2016年湖北省部分地区手足口病肠道病毒病原谱及柯萨奇病毒A6型和A10型基因特征分析

目的 了解2016年湖北省部分地区手足口病病原谱特征,对其中的柯萨奇病毒A组6型（Cox A6）和A组10型（Cox A10）基因特征进行分析。方法 采集2016年湖北省部分地区手足口病患者阳性标本,提取病毒核酸,通过一步法反转录-PCR扩增肠道病毒VP1序列并测序,经Blast比对确定病毒基因型。对其中Cox A6和Cox A10的VP1全长序列进行同源性和系统进化分析。结果 病原学监测结果显示,肠道病毒71型（EV71）阳性率为29.4%（599/2 035）,柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）阳性率为25.7%（522/2 035）,其他肠道病毒阳性率为44.9%（914/2 035）。对该地区收集的83份肠道通用阳性的非EV71和非Cox A16进行病毒分型分析,Cox A6阳性检出率为56.6%（47/83）,Cox A10阳性检出率为22.9%（19/83）,还检测出其他肠道病毒如Cox A2（2株）、Cox A4（7株）、CB4（2株）、CB5（2株）、CB6（1株）、Echo5（1株）、Echo9（1株）和Echo25（1株）。对Cox A6和Cox A10的VP1基因同源性比对及系统进化分析显示,2016年湖北省22株Cox A6的VP1基因核苷酸同源性为95.1%~100.0%,11株Cox A10的VP1基因核苷酸同源性为95.2%~100.0%。我国与其他国家Cox A6和Cox A10可分别划分为8个（A~H）和7个基因谱系（A~G）。湖北省Cox A6与我国其他Cox A6位于H基因谱系上;湖北省Cox A10与我国其他Cox A10位于G基因谱系上。结论 2016年湖北省部分地区手足口病病原体除了EV71和Cox A16两种主要病毒外,还检测出Cox A6和Cox A10等手足口病的病原。其他肠道病毒中以Cox A6和Cox A10为主,仍需进一步加强对其他肠道病毒的监测和分子流行病学特征的分析。     

湖北省手足口病肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组16型VP1基因特征

目的 了解湖北省手足口病肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）的VP1基因特点,研究该省EV71和Cox A16的基因型别及分子进化特征。方法 对2014-2015年湖北省26株EV71和27株Cox A16流行株的VP1基因测序,分析其同源性和遗传进化特征。结果 2014-2015年湖北省EV71和Cox A16流行株VP1核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性均较高,EV71流行株的蛋白氨基酸和核苷酸序列同源性分别为97.6%~100.0%和92.3%~100.0%。Cox A16流行株的蛋白氨基酸和核苷酸序列同源性分别为96.6%~100.0%和92.3%~100.0%。EV71的VP1基因系统进化分析表明,湖北省流行的EV71与我国其他地区流行的EV71均位于一个大的分支上,均为C4基因型的C4a亚型。Cox A16流行株与B1b亚型代表株位于同一分支上,主要为B1b亚型。结论 2014-2015年湖北省EV71和Cox A16流行株分别为C4a亚型和B1b亚型,其核苷酸和氨基酸与国内外其他地区的手足口病病毒株均有较高同源性。     

2010—2012年浙江省余姚市手足口病的病原构成及Cox A16 VP1基因特征分析

目的了解浙江省余姚市引起手足口病的病原构成,研究Cox A16基因特征及变异情况。方法收集手足口病患者标本,用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)检测并分型,每年选择几个样品进行Cox A16 VP1基因的扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用DNAstar和Blast软件进行比对分析。结果 2010—2012年从1651份标本检出柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)25.86%,肠道病毒71型(EV71)39.85%,其他肠道病毒19.38%;Cox A16 VP1蛋白氨基酸序列相似性为99.3%~100%,7株Cox A16基因分型属于B1基因亚型。结论 2010—2012年余姚市手足口病流行的主要病原体为Cox A16和EV71,流行的Cox A16属于B1基因亚型,并具有高度相似性。     

浙江省湖州市柯萨奇病毒A组16型分离株VP1区序列测定及系统进化分析

目的了解浙江省湖州市引起手足口病(HFMD)的柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)分离株的VP1区基因特征。方法采用荧光定量反转录聚合酶链反应方法,对2011-2012年湖州市538份HFMD临床标本进行肠道病毒核酸检测;采用RD、Hep2细胞对Cox A16核酸阳性的标本进行病毒分离。选取17株具有代表性的Cox A16分离株进行VP1区的序列测定和分析。结果 2011-2012年湖州市HFMD的主要病原为Cox A16和肠道病毒71型(EV71);湖州地区Cox A16分离株VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.5%~100%和99.3%~100%。与Cox A16的B1基因亚型代表株核苷酸同源性最高,在系统进化树上与B1亚型代表株相聚在一起,并且同时存在B1a和B1b两个进化分支。结论湖州市的Cox A16分离株与国内其他地区类似,同属于B1基因亚型,并且有B1a和B1b两个进化分支共同进化和循环。     

2009-2010年江苏省徐州市儿童手足口病病原学检测分析

目的了解江苏省徐州地区2009-2010年儿童手足口病流行的病原学特征。方法 2009年3-8月和2010年1-12月共采集徐州儿童医院门诊、住院及常规监测的511例疑似手足口病(HFMD)儿童患者的咽拭、肛拭标本,提取病毒RNA,用实时荧光定量PCR(real-time PCR)方法同时进行肠道病毒(EV),肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16(Cox A16)的特异性基因检测。结果 511例疑似手足口病患儿的标本中,总肠道病毒阳性288例,占56.36%;288个肠道病毒核酸阳性病例中,EV71核酸阳性202例,Cox A16核酸阳性55例,构成比分别为70.14%和19.10%。≤5岁儿童感染的肠道病毒有EV71型、Cox A16型及非EV71非Cox A16的其他肠道病毒感染,>5岁儿童则只有EV71感染病例。结论 2009-2010年徐州地区儿童手足口病患儿以1～3岁儿童为主,其主要病原是肠道病毒EV71型,其次是Cox A16型。     

2011-2012年杭州市手足口病的病原构成及肠道病毒71型的分子流行病学特征

目的 探讨杭州市手足口病病原谱构成及其肠道病毒71型(human enterovirus 71,EV71)的分子特征。 方法 采集210例疑似手足口病感染者的粪便标本及其相关临床资料,采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real time RT-PCR)方法进行初步检测,利用RT-PCR扩增部分EV71和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16, Cox A16)阳性样本VP1基因区并测序分析。 结果 荧光定量RT-PCR检测表明,210例疑似感染者的粪便中, EV71、Cox A16 和其他肠道病毒的阳性率分别为60.95%(128/210)、21.43%(45/210)和9.05%(19/210)。10株EV71病毒VP1区核酸序列与JX509922、JX509924、JX509926、JX509927、 JX509928和 JX509929的同源性最高为95.7%~98.0%,且均属于EV71中 C4a亚型。 结论 EV71和Cox A16是杭州市儿童手足口病的主要病原体。因此加强EV71和Cox A16的监测特别是EV71的检测,有助于更好地预防和控制手足口病。     

2012年江西省南昌市手足口病病原学监测结果分析

目的 分析江西省南昌市2012年临床诊断为手足口病患者标本的病原学检测结果,为手足口病的临床诊治和防控提供实验室依据。方法 采用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应（real time RT-PCR）对2012年1-12月间1028例医院诊断为手足口病的患者标本核酸进行鉴定分型,并统计分析。结果 临床诊断为手足口病的患者标本1028 份中,632 份为肠道病毒通用阳性,总阳性率为61.48%,其中肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）、EV71 和 Cox A16 混合感染、其他肠道病毒阳性检出率分别为39.0%、10.21%、0.09%和12.16%。病原学检测阳性标本中男女性别比为1.8:1;发病年龄段主要集中在5岁以下儿童（94.36%）,尤其是 3 岁以下男童。结论 2012年南昌地区手足口病的主要病原体为EV71,且较2009-2011年有上升趋势。     

2010年广东省深圳市首例手足口病死亡病例的病原学研究

目的 对广东省深圳市2010年首例临床诊断为手足口病死亡患儿的粪便和咽拭子标本进行病原体型别鉴定,从而追踪其病原的可能来源。 方法 先用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法检测病毒核酸,再用细胞培养方法从粪便和咽拭子标本中分离病毒,并将分离到的毒株提取核酸后,用普通RT-PCR方法分别扩增肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)的VP1区全长基因并进行序列测定,序列测定结果与不同国家和地区的肠道病毒株A、B、C基因型代表株进行同源性比较和进化树分析。 结果 该病例的2份标本均为EV71核酸阳性,Cox A16核酸阴性;毒株基因经过核苷酸和氨基酸同源性分析,确定该病例病原体为EV71 C4亚型。 结论 2010年深圳市首例手足口病死亡病例的病原体为EV71的C4亚型。     

2008-2011年辽宁省锦州市手足口病病原监测结果分析

目的 了解辽宁省锦州地区手足口病的病原学特征及变化趋势,为手足口病防治工作提供参考依据。 方法 日常监测工作中收集2008-2011年锦州地区294例手足口病临床确诊患儿的330份样本检测结果,其中咽拭子274份,粪便标本56份,进行病原学检测。 结果 294例被检测患儿中246例为肠道病毒阳性,阳性率为83.67％,其中肠道病毒71型(EV71)阳性率30.61%,柯萨奇A组16型(Cox A16)阳性率32.31%,EV71、Cox A16混合感染阳性率0.34%,其他肠道病毒阳性率20.41%。330份标本中咽拭子阳性率82.12％(225／274),粪便阳性率71.43%(40/56)。2008-2011年病例的咽拭及粪便标本采用不同检测方法、不同试剂的阳性检出率差异无统计学意义(P﹥0.05)。 结论 锦州市儿童手足口病病原体以EV71和Cox A16为主,每年略有不同,近年其他肠道病毒感染率逐年增高。手足口病患者的咽拭和粪便标本的阳性检出率无差异。     

2008-2011年湖北省宜昌市手足口病的流行特征分析

目的 了解湖北省宜昌市手足口病的流行特征, 为手足口病的综合防治提供科学依据。 方法 收集2008-2011年宜昌市包括各县(市、区)报告的手足口病疫情病例和聚集性病例的相关标本, 采用荧光定量RT-PCR方法进行检测。 结果 在473份标本中, 男女性别比为1.26:1,手足口病发病高峰在春末和夏初;疱疹液的阳性检出率高于咽拭子(2=8.026,P0.01)和口漱液(2=12.67,P0.01);共检测到肠道通用病毒阳性标本298份, 总检出率为73%,其中肠道病毒71型(EV71)阳性标本191 份,柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)阳性标本78份,其他肠道病毒为29份,EV71的检出率高于Cox A16(2=86.517,P0.01)和其他肠道病毒(2=189.089,P0.01)。 结论 宜昌市手足口病的病原体主要是EV71(64.1%)和Cox A16(26.2%), 随不同年份优势毒株稍有差异,EV71是引起宜昌市2008-2011年手足口病病例的主要优势毒株类型。     

2018年浙江省宁海县柯萨奇病毒A组6型手足口病临床特征及分子流行病学

目的了解浙江省宁海县柯萨奇病毒A组6型（Cox A6）手足口病的临床特征，探讨其防控策略和措施。方法从国家疾病监测信息系统获取2018年宁海县手足口病资料，采集宁海县第一医院手足口病门诊、住院患者粪便和（或）咽拭子标本，用实时荧光定量反转录–聚合酶链式反应（RT-PCR）方法检测肠道病毒通用型及核酸分型，对Cox A6阳性标本进一步用RT-PCR方法进行VP1全长基因扩增、测序和系统进化分析。结果肠道病毒核酸阳性635例，阳性率为75.42%，其中Cox A6、非Cox A6阳性分别为412例（64.88%）和223（35.12%）；对Cox A6与非Cox A6病例组的临床表现进行比较，年龄、发热及热程、皮疹分布范围、出现疱疹及大疱疹比例、皮肤疼痛和痒感、脱皮及色素沉着、随访16周脱甲率等因素差异有统计学意义。 序列分析显示，2018年宁海县流行的Cox A6均为D3基因亚群，D3.2分枝。结论2018年宁海县Cox A6 D3基因亚群病毒广泛流行，临床上表现为皮肤黏膜剧烈反应，皮疹分布较非Cox A6广泛，脱甲为Cox A6病毒对指（趾）甲的直接侵害。     

2010-2015年广州地区手足口病Cox A6,Cox A4和Cox A10的病原监测和流行分析

目的 了解引起广州地区手足口病（HFMD）的柯萨奇病毒A组6型（Cox A6）、A组4型（Cox A4）和A组10型（Cox A10）的分子流行病学特征。方法 对2010-2015年收集的HFMD病例标本进行荧光定量PCR检测,以Cox A6、Cox A4和Cox A10的VP1部分基因序列进行同源分析和构建系统发育树。运用统计学方法对不同肠道病毒引起的HFMD流行特征进行描述性分析。结果 从广州地区HFMD患儿的12 054份临床标本中检出8945份肠道病毒阳性,其中2174份为Cox A6（24.30%）,144份为Cox A4（1.61%）,155份为Cox A10阳性（1.73%）。Cox A6和Cox A10的主要感染人群为1~2岁幼儿,Cox A4为3~4岁幼儿,男性病例多于女性。HFMD发病时间集中于的4-10月。广州市肠道病毒Cox A6、Cox A4和Cox A10流行株与国内其他地区的流行株亲缘关系接近。结论 广州地区引起HFMD流行的优势病毒株包括EV71、Cox A16和Cox A6 3种肠道病毒,并呈交替或共同流行状态。Cox A4和Cox A10也是重要的病原体。应加强肠道病毒流行趋势的长期监测及深入研究,以掌握HFMD流行的变化趋势。     

2011年广东省深圳市手足口病的病原学监测

目的 了解2011年广东省深圳市手足口病的病原构成情况,为科学防治手足口病提供实验室依据。 方法 对2011年哨点医院上送的临床诊断为手足口病病例的粪便标本,先用荧光RT-PCR进行肠道病毒71型(Enterovirus 71, EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)以及肠道病毒核酸检测,再对肠道病毒核酸检测为阳性的标本进一步用巢式RT-PCR(RT-Nested PCR)的方法扩增片段,PCR产物测序后,通过Blast软件进行分型。 结果 409例病例中,5岁以下占93.64%,主要集中在1~2岁年龄组;5-9月为发病高峰期,11月出现一个小高峰。EV71阳性142例,构成比为43.83%;Cox A16阳性53例,构成比为16.36%;非EV71、非Cox A16的其他肠道病毒阳性129例,构成比为39.81%;129例其他肠道病毒阳性标本中,95例的序列测定结果Cox A6有69例,构成比为72.63%;Cox A10有12例,构成比12.63%; Cox A12、Cox A9、Cox A2、Cox A4、Cox B2、Cox B4、ECHO2、ECHO14和ECHO18各有少部分病例。 结论 2011年深圳市手足口病最主要病原为EV71,Cox A6次之,Cox A16位居第3位,应加强对手足口病的病原学监测。     

2010-2013年济南地区肠道病毒71型感染手足口病流行病学分析

目的 分析2010-2013年济南地区肠道病毒71型(EV71)感染手足口病的流行病学特征,为手足口病防控提供参考依据。方法 选取济南地区2010-2013年临床诊断为手足口病的病例为对象,采集患者发病1周内的粪便、咽拭子等标本,采用肠道病毒通用(PE)、EV71和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)特异性引物通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行病原学鉴定。结果 2010-2013年接受病原学检测的手足口病患儿共3351例(包括114例重症病例),2548例检测到肠道病毒(76.04%);其中EV71阳性1001例,占阳性病例的39.29%(1001/2548)。2010-2013年EV71阳性率分别为23.51% (190/808)、39.95%(334/836)、22.12%(190/859)和33.84%(287/848);重症病例EV71阳性率为80.70%(92/114),普通病例EV71阳性率为28.08%(909/3237),两者之间差异有统计学意义(2=131.9135, P0.01);重症病例中EV71阳性率显著高于其他病毒类型 (2=245.24, P0.01)。1001例感染EV71的手足口病患儿中,男女性别比为1.60:1;病例年龄主要集中于4岁以下儿童(84.42%),尤其是1~3岁年龄组(48.65%);重症病例男女比例更高(2.83:1),年龄以3岁以下幼童为主(89.13%),其中2例死亡病例均不到1岁。结论 济南地区不同年度EV71流行强度与趋势不同,EV71是重症及死亡病例的主要病原。     

2010年天津市手足口病病原学与分子流行病学分析

目的 对天津市2010年的手足口病(HFMD)病例进行病原学分析,并对引起该市HFMD流行的肠道EV71型和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)进行分子生物学特征分析。 方法 利用Real-time PCR检测HFMD病例标本,用人横纹肌肉瘤(RD)细胞对Real-time PCR检测阳性的部分病例标本进行病毒分离,用RT-PCR法扩增VP1全基因,使用生物学软件进行序列和系统发生分析。 结果 共检测HFMD病例1766例,肠道病毒总检测阳性率为71.52%(1263/1766),其中EV71占43.94%,Cox A16占41.65%,其他EV占14.41%。15株EV71分离株与C4亚型的C4a分支代表株具有最高的核苷酸序列同源性,均归属于C4a分支;9株Cox A16分离株与B1亚型的代表株具有最高的核苷酸序列同源性,其中8株属于B1b分支,1株属于B1a分支。 结论 导致天津市2010年HFMD流行的EV71流行株为C4亚型中的C4a病毒株,Cox A16流行株为B1亚型的B1b病毒株。     

2007-2008年北京地区儿童手足口病的病原学分析

目的 通过病毒分离和鉴定了解2007-2008年春夏北京地区手足口病的病原学特征,为手足口病防治工作提供科学依据.方法 分别于2007年4-8月及2008年5-9月收集256例手足口病患儿的咽拭子和疱疹液标本共356份,其中咽拭子255份(包括10份重症患儿标本),疱疹液标本101份.将所有标本接种Vero细胞进行病毒分离,分离阳性的毒株用RT-PCR进行鉴定;对10份重症患儿标本除病毒分离外,还直接进行RT-PCR检测病毒核酸.结果 256例被检测患儿中188例为肠道病毒阳性,阳性率为73.4%.356份标本中共分离到239株肠道病毒,总阳性率为67.1%.其中疱疹液标本分离阳性率为75.2%(76/101),咽拭子标本分离阳性率63.9%(163/255),但两种标本接种细胞后出现病变的速度没有差别.重症患儿标本病毒分离阳性率50%(5/10).2007年的45例病毒分离株经肠道病毒通用引物PCR检测均为阳性,分型PCR显示,其中CA16占95.6%(43/45),EV71占4.4%(2/45);而2008年的143例病毒分离株经肠道病毒通用引物PCR检测142例为阳性,PCR分型显示,EV71占82.4%(117/142),CA16占16.8%(24/142).10份重症患儿标本直接分型检测结果均为EV71.结论 北京儿童手足口病病原体以EV71和CAV16为主,2007年与2008年流行的优势型别不同,2007年主要为CA16,而2008年主要为EV71.本组重症手足口病患儿的病原均为EV71.     

2007-2008年北京地区儿童手足口病的病原学分析

目的 通过病毒分离和鉴定了解2007-2008年春夏北京地区手足口病的病原学特征,为手足口病防治工作提供科学依据.方法 分别于2007年4-8月及2008年5-9月收集256例手足口病患儿的咽拭子和疱疹液标本共356份,其中咽拭子255份(包括10份重症患儿标本),疱疹液标本101份.将所有标本接种Vero细胞进行病毒分离,分离阳性的毒株用RT-PCR进行鉴定;对10份重症患儿标本除病毒分离外,还直接进行RT-PCR检测病毒核酸.结果 256例被检测患儿中188例为肠道病毒阳性,阳性率为73.4%.356份标本中共分离到239株肠道病毒,总阳性率为67.1%.其中疱疹液标本分离阳性率为75.2%(76/101),咽拭子标本分离阳性率63.9%(163/255),但两种标本接种细胞后出现病变的速度没有差别.重症患儿标本病毒分离阳性率50%(5/10).2007年的45例病毒分离株经肠道病毒通用引物PCR检测均为阳性,分型PCR显示,其中CA16占95.6%(43/45),EV71占4.4%(2/45);而2008年的143例病毒分离株经肠道病毒通用引物PCR检测142例为阳性,PCR分型显示,EV71占82.4%(117/142),CA16占16.8%(24/142).10份重症患儿标本直接分型检测结果均为EV71.结论 北京儿童手足口病病原体以EV71和CAV16为主,2007年与2008年流行的优势型别不同,2007年主要为CA16,而2008年主要为EV71.本组重症手足口病患儿的病原均为EV71.