基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

基于AFLP分子标记的我国不同生态栽培产区枸杞资源遗传多样性分析

目的 利用荧光标记辅助的扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）技术，从基因组DNA水平上分析我国6个栽培生产区域52份枸杞Lycium chinense样本的遗传多样性。方法 对提取的枸杞DNA样本进行酶切、连接、预扩增和选扩增等步骤，扩增产物经毛细管电泳系统分离和数据采集后，利用Popgene软件计算遗传多样性参数，利用GenAlex软件计算遗传距离并进行主坐标分析，利用MEGA-X软件根据遗传距离进行聚类分析，利用Structure软件进行群体遗传结构分析。结果 共筛选得到10对AFLP选择性扩增引物组合，扩增得到328条扩增片段，其中多态性片段121条，且在不同产地枸杞居群间多态性位点分布不均匀。分析显示不同栽培产区枸杞的遗传多样性较低，等位基因数（observed number of alleles,Na）、有效等位基因数（effective number of alleles,Ne）、观测杂合度（Nei’s gene diversity,H）和香浓信息指数（Shannon information index...     

罗汉果遗传多样性与群体结构及核心种质研究

目的 分析罗汉果Siraitiagrosvenorii种质遗传基础，以为其资源保护、品种改良和性状遗传结构解析提供依据。方法 采用SSR荧光分子标记对325份罗汉果及其近缘物种资源进行亲缘关系鉴定，并且进一步分析罗汉果遗传多样性、群体结构和构建其核心种质。结果 优选出的15对SSR荧光引物共检测到185个等位基因（平均为12.33个），平均香农信息指数（Shannon’s information index,I）为1.67，多态性信息含量指数（polymorphism information content,PIC）≥0.54;325份种质亲缘关系聚类在遗传距离0.95附近被划分为赤瓟、翅子罗汉果和罗汉果3个亚群，其中罗汉果亚群发现大量几乎无遗传差异个体，共鉴别获得140份具遗传差异的罗汉果初级核心种质。这些初级核心种质遗传分化系数（genetic differentiation coefficient,FST）为0.140，群体间、群体内、个体内遗传变异分别占总变异的14.0%、19.0%和67.0%，野生、地方和栽培种平均遗传距离分别为0.802 1、0.576 8、0.422 0...     

山东同一种植基地不同形态栝楼的遗传多样性和亲缘关系研究北大核心CSCD

目的:探讨山东同一种植基地不同形态栝楼的遗传多样性和亲缘关系。方法:用8对随机引物对同一种植基地原植株形态具有明显差异的栝楼进行RAPD分析。采用Biosens Gel Imaging System软件对RAPD扩增条带进行检测,并绘制指纹图谱。以NTSYS-pc软件系统计算7个样品的遗传相似系数,进行聚类分析。结果:8对引物共扩增出56条带,32条多态性条带。7个栝楼样品之间RAPD条带多态性高,遗传多样性丰富。聚类图显示不同样品间的亲缘关系具有一定的差异。结论:同一种植基地的栝楼具有相似的遗传物质基础,但也存在明显的个体差异。     

金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile居群间的遗传多样性及遗传分化关系。方法 基于引物结合位点间扩增（inter-primer binding site，iPBS）分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析，并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱。数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱，采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数。结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带，多态性条带为143条，多态条带百分率（percentage of polymorphic bands，PPB）为90.51%；在遗传距离0.70处，35份种质分为7大类群，居群在分子水平上出现明显分化；遗传相似系数（genetic similarity coefficient，G_s）变化范围为0.559 0～0.975 9，变幅为0.416 9；平均观测等位基因数（observed number of alleles，N_a）、平均有效等位基因数（effective number of alleles，N_e）、Nei’s基因多样性指数（Nei’s gene diversity index，H_e）、Shannon多样性信息指数（Shannon information index，I）分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2，居群间存在丰富遗传多样性；基因多样度（total genetic diversity，H_t）、各居群基因分化系数（gene diversity within population，H_s）、居群间遗传分化系数（coefficient of gene differentiation，G_st）分别为0.299 8、0.214 9、0.283 0，居群间遗传变异占总变异的28.30%，居群内的遗传变异占总变异的71.70%，遗传变异主要来源于居群内部；基因流（gene flow，N_m）为1.266 5，居群间存在较高水平的基因交流。引物2219和2399可单独鉴别出35份种质，试验基于引物2399的“0，1”矩阵构建35份种质的指纹图谱，此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考。结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富，总变异主要来源于居群内变异，居群间存在较高水平的基因交流。揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性，为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础。     

石斛属植物遗传多样性的简单重复间系列分析

目的 研究我国石斛属植物间的亲缘关系.方法 从55个ISSR引物中筛选出14个多态性好的引物对石斛属(Dendrobium)植物基因组DNA进行简单重复间序列(ISSR)分析.利用POPGENE32软件计算ISSR扩增产物的Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I),标记系统的有效等位基因数(effective number of alleles, NE).应用NTSYS(3.0)软件计算Nei's遗传距离和遗传相似系数.按照非加权平均距离法(UPGMA)构建聚类关系图.结果 14条引物共扩增出123条带,多态性带112条,约占总数的91.06%,平均每个引物扩增的DNA带数为8.79条.Nei's基因多样性指数(H)为0.351 9,Shannon信息指数(I)为0.528 2,有效等位基因数(NE)为1.594 5,种间的相似系数介于0.090 9～0.695 7,平均为0.377 9.结论 我国石斛品种的遗传基础比较丰富,ISSR分子标记构建的亲缘关系树状图与经典分类系统基本一致.     

籽用栝楼遗传多样性研究

目的分析不同来源籽用栝楼资源的遗传多样性。方法应用SRAP分子标记技术并结合ITS序列分析对11份籽用栝楼资源30个样本进行遗传特征研究,并分别应用mega 5.0和NTSYS-pc 2.1软件对ITS序列及SRAP扩增条带进行聚类分析。结果栝楼与双边栝楼ITS序列存在稳定的碱基差异;15对SRAP分子标记引物扩增得到清晰条带165条,其中多态条带136条,多态率为82.4%,聚类结果显示在相似度为0.18时栝楼与双边栝楼资源分为2大类群,双边栝楼来源的主栽品种遗传相似度较大,在相似度为0.90时分为3个分支。结论籽用瓜蒌来源品种多样,主要来源于双边栝楼,且各地栽培资源遗传差异较小。     

基于ISSR的野生和栽培的褐苞薯蓣遗传多样性分析

目的 研究广山药的来源植物褐苞薯蓣种质资源遗传多样性、亲缘关系，为褐苞薯蓣遗传差异的评定及优良种质资源的筛选提供分子水平的参考依据。方法 采用ISSR（简单序列重复区间）分子标记技术对不同居群褐苞薯蓣104份样品进行遗传多样性分析。结果 从150条引物中共筛选出9条引物，其中包含通用引物7条，自设引物2条；9条引物109个样品扩增出总条带106条，其中多态性条带为104条，多态性比率为98.11%，等位基因数（Na）为1.9811，有效等位基因（Ne）为1.6357，Nei??s基因多样性指数（h）为0.3675，Shannon??s信息指数（I）为0.5439，说明褐苞薯蓣整体遗传多样性水平较高；通过比较野生样品居群和栽培样品居群的Na值、Ne值、H值、I值，发现野生居群样品比栽培居群样品具有更高的遗传多样性。遗传距离和聚类分析结果表明遗传距离与地理距离具有一定的相关性；野生品和栽培品之间存在遗传差异。结论 ISSR分子标记方法能用于褐苞薯蓣种质资源的遗传多样性分析及遗传分化的分析，本研究结果能为褐苞薯蓣的相关分子生药学研究提供科学依据。     

基于ISSR的栝楼遗传多样性分析

目的对栝楼的遗传多样性进行分析,旨在为栝楼的遗传育种中亲本的组配奠定基础。方法采用ISSR分子标记法对采自不同种植地区的34份栝楼种质进行多态性和聚类分析。结果不同种植地区的栝楼的遗传多态性可达90.0%;根据ISSR聚类结果可将34份栝楼种质分为食籽用型、药食两用型和野生型3大类群。结论栝楼种质之间存在着较高的遗传多样性,与种植地区没有相关性。     

青钱柳种质资源SCoT分子标记遗传多样性分析＊

目的 采用SCoT分子标记技术评价青钱柳的遗传多样性。方法 采集广西、湖南、湖北、江西、安徽和贵州6省22个居群共176份样本，对不同居群青钱柳的遗传多样性进行研究。结果 筛选出了5条引物，并对176个样品进行PCR扩增，扩增出总条带数69条，其中多态性条带数69条，多态性百分比（PPB）为100%。有效等位基因（Ne）为1.4912，Nei''s基因多样性指数（H）为0.3017，Shannon''s信息指数（I）为0.4662，种质间基因分化系数（Gst）为0.3742，基因流（Nm）为0.8362。NTSYS聚类分析结果表明，地域和种质是影响青钱柳样品间遗传相似度的重要因素，同一种质、同一地域的样品亲缘关系更为接近。结论 不同的青钱柳居群遗传多样性丰富，其中广西桂林全州县野生和广西柳州三江县栽培的遗传多样性最高，具有很高的进化潜力。地域和种质（野生或栽培）是影响青钱柳各居群间亲缘关系的重要因素，除此之外，还有海拔、土壤、气候、水质、光照、甚至微生物等因素互相叠加，共同对青钱柳产生影响，从而造成青钱柳种质资源的遗传多样性复杂多样。该结果为青钱柳良种选育及质量评价提供科学依据。     

基于ISSR和SRAP分子标记的黄精种质遗传多样性研究

目的 研究黄精Polygonati Rhizoma居群遗传多样性,为黄精药材资源保护和新品种培育提供依据。方法 以4个居群22个种源47份黄精种质资源为材料,选用14条ISSR和11对SRAP分子标记进行多态性检测、遗传多样性比较和聚类分析,揭示黄精种质的遗传多样性及地理分布特征。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出186和142条清晰带数,其中多态性条带数分别为185和140,多态性比率（percentage of polymorphic bands,PPB）分别为99.46%和98.59%;遗传多样性分析显示,ISSR和SRAP标记下基因分化系数（G_st）分别为0.279 9和0.231 6,即黄精遗传变异主要发生在种群内,居群间基因流（N_m）分别为1.286 4和1.659 3,遗传相似系数在0.053 3~0.948 1和0.032 8~0.967 7。聚类结果显示,相同黄精药材基原种质聚在一起,ISSR和SRAP标记分别将黄精居群分为5和3大类群,且以ISSR标记的聚类结果更符合实际地域分布。结论 黄精种质遗传多样性丰富,ISSR和SRAP标记可适用于黄精亲缘性鉴定,研究结果可为黄精资源的保护和育种提供一定参考。     

野生白及资源遗传多样性的SRAP分析

目的对不同来源的野生白及遗传多样性进行分析,为白及种质的选育、保护和开发提供参考。方法以全国不同地区的50份野生白及样品为材料,利用序列相关多态性扩增(SRAP)分子标记技术进行遗传多样性分析,使用UPGMA法进行白及亲缘关系的聚类分析。结果利用筛选出的15对SRAP引物组合,50份样品扩增获得共117个条带,平均每个引物产生7.8个条带,其中多态性条带106条,多态性比率为90.60%。聚类结果表明供试50份白及样品的遗传相似系数为0.59～0.87,以遗传系数0.66为基准可以分成6大类。遗传距离最近的2份紫花白及分别来自云南丽江市2号和湖北京山县2号,其遗传距离与地理距离无直接关联。结论野生白及资源间存在较丰富的遗传多样性,且地理距离与遗传距离并无直接关联,SRAP技术可为白及的资源保护、品种选育提供理论依据,为白及后续开发利用提供参考。     

川明参种质资源遗传多样性的SRAP分析

目的利用SRAP分子标记技术对川明参Chuanmingshen violaceum种质资源进行遗传多样性研究,为不同来源的川明参亲缘关系及其优良种质资源的筛选提供依据。方法采集5个不同生态区域的63份川明参种质资源,利用SRAP分子标记构建其DNA指纹图谱,从分子水平检测其遗传多样性。结果 37对SRAP引物组合共得到374条扩增条带,其中有283条呈现多态性,占75.67%。供试材料的遗传相似系数的变化范围0.726 7~0.923 9,平均值为0.815 0,整个群体的遗传相似程度差异较大。基于SRAP的聚类分析可将63份材料完全分开,并划分为7类,聚类结果与材料的地理分布有一定关系,来源于阆中和金堂的材料多样性相对较为丰富。结论川明参种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异,SRAP分子标记是评价川明参资源遗传多样性的有效方法。     

薏苡种质资源的SRAP分子标记研究

目的对25个薏苡种质资源进行序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记研究。方法采用改良CTAB法提取的薏苡叶片基因组DNA为模板,利用优化的SRAP-PCR反应体系,从88对引物中筛选出6对理想的引物组合,对25个薏苡种质资源进行SRAP-PCR扩增。结果获得66条清晰可重复的多态性条带,多态率达93%,根据SRAP扩增结果,运用NTSYPC2.1分析软件计算各品种间的遗传相似系数,结果表明这些材料间的遗传相似系数在0.48~0.82。结论聚类结果发现,25个薏苡居群可分为4个类群。     

多花黄精遗传多样性和遗传变异规律研究

目的揭示多花黄精遗传多样性及地理分布特征。方法采用ISSR分子标记技术,对来自浙江、安徽、江西、福建、湖南、湖北6省20个种源118株多花黄精进行综合分析。结果 16条引物共扩增出130条清晰条带,其中多态性条带123条,平均多态百分率(PPL)为94.62%,种源内遗传多样性在33.85%～60.00%,平均Nei’s基因多样度(H_e)为0.1838,Shannon信息指数(I)为0.267 4,遗传分化系数(G_st)为0.529 3。UPGMA聚类分析显示,同一种源的种质基本上聚在一起,说明种源间的遗传分化大于种源内不同个体间的基因遗传分化;在遗传相似系数值等于0.61时可将118份种质聚为武夷山脉、武陵山脉和罗霄山脉、大别山脉、洞宫山脉和天目山脉4类。结论多花黄精具有丰富的遗传多样性,遗传变异与山脉密切相关,山脉之间的平原、水域隔离可能是导致群体间遗传分化的主要原因之一。研究结果对黄精种质资源保护、品种选育具有重要的理论价值与现实意义。     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。     

白木香种质资源ISSR标记的遗传多样性分析

目的 白木香Aquilaria sinensis是中国特有的、具有极高经济价值的珍稀濒危药用植物,由于人类对其自然资源的长期过度开发和生态破坏,白木香现仅有零星散生的野生资源,为更好地保护和利用白木香,现对其进行遗传多样性分析。方法 采集了中国14个地区的232份白木香样本,并利用ISSR标记对其进行遗传多样性评价。结果 ISSR标记具有较高的多态性（100%）,表明ISSR是检测白木香遗传多样性的有效方法。对所有样本进行遗传分析,在相似系数为0.71时,可将其聚为4个类群。期望杂合度（He）、Shannon’s信息指数（I）在XL群体中最高,而61.84%的遗传变异发生在群体之间。种群结构分析表明,14个种群能够按照区域和来源进行严格划分,说明种群间的基因交换很少。结论 白木香种源有较好的遗传多样性,但野生资源大幅减少,需加强白木香资源的保护、繁育和利用。     

基于简化基因组技术的啤酒花栽培种和野生种SNP位点开发及遗传结构分析

目的为揭示新疆啤酒花Humulus lupulus野生与栽培个体间的遗传关系、遗传结构及野生资源的遗传潜力。方法利用SLAF-seq简化基因组测序技术,对新疆20个野生个体和18个栽培个体的SNP位点进行了开发与鉴定。利用系统发育分析、群体遗传结构分析和主成分分析(principal component analysis,PCA)等方法,从基因组水平揭示了野生种与栽培种之间的遗传结构。结果结果表明,通过SLAF-seq测序共获得863 228个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有443 922个,共获得2 867 140个SNP位点。系统发育分析表明,野生个体和栽培个体整体上可各自分为2个聚类簇。总的Shanon-Wiener指数平均为0.397,其中野生个体为0.455,栽培个体为0.398;总的Nei多样性指数平均为0.249,其中野生个体为0.293,栽培个体为0.250。AMOVA分析表明,啤酒花的主要遗传变异主要来源于群体间,野生个体与栽培个体之间具有较大的遗传分化。结论新疆分布的野生啤酒花个体与栽培个体之间存在较大的遗传分化,但是野生啤酒花个体具有较高的遗传多样性,说明新疆啤酒花的野生资源具有较高的遗传育种潜力。     

基于SRAP分子标记的何首乌种质遗传多样性和群体结构研究

目的 探究何首乌Polygonum multiflorum种质的遗传多样性和居群结构,为何首乌种质资源的保护及合理利用提供参考。方法 采用SRAP分子标记方法,利用Structure 2.3.4、NTSYSpc、Popgen 32和MEGA 7软件对数据进行统计,获得何首乌居群的多样性水平、遗传距离、遗传分化程度、聚类结果和群体分析结果。结果 何首乌野生居群遗传多样性大于栽培居群,多样性主要来自居群间。野生居群中,四川和重庆居群的遗传多样性较高,何首乌样品间遗传距离与地理距离无明显相关性;何首乌样品的邻接法（neighbor joining,NJ）聚类结果与地理分布相符,相同采集点样品可聚在一起。结果还显示农户栽培品亲缘关系近,说明品种间存在相互引种情况。居群结构分析表明,大部分何首乌样品的血缘组成较为单一,且K=16时,样品分类效果最佳,而分类结果则与NJ聚类基本一致。结论 SRAP分子标记是何首乌遗传多样性估计和种群关系的有效分析工具,而地形复杂性可能是影响何首乌遗传多样性程度的重要因素,另外,广西所产棱枝何首乌在何首乌种群中表现出特异性,与其他种源遗传距离大,支持将其列为何首乌的...