黄花白及的SCAR分子标记转化研究

目的 建立黄花白及的SCAR标记,为黄花白及的分子鉴定提供科学依据.方法 用随机引物进行随机扩增多态性DNA (random amplified polymorphic DNA,RAPD)标记筛选,获得特异的RAPD标记条带,经回收、克隆、测序后,根据RAPD标记条带的两端序列设计特异引物进行常规PCR反应,以获得序列特征化扩增区(sequence characterizedamplified region,SCAR)标记.结果 利用50对随机引物筛选得到黄花白及的一条896 bp的特异片段,可以区别于小白及、独叶白芨和白及.该序列设计特异引物后,经过多次重复试验,该RAPD标记的特异片段已成功转化为SCAR标记.结论 建立的SCAR标记条带清晰明亮,结果稳定,可作为黄花白及分子鉴定的依据.     

药用黄芪的特异性SCAR标记的开发

目的：为了更好的保护利用黄芪资源,本研究试图开发出准确可靠、快速稳定的分子标记用于黄芪药材的研究及鉴定。方法：本研究以15份黄芪的基因组DNA为模板,进行随机扩增多态DNA（RAPD）扩增,筛选差异条带并回收、克隆和测序,根据差异条带的测序结果设计特异性SCAR引物。结果：成功获得了5个SCAR标记,SCAR引物在黄芪样品中的扩增结果表明,相对于RAPD标记,其多态信息含量降低,但标记的稳定性、特异性增高。结论：因此认为可以通过RAPD转化为SCAR标记的方法,大量开发这一特异性分子标记,为黄芪资源的遗传多样性研究、鉴定技术以及遗传图谱的构建奠定物质基础。     

西伯利亚蓼EST-SSR引物开发和国内资源的遗传背景分析

目的:评价国内西伯利亚蓼资源的遗传分化程度,为种群分化、物种进化、资源保护和药材品质保障提供科学依据。方法:从国内4个省份13个采样点采集56份西伯利亚蓼,开发并筛选多态性EST-SSR标记,结合相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记扩增结果,通过计算遗传距离和聚类分析,评价不同生态分布区域内西伯利亚蓼的遗传分化程度。结果:开发的45对EST-SSR引物中,38对引物有扩增产物,共扩增出660个条带,其中17对引物产生的多态性条带比率为100%,共扩增出多态性条带303条。96对SRAP通用引物中,67对引物有扩增产物,共扩增出1 347个条带,其中58对引物产生的多态性条带比率为100%,共扩增出多态性条带1 147条。种群遗传距离计算和聚类分析结果表明,西伯利亚蓼种群内和种群间均有遗传分化,分布区域相隔越远,遗传分化程度越高。结论:地理位置隔离、海拔高度均影响了国内西伯利亚蓼种质资源的分布和分化,人类活动可能也对其有影响。     

铁皮石斛的SCAR标记研究

目的:建立快速准确的铁皮石斛DNA分子鉴定方法。方法:采用RAPD方法对11种石斛进行多态性分析,获得铁皮石斛特异的RAPD分子标记片段;经克隆、测序,重新设计一对特异性引物转化成稳定的SCAR标记。结果:获得了1条稳定扩增的铁皮石斛特异的片段DS-302,序列测定结果表明,全长302 bp,通过BLAST搜索、同源性比较,结果表明该段序列与已知数据库中的所有序列无显著同源性。根据该序列设计1对特异引物,对11种石斛进行扩增,可在铁皮石斛中扩增获得约300 bp的片段,而石斛属其他种未出现该条带。结论:DS-302成功转化为SCAR分子标记,可对铁皮石斛进行快速有效的鉴定。     

中药山茱萸SCAR标记的研究

目的:建立山茱萸的SCAR标记,为山茱萸药材分子鉴定提供科学依据.方法:用随机引物进行RAPD筛选,获取特异的RAPD标记条带,分离提取RAPD标记条带,进行克隆和测序,根据测定RAPD标记条带的两端序列设计1对特异引物进行常规PCR反应,获得SCAR标记.结果:根据RAPD标记条带的序列设计筛选了4对特异引物,其中YST38,YST43分别对7个山茱萸品种样本的DNA进行SCAR扩增,7个山茱萸栽培品种均能产生单一的PCR条带,可以用作山茱萸的鉴别;而YST38对圆柱形果型、长梨形果型还有1条特异性条带,可以做为这2个品种的鉴别依据;YST39对7个山茱萸品种进行扩增,纺锤形果型样本的谱带大小(350～400 bp)比其余6个果型的谱带大小(650～700 bp)短了300 bp左右,这条谱带可以做为纺锤形果型的鉴别依据;YST92对圆柱形果型、长梨形果型均产生了1条600～700 bp的条带,椭圆形果型、短圆柱形果型产生了1条200～300 bp的条带,长圆柱形果型、纺锤形果型、短梨形果型3个果型无扩增,YST92可用来筛选山茱萸的几种果型.结论:建立的SCAR标记,条带清晰明亮,结果稳定,可作为山茱萸品种选育和药材分子鉴定的依据.     

不同产地冬凌草种质资源分子生物学分析

目的:利用RAPD和ISSR分子标记技术对来自23个主要分布区的冬凌草进行遗传多样性和亲缘关系分析。方法:从48条RAPD引物中筛选出10条多态性引物,对供试材料进行PCR扩增后共获得84条条带,其中多态性条带77条(PPB=91.67%),23份材料间的遗传相似系数(GS)为0.71~1.00;从70条ISSR引物中筛选出5条多态性引物,对供试材料进行PCR扩增后共获得21条条带,其中多态性条带16条(PPB=76.19%),23份材料间的遗传相似系数(GS)为0.55~1.00。结果:聚类分析显示,不同地区冬凌草基因水平的分类具有较强的地域性。分布于伏牛山的冬凌草明显聚为一类,分布于太行山的冬凌草则聚为另一类。两种标记结果呈显著相关性,相关系数为0.636 5。结论:我国冬凌草植物的遗传多样性十分丰富,该研究为筛选优质种质资源提供了丰富的遗传基础。     

野葛种质资源的随机扩增多态性DNA技术分析

目的:建立野葛RAPD分子标记技术并对野葛种质资源遗传背景进行探讨。方法:结合葛根素的测定,应用RAPD技术对11个产地野葛进行遗传多样性分析。结果:葛根素含量在3.26%~7.10%,8条引物共扩增出45条带,其中37条呈多态性,发现RAPD多态位点为82.22%,证明在野葛种质资源中存在较丰富的遗传多样性。结论:我国野葛具有明显的遗传分化,这些遗传分化是野葛种质资源筛选的关键。     

铁皮石斛人工栽培居群的遗传多样性研究

目的了解铁皮石斛人工栽培居群的遗传多样性,为种质资源的保护与新品种的选育提供基础。方法利用RAPD分子标记对浙江义乌、天台、建德、武义,云南麻栗坡、勐海的14个居群的铁皮石斛和1个居群的紫皮石斛进行遗传多样性分析。结果从225个RAPD引物中筛选出15个引物,对105个铁皮石斛和3个紫皮石斛样本进行PCR扩增,共扩增出138条带,其中133条为多态性条带,多态性条带比率(PPB)为96.38%;14个铁皮石斛居群的多态位点(PPL)在10.79%～76.26%,平均为45.32%。结论全国主产区人工栽培的铁皮石斛遗传多样性丰富,铁皮石斛种质的亲缘关系远近与其地理种源具有显著的相关性,与栽培地点无关。     

肿节风SCAR分子标记克隆与验证

目的探讨肿节风SCAR分子标记克隆与验证。方法从随机引物库中挑选出45条10碱基的随机引物,采用RAPD方法对4种不同产地肿节风基因组DNA进行扩增,从中筛选出S_(41)号引物扩增的RAPD分子标记,克隆测序后,经比对确定其同源序列获得SCAR分子标记,设计引物,对9种不同产地的肿节风和3种同科混淆品鸡爪兰、及己与金粟兰进行特异PCR扩增,验证引物特异性。结果 RAPD扩增获得中药肿节风的SCAR分子鉴定标记,据此设计出鉴定肿节风的特异引物,PCR扩增显示肿节风在500 bp左右处均出现有条带,与预期扩增长度基本相符,而3种同科植物均未出现条带。结论本研究获得肿节风SCAR分子标记,并设计出特异引物,可用于鉴别该药材与其混淆品。     

栀子全基因组SSR标记开发及遗传多样性分析

目的 揭示栀子基因组的SSR分布规律,开发SSR标记引物,探究不同栀子居群间的遗传差异。方法 利用MISA软件对栀子全基因组序列进行SSR位点搜索分析,Primer 3.0软件设计SSR引物,然后对引物进行有效性和多态性检测,并利用筛选到的多态性引物对6个居群的57份栀子材料开展遗传多样性分析。结果 栀子基因组共鉴定到232 880个SSR位点,每2.3 kb有1个SSR位点,其中83.02%的SSR位点分布于基因间区域,外显子区域SSR位点最少,单核苷酸为栀子的优势重复基序,占总SSR的64.60%。从设计的SSR引物中挑选80对进行PCR扩增,85%的引物能够扩增成功。利用筛选出的9对高多态性SSR引物,对6个栀子居群进行遗传多样性分析,共检测到64条扩增条带,其中多态性条带62条,居群总遗传多样性(Ht)为0.246,居群内遗传多样性(Hs)为0.210,Nei’s基因分化系数(Gst)为0.146,基因流(Nm)为2.923。聚类分析结果显示,地理位置相邻的重庆、贵州、四川居群聚为一类,福建、浙江、江西居群聚为另一类。结论 基于全基因组序列开发栀子SSR标记是一种高效的途径,可...     

基于SCoT标记的栽培栀子种质资源遗传多样性研究

目的利用SCoT标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154条谱带,其中多态性条带120条,多态性条带所占的比率(PPL)达78.14%,Nei-Li相似系数(GS)在0.655 8~0.980 5,平均值为0.784 1;聚类结果显示栀子遗传多样性丰富且亲缘关系复杂。结论研究表明SCoT标记技术可以很好地应用于栀子种质资源的遗传多样性分析,研究结果可为栀子育种、分类、保存和利用提供可靠的理论依据。     

不同产地连翘的DNA指纹图谱构建与聚类分析

目的以不同产地的14批连翘Forsythia suspensa为材料,运用RAPD技术对其进行遗传多样性研究并构建DNA指纹图谱。方法采用RAPD技术,从45条RAPD随机引物中进行筛选,以14批连翘进行DNA指纹图谱的分析研究。结果从45条RAPD随机引物中筛选出11条多态性好的引物,利用这11条RAPD引物进行PCR扩增,共获得80条谱带,平均每个引物扩增出7.27条谱带,其中多态性谱带67条,多态性条带比率为83.8%,是连翘药材资源研究的一种有效分子标记。14批连翘药材间的遗传相似系数(genetic similarity,GS)在0.487 5~0.962 5,表明遗传多样性比较丰富。聚类结果显示遗传多样性与连翘药材来源地有明显的相关性,而且与其亲缘关系较近有关,符合植物种群分布的一般规律。结论以14批不同产地连翘药材资源的RAPD扩增谱带为基础,构建连翘药材资源的DNA指纹图谱并进行聚类分析。     

基于SCAR分子标记的头花蓼分子鉴定研究

目的: 建立快速准确的头花蓼与尼泊尔蓼药材的分子标记鉴定方法。方法: 通过RAPD随机引物筛选,获得头花蓼特异的RAPD 分子标记片段,经克隆、测序,重新设计特异性引物转化形成稳定的SCAR标记。结果: 获得2条稳定扩增的头花蓼特异片段Z300,Z1100,根据该2特异片段序列设计4对特异引物,分别对头花蓼与尼泊尔蓼药材DNA进行扩增,其中引物Z1-2可从头花蓼药材中扩增获得约300 bp 的片段,而尼泊尔蓼药材则未扩增出该片段。结论: 引物Z1-2成功将Z300片段转化为SCAR分子标记,可作为头花蓼与近缘种尼泊尔蓼药材分子鉴定的依据。     

福建金线莲DALP遗传多样性分析

目的 通过分子标记技术对不同产地野生福建金线莲及近似种的遗传多样性进行分析,了解不同产福建地金线莲及近似种的遗传差异。方法 采用直接扩增片段长度多态性(DALP)分子标记技术,对产多个产地的野生福建金线莲及近似种的18个居群进行多样性检测。结果 筛选出6个引物组合,总共扩增得到355个多态性位点,遗传多态性为100%,平均每组引物扩增所得多态位点为59.2个。其中14个福建金线莲居群多态百分率为95.77%,其平均观测等位基因数(Na)为1.273 4,有效等位基因数(Ne)为1.074 4,Nei’s基因多样性指数(H)为0.056 2,Shannon信息指数(I)为0.096 9,遗传分化系数(Gst)为0.423 0,基因流(Nm)为0.681 9。结论 不同福建金线莲居群之间存在较高的遗传分化、基因交流较小。地理隔离和资源锐减可能是造成福建金线莲居群间基因流动受到限制的原因。     

野生红景天的RAPD和ISSR遗传多样性分析

目的采用RAPD和ISSR分子标记进行野生红景天种间亲缘关系及种内的遗传多样性分析。方法用CTAB法提取基因组DNA,然后通过筛选得到的11个RAPD及11个ISSR引物对不同采集地的4种野生红景天进行遗传多样性分析。结果 11条RAPD引物共扩增出96条条带,多态性百分比为90.62%;11条ISSR引物共扩增出102条条带,多态性百分比为100%。ISSR多态性的检测能力优于RAPD;聚类分析结果表明,ISSR法、RAPD和ISSR联用法均将17个样品聚为3大类;RAPD将样品聚为4大类。结论 2种标记均可用于红景天属植物种间亲缘关系与种内遗传多样性研究;4种红景天种内存在一定的遗传差异,种间基因流较小。     

基于RAPD标记的SCAR分子标记技术鉴定川牛膝及其混淆品

目的:基于RAPD标记开发SCAR标记,为川牛膝及其混淆品鉴定提供有效方法。方法:建立了收集于四川天全、宝兴、会理、金口河等地的19个牛膝种群(包括川牛膝及其混淆品红牛膝、怀牛膝)的RAPD指纹图谱,从中找到能有效区分上述材料的多态性谱带F300,F500进行克隆与测序;根据测序结果设计2对特异引物对19份材料进行PCR扩增。结果:引物SC-320能稳定地区分川牛膝与怀牛膝,引物SC-495则能稳定地区分川牛膝与红牛膝,2对引物结合能快速准确地鉴定川牛膝、红牛膝和怀牛膝。结论:建立了鉴定川牛膝及其混淆品的SCAR标记技术体系.     

川明参种质资源遗传多样性的SRAP分析

目的利用SRAP分子标记技术对川明参Chuanmingshen violaceum种质资源进行遗传多样性研究,为不同来源的川明参亲缘关系及其优良种质资源的筛选提供依据。方法采集5个不同生态区域的63份川明参种质资源,利用SRAP分子标记构建其DNA指纹图谱,从分子水平检测其遗传多样性。结果 37对SRAP引物组合共得到374条扩增条带,其中有283条呈现多态性,占75.67%。供试材料的遗传相似系数的变化范围0.726 7~0.923 9,平均值为0.815 0,整个群体的遗传相似程度差异较大。基于SRAP的聚类分析可将63份材料完全分开,并划分为7类,聚类结果与材料的地理分布有一定关系,来源于阆中和金堂的材料多样性相对较为丰富。结论川明参种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异,SRAP分子标记是评价川明参资源遗传多样性的有效方法。     

怀菊花种质资源品质评价

目的:对怀菊花种质资源品质评价,分析不同地域菊花的遗传关系及其药材的质量差异。方法:实地观察、走访药农等方法调查分析怀菊花种质资源;以2015年版《中国药典》中方法对绿原酸,木犀草苷,3,5-O-双咖啡酰基奎宁酸的含量测定;紫外-可见分光光度法总黄酮测定,2015年版《中国药典》中方法对水分、总灰分、酸不溶性灰分、浸出物、挥发油测定为主要评价指标,对不同产地的菊花药材的质量进行评价;采用随机扩增多态性DNA分子标记(RAPD)法分析不同产地菊花的遗传关系。结果:通过对菊花6项指标的分析,其有效成分含量均符合2015年版《中国药典》标准,表明温县、武陟县适合怀菊花的生长,是道地产区;7条引物共扩增出50条带,其中46条呈多态性,多态性比率为92.00%,怀菊和杭菊、贡菊、野菊都未能聚类,表明它们之间的亲缘关系较远,也证明在菊花种质资源中存在较丰富的遗传多样性,怀菊花聚为一大类,表明怀菊花栽培品种的遗传纯度较高。结论:对怀菊花种质资源分析研究,为怀菊花的规范化种植提供科学的参考依据;保护怀菊花资源、合理开发利用药材提供了科学依据。