基质辅助激光解析电离飞行时间质谱在大肠埃希菌分群中的应用

摘要 目的 评价基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对大肠埃希菌菌群的鉴别能力。方法 通过VITEC 2 Compact全自动细菌鉴定仪及药敏分析系统对人和动物源性的大肠埃希菌敏感菌株进行初步筛选,然后将获得的21株人源和42株动物源性大肠埃希菌进行16S rRNA基因测序及同源性分析,同时通过MALDI-TOF MS技术对大肠埃希菌指纹图谱进行鉴定。结果 与16S rRNA基因测序相比,不同来源的菌株蛋白质特征图谱呈现明显的分群趋势,MALDI-TOF MS法对不同来源的菌株具有较强的鉴别区分能力。结论 MALDI-TOF MS法可用于菌株来源差异性的鉴别。     

3种方法对1株临床疑难菌的鉴定及结果比较

目的 通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、16S rRNA序列分析和全基因组测序(WGS)对从临床标本中分离的1株疑似盐单胞菌进行菌种鉴定,比较3种方法的鉴定结果。方法 采用MALDI-TOF MS对待测菌进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现菌种鉴定;对菌株进行16S rRNA基因测序,将测序结果与数据库比对;待测菌WGS后进行序列比对分析,具体包括使用ANIm和ANIb 2种方法计算平均核苷酸一致性(ANI)以及与基因组分类数据库(GTDB)进行比对;基于全基因组序列中的16S rRNA序列和看家基因序列构建系统进化树,以及基于COG和KEGG功能对基因组进行聚类分析。结果 MALDI-TOF MS对待测菌株的鉴定结果是Halomonas hamiltonii;经16S rRNA序列分析,发现待测菌株与3种盐单胞菌(Halomonas hamiltonii、Halomonas stevensii和Halomonas johnsoniae)的相似度均>99%,且相似度差异非常小,因此无法进行准确的菌种鉴定;基于WGS的基因序列比对、系统发育树、...     

VITEK MS质谱仪错误鉴定福氏志贺菌1例

目的了解VITEK MS对1株从血培养分离的福氏志贺菌的鉴定能力。方法采用VITEK MS、Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定仪、血清凝集试验及16S rRNA基因测序进行鉴定;采用VITEK MS分别对福氏志贺菌临床株、福氏志贺菌CMCC51572、大肠埃希菌ATCC8739进行质谱鉴定及蛋白质谱图比较分析。结果 VITEK MS鉴定为大肠埃希菌,可信度为99.9%;Vitek 2 Compact鉴定为志贺菌属,可信度为89.0%;血清学结果为福氏志贺菌3a型;16S rRNA基因测序为志贺菌、福氏志贺菌1a、福氏志贺菌2a、大肠埃希菌,序列同源性达97%以上;福氏志贺菌临床株、福氏志贺菌CMCC51572、大肠埃希菌ATCC8739的蛋白质谱图相似。结论志贺菌和大肠埃希菌在基因角度上符合同一个种,VITEK MS不能区分志贺菌和大肠埃希菌,需要附加生化反应、科玛嘉尿道定位显色培养及血清学试验进行志贺菌的排除。     

大肠埃希菌16S rRNA甲基化酶基因的接合传递及其与整合子的相关性

目的 对临床分离的多重耐药（MDR）大肠埃希菌株的16S rRNA甲基化酶基因特征与接合传递效率进行研究,探讨其与整合子的相关性。 方法 136株MDR大肠埃希菌经PCR筛检16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD;对阳性菌株作整合酶基因intI1、intI2和intI3检测,并扩增Ⅰ类整合子可变区插入片段,对扩增产物进行测序与鉴定所含耐药基因盒;以阳性菌株为供体菌,耐叠氮化钠大肠埃希菌J53为受体菌进行接合试验,并结合质粒图谱对16S rRNA甲基化酶基因进行初步定位。 结果 在136株多重耐药大肠埃希菌中,共检出16S rRNA甲基化酶阳性菌12株（8.8%）,其中,armA阳性3株（2.2%）,rmtB阳性10株（7.4%）,未检出rmtA、rmtC、rmtD基因。阳性菌株均只含Ⅰ类整合子,对其可变区扩增片段（1 000～2 300 bp）的测序结果显示,该区域含有多种耐药基因盒,但不含16S rRNA甲基化酶基因。接合试验与质粒图谱结果初步表明armA和rmtB编码基因位于约23 000 bp的质粒上,接合试验的耐药质粒传递率高达83.3%(10/12)。 结论 在MDR大肠埃希菌中,armA和rmtB编码基因位于约23 000 bp质粒上,其中,rmtB为优势基因,接合试验和质粒图谱证明该类耐药质粒很容易在同种菌间传播。Ⅰ类整合子与16S rRNA甲基化酶基因虽然存在于同一菌体内和/或同处于一个质粒上,但整合子基因盒对该类基因的捕获率很低或根本不捕获。     

不同检测方法对鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌的鉴定结果比较及同源性分析

目的 比较基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、细菌生化鉴定两种方法对鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌的鉴定能力差异,评价两种方法对鲍曼不动杆菌和大肠埃希菌鉴定的准确性.方法 收集2019年3-4月临床分离的非重复鲍曼不动杆菌敏感菌株、大肠埃希菌敏感菌株各40株,经16S rRNA基因测序鉴定后,分别...     

艾伯特埃希菌快速鉴定方法比较研究

目的 评价目前用于快速鉴定艾伯特埃希菌方法的特异性。方法 利用51株艾伯特埃希菌及其他对照菌株，分别评价基于clpX、lysP和mdh基因的三重聚合酶链式反应（PCR）；基于EA 0134基因的单重PCR；基于EACBF 2103-EACBF2104基因的巢式PCR。结果 51株艾伯特埃希菌三重PCR均为阳性，鉴定吻合率为100%；巢式PCR两轮结果均为阳性，鉴定吻合率为100%，对照组第1轮PCR结果全部为阴性，但第2轮出现非特异条带。51株中49株EA 0134基因为阳性，鉴定吻合率为96.08%，对照菌株中伤寒沙门菌和肠出血性大肠埃希菌O157:H7扩增出大小类似的片段。结论 EA 0134基因在一些菌株中缺失，会造成漏判，同时在部分肠道菌株中存在非特异性扩增，会造成误判。三重PCR和巢式PCR的第1轮扩增均具有高特异性，可作为目前艾伯特埃希菌分离株的PCR快速鉴定方法，为艾伯特埃希菌相关的临床诊断和突发公共卫生事件处置，提供准确快速的诊断依据。     

自动细菌鉴定仪对布鲁菌误鉴定原因及临床影响分析

目的探讨Vitek Compact微生物自动鉴定仪器对1例布鲁菌误鉴定原因及临床影响分析。方法 1例无明显诱因发热患者血培养分离菌株,采用Vitek Compact细菌鉴定系统,形态学、传统手工生化对分离株进行鉴定。采用PCR扩增16S rRNA基因并测序,对所测得的核酸序列进行同源性比对分析。结果从该患者血液中分离到1株缓慢生长的革兰阴性短小杆菌,Vitek Compact鉴定仪器,GN鉴定卡首次鉴定为支气管炎鲍特菌,基于16S rRNA基因序列分析表明,菌株与马耳他布鲁菌或人苍白杆菌核酸匹配度高达100%,完全排除支气管炎鲍特菌的可能。将保存的菌株用Vitek Compact鉴定仪器,GN鉴定卡复检,结果为马耳他布鲁菌。结论 16S rRNA基因序列分析是鉴定临床非发酵革兰阴性杆菌的最有效手段,微生物自动鉴定仪器鉴定慢生长细菌如布鲁菌等有明显局限性,对布鲁菌病等传染病的临床治疗及流行病学调查可产生误导。     

广泛耐药铜绿假单胞菌甲基化酶基因的检测和基因周边结构分析

目的了解16S rRNA甲基化酶基因在广泛耐药(XDR)铜绿假单胞菌临床株中的分布及此类耐药基因周边结构。方法收集XDR铜绿假单胞菌59株,琼脂稀释法测定MIC,PCR方法检测16S rRNA甲基化酶基因(armA,rmt A,rmtB,rmtC,rmtD,rmtE,npmA),ERIC-PCR方法进行同源性分析,并对检出的16S rRNA甲基化酶基因armA和rmtB进行周边序列分析。结果 59株XDR铜绿假单胞菌临床分离株中,16S rRNA甲基化酶基因总检出率62.7%(37/59),rmtB的检出率略高于armA,未检出其他甲基化酶基因。根据ERIC-PCR结果受试临床株可分为19个型别。17株检出armA基因菌株分布在3个克隆,其中15株(88.2%)集中在一个克隆(克隆D);而rmtB基因散布于9个克隆。基因周边序列分析显示,armA基因位于一个含多种转座酶的移动元件上,其与大肠埃希菌和鲍曼不动杆菌携带的armA阳性质粒序列一致性达99%;rmtB基因也位于一个含转座酶的移动元件上,其与大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌携带的rmtB质粒序列高度一致。结论 16S rRNA甲基化酶基因在XDR铜绿假单胞菌分离株中分布广泛,均在对庆大霉素高度耐药的菌株中检出。armA在铜绿假单胞菌中存在克隆传播。     

应用16S rRNA基因序列分析鉴定从痰培养中分离的假肺炎链球菌

目的对含有革兰阳性球菌的痰培养分离出的草绿色链球菌样菌落进行16S rRNA基因序列分析与质谱鉴定,探讨16S rRNA基因序列分析与质谱在临床病原菌鉴定方面的意义。方法将分离的菌株采用奥布托辛(OP)试验、Vitek MS质谱鉴定以及16S rRNA基因测序进行鉴定。结果OP试验结果在5%CO2气体环境中抑菌圈直径为15mm,在大气中培养抑菌圈直径为25mm。Vitek MS质谱鉴定显示为假肺炎链球菌,可信度99.9%。16S rRNA基因测序鉴定结果显示该菌与肺炎链球菌的相似度为99.63%,与假肺炎链球菌的相似度更高为99.75%。结论结合表型鉴定结果,可进一步确定分离株为假肺炎链球菌。     

两株二氧化碳依赖大肠埃希菌的特征研究

目的对从病人尿液中分离的两株二氧化碳依赖大肠埃希菌的特征分析。方法从2019年8月～9月两例患者尿液中分离出两株大肠埃希菌,应用广谱PCR扩增细菌的16S核糖体核糖核酸(rRNA)基因测序其核苷酸序列,并进行Blast分析,同时以传统的表型实验对基因鉴定的结果进行验证,并参考美国临床实验室标准化协会(CLSI)2019肠杆菌药敏标准进行分离株抗生素的敏感及耐药性分析。结果该2株菌均为CO_2依赖生长的革兰阴性杆菌,2株菌的菌落形态经4次传代后基本还原阴性杆菌的基本形态,A分纯株在大气环境无法生长。B分纯株在大气环境生长不良,只表现出大小不一的菌落。16SrRNA基因与大肠埃希菌的同源性均在100%,其传统生化反应,亦符合大肠埃希菌的特征。结论该2株革兰阴性杆菌在分类学上属于大肠埃希菌。对于CO_2依赖性的大肠埃希菌,临床需要求原代培养使用CO_2培养箱和增加样本初步革兰染色可减少这类细菌的漏检。     

革兰阴性杆菌16S rRNA甲基化酶基因检测及作用研究

目的分析上海中医药大学附属普陀医院临床分离的革兰阴性杆菌中16S rRNA甲基化酶基因的流行情况及革兰阴性杆菌的氨基糖苷类耐药机制。方法收集临床分离的对阿米卡星和/或庆大霉素耐药的革兰阴性杆菌53株。采用聚合酶链反应（PCR）法检测16S rRNA甲基化酶基因：armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD、npmA;PCR阳性产物测序分析。构建PET32-armA和PET32-rmtB的重组质粒并转化入宿主菌BL21中。纸片扩散法（K-B）检测临床分离16S rRNA甲基化酶基因阳性菌株和重组菌对5种氨基糖苷类药物的敏感性。结果 53株耐药菌中5株鲍曼不动杆菌、2株肺炎克雷伯和1株阴沟肠杆菌检出armA基因,2株大肠埃希菌检出rmtB基因。获得PET32-armA和PET32-rmtB的重组BL21菌株。PET32-armA和PET32-rmtB的重组菌均获得氨基糖苷类抗菌药物耐药性。结论本院临床样本检测到16S rRNA甲基化酶基因armA和rmtB阳性菌株,armA基因存在于鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌中;rmtB基因位于大肠埃希菌中。将armA和rmtB基因转入非耐药的宿主菌中可以诱导其对氨基糖苷类抗菌药物的耐药。     

4株威克汉姆无绿藻的鉴定及基因特征分析

目的对临床分离的4株无绿藻进行菌种鉴定和基因特征分析。方法对临床分离的4株酵母样微生物进行培养特性和形态学特征分析,商品化Vitek 2细菌鉴定系统(配套YST卡)和MALDI-TOF MS微生物鉴定系统鉴定;PCR扩增其16S rRNA基因和28S rRNA基因,并进行系统发育分析,以确定其分类学地位。结果该4株微生物在沙保氏葡萄糖琼脂培养基上培养3 d可形成灰白色、光滑、湿润的"酵母样真菌"菌落;光镜下观察可见大量圆形、卵圆形或椭圆形的孢子囊,且其内含内孢子,形似桑葚状或草莓状,与酵母菌的菌体形态差异显著;Vitek YST和MALDI-TOF MS系统,均鉴定为威克汉姆无绿藻。该4株微生物同时存在代表原核生物的16S rRNA基因以及代表真核生物的28S rRNA基因,其中,16S rRNA基因序列与威克汉姆无绿藻相似度最高,在99.7%以上;28S rRNA基因经克隆测序发现其存在多拷贝,且同一菌株不同克隆序列之间相似度在91.9%～100%。16S rRNA基因和28S rRNA基因系统发育分析均显示,该4株微生物与威克汉姆无绿藻聚类在同一个分枝。结论该4株微生物可鉴定为威克汉姆无绿藻,且单拷贝的小亚基16S rRNA更适合作为其菌种鉴定的靶基因。     

拟杆菌属细菌的分子生物学鉴定

目的 用聚合酶链反应（PCR）技术鉴定拟杆菌.方法 以该属细菌的标准16S Rrna基因序列为靶基因设计通用引物,对该属标准菌株及不同来源的临床株进行PCR扩增,然后对扩增产物进行基因测序验证引物的特异性和敏感性.结果 设计的引物能扩增13株拟杆菌,而40株肠杆菌科细菌、本实验室分离和保存的其他非拟杆菌不能被扩增;13株拟杆菌所得的PCR产物经基因测序、比对相应标准菌的16S Rrna,同源性在81%～100%.结论 建立的方法可特异的鉴定拟杆菌,敏感性为100个细菌的基因组.     

23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的　根据临床常见致病菌 2 3SrRNA基因序列的差异 ,建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法　分析常见细菌的 2 3SrRNA基因序列 ,设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株 2 3SrRNA基因 ,并根据电泳结果作出初步分类。结果　革兰阴性菌株均出现 1条DNA电泳条带(约为 35 0bp) ,而革兰阳性菌株则出现 2条电泳条带 (约为 2 5 0和 4 0 0bp)。 6 0株临床分离菌经PCR扩增、电泳后 ,电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达 10 0 %。结论　 2 3SrRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定 ,具有快速、灵敏、准确的特点 ,可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据     

浙江省舟山市售贝类中创伤弧菌的定量检测及毒力基因分析

目的 了解2010-2012年浙江省舟山市售贝类中创伤弧菌(Vibrio vulnificus,VV)的污染状况与季节性变化规律,及其毒力相关基因分型。 方法 采用3%氯化钠碱性蛋白胨水增菌,纤维二糖一多粘茵素E(cc)琼脂分离贝类海产品中的创伤弧菌,可疑菌落的鉴定采用API20E,采用最近似值法(most probable number,MPN)进行创伤弧菌的定量检测,应用PCR技术进行生物Ⅰ型、Ⅱ型和血清E型鉴定,及vcg、16S rRNA毒力基因分型。 结果 179份样品检出64株创伤弧菌,检出阳性率为35.75%。不同季节检出率差异有统计学意义(2=35.23,P0.05),夏季检出率最高为68%。39株VV菌株为溶血素A基因(hemolysin gene A, vvhA)核酸阳性,1株BT2型,1株血清E型,其余37株均为BT1型。vcgC/E和16S rRNA A/B毒力基因分型结果显示:CB型 31株,CAB型4株,EA型 3株,EAB型 1株。 结论 舟山市售贝类中创伤弧菌的污染状况严重,尤其是夏秋季,毒力基因型呈多样性,以CB型为主。应对贝类的食品安全进行风险评估,预防食源性疾病的暴发。     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

聚合酶链反应检测革兰阴性细菌16S rRNA

[目的]寻找诊断细菌感染病原更为敏感和有效的方法.[方法]根据细菌16S rRNA基因的高度保守性,设计合成革兰阴性细菌的共同引物,采用聚合酶链反应检测已知的革兰阴性细菌9株,革兰阳性菌4株.[结果]革兰阴性菌检测阳性率为100%,(检测革兰阳性细菌4株结果均为阴性).采用倍比稀释法检出大肠杆菌的最低浓度为4 CFU/ml.[结论]所用引物具有良好的特异性和敏感性,能达到初步鉴定细菌种属的目的.     

基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析

目的 构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异.方法 利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)、Tajima检验进行基...     

Emergence of ArmA and RmtB aminoglycoside resistance 16S rRNA methylases in Belgium

OBJECTIVES: 16S rRNA methylase-mediated high-level resistance to aminoglycosides has been reported recently in clinical isolates of Gram-negative bacilli only from a limited number of countries. This study was conducted to investigate the occurrence of this type of resistance in clinical isolates of Enterobacteriaceae from two Belgian hospitals and the characteristics of the strains. METHODS: We screened for high-level gentamicin, tobramycin and amikacin resistance in clinical isolates of Enterobacteriaceae consecutively collected between 2000 and 2005 at two laboratories by PCR for the armA, rmtA and rmtB 16S rRNA methylase genes. The beta-lactamase presence in the strains was also determined by phenotypic and genotypic methods. RESULTS: Overall armA genes were detected in 18 Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae and Citrobacter amalonaticus whereas rmtB was detected in a single E. coli isolate. The rmtA gene was not found. All 16S rRNA methylase-bearing strains produced extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs), predominantly type CTX-M-3, as well as various types of beta-lactamases. In the majority of the strains, the armA gene was carried by conjugative plasmids of the IncL/M incompatibility group whereas rmtB was borne by an IncFI plasmid. CONCLUSIONS: This is the first report of the emergence of 16S rRNA methylases in Enterobacteriaceae in Belgium. The rapid spread of multidrug-resistant isolates producing both ESBLs and 16S rRNA methylases raises clinical concern and may become a major therapeutic threat in the future.