SYBR Green Ⅰ实时PCR检测甲肝病毒方法的建立与初步应用

目的建立一种快速、特异的SYBR Green Ⅰ实时PCR方法检测甲肝病毒.方法对SYBR Green Ⅰ实时PCR检测甲肝病毒方法的反应条件、反应体系进行优化,同时与传统RT-PCR方法进行灵敏度比较,提高该方法的特异性、灵敏性.并用该方法对甲肝病毒毒株、脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒(1～6型)毒株、贝类水产品标本进行检测.结果SYBR Green Ⅰ实时PCR与传统RT-PCR检测甲肝病毒方法的灵敏度无明显区别,但检测时间缩短了1/2.该方法能特异检测出甲肝病毒,不能扩增脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒(1～6型)毒株,对农贸市场40份贝类水产品进行甲肝病毒核酸检测,检出3份.结论建立的SYBR Green Ⅰ实时PCR方法用于甲肝病毒检测具有特异、灵敏、快速等优点,可用于甲肝的病原学监测.     

SYBR GreenⅠ实时PCR检测乙脑病毒方法的建立与初步应用

目的建立一种快速、特异的SYBR GreenⅠ实时PCR方法检测流行性乙型脑炎(乙脑)病毒。方法对SYBR GreenⅠ实时PCR检测乙脑病毒方法的反应条件、反应体系进行优化,同时与传统RT-PCR方法进行灵敏度比较,提高该方法的特异性、灵敏性。并用该方法对乙脑病毒毒株、登革病毒(Ⅰ~Ⅳ型)毒株、90份猪血清标本进行检测。结果SYBR GreenⅠ实时PCR与传统RT-PCR检测乙脑病毒方法的灵敏度无明显区别,但检测时间缩短了1/2。该方法可检测出乙脑病毒,不能扩增登革病毒,对90份猪血清标本检测结果均为阴性。结论建立的SYBR GreenⅠ实时PCR方法用于乙脑病毒检测具有特异、灵敏、快速等优点,可用于乙脑的病原学监测。     

SYBR GreenⅠ实时荧光PCR检测食品中转基因成分方法的初步建立

目的：建赢SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法检测食品中转基因成分35S启动子和NOS终止子,并对样品进行检测。方法：以大豆Lectin基因为内源性基因,以转基因食品中常用的花椰菜花叶病毒启动子（CaMV35S）和根癌农杆菌终止子（NOS）基因为目标基因,设计并合成3对特异性引物,优化反应条件,使用SYBR GreenⅠ染料实时荧光PCR检测35S启动子和NOS终止子,并做熔解曲线分析。同时利用该方法对胡萝卜、青豆、玉米、马铃薯等实际样品进行检测。结果：运用该方法检测8份样品,有4份检出35S基因和NOS基因成分。结论：SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法能有效检测出35S和NOS两种转基因成分,简便、快速。     

甲肝病毒TaqMan PCR检测方法的建立

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,对甲肝病毒核酸进行检测。方法根据GenBank发表的HAV全基因组序列资料分析结果,在其保守区段设计HAV特异性引物和探针,优化引物、探针浓度,与最佳退火温度,并考察检测体系的特异性、敏感性与重复性。结果本研究体系的引物和探针浓度为0.8μmol/L和0.6μmol/L,退火温度为52℃时,具有良好的特异性与敏感性,检测灵敏度可达0.1TCID50。同一样品重复检测3次,Ct值的变异系数均小于5%。结论本研究建立的HAV TaqMan RT-PCR方法特异、敏感、快速且有效减少交叉污染的概率,为临床及水产品中的甲肝病毒的早期快速检测提供了一种新方法。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR检测食品中转基因成分方法的灵敏度和特异性研究

目的:研究SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR检测食品中转基因成分(35S基因和NOS基因)方法的灵敏度、特异性和线性关系。方法:使用SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR方法检测不同转基因含量的标准品,并对转基因阳性和阴性样品分别进行扩增,分析扩增曲线和Ct值。结果:SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR检测食品中转基因成分方法检出限为0.05%,转基因大豆标准品和阳性样品中检出35S基因和NOS基因成分,阴性样品中未检出35S基因和NOS基因成分。结论:SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR检测35S和NOS转基因成分方法灵敏度高,特异性较好,标准曲线线性良好。     

实时荧光PCR检测基孔肯雅病毒方法的建立及初步应用

目的 建立基孔肯雅病毒的荧光定量PCR检测方法.方法 针对基孔肯雅病毒的基因序列,设计、合成引物、探针及反应体系,摸索出最佳反应条件,建立TaqMan荧光探针法和SYBR荧光染料法.利用建立的方法对30例基孔肯雅热病标本和10份基孔肯雅病毒保存液进行扩增、检测和结果分析,并与常规RT - PCR方法的检测结果进行比对.结果 实时荧光定量PCR法比常规RT - PCR法快速、灵敏.40份标本TaqMan荧光探针法、SYBR荧光染料法和常规RT - PCR方法的阳性率分别为:17.5％、17.5％、15％.统计分析表明,3种方法差异不具有统计学意义.结论 实时荧光定量PCR方法快速且具有较好的特异性、敏感性、重复性,适用于基孔肯雅病毒的快速检验.     

HBV cccDNA SYBR GreenⅠ荧光定量检测方法的建立及初步应用

目的 建立一种稳定、特异、敏感的乙型肝炎病毒(HBV)共价闭合环状DNA (cccDNA) SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法.方法 根据乙肝病毒松弛环状DNA (HBVrcDNA)与cccDNA的结构差异,设计跨越双缺口的特殊引物,并利用一种ATP依赖不降解质粒的DNA酶(Plasmid-SafeTMATP dependent DNase,PSAD)提高反应的特异性;建立荧光定量PCR标准曲线,并进行特异性、敏感性和重复性检验.应用所建立的方法评价拉米夫定和阿德福韦酯对HBVcccDNA的抑制效果.结果 该方法能特异性检测到HBV cccDNA,在2.68×1082.68×103 copies/μl检测范围之间有良好的线性关系,相关系数为-1.00,扩增效率为102％;最低检测限为2.68×101 copies/μl.拉米夫定和阿德福韦酯对HBVcccDNA均有很好的抑制效果.结论 该实验所建立的方法稳定性强、特异性好、灵敏度高,可快速定量检测HBVcccDNA,用于抗HBV药物的评价.     

TaqMan MGB实时荧光定量PCR检测登革Ⅰ型病毒

目的检测发热患者血清中的登革病毒含量,并判定其型别。方法在登革病毒的E基因区设计一对引物和一条MGB探针,建立TaqMan MGB实时荧光定量PCR体系;从10份疑似登革热患者血清中提取病毒RNA,逆转录成cDNA,采用TaqMan MGB实时荧光定量PCR技术检测登革病毒及其型别。结果10份血清样本中,有9例出现阳性扩增曲线,病毒含量在103-105拷贝/ml,且扩增产物均出现大约100 bp的扩增带。结论2006年在广州市流行的登革热是由登革Ⅰ型病毒引起,TaqMan MGB实时荧光定量PCR检测登革病毒感染具有快速、敏感的特点,为登革热的早期诊断提供了可能。     

TaqMan PCR检测乙型脑炎病毒方法的建立及应用

目的:利用TaqMan PCR技术,建立乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)实时荧光PCR检测方法,探讨其用于临床诊断的可行性.方法:根据GenBank发表的JEV全基因组序列资料分析结果,在其3'端非编码区(UTR)设计JEV特异的引物与探针,验证检测体系的特异性、灵敏性和稳定性,并用于临床乙脑病人样本的检测.结果:引物、探针具有良好的特异性,用该TaqMan PCR法检测JEV减毒株SA14-14-2灵敏度可达1 TCID50/ml.稳定性分析表明,同一样本重复检测5次,Ct值变异系数均小于5%.在此基础上,实时荧光PCR检测了10份临床上确诊为乙脑患者的标本(特异性IgM阳性),6份阳性,阳性率为60%.在7份特异性IgM阴性、临床上疑似乙脑的患者中,2份TaqMan PCR结果为阳性,阳性率为28.6%.此方法从RNA提取到检测结果仅需1.5 h.结论:本研究建立了一种灵敏、特异、简便易行的JEV TaqMan PCR检测方法,为乙型脑炎的鉴别诊断提供了一种技术手段.     

实时荧光PCR检测诺瓦克病毒的应用研究

目的应用实时荧光PCR方法对诺瓦克病毒性急性胃肠炎进行快速检测，为疾病预防控制提供准确可靠的实验诊断依据。方法采集一起急性胃肠炎暴发流行患者的1份粪便、5份肛拭和1份呕吐物，进行实时荧光PCR检测。结果实时荧光PCR检测有1份病人粪便和1份病人肛拭样本中诺瓦克病毒核酸呈阳性。结论这是一起由诺瓦克病毒感染引起的急性胃肠炎暴发流行。     

SYBR GreenⅠ染料法定量PCR检测疟原虫感染及

目的评价一种可以快速定量检测疟原虫及虫种鉴别的荧光定量PCR法。方法将SYBR Green Ⅰ法与TaqMan探针法检测疟原虫进行比对,评价定量的准确性及方法的敏感度。以PCR-DNA测序法为金标准,评价SYBR Green Ⅰ法分型的准确性。结果两个方法的定量拷贝检测数无显著性差异(P>0.05)。SYBR Green Ⅰ法检测疟原虫的最低检测下限为1×102copy/mL至5×102copy/mL之间。与PCR-DNA测序法比较,SYBR Green Ⅰ法能准确的对感染的疟原虫虫种做准确的鉴定。结论 SYBR Green I染料法定量可同时进行人体疟原虫的定量检测和虫种鉴别,且成本低廉,操作简便快速,可以在疟疾的高发地区推广使用。     

甲肝病毒的核苷酸变异研究

[目的]揭示甲肝病毒在甲肝疫苗使用多年后的变异情况。[方法]用逆转录(RT)、PCR、套式PCR(nPCR)扩增来自病人血清中的甲肝病毒和甲肝疫苗H2减毒株的5’端非编码区中的核苷酸片段。扩增的片段进行核酸序列测定，并与甲肝疫苗H2减毒株的相应序列进行比较。[结果]从22份RT-PCR-nPCR甲肝病人血清中扩增到3个目的片段，经测序比较，其中两个扩增片段的序列与甲肝疫苗株的相应序列一致，另一扩增片段的序列与甲肝疫苗株的相应序列比较有一个核苷酸的变异。[结论]甲肝病毒在甲肝疫苗使用多年后没有变异。     

腺病毒荧光定量PCR快速检测方法建立

目的 建立腺病毒双链嵌合荧光染色(SYBR Green)实时定量PCR快速检测方法,用于腺病毒感染的早期诊断及病毒核酸定量分析.方法 建立并优化SYBR Green荧光定量PCR反应体系和反应条件,评价该方法的特异性、灵敏度和重复性,同时进行熔解益线分析,构建定量分析模型,并对84份临床样本进行检测.结果 该方法与其他呼吸道病毒无交叉反应,检测灵敏度10~2拷贝/μL,熔解曲线显示单一的峰,熔解温度为(84.9±0.1)℃,临床样本检测阳性率达30.95%.结论 建立了快速、敏感、特异的腺病毒SYSR Green荧光定量PCR检测方法,适用于腺病毒的早期快速诊断.     

实时荧光定量PCR快速检测对虾IHHNV载量方法的建立和应用

目的:建立一种快速、定量、特异、灵敏的PCR方法用于对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的早期诊断和疫情监测。方法:根据GenBank登录的IHHNV毒株序列,使用生物学软件进行序列比对,在IHHNV保守区序列设计特异性引物与Taqm an探针。对实时荧光定量PCR反应条件进行优化以缩短检测时间,提高特异性、灵敏度、重复性,并与普通PCR进行盲样测试的比对。结果:本法线性范围5×102~5×107拷贝/ml,检出限5×101拷贝/ml,灵敏度超过普通PCR100倍,特异性高于普通PCR,重复性极好(S=0.035~0.39,CV=0.13%~1.05%),检测时间为普通PCR的1/5,现场盲样IHHNV检出阳性率高于普通PCR 26.00%。结论:本研究建立Taqm an实时荧光定量PCR用于对虾IH-HNV检测具有特异、灵敏、快速、定量、重复性好等优点。     

西尼罗病毒PCR检测方法的建立

[目的]应用通用引物建立快速、敏感、特异的PCR检测方法,用于西尼罗病毒感染相关疾病的实验室监测和早期诊断。[方法]以西尼罗病毒感染者血清分离得到的病毒RNA逆转录cDNA为检测样本,通过对多株病毒基因组序列各区段保守性进行分析比较,在基因组非编码区设计引物和探针,分别用巢式PCR和荧光定量PCR方法对样本进行扩增。[结果]以西尼罗病毒RNA逆转录cDNA为模板,采用所建立的两种PCR方法,均可得到阳性检测结果。[结论]本研究设计的PCR扩增引物具有较好的通用性;建立的实时荧光定量PCR结合巢式PCR用于检测WNV的分析方法具有互补性,为研制成熟的西尼罗病毒检测试剂盒提供实验基础。     

基孔肯雅病毒的纳米金实时荧光PCR方法的建立

目的建立一种检测基孔肯雅病毒纳米金实时荧光定量PCR的方法。方法以课题组建立的普通实时荧光PCR方法为基础,在PCR体系中添加不同大小粒径的纳米金进行体系优化,评价优化后的体系。结果添加纳米金的实时荧光PCR较不添加的扩增效率高;优化后的纳米金实时荧光PCR产物的Ct值与模板稀释浓度存在良好的线性关系,回归方程:y=-3.31x+41.78,R2=0.9997,PCR扩增效率为99.5%。结论纳米金能提高实时荧光PCR的反应效率。     

非洲型寨卡病毒实时荧光定量PCR检测技术的建立

目的 建立非洲型寨卡病毒（ZIKV）实时荧光定量PCR检测技术。方法 人工合成非洲型ZIKV E基因上引物为5’ - TCAAAGATGATGTTGGAGCT - 3’、下游引物5’ - CCTCTCACAGTGGCYTCA - 3’、探针5’FAM - CCACCATTTGGGGATTCTTACATTGTC - BQ1 - 3’,采用实时荧光定量PCR检测其特异性、灵敏度及重复性。结果 非洲型ZIKV质粒标准品浓度为76.61 ng/μl;以非洲型ZIKV质粒标准品制作标准曲线,在2.47×（108～102） copies/μl之间有较好线性关系,Rsq为1;能特异检测出非洲型ZIKV质粒标准品,与登革病毒1～4、亚洲型ZIKV质粒标准品、HCV - 1b病人血清RNA无交叉反应,检测限为2.47×101copies/μl。结论 本研究建立了可用于非洲型ZIKV实验室检测的实时荧光定量PCR技术。     

应用SYBR Green Ⅰ荧光PCR快速检测副溶血弧菌及其毒力基因

目的利用SYBR Green Ⅰ荧光PCR反应检测副溶血弧菌及其trh和tdh毒力基因。方法根据副溶血弧菌tlh基因设计引物,建立检测副溶血弧菌SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法,利用33株副溶血弧菌分离株以及22株其他种属细菌进行特异性和灵敏度评价。根据副溶血弧菌trh和tdh毒力基因序列设计引物,建立检测副溶血弧菌毒力基因的单重和双重SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法,并对这两种方法进行特异性和灵敏度评价。结果本研究中基于tlh基因的荧光PCR检测对全部33株副溶血弧菌检测为阳性,检测下限为5×101拷贝/μl,而22株其他种属细菌均为阴性。毒力基因trh和tdh均能特异性检测,其单重荧光PCR检测下限为5×101拷贝/μl,双重荧光PCR检测下限为5×102拷贝/μl。结论本研究建立了tlh作为靶基因检测副溶血弧菌的单重SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法和同时检测副溶血弧菌trh和tdh毒力基因的双重SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法,简化了毒力基因检测,有良好的实际应用前景。     

乙型肝炎病毒核酸实时荧光PCR超敏检测方法的建立与评价

目的应用Taq-man实时荧光PCR技术,建立一种超敏检测乙型肝炎病毒DNA(HBV DNA)载量的方法(以下简称超敏试剂),并对其临床应用进行评价。方法对比GeneBank中HBV DNA基因组序列,使用Primer 5.0软件在其S区和C区分别设计一对特异性的引物和探针,应用Taq-man探针技术,优化反应体系和反应条件。并收集195例临床样本与某国产试剂进行平行检测,采用相关性分析和Bland-Altman等方法对检测结果进行分析。结果建立的HBV DNA超敏检测方法灵敏度达10 IU/mL,线性范围20～1×10~9IU/mL,准确性为100%,覆盖型别为A、B、C、D、E、F、H,批内和批间变异系数在5%以内。195例临床样本检测结果显示,与某国产试剂相比,超敏试剂的阳性符合率为99.45%,阴性符合率为91.67%,总符合率为98.97%(Kappa值为0.911 2,P<0.05)。超敏试剂与某国产试剂具有很强的相关性(r=0.979 1,P<0.000 1)。结论本研究成功建立了一种HBV DNA实时荧光PCR检测方法,具有很高的临床应用价值。