肠道病毒VP1基因定型巢式RT-PCR反应体系建立及评价

目的建立一种快速、灵敏、特异的肠道病毒VP1基因分型巢式RT-PCR检测方法。方法根据Gen Bank发表的肠道病毒全基因组序列,收集国内外文献,将文献中用于测序分型的引物进行总结分析,在其VP1区设计并合成巢式RT-PCR引物,优化PCR反应条件,建立检测肠道病毒基因分型的巢式RT-PCR方法。将200株肠道病毒通用阳性,EV71、CA16阴性的临床标本及阴性对照、EB病毒、登革热病毒、流感病毒、腺病毒用该方法进行巢式RT-PCR扩增,随机选择30例PCR产物进行测序,明确本区肠道病毒流行基因型。结果 200份临床病例样本巢式RT-PCR扩增,124例有准确PCR扩增条带,阳性率为62%;阴性对照、EB病毒、登革热病毒、流感病毒、腺病毒均未扩增出条带;23例测序成功,7例比对失败,其中检出16份CA6阳性,阳性率为69.5%,6份CA12阳性,阳性率为26.1%,1份CA10阳性,阳性率为4.3%。结论肠道病毒VP1基因分型巢式RT-PCR检测方法具有良好的灵敏度和特异度;本院就诊患儿肠道病毒基因型主要以CA6和CA12型为主。     

用RT—PCR快速检测血清中的登革热病毒及分型

目的：检测血清中的登革热（DF）病毒．并进行分型研究。方法：采用SiO2快速提取DF病毒RNA，用通用引物（D1～D4型）RT－PCR扩增方法，检测广东省1995年55份疑似DF患者急性期（1～7天）血清标本中的DF病毒RNA，并与病毒分离法相比较。结果；病毒分离阳性率为49．09％，RT－PCR的检出率为38．18％，敏感性为77．78％，特异性为100％，符合率为89．09％，两者差异无显著性（X2＝2．08，P＞0．05）。用通用引物扩增D1～D4型标准毒株和标本，出现511bp的扩增带，乙脑病毒不出现扩增带。用HinfⅠ、HaeⅢ、HincⅡ和Sau3aⅠ等4种限制性内切酶，对D1～D4型标准毒株的RT－PCR产物进行酶切分型，用琼脂糖电泳，结果HinfⅠ和HaeⅢ对D1～D4型均能酶切，Sau3aⅠ能酶切D1～D3型，HincⅡ能酶切D1和D4型。根据两种或以上的酶切结果，可以对DF病毒的型别作出鉴定。用这4种酶对5份标本进行酶切分型，结果与D1型标准毒株的电泳带型相同。结论：用本方法检出DF病毒的RNA仅需5～6小时，在2天内可以鉴定出型别，是诊断DF病毒感染的一种快速简单的方法。     

多重逆转录-聚合酶链反应快速检测登革病毒及其临床应用

目的 建立登革1～4型病毒的多重逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)快速检测及分型方法。方法 参照登革1～4型病毒核酸序列设计多重RT-PCR引物，并检索国际基因序列数据库初步验证其特异性，随后对PCR反应条件进行优化，以同属于黄病毒科的黄热病毒、流行性乙型脑炎病毒为对照，验证其特异性。并对2003年30份临床疑似登革患者血清标本进行了检测，阳性片段克隆测序验证扩增片段特异性。结果 采用多重PCR引物对登革1～4型病毒进行扩增，分别获得295、237、118、347bp片段，与设计相符；而黄热病毒及流行性乙型脑炎病毒均无非特异性扩增条带，对引物的相关性实验结果表明引物之间不会因相互干扰而出现假阳性结果，30份疑似患者血标本RT-PCR扩增阳性率为83．3％(25／30)，其核酸序列与登革1型病毒柬埔寨株以及中国1997、1999年流行株GD14／97、G1305／99同源性分别为97％、97％、98％。结论 实验证明，所建立的多重PCR方法能够快速地检测和鉴定登革1～4型病毒，为登革病毒的检测及分型提供了一种方便易行的方法。     

巢式PCR方法在快速检测新生儿败血症病原菌中的应用

目的探讨巢式聚合酶链反应(PCR)方法在快速检测新生儿败血症病原菌中的应用价值。方法以细菌16S rRNA基因为扩增靶序列,设计一对所有细菌通用引物和一对革兰阴性菌特有引物,用巢式PCR方法扩增已知病原菌,检测其特异性。用巢式PCR方法和培养法同时检测新生儿败血症血液,对2种方法的检测结果进行比较分析。结果已知实验菌株经通用引物扩增后均获得920 bp产物,革兰阴性菌经革兰阴性菌特有引物扩增后获得353 bp产物,而革兰阳性菌、人类基因组DNA、巨细胞病毒和白色假丝酵母菌无相对应产物。2种方法检测病原菌革兰分型吻合度一致,但巢式PCR方法阳性率高。结论巢式PCR方法检测新生儿败血症病原菌,具有快速、敏感度高等优点,并能对病原菌进行革兰分型,具有一定的实用价值。     

多重巢式PCR应用于1起聚集性发热疫情的病原诊断

目的增强实验室对突发发热疫情的快速诊断能力,完善、优化聚集性发热的病原检测方法。方法采用多重巢式PCR扩增法,对1起聚集性发热疫情样本进行病原筛查,同时对扩增产物测序,进行BLAST比对,进行血清型分型,比较不同引物的扩增效果。结果采集7份病例咽拭子标本,以呼吸道病毒核酸多重联检试剂盒进行14种病毒筛查,其中4份为腺病毒阳性,阳性率为57.1%。采用3组巢式引物进行扩增,腺病毒阳性样本6份,均为腺病毒3型;测序成功的5株核苷酸、蛋白质序列同源性均为100.0%。第3组巢式引物扩增、分析效果较好,阳性率为71.4%。结论成品试剂盒可进行不明原因发热疫情的病原筛查;多重巢式PCR扩增法可增加病毒检出率,对病毒分型和序列分析。     

登革病毒实时荧光PCR快速检测技术研究

目的建立Taqman MGB实时荧光PCR技术快速检测登革病毒。方法利用Taqman MGB技术,根据登革病毒3′端非编码区的一段高度保守序列,设计登革1~4型荧光PCR通用引物和TaqmanMGB探针,以登革热毒株作为标准,以乙脑毒株作对照,建立实时荧光PCR检测登革病毒的快速方法。并对8份ELISA法检测阳性的临床血清标本进行RT-PCR及荧光PCR扩增。结果RT-PCR检测8份临床血清标本,2份阳性,阳性率为25%。实时荧光PCR检测登革病毒cDNA灵敏度为0.17pg/μl,病毒液灵敏度为10-5TCID50,与乙脑病毒无交叉反应,检测8份临床血清标本,5份阳性,阳性率为62.5%。从RNA提取到检测结果仅需4h。结论Taqman MGB实时PCR检测方法快速、敏感性高、特异性强,可作为登革病毒的快速检测方法,应用于登革热的临床早期诊断。     

TaqMan荧光定量RT—PCR快速检测西尼罗病毒的研究

目的建立特异、快速、灵敏的TaqMan实时荧光定量聚合酶链反应（TaqMan—based Real—timePCR）用于西尼罗病毒（WNV）核酸检测，为WNV的感染诊断和流行病学监测奠定技术基础。方法根据文献公开发表的WNV核酸检测引物和TaqMan探针，优选最佳引物探针。应用DNAWorks2．4在线软件设计8条寡核苷酸片段，基于PCR合成包含引物探针扩增区域的230个核苷酸作为WNV模拟核酸。并对TaqMan-based Real—timePCR条件进行优化，验证该方法的特异性、灵敏度。结果该方法对WNV核酸检测有高度特异性，与流行性乙型脑炎、登革热1～4型等虫媒病毒均无交叉反应，对构建的DNA检测灵敏度达100拷贝／反应。结论TaqMan—based Real—timePCR是一种快速检测WNV特异、敏感的方法，适用于WNV的早期感染诊断和流行病学监测。     

宁波登革热患者血清病毒分离及其E/NS基因片段序列分析

目的：从病人血清中分离登革热病毒，分析其与国际不同地区流行代表毒株之间的遗传关系。方法：利用C6／36细胞培养方法从早期病人血清中分离登革热病毒，利用RT—PCR方法进行鉴定，扩增E／NS基因片段并测序，将结果与GENBANK中其他登革热1型病毒E／NS基因片段的240bp核苷酸进行比较，用计算机软件分析结果。结果：从早期病人血清中分离到两株登革热1型病毒，其核苷酸片段与亚洲流行株系的GD0599、GZ80、Djibouti和Taiwan87的同源性较高，分别为99．6％、97．5％、95．4％和95％。结论：引起此次宁波登革热疫情的登革热1型病毒属于亚洲株系。     

福建省登革病毒感染的型别鉴定

[目的]应用RT－PCR方法鉴别福建省登革热感染及型别的判断。[方法]从血清中提取病毒RNA，行RTPCR，再用型特异性引物扩增出特异性片段，电泳后观察判断其型别。[结果]从6份早期病人血清扩增出4份登革热2型特异性条带。[结论]该方法可用于登革热感染的鉴别诊断并判断其血清型。     

诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan～MGB探针，调整引物、探针浓度，优化最佳反应条件，建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系，进行灵敏度、特异性、稳定性试验，以评价反应体系，并与引物P289／P290常规RT—PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测时限短，仅1h就出结果；最低检出下限为100拷贝/mL，比引物P289／P290常规RT—PCR灵敏度高100倍；与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应；4份核酸含量不同的标本重复检测5次，平均G值变异系数范围0．96％-2．27％。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好。可应用于突发公共卫生应急检测，提高快速检测能力。     

应用多重PCR技术快速鉴定登革病毒

目的建立一套应用多重PCR技术快速分型鉴定4种血清型登革病毒的方法。方法用随机引物将1~4型登革病毒RNA逆转录成cDNA,再将4对登革病毒型特异性引物同时加到一个反应管中进行多重PCR扩增,根据扩增片段的大小判断血清型,并用2004年收集的登革热病人血清标本验证新建立的方法。结果同时用4对登革病毒型特异引物进行多重PCR,1~4型登革病毒标准毒株相应扩增的片段大小分别为391、319、216和152bp,与预期的扩增片段大小相符。2004年4份登革热病人血清标本扩增的片段大小均为391bp,属1型登革病毒。结论新建立的方法是一种特异、快速的登革病毒分型鉴定方法。     

TaqMan荧光定量PCR检测1型登革热病毒及临床应用

目的建立登革热1型病毒（DV1）TaqMan荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床诊断。方法根据DV15′端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan探针。用4个血清型DV标准毒株为对照,收集40份DV1临床血清为检测标本。通过对DV1标准毒株RT-PCR后,采用体外转录方式获得RNA模板作为阳性对照,检测所建立TaqMan荧光定量PCR方法的特异性。取DV-IgM/IgG用ELISA检测患者血清,将TaqMan荧光定量PCR和DV-IgM/Ig GELISA进行敏感性比较。结果所建立方法的最低检测限约为每反应10个基因拷贝。发病后不同时间采集的登革热患者血清标本检测结果为：发病1～3d的患者RT-PCR阳性检出率最高（81.25%）;4～6dELISA-IgM检出率最高（85.00%）;7d后ELISA-IgG检出率最高（75.00%）。结论在登革热的早期诊断中建立的RT-PCR具有较高的敏感性、特异性和重复性,可作为DV1的快速诊断方法。     

TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测登革1、2型病毒

目的 建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT—PCR方法用于检测登革1、2型病毒核酸，并初步应用于登革热的临床标本检测。方法 根据GenBank登录的登革热毒株序列。应用生物学软件进行序列比对，分别在登革病毒1型的NS5基因和2型的C基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针。对荧光定量RT—PCR反应条件进行优化，验证该方法的特异性、灵敏度和稳定性。同时对疑似登革热病例血清标本进行检测。结果 该方法对登革1、2型病毒的检测有高度的特异性，与登革病毒的4个血清型之间以及流行性乙型脑炎病毒、肾综合征出血热病毒等均无交叉反应，检测的灵敏度均达0．1TCID50，可从疑似登革热病例血清标本中直接检测登革病毒核酸，从病毒核酸提取至完成检测仅需3h左右。结论 本研究建立的TaqMan荧光定量RT—PCR是一种快速检测登革1、2型病毒特异、敏感的方法，适用于临床早期诊断。     

一种无RNA纯化步骤TaqMan RT—PCR方法用于快速检测登革病毒

目的 建立一种简便、快速的登革病毒核酸检测方法。方法 设计合成LNA探针，替代MGB探针，建立一步法TaqManRT—PCR方法，并用已知的登革病毒标准毒株进行方法的优化；用商品化的纯化试剂盒和简单的热释放法获取登革病毒细胞培养液和模拟含登革病毒血清中RNA。以优化的TaqManRT—PCR方法进行检测，比较有或无RNA纯化步骤检测的敏感性和重复性。结果 LNA探针TaqMan RT—PCR有较好的PCR扩增效率（104％）、较广的线性范围（10^0-10^-7样品稀释度）、较高的敏感性（0．003TCID50／反应）和较好的重复性（CV值小于4．53％），新方法检测经简单热释放RNA的细胞培养液和模拟含登革病毒血清中登革病毒也有较高的敏感性（0.03TCID50／反应）和较好的重复性（CV值小于6．36％）。结论 新型LNA探针可替代MGB探针用于TaqMan RT—PCR反应。简便的热释放RNA方法结合高敏感性的TaqMan RT—PCR可满足登革病毒快速检测的需要。     

登革1型病毒荧光定量PCR快速检测

目的建立登革1型病毒的快速特异的荧光定量PCR检测方法。方法设计登革1型病毒特异的引物和TaqMan探针,制作标准曲线,并检测其特异性、重复性、再现性和敏感性,采用荧光定量PCR和常规PCR对临床标本进行检测比较。结果成功构建了标准曲线,回归方程为Y=-3.410logX+45.10,相关系数R2=0.999,扩增效率Eff=96.5%,灵敏度可达103 copies/mL,此荧光定量PCR方法对登革1型病毒检测高度特异,与其他3型登革病毒和乙型脑炎病毒之间并无交叉反应;采用登革病毒种特异引物探针和本研究建立的登革1型病毒型特异引物探针对166份cDNA样本进行荧光定量PCR检测,均发现126份为阳性,阳性率均为75.9%,Ct值为20.84～36.36,浓度范围为1～1.3×104copy/μL;常规PCR方法检测到其中36份为阳性,阳性率为21.7%。结论荧光定量PCR方法能够快速灵敏地检测登革1型病毒,并能实现对病毒滴度的绝对定量。     

6种虫媒病毒微孔膜芯片检测方法的研制与应用

目的研制能同时检测6种口岸重要虫媒病毒的微孔膜芯片。方法针对包括1—4型登革病毒、乙型脑炎病毒、西尼罗病毒、黄热病毒、基孔肯雅病毒和裂谷热病毒等6种虫媒病毒,选择合适的保守基因,设计特异性的PCR引物（5’端标记生物素）和检测探针,通过参数优化建立单管多重RT—PCR扩增体系;然后按每个阵列5X5的格式,并确保点样区域为96孔板的微孔大小,将探针喷点到处理后的尼龙膜上,通过条件优化建立稳定的PCR产物与固化探针的杂交体系;采用碱性磷酸酯酶标记链亲和素和化学显色底物NBT／BCIP来检测特异性的PCR杂交产物。选取2012年1—6月份从口岸输入的疑似登革热发热病例的临床血清标本,提取RNA后,直接采用本研究建立的微孔膜芯片进行未知虫媒病毒的快速检测。结果用1～4型登革病毒、乙型脑炎病毒、西尼罗病毒和基孔肯雅病毒等7种毒株、1种黄热病毒疫苗株和1种裂谷热病毒核酸体外转录的RNA模板验证已建立的微孔膜芯片,获得比较特异和稳定的实验结果。应用该研究建立的方法,从3份疑似登革热发热病例的临床血清标本中检出了1例登革1型病毒和2例登革2型病毒,与实时荧光PCR检测结果相符。结论该研究建立的6种虫媒病毒微孔膜芯片检测方法,具有快速、准确、自动化和高通量等特点,为快速应对口岸输入性发热病例提供了非常有价值的检测手段,也为进一步开发更多指标的病原体检测方法提供良好的示范作用。     

一种无RNA纯化步骤TaqMan RT-PCR方法用于快速检测登革病毒

目的 建立一种简便、快速的登革病毒核酸检测方法.方法 设计合成LNA探针,替代MGB探针,建立一步法TaqMan RT-PCR方法,并用已知的登革病毒标准毒株进行方法的优化;用商品化的纯化试剂盒和简单的热释放法获取登革病毒细胞培养液和模拟含登革病毒血清中RNA,以优化的TaqMan RT-PCR方法进行检测,比较有或无RNA纯化步骤检测的敏感性和重复性.结果 LNA探针TaqMan RT-PCR有较好的PCR扩增效率(104%)、较广的线性范围(10 0～10-7样品稀释度)、较高的敏感性(0.003TCID50/反应)和较好的重复性(CV值小于4.53%),新方法检测经简单热释放RNA的细胞培养液和模拟含登革病毒血清中登革病毒也有较高的敏感性(0.03TCID50/反应)和较好的重复性(CV值小于6.36%).结论 新型LNA探针可替代MGB探针用于TaqMan RT-PCR反应,简便的热释放RNA方法结合高敏感性的TaqMan RT-PCR可满足登革病毒快速检测的需要.     

肠道病毒TaqMan荧光定量RT-PCR法快速检测

目的建立一种特异、灵敏、快速的荧光定量RT-PCR方法检测肠道病毒核酸,应用于暴发疫情的实验室应急检测。方法根据GenBank登录的肠道病毒基因序列,应用生物学软件进行序列比对,在肠道病毒基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针;对荧光RT-PCR反应条件进行优化,验证方法的特异性和灵敏度。同时对疑似肠道病毒感染者的临床样本进行检测。结果该方法对肠道病毒的检测有高度的特异性,可检出脊髓灰质炎、柯萨奇和埃可等肠道病毒,与腮腺炎、麻疹、风疹、乙型脑炎等病毒均无交叉反应。检测的灵敏度达0.1病毒效价滴定（TCID50）;可直接从疑似肠道病毒感染者的脑脊液、疱疹液和粪便等标本中检测肠道病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右。结论所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR是一种快速检测肠道病毒特异、敏感的方法,适用于由肠道病毒感染引起的应急疫情的实验室早期诊断。