江苏省2013至2015年人H7N9流感病毒的分子特征

摘要：目的：探讨江苏省2013至2015年人源H7N9禽流感病毒的分子特征。 方法：从全球禽流感共享数据库(GISAID)中下载江苏省2013至2015年上传的人感染H7N9禽流感病毒株(37株)和禽源性H7N9病毒株(7株)的全基因序列,用MEGA 6.0软件分析人感染H7N9禽流感病毒HA、NA、M及PB2等基因的分子遗传特征、关键氨基酸位点的改变情况,并构建HA和NA的系统进化树。 结果：江苏省内人源和禽源H7N9禽流感毒株与参考株相比较,HA蛋白的差异均较小,其同源性分别为97.2%～100%和98.2%～100%;NA蛋白之间的差异也较小,其同源性分〖JP2〗别为99.8%～100%和99.9%～100%;人源与禽源H7N9病毒HA或NA之间的同源性分别为98.5%～100%和99.8%～100%。人源和禽源H7N9毒株的HA蛋白均发生G186V和D225G变异,44株发生Q226L变异,4株出现A134V变异,但HA的裂解位点均未发生改变。2013年1株NA蛋白出现R294K耐药位点的变异。PB2蛋白分析显示：所有毒株均发现L89V变异,其中人源H7N9毒株中,26株发现E627K变异,5株发现D701N变异。所有毒株的M2蛋白均发生S31N变异。 结论：江苏省2013-2015年人感染H7N9流感病毒与禽源性H7N9毒株的氨基酸序列高度同源,关键氨基酸位点的变异与人感染该病毒密切相关,应加强人源和禽源H7N9病毒的分子监测。     

新型甲型H7N9禽流感病毒HA与NA的进化分析

摘要：目的：研究2013年甲型H7N9流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,探讨该病毒的遗传变异和分子特性。 方法：收集GenBank中已登录的禽流感病毒基因相关参考序列,利用生物信息学软件DNAMAN和MEGA 4.0对HA和NA基因序列进行进化分析,并利用Phymol 软件进行同源建模。 结果：2013年甲型H7N9流感病毒HA与NA的氨基酸序列与国际/国内参考毒株的同源性为95.7%~99.8%。同源建模发现该毒株HA的氨基酸序列发生了Q226L突变,NA上也发生了R294K和69 5N del氨基酸突变。 结论：新型甲型H7N9流感病毒的HA和NA基因序列与我国江浙地区和部分东亚国家的H7N9禽流感病毒参考株具有高度的同源性,该毒株HA与NA蛋白氨基酸序列发生的变异,可能是病毒致病性改变的原因之一。     

2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型HA和NA基因的分子特征分析

目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。     

人感染高致病性H5N6禽流感病毒的分子生物学特征

目的分析2014-2015年3例新型人感染高致病性禽流感(HPAI)H5N6毒株的血凝素(HA)与神经氨酸酶(NA)基因序列,探讨该病毒的遗传变异及分子生物学特征。方法收集Gen Bank、全球共享禽流感数据倡议组织(GISAID)及浙江大学传染病诊治国家重点实验室提供的H5N6病毒基因序列,利用生物信息软件MEGA6.0及Net Nglyc服务器对基因序列进行遗传进化和分子变异特征分析。结果 3例感染HPAI-H5N6患者毒株的HA与NA氨基酸序列的同源性分别为96.5%~98.7%和90.1%~98.2%;HA氨基酸序列比对分析发现A/Guangzhou/39715/2014(H5N6)和A/Sichuan/26221/2014(H5N6)与A/duck/Eastern China/1111/2011(H5N2)同源性最近,分别为97.7%和98.5%;A/Yunnan/0127/2015(H5N6)与A/muscovy duck/Vietnam/LBM631/2014(H5N1)同源性最近(97.2%);NA氨基酸序列比对分析发现A/Guangzhou/39715/2014(H5N6)和A/Yunnan/0127/2015(H5N6)与A/swine/Guangdong/K6/2010(H6N6)同源性最近,分别为97.2%和97.6%,A/Sichuan/26221/2014(H5N6)与A/duck/Guangdong/S3073/2010(H6N6)同源性最近(97.4%);进化树分析显示3例患者毒株处于2个不同的分支;HA基因包含有S137A、T160A等突变,糖基化分析显示有6~7个N-糖基化位点。结论新型人感染HPAI-H5N6病毒是一种重组病毒,其HA基因来源于亚洲禽类H5亚型,NA基因来源于亚洲禽类H6N6;HA基因位点突变及N-糖基化改变可能有助于增强对人类的感染。     

2013～2016年东部沿海地区甲型H1N1流感病毒分子特征分析

摘要：目的：通过分析东部沿海地区（江苏、浙江和上海）甲型H1N1流感病毒［A(H1N1) pdm09］的分子特征,为防控A(H1N1) pdm09流感提供科学依据。 方法：从GISAID数据库中获得江浙沪地区2013～2016年分离的A(H1N1) pdm09病毒株和WHO推荐疫苗株的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因序列。运用MEGA6.0软件分析HA和NA的分子特征、关键氨基酸位点和耐药位点的变异情况。 结果：进化树分析显示江浙沪地区A(H1N1) pdm09病毒株与WHO参考株的HA、NA基因序列差异较小,与WHO推荐疫苗株A/California/07/2009(H1N1)间的同源性分别为97.0%～99.5%和97.9%～99.6%;与WHO推荐疫苗株A/South_Africa/3626/2013(H1N1)间的同源性分别为98.0%～99.8%和98.6%～99.9%。病毒氨基酸变异分析显示70株A(H1N1)pdm09病毒的HA蛋白均发生83位(P83S)、203位(S203T)和321位(I321V)突变,且2016年分离株出现A195V突变;HA的裂解位点未发生变异,仍为IQSR↓GLF;2013年有2株NA蛋白出现H275Y耐药位点的变异。 结论：2013～2016年东部沿海地区A(H1N1) pdm09流感病毒的HA和NA蛋白与WHO推荐疫苗株具有高度同源性,关键的氨基酸位点发生变异与病毒的毒力及对药物的敏感性相关,因此我们要密切关注A(H1N1) pdm09病毒,防止其再次发生暴发。     

2017-2019年度上海市松江区A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析上海市松江区2017-2019监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征.方法 对松江区分离的毒株随机挑选46株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株进行HA和NA基因序列进化分析和氨基酸位点变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验开展奥司他韦和扎那米韦敏感性监测.结果 A(H1N1)pdm09流感病毒...     

2014－2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒监测与遗传进化分析

目的 对广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒流行情况和基因进化特点进行监测分析,为人感染H7N9禽流感防控提供研究数据。 方法 采集2014 — 2017年广州市禽类市场外环境标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测H7N9禽流感病毒并绘制血凝素（HA）基因遗传进化树,分析H7N9禽流感病毒流行特点和基因进化特点。 结果 2014 — 2017年累计检测外环境标本28 252份,检出H7N9阳性标本888份,阳性率为3.14%。 检出率2015年最低,2014年最高,分别为1.60%和3.89%。2 — 5月出现H7N9禽流感病毒流行高峰,4月检出率最高为13.00%。 测序分析结果显示,HA基因核苷酸同源性为88.6% ~ 100%,氨基酸同源性为92.0% ~ 100%。 裂解位点分析发现,2017年外环境开始出现高致病性H7N9病毒。 进化分析发现,HA基因呈现多进化分支特点。 结论 2014 — 2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒持续存在且病毒变异较快,呈现基因多样性。 2017年外环境已发现高致病性H7N9病毒,近年病毒HA基因归属于华南分支,呈现本土化,同时监测到来源于野鸟的另一独立分支的病毒存在,提示加强本地区野鸟H7N9禽流感病毒监测的必要性。      

广东人类禽流感H5N1亚型血凝素和神经氨酸酶基因同源性分析

目的采用生物信息学技术,寻找广东地区人类禽流感H5N1亚型基因同源毒株。方法检测广东人禽流感H5N1亚型HA和NA基因核苷酸序列,从GenBank下载国内各种动物和人类相应基因序列,采用Mega5.03和Lasergene7.1软件进行核苷酸同源性和氨基酸变异分析。结果在总共174个HA基因和173个NA基因序列中,发现广东毒株A/Guangdong/01/2006的HA和NA基因与湖南鸡和安徽鸭流感毒株同源性较高;广东毒株A/Guangdong/02/2006的HA和NA基因与香港鸟禽类流感毒株同源性较高。同源性较高的毒株基因之间,氨基酸位点存在差异,但尚未显示流行病学和临床意义。结论广东A/Guangdong/01/2006毒株与湖南鸡和安徽鸭流感毒株具有共同的最近祖先,广东A/Guangdong/02/2006毒株与香港鸟禽类流感毒株具有共同的最近祖先。     

2017年北京市大兴区首例人感染H7N9禽流感病例感染来源分析

目的 对2017年北京市大兴区首例人感染H7N9禽流感确诊病例的感染来源及部分基因序列进行分析,为人感染H7N9禽流感疫情防控提供依据。 方法 采用现场流行病学调查和实验室检测相结合的方法,追溯病例的感染来源。 结果 病例发病前1周有活禽接触史,病例咽拭子、深咳痰液、血液标本人感染H7N9禽流感核酸均为阳性,在暴露的活禽及外环境中检出H7N9禽流感病毒核酸阳性,7名共同暴露者及密切接触者核酸检测为阴性。 血凝素（HA）基因和神经氨酸酶（NA）基因测序分析显示未发生明显变异。 结论 活禽暴露是该病例感染的关键风险因素,病例的感染来源是购自某流动集市的活禽,病毒基因测序及HA0裂解位点测定,该病毒属于禽H7N9长江三角洲分支病毒,为低致病性禽流感病毒。      

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.     

甘肃省人感染H7N9禽流感病毒基因组对比分析

目的 分析甘肃省发现的人感染H7N9禽流感病毒序列,对比高致病性禽流感(HPAI)和低致病性禽流感(LPAI)H7N9病毒的基因变异及分子进化特征,为疾病预防控制提供参考.方法 对甘肃省2017年以来发现的人感染H7N9禽流感病毒进行基因组对比,并使用MEGA 7.0等软件分析其全基因组特征.结果 6例人感染H7N9病...     

2016－2020年浙江省禽类相关外环境禽流感病毒污染状况及职业暴露人群血清监测

  目的   了解2016—2020年浙江省禽类相关外环境中禽流感病毒的污染状况和职业暴露人群中禽流感病毒的感染情况,为浙江省禽流感防控工作提供科学依据。  方法   采用Real-time RT-PCR对外环境标本进行甲型流感病毒通用型（A型）核酸检测,A型阳性的标本再进行H5、H7和H9亚型的禽流感病毒核酸检测,采用红细胞凝集抑制试验对职业暴露人群血清标本进行H5N6、H7N9、H9N2检测,采用描述性分析对检测结果进行统计分析。  结果   2016—2020年浙江省每年均在禽类相关外环境中检出禽流感病毒阳性标本,共检出A型阳性标本10 106份,总阳性率为24.60%,H5阳性标本525份,阳性率为1.28%,H7阳性标本1 137份,阳性率为2.77%,H9阳性标本3 634份,阳性率为8.84%,且存在H5＋H7、H5＋H9、H7＋H9、H5＋H7＋H9混合阳性的标本;城乡活禽市场、家禽屠宰加工厂、家禽散养户集中地区、家禽规模养殖（户）、野生候鸟栖息地5类场所中采集的宰杀或摆放禽肉案板表面擦拭标本的禽流感病毒A型阳性检出率最高,达48.33%;冬春季时外环境中检出禽流感病毒阳性比例较高;2 888份职业暴露人群血清标本中检出1份H5N6和9份H9N2阳性标本,城乡活禽市场、家禽屠宰加工厂、家禽散养户集中地区、家禽规模养殖（户）4类场所均有分布,但以城乡活禽市场中检出较多。  结论   浙江省禽类相关外环境中禽流感病毒以H9亚型为主,H5亚型每年均有检出,H7亚型主要集中在2016和2017年,存在混合阳性的标本,有病毒重组的风险;职业暴露人群中存在H5N6和H9N2隐性感染,应加强禽流感病毒的防控工作,做好职业人群的安全宣教工作,加大禽流感的监测力度。     

2013年宜春市甲型H1N1流感病毒分离鉴定及HA基因分子进化分析

目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据。方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序。以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar 7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析。结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种。结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行。     

2020年安徽省1株候鸟源H5N8禽流感病毒遗传进化特征分析

目的 分析安徽省肥东县候鸟监测站检测的H5N8亚型禽流感病毒(AIVs)的遗传进化特征.方法 从收集的死亡天鹅样本中提取病毒RNA,使用实时荧光定量RT-PCR区分流感亚型,并采用一代测序方法对阳性样本的HA和NA基因扩增后测序,应用生物信息学软件构建系统发育进化树并分析其分子特征.结果 2020年12月1日收到来自安...     

2014-2019年鄱阳湖地区H9N9亚型禽流感病毒进化分析

  目的  分析2014 — 2019年环鄱阳湖地区H9N9亚型禽流感病毒的分子特征。  方法  2014 — 2019年采集环鄱阳湖地区禽类相关环境标本31854份,运送至国家流感中心（CNIC）并进行无特定病原体（SPF）鸡胚法病毒分离。 经甲型流感病毒快速诊断试剂盒进行流感病毒阳性筛查,收获所有甲型流感病毒（IAV）阳性鸡胚尿囊液。 病毒分离阳性毒株进行基因深度测序,使用CLC、CD-HIT、MAFFT 7.475、MEGA 6.06、FastTree、FigTree v1.4.4软件进行序列分析。  结果  2014 — 2019年环鄱阳湖地区共检测到18株H9N9亚型禽流感病毒（AIVs）。 对病毒全基因组序列做系统进化分析,结果表明均由H9N2亚型AIVs和H7N9亚型AIVs基因重配产生。 江西省禽类相关环境标本中分离的H9N9亚型AIVs的NA基因与中国东部省份分离的H9N9亚型AIVs的NA基因处于不同分支。 氨基酸位点分析显示这些H9亚型AIVs均为低致病性禽流感病毒,但HA基因上的Q226L,PA蛋白550L位点、M1蛋白的N30D和T215A位点以及NS1蛋白的P189D、F103L和M106I等关键位点发生替代。  结论  2014 — 2019年我国环鄱阳湖地区的H9N9亚型AIVs系H9N2和H7N9亚型流感病毒重配而来,推测其出现与H9N2、H7N9在2013 — 2017年期间同时高发流行密切相关。 氨基酸位点分析提示该病毒具有感染人的潜力。 尽管目前H9N9亚型AIVs未造成人感染病例,仍要加强不同亚型AIVs之间重配病毒的监测和研究。     

浙江省丽水市人感染H7N9禽流感病毒监测结果分析

目的了解H7N9禽流感病毒在人、禽间的分布情况,指导人感染H7N9禽流感防制工作。方法对2013年4月至2014年2月浙江省丽水市医疗机构发热伴呼吸道症状病例及外环境标本采用实时荧光定量聚合酶链反应方法检测H7N9亚型禽流感病毒核酸,对监测结果进行分析。结果轻症流感样病例和严重呼吸道感染病例分别检测768份和605份,H7N9禽流感病毒全部阴性,不明原因肺炎病例检测92份,阳性1份,阳性率1.09%;家禽粪便标本、笼具表面涂抹物、鸡蛋外壳涂抹物及不明原因死亡家野禽咽拭子和肛拭子共检测1317份,H7N9禽流感病毒阳性22份,阳性率1.67%,阳性标本分布在4个县(区)的8个活禽交易市场。结论首次在丽水市检测到人感染H7N9禽流感病毒,并在多个县(区)的活禽交易市场外环境检测到H7N9禽流感病毒,提示H7N9禽流感病毒已在丽水市禽间传播,存在人感染H7N9禽流感病毒的风险。