应用表达谱芯片筛选增生性瘢痕形成的相关基因

目的应用基因芯片技术筛选增生性瘢痕组织的差异表达基因,探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片,检测增生性瘢痕和正常皮肤组织中基因的差异表达变化,筛选出差异表达基因,应用RT-PCR验证芯片结果;建立与增生性瘢痕形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果与正常皮肤组织相比,增生性瘢痕组织中发生显著性差异表达变化的基因有171个,其中上调99个,下调72个,涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论创面过度愈合形成增生性瘢痕是一个复杂的病理生理过程,受多种基因表达调控;差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了增生性瘢痕发生的分子生物学概貌,有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

家族遗传与非家族遗传性病理性瘢痕的基因芯片谱研究

目的应用cDNA微阵列(基因芯片)技术和生物信息学分析对家族遗传与非遗传性病理性瘢痕基因表达差异进行分析和研究。方法采集临床的遗传性与非遗传性病理性瘢痕样品各5例,将480种人类基因PCR产物制成微阵列表达谱芯片;提取瘢痕疙瘩和正常皮肤的总RNA,并纯化mRNA。等量的两种瘢痕组织的mRNA分别进行标记,合成,杂交,洗膜后,计算机扫描分析比较两种组织中差异表达的基因,并利用生物学数据库进行分析。结果遗传性瘢痕组织与非遗传性瘢痕组织相比,显著差异表达基因有65个,最后通过生物信息学分析确定29个差异表达基因,构成遗传性瘢痕与非遗传性瘢痕的差异表达谱。结论遗传性瘢痕的形成是复杂的病理生理过程,受多基因表达调控。进一步的研究将有助于揭示遗传性瘢痕形成机制以及针对遗传性瘢痕的治疗。     

病理性瘢痕中IGF2基因的表达及意义

目的 研究印迹基因胰岛素样生长因子2(IGF2)在病理性瘢痕中的表达及其意义,探讨异常瘢痕发生的分子机制.方法 应用人类基因表达谱芯片,检测增生性瘢痕和瘢痕疙瘩与正常皮肤组织中IGF2基因的差异表达情况.结果 IGF2基因在增生性瘢痕和瘢痕疙瘩中的表达分别为正常皮肤组织的5.67倍和27.87倍,与正常皮肤组织中该基因的表达差异有显著性.结论 印迹基因IGF2在病理性瘢痕中的异常表达,与病理性瘢痕的发生和发展关系密切,特别是在瘢痕疙瘩中的超量表达,可能与其细胞分裂增殖及类似于良性肿瘤的特性密切相关.     

应用表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因

目的：采用表达谱芯片对病理性瘢痕组织和正常人皮肤组织进行检测,筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织的差异表达基因,对差异表达基因数据进行Go和Pathway分析。结果：病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织相比,差异表达2倍以上基因5 001个,差异表达5倍以上基因956个,差异表达20倍以上基因144个。结论：病理性瘢痕组织与正常皮肤组织在基因表达上,存在显著差异。病理性瘢痕的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的,基因通路间呈网络样动态连接。     

肺癌相关基因的表达谱研究

目的：通过研究人肺癌组织和正常组织中差异表达的基因,寻找肺癌相关基因以用于肺癌的诊断和治疗。方法：以包含４０９６个ｃＤＮＡ基因表达谱芯片研究一组肺癌组织样本的基因表达谱。结果：共筛选出差异表达的基因３７０条,包含已知基因１４６条,未知基因２２４条,其中１０７条表达增加,２６３条表达降低。结论：基于ｃＤＮＡ微矩阵技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肺癌发生密切相关的基因。     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

肿瘤转移相关基因的表达谱研究

目的：运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法：对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总ＲＮＡ抽提,纯化后的ｍＲＮＡ进行逆转录制备杂交探针,应用ＢｉｏＤｏｏｒ４０９６和ＢｉｏＤｏｏｒ１２８００的全长基因ＤＮＡ芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描,结果用ＩｍａＧｅｎｅ３．０软件分析。结果：对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分     

人食管鳞状细胞癌基因表达变化的cDNA芯片研究

目的 利用TaKaRa人癌基因芯片研究食管鳞状细胞癌（ESCC）和相应正常组织差异表达基因．分析基因差异表达谱,以期找到更快捷、高通量的方法来筛选与原发性食管癌发生、发展以及与食管癌临床进展相关的分子标记物。方法 应用基因芯片技术及激光捕获微切割术、T7RNA聚合酶扩增技术,对15例ESCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测,并用生物信息学对检测结果进行分析。结果 在886个目的基因中有110条（12．42％）至少2次出现差异表达．其中56条（6-32％）基因表达上调幅度〉2．0倍,54条（6．09％）基因表达下调幅度〈0．5。结论 高通量的基因芯片技术可筛选出大量ESCC相关基因,对这些相关基因功能的验证将有助于找到ESCC发生、发展的关键基因或通路。     

基因芯片在抗肿瘤血管生成中草药相关基因筛选中的研究

目的:利用基因芯片技术,从基因水平解释抗肿瘤血管生成中草药的有效组分T3的分子机制.方法:(1)采用两种细胞系:人胃癌BGC823细胞和血管内皮细胞(EC),每种细胞分两组,一组为对照 ,另一组为T3药物刺激组;(2)抽提细胞总RNA,经反转录制备cDNA,对照组用Cy3、药物刺激组用Cy5荧光标记,获得cDNA探针;(3)cDNA探针与BioDoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用ImaGene3.0软件进行分析统计.结果:(1)BGC823细胞组有2.53％基因表达谱发生明显的变化,其中158条基因在经T3刺激后表达量明显上升,44条明显下降;(2)EC组有0.46％的基因表达谱发生明显的变化,其中30条基因在经T3刺激后表达量明显上升,7条基因表达量明显下降.结论:利用基因芯片技术可从基因水平解释中药的作用机制,为新药的开发提供理论依据.     

卵巢癌基因表达谱的cDNA微矩阵研究

目的： 探讨cDNA微矩阵（基因芯片）研究卵巢癌基因表达谱及分析部分差异表达基因功能的可行性。方法：采用4 097个靶基因点BiostarH-40s表达谱基因芯片, 检测5例卵巢浆液性腺癌及5例正常卵巢组织（cy3-dUTP标记正常卵巢组织的RNA,用cy5-dUTP标记卵巢癌组织的RNA）的基因表达谱。结果：两组病例卵巢癌基因表达谱中,4例以上差异表达基因163个,其中基因表达增高（上调趋势）66个,基因表达降低（下调趋势）97个。明确基因功能分类的差异表达基因37个,其中原癌基因和抑癌基因类基因3个,细胞周期蛋白类基因1个,细胞骨架及运动蛋白类基因6个,DNA结合、转录和转录因子类基因1个,细胞受体类基因2个,免疫相关蛋白类基因5个,代谢类基因7个,蛋白翻译合成类基因2个,发育相关基因3个,其他类基因7个。 结论： 应用cDNA微矩阵研究卵巢癌基因表达谱, 发现差异表达基因及其基因功能分类。     

利用基因芯片技术对小鼠隐睾相关基因谱研究

目的：利用基因芯片研究小鼠隐睾相关基因谱的改变.方法：建立小鼠隐睾模型,分别提取正常及异常睾丸组织的mRNA,制备杂交用cDNA探针,在包含小鼠4000条cDNA片段的基因芯片上点样、杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,并对其中表达下降的COX8a进行RNA斑点印迹杂交以验证基因芯片结果.结果：通过基因芯片筛选,获得34条与小鼠隐睾相关的基因.RNA斑点印迹支持基因芯片杂交结果.结论：利用基因芯片研究小鼠隐睾睾丸组织与正常睾丸组织差异表达的基因谱可以用于高通量筛选隐睾相关基因以及进一步的研究;COX8a可能在隐睾症的发生与进展过程中起一定的作用.     

实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片方法分析食管癌组织中基因的表达

目的:采用实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片2种技术分析食管癌细胞基因表达的特征。方法:应用cDNA基因芯片筛选15例食管癌基因表达谱,用实时荧光定量RT-PCR验证其中16个基因的表达变化。结果:实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片技术对16个基因的检测结果一致,不仅变化方向相同,而且表达值非常接近。结论:cDNA基因芯片和实时荧光定量RT-PCR分析基因表达变化都是可信的,基因芯片筛选基因表达谱具有高通量大规模的特点,而实时荧光定量RT-PCR则适合单个基因表达变化的研究,两者互为补充和印证。     

基因芯片筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因的初步研究

目的:应用基因芯片技术进行喉鳞状上皮细胞癌相关基因表达谱差异分析,筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因.方法:从4例喉鳞状上皮细胞癌中相同患者体内取喉鳞状细胞癌组织和癌旁正常组织,应用含有人类全基因组的基因芯片进行分析.结果:在4例喉鳞状上皮细胞癌中共同基因表达显著差异的有349条,其中112条表达上调,237条表达下调.结论:基因芯片能提供大量喉癌相关基因表达谱的信息,分析这些差异表达的基因能够阐明喉鳞状上皮细胞癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,并识别肿瘤的标记物,为进一步研究喉鳞状上皮细胞癌发生、发展相关基因打下基础.     

基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的：探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理变化中的应用价值。方法：应用含有４０９６条人类全长基因的ｃＮＤＡ表达谱芯片,对３例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。结果：在３例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因３９８条,其中新基因２８９条,老基因１０９条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因３７条,其中在胰腺癌组织中上调基因２０条,下调基因１７条。结     

基因芯片分析釉基质蛋白对hBMSCs基因表达谱的影响

目的应用基因芯片技术分析釉基质蛋白(EMPs)对人骨髓基质细胞(hBMSCs)基因表达谱的影响。方法全骨髓法体外传代培养hBMSCs。以200μg/mLEMPs刺激hBMSCs作为实验组,以正常培养的hBMSCs作为对照组。培养5d后,选择含4096种人类基因的cDNA基因芯片进行检测和分析。运用实时PCR方法对呈差异表达基因中的4条进行扩增和检测,以验证基因芯片分析结果。结果hBMSCs经EMPs刺激后,有27条差异表达基因,其中18条基因表达上调,9条基因表达下调。经实时PCR检测的4条差异表达基因结果与基因芯片结果一致。结论应用基因表达谱芯片可筛选经EMPs诱导后hBMSCs的差异表达基因。为进一步研究EMPs促进牙周组织再生的分子学机制奠定了基础。