伤寒沙门菌非编码RNA S527表达特性分析

目的：系统分析伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi, S.Typhi)的非编码RNA (non-coding RNA, ncRNA) S527的表达特性。方法：利用Northern Blot和实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real time polymerase chain reaction, qRT-PCR)分析S.Typhi在不同生长时期以及酸、氧和高渗环境应激后S527的表达水平;将含有S527 RNA序列的重组质粒导入S.Typhi野生株构建S527高表达株,观察细菌动力和生长速度的变化。结果：S527在细菌的对数期(OD600 0.8)表达量最高;S527在酸、氧及高渗应激时的表达量均下降;与空载体对照株比较,S527高表达后S.Typhi的生长速度变慢,动力增强。结论：S527在S.Typhi的不同生长时期和不同应激环境下存在表达差异,高表达S527后能影响细菌的生长速度和动力。     

伤寒沙门菌小RNA T64的功能

［摘要］目的: 探究小RNA T64对伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi, S. Typhi)表型的影响。方法: 用λ Red重组系统构建小RNA T64的基因缺失变异株,并将携带T64基因序列的重组质粒导入T64缺陷株制备T64回补株,同时将该质粒导入hfq基因缺陷变异株。绘制T64高表达株的生长曲线,观察T64对细菌生长的影响;接种半固体平板观察细菌的动力;结晶紫染色法观察细菌生物膜形成情况。 结果： 序列分析表明,T64基因缺失变异株构建成功;生长曲线显示,T64高表达促进细菌的生长;与空载体对照株相比,T64高表达株的动力稍减弱;生物膜分析结果显示,T64高表达株生物膜形成能力强于空载体对照株;回补T64基因后,T64缺陷株生物膜形成能力基本恢复,而hfq缺陷株依旧难以形成生物膜。结论： T64能促进细菌生长,且在一定程度上抑制细菌的动力;其有助于S. Typhi形成生物膜,但不足以消除hfq基因缺失对生物膜形成的抑制作用。     

伤寒沙门菌不同生长期和不同应激下非编码RNA ArpH的表达

［摘要］目的: 探讨伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi,S. Typhi) 在不同生长时期和不同应激条件下非编码RNA ArpH的表达水平,以及双组分调节系统和氧应激调节因子对ArpH的调控作用。方法: 利用RNA印迹、qRT PCR分析伤寒沙门菌在不同生长期ArpH的表达;利用qRT PCR分析伤寒沙门菌在酸、氧、高渗和热等不同应激环境下ArpH的表达;利用qRT PCR分析伤寒沙门菌双组分调节系统基因(ompR、rcsB)和氧应激调节因子基因(oxyR)对ArpH表达的影响。结果： ArpH在伤寒沙门菌的对数晚期表达量最高,在从对数早期开始到达稳态期的转变中,其表达量逐渐增加,而进入稳态期后明显回落;ArpH表达水平在酸应激下明显下降,氧应激下明显增高,而高渗应激和42℃热应激下ArpH的表达无显著变化;当ompR、rcsB和oxyR基因缺失时,ArpH表达量均明显下降。结论： ArpH参与伤寒沙门菌对酸、氧应激的调节;伤寒沙门菌双组分调节系统OmpR、RcsB和氧应激调节因子OxyR对ArpH均有正向调控作用。     

非编码小RNA T64对伤寒沙门菌基因表达的影响

目的: 对由转录组测序获得的伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi,S.Typhi)非编码小RNA(small non-coding RNA,snRNA)T64的表达进行验证,并对其功能进行初步探讨。方法: 选取特异性引物采用反转录PCR(RT-PCR)和普通PCR确认T64在S.Typhi中的表达;将含有T64 snRNA序列的重组质粒导入S.Typhi野生株构建T64高表达株;结合应用S.Typhi全基因组芯片分析技术,比较S.Typhi T64高表达株和空载体对照株在对数期基因表达谱差异,并对部分基因芯片结果进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果：RT-PCR结果显示,snRNA T64在S. Typhi确有表达;基因芯片分析结果显示,与空载体对照株比,snRNA T64高表达株在对数期有20个基因表达上调,7个下调;4个被选基因表达的qRT-PCR结果与芯片分析结果相符。结论： snRNA T64在S. Typhi中表达,可能在基因的表达调节中发挥重要作用。     

伤寒沙门菌调节因子UhpA的功能研究

目的:探讨伤寒沙门菌调节因子UhpA的功能.方法:用载体pBAD介导回补uhpA至伤寒沙门菌uhpA基因缺陷变异株,用qRT-PCR观察cysM和treB基因表达,用表达载体pET-22b原核表达UhpA蛋白,用凝胶阻滞试验观察UhpA蛋白与cysM和treB启动子区域DNA片段的结合.结果:成功构建pBADuhpA重组质粒,在uhpA缺陷变异株中回补uhpA基因后,cysM和treB的表达明显恢复,但UhpA-His6蛋白与cysM和treB的启动子区域DNA片段无明显结合.结论:伤寒沙门菌UhpA在高渗应激条件下能促进硫代谢及海藻糖代谢相关基因表达,且可能为间接作用.     

伤寒沙门菌核糖核酸酶 G对胞内非编码RNA T3956水平的影响

目的: 研究伤寒沙门菌核糖核酸酶G（RNase G）对非编码RNA（ncRNA）T3956胞内水平的影响。方法: 利用自杀质粒介导的同源重组方法制备伤寒沙门菌RNase G基因（rng）缺陷变异株;利用重组质粒pBAD将rng导入rng缺陷变异株,构建rng缺陷回补株;通过实时定量PCR分别比较伤寒沙门菌野生株、rng缺陷变异株、回补株等在不同生长时期的ncRNA T3956水平。结果: 成功制备伤寒沙门菌rng缺陷变异株、rng缺陷回补株和空质粒对照株; 实时定量PCR结果表明,rng缺陷株中T3956的胞内水平较野生株有所升高,并且在对数中期和稳态期升高得更加明显,而回补株胞内T3956的水平又得到恢复。结论: 伤寒沙门菌RNase G能够参与对胞内ncRNA T3956水平的调控,并且在细菌对数生长中期和稳态期作用更为明显。     

SsrB对伤寒沙门菌氧应激早期基因表达的调节

目的:研究伤寒沙门菌ssrB基因在氧应激早期对其他基因表达的调节.方法:通过同源重组的方法利用自杀质粒制备伤寒沙门菌ssrB基因缺陷变异株;采用伤寒沙门菌全基因组芯片比较野生株和ssrB基因缺陷变异株在氧应激早期的基因表达差异,并对其中部分表达差异基因进行实时定量PCR验证;利用HeLa细胞进行细菌侵袭实验,研究ssr...     

伤寒沙门菌rpoE基因缺陷变异株的制备及其生存能力

目的为深入研究rpoE基因在伤寒沙门菌侵袭致病中的作用,制备rpoE基因缺陷变异株;观察rpoE基因缺陷变异株在应激条件下的生存能力。方法根据伤寒沙门菌rpoE基因序列,设计PCR特异性引物,制备rpoE基因缺陷性同源性核苷酸片段导入自杀质粒PGMB151后再导入伤寒沙门菌野生株,进行同源重组,用PCR观察重组现象;绘制生长曲线,对比rpoE基因缺陷变异株与野生株在应激条件下的生存情况。结果PCR及序列分析证实,缺陷变异株的rpoE基因缺失288个碱基;生长曲线提示rpoE基因缺陷变异株在氧、酸、高渗应激条件下生存能力明显低于野生株,差异有统计学意义（P〈0.05）。结论成功构建了伤寒沙门菌rpoE基因缺陷株,并发现在氧、酸、高渗应激条件下其生存能力明显降低,为进一步研究其在伤寒沙门菌中的功能奠定了基础。     

PmrA对伤寒沙门菌高渗应激后期基因表达调节初探

目的:探讨伤寒沙门菌调节因子PmrA在高渗应激后期对基因表达调节的影响.方法:应用自杀质粒介导的同源重组方法制备伤寒沙门菌pmrA基因缺陷变异株;利用伤寒沙门菌全基因组芯片分析技术,比较伤寒沙门菌野生株和pmrA基因缺陷变异株在高渗应激后期的基因表达谱差异,并选择部分差异表达基因进行RT-RCR验证.结果:经PCR及序列分析证实,伤寒沙门菌pmrA基因缺陷变异株制备成功;基因表达谱比较分析结果表明伤寒沙门菌pmrA基因缺陷变异株在高渗应激后期有81个基因表达上调,有22 个基因表达下调.结论:PmrA在伤寒沙门菌高渗应激后期的基因表达调节中发挥重要作用.     

OsmY缺失对伤寒沙门菌在高渗应激早期基因表达的影响

目的:研究伤寒沙门菌OsmY在高渗应激早期对其他基因表达的调节。方法:通过同源重组的方法利用自杀质粒制备伤寒沙门菌osmY基因缺陷变异株;采用伤寒沙门菌全基因组芯片比较野生株和osmY基因缺陷变异株在高渗应激早期的基因表达差异,并对其中部分表达差异基因进行实时定量PCR验证。结果:成功制备伤寒沙门菌osmY基因缺陷变异株;基因芯片结果显示,在高渗应激早期,与野生株相比,伤寒沙门菌osmY基因缺陷变异株有128个基因表达下调,有27个基因表达上调。实时定量PCR与芯片结果一致。结论:OsmY可作为一调节因子在伤寒沙门菌高渗应激早期对基因表达起重要调节作用。     

H:z66抗体应激后伤寒沙门菌fliG基因缺陷株与野生株基因表达的差异

目的:观察伤寒沙门菌鞭毛转子蛋白基因fliG在H:z66抗体应激后对其他基因表达的影响。方法:利用自杀质粒介导的同源重组法制备伤寒沙门菌fliG基因缺陷变异株;利用伤寒沙门菌全基因组芯片分析技术,比较伤寒沙门菌野生株和fliG基因缺陷变异株在H:z66抗体应激后的基因表达谱差异,并选择部分表达有差异的基因进行实时定量PCR验证。结果:经PCR验证及序列比对,伤寒沙门菌fliG基因缺陷变异株制备成功;基因表达谱比较结果表明,与野生株相比,伤寒沙门菌fliG基因缺陷变异株在H:z66抗体应激后有21个基因表达上调,7个基因表达下调;实时定量PCR结果与芯片结果一致。结论:fliG基因在伤寒沙门菌受到H:z66抗体刺激后的基因表达调控中发挥一定作用。     

Hfq对伤寒沙门菌高渗应激早期基因表达的调节

目的：探查伤寒沙门菌hfq基因在高渗应激早期对其他基因表达的影响。方法：用自杀质粒介导的同源重组方法制备伤寒沙门菌hfq基因缺陷变异株;利用伤寒沙门菌全基因组芯片技术,比较伤寒沙门菌野生株和咆向基因缺陷变异株在高渗应激早期的基因表达谱差异,并选择部分表达差异基因进行实时定量PCR验证。结果：伤寒沙门菌hfq基因缺陷变异株制备成功;基因表达谱比较分析结果表明伤寒沙门菌hfq基因缺陷变异株在高渗应激早期有62个基因表达上调,有32个基因表达下调。实时定量PCR结果与芯片分析一致。结论：Hfq作为一个调节因子在伤寒沙门菌高渗应激早期对基因表达起重要调节作用。     

非编码 RNA GlmY 对伤寒沙门菌生物膜形成的影响

目的: 探究非编码 RNA GlmY 对伤寒沙门菌生物膜形成的影响及其分子机制。方法: 用自杀质粒pGMB151介导的同源重组方法,制备 glmY 缺陷株;用96孔微量板结晶紫染色法检测各菌株生物膜形成情况;通过qRT PCR分析glmY 缺陷株及野生株中生物膜形成相关基因的mRNA表达水平。结果： 成功制备glmY缺陷株;细菌生物膜形成实验表明,与野生株相比,glmY缺陷株生物膜形成能力明显下降;qRT PCR分析结果显示,GlmY缺失后卷曲菌毛合成相关基因csgD和csgA的mRNA表达水平明显下调。结论： 伤寒沙门菌非编码 RNA GlmY可通过上调csgD和csgA的表达促进卷曲菌毛合成,进而促进生物膜的形成。     

LuxS/AI-2对伤寒沙门菌基因表达的调节

目的:探讨伤寒沙门菌luxS基因在葡萄糖存在下对细菌对数生长中期基因表达调控的影响.方法:应用自杀质粒介导的同源重组方法制备伤寒沙门菌luxS基因缺陷变异株;比较野生株与缺陷株的生长情况及动力差异;用哈氏弧菌BB170作为报告菌株检测不同时期野生株与缺陷株的生物发光;利用伤寒沙门菌全基因组芯片技术,比较在葡萄糖存在下伤...