例总数的7.29%;流感样病例主要集中在0～及5～岁年龄组,占79.92%;全年均有病例发生,主要集中在4-8月,占55.89%;3年间共分离出流感病毒毒株316株,阳性率为16.89%(316/1871);其中季节性流感A型25株、B型60株,甲型H1N1流感183株。3年共发生流感暴发疫情126起,累计发病例数1381例;暴发时间多在6-7月及9-11月,占总暴发疫情数的78.57%,流感暴发疫情主要发生在中、小学校,占80.95%;病原学检测2007年以A型流感病毒(60.00%)为主,2008年以B型流感病毒(57.58%)为主,2009年8月后以甲型H1N1流感病毒(56.96%)为主。结论龙岗区2007-2008年季节性流感发病相对平稳,未发生较大规模的暴发流行,2009年8-11月甲型H1N1流感较为活跃。     

Zanamivir, at 600 milligrams twice daily, inhibits oseltamivir-resistant 2009 pandemic H1N1 influenza virus in an in vitro hollow-fiber infection model system

In 2009, a novel H1N1 influenza A virus emerged and spread worldwide, initiating a pandemic. Various isolates obtained from disparate parts of the world were shown to be uniformly resistant to the adamantanes but sensitive to the neuraminidase inhibitors oseltamivir and zanamivir. Over time, resistance to oseltamivir became more prevalent among pandemic H1N1 virus isolates, while most remained susceptible to zanamivir. The government has proposed the use of intravenous (i.v.) zanamivir to treat serious influenza virus infections among hospitalized patients. To use zanamivir effectively for patients with severe influenza, it is necessary to know the optimal dose and schedule of administration of zanamivir that will inhibit the replication of oseltamivir-sensitive and -resistant influenza viruses. Therefore, we performed studies using the in vitro hollow-fiber infection model system to predict optimal dosing regimens for zanamivir against an oseltamivir-sensitive and an oseltamivir-resistant virus. Our results demonstrated that zanamivir, at a dose of 600 mg given twice a day (Q12h), inhibited the replication of oseltamivir-sensitive and oseltamivir-resistant influenza viruses throughout the course of the experiment. Thus, our findings suggest that intravenous zanamivir, at a dose of 600 mg Q12h, could be used to treat hospitalized patients suffering from serious infections with oseltamivir-sensitive or -resistant influenza viruses.     

Susceptibilities to rimantadine of influenza A/H1N1 and A/H3N2 viruses isolated during the epidemics of 1988 to 1989 and 1989 to 1990.

Clinical isolates of influenza A viruses identified during outbreaks in two winters were tested for their rimantadine susceptibilities by an enzyme-linked immunosorbent assay modified from that described previously by Belshe et al. (R. B. Belshe, B. Burk, F. Newman, R. L. Cerruti, and I. S. Sim, J. Virol. 62:1508-1512, 1988). The infectivity titer and the 50% inhibitory concentration of rimantadine were calculated for each virus. Of 105 influenza virus A isolates tested, 28 influenza A/H1N1 isolates from the 1988 and 1989 outbreak and 77 influenza A/H3N2 isolates from the outbreak in following year, were susceptible to the antiviral action of rimantadine.     

2007年四川省流感监测分析

目的　了解四川省流感流行状况,为制定流感防制策略提供依据。 方法　用鸡胚和犬肾传代细胞分离病毒,用血凝抑制试验鉴定毒株。通过国家疾病监测信息报告管理系统、突发公共卫生事件报告管理信息系统和流感/人禽流感专报系统收集四川省流感及流感样病例（ILI）监测资料,对其流行病学、病原学以及流感暴发疫情监测结果进行分析。 结果　四川省ILI逐年减少,没有明显的就诊高峰。共报告流感暴发疫情9起,主要在3-4月,以农村中小学为主。在879份ILI标本中共分离到流感毒株100株, 分离率11.38％。主要为H3型和B型, 分别占52%和45%。 结论　需要加强四川省流感监测和流感病毒抗原变异研究,同时加强农村中小学暴发疫情监测。