烟草暴露对孕妇胎盘组织基因表达谱影响的机制研究

目的 通过生物信息学分析吸烟与不吸烟孕妇的差异表达基因谱,找出吸烟可能对体内作用的关键基因,及其对功能分析进行预测.方法 从公共基因芯片数据平台(GEO)检索吸烟对孕妇基因表达谱影响的mR-NA基因芯片数据集GSE71931,通过GE02R分析得到差异表达基因,并进一步用DAVID数据库对靶基因进行功能预测和KEGG信...     

基于胎盘基因表达谱研究孕期烟草暴露对孕妇和胎儿的影响

  目的  扩展孕期烟草暴露对孕妇和胎儿造成影响的分子机制的认识。  方法  首先系统检索NCBI GEO和EBI ArrayExpress数据库,挑选符合条件的吸烟和不吸烟2组孕妇胎盘组织的基因表达谱数据集。然后整合并校正了数据集间的差异,采用差异表达、功能注释、富集分析、回归分析等多种生物信息方法和模型研究烟草暴露对孕妇和胎儿的影响。  结果  通过合并后的表达谱数据找到476条差异表达的基因(FDR < 0.5, |log₂FC|>0.3),其中上调的基因317条,下调的基因159条。随后通过KEGG、GO以及Reactome、MSigDb对显著差异表达的基因进行功能注释和富集分析,发现这些基因主要出现在细胞外结构组织(P=1.10×10-28)、细胞外基质组织(P=3.44×10-25)以及间充质发育(P=2.60×10-13)等通路上。进一步针对烟草暴露标志物研究,采用回归分析发现CDCA7L基因在校正了母亲年龄等混杂因素后,与母亲血清中的可的宁含量最相关(FDR=0.046)。  结论  通过系统研究,探讨了孕妇和胎儿在烟草暴露环境中可能受到影响的通路,烟草暴露影响胎盘功能和胎儿生长的机制,对后续深入的分子机制研究提出思路。      

小鼠烧伤早期免疫细胞基因表达谱分析及靶基因的筛选

目的 利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析并检测,筛选相关差异基因,以期找到潜在的诊断及治疗靶标.方法 从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验、倍比法及GO功能富集分析筛选差异表达基因,应用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络筛选相关基因靶标,运用实时荧光定量PCR及Western blotting进行试验验证.结果 在烧伤后第1天,有1825个基因被选出,其中上调基因658个,下调基因1167个.运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络分析,发现Stat1、Cdk1、Cd19、Lck及Jun基因在烧伤后免疫系统功能变化过程中可能起到重要作用.实时荧光定量PCR及Western blotting检测显示Stat1、Cdk1和Jun基因表达情况与分析结果相一致.结论 通过对小鼠烧伤后早期全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Stat1、Cdk1和Jun基因在烧伤早期免疫细胞功能变化的过程中发挥重要的作用,可能是烧伤早期诊断及治疗的潜在的生物学靶标.     

神经病理性疼痛表达谱及核心基因的生物信息学分析

目的:通过生物信息学分析神经病理性疼痛(NPP)小鼠表达谱中差异表达基因及其核心调控基因(hub基因),探讨该疾病神经免疫机制并为神经病理性疼痛探索新的早期诊断标志物或治疗靶点.方法:从GEO数据库检索神经病理性疼痛小鼠表达谱数据集,GEO2R筛选神经病理性疼痛的差异表达基因(DEGs).利用基因本体(GO)分析、KE...     

STIL对胃癌细胞基因表达谱的影响

目的 采用基因表达谱芯片联合生物信息学分析,初步探索STIL促进胃癌发生发展的分子机制。方法 采用靶向STIL的慢病毒ShRNA(ShSTIL)以及乱码序列ShRNA(ShCon)转染SGC-7901胃癌细胞系,提取总RNA,合成cDNA,反转录合成生物素标记的核酸探针,片段化后与全基因组表达谱芯片杂交,采集数据,利用生物信息学对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、转录因子调控和蛋白互作分析。结果 与ShCon组相比,ShSTIL组显著上、下调的基因分别为417个、87个(P<0.05,差异倍数>1或<-1)。GO和KEGG分析显示,DEGs位于胞浆、外泌体、高尔基复合体及生物膜,与泛素介导的蛋白水解、干细胞多能性调控及P53信号通路有关。KEGG通路相关基因、转录因子调控及蛋白互作联合分析显示,IGF1R、STUB1、SKP2、FOXO1位于网络的中心位置,可能与胃癌发生发展密切相关。结论 STIL可能通过互作激活E3泛素连接酶STUB1或SKP2,促进转录因子FOXO1降解,调控IGF1R表达,从而促进胃癌的发生发展。     

核糖体S6蛋白激酶4变异体基因表达对乳腺癌细胞增殖的影响

目的 探讨核糖体S6蛋白激酶4变异体(RSK4m)对乳腺癌细胞株MDA-MB-231增殖的影响。 方法 将RSK4m的过表达载体稳定转染至乳腺癌MDA-MB-231细胞株中,分别设一个阴性对照组(mock组)及过表达RSK4m1组(OE1组)、过表达RSK4m2组(OE2组)、过表达RSK4m3组(OE3组),采用实时荧光定量PCR(qRT- PCR)和Western blotting检测RSK4m的mRNA和蛋白的表达, CCK-8试剂盒检测转染后MDA-MB-231细胞的生长增殖, 免疫共沉淀试验(CO-IP)验证热休克蛋白与RSK4变异体的相互作用。 结果 成功转染RSK4m慢病毒表达载体至乳腺癌MDA-MB-231细胞,其mRNA和蛋白水平均过表达(P均<0.05)。OE1组、OE2组、OE3组在24、48、72、96 h的细胞抑制率(%)与mock组相比,48、72、96 h的差异具有统计学意义(P<0.05),CO-IP结果证实热休克蛋白与RSK4m存在相互作用关系。 结论 RSK4m可抑制乳腺癌细胞株MDA-MB-231的增殖,并可能与RSK4w的抑制增殖作用存在着不同的调控机制。     

骨关节炎患者膝关节滑膜组织的基因表达谱分析

目的:分析骨关节炎患者膝关节滑膜组织的基因表达谱.方法:从公共基因芯片数据库选取芯片数据,利用GEO2R筛选骨关节炎患者滑膜组织和正常滑膜组织的差异表达基因;对筛选出的基因进行GO功能和KEEG通路富集分析,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白间相互作用网络,筛选关键基因.结果:纳入数据库中两组基因芯片数据,共筛选出131个共同差异表达基因,其中上调基因98个,下调基因33个.GO富集分析提示,差异基因主要在细胞粘附、对成纤维细胞生长因子刺激的反应、细胞内受体信号通路等功能富集.KEGG富集结果显示,差异表达基因参与了丝裂原活化蛋白激酶、低氧诱导因子-1、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B等信号通路.蛋白间相互作用网络提示了10个关键基因.结论:通过对OA基因表达谱分析筛选差异表达基因发现OA的发病机制不仅与细胞增殖、病理性血管生成、炎症刺激等有关,更是多信号通路、多靶点间相互作用的结果,可为进一步研究提供参考.     

环境烟草烟雾暴露对小鼠脑区神经递质表达的影响

目的 通过观察小鼠脑部神经递质的变化,初步探讨环境烟草烟雾(ETS)成分对小鼠神经系统的影响.方法 在染毒实验台内对小鼠染毒,染毒8周造模后进行小鼠脑区定位,免疫组织学方法和图像分析观察脑区神经递质表达的变化结果 (1)GABA在小鼠大脑皮层、海马部位的表达:ETS暴露组阳性细胞数量明显减少(大脑皮层:0.25±0.10;海马:0.19±0.07)(P＜0.05).(2)nAChR在大脑皮层的表达:ETS吸入组阳性表达明显增加(0.31±0.10)(P＜0.05).(3)NMDAR在小鼠大脑皮层、纹状体皮质的表达:ETS吸入组(0.31±0.08,0.35±0.11)、尼古丁(Nic)吸入组阳性表达增加明显(P＜0.05).结论 ETS、Nic可导致大脑皮层、下丘脑等部位神经递质及受体表达的变化.

Abstract：

Objective To explore the mechanism of the influence on mice brain of environmental tobacco smoke. Methods After the mice were placed into the bench for 8 weeks, the region of the mice brain was localized and the expression of neurotransmitters and neurotransmitters receptors were detected by immunohistochernistry.Results ( 1 ) The expression of GABA in the mice cerebral cortex ( CC ) ( 0. 25 ± 0. 06 ) and the hippocampus (Hip) (0. 19 ± 0. 07 ) were much higher in the ETS-exposed group than that in the control group(P＜ 0. 05 ). (2)The expression of nAChR on CC(0. 31 ±0. 10) was much more in the ETS-exposed group than that in control group(P＜0.05). (3) The expression of NMDAR( Glu receptors) on the CC and striate cortex were much higher in the ETS-exposed group(0.32 ±0. 10,0.38 ±0. 14), NIC-inhaling group(0.31 ±0. 08,0.31 ± 0. 11 ) than that in control group(P＜0. 05 ). Conclusions Long-term ETS-exposed and NiC-exposed environment could change the expression of neurotransmitter and its receptors.     

前列腺癌基因表达谱芯片的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片,研究前列腺癌差异表达基因的功能及调控网络.方法 采用GEO数据库中获取的前列腺癌基因表达谱芯片数据,利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R软件包进行数据挖掘及生物信息学分析.结合生物信息学工具DAVID、GeneMANIA对差异表达基因及其调控网络进行分析.结果 共筛选出前列腺癌与癌旁组织差异表达基因56个,表达上调15个,表达下调41个,前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因被富集到不同的子集.其中cav1、slc16a2、cav2、slc16a5、magi2、ptrf、pdlim5、lmod1、abcc6等9个基因被富集到"细胞功能"分类下的"细胞膜组分"子集中,其中cav1、cav2、ptrf影响细胞膜内陷囊状结构的功能,可能在前列腺癌发生发展中发挥重要作用.结论 前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因之间存在复杂的调控网络,生物信息学可以从中提取有效信息,为前列腺癌分子机制研究提供思路及数据基础.     

孕妇牙周病的流行病学调查及相关治疗对妊娠结局的影响

目的调查我院孕妇口腔情况并探讨口腔治疗对妊娠结局的影响。方法随机在我院选择10 000例建卡产检的孕中期妇女,调查孕妇的牙周病变情况,患病者则根据其治疗依从性分为两组,治疗组4 934例,接受治疗及护理;常规组患者2 859例,不接受医院的治疗;未患病者为对照组,观察患者妊娠期流产、早产及低出生体重儿的发生率;检测患者唾液内IL-1β、IL-6、弹性蛋白酶(EA),确定影响妊娠结局的原因。结果孕妇中77.93%可发生牙周病变,经过治疗和护理后妊娠结局较其他组好,且患者与正常孕妇中的IL-1β、IL-6、EA存在明显差异,具有显著意义(P<0.05)。结论孕妇的牙周病变发生率高,且牙周病变可影响妊娠结局,经过治疗后明显改善妊娠结局,减少早产儿及低出生体重儿的发生率。     

奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞全基因表达谱的影响及机制分析

目的研究奥美拉唑对体外培养人脐静脉内皮细胞(EA.hy926)基因表达谱的影响,探讨奥美拉唑对内皮细胞作用的分子机制。方法 10-5mol/L奥美拉唑与人脐静脉内皮细胞株共培养48 h,运用Affymetrix U133 plus 2.0全基因组表达芯片,检测奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞基因表达谱的影响,分子注释系统MAS3.0软件进行聚类分析。RT-PCR验证基因表达谱结果,Western blotting验证相关蛋白水平的变化。结果奥美拉唑作用内皮细胞48 h后,基因芯片分析筛选出差异表达大于1.5倍的基因282个,其中上调基因236个,下调基因46个,包括转录调节、炎症反应、免疫反应、细胞粘附、抗凋亡、信号转导等相关基因,RT-PCR和Western blotting结果与基因芯片结果一致。结论奥美拉唑在基因水平通过多条通路调节内皮功能。     

孕妇学校实施阶段性健康教育对孕产妇自我护理能力的影响

目的：探讨孕妇学校实施阶段性健康教育对提高孕产妇自我护理能力的影响.方法：将120例孕初产妇随机分为实验组和对照组各60例,对照组孕产妇按常规围产期健康教育,实验组按实施阶段性健康教育,观察比较两组孕产妇的自我护理能力.结果：实验组孕产妇自我护理能力各项平均分均高于对照组,经统计学分析存在显著性差异（P＜0.01）.结论：实施阶段性健康教育能提高孕产妇的自我护理能力,可在临床推广实施.     

2015-2016年四川省孕产妇死亡评审情况分析

目的 通过对2015-2016年四川省孕产妇死亡评审情况进行分析,以期为卫生计生行政部门、医疗保健机构采取措施减少孕产妇死亡,进一步降低孕产妇死亡率提供参考.方法 死亡评审专家组依据WHO的“十二格法”对四川省2015-2016年163例孕产妇死亡资料进行评审,本研究对评审结果进行描述性分析.结果 省级已完成163例孕产妇死亡评审,产科出血、妊娠期高血压疾病、静脉血栓形成及肺栓塞症、心脏病、羊水栓塞是四川省孕产妇死亡的前5位主要原因.163例已评审的死亡病例中,可避免死亡124例,占76.07％,不可避免死亡39例,占23.93％.124例可避免死亡病案中,按首位影响因素分析,医务人员知识技能因素67例,占54.03％,居第1位,其中县、乡级医务人员知识技能因素分别占37.90％和5.65％;个人家庭因素57例,占45.97％.结论 加强高危孕妇规范化管理工作,保障边远地区血源供应及时,加强产科医务人员急救知识培训成为四川省减少孕产妇死亡的重要措施.     

lprG基因表达上调对THP1细胞表达谱的影响

目的分析lprG基因表达上调对THP1细胞表达谱的影响。方法建立稳定表达lprG的THP1细胞系,通过qPCR及Western印迹法检测lprG的表达。用RNA-seq分析稳定表达lprG对THP1细胞基因表达谱有何影响。对测序数据进行分析,作GO及KEGG通路的显著性富集分析,并选取6个差异表达基因进行qPCR验证。结果成功构建稳定表达lprG的THP1细胞系。RNA-seq检测发现共有712个差异表达的基因,其中419个上调,占58.8%,293个下调,占41.2%。富集分析显示,lprG的异位表达可影响THP1细胞多种生理或代谢过程。qPCR结果与RNA-seq结果一致。结论lprG会影响THP1细胞内与Toll样受体信号通路、补体、细胞吞噬、溶酶体及过氧化物酶体等过程相关的基因的表达,这可为进一步研究lprG与巨噬细胞相互作用机制提供前期基础。     

烟草烟雾暴露对哮喘小鼠肺组织NF-κB p65表达的影响

目的 探讨烟草烟雾暴露对支气管哮喘小鼠气道炎性细胞浸润及肺组织核转录因子-κB p65（NF-κB p65）表达的影响。方法 将雌性无特定病原体级（specific pathogen free, SPF）级BALB/c纯系小白鼠40只随机分为4组,即正常对照组、哮喘组、烟草烟雾暴露组和烟草烟雾暴露+哮喘组,每组各10只。正常对照组给予雾化吸入生理盐水,哮喘组给予雾化吸入卵蛋白（OVA）致敏从而复制模型,烟草烟雾暴露组则在正常对照组基础上予以烟草烟雾暴露1 h,而烟草烟雾暴露+哮喘模型组则在哮喘模型组的基础上给予同样的烟草烟雾暴露1 h。28 d后采集支气管肺泡灌洗液（BALF）,测定BALF中白细胞(WBC)、嗜酸性粒细胞（EOS）及中性粒细胞（NEU)计数。用蛋白质免疫印迹法（Western-blot）检测肺组织NF-κB p65蛋白表达水平。结果 哮喘组、烟草烟雾暴露+哮喘组小鼠BALF中白细胞总数、嗜酸粒细胞、中性粒细胞均高于对照组及烟草烟雾暴露组,烟草烟雾暴露+哮喘组BALF中白细胞总数和中性粒细胞计数高于哮喘组,嗜酸粒细胞计数低于哮喘组（P<0.05);哮喘组、烟草烟雾暴露+哮喘组小鼠肺组织NF-κB p65蛋白表达均上升,但烟草烟雾暴露+哮喘组小鼠升高更明显,与哮喘组相比差异有统计学意义（P<0.05)。烟草烟雾暴露+哮喘组白细胞计数与肺组织NF-κB p65表达水平呈正相关（r=0.781,P=0.008）。结论 烟草烟雾暴露可能通过上调NF-κB p65蛋白表达,促进支气管哮喘气道炎性细胞浸润。     

健康人肝组织麦胚凝集素亲和型糖蛋白表达谱分析

目的分析健康人肝组织麦胚凝集素(wheatgermagglutinin,WGA)亲和型糖蛋白表达谱。方法从30例健康人肝组织混合样本的总蛋白中用WGA凝集素亲和层析分离纯化糖蛋白,再利用双向电泳结合SYPRO Ruby荧光染色进一步分离WGA亲和型糖蛋白。目的蛋白质点经质谱鉴定后对其进行生物信息学分析及功能分类。结果初步建立WGA亲和型糖蛋白的双向电泳图谱,图谱均点数为(650±50)个,质谱鉴定并去冗余共获116个蛋白。经生物信息学分析104个蛋白具有不同程度的N糖基化位点,最后按Gene Ontology的分类原则进行功能分类。结论凝集素亲和层析结合双向电泳荧光染色、质谱鉴定是一种高通量的检测方法,WGA亲和型糖蛋白表达谱的初步构建为后续研究奠定了基础。