黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

安徽省GII.P16-GII.2诺如病毒暴发疫情的基因特征分析

目的了解2018年安徽省一起感染性胃肠炎暴发疫情的病原学特征。方法收集2018年10月一起急性胃肠炎病例粪便/肛拭子12份标本,采用Real-time PCR检测诺如病毒GII基因组,阳性标本经RT-PCR扩增聚合酶区和衣壳蛋白区部分基因序列,进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析。结果 12份急性胃肠炎病例标本,荧光PCR检出诺如病毒核酸均为阳性,测序获得10条序列。遗传进化树显示:10条GII.2型间核苷酸序列同源性为100%,与台州参考株GII.2(GenBank登录号:MH806429,MH842206)同源性最高(同源性最高为99.47%),且处于同一分支。结论此次急性胃肠炎暴发疫情由GII.P16-GII.2诺如病毒引起,鉴于它在中国的广泛流行,应重视GII.P16-GII.2重组株在本地区诺如病毒的监测。     

舟山市一起诺如病毒暴发疫情的病原学鉴定及基因特征分析

目的对舟山市海岛地区2017年12月一起诺如病毒暴发疫情进行病原学鉴定及基因分子特征研究。方法采用荧光定量PCR法对送检的18份样本进行诺如病毒核酸检测,阳性样本使用常规RT-PCR扩增聚合酶及衣壳蛋白区基因序列,采用Mega6.06及Simplot软件对扩增序列进行系统进化及重组位点分析。结果 12份样本筛查为诺如病毒GII型阳性,阳性率66.67%,经基因序列分子特征分析,证实本次暴发疫情的病原体为诺如病毒GII.P7-GII.6型,重组位点位于ORF1-ORF2连接处180-182bp(5031-5033bp)之间,本次分离的GII.P7-GII.6型衣壳蛋白区序列隶属于GII.6型a簇,与北京市2016年所报道毒株型同源性最高,达97.8%。结论这是舟山市海岛地区首次在暴发疫情中检测出诺如病毒GII.P7-GII.6型,除当前流行株外,本区域内诺如病毒的基因型别的分布与流行情况较复杂,应结合国内外的流行趋势,及早、及时的开展预防控制工作。     

成都地区诺如病毒基因型流行现状分析

目的了解成都地区诺如病毒各基因型的流行情况,探索疾病暴发增长的原因,为疾病预防控制工作提供科学的依据。方法选取2014-2016年间,采用荧光PCR方法检测阳性的部分诺如病毒标本,对衣壳蛋白VP1基因的ORF2区进行测序,构建进化树并进行同源性分析。结果 89份标本均为诺如病毒GII群,包括GII.1、GII.2、GII.3、GII.6、GII.13和GII.17 6种基因型。其中2014-2015年以GII.17型为主,从2016年起,GII.2型逐渐取代GII.17型成为了主要流行株。结论成都地区诺如病毒流行株的基因型变化显著,导致了疾病的暴发增长,增大了疾病防控的难度。需要持续开展诺如病毒的分子流行病学研究,以掌握病毒变异情况,预测疾病可能的流行趋势,提高疾病防控的预警能力。     

上海市普陀区食源性疾病病例检出的诺如病毒的分子流行病学分析

目的 了解上海市普陀区哨点医院食源性疾病病例诺如病毒的感染情况和病毒基因特征，为辖区内诺如病毒引起的感染性腹泻病的防控提供科学依据。方法 收集2018年1月至2019年12月上海市普陀区哨点监测医院的食源性疾病病例的肛拭标本和流行病学资料，采用实时荧光定量逆转录PCR方法检测诺如病毒，部分阳性标本使用逆转录PCR的方法扩增聚合酶-衣壳蛋白链接区并测序，通过生物信息软件进行基因分型和系统进化分析。结果 诺如病毒阳性检出率33.33%（134/402），以诺如病毒GII组为主（65.67%，88/134）；诺如病毒检出阳性率在不同性别、不同年龄组、不同职业的差异均有统计学意义（P<0.05），阳性病例和阴性病例在发热、恶心、呕吐、腹痛等临床特征的差异有统计学意义（P<0.05），春季和冬季是诺如病毒高发季节。45份诺如病毒测序成功，通过序列比对分析获得15种基因型别，GI组以GI.P13-GI.3型和GI.P4-GI.4型为主，GⅡ组以GII.P17-GII.17型和GII.P16-GII.2型为主。同源性和遗传进化分析结果显示:8株GII.P17-GII.17型核苷酸同源性为98.2%~100%，与参考株MN461100.1同源性差异最大；7株GII.P16-GII.2型与参考株均在同一进化分支上，与日本的AB629946.1参考株同源性差异最大；其余基因型别与所选参考株均在同一进化分支上。结论 诺如病毒是上海市普陀区食源性疾病的重要病原体，基因型别存在多样性，GII.P17-GII.17型和GII.P16-GII.2型是2018—2019年的主要流行株。     

无锡地区2013年腹泻人群诺如病毒分子流行病学特征分析

目的了解无锡市诺如病毒流行特征及主要流行株的基因型。方法采集2013年无锡市哨点医院监测的409份急性腹泻者的粪便标本和9起诺如病毒暴发疫情的病例标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒GⅠ和GⅡ基因,对GⅡ基因阳性标本进一步进行扩增及测序分型。结果哨点监测病例诺如病毒阳性率为9.78%(40/409)。所测36株诺如病毒共有5种基因型,依次为GⅡ.Pe/GⅡ.4型28株(77.78%)、GⅡ.P12/GⅡ.3型4株(11.11%)、GⅡ.P16/GⅡ.13型2株(5.56%)、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.16各1株(2.78%)。2013年暴发疫情病例所测35株诺如病毒共4种基因型,依次为28株GⅡ.Pe/GⅡ.4型(80.0%)、4株GⅡ.7(11.43%)、3株GⅡ.12/GⅡ.3(8.57%)。结论诺如病毒是无锡地区非细菌性腹泻最常见的病原体,无锡地区诺如病毒流行株具有多种基因型,存在不同基因型间重组株。GⅡ.Pe/GⅡ.4型(Sydney_2012)为2013年无锡地区绝对优势流行株。     

无锡一起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对无锡一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因进行分型。方法采用荧光定量PCR法对74份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,在阳性标本中取3份病毒样本和1份日常监测检出的诺如病毒Ⅱ型阳性标本,经RT-PCR扩增,然后纯化、测序和进化树分析。结果 74份疫情样本中的17份样本测出诺如病毒Ⅱ型RNA,阳性率23%;其中3株疫情病毒和1株日常哨点医院腹泻病监测所得的Ⅱ型诺如病毒的ORF1-ORF2连接区序列与DNA Data Bank of Japan(DDBJ)中的GII.4参考株Lordsdale病毒(Lordsdale virus,LV)同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.4型。     

2018—2022年焦作市<18岁人群感染诺如病毒基因分型分析

目的 了解焦作市2018—2022年<18岁人群诺如病毒的流行株基因型及同源性。方法 收集2018—2022年焦作市<18岁人群腹泻病例粪便标本,提取RNA,通过荧光定量PCR方法,检测诺如病毒GⅡ型,筛选出阳性标本,应用RT-PCR扩增RdRp部分基因片段和VP1全长基因片段,RT-PCR阳性扩增产物进行基因测序,分析流行株基因型并构建系统进化树。结果 共采集2 453份粪便标本,检出诺如病毒GⅡ阳性394份,含8个基因亚型,依次为GII.P16/GII.2(占35.79%)、GII.P17/GII.17(占34.26%)、GII.P16/GII.1(占14.97%)、GII.P12/GII.3(占6.60%)、GII.Pe/GII.4(占3.55%)、GII.P8-GII.8(占2.28%)、GII.P7-GII.6(占1.27%)、GII.P7-GII.14(占1.27%)。结论 2018—2022年焦作市<18岁人群诺如病毒感染为多基因型毒株共同流行,可能加速新的基因重组型毒株出现,需加强关注。     

安徽省诺如病毒G II.4/Sydney 2012变异株分子特征分析

目的了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征。方法采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用Clustal X 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树。结果检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67%(4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GII.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100%;与2014~2015年上海株、香港株核酸同源性最高,均为100%;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6%;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系最近,聚为独立一簇,同属GII.4/Sydney 2012分支。结论引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GII.4型诺如病毒,且属于GII.4 Sydney 2012变异株。     

感染性腹泻患者标本中检出GⅡ型诺如病毒

目的为确定引起腹泻的病原体,对腹泻患者标本进行诺如病毒核酸检测。方法应用实时荧光RT—PCR法对5份感染性腹泻患者粪便标本进行GI型和GII诺如病毒RNA检测。结果5份患者粪便标本中,1份检出GII型诺如病毒核酸。结论大连地区的感染性腹泻病例中存在GII诺如病毒感染。     

2013—2017年中山市20起诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

目的 分析2013—2017年间中山市诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征,为中山市诺如病毒感染疫情防控提供分子生物学实验依据。 方法 收集2013—2017年间中山市20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情病例标本,采用 RT-PCR方法测定诺如病毒VP1基因全序列,并对序列进行系统发育分析。 结果 20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发主要发生在幼儿园及小学,占疫情总数的80.0%(16/20)。获得了77株病毒的VP1基因全序列, 20起疫情分别由GII.4 Sydney_2012(25.0%, 5/20),GII.3(25.0%, 5/20),GII.17(25.0%, 5/20),GII.2(15.0%, 3/20),GII.21(5.0%, 1/20),及GII.6(5.0%,1/20)亚型引起,5起暴发中GII.4 Sydney_2012分为两个不同分支。 结论 GII.17型为中山市新发现流行毒株,2016年底发现的两起GII.4 Sydney_2012区别于以往出现GII.4 Sydney_2012,可能为新亚型的重组毒株(GII.P16-GII.4 Sydney_2012)。VP1基因序列分析可作为有效的诺如病毒分型工具, RdRp基因分析应作为重要补充以确定毒株的重组变异情况。     

2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情病原基因型分析

目的 分析2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情中病毒基因型构成情况,为疾病防控工作提供依据。方法 选取2017—2018年诺如病毒聚集性疫情标本,对病毒基因RdRp及VP1区片段测序,构建进化树并进行同源性分析。结果 测序结果显示,68份肛拭子标本中 16.2%(11/68)为GⅠ群(包括GⅠ.2、GⅠ.3和GⅠ.5型),83.8%(57/68)为GⅡ群(包括GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P17-GⅡ.17、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.P7-GⅡ.6和GⅡ.P15-GⅡ.15型)。2017年以GⅡ.P16-GⅡ.2型为主;2018年GⅠ群及GⅡ.P17-GⅡ.17型均显著增加,同时检出其他4种基因型。各基因型病毒变异不明显,核苷酸同源性为93.4%~100%。结论 2018年成都地区诺如病毒流行株基因型构成较2017年复杂,可能与聚集性疫情增长有关。应持续监测诺如病毒基因型流行情况,及时掌握病毒变异动态,以期提高疾病防控的预警能力。     

重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

目的 对2016年长沙地区一起由GII型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法 提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具(typing online tool)确定其基因型别;从GenBank中下载GII型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果 通过一代测序获得病毒基因组序列长7491bp,有3个开放阅读框(ORF),长度分别为5100bp,1647bp,765bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GII.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GII.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GII.P12-GII.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN长沙株重组位点在5080bp,为ORF1与 ORF2重叠区的起点。结论 除了GII.P16-GII.2重组诺如病毒的广泛流行外,长沙地区仍存在GII.P12/GII.3重组诺如病毒的散发流行,需加其强监测。     

2015—2020年湖南省感染性腹泻病原学及分子流行病学特征分析

目的 了解湖南省感染性腹泻的病原谱,追踪其分子流行病学演变趋势,为感染性腹泻的综合防治提供科学依据。 方法 通过哨点监测结合暴发疫情监测的方法,收集2015—2020年湖南省感染性腹泻标本,对细菌病原采用细菌培养、生化鉴定进行检测;对病毒病原采用分子生物学方法进行分型鉴定,并对部分PCR阳性标本进行序列测定。 结果 哨点医院主动监测的总阳性率为35.61%,病毒检出率20.26%高于细菌检出率11.26%,混合病原感染检出率为4.09%。细菌病原谱以沙门菌O∶4群鼠伤寒型为主,病毒病原谱以轮状病毒A组G9P[8]型和诺如病毒GⅡ.4Sydney[P31]型感染为主。不同监测、不同年份的病原谱构成及其基因型变迁规律各不相同:哨点医院监测细菌阳性率低而病毒阳性率高时,诺如暴发疫情随之增加;暴发疫情中诺如病毒感染为86.78%,其中69.43%为GⅡ型感染,12.42%为GⅠ型感染,混合感染占3.03%。诺如病毒暴发疫情具有明显季节性,优势基因型为GⅡ.2[P16]占42.97%。 结论 2015—2020年湖南省感染性腹泻病毒类病原体高于细菌类,鼠伤寒沙门菌、A组轮状病毒G9P[8]和诺如病毒GⅡ.4 Sydney [P31]是最主要的病原体和优势血清/基因型;GⅡ.2 [P16]是诺如病毒暴发流行的优势基因型;通过连续哨点监测的数据支持,提前为暴发疫情做好了防控,促成了湖南省感染性腹泻发病率的平稳下降。     

2006-2007年杭州市余杭区诺如病毒性腹泻分子流行病学研究

目的研究杭州市余杭区群发性腹泻中诺如病毒的分子流行病学特点。方法采集2006-2007年6起余杭区群发性腹泻疫情患者的粪便和肛拭子标本,采用荧光定量PCR技术进行诺如病毒检测,然后对病毒的N/S区域进行序列测定。结果6起群发性腹泻疫情都是由诺如病毒引起的,基因分析显示这些病毒都属基因Ⅱ型4组。结论诺如病毒是余杭区群发性非细菌性胃肠炎的重要病原体之一,在现阶段存在优势毒株是GII.4型,正在发生变异。     

2012-2014年湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒感染及基因型别分析

目的 了解湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒的感染状况及基因型别。 方法 2012年1月-2014年12月采集湖南省哨点医院腹泻患儿的粪便标本,应用诺如病毒特异性引物进行扩增,选择扩增阳性产物进行基因测序和进化分析。 结果 936份粪便标本RT-PCR检测诺如病毒核酸,阳性100份,阳性率10.68%。对40份诺如病毒核酸阳性标本进行基因序列测定与分析,38份为GⅡ型,其中31份为GⅡ.4型。在31株GⅡ.4型中,Sydney 2012和GII.4 Den Haag 2006b各栓出14株。 结论 2012-2014年湖南省哨点医院儿童腹泻病例中诺如病毒的感染率较高,GⅡ.4是优势株,其中GⅡ.4 sydney 2012和Den Haag 2006b是主要型别。     

苏州市14起诺如病毒胃肠炎暴发疫情流行特征分析

目的了解苏州市诺如病毒胃肠炎暴发疫情的流行病学特征。方法对2010-2014年发生的14起诺如病毒胃肠炎暴发疫情进行描述性流行病学分析,采用聚合酶链反应对病例肛拭子、粪便、呕吐物、水、环境涂抹标本进行核酸检测。结果 2011-2014年,苏州市共报告14起诺如病毒胃肠炎暴发疫情,罹患率波动范围为0.89%~21.18%。14起疫情中12起(85.71%)发生于托幼机构和中小学校,医院、农村各1起。全年均有发生,但以寒冷季节发生较多。仅1起查明与二次供水受到污染有关,13起未证实暴发原因。核酸检测结果12起由诺如病毒GII基因组引起,2起由GI基因组引起。结论诺如病毒已成为苏州市急性胃肠炎暴发疫情的重要病原,托幼机构和学校是高发场所,GII基因组是主要基因组。在暴发疫情处理中,应加强传染源和传播途径的调查。     

南京市某小学一起GII.P7 - GII.6型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发调查

目的 查明致病因子、传播方式、危险因素和感染来源,控制疫情蔓延。方法 搜索2017年2月15日 - 22日期间,某小学学生及教职员工中出现呕吐（≥2 次/24 h）或腹泻（≥3次/24 h同时伴有性状改变）之一者,开展个案调查;采集病例肛拭子标本,通过RT - PCR检测诺如病毒核酸;收集该校环境卫生情况、日常消毒以及供水、供餐等信息;开展病例对照研究分析发病的危险因素。结果 罹患率为7.8%（46/587）;病例主要表现为呕吐（87.0%）、腹泻（71.7%）、恶心（65.2%）;流行曲线提示为同源暴露后继之以接触传播,六（5）班罹患率（60.9%）远高于其他班级,有显著的班级聚集性（P＜0.05）;性别罹患率、学生与教职工罹患率都无统计学差异（P＞0.05）;便后不洗手（OR = 3.9,95%CI = 1.8～8.5）、关系好的同学中有人发病（OR = 3.8,95%CI = 1.8～7.9）会增加发病的风险;100%（10/10）病例肛拭子标本中检出GII.P7 - GII.6型诺如病毒核酸。结论 此次暴发是一起由GII.P7 - GII.6型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发,以接触传播为主,不排除气溶胶传播的可能。     

2017-2019年湖北省病毒性腹泻哨点监测病例中诺如病毒流行及基因特征

  目的  了解湖北省2017-2019年病毒性腹泻哨点监测病例中诺如病毒(norovirus, NV)的流行病学特征和基因型别特征。  方法  收集2017年1月1日-2019年12月30日成人和儿童腹泻患者的粪便标本共1 957份,采用实时荧光RT-PCR法进行NV GI和GII型别鉴定;对NV检测阳性的GII型标本应用RT-PCR扩增开放阅读框(open reading frame, ORF)1/ORF2铰链区,将获得的PCR产物直接测序并进行基因型别和重组分析。  结果  男性和女性腹泻患者中NV阳性检出率差异有统计学意义(χ2 =5.18, P=0.023)。各年龄组腹泻患者间NV阳性检出率差异有统计学意义(χ2 =98.04, P＜0.001),其中1~＜2岁年龄组腹泻患者NV阳性检出率最高,为23.50%。2017-2019年湖北省NV感染呈现2个流行峰,高峰出现在10-12月间,低峰出现在3-4月。NV主要为GII基因型,其中以GII.4、GII.2和GII.3亚型为主。主要的重组型有GII.2[P16]、GII.4[P31]、GII.3[P12]和GII.4[P16]。  结论  2017-2019年湖北地区存在多种基因型NV的感染,并发现不同的重组亚型。加强NV的基因型别监测和重组分析有利于掌握NV的分子流行病学特征,为科学防控提供理论依据。