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相似文献
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1.
鲁嘉欣 《光明中医》2023,(20):3910-3913
目的 通过网络药理学和分子对接方法,探讨升阳益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 用TCMSP、GeneCard、OMIM和String等数据库获取升阳益胃汤中药物的化学成分及靶点、慢性萎缩性胃炎疾病靶点和蛋白互作网络(PPI)信息。通过Cytoscape 3.8.2构建药物-成分-靶点网络信息。基于生物信息学开源软件Bioconductor和R语言对药物作用的生物学过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行富集分析。结果 升阳益胃汤的10个核心成分通过调控相关通路对慢性萎缩性胃炎进行治疗,且RELA、JUN、MAPK1、STAT3、TP53等靶蛋白是其治疗慢性萎缩性胃炎的关键基因。结论 升阳益胃汤可能通过多靶点、多通路调控治疗慢性萎缩性胃炎,为临床治疗提供了科学依据。  相似文献   

2.
目的:基于网络药理学研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法:利用TCMSP数据库,得到半夏泻心汤成分的口服利用率和药物相似性等参数,并筛选药物的有效成分组,收集有效成分的靶点。通过Dis Ge NET数据库得到慢性萎缩性胃炎的疾病靶点,在与半夏泻心汤靶点取得交集后得到了药效靶点。将上述靶点输入到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络预测,最后利用DAVID数据库进行KEGG富集分析,阐明半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎的潜在信号通路。结果:我们筛选出了半夏泻心汤194个活性成分和154个作用靶点。通过蛋白质互作网络分析,半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎可能与BCL-2,PTGS2,TNF,GSTP1,GSTM1等靶点有关。KEGG富集分析结果显示半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎与TNF信号通路,NF-κB信号通路,NOD样受体信号通路,PI3k/Akt信号通路,Toll样受体信号通路等有关。结论:半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎具有中药复方多成分-多靶点-多通路的特点,其治疗慢性萎缩性胃炎的生物学机制可能与TNF signaling pathway等信号通路有关。  相似文献   

3.
许文倩  秦雪梅  刘月涛 《中草药》2018,49(15):3550-3561
目的筛选黄芪建中汤中治疗慢性萎缩性胃炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立单味药-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨黄芪建中汤治疗慢性萎缩性胃炎的潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台(TCMSP)中的药动学参数[口服利用度(OB)和药物相似性(DL)]筛选黄芪建中汤的潜在活性成分,整合靶点预测网站服务器(STPD)与人类基因数据库(Genecard)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)预测和筛选其治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点,借助Cytoscape构建"单味药-活性成分-作用靶点"网络。通过Systems Dock Web Site对4个主要活性成分与作用靶点进行分子对接验证。采用String数据库与Cytoscape软件绘制蛋白质相互作用网络,并利用Dis Ge NET数据库对作用靶点类型进行归属。采用DAVID数据库对黄芪建中汤作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果通过OB和DL参数筛选得到118个潜在活性成分,共涉及16个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为52个,主要通过调控癌症通路、病灶黏连、精氨酸和脯氨酸代谢、血管内皮生长因子(VEGF)信号转导与神经营养因子信号通路等发挥对慢性萎缩性胃炎的治疗作用。结论黄芪建中汤对慢性萎缩性胃炎的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制与物质基础提供了科学依据。  相似文献   

4.
周明  刘敏 《环球中医药》2023,(6):1118-1126
目的 基于网络药理学方法配合分子对接验证,探讨薏苡仁—浙贝母治疗慢性萎缩性胃炎的可能机制。方法 利用TCMSP数据库获取薏苡仁、浙贝母的主要活性成分及其对应靶点,通过5个疾病数据库,包括GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank,收集慢性萎缩性胃炎疾病相关靶点,将药物对应靶点与疾病相关靶点取交集,得到薏苡仁—浙贝母治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点。Cytoscape软件用于成分与靶点间的网络构建与分析。作用靶点的GO功能富集与KEGG通路富集分析使用R语言完成。靶蛋白间的相互作用网络使用STRING数据库平台构建,并筛选核心靶点。Autodock Vina软件用于分子对接,对核心靶点进行进一步验证。结果 筛选出薏苡仁—浙贝母活性成分7个,对应作用靶点12个,进一步经拓扑分析筛选出CASP3、CASP8、PTGS2、JUN、PPARG共5个核心靶点。KEGG分析显示作用靶点主要富集在白细胞介素-17、P53、肿瘤坏死因子信号通路。通过分子对接证实,核心靶点与对应活性成分间均有较好的结合稳定性。结论 薏苡仁—浙贝母主要通过炎症及肿瘤相关的信号通路实现对慢性萎缩性胃...  相似文献   

5.
杨良俊  蔡甜甜  李嘉丽  樊湘珍  何维  刘洋  潘华峰 《辽宁中医杂志》2019,46(9):1803-1806,后插1
目的:探讨四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的有效活性成分及作用机制。方法:本研究通过TCMSP数据库选取四君子汤中党参、茯苓、白术、甘草含有的491个化合物,筛选其活性成分及潜在靶点;同时,通过GeneCards数据库挖掘慢性萎缩性胃炎疾病靶点;结合化合物及疾病靶点,构建化合物-靶点网络、进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果:四君子汤中含有123个活性成分,对应慢性萎缩性胃炎78个靶点;GO生物过程相关条目36个;KEGG通路14条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer)、TNF信号通路、P53信号通路等。结论:四君子汤主要通过调控细胞炎症、增殖、凋亡、代谢来治疗漫性萎缩性胃炎,这为阐明四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制、开展实验验证提供依据。  相似文献   

6.
目的运用网络药理学的方法探讨党参治疗慢性萎缩性胃炎(chronic atrophic gastritis,CAG)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取党参的主要活性成分,利用人类基因数据库GeneCards预测和筛选党参活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape3.7.1软件绘制蛋白相互作用网络(PPI),借助DAVID6.8数据库进行潜在基因的基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选得到党参21个活性成分,涉及27个作用靶点。GO分析结果显示,党参治疗慢性萎缩性胃炎潜在基因的生物功能主要涉及影响染色体结合,蛋白质异二聚化活性,核受体活性,转录因子活性,类固醇激素受体,类固醇结合,NF-κB结合,雌激素受体,RNA聚合酶II,半胱氨酸型内肽酶等;KEGG通路富集分析结果显示,党参治疗慢性萎缩性胃炎潜在基因的通路主要涉及前列腺癌,细胞凋亡,TNF信号通路,结直肠癌,乙型肝炎,AGE-RAGE信号通路,PI3K-Akt等信号通路。结论党参治疗慢性萎缩性胃炎是多成分、多靶点、多通路的复杂过程,主要通过参与抑制炎性分子、NF-κB结合、细胞凋亡等发挥治疗CAG的作用。  相似文献   

7.
目的:运用网络药理学的技术分析香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索香砂六君子汤的药物成分及靶点,绘制中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards、OMIM数据库筛选疾病相关基因,绘制韦恩图,获取共同基因并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行网络拓扑分析获取核心基因;对核心基因进行进一步的基因本体(GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:经过筛选得到香砂六君子汤中药活性成分137个,潜在作用靶点162个,慢性萎缩性胃炎疾病702个相关靶点,药物-疾病共同靶点51个,经过网络拓扑分析得到PTGS2、TNF、VEGFA、IL1B、CAT等18个核心靶点,通过GO、KEGG主要富集于对活性氧的反应、细胞对氧化应激的反应等生物过程和肿瘤坏死因子、IL-17、Toll样受体、C型凝集素受体信号通路等通路上。结论:香砂六君子汤可以通过多成分-多靶点-多通路的机制,抑制“炎-癌”转化治疗慢性萎缩性胃炎。  相似文献   

8.
目的运用网络药理学方法探讨黄连温胆汤"心胃同治"的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得黄连温胆汤的化学成分和作用靶点,利用Genecards数据库获得冠心病及胃炎疾病靶点,筛选药物与疾病共有靶点。利用Cytoscape软件构建药物活性成分-作用靶点网络,并利用STRING数据库构建靶点蛋白互作(PPI)网络。利用R软件对交集靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析。结果黄连温胆汤治疗冠心病及胃炎共涉及109个药物活性成分和45个作用靶点,可能通过调节血流剪切应力与动脉粥样硬化、细胞凋亡、TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路、p53信号通路等实现"心胃同治"作用。结论黄连温胆汤可多成分、多靶点、多途径发挥治疗冠心病及胃炎的作用,为阐明其"心胃同治"的作用特点及进一步药理学研究提供了依据。  相似文献   

9.
目的:通过网络药理学方法探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的活性成分,并对其作用机制进行研究。方法:首先,利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选瓜蒌、薤白、半夏的有效成分及其作用靶点。然后,利用GeneCards和OMIM数据库,检索与慢性萎缩性胃炎有关的靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件建立活性成分-靶点结构图,并对其中的主要成分进行筛选,利用STRING数据库对交集靶点进行蛋白质交互作用的研究,并对其进行了初步的筛选。最后,选用Metascape和Wiscape网站对基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集进行研究。结果:研究结果显示,瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的关键成分是槲皮素、β-谷甾醇、柚皮素等。丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白细胞介素(Interleukin,IL)-6是其核心靶点。GO富集过程包含1 323个生物过程、50个细胞组成、95个分子功能,其中KEGG通路主要有癌症信号通路...  相似文献   

10.
目的 基于网络数据库研究王灿辉教授自拟健脾益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的潜在作用机制。方法 检索TCMSP数据库、PubChem数据库、SwissTarget Prediction平台获得健脾益胃汤的作用靶点。检索OMIM、Gene cards数据库,获得慢性萎缩性胃炎的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-化学成分-潜在作用靶点”网络。利用String数据库、Cytoscape软件进行潜在靶点的蛋白互作网络分析,得到主要靶点。通过Metascape平台,对主要靶点进行富集分析。结果 通过检索筛选得到63个主要化学成分,共涉及109个潜在作用靶点,靶点类型25种(包含各种酶、蛋白、受体、离子通道、转录因子等)。对其中主要的45个靶点进行富集分析发现,健脾益胃汤主要通过参与癌症通路、癌症中的蛋白多糖通路、肿瘤坏死因子信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂抵抗、AGE-RAGE信号通路、光动力疗法诱导NF-kB存活信号转导、光动力疗法诱导AP-1存活信号、RANKL/RANK(NFKB(配体)受体激活剂)信号通路、氧化应激反应、凋亡信号通路、白细胞分化、炎症反应的调节、对氧气水平的反应、...  相似文献   

11.
目的 通过网络药理学的方法进行预测,再深一步进行动物实验验证来研究柴胡疏肝散治疗CAG的作用机制。方法 首先在TCMSP数据库中检索柴胡疏肝散的所有活性成分与药物靶点;通过收集PharmGkb、OMIM、GeneCards和DrugBank数据库中收录的慢性萎缩性胃炎的相关靶点。将药物靶点与疾病靶点进行映射筛选出交集靶点,将得到的交集靶点构建PPI网络与活性成分-共同靶点网络,并对其进行GO和KEGG富集分析。最后利用Vina软件进行分子对接实验验证,并通过免疫印迹法验证柴胡疏肝散对两种受体蛋白EGFR和STAT1的影响。结果 最终筛选得到柴胡疏肝散活性成分104个,潜在靶点238个,与慢性萎缩性胃炎的交集靶点52个;GO与KEGG富集分析分别得到2166条目和148条目,主要涉及到JAK-STAT信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等;分子对接结果显示EGFR、STAT1两个靶点能够与核心活性成分能够自发结合成较为稳定的构像;免疫印迹法实验证明柴胡疏肝散能够降低大鼠胃黏膜组织EGFR和STAT1蛋白表达。结论 通过网络药理学和实验验证,发现柴胡疏肝散可能通过调节EGFR和STAT1蛋白表达来共同调控胃黏膜细胞增殖与凋亡,进而发挥着治疗慢性萎缩性胃炎的效果,为深入进行柴胡疏肝散治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制研究提供新思路和新方法。  相似文献   

12.
目的:通过网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭的作用机制。方法:利用TCMSP、Uniprot数据库收集茵陈蒿汤活性成分及对应靶点;使用GeneCards和OMIM数据库收集慢加急性肝衰竭相关靶点,并筛选药物与疾病交集靶点;运用STRING数据库获得蛋白质相互作用(PPI)网络,Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-靶点”网络,利用Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;借助AutoDock等软件进行分子对接验证。结果:茵陈蒿汤治疗ACLF的核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,核心靶点有AKT1、MAPK、TNF、IL-6等。KEGG分析主要涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和TNF信号通路等188条信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有良好的结合活性。结论:茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭具有多成分、多靶点、多通路的综合优势和特点。  相似文献   

13.
《四川中医》2021,39(9):56-61
目的:通过网络药理学方法探索穿心连治疗新型冠状病毒肺炎的作用靶点及分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选穿心莲的活性成分及相关的药物靶点,同时在GeneCards数据库筛选出新型冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,交集基因即为穿心莲治疗新冠肺炎的核心靶点。随后利用Cytoscape3.7.2软件和String数据库构建药物活性成分-靶点网络和蛋白质相互作用关系的网络图。最后通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并构建成分-靶点-通路图。结果:筛选出穿心莲的活性成分24个及作用靶点53个,新型冠状病毒肺炎的靶点259个,交集靶点14个。KEGG富集分析涉及通路17条,主要包括癌症、细胞凋亡、肌萎缩性侧索硬化症(ALS)、MAPK信号通路、神经营养蛋白信号通路等。结论:穿心莲中的多种活性成分可以通过介导多靶点、多通路发挥治疗新型冠状病毒肺炎的作用。  相似文献   

14.
目的:基于网络药理学方法研究六君子汤抗肺癌的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)获得LJS活性成分,采用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点,并检索Online Mendelian Inheritance in Man等疾病靶点数据库,以获得LJS抗肺癌的作用靶点。借助String数据库和Cytoscape 3.2.1软件构建PPI网络,筛选degree值排名前10的靶点。采用Metascape平台对LJS抗肺癌作用靶点进行KEGG通路分析。结果:从LJS中筛选出178个活性成分,59个与LJS抗肺癌相关靶蛋白。KEGG通路富集结果显示其参与调节PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、白介素17信号通路等信号通路。结论:LJS通过"多成分-多靶点-多通路"方式发挥抗肺癌作用。  相似文献   

15.
目的:基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选出通窍活血汤潜在活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得颅脑损伤疾病靶点,得到通窍活血汤的中药与TBI的交集靶点,使用Cytoscape 372软件绘制活性成分靶点疾病交互网络图。采用String数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:筛选后收集得所有中药成分127个,收集疾病靶点1 811个,疾病与药物交集靶点共62个。PPI网络提示核心靶点为ALB、IL6、CASP3、EGFR、VEGFA等;GO功能注释得到73条富集结果,包括DNA结合转录激活剂活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性等,富集得到PI3K-AKT等75条核心的KEGG通路。结论:通窍活血汤治疗颅脑损伤具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点。  相似文献   

16.
目的基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制。方法使用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)对黄芩、毛冬青进行成分分析及靶点基因预测,借助人类基因数据库(GeneCards)获取冠心病的相关靶点基因,使用FUNRICH软件,将药物靶点基因与疾病靶点基因进行映射,得到药物-疾病交集靶点基因。利用STRING数据库得出药物-疾病交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.7.1软件对中药化学成分-靶点-疾病网络进行分析,借助DAVID 6.8数据库,进行基因本体(GO)生物过程富集分析和KEGG通路富集分析。结果黄芩、毛冬青共有27种活性成分,与冠心病的交集靶点有285个,KEGG通路富集结果显示:黄芩、毛冬青主要通过cAMP信号通路、钙离子信号通路、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路、非酒精性脂肪肝、催产素信号通路、TRP通道炎症介质调控、HIF-1信号通路等治疗冠心病。结论黄芩、毛冬青通过多成分、多靶点、多通路治疗冠心病,其可能是通过cAMP信号通路、钙离子信号通路等发挥对冠心病的治疗作用。  相似文献   

17.
目的 采用网络药理学方法预测酸枣仁汤抗抑郁的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索酸枣仁汤的活性成分及相应靶点,在GeneCards、OMIM及DRUGBANK数据库获取抑郁症相关的靶点;使用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络;对交集靶点利用DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;使用Cytoscape 3.7.1软件构建“酸枣仁汤-成分-靶点-通路”网络。结果 从酸枣仁汤中筛选出15个核心活性成分,涉及槲皮素、山柰酚、柚皮素等;32个核心靶点,涉及STAT3、JUN、AKT1、MAPK1等;GO富集得到的条目共276个[伪发现率(FDR)<0.01],KEGG富集得到114个信号通路(FDR<0.01),涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等。结论 此研究初步探讨了酸枣仁汤抗抑郁的多成分、多靶点、多通路作用机制,为抑郁症的治疗提供思路和参考。  相似文献   

18.
目的:运用网络药理学及生物信息学方法对真武汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用靶点进行研究,探索真武汤多成分-多靶点-多途径-多通路治疗DN的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库(TCMSP)中筛选出真武汤中药物的活性成分,通过STITCH数据库预测作用靶点;同时应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选DN疾病相关靶点,并对潜在作用靶点进行映射。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,使用Cytoscape构建蛋白相互作用网络,采用DAVID数据库进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。结果:筛选出真武汤中活性成分59个,预测潜在靶点95个;其中与DN疾病相关靶点54个;信号通路66条。结论:真武汤治疗DN具有多成分、多靶点、多途径、多通路的作用特点;其潜在作用机制极大可能是通过调控DN疾病发生及发展中的肿瘤坏死因子信号通路、结节样受体信号通路、NF-κB信号通路等过程对其进行干预及治疗。  相似文献   

19.
目的:通过网络药理学方法探讨消痛汤治疗痛风的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP数据库)、SwissTarget Prediction数据库和Uniprot数据库获取并筛选消痛汤活性成分及靶点。通过Genecard数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、DrugBank数据库收集痛风的相关基因。将所得到的消痛汤的药物靶点与痛风相关靶点进行映射,得到交集基因后,通过Cytoscape 3.8.0软件构建"成分-靶点"网络,通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R 4.0.2软件对消痛汤治疗痛风的交集靶点进行基因本体论(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:获得药物-疾病交集基因146个。通过拓扑分析和CytoNCA分析筛选出槲皮素、山柰酚、木樨草素等关键活性成分15个,IL1B、IL6、TNF等12个核心基因。通过GO分类富集分析确定了2319个条目,其中涉及生物过程的2 160条,涉及细胞组分的有44条,涉及分子功能的有114条。通过KEGG通路富集分析,找到了112条信号通路。结论:消痛汤中的关键成分可能为槲皮素、山柰酚、木樨草素等活性物质,主要作用于IL1B、IL6、TNF等靶点,并推断可能通过调控IL-17信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等发挥治疗痛风的作用。  相似文献   

20.
目的:通过网络药理学分析藿朴夏苓汤的成分、靶点及其潜在的作用机制,探讨其对新型冠状病毒肺炎的治疗作用。方法:通过TCMSP搜集藿朴夏苓汤组方的活性成分及靶点,运用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.6.0软件构建网络,并进行模块化、拓扑学分析筛选关键靶点,将筛选到的关键靶点导入DAVID数据库,进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:藿朴夏苓汤的11味中药含71个活性成分235个靶点,蛋白质-蛋白质相互作用网络具有4个模块,筛选出41个关键靶点,GO功能富集分析涉及72个条目,KEGG通路富集分析涉及73个通路。结论:藿朴夏苓汤的成分具有抗炎、免疫调节、抗肺纤维化的作用,可能通过调控肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、HIF-1信号通路等发挥对新型冠状病毒肺炎的治疗作用。  相似文献   

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