2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒抗原漂移分析

目的 了解2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒流行特征、基因进化和抗原漂移情况。方法 通过2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒核酸检测阳性率划分流行高峰,分析各流行高峰病毒的阳性数、分离数和进化簇分布,结合抗原决定簇氨基酸突变位点和三维建模数据,分析3C.2a簇病毒抗原决定簇氨基酸突变位点变化情况。结果 2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒存在8个流行高峰,流行高峰会受到其他型别流感流行的影响,3C.2a簇病毒主要在第Ⅶ流行高峰后流行,与3C.3a簇病毒在HA蛋白3处抗原决定簇上存在7处不同氨基酸突变位点,3C.2a簇病毒159Y-160T位点和3C.3a簇病毒159S-160K位点在三维模拟结构图中差异明显。结论 2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒进化簇不断进化,加强对近期3C.2a簇病毒的进化学监测和抗原漂移分析,有助于提高湖北省流感病原学和流行病学监测水平和能力。     

2015-2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化分析

目的了解2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化特征、抗原表位和耐药位点突变情况。方法在中国流感监测信息系统下载流感病毒核酸检测阳性率并划分流行高峰,选取2015 — 2019年湖北省39株经实时荧光PCR检测阳性后病毒分离培养的甲型H1N1流感病毒株并测序,另在全球流感共享数据库下载13株湖北省毒株序列,采用生物信息学软件分析其进化簇分布、抗原表位和耐药突变位点,通过三维建模,分析其突变位点结构。结果2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒每年流行高峰持续长达11～14周,流行强度逐年增加,在血凝素（HA）、神经氨酸酶（NA）进化树6B簇内进化出6B.1A到6B.1A7等多个分支,发现12处HA抗原表位突变位点和2处NA基因耐药位点,其中毒力标签D222G和耐药位点I223V三维模拟结构差异明显。结论2015 — 2019年甲型H1N1流感病毒流行强度不断提高,进化出多个分支簇,零星检出毒力标签和耐药突变位点,该分析有助于提高湖北省流感病毒流行病学和基因进化监测水平。     

2003-2014年浙江省宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析2003-2014年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行病学特征。方法 采集宁波市2003-2014年哨点监测医院的流感样病例标本进行流感病毒分离鉴定,选取不同时期的乙型流感毒株进行HA和NA基因序列测定,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果 宁波市乙型流感病毒Victoria和Yamagata两大普系流行株的HA及NA基因在2003-2014年间每年均有不同程度的氨基酸序列变异,其中最明显的为2005年与2009年的Victoria系毒株及2007年与2010年的Yamagata毒株变异。每当HA基因序列发生明显变异时NA基因也同时出现明显的变异,而且有时NA基因的变异比HA基因更明显。同时发现2013-2014年流行的乙型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA的重配株。结论 乙型流感两大谱系流行株的HA基因发生变异时NA基因也会出现变异,甚至较HA基因更快。2013-2014年宁波市乙型流感高发的流行株为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。     

新型甲型H7N9禽流感病毒HA与NA的进化分析

摘要：目的：研究2013年甲型H7N9流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,探讨该病毒的遗传变异和分子特性。 方法：收集GenBank中已登录的禽流感病毒基因相关参考序列,利用生物信息学软件DNAMAN和MEGA 4.0对HA和NA基因序列进行进化分析,并利用Phymol 软件进行同源建模。 结果：2013年甲型H7N9流感病毒HA与NA的氨基酸序列与国际/国内参考毒株的同源性为95.7%~99.8%。同源建模发现该毒株HA的氨基酸序列发生了Q226L突变,NA上也发生了R294K和69 5N del氨基酸突变。 结论：新型甲型H7N9流感病毒的HA和NA基因序列与我国江浙地区和部分东亚国家的H7N9禽流感病毒参考株具有高度的同源性,该毒株HA与NA蛋白氨基酸序列发生的变异,可能是病毒致病性改变的原因之一。     

2009-2012年浙江省湖州市甲3亚型流行株基因特性分析

目的 分析2009-2012年湖州市甲3亚型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征。 方法 选择浙江省湖州市2009-2012年流感流行期间分离的甲3亚型代表株11株,提取病毒RNA,扩增HA1和NA基因,进行序列测定,用MegAlign软件分析处理。 结果 湖州市近几年甲3亚型流感流行株在HA1区的核苷酸长度均为987 bp,编码329个氨基酸;在NA区的核苷酸长度为1362 bp,编码454个氨基酸。2009-2012年甲3亚型流感病毒分离株HA1区与NA区的氨基酸同源性分别在94.7%～99.9%与96.2%～100.0%之间,HA1区的变异较NA区更大。4个流感流行期分离的甲3亚型流感毒株相比HA和NA发生了多个氨基酸位点的替换。此外,近几年来世界卫生组织推荐的甲3亚型流感疫苗株与当年的流感流行株之间存在一定的差异。 结论 2009-2012年湖州市甲3亚型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制。     

2009~2012年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA与NA基因的进化分析

摘要：目的：研究杭州地区2009年至2012年甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,分析该病毒的遗传变异和抗原的分子水平转变。 方法：用RT-PCR分别扩增甲型H1N1流感病毒HA基因和NA基因片段并进行测序,用DNAMAN和MEGA 4.0生物信息学软件对HA和NA基因序列进行进化分析。 结果：建立的RT-PCR可成功检测HA(C)、HA(D)和NA基因,遗传进化分析结果表明,杭州地区甲型H1N1流感病毒的HA与NA氨基酸序列的亲缘系数与WHO推荐的病毒株及国内代表株的同源性均为98.9%~100%;三维构象结果表明,HA编码的蛋白质有5个位点发生改变,而NA编码的蛋白质仅发生2个位点改变。 结论：2009年至2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA和NA基因序列与世界范围内流行的病毒参考株具有高度同源性,但HA与NA蛋白质表位存在某些氨基酸位点的改变。     

2016-2021年湖北省乙型Victoria系流感病毒流行病学特征及基因进化分析

目的 分析湖北省2016—2021年度乙型流感流行状况及病毒基因进化特征。方法 根据湖北省2016—2021年度的流感样病例报告数据和病原学监测数据进行流行病学分析并选取2016—2021年度主要流行的乙型流感毒株69株进行全基因组测序,利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果 2016—2021年湖北省乙型Victoria系流感毒株小部分分布在Victoria1A分支,而大部分毒株主要集中分布在以162～164氨基酸位点缺失为特征的Victoria 1A.3分支上。与参考株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇部位发生了多个氨基酸位点改变,而在NA蛋白上未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。本次研究仅发现1株系内重配株。结论 2016—2021年中湖北省乙型流感多为季节性流行,Victoria系流行毒株在多个抗原位点上发生变异,但未检测到耐药位点突变,因此需要进一步密切加强流感流行活动的监测。     

2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型HA和NA基因的分子特征分析

目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。     

2015-2017年浙江省衢州市H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子进化特征分析

目的 了解浙江省衢州市2015－2017年H3N2亚型流感病毒血凝素（HA）基因分子进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 选取衢州市2015－2017年分离到的H3N2亚型流感病毒18株,通过RT-PCR扩增病毒HA基因片段并测序,采用生物信息学软件分析其分子进化特征。结果 18株H3N2亚型流感病毒HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.36%~100.00%和96.76%~100.00%,与同年度疫苗株HA基因的核苷酸平均遗传距离分别为0.008 2、0.007 1和0.011 2,氨基酸平均遗传距离分别为0.009 2、0.003 1和0.010 0。分离株的HA基因分支从3C.3a转变为3C.2a支系,其HA氨基酸序列与同年度疫苗株比较,变异位点共涉及HA蛋白的5个抗原表位（A、B、C、D和E区）,2个受体结合位点（T131K、T135N/K）,6个潜在糖基化位点（122NES、126NWT、133NGT、135NSS、144NSS、158NYT）。结论 2015－2017年衢州市H3N2亚型流感病毒可能出现了抗原漂移,当前疫苗株A/HongKong/4801/2014的免疫效果需重新评估。     

Spread of predominant neuraminidase and hemagglutinin co-mutations in the influenza A/H3N2 virus genome

Genetic variation of influenza neuraminidase (NA), unlike for hemagglutinin (HA), has not been fully characterized. Therefore, we determined the relation between mutations in the NA and HA genome segments of 205 influenza A/H3N2 viruses isolated from patients in Japan during the five seasons from 2010 to 2015. The amino acid (AA) sequences of the NA and HA proteins in these isolates were then determined. In the 2011–2012 season, there was the emergence of isolates with NA and HA sequences containing AA93G (NA93G) and AA278K (HA278K), respectively (24/48 isolates, 50.0%). This was in contrast to NA93D-HA278N being detected exclusively in the previous 2010–2011 season (24/24 isolates, 100.0%). The isolates with the NA93G-HA278K substitutions became predominant in the following 2012–2013 season (95.8%, 46/48 isolates). The NA and HA phylogenetic trees of the 2011–2012 and 2012–2013 seasons were segregated by clades with NA93D-HA278N or NA93G-HA278K. In the subsequent 2013–2014 and 2014–2015 seasons, the strong relationship between NA93D-HA278N and NA93G-HA278K observed in the previous seasons, was no longer present and NA93G-HA278N (33/52 isolates, 63.5% in the 2014–2015 season) became predominant. In addition, the clades within the NA and HA trees could no longer be segregated based on NA AA93 and HA AA278. These findings suggest that the co-mutation of NA and HA AA sequences is present and may contribute to the formation of an epidemic lineage.     

2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流感病毒流行特征和进化分析

目的 了解2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流行性感冒(流感)流行分布及基因进化情况.方法 根据湖北省流感病原学监测数据,分析2017-2020年甲型H3N2亚型流感病毒流行分布情况,按年度分布和地域分布的原则选取2017-2020年各市级流感监测网络实验室送检的该亚型流感病毒共38株进行测序,获得病毒HA和N...     

2012-2013流感监测年度中国大陆B型流感病毒抗原性及基因特性分析

目的了解2012-2013流感监测年度中国大陆地区B型流感的流行状况,分析B型流感病毒的抗原性和基因变异情况。方法选择2012-2013年我国分离的B型流感病毒,利用标准雪貂抗血清进行抗原性分析。利用Sanger测序法进行病毒基因测序,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过基因进化树比较国内流行株与疫苗株的差异。结果 2012-2013监测年度内,B型流感病毒占所有流感病毒的9.93%,其中以B型Victoria系流感病毒为主。B型Victoria系流感病毒的抗原性与上一年度WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008(83.5%)以及我国代表株B/Chongqing-Yuzhong/1384/2010(94.7%)的抗原性类似;而B型Yamagata系流感病毒绝大多数为WHO疫苗株B/Wisconsin/01/2010(99.3%)、WHO疫苗种子株B/Hubei-Wujiagang/158/2009(98.0%)的类似株;基因特性分析显示有1株B-Victoria系病毒发生了HA与NA基因分支间的重配,有1株B-Yamagata系病毒B/Sichuan-Gaoxin/1110/2012的NA基因位于Victoria系病毒的NA进化分支,也表明发生了种系间的基因重配。结论 2012-2013流感监测年度我国B型流感病毒活动水平较低,主要以Victoria系为主,而WHO推荐的疫苗组分是B-Yamagata系病毒,可见部分B型流感流行株与疫苗株并不匹配。     

广东流感H3N2亚型神经氨酸酶基因变异和耐药分析

目的 揭示广东地区2007～2010年甲型H3N2毒株神经氨酸酶(NA)基因特征、变异及对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性.方法 采用时空抽样方法选取毒株,检测广东2007～2010年甲型H3N2毒株NA基因核苷酸序列,同时检索全球NA基因序列作为参照,采用Mega 5.05和BioEdit 7.0.1软件对NA基因核苷酸序列进行比对和分析;分析毒株变异进化速度;采用NA酶活性阻断试验检测病毒的奥司他韦和扎那米韦药物敏感性.结果 广东2007～2010年H3N2毒株NA基因同义进化(Ks)和错义进化(Ka)速度分别为1.69×10-3～1.84×10-3核苷酸/年和1.07×10-3～1.15×10-3核苷酸/年,Ks值约为Ka值的1.5倍,揭示NA基因受自然选择压力较大.疫苗株A/Perth/10/2009与2010年和2011年广东毒株NA基因同源性分别为97.7%～98.2%、97.6%～97.7%.广东毒株NA基因有6个抗原表位变异,尤其是367位和369位氨基酸的变异频率较高.毒株A/Guangdong/548/2008发生耐药相关位点D151V,出现对奥司他韦敏感性降低;其余分离毒株均对奥司他韦和扎那米韦敏感;各年份毒株药物敏感性差异没有统计学意义.结论 广东2007～2010年甲型H3N2毒株NA基因的6个抗原表位有变异,抗原变异的积累可能出现流感暴发;D151V变异可能降低H3N2病毒对奥司他韦敏感性,但广东大多数H3N2毒株对奥司他韦和扎那米韦仍敏感.     

Neuraminidase inhibitor susceptibility profile of human influenza viruses during the 2016–2017 influenza season in Mainland China

To understand the current situation of antiviral-resistance of influenza viruses to neuraminidase inhibitors (NAIs) in Mainland China, The antiviral-resistant surveillance data of the circulating influenza viruses in Mainland China during the 2016–2017 influenza season were analyzed.The total 3215 influenza viruses were studied to determine 50% inhibitory concentration (IC₅₀) for oseltamivir and zanamivir using a fluorescence-based assay.Approximately 0.3% (n = 10) of viruses showed either highly reduced inhibition (HRI) or reduced inhibition (RI) against at least one NAI. The most common neuraminidase (NA) amino acid substitution was H275Y in A (H1N1)pdm09 virus, which confers HRI by oseltamivir. Two A (H1N1)pdm09 viruses contained a new NA amino acid substitution respectively, S110F and D151E, which confers RI by oseltamivir or/and zanamivir. Two B/Victoria-lineage viruses harbored a new NA amino acid substitution respectively, H134Q and S246P, which confers RI by zanamivir. One B/Victoria-lineage virus contained dual amino acid substitution NA P124T and V422I, which confers HRI by zanamivir. One B/Yamagata-lineage virus was a reassortant virus that haemagglutinin (HA) from B/Yamagata-lineage virus and NA from B/Victoria-lineage virus, defined as B/Yamagata-lineage virus confers RI by oseltamivir, but as B/Victoria-lineage virus confers normal inhibition by oseltamivir. All new substitutions that have not been reported before, the correlation of these substitutions and observed changes in IC₅₀ should be further assessed.During the 2016–2017 influenza season in Mainland China the majority tested viruses were susceptible to oseltamivir and zanamivir. Hence, NAIs remain the recommended antiviral for treatment and prophylaxis of influenza virus infections.     

2017-2019年度上海市松江区A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析上海市松江区2017-2019监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征.方法 对松江区分离的毒株随机挑选46株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株进行HA和NA基因序列进化分析和氨基酸位点变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验开展奥司他韦和扎那米韦敏感性监测.结果 A(H1N1)pdm09流感病毒...