DNA条形码技术在鱼种鉴定中的应用

鉴于世界鱼种多达3万种,传统的形态学分类方法已不能满足对鱼种进行准确鉴定的需要,DNA条形码技术为这一问题的解决开辟了一条新思路。本文就DNA条形码的发展史、技术原理以及在鱼种鉴定中的应用进行综述。     

DNA条形码技术在兰州中川机场鼠类鉴定中的应用

目的调查兰州中川机场及其附近地区鼠类的组成,并利用DNA条形码技术对鼠种进行鉴定。方法 2015年1月—2017年7月,在中川机场及其附近地区采用笼夜法采集鼠类,提取鼠肾DNA,用PCR方法扩增线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因并测序,测序结果在DNA条形码专用数据库BOLD中进行比对,确定鼠种。利用Mega 6.0构建分子进化树。对于形态学和COⅠ基因鉴定结果不一致的样本,进一步通过细胞色素b(Cytb)基因进行分子鉴定。结果 118份样品均能扩增出特异性COⅠ基因片段,115份样本的分子鉴定结果与形态学结果基本一致,3份样本形态学鉴定结果与分子鉴定有差异,经Cytb基因序列比对及形态学反复鉴定,确定初步形态学鉴定结果有误,采用分子鉴定结果。结论 DNA条形码技术可以对鼠类进行有效鉴定,是对形态学鉴定的有力补充,为口岸病媒生物的快速识别和鉴定提供了科学依据。     

DNA条形码技术在1例社鼠鉴定中的应用

目的以捕获的未知鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠种鉴定,验证该方法在啮齿动物鉴定的可行性。方法以动物线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)作为目标基因,PCR扩增、测序。测序结果在美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上运用基于局部比对算法的搜索工具(BLAST)程序进行序列同源性比较和分析,检验其结果是否与该动物的外部形态和头骨标本鉴定结果相同。结果样本线粒体COI基因与基因库(GenBank)中编号为KJ152220.1的社鼠(Niviventer confucianus)同源性为99.01%,再结合形态学鉴定结果,可以确定该未知鼠种为社鼠,DNA条形码鉴定结果与形态学鉴定结果相一致。结论 DNA条形码技术可作为形态学鉴定的辅助方法,能用于鼠类标本的分类鉴定。     

DNA条形码技术在贵州茂兰鼠类鉴定中的应用

目的探讨基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对鼠类进行准确的鉴定。方法以贵州茂兰地区的3个常见鼠种21个鼠类标本为研究对象,提取基因组DNA,扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因片段并测序,将测序结果进行BLAST比对,基于双参数模型计算鼠种种间和种内遗传距离,构建分子发育系统。结果 DNA条形码检测技术可用于该地区鼠种的鉴定,并能纠正现场形态学鉴定的失误。结论研究结果表明DNA条形码技术是一种有效可靠、易于操作的鼠类鉴定方法,能纠正形态学鉴定中的错误。     

DNA条形码技术在福建省蝇类鉴定中的应用

目的探讨DNA条形码技术应用于福建省蝇类鉴定的可行性,并初步建立福建省蝇类的基因数据库。方法采集自福建省部分地区的4科13属19种64个蝇类新鲜标本,提取基因组DNA进行PCR扩增,序列测序,并进行同源性对比、进化距离分析,构建系统进化树。结果基因序列分析结果显示,上述蝇类mt DNA上细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列的种内进化分歧均数在0～3.32%之间;除铜绿蝇与丝光绿蝇进化分歧均数为0.69%外,其余种间进化分歧均数在5.26%～18.30%之间;系统进化树分析显示,相同种能够很好聚集在一起,Bootstrap检验可信度均达96%以上。结论DNA条形码技术可用于福建省一些常见蝇类的鉴定,作为形态学鉴定的补充手段。     

DNA条形码技术在未知昆虫幼虫种类鉴定中的应用

目的:建立用DNA条形码技术鉴定未知昆虫幼虫种类的方法,探讨DNA条形码在物种鉴定中的实用性。方法:利用多细胞无脊椎动物细胞色素氧化酶I(CO1)的通用引物进行PCR扩增,PCR产物克隆到pGM-T Vector中并测序,分别对同一种未知昆虫的成虫、幼虫的线粒体COI基因的709 bp片段进行序列分析,并与GenBank中的序列相比较。结果:测序结果未知种类的成虫和幼虫序列只有1个碱基的差异,一致性高达99.9%,与GenBank中的米象Sitophilus oryzae的序列一致性高达99.6%,与玉米象Sitophilus zeamais的序列一致性为86.6%。并与GenBank中其他种类的同一段序列相比较,用ClustalW-2构建系统关系树。以未知成虫的形态分类特征为验证,可以判断未知种类为米象。结论:结果表明运用DNA条形码技术能准确进行昆虫幼虫种类的鉴定。     

DNA条形码技术在媒介蝇类分子鉴定中的应用

蝇类隶属双翅目（Diptera）,其医学重要性是机械传播疾病。目前已证实,蝇类能携带的细菌有100多种,原虫30多种,病毒20种,此外还可携带螨类体外寄生虫,传播疾病并危害人类健康,是重要的医学媒介生物。蝇类传播疾病的另一特点是孳生习性不同的蝇种其携带病原体的类型也不同。对媒介蝇类进行相关科学研究的基础和前提是鉴定和识别,     

DNA条形码技术在北京市郊区鼠形动物鉴定中的应用

目的 探讨DNA条形码技术鉴定本地郊区常见鼠形动物的可行性.方法 收集134份本地常见鼠形动物样本,PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因,测序后进行序列比对,并计算物种种内和种间遗传距离,采用邻接法构建系统发育树.结果 序列比对结果显示共有黑线姬鼠22只、中华姬鼠19只、小家鼠25只、褐家鼠39只、社鼠19只、白...     

DNA条形码技术在陕西省鼠疫疫区宿主动物鉴定中的应用

目的 探讨DNA条形码技术在鼠疫疫区宿主动物鉴定中的应用,并建立陕西省鼠疫疫区宿主动物DNA条形码数据库.方法 运用DNA条形码技术检测陕西省定边县鼠疫疫区3目6科12属14种139只宿主动物以及7个鼠种8个不同部位的62份残体标本线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基基因序列.结果 种内遗传距离≤2％,种间遗传距离为8.9％～ 15.1％;邻接法系统树能区分14个不同物种的类群;采集的残体标本能检测到目的基因并用于鉴定;研究中还纠正了既往定边县鼠疫疫区黄鼠命名.结论 DNA条形码技术能弥补形态学鉴定的不足,可用于鼠疫疫区宿主动物及残体标本的分类鉴定.     

DNA条形码技术在河北省坝上地区夜行鼠鉴定中的应用

目的以河北省坝上地区捕获的夜行鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠类鉴定。方法在河北省坝上地区采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作标本,提取DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,并测序。将测序结果与Gen Bank中其他鼠类的DNA条码进行Blast比对,并构建分子进化树。结果 36份样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带,所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果有所不同,经头骨鉴定,进化树结果正确无误,更正形态学鉴定结果。其中2只夜行鼠未能在Gen Bank中找到同源性较高的鼠类基因,且头骨受到严重损坏,暂无法确定鼠种。结论 DNA条形码技术能够对鼠类进行有效的物种鉴定。     

DNA条形码技术在鉴定蛆症异蚤蝇中的应用

目的:建立应用DNA条形码技术鉴定蛆症异蚤蝇的方法。方法:分别提取在口岸检疫中截获的双翅目幼虫和成虫的基因组DNA,利用节肢动物线粒体细胞色素氧化酶I(COI)的通用引物进行DNA扩增。PCR产物直接测序,测序引物同扩增引物,得到清晰可读的665 bp COI的DNA片段碱基序列。与GenBank中相近的序列进行比较,并用ClustalW2在线建立NJ系统发育树。结果:成虫和幼虫COI的DNA序列100%相同,与GenBank中公布的长度为559 bp的蛆症异蚤蝇的COI相应片段相似性高达98.9%,与同属其他种类的可比片段的DNA序列相似性则低于90%。结论:根据结果可以判断所截获的双翅目昆虫为蛆症异蚤蝇。本文的研究再一次证明了DNA条形码技术可以直接应用于昆虫种类的鉴定。     

DNA条形码技术在河北省鼠疫疫源地鼠种鉴定中的应用

目的以河北省鼠疫疫源地常见鼠为对象,探讨DNA条形码技术在鼠类鉴定方面的可行性。方法2012年在河北省鼠疫疫源地内采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作剥制标本,提取基因组DNA,用通用引物PCR法扩增线粒体COⅠ基因,并测序。将测序结果与GenBank中其他鼠类物种的DNA条形码进行BLAST比对,并构建分子进化树。结果87份样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带,其中85份样本所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果一致,2份样本结果有差异,经反复鉴定头骨及形态标本,发现为现场鉴定错误。结论DNA条形码技术能够对鼠类进行有效的物种鉴定,同时还可以探讨啮齿动物属、种分类单元的系统发育问题。     

DNA条形码技术

DNA条形码是一种利用短的DNA序列对物种进行鉴定的技术。文中简略介绍了DNA条形码的背景知识和原理,举例说明其在物种分类、鉴定及遗传多样性等方面的广泛应用研究,并讨论了该技术在生物分类应用中可能存在的一些问题。     

DNA条形码在国境卫生检疫中的应用

综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。     

DNA条形码在有毒高等陆生植物鉴定和溯源中的应用进展

目的 介绍DNA条形码在高等陆生植物中毒鉴定和溯源中的应用进展、分析该技术作为食物中毒溯源工具和临床辅助诊断工具的发展前景。方法 以DNA条形码、植物鉴定、植物溯源、食物中毒为主题词检索中国知网、PubMed等数据库,对检索文章进行筛选,纳入相关文献进行整理并总结。结果 高等陆生植物中毒已成为我国严重的公共卫生问题,相较于传统植物鉴定和溯源的低效率、易出错、受专业领域限制等缺点,DNA条形码不受植物表型影响且鉴定快速准确,但其在食物中毒鉴定和溯源中的应用仍属于起步阶段,存在一些技术性的挑战,如DNA提取扩增问题、通用条形码的选择等。结论 DNA条形码可用来弥补形态学鉴定的缺陷,在植物中毒应急处理和临床辅助诊断方面有巨大潜力,但其存在的局限性决定该技术在广泛应用于实际前仍需进一步寻找通用植物条形码并完善相关数据库。     

DNA条形码技术在鉴定绥芬河口岸日本血蜱和嗜群血蜱中的应用

目的建立用DNA条码技术对绥芬河口岸两种形态学特征非常相近的嗜群血蜱和日本血蜱的鉴定方法,探讨DNA条形码在蜱类鉴定中的实用性。方法在黑龙江绥芬河口岸采集游离血蜱103只,形态学鉴定完毕后,提取蜱样本基因组DNA,采用PCR方法从2种血蜱基因组中扩增线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,测序后进行同源性分析,用Mega6.0软件构建系统发生树并进行系统进化分析。结果经形态学鉴定嗜群血蜱89只,日本血蜱14只;2种血蜱COⅠ基因之间的同源性为87.5%,嗜群血蜱与GenBank中编号KR108867.1公布的嗜群血蜱CO Ⅰ序列相似性为99.8%;日本血蜱与GenBank中编号KR108879.1公布的日本血蜱CO Ⅰ序列相似性为99.8%,与形态学鉴定结果一致。结论对于形态学特征相近蜱种的鉴定,在传统形态学分类的基础上结合DNA条码技术鉴定方法能更准确地鉴定蜱的种类,也能更好地了解其进化关系,为蜱传播疾病的预防控制提供依据。     

DNA技术在法医物证鉴定中的应用

伴随法医DNA技术的不断发展与变革,其所可以提供的信息数量同样在日益提升.为了可以在最大程度内给予犯罪以打击,在较短的时间内破获案件,有关侦查与司法鉴定人员便需要对法医DNA技术的内涵实施全面的挖掘,经过DNA鉴定的结果推动传统形式的重特大案件可以逐渐向着侵财型案件破获环节拓宽,进而使得法医DNA技术可以在有关的案件里面发挥出更加重要的作用.     

4种DNA条形码在黄毛鼠种类鉴定中的比较

目的 比较CO Ⅰ、Cytb、16S rRNA、D-loop四个DNA条形码对黄毛鼠鼠种的鉴定效果.方法 将大榭港区捕获的1只黄毛鼠样本HX41,提取基因组DNA,使用特异性引物对线粒体CO Ⅰ、Cytb、16S rRNA、D-loop基因进行扩增并对扩增产物进行测序.将测序结果与GenBank中的相似鼠种DNA构建分子进化树进行同源性分析.结果 以CO Ⅰ、Cytb、D-loop基因所构建分子进化树中,黄毛鼠均能独立形成分支,且HX41均处于黄毛鼠分支上.HX41的CO Ⅰ基因序列与黄毛鼠HN158株遗传距离最为接近,值为0.0034;Cytb基因序列与黄胸鼠HN99株遗传距离最为接近,值为0.0355,但HN99鼠种数据存在错误;D-loop基因序列与黄毛鼠HN105株遗传距离最为接近,值为0.0439.由于现有GenBank中缺少黄毛鼠16S rRNA基因序列,无法构建进化树.结论 对鼠种进行分子鉴定时,有必要根据GenBank数据库的完整性和准确性选择合适的DNA条形码.     

广东省青毛鼠的DNA条形码鉴定

目的利用DNA条形码技术对未知鼠种样本进行种类鉴定。方法以2016年在广东省阳春市捕获的2只鼠样本为研究对象,提取其基因组DNA,采用通用引物Bat L5310和R6036R扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因片段并进行测序,将测序结果在美国国立生物技术信息中心(NCBI)中进行BLAST比对,采用邻接法构建分子系统发育树,基于双参数模型计算遗传距离。结果 2只鼠样本的DNA条形码序列一致,为同一种鼠,与NCBI中青毛鼠的序列相似度高达99%,且与青毛鼠(JN105108.1)的遗传距离为0.004 6,低于种内遗传距离1%的阈值,因此确认未知鼠为青毛鼠。结论 DNA条形码技术是一种高效、快捷的鼠类鉴定方法,可弥补形态学鉴定缺陷。     

DNA条形码技术用于原木携带蚊种的鉴定

目的对临沂口岸进境原木上截获的蚊种进行DNA条形码研究确定蚊种。方法使用双翅目COI基因国际通用引物对原木携带蚊种COI基因进行PCR扩增和序列测定,序列在NCBI网站上进行Blast,确定蚊种。结果待测蚊种COI序列与GenBank中编号为HQ398903.1的骚扰阿蚊(Armigeres subalbatus)序列相似性为99%。结论基于COI基因的DNA条形码技术可成功地对媒介蚊类进行分类鉴定,该技术可弥补蚊虫形态缺失和形态学鉴定知识不足对蚊类鉴定的影响。