基于生物信息学分析FAM189A2在食管癌中的表达及临床意义

目的 基于多种生物数据库探讨FAM189A2在食管癌中的表达及临床意义。方法 通过UALCAN对FAM189A2表达水平进行泛癌分析，分析其与食管癌分期、TP53突变的关系及甲基化水平。应用RT-PCR技术检测食管癌和正常食管中FAM189A2的表达水平。采用GEPIA分析FAM189A2对预后的影响，应用c Bioportal和STRING数据库筛选共表达基因并构建调控网络。采用DAVID数据库将共表达基因进行基因本体论（GO）及京东基因和基因组（KEGG）富集分析。结果 FAM189A2 mRNA表达水平在食管癌中表达显著低于正常组织（P <0.05），且与临床分期、TP53突变状态等相关，差异均有统计学意义（P <0.05）,FAM189A2低表达的食管癌患者预后不良（P <0.05），其低表达可能与甲基化有关，GO和KEGG富集分析结果显示，FAM189A2共表达基因主要参与细胞内信号传导、PI3K-Akt信号通路等。结论 FAM189A2在食管癌中表达低于正常组织，低表达患者预后不良，FAM189A2的表达与肿瘤的分期、病理分型和TP53突变状态密切相关。     

利用生物信息学分析LMO2在乳腺癌中的表达和功能

目的探讨LMO2在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物学作用。方法通过Oncomine数据库挖掘LMO2在多种肿瘤中的表达水平,并基于基因表达谱数据动态分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库检索LMO2在乳腺癌组织与正常组织中的表达差异。采用KM plotter数据库评估LMO2在乳腺癌中的预后价值。利用Coexpedia数据库构建LMO2在乳腺癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>3的共表达基因注释;通过GEPIA筛选出差异有统计学意义的关键基因,进一步分析LMO2与这些关键基因的相关性,并对这些基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集。结果乳腺癌组织中,LMO2mRNA和蛋白表达较正常乳腺组织均明显下调(P <0.05),LMO2低表达预示着乳腺癌患者更差的预后。LMO2的共表达基因主要有ADGRL4、GIMAP6、PECAM1、TGFBR2、MEF2C、CD93、S1PR1、LHFP、GMFG、A2M、LDB2、KCTD12、PTPRB和CAV1。其生物学功能主要富集于信号传导等方面。其中,表达显著上调的基因有CAV1,显著下...     

肺腺癌中CDK1的生物信息学分析

目的:分析基于生物信息学对CDK1在肺腺癌(LUAD)中的表达和临床意义。方法:通过GEPIA分析CDK1的表达,在UALCAN数据库中分析肺腺癌分期、淋巴结转移等临床特征与CDK1表达的关系,GEPIA分析CDK1表达与肺腺癌预后的关系,Oncomine数据库挖掘CDK1的共表达基因,WebGestalt对共表达基因进行G0和KEGG通路富集分析。String数据库整合基因蛋白互作网络(PPI),并进行Cytoscape可视化分析,CytoHubba挑选核心基因。Kaplan-Meier plotter和GEPIA数据库对筛选出的hub基因进行了更多的分析和验证。结果:在肺腺癌中,CDK1表达明显高出正常组织(P<0.01)。UALCAN数据库分析表明肺腺癌患者的分期、性别等临床特征与CDK1的表达没有显著相关性。GEPIA分析显示,与CDK1高表达的肺腺癌患者相比,CDK1低表达患者的总生存率增加(P<0.05)。Oncomine数据库筛选出CDK1的共表达基因有TOP2A、MCM4等18个基因。GO分析显示,CDK1共表达基因主要与染色体定位、染色体凝集、ATP酶活性...     

基于数据库挖掘分析BUB1基因在卵巢癌中的表达及意义

目的探讨BUB1在卵巢癌(Ovarian cancer, OV)中的表达及与预后的关系。方法利用Oncomine数据库挖掘BUB1在各种肿瘤中的表达;通过GEPIA数据库分析BUB1在卵巢癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier数据库分析BUB1在卵巢癌中的预后价值;通过Coexpedia数据库构建BUB1在卵巢癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>13的共表达基因注释。利用WebGestalt对其进行KEGG通路富集分析。按score高低筛选出关键基因,GEPIA进一步分析BUB1与关键基因的相关性。结果 (1)从Oncomine数据库检索出BUB1基因相关研究424项,其中高表达85项,低表达15项。(2)GEPIA分析表明,BUB1在卵巢癌组织中的表达高于正常组织(P<0.05)。(3)Kaplan-Meier数据库分析结果显示,BUB1基因低表达的卵巢癌患者总生存期(HR=1.2,P<0.05)增加。(4)BUB1的共表达基因主要有AURKA、DLGAP5、KIF2C、TPX2、BUB1B、DEPDC1、KIF23、CDCA3、TTK、...     

基于多数据库分析FAM50A在肝细胞癌中的临床意义及生物学功能

目的 分析50序列相似的家庭成员A(FAM50A)在肝细胞癌(HCC)中的临床意义及生物学功能,并探索其在HCC发生发展中的作用.方法 分别采用Real-time PCR和Western blot检测FAM50A在45例HCC组织及配对癌旁组织中的表达水平.采用HPA数据库分析FAM50A的表达及定位.Oncomine数据库和GEPIA数据库分析FAM50A在HCC组织及正常肝组织中的表达差异.从癌症基因图谱数据库获取HCC临床病例资料,统计分析FAM50A表达量与HCC患者临床病理特征的关系.Kaplan Meier Plotter数据库分析FAM50A表达水平与HCC患者预后的关系,MethHC数据库分析FAM50A启动子区甲基化水平,String数据库分析FAM50A的蛋白相互作用网络,基因集富集分析(GSEA)数据库预测FAM50A在HCC中调控的可能信号通路.结果 正常组织中,FAM50A mRNA在骨骼肌组织中表达量最高,肝脏组织居第37位.肿瘤组织中,其在卵巢癌组织中表达量最高,在HCC中表达量居第9位.FAM50A在正常肝组织中主要定位在细胞质、细胞膜及细胞核,在HCC组织中定位在细胞核.Real-time PCR检测结果 显示FAM50A在HCC组织中的mRNA表达量高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.001).Western blot显示FAM50A蛋白在HCC组织中的表达高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05).Oncomine及GEPIA数据结果 均显示FAM50A在HCC组织中的mRNA表达量高于正常肝组织,差异有统计学意义(P<0.05).FAM50A基因mRNA表达量与HCC患者的性别(P=0.006)、肝硬化(P=0.001)、脉管癌栓(P=0.010)相关;与年龄、甲胎蛋白水平、肿瘤大小、分化程度、病理分期及是否远处转移无关(P>0.05).与FAM50A低表达组患者相比,FAM50A高表达组患者总体死亡率较高、预后较差,差异有统计学意义(P<0.0001),表现为癌基因特性.与正常肝组织相比,HCC组织FAM50A启动子区甲基化水平降低,差异有统计学意义(P<0.005).与FAM50A相互作用的蛋白有SF3B3、ATP6AP1、NSFL1C等.FAM50A mRNA高表达样本富集到MAPK信号通路、Wnt信号通路、Notch信号通路等相关基因集(P<0.05).结论 FAM50A 在 HCC 中高表达,且FAM50A表达水平与HCC恶性程度及不良预后相关,可能作为癌基因在 HCC 中发挥作用.FAM50A 有望成为HCC诊断及预后评估的新靶点.     

ZNF7基因在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物信息学分析

目的 运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法 通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能；通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况，以及年龄、性别等因素对其表达的影响；通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线；利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因，并对它们进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析；通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络及其功能。结果 ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性，是特定肿瘤中强大的预后标志物，但其在乳腺癌中的角色尚不明确；ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者，但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示，ZNF7正向共表...     

基于数据挖掘分析FAM64A在肺腺癌中的表达模式和作用机制

目的:基于数据挖掘分析FAM64A在肺腺癌中的表达和作用机制。方法:利用TIMER和GEPIA数据库分析FAM64A在人类恶性肿瘤中的表达;使用GEPIA和UALCAN数据库分析FAM64A表达与肺腺癌患者临床分期的相关性;通过Kaplan-Meier Plotter评估FAM64A表达对肺腺癌患者总体生存率和无复发生存率的影响;通过cBioPortal数据库探索FAM64A在肺腺癌中的遗传突变;通过GEMEMANIA和SDTRING数据库构建FAM64A的相互作用网络;最后鉴定与FAM64A存在相关关系的基因并进行功能富集分析。结果:与正常组织相比,FAM64A在包括肺腺癌在内的多种人类恶性肿瘤中显著高表达。GEPIA和UALCAN数据库分析显示,FAM64A表达越高患者临床分期越晚。Kaplan-Meier生存曲线结果显示,FAM64A表达越高肺腺癌患者的5年总体生存率和无复发生存率越低。此外,相互作用网络结果显示,FAM64A可能与BUB1存在相互作用关系。功能富集分析发现,FAM64A及其共表达基因主要参与细胞周期、DNA复制、RNA转运、同源重组、P53信号通路、氧化磷酸化等...     

基于数据库探讨NEDD8在头颈鳞癌中的表达及其预后价值

目的通过数据库探讨神经前体细胞表达下调因子8（NEDD8）在头颈鳞癌中的表达及其预后价值。方法利用Oncomine和UALCAN数据库分析NEDD8在头颈鳞癌组织和正常组织中的表达差异;运用GEPIA数据库和Kaplan-MeierPlotter在线分析NEDD8表达与头颈鳞癌患者生存率的关系;采用cBioPortal数据库分析头颈鳞癌患者中NEDD8基因改变情况。进一步通过LinkedOmics数据库寻找NEDD8共表达基因,并进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果NEDD8mRNA在头颈鳞癌中表达水平显著高于正常组织,且与患者临床肿瘤分期、病理肿瘤分级、淋巴转移分期等显著相关（均P＜0.05）。生存曲线分析显示,NEDD8高表达组头颈鳞癌患者总生存率显著低于低表达组（P＜0.05）。NEDD8突变与HNSCC患者生存率无明显关系。NEDD8基因可能参与翻译延伸和蛋白折叠等生物学过程,并在核糖体、蛋白运输和嘧啶代谢通路等方面富集。结论NEDD8基因在头颈鳞癌患者中高表达且提示患者预后较差。NEDD8基因可能是潜在的头颈鳞癌生物标志物和治疗新靶点。     

基于数据库挖掘:TRIM44蛋白在结直肠癌中的表达差异分析

目的通过数据挖掘分析TRIM44在结直肠癌中的表达及意义。方法对TCGA和GEO数据库结直肠癌中TRIM44的数据进行R语言脚本分析,并通过GEPIA、TIMER等多个数据库进行了差异表达、生存分析、肿瘤纯度与免疫浸润的关系以及相关基因的共表达和GO与KEGG分析。结果TRIM44在结肠癌中有明显的差异表达(P<0.001),TRIM44高表达者预后较差(P<0.05)。TRIM44在直肠癌中无明显差异表达。GO和KEGG分析结果显示,TRIM44共表达基因富集于调节干细胞多能性信号传导途径等多个通路。进一步免疫浸润分析提示TRIM44与M₀和M₂免疫细胞基因有明显的相关性。结论TRIM44可通过作用于M₀和M₂细胞影响CCL2基因表达,进而对结肠癌的发生和发展产生调控作用。TRIM44有望成为结肠癌早期诊断和免疫治疗新靶点。     

乳腺癌中COL17A1表达的意义及其免疫相关性

目的 基于生物信息学分析乳腺癌中COL17A1表达的意义及其免疫相关性。方法 利用各种数据库分析COL17A1在乳腺癌中的表达情况、差异表达基因、基因本体论（GO）功能注释和京都基因和基因组数据库（KEGG）通路富集分析、与淋巴细胞浸润和趋化因子相关性以及患者生存预后分析。Western blotting和实时定量PCR (qRT-PCR)检测乳腺癌细胞中COL17A1的表达。结果 与正常乳腺组织比较，COL17A1在乳腺癌不同状态（肿瘤分期，年龄，绝经前、中、后和淋巴结转移等）均表达降低（均P <0.05）；并且COL17A1低表达与患者低生存率相关。COL17A1差异表达基因的GO功能分析结果显示主要富集在表皮发育与形成、细胞-细胞间连接和钙离子结合等；KEGG通路富集分析显示主要富集在PI3K-AKT信号通路。Western blotting和qRT-PCR检测结果显示，与MCF-10A细胞比较，不同乳腺癌细胞中COL17A1的表达均显著降低（均P <0.000 1）。乳腺癌组织中COL17A1与CCL14、CCL21、CX3CL1和CCL19等趋化因子和CCR6、C...     

基于生物信息学方法分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系

目的 应用生物信息学方法分析程序性细胞死亡分子10(PDCD10)基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系。方法 搜索GEPIA数据库中关于PDCD10基因的数据，分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的表达水平及其与患者生存情况的关系。应用UALCAN数据库分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的甲基化水平。应用LinkedOmics数据库分析胰腺导管腺癌组织中与PDCD10基因共表达的基因，并对共表达基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。应用STRING网站绘制PDCD10基因的蛋白-蛋白相互作用网络图。应用TIMER数据库分析PDCD10基因表达水平与胰腺导管腺癌细胞纯度、各类型免疫细胞浸润水平的相关性。结果 胰腺导管腺癌组织中的PDCD10基因表达水平高于正常胰腺组织(P<0.05),病灶组织中PDCD10基因低表达水平的胰腺导管腺癌患者的总体生存率及无病生存率均高于组织中PDCD10基因高表达水平的患者(均P<0.05)。胰腺导管腺癌组织中PDCD10基因甲基化水平高于正常胰腺组织(P<0.0...     

基于生物信息学方法分析R-spondin3在乳腺癌中的表达及其预后价值

目的 探讨R-spondin3(RSPO3)在乳腺癌中的表达及预后价值。方法 应用TIMER、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因表达谱数据动态分析(gene expression profilling in-teractive analysis 2, GEPIA2)、人类蛋白质表达图谱(Human Protein Atlas, HPA)等数据库分析RSPO3在乳腺癌组织和癌周正常组织中的差异表达,并分析其表达水平与乳腺癌病理学参数之间的相关性;GEPIA2数据库探讨RSPO3转录本在乳腺癌中的表达及其结构特征;Kaplan-Meier Plotter绘制RSPO3与乳腺癌患者的预后生存曲线;运用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等对其进行基因功能富集分析和代谢通路分析;应用TIMER数据库分析RSPO3的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。结果 RSPO3在乳腺癌中呈低表达,且其表达水平与乳腺癌患者的年龄、肿瘤最大径、分子分型相关,在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的预后不良相关;GO功能富集分析显示,RSPO3相互作用的基因主要富集于免疫细胞及其受体等参与的生物学过程;免疫细胞浸润分析结果显示,RSPO3在乳腺癌组织中的表达水平与CD8⁺ T细胞、CD4⁺ T细胞、CD4⁺记忆T细胞、巨噬细胞、B细胞等的浸润水平呈正相关,而与调节性T细胞(Treg细胞)的浸润水平呈负相关;KEGG代谢通路分析显示,RSPO3可能参与Wnt/β-catenin通路。结论 在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的不良预后相关,其可能通过抑制免疫细胞浸润及活化Wnt/β-catenin通路参与乳腺癌的进展。     

基于生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及临床意义

目的 通过生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及其对临床治疗和预后评估的意义。方法 下载癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中多种肿瘤表达资料,采用R语言分析FAM83H-AS1在多种癌症中的表达情况。单独分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达情况,并通过基于基因表达水平值的交互式分析平台（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）在线数据库验证表达情况。利用TCGA数据库下载并分析生存资料,明确FAM83H-AS1表达水平与乳腺癌患者预后的关系,并利用GEPIA及Kaplan-Meier Plotter进行双重验证。同时利用TCGA临床信息分析FAM83H-AS1与临床病理分期的关系,运用R语言分析FAM83H-AS1与肿瘤微环境、免疫检测点相关基因及肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）的相关性,并进行基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）。结果 FAM83H-AS1在多种癌症中表达异常,其中在乳腺癌中的表达显著升高,且高表达FAM83H-AS1的乳腺癌患者总生存率显著降低。此外,不同临床分期的乳腺癌患者FAM83H-AS1的表达水平不同。FAM83H-AS1与乳腺癌样本中的基质细胞评分及免疫细胞评分均呈负相关,与一些免疫检测点相关基因表达具有相关性,TMB雷达图结果提示FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达与TMB存在正相关性,GSEA结果提示FAM83H-AS1的表达与错配修复功能呈正相关性。结论 FAM83H-AS1基因在乳腺癌中高表达,与患者的不良预后、临床病理分期、肿瘤微环境及TMB均有相关性。同时FAM83H-AS1与免疫检测点相关的一些基因及错配修复基因存在相关性,以上可能为临床乳腺癌的治疗、预测预后及基因靶向药物的研制提供理论依据。     

基于生物信息学分析SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的 通过分析生物信息数据库,探讨胆碱转运蛋白样蛋白SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义.方法 检索Oncomine数据库,分析SLC44A4基因在不同类型肿瘤中的表达情况;检索基因表达谱动态分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)数据库,对比乳腺癌组织与正常乳腺组织之间SLC44A4基因的表达差异,分析该基因的表达水平与乳腺癌临床病理分期的关系.利用Kaplan-Meier Plotter在线分析SLC44A4基因表达水平与乳腺癌患者预后的关系.检索肿瘤单细胞(CancerSEA)数据库分析SLC44A4基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性.结果 SLC44A4在多种肿瘤组织中高表达.与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中SLC44A4基因的表达明显升高(P＜0.05),且不同临床病理分期和分型的乳腺癌患者SLC44A4基因表达水平比较差异有统计学意义(P＜0.05).从总体来看,SLC44A4基因高表达组总生存(overall survival,OS)期高于低表达组(P＜0.05).此外,SLC44A4基因的表达与乳腺癌细胞的侵袭、细胞周期、DNA修复呈正相关性.结论 SLC44A4基因在乳腺癌组织中高表达,与患者预后相关,并与乳腺癌细胞功能存在一定相关性.     

凋亡诱导因子2在乳腺癌中的表达及其相关作用

目的 利用生物信息学方法分析凋亡诱导因子2(apoptosis-inducing factor 2,AIFM2)在乳腺癌患者肿瘤组织中的表达及作用机制。方法 检索GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、UALCAN数据库中AIFM2的研究信息,分析该基因在乳腺癌中的表达。利用Kaplan-Meier方法分析AIFM2的表达与乳腺癌患者生存及临床病理因素间的关系。同时应用LinkedOmic数据库筛选与AIFM2共同表达的基因,并对靶标基因进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析,并通过肿瘤免疫评估资源(tumor immune estimate resource, TIMER)数据库探究AIFM2表达与肿瘤组织中免疫细胞浸润的相关性。结果 GEPIA数据库分析发现AIFM2基因在乳腺癌组织中的表达显著低于癌旁组织(P<0.05);Kaplan-Meier Plotter数据库生存分析显示AIFM2基因高表达患者组的无复发生存期、总...     

基于生物信息学分析乳酸脱氢酶A在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的 探讨乳酸脱氢酶A(LDHA)在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义.方法 利用GE-PIA2和Oncomine数据库挖掘LDHA基因在LUAD中的表达信息;人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析LDHA蛋白表达;Ucalcan平台分析LDHA与LUAD临床病理特征的关系;Kaplan-Meier法分析该基因与LUAD患者预后的关系;LinkedOmics和Metascape工具进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测LDHA潜在分子调控机制;STRING-DB网站构建可视化蛋白互作网络(PPI).结果 LUAD组织中LDHA mRNA表达水平是正常肺组织的2.44倍(P<0.05).免疫组织化学结果表明,LDHA蛋白在LUAD组织中高表达.LDHA mRNA的表达与LUAD的病理分级和淋巴结转移数量呈正相关(P<0.05),与种族、性别、年龄和吸烟习惯无关(P>0.05),LDHA高表达者总生存期(OS)低于低表达者(logrank P<0.01,H R=1.9).GO分析显示LDHA主要参与细胞分裂、细胞周期相变和嘌呤核糖核苷三磷酸代谢等过程,主要富集于中心颗粒体、微管、线粒体包膜等区域,主要与钙粘蛋白结合、单糖结合和激酶结合等功能相关;KEGG分析表明,LDHA共表达基因主要涉及糖酵解、磷酸戊糖途径、嘌呤代谢和糖异生等信号通路,26个LUAD相关基因编码的蛋白与LDHA存在互作关系.结论 LDHA在LUAD组织中高表达,影响LUAD的发生、发展和预后,有望成为LUAD诊断和药物治疗的重要靶点.     

基于生物信息学的食管鳞癌关键基因筛选

目的 探索食管鳞癌(ESCC)基因调控机制以寻找诊治相关潜在的生物标志物.方法 整合GEO数据库中ESCC基因芯片数据集获得共同差异表达基因(DEGs),进行基因本体(GO)和基因组百科全书数据库(KEGG)分析,构建蛋白互作网络后筛选出核心DEGs.利用GEPIA进行表达差异及生存分析,经UALCAN验证差异分析结果.结果 33例ESCC组织及15例正常组织中筛选出86个DEGs.GO和KEGG富集分析结果显示,差异基因功能主要涉及细胞周期、细胞分化、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路等,蛋白互作分析网络筛选出27个核心基因,其中与患者预后相关基因两个:CKDN3、KIF4A.结论 CKDN3、KIF4A在ESCC组织中高表达,与ESCC预后相关,有助于ESCC的诊断及预后.     

基于生物信息学的食管鳞癌关键基因筛选

目的 探索食管鳞癌(ESCC)基因调控机制以寻找诊治相关潜在的生物标志物.方法 整合GEO数据库中ESCC基因芯片数据集获得共同差异表达基因(DEGs),进行基因本体(GO)和基因组百科全书数据库(KEGG)分析,构建蛋白互作网络后筛选出核心DEGs.利用GEPIA进行表达差异及生存分析,经UALCAN验证差异分析结果.结果 33例ESCC组织及15例正常组织中筛选出86个DEGs.GO和KEGG富集分析结果显示,差异基因功能主要涉及细胞周期、细胞分化、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路等,蛋白互作分析网络筛选出27个核心基因,其中与患者预后相关基因两个:CKDN3、KIF4A.结论 CKDN3、KIF4A在ESCC组织中高表达,与ESCC预后相关,有助于ESCC的诊断及预后.     

利用TCGA和GEPIA2公共数据库分析ACSM3与卵巢癌预后的关系

目的 研究肿瘤基因图谱(TCGA)数据库中酰基辅酶A合成酶中链家族成员3(ACSM3)在357例卵巢癌患者中的表达量及其与患者生存状况的关系。方法 对TCGA数据库中357例卵巢癌患者的ACSM3表达量及其与生存情况的关系进行分析,寻找其共表达基因并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果 多因素Cox回归分析进一步表明,ACSM3是卵巢癌患者预后的影响因素,其共表达基因富集分析结果与炎症应答和肿瘤中基因异常转录相关。结论 ACSM3的表达对卵巢癌患者的预后具有重要的意义,高表达预后较好。ACSM3可以成为指导临床医师评估卵巢癌患者预后的重要指标。     

基于TCGA数据库分析POSTN在头颈部鳞癌中的表达和临床意义

目的 利用在线数据库和生物信息学方法分析POSTN基因在头颈部鳞状细胞癌中的差异表达对其预后的临床意义,寻找头颈部鳞状细胞癌新的生物标志物。方法 使用TCGA公共数据库获取头颈部鳞癌患者的基本信息、POSTN的表达情况;利用Kaplan-Meier Plotter分析不同POSTN表达水平的头颈部鳞癌患者生存曲线;采用TIMER数据库分析POSTN与头颈部鳞癌中各种免疫细胞浸润的相关性;GEPIA数据库分析POSTN表达与免疫细胞标志物表达的相关性;GO和KEGG基因富集分析探索POSTN共表达基因的功能及其作用通路。结果 POSTN在头颈部鳞癌中高表达(P<0.05),其表达与头颈部鳞癌患者的预后呈正相关;头颈部鳞癌患者的累积生存率与多种免疫细胞的浸润程度相关;POSTN表达水平与头颈部鳞癌中的巨噬细胞浸润程度呈正相关关系(P=0.024),并与M2型巨噬细胞标志物呈正相关关系(P<0.001),POSTN高表达促进巨噬细胞向M2型极化。富集分析显示POSTN与细胞外基质调节过程相关。结论 POSTN表达与头颈部鳞癌患者预后及免疫浸润相关,并且其可能通过调节巨噬细胞极化而...