4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的 了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征.方法 采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B 、DRB1等位基因及单体型频率.结果 4082例样本中,共观察到204个HL4等位基因,其中频率＞0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11:01、A*24:02、A*02:01、B*46:01、DRB1* 09:01、DRB1* 15:01.841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD ＞0,HF≥3.67 ×10-4,x2 ＞3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD ＞0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD＞0,HF≥3.67×10-4,x2＞3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD＞0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是“可靠的”(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条.结论 获得上海地区汉族人群HLA-A 、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据.     

黑龙江地区汉族HLA-A、B、DRB1基因及单倍型的研究与应用

目的研究中国造血干细胞捐献者资料库黑龙江分库汉族捐献者HLA-A、B、DRB1等位基因和单体型频率分布特征,探讨中国广大地区乃至世界其他人种利用黑龙江汉族捐献者进行造血干细胞移植的可能性。方法采用序列特异性引物(PCR-SSP)和序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)基因分型技术,对黑龙江地区汉族捐献干细胞的9 019名供者进行HLA-A、B、DRB1基因低分辨检测。结果共观察到77个HLA等位基因,其中频率>0.1的A、B、DRB1座位特异性分别为A2、A11、A24、B13、DR15、DR9、DR7、DR12、DR4。432条A-B单体型中,25条单体型的频率高于0.01,101条单体型呈现显著的正连锁不平衡,21条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40);437条B-DRB1单体型中,22条单体型的频率高于0.01,115条单体型呈现显著的正连锁不平衡,16条表现为强连锁不平衡;2 002条A-B-DRB1单体型中,971条单体型有意义(频率≥1.66×10-4),18条单体型频率高于0.005。截止2007年3月通过中国造血干细胞捐献者资料库管理中心检索,成功移植20例。结论黑龙江汉族人群HLA-A,B,DRB1等位基因和单体型的分布特征接近北方汉族人群,与中国汉族人总体分布特征相似。未发现群体特有的基因和单体型,但具有其自身分布特征。不同地区、不同人群有可能在中国造血干细胞库黑龙江地区汉族捐献者中寻找到HLA相合的供者。其中中国人群最容易找到HLA相合供者,其次是日本人和韩国人。     

黑龙江地区蒙古族HLA-A、B、DRB1等位基因及单体型的研究

目的研究黑龙江地区蒙古族人群HLA-A、B、DRB1基因及单体型频率的分布特征,探讨黑龙江地区蒙古族患者利用中华骨髓库的无关供者资源进行移植的可能性,以及其他地区患者利用本地区中华骨髓库的无关供者资源进行移植的可能性。方法采用序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术,对祖居黑龙江地区的157例无血缘关系蒙古族健康供者外周血血样进行HLA-A、B、DRB1基因分型,并翻译成相应的抗原特异性;采用最大似然法(EM)通过Arlequin3.1软件计算HLA基因和单体型频率,并统计相关的遗传参数。结果得到黑龙江地区蒙古族人群的HLA-A、B、DRB1基因及单体型频率及分布情况。黑龙江地区蒙古族人群中,频率>0.1的A、B、DRB1座位特异性分别为A2(0.342 3)、A24(0.153 2)、A11(0.139 6)、DR15(0.139 6)、DR7(0.135 1)、DR12(0.126 1)、DR9(0.117 1)、DR4(0.103 6);频率>0.03的A-B、B-DRB1单体型为A2-B61(0.066 7)、A1-B37(0.045 045)、A2-B48(0.040 541)、A2-B62(0.036 036)、A24-B54(0.031 532)、A2-B46(0.031 013)、B13-DR7(0.031 5)、B58-DR17(0.031 5);频率>0.02的A-B-DRB1单体型为A1-B37-DR10(0.027 0)、A2-B46-DR9(0.022 5)、A2-B48-DR12(0.0225)、A2-B62-DR12(0.022 5)、A30-B13-DR7(0.022 5);频率>0.0134的有意义两座位单体型中,A30-B13、B50-DR7、B58-DR17连锁不平衡强度最高(ALD>0.7)。并将这些数据与其它地区人群HLA数据进行了比较。结论黑龙江地区蒙古族人群具有独特的HLA-A、B、DRB1基因及单体型频率分布特征,其分布与民族和地域关系紧密。     

四川骨髓库汉族人群HLA-B*07∶10的HLA-A,-B,-C,-DRB1,-DQB1 5座位单体型研究

目的 了解中华骨髓库四川分库中HLA-B* 07∶10的HLA-A,-B,-C,- DRB1,-DQB1 5座位高分辨单体型构成及其分布特点.方法 在中华骨髓库四川分库2010～2011年入库数据中,查询含有HLA-B* 07∶10的标本,补充其HLA-C,-DQB1高分辨资料;采集家系进行5座位高分辨分型,推导其单体型.以HaploStats查询该单体型在全球的分布.结果 筛选到含有HLA-B* 07∶10的标本16例.这14名捐献者均携带单体型HLA-A* 02∶ 01-B*07∶ 10-C*07∶02-DRB1* 03∶01-DQB1* 02∶01;另2例标本包含HLA-A*02∶ 01-B*07∶ 10-C* 07∶02,但HLAⅡ类不含有DRB1*03∶01-DQB1* 02∶01.HLA-A*02∶ 01-B* 07∶10-DRB1* 03∶013座位单体型仅在奥地利常见(P ＞0.001).结论 HLA-B*07∶10在四川骨髓库汉族人群中有独特的分布,其单体型以HLA-A* 02∶01-B* 07∶10-C* 07∶02-DRB1* 03∶ 01-DQB1* 02∶01为主.     

山东骨髓库汉族人群HLA-A,B,DRB1位点基因频率调查

HLA抗原及基因型别是人类重要的遗传标志，存在种族、地域差异。由于HLA血清学分型受血清来源、特异性和所需标本等条件的限制，错误率高达25％。笔者应用较为准确的PCR—SSP方法对山东骨髓库（以下简称山东库）2483名汉族志愿捐献者做了HLA-A、B、DRBl等位基因分型，以期为患者查询HLA相合的造血干细胞供者提供帮助。并借以了解山东库HLA～A，B，DRB1基因频率的分布，现报告如下。     

吉林骨髓库汉族造血干细胞捐献者HLA-A、B、DRB1基因分布和单体型分析

目的了解中国造血干细胞捐献者资料库吉林分库HLA基因及单体型分布特征。方法采用PCR-SSP、PCR-SSO和PCR-SBT法对吉林分库内10 120份吉林籍汉族捐献者HLA-A、B、DRB1基因低分辨分型,用Excel软件计算HLA基因频率、单倍型频率及其连锁不平衡参数。结果吉林分库内汉族捐献者的HLA-A、B、DRB1基因(含血清学特异性)分别有21、45、13种,频率高的基因是:A*02、A*24、A*11、A*30,B*13、B*60、B*61、B*62、B*35、B*46、B*51,DR*01、DR*03、DR*04、DR*07、DR*09、DR*12、DR*15。HLA单体型分布,两座位连锁频率较高的有:A30-B13、A02-B46、A02-B61、A02-B58,B13-DR07、B13-DR12、B46-DR09、B61-DR09,A2-DR09、A30-DR07、A02-DR12、A02-DR15;三座位连锁频率较高的是:A30-B13-DR07、A02-B46-DR09、A02-B13-DR12、A02-B61-DR09。结论为临床造血干细胞移植寻找合适匹配的供受对,以及吉林地区汉族人群HLA基因多态性与HLA相关疾病的研究提供了有意义的参照数据。     

四川造血干细胞捐献者资料库HLA-A,B,DRB1基因和单倍型研究

目的了解中国造血干细胞捐献者资料库四川分库(以下简称“四川分库”)HLA基因及单倍型分布特征。方法采用PCR-SSP及PCR-SSO对四川分库内11134名四川籍捐献者HLA-A、B、DRB1基因低分辨分型,用Excel软件计算HLA基因频率、Hardy-Weinberg平衡吻合度、单倍型频率及其连锁不平衡参数。结果在四川分库内,HLA-A、B、DRB1基因(含血清学特异性)分别有18、41、13种,累积频率>50%的显著高频率基因是:A*11、A*02,B*46、B*40(60)、B*13、B*58、B*15(75),DRB1*09、DRB1*12、DRB1*15、DRB1*04。频率大于5%的单倍型有A*02-B*46、A*11-B*40(60)、A*33-B*58、B*46-DRB1*09、A*02-DRB1*09、A*11-DRB1*12、A*11-DRB1*15、A*02-B*46-DRB1*09。紧密相关的单倍型是A*33-B*58、A*30-DRB1*07、B*37-DRB1*10、A*02-B*37-DRB1*10。结论此资料有助于为临床移植寻找合适匹配的供受对,并为四川地区健康人群HLA基因多态性以及HLA相关疾病的研究提供有意义的参照数据。     

中国南方汉族人群HLA-A、B、DRB1基因的序列分析和单体型分布

目的分析中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的序列多态性和单体型的分布情况。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对421名随机南方汉族个体的HLA-A、-B、-DRB1基因进行序列分析,进而采用最大似然性方法计算等位基因和单体型的分布频率。结果26个HLA-A等位基因中,频率>0.05的6种常见等位基因A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303和A*0203的频率总和为78.15%;53个HLA-B等位基因中,频率>0.05的5种常见等位基因B*4001、B*4601、B*5801、B*1502和B*1301的频率总和为50.59%;36个HLA-DRB1等位基因中,频率>0.05的7种常见等位基因DRB1*0901、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*0405和DRB1*0301的频率总和为60.21%。372条A-B、494条B-DRB1和1658条A-B-DRB1单体型中,分别有39、43和26条单体型,频率>0.005,其频率总和分别为66.07%、58.91%和34.30%,A*0207-B*4601、B*4601-DRB1*0901和A*0207-B*4601-DRB1*0901分别为其最主要单体型。结论获得了中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的高分辨等位基因频率和单体型分布数据,进一步为人类学、法医学、移植配型和疾病相关研究提供了信息。     

2 210例江西籍汉族骨髓供者的HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型频率

目的分析江西汉族骨髓供者人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1等位基因频率和HLA单倍型频率。方法根据2210例江西汉族无关骨髓供者的HLA基因型数据,采用最大似然性方法计算HLA-A、B、DRB1的基因频率和单倍型频率。结果江西汉族骨髓供者中共观察到72个HLA等位基因,其中A*02、A*11、A*24、A*33、B60、B*46、B*13、B*58、B*51、B75、B62、DRB1*09、DRB1*12、DRB1*15、DRB1*04、DRB1*08、DRB1*11、DRB1*14和DRB1*13的频率高于0.05。358条A-B单倍型中,A2-B46、A11-B60、A33-B58等26条单倍型的频率高于0.01,68条单倍型表现为显著的正连锁不平衡;420条B-DR单倍型中,B46-DR9、B13-DR15、B75-DR12等22条单倍型频率高于0.01,82条单倍型表现为显著的正连锁不平衡;2518条A-B-DR单倍型中,386条单倍型有意义(频率大于等于4.52×10-4),A2-B46-DR9、A2-B46-DR8、A11-B13-DR15、A33-B58-DR13、A33-B58-DR17、A30-B13-DR7等39条单倍型频率高于0.005。结论江西汉族HLA-A、B、DRB1等位基因和HLA单倍型的分布特征接近南方汉族人群,但又有其自身特殊性,本研究群体的HLA等位基因频率和单倍型频率可作为江西汉族人群的参考标准。     

中国西藏藏族人群HLA-A/B/DRB1座位基因遗传多态性和单体型分析

目的分析西藏藏族HLA-A/B/DRB1座位基因遗传多态性和单体型特征。方法采用PCR-SSO Lumi-nex流式磁珠分型方法对343名西藏藏族无关个体作HLA-A/B/DRB1座位基因分型,应用直接计数法统计基因频率和最大数学预期值算法估计HLA双座位和三座位单体型频率。结果检出HLA-A座位基因13个,A*02(GF=30.47%)、A*24(GF=29.74%)和A*11(GF=12.83%);B座位基因24个,高频基因为B*51(GF=19.68%)、B*15(62)(GF=13.41%)和B*40(61)(GF=12.54%);DRB1座位基因13个,高频基因为DRB1*04(GF=24.49%)、DRB1*08(GF=17.49%)和DRB1*11(GF=14.87%);与中国宁夏回族、内蒙古蒙古族和中国汉族人群相比,高频基因分布均存在差异且具统计学意义(P=0.0000)。观察到HLA-A-B-DR三座位单体型247种,占单体型理论总数的32.89%;观察到HLA双座位单体型A-B、A-DR、B-DR分别为113、82、126种,占单体型理论总数的60.43%、72.57%和64.62%。A11-B15(HF=0.15%,RLD=100%)、A31-B75(HF=0.15%,RLD=100%)A3-B63(HF=0.15%,RLD=100%)存在强连锁不平衡;B18-DR4(HF=0.29%,RLD=100%),B15-DR4(HF=0.15%,RLD=100%),B75-DR15(HF=0.15%,RLD=100%)存在强连锁不平衡。结论中国西藏藏族的HLA-A/B/DRB1座位上的等位基因无论在基因频率分布、单体型频率分布以及连锁不平衡参数都具有自己的多态性特征。     

HLA-A/B/C/DRB1/DQB1对非血缘造血干细胞移植影响的分析

本研究探讨供受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1等位基因不合的数目和位点对非血缘造血干细胞移植的影响。选取北京市道培医院101例非血缘造血干细胞移植病例,分别根据供受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1位点0-3个等位基因不合和HLA-C位点的不同,分组统计移植后1年以上总生存率、急性GVHD发生率和复发率。结果表明:①按供受者HLA等位基因水平10/10全相合组(30例)与9/10相合组(32例),8/10相合组(31例)以及7/10相合组(8例)分组比较,10/10和9/10组的1年以上总活存率(OS)较8/10组(78%and 82%vs50%,p=0.39)增多;10/10组、9/10组和8/10组复发率为16%和18%vs20%;10/10组没有Ⅱ度以上GVHD发生,9/10和8/10组10%左右。7/10组虽然病例数少,缺乏统计学意义,但结果证实安全有效。②)对比HLA-C位点等位基因不合组与HLA-10/10全合组,HLA-C不合组有延长1年以上总生存率(77%vs85%,p=0.30),降低复发率的趋势(8%vs17%,p=0.47),其Ⅱ度以上GVHD发生率明显增高,统计学有明显差异(0%vs25%,p=0.006)。③按抑制性KIR的配体HLA-C1/C2将HLA-10/10组与HLA-C一个等位基因不合组按供受者HLA-C1/C2 match和mismatch分为两组(37例和5例),发现1年以上总生存率、复发率,GVHD发生率无明显差异(78%vs80%,14%vs20%,和5%vs20%)。结论:供受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1等位基因不相合数目0-2个情况下,数目越少,1年以上生存率越高,复发率和急性GVHD无明显差异。7/10组是安全的。HLA-C不相合组GVHD发生率明显增高,有减少复发和延长生存率的趋势,但其原因是否与抑制性KIR与其配体HLA-C1/C2有关,尚待研究。     

5186例上海汉族无关脐带血HLA基因多态性研究

目的了解上海地区汉族人群脐带血供者HLA-A、B、DRB1基因及单体型频率的分布特征。方法采用基因分型技术对5 186例脐带血进行HLA-A、B、DRB1基因分型,利用最大似然性原理方法计算HLA-A、B、DRB1基因及单体型频率。结果 5 186例脐带血样本中,共观察到72种HLA基因,其中频率>0.1的HLA-A、B、DRB1基因分别为A2、A11、A24、B60、B13、B46、DR9、DR12、DR4、DR15。385条A-B单体型中,195条单体型呈现显著的正连锁不平衡(A.L.D>0),12条表现为强连锁不平衡(R.L.D>0.40),26条单体型的频率高于0.01;387条B-DRB1单体型中,159条单体型呈现显著的正连锁不平衡(A.L.D>0),7条表现为强连锁不平衡(R.L.D>0.40),20条单体型的频率高于0.01;1847条A-B-DRB1单体型中,760条单体型是"可靠的"(频率≥2.89×10-4),单体型频率高于0.005有29条。结论上海汉族新生人群脐带血HLA基因和单体型多态性较为丰富,其频率分布数据和相关遗传参数为临床移植供者的选择、脐带血库的建立及人类遗传学研究提供了重要的参考。     

中国鲁南地区汉族人群HLA-A,B,DRB1高分辨等位基因多态性分析

本研究旨在分析中国鲁南地区汉族人群HLA-A、B、DRB1等位基因的高分辨多态性分布特征。采用PCR-SBT对中国鲁南地区688名无血缘关系的汉族健康人群进行HLA-A、B、DRB1位点高分辨基因分型,并对分型结果做统计学分析。结果表明：688例样本A、B、DRB1座位分别检出31、63、39个等位基因,其中频率大于0.05的常见等位基因为A＊24：02、A＊30：01、A＊11：01、A＊02：01、A＊33：03、A＊02：06、B＊13：02、B＊44：03、B＊51：01、B＊46：01、B＊15：01、B＊58：01、DRB1＊07：01、DRB1＊15：01、DRB1＊09：01和DRB1＊08：03。上述A、B、DRB1位点常见等位基因累计基因频率分别为0.7223、0.4432、0.5453。最常见的A＊-B＊-DRB1＊单倍型是A＊30：01-B＊13：02-DRB1＊07：01（0.1151）,最常见的两位点连锁单倍型分别是A＊30：01-B＊13：02（0.1303）、A＊30：01-DRB1＊07：01（0.1157）和B＊13：02-DRB1＊07：01（0.1307）。结论：获得了中国鲁南汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因和单倍型分布特征,为评估该地区患者找到HLA匹配供者的机率,为合理选择移植供者及移植免疫、HLA与疾病相关性研究提供了参考数据。     

应用不同类型白血病患者群体HLA-A、B和DRB1遗传学数据评估HLA相合供者的概率

目的探讨不同类型白血病汉族患者群体找到HLA-A、B和DRB1低分辨全相合无关供者可能性。方法依据1201名急性淋巴细胞白血病(ALL)、1065名急性非淋巴细胞白血病(AML)和1432名慢性粒细胞白血病(CML)汉族患者群体HLA-A、B和DRB1低分辨分型结果,计算这3类白血病汉族患者群体的HLA-A、B和DRB1抗原频率,单体型频率和表型频率,联合应用中华骨髓库(CMDP)中健康汉族供者HLA表型频率数据,进一步推导出这3类白血病汉族患者群体找到至少1名HLA低分辨全相合供者概率及回归方程。结果ALL、AML、CML汉族患者群体表型种类数分别为416851、373903和464373种,其中31%的表型频率均>1/100万;ALL、AML、CML汉族患者群体在CMDP的汉族供者群体中找到至少1名HLA表型相同供者回归方程分别为:P=0.0824LgN-0.3667、P=0.0825LgN-0.3636和P=0.0829LgN-0.3644;计算出81.6%的ALL、81.9%的AML、82.4%的CML汉族患者要找到1名HLA低分辨表型相同的无关供者,CMDP中汉族有效供者群体数平均146.7万。结论应用不同类型白血病患者群体HLA-A、B和DRB1遗传学数据评估患者找到HLA相合供者概率较仅以健康供者群体HLA遗传学数据评估更为精确。为有效地提高患者的移植效果,需要征募更多的无关供者。     

寻找HLA匹配无关供者概率曲线的计算及其应用

目的　建立在骨髓库中寻找到HLA匹配供者概率曲线P的回归方程式 ,并用于评估骨髓库的最适大小。方法　在哈迪 -温伯格群体中的HLA单体型频率可以从供者表型资料求得。寻找到一个HLA匹配供者的概率可以表示成供者数和HLA单体型频率的函数。使用对数曲线拟合方法推导出该概率曲线的回归方程。结果　笔者推导出在中国人骨髓库中寻找到至少一例HLA -A ,B ,DR抗原全配合供者概率的回归方程式为P =- 0 .6 7+0 .2 5lgN(N为骨髓库中的供者数 ,介于 5万到 1 0 0万 )。在骨髓库供者数达到 75万人时 ,大约 80 %的患者可以找到HLA配合供者。结论　找到HLA配合供者概率取决于骨髓库供者人数的多寡以及HLA单体型频率。HLA群体遗传学资料有助于决定骨髓库的最适大小及其供者成员的组成。     

Detection of the four sequence variations of MDR1 gene using TaqMan MGB probe based real-time PCR and haplotype analysis in healthy Japanese subjects

OBJECTIVES: P-glycoprotein (P-gp) is significant from the viewpoint of pharmacokinetics/pharmacodynamics (PK/PD). MDR1 gene encodes P-gp and has a wide variety of SNPs. As the SNPs may be one of the factors that induce pharmacogenetic individual difference, haplotype analysis is necessary to evaluate the PK/PD. DESIGN AND METHODS: The SNPs of the detected MDR1 were -129T>C, 325G>A, 2677G>T/A, and 3435C>T. For the analysis of linkage disequilibrium (LD) and haplotype analysis, and for the reconstruction of the haplotype pair, ARLEQUIN and PHASE were employed. RESULTS: The result of the chi(2) test detected significant LD between -129 and 2677, -129 and 3435, and 2677 and 3435. There were 9 haplotypes: T-G-C, T-T-C, C-T-C, T-A-C, C-A-C, T-G-T, T-T-T, C-G-T, and C-T-T. CONCLUSIONS: LD was found among the positions -129, 2677 and 3435. As a result, 9 haplotypes exists in the Japanese population. These results suggest that it would be necessary to give consideration to haplotype for the purpose of evaluating the PK/PD of the drugs transported by P-gp.