表达谱芯片与DNA甲基化芯片综合分析探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标

目的综合分析表达谱芯片与DNA甲基化芯片,探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标与潜在治疗靶点。方法在GEO公共数据库下载编号为GSE64634的表达谱芯片数据以及编号为GSE52068的DNA甲基化芯片数据;利用R语言的相关工具包对表达谱芯片进行差异表达分析,对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析;利用DAVID数据库对筛选出的差异表达基因进行基因功能分析和信号通路分析;利用实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR进一步验证生物信息学分析的结果。结果表达谱芯片分析获得筛选出2 327个差异表达基因,其中1 777个基因表达下调,550个基因表达上调;DNA甲基化芯片分析获得2 321个差异甲基化位点,其中2 228个低甲基化位点,93个高甲基化位点;对表达谱芯片和DNA甲基化芯片进行综合分析,找到4个表达水平升高且甲基化修饰水平降低的基因,并利用定量PCR、表达谱芯片和DNA甲基化芯片成功验证该结果。结论综合分析表达谱芯片和DNA甲基化芯片,筛选出4个与鼻咽癌发生、发展相关的分子靶标和潜在的治疗靶点。     

采用抗体芯片筛选鼻咽癌放射治疗抵抗相关的炎性因子

目的:采用抗体芯片筛选鼻咽癌放射治疗(放疗)抵抗相关的炎性因子。方法:以放疗抵抗鼻咽癌CNE2 IR细胞与放疗敏感鼻咽癌CNE2细胞的细胞蛋白质及其细胞培养上清为样本,采用抗体芯片(AAH INF 3)比较炎性因子的表达差异,采用免疫组织化学方法检测差异炎性因子IL 8在放疗抵抗与敏感鼻咽癌组织(每组30例)中的表达。结果:炎性因子IL 8、粒细胞巨噬细胞集落刺激(granulocyte macrophage colony stimulating factor,GM CSF)和细胞间黏附分子 1(intercellular adhesion molecule 1,ICAM 1)在CNE2 IR细胞中的表达水平高于CNE2细胞,CNE2 IR细胞分泌的IL 8和GM CSF水平也高于CNE2细胞,而CNE2 IR细胞分泌的基质金属蛋白酶 2(matrixmetalloproteinase 2,TIMP 2)水平低于CNE2细胞;IL 8在放疗抵抗鼻咽癌组织中的表达明显高于放疗敏感鼻咽癌组织。结论:IL 8,GM CSF,ICAM 1和TIMP 2表达或分泌异常可能在鼻咽癌放疗抵抗中具有重要作用,为进一步研究鼻咽癌放疗抵抗的分子机制提供了新线索。     

干扰素-α对K562细胞基因表达谱的调控研究

本研究查明干扰素-α对K562细胞基因表达谱的调控作用,为阐明IFN-α治疗慢性髓性白血病的作用机制提供依据.应用DNA芯片技术对IFN-α作用前后K562细胞基因表达谱的变化进行检测.结果表明：200 U/ml的IFN-α作用K562细胞1天后,没有1个基因表达差异在2.5倍以上,随后逐渐增多,到4天时达到高峰,在检测的基因中共有97个表达差异显著的基因,其中84个（86.60%）上调,13个（13.4%）下调.在97个表达差异显著的基因中,细胞调节蛋白类占23.71%,细胞受体类占14.43%,癌基因与抑癌基因占11.34%,细胞信号传导蛋白类占9.28%,细胞黏附分子占8.25%,其它基因占32.99%.第5天开始下降,但到第21天时仍有9个表达差异显著的基因.在细胞信号传导蛋白类中,参与JAK-STAT途径的JAK1基因经IFN-α刺激4天上调到3.78倍,JAK2上调到15.43倍.同时还发现信号转导子及转录活化子STAT1及STAT2分别上调到11.98和8.11倍.结论：IFN-α在浓度200 U/ml时,对K562细胞作用4天其基因表达变化最显著;IFN-α对K562细胞基因表达的调控是通过调节JAK-STAT途径实现的,此途径可能是FN-α治疗CML的机制之一.     

四株肝癌细胞系的抑癌基因甲基化谱分析

目的 了解不同人源肝癌细胞系中抑癌基因的甲基化状态,并初步探讨与肝癌发生发展的关系.方法 利用甲基化特异性PCR(MSP)技术,选择8个抑癌基因对4种不同类型的肝癌细胞系进行研究.结果 通过对4种细胞系的8个抑癌基因甲基化状态分析表明,GSTP1在所有细胞系中均显示甲基化;RASSF1A在SMMC-7721与HepG2中呈现甲基化,而APC在这两个细胞系则是半甲基化状态;P16仅在SMMC-7721中甲基化,SOCS1仅在HepG2中发生甲基化,MGMT仅有HepG2发生半甲基化;RIZ1和DAPK则全部显示未甲基化.结论 抑癌基因甲基化谱在不同来源、病理分级和分化程度的肝癌细胞株中各不相同,提示其在基因表达调控中也存在着不同的调节机制,并为体外筛选去甲基化药物诱导肝癌细胞分化模型提供了依据.     

整合素连接激酶对鼻咽癌细胞系迁移及上皮-间充质转化的影响

目的:探讨整合素连接激酶(integrin-linked kinase,ILK)对鼻咽癌细胞迁移及上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)转化的影响及其作用机制。方法:通过脂质体介导将ILK SiRNA转染CNE2鼻咽癌细胞系,细胞分为siILK组、siGAPDH阳性对照组及siControl阴性对照组。RT-PCR和Western印迹检测鼻咽癌细胞系CNE2中ILK的RNA水平和蛋白水平表达的变化。Transwell实验和划痕试验观察ILK SiRNA对细胞迁移能力及侵袭能力的影响,RT-PCR法检测了与EMT过程中的相关基因mRNA的表达水平。结果:转染ILK SiRNA后,CNE2细胞中ILK mRNA和蛋白表达水平均明显下降;ILK SiRNA可明显抑制CNE2细胞的迁移及侵袭能力;上调E-cadherin的表达,下调OCLN,Vimentin,Twist1,FN1的表达,抑制EMT过程的发生。结论:ILK在鼻咽癌细胞系CNE2中高表达,降低ILK表达可诱导鼻咽癌细胞间充质-上皮细胞转型的发生,并因此而显著降低其侵袭和转移潜力。     

CLU基因干扰肾癌786-O细胞差异基因表达的研究

目的:观察CLU基因干扰前后肾癌细胞株786-O的基因表达谱差异,探讨肾细胞癌与CLU基因相关基因及传导通路。方法:CLU基因干扰慢病毒载体及空病毒载体转染肾癌786-O细胞样本与RocheNimbleGen表达谱芯片杂交,比较干扰前后基因表达谱差异,并行GO分析及Pathway分析。结果:六份样本中,共筛选出差异表达基因1731个,其中共同上调基因1154个,共同下调基因577个。差异表达基因中生物进程、细胞成分、分子功能方面均以下调为主。通路分析显示29条通路上调,如细胞黏附、异体排斥、吞噬体。31条通路下调,如mTOR、MAPK、非小细胞肺癌。结论:采用全基因组芯片检测CLU基因干扰后肾癌786-O基因表达谱获得差异表达基因,为以CLU基因为靶点的肾癌基因研究提供了实验依据。     

基因芯片研究卵巢癌细胞系HO-8910差异基因表达

目的用基因芯片技术研究人卵巢癌细胞系HO-8910和正常卵巢上皮的基因表达谱,分析其基因表达变化,探讨卵巢癌发生、发展过程中与肿瘤相关的基因群及其功能,有助于从分子水平全面了解细胞癌变机理,为卵巢癌的临床诊断和治疗提供分子标记和靶基因.方法用一步法抽提人卵巢癌细胞和对照正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA;将等量的人卵巢癌细胞及对照组织的mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,混合后在含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交.经洗片后用ScanArray 3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用ImaGene 3.0软件对扫描图像进行数字化处理,分析高低转移人卵巢癌细胞系之间及与正常卵巢上皮基因表达谱差异.结果人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较,差异3倍以上共有355个基因,其中表达上调＞3倍有88个,表达下调＜0.33有267个.差异6倍以上共有75个基因,其中表达上调＞6倍有13个,表达下调＜0.17有62个.结论通过基因谱平行比较表明:人卵巢癌细胞系与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异:人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因.提示这些基因与卵巢癌的发生和发展有关.本实验说明利用基因芯片对基因表达谱的检测可以为人体卵巢癌的基因诊断、治疗和预防提供新的方向.     

RNAi干扰对K562细胞表达谱的影响

目的 联合运用RNAi技术和cDNA表达谱芯片研究干扰c-mye对K562细胞表达谱的影响。方法 经过RT-PCR和流武细胞仪检测。筛选出干扰效果最好的siRNAs,经Lipofectamine^TM 2000脂质体法转染K562细胞,提取总RNA,逆转录为cDNA,荧光标记后与K562表达谱芯片杂交。结果 经扫描、分析杂交结果,有455个基因表达下调,有12个基因表达上调。结论 基因芯片和RNAi是分析基因功能的有力工具,也是发现新的肿瘤治疗靶标的有效方法。     

结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤的基因表达谱分析

目的:应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究鼻型NK/T细胞淋巴瘤基因表达谱的变化.方法:应用包括人类全基因组47 000个转录本的Affymetrix U133plus 2.0 Array基因表达谱芯片,检测3例鼻型NK/T细胞淋巴瘤组织,3例正常鼻黏膜组织的基因表达谱,并对差异基因进行基因功能和路径分析.结果:基因芯片筛选出大量差异表达的基因,显著上调的基因数有912个,下调的基因数有1 174个,一些参与重要细胞功能的基因路径中的多种基因呈现明显的差异表达,包括细胞因子-细胞因子相互作用、自然杀伤细胞介导细胞毒作用、Jak-STAT信号转达通路等.结论:鼻型NK/T细胞淋巴瘤基因表达谱与正常对照组织间存在明显差异,一些基因及其涉及的基因路径的表达失调可能与疾病发病机制相关.     

用寡核苷酸芯片研究淋巴瘤细胞系细胞与正常淋巴细胞间差异表达的基因

我们应用寡核苷酸芯片技术,分别筛选Burkitt’s淋巴瘤(BL)和皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞系细胞与正常淋巴细胞间差异表达的基因,并对其功能进行初步的分析。材料和方法1　寡核苷酸探针的设计　芯片所包括的基因来源主要有:①Alizadeh等[1 ] 从1785 6条基因中筛选出的与恶性淋巴瘤特别是与弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)发病、分型密切相关的基因4 3条;②近年文献报道的和肿瘤发生发展相关的癌基因、抑癌基因或涉及细胞周期调控、分化凋亡诱导、信号转导等有关的基因5 6条;③部分基因库所登录的功能未确定、我们正在研究的淋巴瘤/肿瘤相关新…