中国首次分离的二株基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒全基因组序列分析

目的 分析中国首次分离的基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒(JEV)全基因组的基因组特征。方法 设计JEV全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片断,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。采用生物学软件进行同源性和系统进化分析。结果 1977和1982年分离自云南蚊虫的M28和BN82215病毒株基因组全长分别为10 969 bp和10 970 bp,5′非编码区均含有96个核苷酸,3′非编码区含有573和574个核苷酸。它们的开放阅读框(ORF)都从97到10 396位,共10 299个核苷酸,编码3 433个氨基酸。M28和BN82215株与来自GenBank的5个基因型JEV株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为78.4％～96.3％和91.4％～99.6％,与近几年国内外基因Ⅰ型流行株的同源性最高,进化关系最接近,都属于基因Ⅰ型。这两株病毒与JEV疫苗株SA14-14-2相比,有56个氨基酸差异,其中E基因有11个氨基酸差异,但都不属抗原关键位点。结论 本研究阐明了中国首次分离的基因Ⅰ型JEV的全基因组分子特征,决定病毒抗原和毒力的E蛋白关键位点无明显变化。证实20世纪70和80年代云南省就有基因Ⅰ型JEV流行。     

首次从家燕分离到1株乙型脑炎病毒

首次从家燕分离到１株乙型脑炎病毒刘行知，袁庆虹，李兆祥，白登云，张海林（云南省流行病防治研究所，大理市６７１０００）李炎，杨灿辉，李连英，李廷芬，石学雷（云南省宾川县卫生防疫站）关键词乙型脑炎，病毒．，家燕，云南省１９９１年７～１０月云南省宾川县发生...     

流行性乙型脑炎病毒NS5蛋白的表达

目的 在大肠杆菌中表达并纯化流行性乙型脑炎病毒NS5蛋白,为进一步研究乙脑病毒NS5蛋白的结构与功能奠定基础。方法 根据乙脑病毒NS5蛋白的基础序列,设计两对PCR引物,采用RT-PCR法分别扩增乙脑病毒JaOH0566株部分及全长NS5基因。将扩增产物分别克隆到表达载体pQE30。筛选重组质粒,转化大肠杆菌表达重组蛋白。重组蛋白经金属柱亲和层析纯化。结果与结论 获得了含部分及全长乙脑病毒NS5基因的重组质粒,重组质粒经限制性酶双酶切、DNA序列分析及PCR扩增筛选证实。在大肠杆菌中表现出了带6个组氨酸头的部分及全长的重组乙脑病毒NS5蛋白。经SDS-PAGE及Western-blot分析证实表达蛋白确定是重组乙脑病毒NS5蛋白。     

猪源性乙型脑炎病毒分离株全基因序列测定和分析

[摘要] 目的 了解猪源性乙型脑炎病毒（乙脑病毒）的基因特征。方法 对猪源性乙脑病毒株（JX61）进行全基因组序列测定和基因进化特性的分析。结果 猪源性乙脑病毒JX61株全基因组全长均为10964个核苷酸,含有一个开放阅读框架,编码3432个氨基酸。与GenBank中选择的41株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸同源为83.6-99.3%,氨基酸总体同源性为94.9%-99.6%。通过全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因I型乙脑病毒。结论 猪源性乙脑病毒JX61株属于基因I型,与国内分离株XJP613关系最为接近。提示猪体内的乙脑病毒基因型别有了新的变化,这也是浙江省在猪机体第一次分离基因I型乙脑病毒。     

从云南省宾川县蝙蝠体内分离到乙型脑炎病毒

１９９１年９月，从捕自云南省宾川县的１３２只双色帝蝙蝠和棕果蝙蝠体内分离到４株病毒。经电镜观察、血凝抑制试验和单克隆抗体免疫荧光试验证实为乙型脑炎病毒。结果表明蝙蝠在乙型脑炎病毒保存和传播中起重要作用。     

云南省通海县蚊虫2株乙型脑炎病毒的分离鉴定北大核心CSCD

目的了解云南省通海县蚊虫携带的乙型脑炎病毒(JEV)情况、分子特征及基因分型。方法2015年7月在云南省玉溪市通海县采用诱蚊灯在调查点通宵捕捉蚊虫,蚊虫研磨后分别接种BHK-21和C6/36细胞进行病毒分离,使用黄病毒属特异引物进行初步鉴定,使用乙型脑炎病毒E基因特异引物进行RT-PCR扩增及测序,使用Megalign、Genedoc、Mega7等软件进行序列分析。结果共捕获三带喙库蚊、中华按蚊、致倦库蚊和骚扰阿蚊2300只,其中三带喙库蚊为优势蚊种(78%)。分46批进行病毒分离,获得2株阳性分离物,接种BHK-21细胞96h,引起细胞病变。使用黄病毒属特异引物和乙型脑炎病毒E基因特异引物扩增均为阳性。序列分析结果显示,2株新分离乙型脑炎病毒与疫苗株SA14-14-2在E基因存在12个氨基酸差异位点,在8个与乙脑病毒毒力相关的位点上存在6个差异位点。E基因遗传进化分析显示,2株新分离病毒与基因Ⅰ型乙型脑炎病毒位于同一进化分支,核苷酸和氨基酸同源性分别为91.8%~99.1%和98.0%~100%。遗传进化分析显示,其与云南2016年蚊虫中分离的乙脑病毒株JEV/mosq/YN/2016亲缘关系较近,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.1%和99.8%。结论云南省通海县分离的2株病毒鉴定为基因Ⅰ型乙型脑炎病毒,其与云南省近年来流行的毒株遗传进化关系较近。2毒株的E基因上与毒力相关的关键位点中有2个位点发生突变,结构域Ⅲ的关键抗原未发生改变,因此SA14-14-2减毒疫苗株仍可用于该地区人群的免疫接种,以预防乙型脑炎的发生和流行。     

云南省洱源县流行性乙型脑炎暴发流行的病原分离与鉴定

１９９１年７￣１０月,云南省洱源县发生流行性乙型脑炎暴发流行,采用滤过性试验,免疫荧光试验,交互ＨＩ试验,交互ＣＦ试验和中和试验方法,对从该县流行期采集的病人血清分离的２株病毒和从三带喙库蚁分离到的２株病毒进行鉴定,证实４株病毒均为流行性乙型脑炎病毒,从病原学证实为流行性乙型脑炎暴发流行,同时还查明了三带喙库蚊是本次乙型脑炎流行的主要传播媒介。     

云南省德宏州蚊虫分布特点及乙型脑炎病毒分离

１９８３年５月以及１９８４年和１９８９年７￣８月，在云南省德宠州路西，瑞丽和盈江三县，市捕获成年雌性蚊虫９属４４种１９０８３只。三带喙库蚊，霜背库蚊，棕头库蚊和中华按蚊是农村畜圈的主要蚊种。伪白纹伊蚊和白纹伊蚊是野外竹林区的优势蚊种。对所获蚊虫用Ｃ６／３６细胞和乳鼠方法分离病毒，结果从三带喙库蚊中分离到乙型脑炎病毒２株，从霜背库蚊，白纹伊蚊和窄翅伊蚊中各分离出１株乙型脑炎病毒。分析认为，三带喙库蚊     

一株神经外低毒力乙型脑炎病毒株的全基因序列分析

目的探究1株新分离的基因Ⅰ型乙脑病毒株的分子生物学特征及其低毒力的分子基础。方法对病毒株扩增,提取其RNA,逆转录PCR后测序,序列与来自世界不同地区不同基因型的野毒株进行同源性比较,并与强毒P3株进行氨基酸位点比对。结果SC04-17在核苷酸和氨基酸序列上,存在与其他基因型毒株不同的特点,与世界各地毒株核苷酸差异率为1.8%～16.5%,氨基酸差异率为0.8%～5.0%;与减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸、氨基酸同源性分别为88.5%和97.6%,与灭活疫苗株P3核苷酸、氨基酸同源性分别为88.8%和97.9%;与P3强毒株比对,发现72个氨基酸位点差异,分布在全基因的各个区域（E、NS5、NS1和NS3区）。结论SC04-17株的基因序列存在一些独特位点,这些位点的氨基酸变化可能与其低毒力特征有关。     

云南省登革4型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因组序列特征及分子流行病学特点。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-4的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从2015年云南省瑞丽市登革热患者血清中分离到5株DENV-4(本地病例2株,来自缅甸腊戍和南坎市输入性病例3株)。经RT-PCR和序列测定,获得这5株DENV-4的全基因组序列(10 661nt),其开放读码框(103-10 264)编码3 386个氨基酸。全基因组或结构蛋白和非结构蛋白基因序列的系统进化和同源性分析表明,云南分离株间高度同源并聚集为一个进化支,并与泰国不同年代DENV-4基因I型(G-I)流行株具有较近的进化关系和较高的同源性,同属G-I。云南株和泰国株均与同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律宾)和中国广州1990年B5株亲缘性和同源性都较低。云南株与H241株在结构蛋白或非结构蛋白中分别存在21和45个氨基酸位点差异。结论首次获得云南省DENV-4分离株的全基因组序列并发现它们与近期东南亚DENV-4G-I流行株亲缘关系较近。首次证实云南省存在DENV-4本地流行,传播来源为相邻缅甸北部边境地区。云南分离株某些氨基酸位点的改变是否与其抗原性和毒力有关尚需进一步研究。     

Analysis of Japanese encephalitis (JE) virus genome and implications for recombinant JE vaccine.

From the information of nucleotide sequences and deduced amino acid sequences of flaviviruses including JEV, we can postulate processing mechanisms of a polyprotein translated from single long open reading frame of the genome and mechanisms of construction of antigenic structures of structural proteins with biologically active forms after these proteins are translated. The results of comparative analysis of amino acid sequences among flaviviruses and epitope analysis on the E proteins which are the most important antigens for protective immunity suggest that the E protein of flaviviruses may have a similar structure closely related to each other. PrM and E proteins which had predictable signal sequences upstream on the N terminals were expressed with antigenically active form and molecular size the same as the authentic ones by the recombinant viruses. However, the recombinant viruses which had no such signal sequence expressed unprocessed proteins with antigenically denatured forms. These results suggest that normal proteolytic processing is needed to construct biologically active structures of JEV structural proteins. The E proteins which were expressed by the recombinant viruses as antigenically active form could elicit nutralizing and HI antibodies in animals and protective immunity in mice. The recombinant vaccinia viruses which express the E protein could induce strong immunologic memory against the E protein in mice. These results indicate that the development of a new type of vaccine against JEV will become possible in future.     

一株特殊抗原性乙脑毒株的分子生物学特征研究

目的对一株抗原性特殊的乙脑毒株进行生物学和分子生物学特征研究,以找出特殊抗原性的分子生物学基础。方法通过空斑减少交叉中和试验对乙脑病毒KT株的抗原性进行比较。提取KT株RNA,逆转录后扩增其E基因片段并测序,通过Blast与GenBank中所有乙脑病毒基因进行核苷酸和氨基酸序列比对,利用PdbViewer对KT株关键位点突变后的空间构象进行预测比对。结果交叉中和试验显示,KT株免疫血清对其他株乙脑病毒的中和作用较低,而其他乙脑病毒免疫血清对KT株的中和作用也较低。对E基因序列进行比对,KT株属于基因Ⅲ型,氨基酸序列上只在E62位存在一个独特的位点突变:组氨酸(H)→精氨酸(R)。空间构象显示,该位点位于结构域Ⅰ与结构域Ⅱ的连接交界处,当发生由组氨酸(H)到精氨酸(R)突变时,其与周围氨基酸形成的氢键数量和长度发生改变,空间构象也随之发生改变。结论乙脑病毒KT株的抗原性与其他乙脑病毒株存在较大差异,E62位组氨酸(H)→精氨酸(R)的突变是导致其抗原性差异的主要原因。     

Short report: genetic heterogeneity of Japanese encephalitis virus assessed via analysis of the full-length genome sequence of a Korean isolate.

We determined the full-length genome sequence of Japanese encephalitis virus (JEV) K94P05 isolated in Korea. Sequence analysis showed that the 10,963-nucleotide-long RNA genome of K94P05 was 13 or 14 nucleotides shorter than the genome of other JEV isolates because of a deletion in the 3' noncoding region of K94P05. Compared with sequences of other JEV isolates, the full-length nucleotide sequence showed 89.0-89.6% homology, and the deduced amino acid sequence showed between 96.4-97.3% homology. A region of approximately 60 nucleotides immediately downstream of the open reading frame stop codon of K94P05 showed high sequence variability as compared with other JEV isolates. K94P05 formed a distinct group within a phylogenetic tree established with the full-length genome sequences. Cross-neutralization studies showed that polyclonal antibodies to Korean isolates were 3 times better at neutralizing the Korean isolates than antibodies to Nakayama-NIH. These findings suggest that Korean JEV K94P05 is genetically and antigenically distinct from other Asian JEV isolates.     

云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株。经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸。系统进化和同源性分析表明,13株为基因I型(G-I),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-III(昆明的印度输入性病例)。云南13株G-I可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系。云南13株G-I的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02%-100%和98.78%-100%,它们与6株东南亚G-I参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53%-99.53%和97.33%-100%,与DENV-1原型株US_Hawaii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76%-94.45%和95.86%-96.91%。所有云南株和东南亚参考株与US_Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异。结论云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-I,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源。     

口蹄疫病毒WFL株全基因组结构及遗传变异分析

目的对FMDV WFL株全基因组进行克隆及测序,并对其基因组进行了比较分析,结果表明WFL株全长为8155nt,该毒株5’UTR长1 059nt(untranslatable region,UTR),编码区核苷酸长度为6969nt,3’UTR包括93nt非编码碱基和34nt poly(A);WFL株与HKN/2002的核苷酸及氨基酸同源性最高;WFL株的polyC长17nt,其中C碱基占94.12%,仅有一个U碱基;3A基因有10个氨基酸的缺失。