采用单引物扩增法标记的基因芯片技术筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌的差异表达基因

目的比较乳腺原发癌与淋巴结转移癌的基因表达差异,筛选乳腺癌转移相关基因。方法采用单引物扩增(SPA)标记方法和含21000个人功能基因的Oligo芯片,比较10例淋巴结转移阳性乳腺癌患者的原发癌及淋巴结转移癌的基因表达差异,筛选至少5对样本中有1．5倍以上相同差异表达趋势的基因;采用实时定量RT—PCR方法对差异表达基因进行病例验证。结果SPA方法标记靶标可使用于一张芯片杂交的起始总RNA模板量减少至0．25μg;共筛选出57个基因在至少5对样本中有1．5倍以上相同的差异表达趋势,其中19个基因在转移癌中表达上调,38个基因下调,8个差异表达基因与细胞黏附和运动能力有关,14个与信号传导有关,14个与细胞生长代谢有关;实时定量RT—PCR检测30例乳腺癌原发癌与配对的淋巴结转移癌中纤维粘连蛋白(FN)的mRNA表达,转移癌中FN的mRNA表达平均相对表达量较原发癌下调3．6倍,配对t检验差异有统计学意义(t=-3．188,P=0．003)。结论(1)单引物扩增标记靶标的方法灵敏度高、重复性好。(2)以乳腺癌的淋巴结转移癌作为原发癌的转移亚克隆进行基因表达的差异比较,筛选得到的基因涉及了细胞黏附和运动能力、细胞信号传导、细胞生长代谢等与转移相关的生物学过程。(3)FN可能参与乳腺癌的转移过程,是潜在的预测乳腺癌转移和预后的分子标志。     

骨诱导因子mRNA表达与乳腺癌发生和转移的关系

目的:探讨骨诱导因子(OGN)基因mRNA表达与乳腺癌发生、发展及转移的关系.方法:采用实时定量RT-PCR方法检测30例乳腺良性肿瘤、108例乳腺原发癌组织和其中30例的癌旁正常组织、30例的淋巴结转移癌中OGN mRNA的表达状态.并分析乳腺原发癌中OGN mRNA表达水平与临床病理因素的关系.结果:OGN mRNA在乳腺癌旁正常组织、良性肿瘤、原发癌和转移癌的高表达率分别为76.7%、83.3%、44.4%和6.7%,其中在非癌的良性肿瘤与正常组织间无差异,在乳腺原发癌的表达比非癌组织下调(P<0.05),在转移癌的表达比原发癌下调(P<0.001).乳腺原发癌中OGN mRNA表达水平仅与患者年龄相关,而与肿瘤大小、临床分期、组织学分级和淋巴结状态等临床病理因素无关.结论:OGN mRNA低水平状态与乳腺癌的发生和转移相关,有望作为乳腺癌诊断和监测肿瘤进展的分子标志物.     

基因芯片筛选原发性肝癌患者的差异表达基因

目的利用基因表达谱芯片技术探讨原发性肝癌(PHC)不同阶段(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异基因的表达,进一步寻找PHC不同阶段组织中的差异表达基因。方法提取20例肝癌癌组织、癌旁组织和正常组织的总RNA,应用Agilent人类全基因组4×44K基因芯片筛选差异表达基因,采用微阵列类分析(SAS)软件对芯片图像进行分析。结果筛选出癌组织与正常组织差异基因4 175个,其中上调基因1 850个,下调基因2 325个。对筛选出的差异基因进行GO分类,主要分为催化活性、信号转导、酶活性调节、转录活性调节、蛋白运输功能、细胞生长、凋亡等功能过程。结论利用基因芯片技术可高通量地筛选出PHC不同阶段组织的差异表达基因,为进一步阐明PHC的发生机制提供实验依据。     

基于线性微分方程模型和k-means聚类研究乳腺癌转移相关基因调控通路

目的通过线性微分方程模型和k-means聚类方法初步探索性研究乳腺癌转移相关基因表达调控通路和预测其生物学意义。方法选择30例伴有淋巴结转移的乳腺癌组织及其相应淋巴结转移癌组织的基因表达谱芯片的比较结果,通过线性微分方程模型和k-means聚类分析乳腺癌转移相关基因表达调控通路。结果比较伴有淋巴结转移的乳腺癌组织和其相应淋巴结转移癌组织,分析筛选了27个表达差异基因,提出GRP基因、BPAG1基因、SFRP2基因间的乳腺癌转移相关调控通路存在的假设。结论初步表明乳腺癌转移的形成是与多基因异常引起基因调控通路异常致使细胞恶性转化相关,利用多种生物信息学手段分析乳腺癌转移相关基因表达调控通路及其生物学意义具有一定的应用价值。     

新疆哈萨克族食管鳞癌差异表达mRNA的筛选

目的 对新疆哈萨克族食管鳞癌(ESCC)组织与正常组织间差异表达的mRNA进行基因芯片筛选,进一步了解ESCC发生、发展机制。方法 利用基因芯片对5对新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织(距癌组织>5 cm)中mRNA进行筛选;利用R软件及R软件包进行生物信息学分析;结合生物信息学工具metascape对差异基因行GO功能注释和KEGG通路富集分析;利用生物信息学网站STRING及Cytoscape软件寻找核心基因;搜集23例新疆哈萨克族ESCC组织和20例癌旁正常组织,对核心基因PLAUR进行免疫组化验证。结果 最终筛选出哈萨克族ESCC差异表达的mRNA 1 764个(差异倍数≥2且P<0.01);差异表达的mRNA中上调的基因378个,下调的基因1 368个,这些差异表达的mRNA涉及了一系列生物学功能及通路;免疫组化结果显示核心基因PLAUR在哈萨克族ESCC中表达高于癌旁正常组织。结论 该研究通过基因芯片筛选出新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织中差异表达的mRNA,找出了其中的核心基因,完善了新疆哈萨克族ESCC基因谱,为ESCC诊断、预后的进一步研究打下基...     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

NDRG1基因在乳腺癌转移中的表达及意义

目的 探讨乳腺癌组织中NDRG1基因的表达及意义,分析NDRG1基因在原发癌组织及淋巴结转移癌组织中表达的变化.方法 乳腺癌患者74例分为两组:有淋巴结转移组33例,无淋巴结转移组41例,采用免疫组化半定量积分法比较两组病例癌组织NDRG1基因的表达,探讨其与临床病理的关系;分析NDRG1基因在原发癌组织及淋巴结转移癌组织中表达的变化.结果 淋巴结转移组比无淋巴结转移组癌组织NDRG1基因表达明显降低(P<0.01);NDRG1基因表达与淋巴结转移呈负相关(rs=-0.415),与年龄及肿物大小无关.淋巴结转移癌组织中,NDRG1基因表达比原发癌组织明显降低(P<0.01).结论 NDRG1表达的下调参与了乳腺癌的转移机制,NDRG1基因过表达可能对乳腺癌转移起抑制作用.     

RT—PCR分析nm23基因在乳腺肿瘤中的转录表达

目的：探讨nm23基因mRNA在乳腺癌组织、乳腺良性肿瘤组织、癌旁组织中的表达及其与临床的关系。方法：采用半定量RT-PCR方法，检测30例乳腺癌组织、8配对癌旁组织、9例慢性纤维囊性乳腺病和6例乳腺纤维腺瘤组织nm23H1和nm23H2mRNA的表达。结果：①淋巴结阳性的原发灶组织nm23H1mRNA表达明显低于淋巴结阴性的原发灶组织，Ⅲ期乳腺癌组织nm23H1mRNA水平较Ⅰ、Ⅱ期明显低。②多因素分析发现淋巴结转移与nm23H1mRNA表达有显性相关。③nm23H2mRNA与乳腺癌患肿瘤大小、淋巴结状况、绝经状况、激素受体状况、TNM分期之间无显性相关。④nm23基因的两个亚型H1和H2的mRNA在4种不同乳腺组织中均有表达。结论：nm23H1基因mRNA表达强度与淋巴结转移呈负相关。在乳腺癌转移过程中，nm23H1mRNA较nm23H2mRNA起更重要的作用。nm23H1和nm23H2基因mRNA在乳腺纤维腺瘤、慢性纤维囊性乳腺病和癌旁组织均有表达。     

RT-PCR分析nm23基因在乳腺肿瘤中的转录表达

【目的】探讨nm2 3基因mRNA在乳腺癌组织、乳腺良性肿瘤组织、癌旁组织中的表达及其与临床的关系。【方法】采用半定量RT PCR方法 ,检测 30例乳腺癌组织、8例配对癌旁组织、9例慢性纤维囊性乳腺病和 6例乳腺纤维腺瘤组织nm2 3H1和nm2 3H2 mRNA的表达。【结果】①淋巴结阳性的原发灶组织nm2 3H1mRNA表达明显低于淋巴结阴性的原发灶组织 ,Ⅲ期乳腺癌组织nm2 3H1mRNA水平较Ⅰ、Ⅱ期明显低。②多因素分析发现淋巴结转移与nm2 3H1mRNA表达有显著性相关。③nm2 3H2 mRNA与乳腺癌患者肿瘤大小、淋巴结状况、绝经状况、激素受体状况、TNM分期之间无显著性相关。④nm2 3基因的两个亚型H1和H2 的mRNA在 4种不同乳腺组织中均有表达。【结论】nm2 3H1基因mRNA表达强度与淋巴结转移呈负相关。在乳腺癌转移过程中 ,nm2 3H1mRNA较nm2 3H2 mRNA起更重要的作用。nm2 3H1和nm2 3H2 基因mRNA在乳腺纤维腺瘤、慢性纤维囊性乳腺病和癌旁组织均有表达     

应用基因芯片技术筛选乳腺浸润性导管癌差异表达基因

目的：应用基因芯片技术研究乳腺浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma,IDC）基因表达的改变。方法：收集手术切除3例IDC癌组织及癌旁对应正常组织标本,提取总RNA,逆转录合成cDNA,用荧光素Cy3通过体外转录分别将6份标本的cDNA标记成cRNA探针,并与6张基因芯片Illumina Human WG-6 expression beadchip杂交,利用荧光扫描仪扫描荧光强度并分析基因表达谱的差异。结果：按差异显著性标准,在3对标本中共同差异表达的基因有6 756个,表达上调3 927个,表达下调2 829个。结论：IDC的发生、发展存在多基因表达调控的改变,基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平,为认识肿瘤发病机制和个体化治疗提供生物学依据。     

转移性和非转移性乳腺癌组织中KAI1基因的表达

目的 :探讨肿瘤转移抑制基因KAI1与乳腺癌转移的相关性。方法 :运用原位杂交法观察KAI1mRNA在转移性和非转移性乳腺癌组织中的表达。结果 :在无淋巴结转移的 12例乳腺癌病例中KAI1mRNA阳性表达为 9例 ,有淋巴结转移的 8例中阳性表达 1例。前者阳性率显著高于后者 (P <0 0 5 )。结论 :KAI1基因的低表达或不表达可能是某些高转移潜能乳腺癌的特征。     

VEGF-C介导的乳腺癌肿瘤淋巴管生成及定位

目的：探讨血管内皮生长因子C（vascular endothelial growth factor C，VEGF-C）介导的乳腺癌肿瘤淋巴管生成及定位。方法：分子生物学原位杂交方法检测VEGF-C mRNA基因在89例原发性乳腺癌组织中的表达；免疫组化SP法对乳腺癌肿瘤淋巴管进行血管内皮生长因子受体3（vascular endothelial growth factor receptor-3，VEG-FR-3）标记。结果：在89例原发性乳腺癌组织中，49例表达VEGF-C mRNA，表达率为55．06％。VEGF-C mRNA的表达与乳腺癌淋巴管密度（lymphatic vessel density，LVD）和腋淋巴结转移呈正相关；与VEGF-CmRNA阴性组相比，VEGF-C mRNA阳性组的肿瘤淋巴管密度大、腋淋巴结转移率高（均P〈0．05）；所有病例都有不同程度的淋巴管生成，但以肿瘤间质组织中淋巴管生成为主，癌巢中未见到明显的成形淋巴管。肿瘤淋巴管密度与乳腺癌临床分期和腋淋巴结转移呈正相关，临床分期越晚，肿瘤淋巴管密度越高（P〈0．05）；腋淋巴结转移组的肿瘤淋巴管密度比无淋巴结转移组高（P〈0．05）。结论：原发性乳腺癌组织VEGF-C mRNA的表达与乳腺癌肿瘤淋巴管生成、腋淋巴结转移呈正相关；VEGF-C介导的乳腺癌肿瘤淋巴管生成主要发生在肿瘤间质组织中。     

表达谱芯片筛选人宫颈癌淋巴结转移相关基因的研究

目的:研究宫颈癌淋巴结转移的差异表达基因,探究宫颈癌淋巴结转移的分子机理,寻找可能用于早期诊断及临床治疗的分子靶标,探讨表达谱新篇在宫颈癌诊断中的应用价值;方法:冷冻微切割取3例病人癌旁上皮组织、癌组织、及转移淋巴结癌组织,提取总RNA,反转录,采用罗氏NimbleGen基因表达谱芯片筛查差异表达基因,利用GenCLi...     

狭缝印迹杂交分析癌转移抑制基因nm23在人肺癌中的表达

为探讨癌转移抑制基因（ｎｍ２３）在人肺癌发生、发展中的作用，采用狭缝印迹杂交技术检测了不同部位、不同性质人肺组织中的ｎｍ２３－Ｈ１和ｎｍ２３－Ｈ２基因的ｍＲＮＡ表达。结果发现，ｎｍ２３－Ｈ１和ｎｍ２３－Ｈ２基因的ｍＲＮＡ表达，都有从正常肺组织、肺良性病变组织、非癌肺组织及癌旁组织、癌灶组织、到癌转移淋巴结组织逐渐降低的趋势。其中，肺癌组织较正常肺组织的ｎｍ２３－Ｈ２基因ｍＲＮＡ表达显著降低（Ｐ＜０．０５），癌转移淋巴结组织较正常肺组织的ｎｍ２３－Ｈ１和ｎｍ２３－Ｈ２ｍＲＮＡ表达均显著降低（Ｐ＜０．０５）。肺癌组织的ｎｍ２３基因表达与淋巴结有无癌转移无明显相关关系（Ｐ＞０．０５）。提示ｎｍ２３基因表达降低可能与肺癌发生有关，未发现ｎｍ２３有癌转移抑制作用。     

基因芯片筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因

目的应用基因芯片技术筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因。方法利用代表人类全基因组的Affymetrix U133 plus 2．0基因表达谱芯片筛查淋巴转移的早期子宫颈鳞癌组织、未转移子宫颈鳞癌组织及正常子宫颈上皮之间的基因表达差异,并进行生物信息学分析。结果与未转移子宫颈鳞癌相比,淋巴转移宫颈癌2倍以上差异表达的基因322条,其中表达上调的基因182条,表达下调的基因140条;4倍以上差异基因37条,其中在淋巴转移组织中上调基因21条,下调基因16条。差异表达基因的功能分类包括：DNA依赖的转录调节基因、发育基因、免疫反应基因、蛋白质水解基因和细胞问信号传导基因等。而三组间两两比较发现,在正常子宫颈与无转移宫颈癌组织中表达无差异的基因中,发现转移组和未转移组表达水平具有2倍以上差异的基因有23条,其中在转移组中,上调基因16条,下调基因7条。与正常子宫颈相比,未转移组中表达上调的基因中有8条基因在转移组表达下调;与正常组相比。未转移组中表达下调的基因中有6条基因在转移组表达上调。在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达上调的基因中,未发现在转移组有进一步表达上调的基因;在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达下调的基因中,也未发现在转移组有进一步表达下调的基因。结论早期子宫颈鳞癌淋巴转移是复杂的多基因作用的结果。本实验初步提供了宫颈癌发生淋巴转移的总体基因表达改变图谱。     

结合激光微切割与cDNA芯片技术筛选胃癌进展过程中差异表达的基因

目的:结合激光微切割(LMD)和基因芯片技术筛选胃癌淋巴结转移相关基因,从中进一步确定在胃癌发生和转移过程中都有差异表达的基因。方法:采用LMD技术,从17例胃癌患者手术标本中获取高纯度的正常胃黏膜细胞及原发灶和相应淋巴结转移灶中的肿瘤细胞。用基因芯片比较其中2例原发灶与淋巴结转移灶中肿瘤细胞基因表达谱的差异,半定量RT-PCR方法验证芯片结果;并在另15份标本中,进一步确定在胃癌发生和转移过程中都有差异表达的基因。结果:发现49个基因的表达在胃癌原发灶肿瘤细胞中比淋巴结转移灶明显上调,37个基因的表达明显下调,mRNA水平的验证结果与芯片结果相符。同时,筛选出4个在胃癌发生和转移过程中都有差异表达的基因,其中3个基因(OPCML,RNASE1和YES1)的表达规律与肿瘤抑制基因相似,即正常黏膜中表达最高,肿瘤原发灶次之,淋巴结转移灶表达最低;而另一个基因(AKC1)的表达规律则与癌基因相似。结论:采用LMD和基因芯片技术,成功筛选出胃癌进展过程中的差异表达基因,为进一步研究胃癌发生和转移的机制奠定了良好的基础。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异,筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA,逆转录成cDNA探针,经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交,用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异,其中有104个基因的表达值有意义,包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的,高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

趋化因子受体5及其基因多态性△32与乳腺癌相关性的研究

目的研究乳腺癌组织及腋窝淋巴结中趋化因子受体5（CCR5）的表达和基因多态性CCR5一A32的发生频率,探讨其在乳腺癌转移中的作用。方法收集2008年8月至2009年6月聊城市人民医院乳腺甲状腺外科手术切除的组织标本35例,采用实时荧光定量RT—PCR法检测乳腺癌原发癌灶及其腋窝淋巴结、癌旁组织和乳腺纤维腺瘤组织中CCR5mRNA相对表达量,及CCR5一A32等位基因发生频率。数据采用单因素方差分析及独立样本t检验。结果①乳腺癌组织CCR5mRNA的相对表达量显著高于癌旁正常组织（P〈0．01）及良性肿瘤组织（P〈0．05）,Ⅱ期与Ⅲ期乳腺癌组织CCR5mRNA相对表达量差异有统计学意义（P〈0．05）,癌旁正常组织与纤维腺瘤组织CCR5mRNA的相对表达量差异无统计学意义（P〉0．05）;②转移淋巴结组织CCR5mRNA的相对表达量明显高于非转移淋巴结（P〈0．05）;（奶5例均未发现等位基因CCR5一A32的变异;④乳腺癌组织CCR5mRNA的相对表达量与ER、PR等临床免疫指标无相关性,但与有无腋窝淋巴结转移及C—erbB一2表达相关。结论CCR5在乳腺癌组织及转移淋巴结中的表达明显升高,CCR5与其配体结合促进了乳腺癌的发生发展及腋窝淋巴结的转移,可作为预测引障瘸腑蜜激p结弦稳砖而后的舌算锌千粽士物柏I瞻市治疗焊枇了拓苗Ⅲ占     

乳腺原发癌和淋巴结转移癌中ALDH1A1和TGF-β1的表达及预后价值

目的 探讨乳腺原发癌和相应淋巴结转移癌中乙醛脱氢酶1(ALDH1A1)和转化生长因子-β1(TGF-β1)的表达情况及与患者预后的相关性,并探讨ALDH1A1与TGF-β1之间的相关性。方法 收集有淋巴结转移的乳腺非特殊型浸润性癌197例,采用免疫组化方法检测ALDH1A1和TGF-β1在原发癌及相应淋巴结转移癌中的表达情况,并对临床病理参数及预后进行统计学分析。结果 ALDH1A1和TGF-β1在乳腺原发癌和相应淋巴结转移癌中表达的一致率分别为87.82%和86.80%,两者呈明显的正相关(P＜0.05);Kaplan-Meier生存曲线结合Log-rank检验显示,在原发癌和淋巴结转移癌中,ALDH1A1和TGF-β1均为不良预后因素(P＜0.05);单因素Cox比例风险回归模型分析显示,组织学分级、肿块大小、阳性淋巴结个数、原发癌和转移癌中ALDH1A1和TGF-β1均是患者预后的危险因素(P＜0.05),多因素分析结果显示原发癌ALDH1A1、转移癌TGF-β1及阳性淋巴结个数是患者预后的独立危险因素(P＜0.05);Spearman相关性分析显示,在乳腺原发癌和相应淋巴结转移癌中,ALDH1A1和TGF-β1均呈明显正相关(P＜0.05)。结论 ALDH1A1和TGF-β1的表达在原发癌和相应淋巴结转移癌中呈正相关,且均与预后相关。ALDH1A1和TGF-β1的表达存在正相关,原发癌ALDH1A1和转移癌TGF-β1是判断乳腺癌预后的独立影响因素。