高通量测序数据分析和临床诊断流程对新生儿多发畸形候选变异的筛选准确性研究

目的构建应用于遗传性疾病诊断的基因组二代测序数据分析流程,为候选变异筛选提供参考流程。方法复旦大学附属儿科医院(我院)新生儿出生缺陷生物样本库中的87例多发畸形样本,以美国贝勒外显子组测序分析流程(贝勒流程)为参考标准进行候选变异筛选,同一批样本以我院建立的全外显子组测序分析流程(复旦流程)也行候选变异筛选,以染色体的位置和突变的碱基作为突变位点的标识符对贝勒和复旦流程检出变异逐行比较。结果 87例新生儿多发畸形样本共检出变异7 820 777个,复旦流程经质量控制、公共数据库的变异频率筛选、内部数据库的变异频率筛选、变异类型的筛选和关注与孟德尔遗传病相关的变异数筛选,平均单个病例180~210个变异作为最终候选变异行临床诊断分析;贝勒流程检出候选变异15 242个,复旦流程检出候选变异15 660个,2个流程均检出候选变异15 137个,复旦流程比贝勒流程多检出的候选变异523个,105个候选变异贝勒流程检出复旦流程未检出,复旦流程敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值均高于96.66%。结论虽然复旦流程候选变异筛选能真实有效地模拟贝勒流程对WES数据进行筛选,并寻找候选变异的过程;复旦流程所展现的注释和筛选只是粗略的框架,但提供了WES应用于临床时不可或缺的筛选程序。     

复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统及临床应用案例分析

背景：目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的关键。 目的整合ES以及WGS场景下的多变异类型分析、遗传病复杂临床表型的标准化与结构化、表型导向的遗传变异分析系统,建立从临床检测申请到遗传报告反馈的一体化流程。 设计：流程开发。 方法：(1)建立复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统（复旦流程3.0）各个模块：①病史处理,②结构化遗传表型,③测序实验,④变异检测,⑤变异解读,⑥质控复核,⑦基因型表型联合分析。(2)代表性病例重测分析：根据结论性变异的类型和诊断难度选择代表性病例,展示代表性病例从病史处理开始到报告草稿为止各模块的运行情况。 主要结局指标：代表性病例分析过程中的结构化表型、数据质控、变异检测及解读、最终诊断。 结果：对3例代表性病例的重分析中,分别进行了经济版家系WGS、先证者WGS以及ES;病史成功提取结构化表型;FastQ及BAM文件结果数据质控良好;检测到的变异经解读之后进行基因型表型联合分析,分别检测出3例病例的复杂遗传模式。例1：ANTXR2基因点突变NM_058172:c.1294C>T与4q21.22 约13 kb的结构变异缺失形成隐性纯合致病;例2：线粒体MT ND6基因致病变异m.14459G>A,异质性>99.5%;例3：SMN1基因纯合致病变异NM_000344: c.863G>T合并SMN1基因单拷贝缺失。 结论：复旦流程3.0可整合ES和WGS数据,处理不同类型的变异结果,最终形成遗传诊断,且对复杂变异类型有高效处理能力。     

肿瘤干细胞研究概述

多少年来,人类一直致力于肿瘤的发生发展机制研究,但始终未能摆脱恶性肿瘤的威胁。基于干细胞的研究进展,有学者提出在恶性肿瘤中也存在干细胞,驱动肿瘤的产生和进展,提出肿瘤干细胞假说。肿瘤干细胞假说很好地解释了肿瘤的形成、发展、转移、耐药等问题。随着对肿瘤干细胞生物学特性的研究和分离、纯化、鉴定干细胞技术的改进,使直接针对肿瘤干细胞的研究成为可能,进一步推动了对肿瘤干细胞的各种生物学行为的分子机制的探索。近年来,区别于传统恶性肿瘤治疗方法,许多针对肿瘤干细胞的方法展开大胆的尝试,人们期待着真正有效的恶性肿瘤的治疗方法的诞生。     

基于目的基因捕获的二代测序技术对质谱检测阳性患儿的分子诊断

目的运用基于目的基因捕获的二代测序技术,对质谱检测阳性的遗传代谢病疑似患儿进行基因检测,探讨二代测序技术在遗传代谢性疾病诊断的应用价值。方法回顾性收集复旦大学附属儿科医院遗传代谢专科门诊收治的、质谱检测阳性遗传代谢病疑似患儿的剩余干血滴滤纸片,行目的基因捕获的二代测序,行Sanger进行验证。结果 2013年6月至2014年5月共有48例质谱检测阳性的遗传代谢病疑似患儿纳入本文分析,40例完成二代测序,男性22例。40例测序标本中,29例(72.5%)检测到与临床症状相符的基因变异,包括甲基丙二酸血症6例,citrin缺陷病6例,高苯丙氨酸血症5例,戊二酸血症3例,其他遗传代谢病9例。2例疑似citrin缺陷病的标本在SLC25A13基因上仅检测到单个致病性突变,进一步行长片段PCR,检测到2例标本均存在3 kb的杂合插入突变。结论基于目的基因捕获的二代测序技术在对临床疑似遗传代谢病的检测中,有着较高的阳性诊断率,不仅能为临床医生提供可靠的分子诊断依据,而且可以根据致病基因对疾病分型,有效地为后续的临床治疗和遗传咨询提供依据。     

上海市2022年3至5月新型冠状病毒疫情防控中复旦大学附属儿科医院新生儿人群实施气泡式管理的实践和效果

背景：上海市2022年3至5月新型冠状（新冠）病毒疫情（简称：本次疫情）中复旦大学附属儿科医院（我院）作为新生儿的定点收治医院，面对本次疫情的复杂性，对新生儿特殊人群，协调好疫情防控和医疗救治面临挑战。 目的在我院气泡管理总体策略中实施和完善新生儿中气泡的管理策略。设计：观察性研究。 方法：新生儿中气泡的院内管理中包括4个小气泡。（1）上海市公共卫生中心新冠病房（红色）小气泡，收治核酸或抗原阳性的新生儿，按照我院新冠病房管理原则进行管理。（2）隔离病房（橙色）小气泡，设置于我院内单独楼，收治高危流行病史新生儿，进入橙色小泡的新生儿均需完成7 d医学隔离和观察，其中的负压和非负压房间设置各自独立的物品放置点，工作人员分别为二级和一级防护（+4），物品和标本的运送由摆渡人完成；（3）过渡病房（黄色）小气泡，收治低危流行病史新生儿，每间隔24 h行核酸检测，连续3 d核酸阴性则结束医学观察，其中单间和多人间设置各自独立的物品放置点，工作人员分别为二级和一级防护（+4），物品和标本的运送由摆渡人完成；（4）清洁病房（绿色）小气泡，我院常规住院新生儿的诊疗区域，接收橙色和黄色小气泡确定无新冠感染风险的新生儿。新生儿转运统一由上海市120急救车及不同气泡转运团队护送转入，红色小泡的出泡按照我院新冠病房管理原则进行；橙色小泡出泡需同时满足：①新生儿完成7 d医学观察，②出院后所住家庭的楼栋无新冠阳性感染者，③居家照护者及同住人均为健康码绿码，或已解除隔离，④接新生儿出院家属为健康绿码及48 h内核酸阴性；黄色小泡出泡需满足：完成72 h医学观察。住院期间，医务人员通过微信与新生儿家长沟通，随时解决父母的疑惑、焦虑和困难。 主要结局指标：医护医辅人员职业暴露和医院感染。 结果：本次疫情期间我院共收治新生儿677例，其中158例（130例来自红色小泡，其他医疗机构转运21例，橙色小泡转运团队外出转运7例）进入橙色小泡，其中早产儿10例（6.4%）；519例新生儿（375例来自社区，黄色小泡转运团队外出转运144例）进入黄色小泡，其中早产儿173例（33.3%），需机械通气呼吸支持82例（15.8%），无创通气45例（8.7%），完成72 h医学观察后全部进入绿色小泡，其中NICU 137例，普通病房382例，平均住院时间为13.5 d。1例新生儿在橙色小泡诊断为复杂性先天性心脏病，在完成7 d医学观察后转入心脏ICU（CCU）。2例在橙色小泡期间核酸检测阳性（为生后与新冠阳性母亲有接触史）转入红色小泡。324名医护医辅人员参与红色、橙色、黄色和绿色小泡工作，均未发生职业暴露，未发生新冠病毒医院感染。 结论：本次疫情下实施新生儿气泡管理可行，防控职业暴露和医院感染效果好。     

第二代测序技术诊断新生儿营养不良型大疱表皮松解症1例及其家系分析

目的分析营养不良型大疱表皮松解症新生儿的基因异常。方法应用目标区序列捕获和第二代测序技术检测1例营养不良型大疱表皮松解症的新生儿的COL7A1基因。采用Sanger测序验证患儿的突变位点,并对其父母、外祖母的样本进行突变位点的序列分析。结果二代测序结果显示患儿COL7A1基因第86个外显子上发现1个杂合突变点c.6781CT,引起该基因第2 261位氨基酸由精氨酸变为终止密码子(p.R2261X)。Sanger测序结果显示其母亲和外祖母携带相同突变。结论通过二代测序技术可以准确检测出营养不良型大疱表皮松解症COL7A1基因的突变,具有一定的临床应用价值。     

加拿大渥太华大学附属医院和东安大略儿童医院NICU临床Fellow培训见闻

<正>近年来随着我国经济的快速发展和国际交往的日益频繁,作为一名新生儿科医师,本人有幸参加了第三期中国加拿大新生儿协作网联合举办的高级临床新生儿医师培训项目,于2007年7月至2008年6月到加拿大新生儿重症监护病房学习工作1年,现将本人在国外工作学习的见闻和感受介绍如下。     

诊断性抗结核治疗在鉴别儿童克罗恩病与肠结核时评估工具和时点的诊断准确性研究

目的 探讨诊断性抗结核治疗在鉴别儿童克罗恩病(CD)与肠结核(ITB)中评估工具及其合适的鉴别时点。 方法 回顾性收集临床和病理难以判断CD或ITB且明确结核或抗酸染色阳性的病例,剔除入院前曾经抗结核治疗或应用免疫抑制剂和先天免疫缺陷合并结核感染。活检干酪样坏死,或病理抗酸染色阳性,或肠外活动性结核,或 PPD皮试强阳性,或细菌涂片阳性者,接受诊断性抗结核治疗,于诊断性抗结核治疗前（基线）,治疗后3、6和12个月时,行儿童CD活动指数（PCDAI)评分、肠镜评估。诊断性抗结核治疗ITB确诊依据Logan修订的per Paustian标准。抗结核均采用2~3HRZE/7~10HR方案。 结果 26例难以判断CD或ITB的患儿完成了基线、3、6和12个月时的PCDAI评分和肠镜评估进入本文分析,ITB 组17例,CD 组9例,2组一般情况、临床表现、实验室检测指标、肠镜表现、小肠MRE表现、病理组织学表现、抗结核治疗时间和抗结核治疗方案差异无统计学意义。ITB组治疗3、6和12个月较基线PCDAI评分下降≥12.5分或不同时点PCDAI评分≤10分分别为6、14和16例;其中3个月较基线、6个月较3个月 、12个月较6个月PCDAI评分下降≥12.5分分别为6、4、4例。CD组治疗3、6和12个月较基线PCDAI评分下降≥12.5分或不同时点PCDAI评分≤10分分别为1、2、1例。ITB组和CD组,6个月时肠镜评估痊愈＋明显好转分别为76.5%（13/17）和22.2%（2/9）,12个月时痊愈＋明显好转分别为94.1%（16/17）和11.1%（1/9）,差异有统计学意义（Fisher精确检验,P=0.000）。以诊断性抗结核治疗ITB确诊标准作为金标准,3和6个月时PCDAI评分阳性预测值分别为85.7%和86.7%,6个月时肠镜评估阳性预测值86.7%;6个月时PCDAI评分+肠镜评估特异度88.9%,阳性预测值92.9%;12个月时PCDAI评分+肠镜评估阳性预测值（94.1%）比6个月时提高了1.2%。 结论 诊断性抗结核治疗过程中,难以判断有ITB或CD患儿临床症状好转较肠镜好转快,PCDAI评分+肠镜评估可作为难以判断ITB或CD患儿评估工具,诊断性抗结核治疗6个月时为最佳时点。